src/jalview/gui/AlignViewport.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import java.awt.Container;
  24 import java.awt.Dimension;
  25 import java.awt.Font;
  26 import java.awt.FontMetrics;
  27 import java.awt.Rectangle;
  28 import java.io.File;
  29 import java.util.ArrayList;
  30 import java.util.Hashtable;
  31 import java.util.List;
  32
  33 import javax.swing.JInternalFrame;
  34
  35 import jalview.analysis.AlignmentUtils;
  36 import jalview.analysis.AnnotationSorter.SequenceAnnotationOrder;
  37 import jalview.api.AlignViewportI;
  38 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  39 import jalview.api.FeatureColourI;
  40 import jalview.api.FeatureSettingsModelI;
  41 import jalview.api.FeaturesDisplayedI;
  42 import jalview.api.ViewStyleI;
  43 import jalview.bin.Cache;
  44 import jalview.bin.Console;
  45 import jalview.commands.CommandI;
  46 import jalview.datamodel.AlignedCodonFrame;
  47 import jalview.datamodel.Alignment;
  48 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  49 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  50 import jalview.datamodel.ContactMatrixI;
  51 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  52 import jalview.datamodel.SearchResults;
  53 import jalview.datamodel.SearchResultsI;
  54 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  55 import jalview.datamodel.SequenceI;
  56 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  57 import jalview.io.DataSourceType;
  58 import jalview.io.FileFormatException;
  59 import jalview.io.FileFormatI;
  60 import jalview.io.FileFormats;
  61 import jalview.io.FileLoader;
  62 import jalview.io.IdentifyFile;
  63 import jalview.renderer.ResidueShader;
  64 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  65 import jalview.schemes.ColourSchemeProperty;
  66 import jalview.schemes.ResidueColourScheme;
  67 import jalview.schemes.UserColourScheme;
  68 import jalview.structure.SelectionSource;
  69 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  70 import jalview.structure.VamsasSource;
  71 import jalview.util.ColorUtils;
  72 import jalview.util.MessageManager;
  73 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  74 import jalview.ws.params.AutoCalcSetting;
  75
  76 /**
  77  * DOCUMENT ME!
  78  *
  79  * @author $author$
  80  * @version $Revision: 1.141 $
  81  */
  82 public class AlignViewport extends AlignmentViewport
  83         implements SelectionSource
  84 {
  85   Font font;
  86
  87   boolean cursorMode = false;
  88
  89   boolean antiAlias = false;
  90
  91   private Rectangle explodedGeometry = null;
  92
  93   private String viewName = null;
  94
  95   /*
  96    * Flag set true on the view that should 'gather' multiple views of the same
  97    * sequence set id when a project is reloaded. Set false on all views when
  98    * they are 'exploded' into separate windows. Set true on the current view
  99    * when 'Gather' is performed, and also on the first tab when the first new
 100    * view is created.
 101    */
 102   private boolean gatherViewsHere = false;
 103
 104   private AnnotationColumnChooser annotationColumnSelectionState;
 105
 106   /**
 107    * Creates a new AlignViewport object.
 108    *
 109    * @param al
 110    *          alignment to view
 111    */
 112   public AlignViewport(AlignmentI al)
 113   {
 114     super(al);
 115     init();
 116   }
 117
 118   /**
 119    * Create a new AlignViewport object with a specific sequence set ID
 120    *
 121    * @param al
 122    * @param seqsetid
 123    *          (may be null - but potential for ambiguous constructor exception)
 124    */
 125   public AlignViewport(AlignmentI al, String seqsetid)
 126   {
 127     this(al, seqsetid, null);
 128   }
 129
 130   public AlignViewport(AlignmentI al, String seqsetid, String viewid)
 131   {
 132     super(al);
 133     sequenceSetID = seqsetid;
 134     viewId = viewid;
 135     // TODO remove these once 2.4.VAMSAS release finished
 136     if (seqsetid != null)
 137     {
 138       Console.debug(
 139               "Setting viewport's sequence set id : " + sequenceSetID);
 140     }
 141     if (viewId != null)
 142     {
 143       Console.debug("Setting viewport's view id : " + viewId);
 144     }
 145     init();
 146
 147   }
 148
 149   /**
 150    * Create a new AlignViewport with hidden regions
 151    *
 152    * @param al
 153    *          AlignmentI
 154    * @param hiddenColumns
 155    *          ColumnSelection
 156    */
 157   public AlignViewport(AlignmentI al, HiddenColumns hiddenColumns)
 158   {
 159     super(al);
 160     if (hiddenColumns != null)
 161     {
 162       al.setHiddenColumns(hiddenColumns);
 163     }
 164     init();
 165   }
 166
 167   /**
 168    * New viewport with hidden columns and an existing sequence set id
 169    *
 170    * @param al
 171    * @param hiddenColumns
 172    * @param seqsetid
 173    *          (may be null)
 174    */
 175   public AlignViewport(AlignmentI al, HiddenColumns hiddenColumns,
 176           String seqsetid)
 177   {
 178     this(al, hiddenColumns, seqsetid, null);
 179   }
 180
 181   /**
 182    * New viewport with hidden columns and an existing sequence set id and viewid
 183    *
 184    * @param al
 185    * @param hiddenColumns
 186    * @param seqsetid
 187    *          (may be null)
 188    * @param viewid
 189    *          (may be null)
 190    */
 191   public AlignViewport(AlignmentI al, HiddenColumns hiddenColumns,
 192           String seqsetid, String viewid)
 193   {
 194     super(al);
 195     sequenceSetID = seqsetid;
 196     viewId = viewid;
 197     // TODO remove these once 2.4.VAMSAS release finished
 198     if (seqsetid != null)
 199     {
 200       Console.debug(
 201               "Setting viewport's sequence set id : " + sequenceSetID);
 202     }
 203     if (viewId != null)
 204     {
 205       Console.debug("Setting viewport's view id : " + viewId);
 206     }
 207
 208     if (hiddenColumns != null)
 209     {
 210       al.setHiddenColumns(hiddenColumns);
 211     }
 212     init();
 213   }
 214
 215   /**
 216    * Apply any settings saved in user preferences
 217    */
 218   private void applyViewProperties()
 219   {
 220     antiAlias = Cache.getDefault("ANTI_ALIAS", true);
 221
 222     viewStyle.setShowJVSuffix(Cache.getDefault("SHOW_JVSUFFIX", true));
 223     setShowAnnotation(Cache.getDefault("SHOW_ANNOTATIONS", true));
 224
 225     setRightAlignIds(Cache.getDefault("RIGHT_ALIGN_IDS", false));
 226     setCentreColumnLabels(Cache.getDefault("CENTRE_COLUMN_LABELS", false));
 227     autoCalculateConsensus = Cache.getDefault("AUTO_CALC_CONSENSUS", true);
 228
 229     setPadGaps(Cache.getDefault("PAD_GAPS", true));
 230     setShowNPFeats(Cache.getDefault("SHOW_NPFEATS_TOOLTIP", true));
 231     setShowDBRefs(Cache.getDefault("SHOW_DBREFS_TOOLTIP", true));
 232     viewStyle.setSeqNameItalics(Cache.getDefault("ID_ITALICS", true));
 233     viewStyle.setWrapAlignment(Cache.getDefault("WRAP_ALIGNMENT", false));
 234     viewStyle.setShowUnconserved(
 235             Cache.getDefault("SHOW_UNCONSERVED", false));
 236     sortByTree = Cache.getDefault("SORT_BY_TREE", false);
 237     followSelection = Cache.getDefault("FOLLOW_SELECTIONS", true);
 238     sortAnnotationsBy = SequenceAnnotationOrder
 239             .valueOf(Cache.getDefault(Preferences.SORT_ANNOTATIONS,
 240                     SequenceAnnotationOrder.NONE.name()));
 241     showAutocalculatedAbove = Cache
 242             .getDefault(Preferences.SHOW_AUTOCALC_ABOVE, false);
 243     viewStyle.setScaleProteinAsCdna(
 244             Cache.getDefault(Preferences.SCALE_PROTEIN_TO_CDNA, true));
 245   }
 246
 247   void init()
 248   {
 249     applyViewProperties();
 250
 251     String fontName = Cache.getDefault("FONT_NAME", "SansSerif");
 252     String fontStyle = Cache.getDefault("FONT_STYLE", Font.PLAIN + "");
 253     String fontSize = Cache.getDefault("FONT_SIZE", "10");
 254
 255     int style = 0;
 256
 257     if (fontStyle.equals("bold"))
 258     {
 259       style = 1;
 260     }
 261     else if (fontStyle.equals("italic"))
 262     {
 263       style = 2;
 264     }
 265
 266     setFont(new Font(fontName, style, Integer.parseInt(fontSize)), true);
 267
 268     alignment
 269             .setGapCharacter(Cache.getDefault("GAP_SYMBOL", "-").charAt(0));
 270
 271     // We must set conservation and consensus before setting colour,
 272     // as Blosum and Clustal require this to be done
 273     if (hconsensus == null && !isDataset)
 274     {
 275       if (!alignment.isNucleotide())
 276       {
 277         showConservation = Cache.getDefault("SHOW_CONSERVATION", true);
 278         showQuality = Cache.getDefault("SHOW_QUALITY", true);
 279         showGroupConservation = Cache.getDefault("SHOW_GROUP_CONSERVATION",
 280                 false);
 281       }
 282       showConsensusHistogram = Cache.getDefault("SHOW_CONSENSUS_HISTOGRAM",
 283               true);
 284       showSequenceLogo = Cache.getDefault("SHOW_CONSENSUS_LOGO", false);
 285       normaliseSequenceLogo = Cache.getDefault("NORMALISE_CONSENSUS_LOGO",
 286               false);
 287       showGroupConsensus = Cache.getDefault("SHOW_GROUP_CONSENSUS", false);
 288       showConsensus = Cache.getDefault("SHOW_IDENTITY", true);
 289
 290       showOccupancy = Cache.getDefault(Preferences.SHOW_OCCUPANCY, true);
 291     }
 292     initAutoAnnotation();
 293     String colourProperty = alignment.isNucleotide()
 294             ? Preferences.DEFAULT_COLOUR_NUC
 295             : Preferences.DEFAULT_COLOUR_PROT;
 296     String schemeName = Cache.getProperty(colourProperty);
 297     if (schemeName == null)
 298     {
 299       // only DEFAULT_COLOUR available in Jalview before 2.9
 300       schemeName = Cache.getDefault(Preferences.DEFAULT_COLOUR,
 301               ResidueColourScheme.NONE);
 302     }
 303     ColourSchemeI colourScheme = ColourSchemeProperty.getColourScheme(this,
 304             alignment, schemeName);
 305     residueShading = new ResidueShader(colourScheme);
 306
 307     if (colourScheme instanceof UserColourScheme)
 308     {
 309       residueShading = new ResidueShader(
 310               UserDefinedColours.loadDefaultColours());
 311       residueShading.setThreshold(0, isIgnoreGapsConsensus());
 312     }
 313
 314     if (residueShading != null)
 315     {
 316       residueShading.setConsensus(hconsensus);
 317     }
 318     setColourAppliesToAllGroups(true);
 319   }
 320
 321   boolean validCharWidth;
 322
 323   /**
 324    * {@inheritDoc}
 325    */
 326   @Override
 327   public void setFont(Font f, boolean setGrid)
 328   {
 329     font = f;
 330
 331     Container c = new Container();
 332
 333     if (setGrid)
 334     {
 335       FontMetrics fm = c.getFontMetrics(font);
 336       int ww = fm.charWidth('M');
 337       setCharHeight(fm.getHeight());
 338       setCharWidth(ww);
 339     }
 340     viewStyle.setFontName(font.getName());
 341     viewStyle.setFontStyle(font.getStyle());
 342     viewStyle.setFontSize(font.getSize());
 343
 344     validCharWidth = true;
 345   }
 346
 347   @Override
 348   public void setViewStyle(ViewStyleI settingsForView)
 349   {
 350     super.setViewStyle(settingsForView);
 351     setFont(new Font(viewStyle.getFontName(), viewStyle.getFontStyle(),
 352             viewStyle.getFontSize()), false);
 353   }
 354
 355   /**
 356    * DOCUMENT ME!
 357    *
 358    * @return DOCUMENT ME!
 359    */
 360   public Font getFont()
 361   {
 362     return font;
 363   }
 364
 365   /**
 366    * DOCUMENT ME!
 367    *
 368    * @param align
 369    *          DOCUMENT ME!
 370    */
 371   @Override
 372   public void setAlignment(AlignmentI align)
 373   {
 374     replaceMappings(align);
 375     super.setAlignment(align);
 376   }
 377
 378   /**
 379    * Replace any codon mappings for this viewport with those for the given
 380    * viewport
 381    *
 382    * @param align
 383    */
 384   public void replaceMappings(AlignmentI align)
 385   {
 386
 387     /*
 388      * Deregister current mappings (if any)
 389      */
 390     deregisterMappings();
 391
 392     /*
 393      * Register new mappings (if any)
 394      */
 395     if (align != null)
 396     {
 397       StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
 398               .getStructureSelectionManager(Desktop.instance);
 399       ssm.registerMappings(align.getCodonFrames());
 400     }
 401
 402     /*
 403      * replace mappings on our alignment
 404      */
 405     if (alignment != null && align != null)
 406     {
 407       alignment.setCodonFrames(align.getCodonFrames());
 408     }
 409   }
 410
 411   protected void deregisterMappings()
 412   {
 413     AlignmentI al = getAlignment();
 414     if (al != null)
 415     {
 416       List<AlignedCodonFrame> mappings = al.getCodonFrames();
 417       if (mappings != null)
 418       {
 419         StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
 420                 .getStructureSelectionManager(Desktop.instance);
 421         for (AlignedCodonFrame acf : mappings)
 422         {
 423           if (noReferencesTo(acf))
 424           {
 425             ssm.deregisterMapping(acf);
 426           }
 427         }
 428       }
 429     }
 430   }
 431
 432   /**
 433    * DOCUMENT ME!
 434    *
 435    * @return DOCUMENT ME!
 436    */
 437   @Override
 438   public char getGapCharacter()
 439   {
 440     return getAlignment().getGapCharacter();
 441   }
 442
 443   /**
 444    * DOCUMENT ME!
 445    *
 446    * @param gap
 447    *          DOCUMENT ME!
 448    */
 449   public void setGapCharacter(char gap)
 450   {
 451     if (getAlignment() != null)
 452     {
 453       getAlignment().setGapCharacter(gap);
 454     }
 455   }
 456
 457   /**
 458    * get hash of undo and redo list for the alignment
 459    *
 460    * @return long[] { historyList.hashCode, redoList.hashCode };
 461    */
 462   public long[] getUndoRedoHash()
 463   {
 464     // TODO: JAL-1126
 465     if (historyList == null || redoList == null)
 466     {
 467       return new long[] { -1, -1 };
 468     }
 469     return new long[] { historyList.hashCode(), this.redoList.hashCode() };
 470   }
 471
 472   /**
 473    * test if a particular set of hashcodes are different to the hashcodes for
 474    * the undo and redo list.
 475    *
 476    * @param undoredo
 477    *          the stored set of hashcodes as returned by getUndoRedoHash
 478    * @return true if the hashcodes differ (ie the alignment has been edited) or
 479    *         the stored hashcode array differs in size
 480    */
 481   public boolean isUndoRedoHashModified(long[] undoredo)
 482   {
 483     if (undoredo == null)
 484     {
 485       return true;
 486     }
 487     long[] cstate = getUndoRedoHash();
 488     if (cstate.length != undoredo.length)
 489     {
 490       return true;
 491     }
 492
 493     for (int i = 0; i < cstate.length; i++)
 494     {
 495       if (cstate[i] != undoredo[i])
 496       {
 497         return true;
 498       }
 499     }
 500     return false;
 501   }
 502
 503   public boolean followSelection = true;
 504
 505   /**
 506    * @return true if view selection should always follow the selections
 507    *         broadcast by other selection sources
 508    */
 509   public boolean getFollowSelection()
 510   {
 511     return followSelection;
 512   }
 513
 514   /**
 515    * Send the current selection to be broadcast to any selection listeners.
 516    */
 517   @Override
 518   public void sendSelection()
 519   {
 520     jalview.structure.StructureSelectionManager
 521             .getStructureSelectionManager(Desktop.instance)
 522             .sendSelection(new SequenceGroup(getSelectionGroup()),
 523                     new ColumnSelection(getColumnSelection()),
 524                     new HiddenColumns(getAlignment().getHiddenColumns()),
 525                     this);
 526   }
 527
 528   /**
 529    * return the alignPanel containing the given viewport. Use this to get the
 530    * components currently handling the given viewport.
 531    *
 532    * @param av
 533    * @return null or an alignPanel guaranteed to have non-null alignFrame
 534    *         reference
 535    */
 536   public AlignmentPanel getAlignPanel()
 537   {
 538     AlignmentPanel[] aps = PaintRefresher
 539             .getAssociatedPanels(this.getSequenceSetId());
 540     for (int p = 0; aps != null && p < aps.length; p++)
 541     {
 542       if (aps[p].av == this)
 543       {
 544         return aps[p];
 545       }
 546     }
 547     return null;
 548   }
 549
 550   public boolean getSortByTree()
 551   {
 552     return sortByTree;
 553   }
 554
 555   public void setSortByTree(boolean sort)
 556   {
 557     sortByTree = sort;
 558   }
 559
 560   /**
 561    * Returns the (Desktop) instance of the StructureSelectionManager
 562    */
 563   @Override
 564   public StructureSelectionManager getStructureSelectionManager()
 565   {
 566     return StructureSelectionManager
 567             .getStructureSelectionManager(Desktop.instance);
 568   }
 569
 570   @Override
 571   public boolean isNormaliseSequenceLogo()
 572   {
 573     return normaliseSequenceLogo;
 574   }
 575
 576   public void setNormaliseSequenceLogo(boolean state)
 577   {
 578     normaliseSequenceLogo = state;
 579   }
 580
 581   /**
 582    *
 583    * @return true if alignment characters should be displayed
 584    */
 585   @Override
 586   public boolean isValidCharWidth()
 587   {
 588     return validCharWidth;
 589   }
 590
 591   private Hashtable<String, AutoCalcSetting> calcIdParams = new Hashtable<>();
 592
 593   public AutoCalcSetting getCalcIdSettingsFor(String calcId)
 594   {
 595     return calcIdParams.get(calcId);
 596   }
 597
 598   public void setCalcIdSettingsFor(String calcId, AutoCalcSetting settings,
 599           boolean needsUpdate)
 600   {
 601     calcIdParams.put(calcId, settings);
 602     // TODO: create a restart list to trigger any calculations that need to be
 603     // restarted after load
 604     // calculator.getRegisteredWorkersOfClass(settings.getWorkerClass())
 605     if (needsUpdate)
 606     {
 607       Console.debug("trigger update for " + calcId);
 608     }
 609   }
 610
 611   /**
 612    * Method called when another alignment's edit (or possibly other) command is
 613    * broadcast to here.
 614    *
 615    * To allow for sequence mappings (e.g. protein to cDNA), we have to first
 616    * 'unwind' the command on the source sequences (in simulation, not in fact),
 617    * and then for each edit in turn:
 618    * <ul>
 619    * <li>compute the equivalent edit on the mapped sequences</li>
 620    * <li>apply the mapped edit</li>
 621    * <li>'apply' the source edit to the working copy of the source
 622    * sequences</li>
 623    * </ul>
 624    *
 625    * @param command
 626    * @param undo
 627    * @param ssm
 628    */
 629   @Override
 630   public void mirrorCommand(CommandI command, boolean undo,
 631           StructureSelectionManager ssm, VamsasSource source)
 632   {
 633     /*
 634      * Do nothing unless we are a 'complement' of the source. May replace this
 635      * with direct calls not via SSM.
 636      */
 637     if (source instanceof AlignViewportI
 638             && ((AlignViewportI) source).getCodingComplement() == this)
 639     {
 640       // ok to continue;
 641     }
 642     else
 643     {
 644       return;
 645     }
 646
 647     CommandI mappedCommand = ssm.mapCommand(command, undo, getAlignment(),
 648             getGapCharacter());
 649     if (mappedCommand != null)
 650     {
 651       AlignmentI[] views = getAlignPanel().alignFrame.getViewAlignments();
 652       mappedCommand.doCommand(views);
 653       getAlignPanel().alignmentChanged();
 654     }
 655   }
 656
 657   /**
 658    * Add the sequences from the given alignment to this viewport. Optionally,
 659    * may give the user the option to open a new frame, or split panel, with cDNA
 660    * and protein linked.
 661    *
 662    * @param toAdd
 663    * @param title
 664    */
 665   public void addAlignment(AlignmentI toAdd, String title)
 666   {
 667     // TODO: promote to AlignViewportI? applet CutAndPasteTransfer is different
 668
 669     // JBPComment: title is a largely redundant parameter at the moment
 670     // JBPComment: this really should be an 'insert/pre/append' controller
 671     // JBPComment: but the DNA/Protein check makes it a bit more complex
 672
 673     // refactored from FileLoader / CutAndPasteTransfer / SequenceFetcher with
 674     // this comment:
 675     // TODO: create undo object for this JAL-1101
 676
 677     /*
 678      * Ensure datasets are created for the new alignment as
 679      * mappings operate on dataset sequences
 680      */
 681     toAdd.setDataset(null);
 682
 683     /*
 684      * Check if any added sequence could be the object of a mapping or
 685      * cross-reference; if so, make the mapping explicit
 686      */
 687     getAlignment().realiseMappings(toAdd.getSequences());
 688
 689     /*
 690      * If any cDNA/protein mappings exist or can be made between the alignments,
 691      * offer to open a split frame with linked alignments
 692      */
 693     if (Cache.getDefault(Preferences.ENABLE_SPLIT_FRAME, true))
 694     {
 695       if (AlignmentUtils.isMappable(toAdd, getAlignment()))
 696       {
 697         openLinkedAlignment(toAdd, title);
 698         return;
 699       }
 700     }
 701     addDataToAlignment(toAdd);
 702   }
 703
 704   /**
 705    * adds sequences to this alignment
 706    *
 707    * @param toAdd
 708    */
 709   void addDataToAlignment(AlignmentI toAdd)
 710   {
 711     // TODO: JAL-407 regardless of above - identical sequences (based on ID and
 712     // provenance) should share the same dataset sequence
 713
 714     AlignmentI al = getAlignment();
 715     String gap = String.valueOf(al.getGapCharacter());
 716     for (int i = 0; i < toAdd.getHeight(); i++)
 717     {
 718       SequenceI seq = toAdd.getSequenceAt(i);
 719       /*
 720        * experimental!
 721        * - 'align' any mapped sequences as per existing
 722        *    e.g. cdna to genome, domain hit to protein sequence
 723        * very experimental! (need a separate menu option for this)
 724        * - only add mapped sequences ('select targets from a dataset')
 725        */
 726       if (true /*AlignmentUtils.alignSequenceAs(seq, al, gap, true, true)*/)
 727       {
 728         al.addSequence(seq);
 729       }
 730     }
 731     for (ContactMatrixI cm : toAdd.getContactMaps())
 732     {
 733       al.addContactList(cm);
 734     }
 735     ranges.setEndSeq(getAlignment().getHeight() - 1); // BH 2019.04.18
 736     firePropertyChange("alignment", null, getAlignment().getSequences());
 737   }
 738
 739   /**
 740    * Load a File into this AlignViewport attempting to detect format if not
 741    * given or given as null.
 742    *
 743    * @param file
 744    * @param format
 745    */
 746   public void addFile(File file, FileFormatI format)
 747   {
 748     DataSourceType protocol = AppletFormatAdapter.checkProtocol(file);
 749
 750     if (format == null)
 751     {
 752       try
 753       {
 754         format = new IdentifyFile().identify(file, protocol);
 755       } catch (FileFormatException e1)
 756       {
 757         jalview.bin.Console.error("Unknown file format for '" + file + "'");
 758       }
 759     }
 760     else if (FileFormats.getInstance().isIdentifiable(format))
 761     {
 762       try
 763       {
 764         format = new IdentifyFile().identify(file, protocol);
 765       } catch (FileFormatException e)
 766       {
 767         jalview.bin.Console.error("Unknown file format for '" + file + "'",
 768                 e);
 769       }
 770     }
 771
 772     new FileLoader().LoadFile(this, file, DataSourceType.FILE, format);
 773   }
 774
 775   public void addFile(File file)
 776   {
 777     addFile(file, null);
 778   }
 779
 780   /**
 781    * Show a dialog with the option to open and link (cDNA <-> protein) as a new
 782    * alignment, either as a standalone alignment or in a split frame. Returns
 783    * true if the new alignment was opened, false if not, because the user
 784    * declined the offer.
 785    *
 786    * @param al
 787    * @param title
 788    */
 789   protected void openLinkedAlignment(AlignmentI al, String title)
 790   {
 791     String[] options = new String[] { MessageManager.getString("action.no"),
 792         MessageManager.getString("label.split_window"),
 793         MessageManager.getString("label.new_window"), };
 794     final String question = JvSwingUtils.wrapTooltip(true,
 795             MessageManager.getString("label.open_split_window?"));
 796     final AlignViewport us = this;
 797
 798     /*
 799      * options No, Split Window, New Window correspond to
 800      * dialog responses 0, 1, 2 (even though JOptionPane shows them
 801      * in reverse order)
 802      */
 803     JvOptionPane dialog = JvOptionPane.newOptionDialog(Desktop.desktop)
 804             .setResponseHandler(0, new Runnable()
 805             {
 806               @Override
 807               public void run()
 808               {
 809                 addDataToAlignment(al);
 810               }
 811             }).setResponseHandler(1, new Runnable()
 812             {
 813               @Override
 814               public void run()
 815               {
 816                 us.openLinkedAlignmentAs(al, title, true);
 817               }
 818             }).setResponseHandler(2, new Runnable()
 819             {
 820               @Override
 821               public void run()
 822               {
 823                 us.openLinkedAlignmentAs(al, title, false);
 824               }
 825             });
 826     dialog.showDialog(question,
 827             MessageManager.getString("label.open_split_window"),
 828             JvOptionPane.DEFAULT_OPTION, JvOptionPane.PLAIN_MESSAGE, null,
 829             options, options[0]);
 830   }
 831
 832   protected void openLinkedAlignmentAs(AlignmentI al, String title,
 833           boolean newWindowOrSplitPane)
 834   {
 835     /*
 836      * Identify protein and dna alignments. Make a copy of this one if opening
 837      * in a new split pane.
 838      */
 839     AlignmentI thisAlignment = newWindowOrSplitPane
 840             ? new Alignment(getAlignment())
 841             : getAlignment();
 842     AlignmentI protein = al.isNucleotide() ? thisAlignment : al;
 843     final AlignmentI cdna = al.isNucleotide() ? al : thisAlignment;
 844
 845     /*
 846      * Map sequences. At least one should get mapped as we have already passed
 847      * the test for 'mappability'. Any mappings made will be added to the
 848      * protein alignment. Note creating dataset sequences on the new alignment
 849      * is a pre-requisite for building mappings.
 850      */
 851     al.setDataset(null);
 852     AlignmentUtils.mapProteinAlignmentToCdna(protein, cdna);
 853
 854     /*
 855      * Create the AlignFrame for the added alignment. If it is protein, mappings
 856      * are registered with StructureSelectionManager as a side-effect.
 857      */
 858     AlignFrame newAlignFrame = new AlignFrame(al, AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 859             AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 860     newAlignFrame.setTitle(title);
 861     newAlignFrame.setStatus(MessageManager
 862             .formatMessage("label.successfully_loaded_file", new Object[]
 863             { title }));
 864
 865     // TODO if we want this (e.g. to enable reload of the alignment from file),
 866     // we will need to add parameters to the stack.
 867     // if (!protocol.equals(DataSourceType.PASTE))
 868     // {
 869     // alignFrame.setFileName(file, format);
 870     // }
 871
 872     if (!newWindowOrSplitPane)
 873     {
 874       Desktop.addInternalFrame(newAlignFrame, title,
 875               AlignFrame.DEFAULT_WIDTH, AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 876     }
 877
 878     try
 879     {
 880       newAlignFrame.setMaximum(Cache.getDefault("SHOW_FULLSCREEN", false));
 881     } catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
 882     {
 883     }
 884
 885     if (newWindowOrSplitPane)
 886     {
 887       al.alignAs(thisAlignment);
 888       protein = openSplitFrame(newAlignFrame, thisAlignment);
 889     }
 890   }
 891
 892   /**
 893    * Helper method to open a new SplitFrame holding linked dna and protein
 894    * alignments.
 895    *
 896    * @param newAlignFrame
 897    *          containing a new alignment to be shown
 898    * @param complement
 899    *          cdna/protein complement alignment to show in the other split half
 900    * @return the protein alignment in the split frame
 901    */
 902   protected AlignmentI openSplitFrame(AlignFrame newAlignFrame,
 903           AlignmentI complement)
 904   {
 905     /*
 906      * Make a new frame with a copy of the alignment we are adding to. If this
 907      * is protein, the mappings to cDNA will be registered with
 908      * StructureSelectionManager as a side-effect.
 909      */
 910     AlignFrame copyMe = new AlignFrame(complement, AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 911             AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 912     copyMe.setTitle(getAlignPanel().alignFrame.getTitle());
 913
 914     AlignmentI al = newAlignFrame.viewport.getAlignment();
 915     final AlignFrame proteinFrame = al.isNucleotide() ? copyMe
 916             : newAlignFrame;
 917     final AlignFrame cdnaFrame = al.isNucleotide() ? newAlignFrame : copyMe;
 918     cdnaFrame.setVisible(true);
 919     proteinFrame.setVisible(true);
 920     String linkedTitle = MessageManager
 921             .getString("label.linked_view_title");
 922
 923     /*
 924      * Open in split pane. DNA sequence above, protein below.
 925      */
 926     JInternalFrame splitFrame = new SplitFrame(cdnaFrame, proteinFrame);
 927     Desktop.addInternalFrame(splitFrame, linkedTitle, -1, -1);
 928
 929     return proteinFrame.viewport.getAlignment();
 930   }
 931
 932   public AnnotationColumnChooser getAnnotationColumnSelectionState()
 933   {
 934     return annotationColumnSelectionState;
 935   }
 936
 937   public void setAnnotationColumnSelectionState(
 938           AnnotationColumnChooser currentAnnotationColumnSelectionState)
 939   {
 940     this.annotationColumnSelectionState = currentAnnotationColumnSelectionState;
 941   }
 942
 943   @Override
 944   public void setIdWidth(int i)
 945   {
 946     super.setIdWidth(i);
 947     AlignmentPanel ap = getAlignPanel();
 948     if (ap != null)
 949     {
 950       // modify GUI elements to reflect geometry change
 951       Dimension idw = ap.getIdPanel().getIdCanvas().getPreferredSize();
 952       idw.width = i;
 953       ap.getIdPanel().getIdCanvas().setPreferredSize(idw);
 954     }
 955   }
 956
 957   public Rectangle getExplodedGeometry()
 958   {
 959     return explodedGeometry;
 960   }
 961
 962   public void setExplodedGeometry(Rectangle explodedPosition)
 963   {
 964     this.explodedGeometry = explodedPosition;
 965   }
 966
 967   public boolean isGatherViewsHere()
 968   {
 969     return gatherViewsHere;
 970   }
 971
 972   public void setGatherViewsHere(boolean gatherViewsHere)
 973   {
 974     this.gatherViewsHere = gatherViewsHere;
 975   }
 976
 977   /**
 978    * If this viewport has a (Protein/cDNA) complement, then scroll the
 979    * complementary alignment to match this one.
 980    */
 981   public void scrollComplementaryAlignment()
 982   {
 983     /*
 984      * Populate a SearchResults object with the mapped location to scroll to. If
 985      * there is no complement, or it is not following highlights, or no mapping
 986      * is found, the result will be empty.
 987      */
 988     SearchResultsI sr = new SearchResults();
 989     int verticalOffset = findComplementScrollTarget(sr);
 990     if (!sr.isEmpty())
 991     {
 992       // TODO would like next line without cast but needs more refactoring...
 993       final AlignmentPanel complementPanel = ((AlignViewport) getCodingComplement())
 994               .getAlignPanel();
 995       complementPanel.setToScrollComplementPanel(false);
 996       complementPanel.scrollToCentre(sr, verticalOffset);
 997       complementPanel.setToScrollComplementPanel(true);
 998     }
 999   }
1000
1001   /**
1002    * Answers true if no alignment holds a reference to the given mapping
1003    *
1004    * @param acf
1005    * @return
1006    */
1007   protected boolean noReferencesTo(AlignedCodonFrame acf)
1008   {
1009     AlignFrame[] frames = Desktop.getAlignFrames();
1010     if (frames == null)
1011     {
1012       return true;
1013     }
1014     for (AlignFrame af : frames)
1015     {
1016       if (!af.isClosed())
1017       {
1018         for (AlignmentViewPanel ap : af.getAlignPanels())
1019         {
1020           AlignmentI al = ap.getAlignment();
1021           if (al != null && al.getCodonFrames().contains(acf))
1022           {
1023             return false;
1024           }
1025         }
1026       }
1027     }
1028     return true;
1029   }
1030
1031   /**
1032    * Applies the supplied feature settings descriptor to currently known
1033    * features. This supports an 'initial configuration' of feature colouring
1034    * based on a preset or user favourite. This may then be modified in the usual
1035    * way using the Feature Settings dialogue.
1036    *
1037    * @param featureSettings
1038    */
1039   @Override
1040   public void applyFeaturesStyle(FeatureSettingsModelI featureSettings)
1041   {
1042     transferFeaturesStyles(featureSettings, false);
1043   }
1044
1045   /**
1046    * Applies the supplied feature settings descriptor to currently known
1047    * features. This supports an 'initial configuration' of feature colouring
1048    * based on a preset or user favourite. This may then be modified in the usual
1049    * way using the Feature Settings dialogue.
1050    *
1051    * @param featureSettings
1052    */
1053   @Override
1054   public void mergeFeaturesStyle(FeatureSettingsModelI featureSettings)
1055   {
1056     transferFeaturesStyles(featureSettings, true);
1057   }
1058
1059   /**
1060    * when mergeOnly is set, then group and feature visibility or feature colours
1061    * are not modified for features and groups already known to the feature
1062    * renderer. Feature ordering is always adjusted, and transparency is always
1063    * set regardless.
1064    *
1065    * @param featureSettings
1066    * @param mergeOnly
1067    */
1068   private void transferFeaturesStyles(FeatureSettingsModelI featureSettings,
1069           boolean mergeOnly)
1070   {
1071     if (featureSettings == null)
1072     {
1073       return;
1074     }
1075
1076     FeatureRenderer fr = getAlignPanel().getSeqPanel().seqCanvas
1077             .getFeatureRenderer();
1078     List<String> origRenderOrder = new ArrayList<>();
1079     List<String> origGroups = new ArrayList<>();
1080     // preserve original render order - allows differentiation between user
1081     // configured colours and autogenerated ones
1082     origRenderOrder.addAll(fr.getRenderOrder());
1083     origGroups.addAll(fr.getFeatureGroups());
1084
1085     fr.findAllFeatures(true);
1086     List<String> renderOrder = fr.getRenderOrder();
1087     FeaturesDisplayedI displayed = fr.getFeaturesDisplayed();
1088     if (!mergeOnly)
1089     {
1090       // only clear displayed features if we are mergeing
1091       // displayed.clear();
1092     }
1093     // TODO this clears displayed.featuresRegistered - do we care?
1094     //
1095     // JAL-3330 - JBP - yes we do - calling applyFeatureStyle to a view where
1096     // feature visibility has already been configured is not very friendly
1097     /*
1098      * set feature colour if specified by feature settings
1099      * set visibility of all features
1100      */
1101     for (String type : renderOrder)
1102     {
1103       FeatureColourI preferredColour = featureSettings
1104               .getFeatureColour(type);
1105       FeatureColourI origColour = fr.getFeatureStyle(type);
1106       if (!mergeOnly || (!origRenderOrder.contains(type)
1107               || origColour == null
1108               || (!origColour.isGraduatedColour()
1109                       && origColour.getColour() != null
1110                       && origColour.getColour().equals(
1111                               ColorUtils.createColourFromName(type)))))
1112       {
1113         // if we are merging, only update if there wasn't already a colour
1114         // defined for
1115         // this type
1116         if (preferredColour != null)
1117         {
1118           fr.setColour(type, preferredColour);
1119         }
1120         if (featureSettings.isFeatureDisplayed(type))
1121         {
1122           displayed.setVisible(type);
1123         }
1124         else if (featureSettings.isFeatureHidden(type))
1125         {
1126           displayed.setHidden(type);
1127         }
1128       }
1129     }
1130
1131     /*
1132      * set visibility of feature groups
1133      */
1134     for (String group : fr.getFeatureGroups())
1135     {
1136       if (!mergeOnly || !origGroups.contains(group))
1137       {
1138         // when merging, display groups only if the aren't already marked as not
1139         // visible
1140         fr.setGroupVisibility(group,
1141                 featureSettings.isGroupDisplayed(group));
1142       }
1143     }
1144
1145     /*
1146      * order the features
1147      */
1148     if (featureSettings.optimiseOrder())
1149     {
1150       // TODO not supported (yet?)
1151     }
1152     else
1153     {
1154       fr.orderFeatures(featureSettings);
1155     }
1156     fr.setTransparency(featureSettings.getTransparency());
1157
1158     fr.notifyFeaturesChanged();
1159   }
1160
1161   public String getViewName()
1162   {
1163     return viewName;
1164   }
1165
1166   public void setViewName(String viewName)
1167   {
1168     this.viewName = viewName;
1169   }
1170 }