src/jalview/gui/AlignViewport.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import java.awt.*;\r
   4 import jalview.io.*;\r
   5 import jalview.analysis.NJTree;\r
   6 import jalview.datamodel.*;\r
   7 import java.util.*;\r
   8 \r
   9 public class AlignViewport\r
  10 {\r
  11   int startRes;\r
  12   int endRes;\r
  13 \r
  14   int startSeq;\r
  15   int endSeq;\r
  16 \r
  17   boolean showScores=false;\r
  18   boolean showText=true;\r
  19   boolean showColourText=false;\r
  20   boolean showBoxes=true;\r
  21   boolean wrapAlignment=false;\r
  22   boolean renderGaps = false;\r
  23 \r
  24   boolean groupEdit    = false;\r
  25 \r
  26   RendererI renderer = new SequenceRenderer();\r
  27 \r
  28   int             charHeight;\r
  29   double          charWidth;\r
  30   int             chunkWidth;\r
  31   int             chunkHeight;\r
  32 \r
  33   Color           backgroundColour;\r
  34 \r
  35   Font            font = new Font("SansSerif",Font.PLAIN,10);\r
  36   AlignmentI      alignment;\r
  37 \r
  38   Selection       sel    = new Selection();\r
  39   ColumnSelection colSel = new ColumnSelection();\r
  40 \r
  41   OutputGenerator og;\r
  42 \r
  43   String visibleConsensus;\r
  44 \r
  45   int threshold;\r
  46   int increment;\r
  47 \r
  48   NJTree currentTree = null;\r
  49 \r
  50   int window   = 50;\r
  51   int baseline = 30;\r
  52 \r
  53   Vector kmers;\r
  54 \r
  55   public AlignViewport(AlignmentI da,\r
  56                        boolean showScores,\r
  57                        boolean showText,\r
  58                        boolean showBoxes,\r
  59                        boolean wrapAlignment) {\r
  60     this(0,da.getWidth()-1,0,da.getHeight()-1,showScores,\r
  61          showText,\r
  62          showBoxes,\r
  63          wrapAlignment);\r
  64 \r
  65     setAlignment(da);\r
  66   }\r
  67 \r
  68   public AlignViewport(int startRes, int endRes,\r
  69                        int startSeq, int endSeq,\r
  70                        boolean showScores,\r
  71                        boolean showText,\r
  72                        boolean showBoxes,\r
  73                        boolean wrapAlignment) {\r
  74 \r
  75     this.startRes = startRes;\r
  76     this.endRes   = endRes;\r
  77     this.startSeq = startSeq;\r
  78     this.endSeq   = endSeq;\r
  79 \r
  80     this.showScores    = showScores;\r
  81     this.showText      = showText;\r
  82     this.showBoxes     = showBoxes;\r
  83     this.wrapAlignment = wrapAlignment;\r
  84 \r
  85    // og  = new AlignmentOutputGenerator(this);\r
  86 \r
  87     setFont( font );\r
  88  }\r
  89 \r
  90   public AlignViewport(int startRes, int endRes,\r
  91                        int startSeq, int endSeq,\r
  92                        boolean showScores,\r
  93                        boolean showText,\r
  94                        boolean showBoxes,\r
  95                        boolean wrapAlignment,\r
  96                        Color backgroundColour) {\r
  97     this(startRes,endRes,startSeq,endSeq,showScores,showText,showBoxes,wrapAlignment);\r
  98 \r
  99     this.backgroundColour = backgroundColour;\r
 100   }\r
 101 \r
 102 \r
 103   public String getVisibleConsensus()\r
 104   {\r
 105     return visibleConsensus;\r
 106   }\r
 107 \r
 108   Vector consensus = new Vector();\r
 109   public Vector getConsensus(boolean recalculate)\r
 110   {\r
 111     if(recalculate || consensus.size()<1)\r
 112     {\r
 113       consensus = alignment.getAAFrequency();\r
 114       StringBuffer sb = new StringBuffer();\r
 115       Hashtable hash = null;\r
 116       for (int i = 0; i < consensus.size(); i++)\r
 117       {\r
 118         hash = (Hashtable) consensus.elementAt(i);\r
 119         sb.append(hash.get("maxResidue").toString().charAt(0));\r
 120       }\r
 121       visibleConsensus = sb.toString();\r
 122     }\r
 123 \r
 124 \r
 125     return consensus;\r
 126   }\r
 127 \r
 128 \r
 129   public int getStartRes() {\r
 130     return startRes;\r
 131   }\r
 132 \r
 133   public int getEndRes() {\r
 134     return endRes;\r
 135   }\r
 136 \r
 137   public int getStartSeq() {\r
 138     return startSeq;\r
 139   }\r
 140 \r
 141 \r
 142   public void setStartRes(int res) {\r
 143     this.startRes = res;\r
 144   }\r
 145   public void setStartSeq(int seq) {\r
 146     this.startSeq = seq;\r
 147   }\r
 148   public void setEndRes(int res) {\r
 149     if (res > alignment.getWidth()-1) {\r
 150       System.out.println(" Corrected res from " + res + " to maximum " + (alignment.getWidth()-1));\r
 151        res = alignment.getWidth() -1;\r
 152     }\r
 153     if (res < 0) {\r
 154       res = 0;\r
 155     }\r
 156     this.endRes = res;\r
 157   }\r
 158   public void setEndSeq(int seq) {\r
 159     if (seq > alignment.getHeight()) {\r
 160       seq = alignment.getHeight();\r
 161     }\r
 162     if (seq < 0) {\r
 163       seq = 0;\r
 164     }\r
 165     this.endSeq = seq;\r
 166   }\r
 167   public int getEndSeq() {\r
 168     return endSeq;\r
 169   }\r
 170 \r
 171   public void setFont(Font f) {\r
 172     font = f;\r
 173     javax.swing.JFrame temp = new javax.swing.JFrame();\r
 174     temp.addNotify();\r
 175     java.awt.FontMetrics fm = temp.getGraphics().getFontMetrics(font);\r
 176     setCharHeight(fm.getHeight());\r
 177     setCharWidth(fm.charWidth('M'));\r
 178   }\r
 179 \r
 180   public Font getFont() {\r
 181     return font;\r
 182   }\r
 183   public void setCharWidth(double w) {\r
 184     this.charWidth = w;\r
 185   }\r
 186   public double getCharWidth() {\r
 187     return charWidth;\r
 188   }\r
 189   public void setCharHeight(int h) {\r
 190     this.charHeight = h;\r
 191   }\r
 192   public int getCharHeight() {\r
 193     return charHeight;\r
 194   }\r
 195   public void setChunkWidth(int w) {\r
 196     this.chunkWidth = w;\r
 197   }\r
 198   public int getChunkWidth() {\r
 199     return chunkWidth;\r
 200   }\r
 201   public void setChunkHeight(int h) {\r
 202     this.chunkHeight = h;\r
 203   }\r
 204   public int getChunkHeight() {\r
 205     return chunkHeight;\r
 206   }\r
 207   public AlignmentI getAlignment() {\r
 208     return alignment;\r
 209   }\r
 210   public void setAlignment(AlignmentI align) {\r
 211     this.alignment = align;\r
 212   }\r
 213   public void setShowScores(boolean state) {\r
 214     showScores = state;\r
 215   }\r
 216   public void setWrapAlignment(boolean state) {\r
 217     wrapAlignment = state;\r
 218   }\r
 219   public void setShowText(boolean state) {\r
 220     showText = state;\r
 221   }\r
 222 \r
 223   public void setRenderGaps(boolean state){\r
 224     renderGaps = state;\r
 225     if(renderer instanceof SequenceRenderer)\r
 226     {\r
 227       SequenceRenderer sr = (SequenceRenderer)renderer;\r
 228       sr.renderGaps(state);\r
 229     }\r
 230   }\r
 231 \r
 232 \r
 233   public boolean getColourText()\r
 234   {\r
 235     return showColourText;\r
 236   }\r
 237 \r
 238   public void setColourText(boolean state)\r
 239   {\r
 240     showColourText = state;\r
 241   }\r
 242 \r
 243   public void setShowBoxes(boolean state) {\r
 244     showBoxes = state;\r
 245   }\r
 246   public boolean getShowScores() {\r
 247     return showScores;\r
 248   }\r
 249   public boolean getWrapAlignment() {\r
 250       return wrapAlignment;\r
 251   }\r
 252   public boolean getShowText() {\r
 253     return showText;\r
 254   }\r
 255   public boolean getShowBoxes() {\r
 256     return showBoxes;\r
 257   }\r
 258  // public CommandParser getCommandLog() {\r
 259  ///   return log;\r
 260  // }\r
 261   public boolean getGroupEdit() {\r
 262     return groupEdit;\r
 263   }\r
 264   public void setGroupEdit(boolean state) {\r
 265     groupEdit = state;\r
 266   }\r
 267   public char getGapCharacter() {\r
 268     return getAlignment().getGapCharacter();\r
 269   }\r
 270   public void setGapCharacter(char gap) {\r
 271     if (getAlignment() != null) {\r
 272       getAlignment().setGapCharacter(gap);\r
 273     }\r
 274   }\r
 275   public void setThreshold(int thresh) {\r
 276     threshold = thresh;\r
 277   }\r
 278   public int getThreshold() {\r
 279     return threshold;\r
 280   }\r
 281   public void setIncrement(int inc) {\r
 282     increment = inc;\r
 283   }\r
 284   public int getIncrement() {\r
 285     return increment;\r
 286   }\r
 287   public int getIndex(int y) {\r
 288     int y1     = 0;\r
 289     int starty = getStartSeq();\r
 290     int endy   = getEndSeq();\r
 291 \r
 292     for (int i = starty; i <= endy; i++) {\r
 293       if (i < alignment.getHeight() && alignment.getSequenceAt(i) != null) {\r
 294         int y2 = y1 + getCharHeight();\r
 295 \r
 296         if (y>=y1 && y <=y2) {\r
 297           return i;\r
 298         }\r
 299         y1  = y2;\r
 300       } else {\r
 301         return -1;\r
 302       }\r
 303     }\r
 304     return -1;\r
 305   }\r
 306   public Selection getSelection() {\r
 307     return sel;\r
 308   }\r
 309   public ColumnSelection getColumnSelection() {\r
 310     return colSel;\r
 311   }\r
 312   public OutputGenerator getOutputGenerator() {\r
 313     return og;\r
 314   }\r
 315   public void resetSeqLimits(int height) {\r
 316     setStartSeq(0);\r
 317     setEndSeq(height/getCharHeight());\r
 318   }\r
 319   public void setCurrentTree(NJTree tree) {\r
 320       currentTree = tree;\r
 321   }\r
 322   public NJTree getCurrentTree() {\r
 323     return currentTree;\r
 324   }\r
 325 \r
 326     public void setRenderer(RendererI rend) {\r
 327         this.renderer = rend;\r
 328     }\r
 329 \r
 330     public RendererI getRenderer() {\r
 331         return renderer;\r
 332     }\r
 333     public int getPIDWindow() {\r
 334         return window;\r
 335     }\r
 336     public void setPIDWindow(int window) {\r
 337         this.window = window;\r
 338     }\r
 339 \r
 340     public int getPIDBaseline() {\r
 341         return baseline;\r
 342     }\r
 343     public void setPIDBaseline(int baseline) {\r
 344         this.baseline = baseline;\r
 345     }\r
 346 \r
 347     public void setKmers(Vector kmers) {\r
 348         this.kmers = kmers;\r
 349     }\r
 350 \r
 351     public Vector getKmers() {\r
 352         return this.kmers;\r
 353     }\r
 354 \r
 355 \r
 356 }\r