src/jalview/gui/AlignViewport.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import java.awt.*;\r
   4 import jalview.analysis.*;\r
   5 import jalview.analysis.NJTree;\r
   6 import jalview.datamodel.*;\r
   7 import jalview.schemes.*;\r
   8 import java.util.*;\r
   9 \r
  10 public class AlignViewport\r
  11 {\r
  12   int startRes;\r
  13   int endRes;\r
  14 \r
  15   int startSeq;\r
  16   int endSeq;\r
  17 \r
  18   boolean showFullId = false;\r
  19   boolean showText=true;\r
  20   boolean showColourText=false;\r
  21   boolean showBoxes=true;\r
  22   boolean wrapAlignment=false;\r
  23   boolean renderGaps = true;\r
  24   boolean showSequenceFeatures = false;\r
  25   boolean showAnnotation = true;\r
  26 \r
  27   boolean colourAppliesToAllGroups = true;\r
  28   ColourSchemeI globalColourScheme = null;\r
  29   boolean conservationColourSelected = false;\r
  30   boolean abovePIDThreshold = false;\r
  31 \r
  32   SequenceGroup selectionGroup = new SequenceGroup();\r
  33 \r
  34   RendererI renderer = new SequenceRenderer(this);\r
  35 \r
  36   int             charHeight;\r
  37   int             charWidth;\r
  38   int             chunkWidth;\r
  39   int             chunkHeight;\r
  40 \r
  41   Font            font = new Font("SansSerif",Font.PLAIN,10);\r
  42   AlignmentI      alignment;\r
  43 \r
  44   ColumnSelection colSel = new ColumnSelection();\r
  45 \r
  46   int threshold;\r
  47   int increment;\r
  48 \r
  49   NJTree currentTree = null;\r
  50 \r
  51   boolean scaleAboveWrapped = false;\r
  52   boolean scaleLeftWrapped  = true;\r
  53   boolean scaleRightWrapped = true;\r
  54 \r
  55 \r
  56   public AlignViewport(AlignmentI al,\r
  57                        boolean showText,\r
  58                        boolean showBoxes,\r
  59                        boolean wrapAlignment) {\r
  60 \r
  61     this.startRes = 0;\r
  62     this.endRes = al.getWidth()-1;\r
  63     this.startSeq = 0;\r
  64     this.endSeq = al.getHeight()-1;\r
  65     this.showText = showText;\r
  66     this.showBoxes = showBoxes;\r
  67     this.wrapAlignment = wrapAlignment;\r
  68 \r
  69     setAlignment(al);\r
  70     setFont( font );\r
  71  }\r
  72 \r
  73  public void showSequenceFeatures(boolean b)\r
  74  {\r
  75    showSequenceFeatures = b;\r
  76  }\r
  77 \r
  78   AlignmentAnnotation consensus;\r
  79   AlignmentAnnotation conservation;\r
  80   AlignmentAnnotation quality;\r
  81 \r
  82   public int ConsPercGaps = 25; // JBPNote : This should be a scalable property!\r
  83 \r
  84   public void updateConservation()\r
  85   {\r
  86     Conservation cons = new jalview.analysis.Conservation("All",\r
  87         jalview.schemes.ResidueProperties.propHash, 1,\r
  88         alignment.getSequences(), 0,\r
  89         alignment.getWidth());\r
  90     cons.calculate();\r
  91     cons.verdict(false, ConsPercGaps);\r
  92     cons.findQuality();\r
  93     int alWidth = alignment.getWidth();\r
  94     Annotation [] annotations = new Annotation[alWidth];\r
  95     Annotation [] qannotations = new Annotation[alWidth];\r
  96     String sequence = cons.getConsSequence().getSequence();\r
  97     float minR,minG,minB, maxR,maxG,maxB;\r
  98     minR = 0.3f;\r
  99     minG = 0.0f;\r
 100     minB = 0f;\r
 101     maxR = 1.0f-minR; maxG=0.9f-minG; maxB=0f-minB; // scalable range for colouring both Conservation and Quality\r
 102     float min = 0f;\r
 103     float max = 11f;\r
 104     float qmin = cons.qualityRange[0].floatValue();\r
 105     float qmax = cons.qualityRange[1].floatValue();\r
 106 \r
 107     for (int i = 0; i < alWidth; i++)\r
 108     {\r
 109       float value = 0;\r
 110       try\r
 111         {\r
 112           value = Integer.parseInt(sequence.charAt(i) + "");\r
 113         }\r
 114       catch (Exception ex)\r
 115         {\r
 116           if (sequence.charAt(i) == '*') value = 11;\r
 117           if (sequence.charAt(i) == '+') value = 10;\r
 118         }\r
 119       float vprop = value-min;\r
 120       vprop/=max;\r
 121       annotations[i] = new Annotation(sequence.charAt(i) + "",\r
 122                                       "Conservation graph", ' ', value, new Color(minR+maxR*vprop, minG+maxG*vprop, minB+maxB*vprop));\r
 123       // Quality calc\r
 124       value = ((Double) cons.quality.get(i)).floatValue();\r
 125       vprop = value - qmin;\r
 126       vprop/=qmax;\r
 127       qannotations[i] = new Annotation(" ",\r
 128                                       String.valueOf(value), ' ', value, new Color(minR+maxR*vprop, minG+maxG*vprop, minB+maxB*vprop));\r
 129     }\r
 130 \r
 131     if(conservation==null)\r
 132     {\r
 133       conservation = new AlignmentAnnotation("Conservation",\r
 134                                              "Conservation of total alignment less than "+ConsPercGaps+"% gaps",\r
 135                                              annotations,\r
 136                                              0f, // cons.qualityRange[0].floatValue(),\r
 137                                              11f, // cons.qualityRange[1].floatValue()\r
 138                                              1);\r
 139       alignment.addAnnotation(conservation);\r
 140       quality = new AlignmentAnnotation("Quality",\r
 141                                         "Alignment Quality based on Blosum62 scores",\r
 142                                         qannotations,\r
 143                                         cons.qualityRange[0].floatValue(),\r
 144                                         cons.qualityRange[1].floatValue(),\r
 145                                         1);\r
 146       alignment.addAnnotation(quality);\r
 147     }\r
 148     else {\r
 149       conservation.annotations = annotations;\r
 150       quality.annotations = qannotations;\r
 151     }\r
 152 \r
 153 \r
 154   }\r
 155 \r
 156   public void updateConsensus()\r
 157   {\r
 158     Annotation [] annotations = new Annotation[alignment.getWidth()];\r
 159 \r
 160     Vector cons = alignment.getAAFrequency();\r
 161     Hashtable hash = null;\r
 162     for (int i = 0, alWidth=alignment.getWidth(); i<alWidth; i++)\r
 163     {\r
 164         hash = (Hashtable) cons.elementAt(i);\r
 165         float value = Float.parseFloat(hash.get("maxCount").toString());\r
 166         value /= Float.parseFloat(hash.get("size").toString());\r
 167 \r
 168         value *= 100;\r
 169         String maxRes = hash.get("maxResidue")+" ";\r
 170         String mouseOver = hash.get("maxResidue")+" ";\r
 171         if(maxRes.length()>2)\r
 172         {\r
 173           mouseOver = "["+maxRes+"] ";\r
 174           maxRes = "+ ";\r
 175         }\r
 176 \r
 177         mouseOver += (int)value+"%";\r
 178         annotations[i] = new Annotation(maxRes, mouseOver, ' ', value);\r
 179 \r
 180     }\r
 181 \r
 182      if(consensus==null)\r
 183      {\r
 184        consensus = new AlignmentAnnotation("% Identity",\r
 185                                            "PID", annotations, 0f, 100f, 1);\r
 186        alignment.addAnnotation(consensus);\r
 187      }\r
 188      else\r
 189        consensus.annotations = annotations;\r
 190 \r
 191   }\r
 192 \r
 193   public String getVisibleConsensus()\r
 194   {\r
 195     return visibleConsensus;\r
 196   }\r
 197 \r
 198   String visibleConsensus;\r
 199   Vector consensusV = new Vector();\r
 200   public Vector getConsensus(boolean recalculate)\r
 201   {\r
 202     if(recalculate || consensusV.size()<1)\r
 203     {\r
 204       consensusV = alignment.getAAFrequency();\r
 205       StringBuffer sb = new StringBuffer();\r
 206       Hashtable hash = null;\r
 207       for (int i = 0, sz=consensusV.size(); i < sz; i++)\r
 208       {\r
 209         hash = (Hashtable) consensusV.elementAt(i);\r
 210         sb.append(hash.get("maxResidue").toString().charAt(0));\r
 211       }\r
 212       visibleConsensus = sb.toString();\r
 213     }\r
 214 \r
 215 \r
 216     return consensusV;\r
 217   }\r
 218 \r
 219 \r
 220   public SequenceGroup getSelectionGroup()\r
 221   {\r
 222     return selectionGroup;\r
 223   }\r
 224 \r
 225   public void setSelectionGroup(SequenceGroup sg)\r
 226   {\r
 227     selectionGroup = sg;\r
 228   }\r
 229 \r
 230 \r
 231  public boolean getConservationSelected()\r
 232  {\r
 233    return conservationColourSelected;\r
 234  }\r
 235 \r
 236  public void setConservationSelected(boolean b)\r
 237  {\r
 238    conservationColourSelected = b;\r
 239  }\r
 240 \r
 241  public boolean getAbovePIDThreshold()\r
 242  {\r
 243    return abovePIDThreshold;\r
 244  }\r
 245 \r
 246  public void setAbovePIDThreshold(boolean b)\r
 247  {\r
 248    abovePIDThreshold = b;\r
 249  }\r
 250 \r
 251   public int getStartRes() {\r
 252     return startRes;\r
 253   }\r
 254 \r
 255   public int getEndRes() {\r
 256     return endRes;\r
 257   }\r
 258 \r
 259   public int getStartSeq() {\r
 260     return startSeq;\r
 261   }\r
 262 \r
 263   public void setGlobalColourScheme(ColourSchemeI cs)\r
 264   {\r
 265      globalColourScheme = cs;\r
 266   }\r
 267 \r
 268   public ColourSchemeI getGlobalColourScheme()\r
 269   {\r
 270     return globalColourScheme;\r
 271   }\r
 272 \r
 273 \r
 274   public void setStartRes(int res) {\r
 275     this.startRes = res;\r
 276   }\r
 277   public void setStartSeq(int seq) {\r
 278     this.startSeq = seq;\r
 279   }\r
 280   public void setEndRes(int res) {\r
 281     if (res > alignment.getWidth()-1) {\r
 282       System.out.println(" Corrected res from " + res + " to maximum " + (alignment.getWidth()-1));\r
 283        res = alignment.getWidth()-1;\r
 284     }\r
 285     if (res < 0) {\r
 286       res = 0;\r
 287     }\r
 288     this.endRes = res;\r
 289   }\r
 290   public void setEndSeq(int seq) {\r
 291     if (seq > alignment.getHeight()) {\r
 292       seq = alignment.getHeight();\r
 293     }\r
 294     if (seq < 0) {\r
 295       seq = 0;\r
 296     }\r
 297     this.endSeq = seq;\r
 298   }\r
 299   public int getEndSeq() {\r
 300     return endSeq;\r
 301   }\r
 302 \r
 303   public void setFont(Font f) {\r
 304     font = f;\r
 305     javax.swing.JFrame temp = new javax.swing.JFrame();\r
 306     temp.addNotify();\r
 307     java.awt.FontMetrics fm = temp.getGraphics().getFontMetrics(font);\r
 308     setCharHeight(fm.getHeight());\r
 309     setCharWidth(fm.charWidth('M'));\r
 310   }\r
 311 \r
 312   public Font getFont() {\r
 313     return font;\r
 314   }\r
 315   public void setCharWidth(int w) {\r
 316     this.charWidth = w;\r
 317   }\r
 318   public int getCharWidth() {\r
 319     return charWidth;\r
 320   }\r
 321   public void setCharHeight(int h) {\r
 322     this.charHeight = h;\r
 323   }\r
 324   public int getCharHeight() {\r
 325     return charHeight;\r
 326   }\r
 327   public void setChunkWidth(int w) {\r
 328     this.chunkWidth = w;\r
 329   }\r
 330   public int getChunkWidth() {\r
 331     return chunkWidth;\r
 332   }\r
 333   public void setChunkHeight(int h) {\r
 334     this.chunkHeight = h;\r
 335   }\r
 336   public int getChunkHeight() {\r
 337     return chunkHeight;\r
 338   }\r
 339   public AlignmentI getAlignment() {\r
 340     return alignment;\r
 341   }\r
 342   public void setAlignment(AlignmentI align) {\r
 343     this.alignment = align;\r
 344   }\r
 345 \r
 346   public void setWrapAlignment(boolean state) {\r
 347     wrapAlignment = state;\r
 348   }\r
 349   public void setShowText(boolean state) {\r
 350     showText = state;\r
 351   }\r
 352 \r
 353   public void setRenderGaps(boolean state){\r
 354     renderGaps = state;\r
 355     if(renderer instanceof SequenceRenderer)\r
 356     {\r
 357       SequenceRenderer sr = (SequenceRenderer)renderer;\r
 358       sr.renderGaps(state);\r
 359     }\r
 360   }\r
 361 \r
 362 \r
 363   public boolean getColourText()\r
 364   {\r
 365     return showColourText;\r
 366   }\r
 367 \r
 368   public void setColourText(boolean state)\r
 369   {\r
 370     showColourText = state;\r
 371   }\r
 372 \r
 373   public void setShowBoxes(boolean state) {\r
 374     showBoxes = state;\r
 375   }\r
 376 \r
 377   public boolean getWrapAlignment() {\r
 378       return wrapAlignment;\r
 379   }\r
 380   public boolean getShowText() {\r
 381     return showText;\r
 382   }\r
 383   public boolean getShowBoxes() {\r
 384     return showBoxes;\r
 385   }\r
 386 \r
 387   public char getGapCharacter() {\r
 388     return getAlignment().getGapCharacter();\r
 389   }\r
 390   public void setGapCharacter(char gap) {\r
 391     if (getAlignment() != null) {\r
 392       getAlignment().setGapCharacter(gap);\r
 393     }\r
 394   }\r
 395   public void setThreshold(int thresh) {\r
 396     threshold = thresh;\r
 397   }\r
 398   public int getThreshold() {\r
 399     return threshold;\r
 400   }\r
 401   public void setIncrement(int inc) {\r
 402     increment = inc;\r
 403   }\r
 404   public int getIncrement() {\r
 405     return increment;\r
 406   }\r
 407   public int getIndex(int y) {\r
 408     int y1     = 0;\r
 409     int starty = getStartSeq();\r
 410     int endy   = getEndSeq();\r
 411 \r
 412     for (int i = starty; i <= endy; i++) {\r
 413       if (i < alignment.getHeight() && alignment.getSequenceAt(i) != null) {\r
 414         int y2 = y1 + getCharHeight();\r
 415 \r
 416         if (y>=y1 && y <=y2) {\r
 417           return i;\r
 418         }\r
 419         y1  = y2;\r
 420       } else {\r
 421         return -1;\r
 422       }\r
 423     }\r
 424     return -1;\r
 425   }\r
 426 \r
 427   public ColumnSelection getColumnSelection() {\r
 428     return colSel;\r
 429   }\r
 430 \r
 431   public void resetSeqLimits(int height) {\r
 432     setEndSeq(height/getCharHeight());\r
 433   }\r
 434   public void setCurrentTree(NJTree tree) {\r
 435       currentTree = tree;\r
 436   }\r
 437   public NJTree getCurrentTree() {\r
 438     return currentTree;\r
 439   }\r
 440 \r
 441     public void setRenderer(RendererI rend) {\r
 442         this.renderer = rend;\r
 443     }\r
 444 \r
 445     public RendererI getRenderer() {\r
 446         return renderer;\r
 447     }\r
 448 \r
 449   public void setColourAppliesToAllGroups(boolean b)\r
 450   {   colourAppliesToAllGroups = b; }\r
 451 \r
 452   public boolean getColourAppliesToAllGroups()\r
 453   {return colourAppliesToAllGroups; }\r
 454 \r
 455   public boolean getShowFullId()\r
 456   {\r
 457     return showFullId;\r
 458   }\r
 459 \r
 460   public void setShowFullId(boolean b)\r
 461   {\r
 462     showFullId = b;\r
 463   }\r
 464 \r
 465   public boolean getShowAnnotation()\r
 466   {\r
 467     return showAnnotation;\r
 468   }\r
 469 \r
 470   public void setShowAnnotation(boolean b)\r
 471   {\r
 472     showAnnotation = b;\r
 473   }\r
 474 \r
 475   public boolean getScaleAboveWrapped()\r
 476   { return scaleAboveWrapped;}\r
 477 \r
 478   public boolean getScaleLeftWrapped()\r
 479   { return scaleLeftWrapped; }\r
 480 \r
 481   public boolean getScaleRightWrapped()\r
 482   { return scaleRightWrapped; }\r
 483 \r
 484   public void setScaleAboveWrapped(boolean b)\r
 485   { scaleAboveWrapped = b; }\r
 486 \r
 487   public void setScaleLeftWrapped(boolean b)\r
 488   { scaleLeftWrapped = b; }\r
 489 \r
 490   public void setScaleRightWrapped(boolean b)\r
 491   { scaleRightWrapped = b; }\r
 492 \r
 493 \r
 494 }\r