src/jalview/gui/AlignmentPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import java.awt.BorderLayout;
  24 import java.awt.Color;
  25 import java.awt.Container;
  26 import java.awt.Dimension;
  27 import java.awt.Font;
  28 import java.awt.FontMetrics;
  29 import java.awt.Graphics;
  30 import java.awt.Graphics2D;
  31 import java.awt.event.AdjustmentEvent;
  32 import java.awt.event.AdjustmentListener;
  33 import java.awt.event.ComponentAdapter;
  34 import java.awt.event.ComponentEvent;
  35 import java.awt.print.PageFormat;
  36 import java.awt.print.Printable;
  37 import java.awt.print.PrinterException;
  38 import java.beans.PropertyChangeEvent;
  39 import java.beans.PropertyChangeListener;
  40 import java.io.File;
  41 import java.io.FileWriter;
  42 import java.io.PrintWriter;
  43 import java.util.List;
  44
  45 import javax.swing.SwingUtilities;
  46
  47 import jalview.analysis.AnnotationSorter;
  48 import jalview.api.AlignViewportI;
  49 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  50 import jalview.bin.Cache;
  51 import jalview.bin.Console;
  52 import jalview.bin.Jalview;
  53 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  54 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  55 import jalview.datamodel.SearchResultsI;
  56 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  57 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  58 import jalview.datamodel.SequenceI;
  59 import jalview.gui.ImageExporter.ImageWriterI;
  60 import jalview.io.HTMLOutput;
  61 import jalview.io.exceptions.ImageOutputException;
  62 import jalview.jbgui.GAlignmentPanel;
  63 import jalview.math.AlignmentDimension;
  64 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  65 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  66 import jalview.util.Comparison;
  67 import jalview.util.ImageMaker;
  68 import jalview.util.MessageManager;
  69 import jalview.util.imagemaker.BitmapImageSizing;
  70 import jalview.viewmodel.ViewportListenerI;
  71 import jalview.viewmodel.ViewportRanges;
  72
  73 /**
  74  * DOCUMENT ME!
  75  *
  76  * @author $author$
  77  * @version $Revision: 1.161 $
  78  */
  79 @SuppressWarnings("serial")
  80 public class AlignmentPanel extends GAlignmentPanel implements
  81         AdjustmentListener, Printable, AlignmentViewPanel, ViewportListenerI
  82 {
  83   /*
  84    * spare space in pixels between sequence id and alignment panel
  85    */
  86   private static final int ID_WIDTH_PADDING = 4;
  87
  88   public AlignViewport av;
  89
  90   OverviewPanel overviewPanel;
  91
  92   private SeqPanel seqPanel;
  93
  94   private IdPanel idPanel;
  95
  96   IdwidthAdjuster idwidthAdjuster;
  97
  98   public AlignFrame alignFrame;
  99
 100   private ScalePanel scalePanel;
 101
 102   private AnnotationPanel annotationPanel;
 103
 104   private AnnotationLabels alabels;
 105
 106   private int hextent = 0;
 107
 108   private int vextent = 0;
 109
 110   /*
 111    * Flag set while scrolling to follow complementary cDNA/protein scroll. When
 112    * false, suppresses invoking the same method recursively.
 113    */
 114   private boolean scrollComplementaryPanel = true;
 115
 116   private PropertyChangeListener propertyChangeListener;
 117
 118   private CalculationChooser calculationDialog;
 119
 120   /**
 121    * Creates a new AlignmentPanel object.
 122    *
 123    * @param af
 124    * @param av
 125    */
 126   public AlignmentPanel(AlignFrame af, final AlignViewport av)
 127   {
 128     // setBackground(Color.white); // BH 2019
 129     alignFrame = af;
 130     this.av = av;
 131     setSeqPanel(new SeqPanel(av, this));
 132     setIdPanel(new IdPanel(av, this));
 133
 134     setScalePanel(new ScalePanel(av, this));
 135
 136     idPanelHolder.add(getIdPanel(), BorderLayout.CENTER);
 137     idwidthAdjuster = new IdwidthAdjuster(this);
 138     idSpaceFillerPanel1.add(idwidthAdjuster, BorderLayout.CENTER);
 139
 140     setAnnotationPanel(new AnnotationPanel(this));
 141     setAlabels(new AnnotationLabels(this));
 142
 143     annotationScroller.setViewportView(getAnnotationPanel());
 144     annotationSpaceFillerHolder.add(getAlabels(), BorderLayout.CENTER);
 145
 146     scalePanelHolder.add(getScalePanel(), BorderLayout.CENTER);
 147     seqPanelHolder.add(getSeqPanel(), BorderLayout.CENTER);
 148
 149     setScrollValues(0, 0);
 150
 151     hscroll.addAdjustmentListener(this);
 152     vscroll.addAdjustmentListener(this);
 153
 154     addComponentListener(new ComponentAdapter()
 155     {
 156       @Override
 157       public void componentResized(ComponentEvent evt)
 158       {
 159         // reset the viewport ranges when the alignment panel is resized
 160         // in particular, this initialises the end residue value when Jalview
 161         // is initialised
 162         ViewportRanges ranges = av.getRanges();
 163         if (av.getWrapAlignment())
 164         {
 165           int widthInRes = getSeqPanel().seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(
 166                   getSeqPanel().seqCanvas.getWidth());
 167           ranges.setViewportWidth(widthInRes);
 168         }
 169         else
 170         {
 171           int widthInRes = getSeqPanel().seqCanvas.getWidth()
 172                   / av.getCharWidth();
 173           int heightInSeq = getSeqPanel().seqCanvas.getHeight()
 174                   / av.getCharHeight();
 175
 176           ranges.setViewportWidth(widthInRes);
 177           ranges.setViewportHeight(heightInSeq);
 178         }
 179       }
 180
 181     });
 182
 183     final AlignmentPanel ap = this;
 184     propertyChangeListener = new PropertyChangeListener()
 185     {
 186       @Override
 187       public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
 188       {
 189         if (evt.getPropertyName().equals("alignment"))
 190         {
 191           PaintRefresher.Refresh(ap, av.getSequenceSetId(), true, true);
 192           alignmentChanged();
 193         }
 194       }
 195     };
 196     av.addPropertyChangeListener(propertyChangeListener);
 197
 198     av.getRanges().addPropertyChangeListener(this);
 199     fontChanged();
 200     adjustAnnotationHeight();
 201     updateLayout();
 202   }
 203
 204   @Override
 205   public AlignViewportI getAlignViewport()
 206   {
 207     return av;
 208   }
 209
 210   public void alignmentChanged()
 211   {
 212     av.alignmentChanged(this);
 213
 214     if (getCalculationDialog() != null)
 215     {
 216       getCalculationDialog().validateCalcTypes();
 217     }
 218
 219     alignFrame.updateEditMenuBar();
 220
 221     // no idea if we need to update structure
 222     paintAlignment(true, true);
 223
 224   }
 225
 226   /**
 227    * DOCUMENT ME!
 228    */
 229   public void fontChanged()
 230   {
 231     // set idCanvas bufferedImage to null
 232     // to prevent drawing old image
 233     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 234
 235     // update the flag controlling whether the grid is too small to render the
 236     // font
 237     av.validCharWidth = fm.charWidth('M') <= av.getCharWidth();
 238
 239     scalePanelHolder.setPreferredSize(
 240             new Dimension(10, av.getCharHeight() + fm.getDescent()));
 241     idSpaceFillerPanel1.setPreferredSize(
 242             new Dimension(10, av.getCharHeight() + fm.getDescent()));
 243     idwidthAdjuster.invalidate();
 244     scalePanelHolder.invalidate();
 245     // BH 2018 getIdPanel().getIdCanvas().gg = null;
 246     getSeqPanel().seqCanvas.img = null;
 247     getAnnotationPanel().adjustPanelHeight();
 248
 249     Dimension d = calculateIdWidth();
 250     getIdPanel().getIdCanvas().setPreferredSize(d);
 251     hscrollFillerPanel.setPreferredSize(d);
 252
 253     repaint();
 254   }
 255
 256   /**
 257    * Calculates the width of the alignment labels based on the displayed names
 258    * and any bounds on label width set in preferences. The calculated width is
 259    * also set as a property of the viewport.
 260    *
 261    * @return Dimension giving the maximum width of the alignment label panel
 262    *         that should be used.
 263    */
 264   public Dimension calculateIdWidth()
 265   {
 266     int oldWidth = av.getIdWidth();
 267
 268     // calculate sensible default width when no preference is available
 269     Dimension r = null;
 270     if (av.getIdWidth() < 0)
 271     {
 272       int afwidth = (alignFrame != null ? alignFrame.getWidth() : 300);
 273       int idWidth = Math.min(afwidth - 200, 2 * afwidth / 3);
 274       int maxwidth = Math.max(IdwidthAdjuster.MIN_ID_WIDTH, idWidth);
 275       r = calculateIdWidth(maxwidth);
 276       av.setIdWidth(r.width);
 277     }
 278     else
 279     {
 280       r = new Dimension();
 281       r.width = av.getIdWidth();
 282       r.height = 0;
 283     }
 284
 285     /*
 286      * fudge: if desired width has changed, update layout
 287      * (see also paintComponent - updates layout on a repaint)
 288      */
 289     if (r.width != oldWidth)
 290     {
 291       idPanelHolder.setPreferredSize(r);
 292       validate();
 293     }
 294     return r;
 295   }
 296
 297   /**
 298    * Calculate the width of the alignment labels based on the displayed names
 299    * and any bounds on label width set in preferences.
 300    *
 301    * @param maxwidth
 302    *          -1 or maximum width allowed for IdWidth
 303    * @return Dimension giving the maximum width of the alignment label panel
 304    *         that should be used.
 305    */
 306   protected Dimension calculateIdWidth(int maxwidth)
 307   {
 308     Container c = new Container();
 309
 310     FontMetrics fm = c.getFontMetrics(
 311             new Font(av.font.getName(), Font.ITALIC, av.font.getSize()));
 312
 313     AlignmentI al = av.getAlignment();
 314     int i = 0;
 315     int idWidth = 0;
 316
 317     while ((i < al.getHeight()) && (al.getSequenceAt(i) != null))
 318     {
 319       SequenceI s = al.getSequenceAt(i);
 320       String id = s.getDisplayId(av.getShowJVSuffix());
 321       int stringWidth = fm.stringWidth(id);
 322       idWidth = Math.max(idWidth, stringWidth);
 323       i++;
 324     }
 325
 326     // Also check annotation label widths
 327     i = 0;
 328
 329     if (al.getAlignmentAnnotation() != null)
 330     {
 331       fm = c.getFontMetrics(getAlabels().getFont());
 332
 333       while (i < al.getAlignmentAnnotation().length)
 334       {
 335         String label = al.getAlignmentAnnotation()[i].label;
 336         int stringWidth = fm.stringWidth(label);
 337         idWidth = Math.max(idWidth, stringWidth);
 338         i++;
 339       }
 340     }
 341
 342     int w = maxwidth < 0 ? idWidth : Math.min(maxwidth, idWidth);
 343     w += ID_WIDTH_PADDING;
 344
 345     return new Dimension(w, 12);
 346   }
 347
 348   /**
 349    * Highlight the given results on the alignment
 350    *
 351    */
 352   public void highlightSearchResults(SearchResultsI results)
 353   {
 354     boolean scrolled = scrollToPosition(results, 0, false);
 355
 356     boolean fastPaint = !(scrolled && av.getWrapAlignment());
 357
 358     getSeqPanel().seqCanvas.highlightSearchResults(results, fastPaint);
 359   }
 360
 361   /**
 362    * Scroll the view to show the position of the highlighted region in results
 363    * (if any)
 364    *
 365    * @param searchResults
 366    * @return
 367    */
 368   public boolean scrollToPosition(SearchResultsI searchResults)
 369   {
 370     return scrollToPosition(searchResults, 0, false);
 371   }
 372
 373   /**
 374    * Scrolls the view (if necessary) to show the position of the first
 375    * highlighted region in results (if any). Answers true if the view was
 376    * scrolled, or false if no matched region was found, or it is already
 377    * visible.
 378    *
 379    * @param results
 380    * @param verticalOffset
 381    *          if greater than zero, allows scrolling to a position below the
 382    *          first displayed sequence
 383    * @param centre
 384    *          if true, try to centre the search results horizontally in the view
 385    * @return
 386    */
 387   protected boolean scrollToPosition(SearchResultsI results,
 388           int verticalOffset, boolean centre)
 389   {
 390     int startv, endv, starts, ends;
 391     ViewportRanges ranges = av.getRanges();
 392
 393     if (results == null || results.isEmpty() || av == null
 394             || av.getAlignment() == null)
 395     {
 396       return false;
 397     }
 398     int seqIndex = av.getAlignment().findIndex(results);
 399     if (seqIndex == -1)
 400     {
 401       return false;
 402     }
 403     SequenceI seq = av.getAlignment().getSequenceAt(seqIndex);
 404
 405     int[] r = results.getResults(seq, 0, av.getAlignment().getWidth());
 406     if (r == null)
 407     {
 408       return false;
 409     }
 410     int start = r[0];
 411     int end = r[1];
 412
 413     /*
 414      * To centre results, scroll to positions half the visible width
 415      * left/right of the start/end positions
 416      */
 417     if (centre)
 418     {
 419       int offset = (ranges.getEndRes() - ranges.getStartRes() + 1) / 2 - 1;
 420       start = Math.max(start - offset, 0);
 421       end = end + offset - 1;
 422     }
 423     if (start < 0)
 424     {
 425       return false;
 426     }
 427     if (end == seq.getEnd())
 428     {
 429       return false;
 430     }
 431
 432     if (av.hasHiddenColumns())
 433     {
 434       HiddenColumns hidden = av.getAlignment().getHiddenColumns();
 435       start = hidden.absoluteToVisibleColumn(start);
 436       end = hidden.absoluteToVisibleColumn(end);
 437       if (start == end)
 438       {
 439         if (!hidden.isVisible(r[0]))
 440         {
 441           // don't scroll - position isn't visible
 442           return false;
 443         }
 444       }
 445     }
 446
 447     /*
 448      * allow for offset of target sequence (actually scroll to one above it)
 449      */
 450     seqIndex = Math.max(0, seqIndex - verticalOffset);
 451     boolean scrollNeeded = true;
 452
 453     if (!av.getWrapAlignment())
 454     {
 455       if ((startv = ranges.getStartRes()) >= start)
 456       {
 457         /*
 458          * Scroll left to make start of search results visible
 459          */
 460         setScrollValues(start, seqIndex);
 461       }
 462       else if ((endv = ranges.getEndRes()) <= end)
 463       {
 464         /*
 465          * Scroll right to make end of search results visible
 466          */
 467         setScrollValues(startv + end - endv, seqIndex);
 468       }
 469       else if ((starts = ranges.getStartSeq()) > seqIndex)
 470       {
 471         /*
 472          * Scroll up to make start of search results visible
 473          */
 474         setScrollValues(ranges.getStartRes(), seqIndex);
 475       }
 476       else if ((ends = ranges.getEndSeq()) <= seqIndex)
 477       {
 478         /*
 479          * Scroll down to make end of search results visible
 480          */
 481         setScrollValues(ranges.getStartRes(), starts + seqIndex - ends + 1);
 482       }
 483       /*
 484        * Else results are already visible - no need to scroll
 485        */
 486       scrollNeeded = false;
 487     }
 488     else
 489     {
 490       scrollNeeded = ranges.scrollToWrappedVisible(start);
 491     }
 492
 493     paintAlignment(false, false);
 494
 495     return scrollNeeded;
 496   }
 497
 498   /**
 499    * DOCUMENT ME!
 500    *
 501    * @return DOCUMENT ME!
 502    */
 503   public OverviewPanel getOverviewPanel()
 504   {
 505     return overviewPanel;
 506   }
 507
 508   /**
 509    * DOCUMENT ME!
 510    *
 511    * @param op
 512    *          DOCUMENT ME!
 513    */
 514   public void setOverviewPanel(OverviewPanel op)
 515   {
 516     overviewPanel = op;
 517   }
 518
 519   /**
 520    *
 521    * @param b
 522    *          Hide or show annotation panel
 523    *
 524    */
 525   public void setAnnotationVisible(boolean b)
 526   {
 527     if (!av.getWrapAlignment())
 528     {
 529       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(b);
 530       annotationScroller.setVisible(b);
 531     }
 532     repaint();
 533   }
 534
 535   /**
 536    * automatically adjust annotation panel height for new annotation whilst
 537    * ensuring the alignment is still visible.
 538    */
 539   @Override
 540   public void adjustAnnotationHeight()
 541   {
 542     // TODO: display vertical annotation scrollbar if necessary
 543     // this is called after loading new annotation onto alignment
 544     if (alignFrame.getHeight() == 0)
 545     {
 546       System.out.println("NEEDS FIXING");
 547     }
 548     validateAnnotationDimensions(true);
 549     addNotify();
 550     // TODO: many places call this method and also paintAlignment with various
 551     // different settings. this means multiple redraws are triggered...
 552     paintAlignment(true, av.needToUpdateStructureViews());
 553   }
 554
 555   /**
 556    * calculate the annotation dimensions and refresh slider values accordingly.
 557    * need to do repaints/notifys afterwards.
 558    */
 559   protected void validateAnnotationDimensions(boolean adjustPanelHeight)
 560   {
 561     // BH 2018.04.18 comment: addNotify() is not appropriate here. We
 562     // are not changing ancestors, and keyboard action listeners do
 563     // not need to be reset. addNotify() is a very expensive operation,
 564     // requiring a full re-layout of all parents and children.
 565     // Note in JComponent:
 566     // This method is called by the toolkit internally and should
 567     // not be called directly by programs.
 568     // I note that addNotify() is called in several areas of Jalview.
 569
 570     int annotationHeight = getAnnotationPanel().adjustPanelHeight();
 571     annotationHeight = getAnnotationPanel()
 572             .adjustForAlignFrame(adjustPanelHeight, annotationHeight);
 573
 574     hscroll.addNotify();
 575     annotationScroller.setPreferredSize(
 576             new Dimension(annotationScroller.getWidth(), annotationHeight));
 577
 578     Dimension e = idPanel.getSize();
 579     alabels.setSize(new Dimension(e.width, annotationHeight));
 580
 581     annotationSpaceFillerHolder.setPreferredSize(new Dimension(
 582             annotationSpaceFillerHolder.getWidth(), annotationHeight));
 583     annotationScroller.validate();
 584     annotationScroller.addNotify();
 585   }
 586
 587   /**
 588    * update alignment layout for viewport settings
 589    *
 590    * @param wrap
 591    *          DOCUMENT ME!
 592    */
 593   public void updateLayout()
 594   {
 595     fontChanged();
 596     setAnnotationVisible(av.isShowAnnotation());
 597     boolean wrap = av.getWrapAlignment();
 598     ViewportRanges ranges = av.getRanges();
 599     ranges.setStartSeq(0);
 600     scalePanelHolder.setVisible(!wrap);
 601     hscroll.setVisible(!wrap);
 602     idwidthAdjuster.setVisible(!wrap);
 603
 604     if (wrap)
 605     {
 606       annotationScroller.setVisible(false);
 607       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(false);
 608     }
 609     else if (av.isShowAnnotation())
 610     {
 611       annotationScroller.setVisible(true);
 612       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(true);
 613       validateAnnotationDimensions(false);
 614     }
 615
 616     int canvasWidth = getSeqPanel().seqCanvas.getWidth();
 617     if (canvasWidth > 0)
 618     { // may not yet be laid out
 619       if (wrap)
 620       {
 621         int widthInRes = getSeqPanel().seqCanvas
 622                 .getWrappedCanvasWidth(canvasWidth);
 623         ranges.setViewportWidth(widthInRes);
 624       }
 625       else
 626       {
 627         int widthInRes = (canvasWidth / av.getCharWidth());
 628         int heightInSeq = (getSeqPanel().seqCanvas.getHeight()
 629                 / av.getCharHeight());
 630
 631         ranges.setViewportWidth(widthInRes);
 632         ranges.setViewportHeight(heightInSeq);
 633       }
 634     }
 635
 636     idSpaceFillerPanel1.setVisible(!wrap);
 637
 638     repaint();
 639   }
 640
 641   /**
 642    * Adjust row/column scrollers to show a visible position in the alignment.
 643    *
 644    * @param x
 645    *          visible column to scroll to
 646    * @param y
 647    *          visible row to scroll to
 648    *
 649    */
 650   public void setScrollValues(int xpos, int ypos)
 651   {
 652     int x = xpos;
 653     int y = ypos;
 654
 655     if (av == null || av.getAlignment() == null)
 656     {
 657       return;
 658     }
 659
 660     if (av.getWrapAlignment())
 661     {
 662       setScrollingForWrappedPanel(x);
 663     }
 664     else
 665     {
 666       int width = av.getAlignment().getVisibleWidth();
 667       int height = av.getAlignment().getHeight();
 668
 669       hextent = getSeqPanel().seqCanvas.getWidth() / av.getCharWidth();
 670       vextent = getSeqPanel().seqCanvas.getHeight() / av.getCharHeight();
 671
 672       if (hextent > width)
 673       {
 674         hextent = width;
 675       }
 676
 677       if (vextent > height)
 678       {
 679         vextent = height;
 680       }
 681
 682       if ((hextent + x) > width)
 683       {
 684         x = width - hextent;
 685       }
 686
 687       if ((vextent + y) > height)
 688       {
 689         y = height - vextent;
 690       }
 691
 692       if (y < 0)
 693       {
 694         y = 0;
 695       }
 696
 697       if (x < 0)
 698       {
 699         x = 0;
 700       }
 701
 702       // update the scroll values
 703       hscroll.setValues(x, hextent, 0, width);
 704       vscroll.setValues(y, vextent, 0, height);
 705     }
 706   }
 707
 708   /**
 709    * Respond to adjustment event when horizontal or vertical scrollbar is
 710    * changed
 711    *
 712    * @param evt
 713    *          adjustment event encoding whether hscroll or vscroll changed
 714    */
 715   @Override
 716   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)
 717   {
 718     if (av.getWrapAlignment())
 719     {
 720       adjustScrollingWrapped(evt);
 721       return;
 722     }
 723
 724     ViewportRanges ranges = av.getRanges();
 725
 726     if (evt.getSource() == hscroll)
 727     {
 728       int oldX = ranges.getStartRes();
 729       int oldwidth = ranges.getViewportWidth();
 730       int x = hscroll.getValue();
 731       int width = getSeqPanel().seqCanvas.getWidth() / av.getCharWidth();
 732
 733       // if we're scrolling to the position we're already at, stop
 734       // this prevents infinite recursion of events when the scroll/viewport
 735       // ranges values are the same
 736       if ((x == oldX) && (width == oldwidth))
 737       {
 738         return;
 739       }
 740       ranges.setViewportStartAndWidth(x, width);
 741     }
 742     else if (evt.getSource() == vscroll)
 743     {
 744       int oldY = ranges.getStartSeq();
 745       int oldheight = ranges.getViewportHeight();
 746       int y = vscroll.getValue();
 747       int height = getSeqPanel().seqCanvas.getHeight() / av.getCharHeight();
 748
 749       // if we're scrolling to the position we're already at, stop
 750       // this prevents infinite recursion of events when the scroll/viewport
 751       // ranges values are the same
 752       if ((y == oldY) && (height == oldheight))
 753       {
 754         return;
 755       }
 756       ranges.setViewportStartAndHeight(y, height);
 757     }
 758     repaint();
 759   }
 760
 761   /**
 762    * Responds to a scroll change by setting the start position of the viewport.
 763    * Does
 764    *
 765    * @param evt
 766    */
 767   protected void adjustScrollingWrapped(AdjustmentEvent evt)
 768   {
 769     if (evt.getSource() == hscroll)
 770     {
 771       return; // no horizontal scroll when wrapped
 772     }
 773     final ViewportRanges ranges = av.getRanges();
 774
 775     if (evt.getSource() == vscroll)
 776     {
 777       int newY = vscroll.getValue();
 778
 779       /*
 780        * if we're scrolling to the position we're already at, stop
 781        * this prevents infinite recursion of events when the scroll/viewport
 782        * ranges values are the same
 783        */
 784       int oldX = ranges.getStartRes();
 785       int oldY = ranges.getWrappedScrollPosition(oldX);
 786       if (oldY == newY)
 787       {
 788         return;
 789       }
 790       if (newY > -1)
 791       {
 792         /*
 793          * limit page up/down to one width's worth of positions
 794          */
 795         int rowSize = ranges.getViewportWidth();
 796         int newX = newY > oldY ? oldX + rowSize : oldX - rowSize;
 797         ranges.setViewportStartAndWidth(Math.max(0, newX), rowSize);
 798       }
 799     }
 800     else
 801     {
 802       // This is only called if file loaded is a jar file that
 803       // was wrapped when saved and user has wrap alignment true
 804       // as preference setting
 805       SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 806       {
 807         @Override
 808         public void run()
 809         {
 810           // When updating scrolling to use ViewportChange events, this code
 811           // could not be validated and it is not clear if it is now being
 812           // called. Log warning here in case it is called and unforeseen
 813           // problems occur
 814           Console.warn(
 815                   "Unexpected path through code: Wrapped jar file opened with wrap alignment set in preferences");
 816
 817           // scroll to start of panel
 818           ranges.setStartRes(0);
 819           ranges.setStartSeq(0);
 820         }
 821       });
 822     }
 823     repaint();
 824   }
 825
 826   /* (non-Javadoc)
 827    * @see jalview.api.AlignmentViewPanel#paintAlignment(boolean)
 828    */
 829   @Override
 830   public void paintAlignment(boolean updateOverview,
 831           boolean updateStructures)
 832   {
 833     final AnnotationSorter sorter = new AnnotationSorter(getAlignment(),
 834             av.isShowAutocalculatedAbove());
 835     sorter.sort(getAlignment().getAlignmentAnnotation(),
 836             av.getSortAnnotationsBy());
 837     repaint();
 838
 839     if (updateStructures)
 840     {
 841       av.getStructureSelectionManager().sequenceColoursChanged(this);
 842     }
 843     if (updateOverview)
 844     {
 845
 846       if (overviewPanel != null)
 847       {
 848         overviewPanel.updateOverviewImage();
 849       }
 850     }
 851   }
 852
 853   @Override
 854   public void paintComponent(Graphics g)
 855   {
 856     invalidate(); // needed so that the id width adjuster works correctly
 857
 858     Dimension d = getIdPanel().getIdCanvas().getPreferredSize();
 859     idPanelHolder.setPreferredSize(d);
 860     hscrollFillerPanel.setPreferredSize(new Dimension(d.width, 12));
 861
 862     validate(); // needed so that the id width adjuster works correctly
 863
 864     /*
 865      * set scroll bar positions - tried to remove but necessary for split panel to resize correctly
 866      * though I still think this call should be elsewhere.
 867      */
 868     ViewportRanges ranges = av.getRanges();
 869     setScrollValues(ranges.getStartRes(), ranges.getStartSeq());
 870     super.paintComponent(g);
 871   }
 872
 873   /**
 874    * Set vertical scroll bar position, and number of increments, for wrapped
 875    * panel
 876    *
 877    * @param topLeftColumn
 878    *          the column position at top left (0..)
 879    */
 880   private void setScrollingForWrappedPanel(int topLeftColumn)
 881   {
 882     ViewportRanges ranges = av.getRanges();
 883     int scrollPosition = ranges.getWrappedScrollPosition(topLeftColumn);
 884     int maxScroll = ranges.getWrappedMaxScroll(topLeftColumn);
 885
 886     /*
 887      * a scrollbar's value can be set to at most (maximum-extent)
 888      * so we add extent (1) to the maxScroll value
 889      */
 890     vscroll.setUnitIncrement(1);
 891     vscroll.setValues(scrollPosition, 1, 0, maxScroll + 1);
 892   }
 893
 894   /**
 895    * DOCUMENT ME!
 896    *
 897    * @param pg
 898    *          DOCUMENT ME!
 899    * @param pf
 900    *          DOCUMENT ME!
 901    * @param pi
 902    *          DOCUMENT ME!
 903    *
 904    * @return DOCUMENT ME!
 905    *
 906    * @throws PrinterException
 907    *           DOCUMENT ME!
 908    */
 909   @Override
 910   public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi)
 911           throws PrinterException
 912   {
 913     pg.translate((int) pf.getImageableX(), (int) pf.getImageableY());
 914
 915     int pwidth = (int) pf.getImageableWidth();
 916     int pheight = (int) pf.getImageableHeight();
 917
 918     if (av.getWrapAlignment())
 919     {
 920       return printWrappedAlignment(pwidth, pheight, pi, pg);
 921     }
 922     else
 923     {
 924       return printUnwrapped(pwidth, pheight, pi, pg, pg);
 925     }
 926   }
 927
 928   /**
 929    * Draws the alignment image, including sequence ids, sequences, and
 930    * annotation labels and annotations if shown, on either one or two Graphics
 931    * contexts.
 932    *
 933    * @param pageWidth
 934    *          in pixels
 935    * @param pageHeight
 936    *          in pixels
 937    * @param pageIndex
 938    *          (0, 1, ...)
 939    * @param idGraphics
 940    *          the graphics context for sequence ids and annotation labels
 941    * @param alignmentGraphics
 942    *          the graphics context for sequences and annotations (may or may not
 943    *          be the same context as idGraphics)
 944    * @return
 945    * @throws PrinterException
 946    */
 947   public int printUnwrapped(int pageWidth, int pageHeight, int pageIndex,
 948           Graphics idGraphics, Graphics alignmentGraphics)
 949           throws PrinterException
 950   {
 951     final int idWidth = getVisibleIdWidth(false);
 952
 953     /*
 954      * Get the horizontal offset to where we draw the sequences.
 955      * This is idWidth if using a single Graphics context, else zero.
 956      */
 957     final int alignmentGraphicsOffset = idGraphics != alignmentGraphics ? 0
 958             : idWidth;
 959
 960     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 961     final int charHeight = av.getCharHeight();
 962     final int scaleHeight = charHeight + fm.getDescent();
 963
 964     idGraphics.setColor(Color.white);
 965     idGraphics.fillRect(0, 0, pageWidth, pageHeight);
 966     idGraphics.setFont(av.getFont());
 967
 968     /*
 969      * How many sequences and residues can we fit on a printable page?
 970      */
 971     final int totalRes = (pageWidth - idWidth) / av.getCharWidth();
 972
 973     final int totalSeq = (pageHeight - scaleHeight) / charHeight - 1;
 974
 975     final int alignmentWidth = av.getAlignment().getVisibleWidth();
 976     int pagesWide = (alignmentWidth / totalRes) + 1;
 977
 978     final int startRes = (pageIndex % pagesWide) * totalRes;
 979     final int endRes = Math.min(startRes + totalRes - 1,
 980             alignmentWidth - 1);
 981
 982     final int startSeq = (pageIndex / pagesWide) * totalSeq;
 983     final int alignmentHeight = av.getAlignment().getHeight();
 984     final int endSeq = Math.min(startSeq + totalSeq, alignmentHeight);
 985
 986     int pagesHigh = ((alignmentHeight / totalSeq) + 1) * pageHeight;
 987
 988     if (av.isShowAnnotation())
 989     {
 990       pagesHigh += getAnnotationPanel().adjustPanelHeight() + 3;
 991     }
 992
 993     pagesHigh /= pageHeight;
 994
 995     if (pageIndex >= (pagesWide * pagesHigh))
 996     {
 997       return Printable.NO_SUCH_PAGE;
 998     }
 999     final int alignmentDrawnHeight = (endSeq - startSeq) * charHeight + 3;
1000
1001     /*
1002      * draw the Scale at horizontal offset, then reset to top left (0, 0)
1003      */
1004     alignmentGraphics.translate(alignmentGraphicsOffset, 0);
1005     getScalePanel().drawScale(alignmentGraphics, startRes, endRes,
1006             pageWidth - idWidth, scaleHeight);
1007     alignmentGraphics.translate(-alignmentGraphicsOffset, 0);
1008
1009     /*
1010      * Draw the sequence ids, offset for scale height,
1011      * then reset to top left (0, 0)
1012      */
1013     idGraphics.translate(0, scaleHeight);
1014     IdCanvas idCanvas = getIdPanel().getIdCanvas();
1015     List<SequenceI> selection = av.getSelectionGroup() == null ? null
1016             : av.getSelectionGroup().getSequences(null);
1017     idCanvas.drawIds((Graphics2D) idGraphics, av, startSeq, endSeq - 1,
1018             selection);
1019
1020     idGraphics.setFont(av.getFont());
1021     idGraphics.translate(0, -scaleHeight);
1022
1023     /*
1024      * draw the sequences, offset for scale height, and id width (if using a
1025      * single graphics context), then reset to (0, scale height)
1026      */
1027     alignmentGraphics.translate(alignmentGraphicsOffset, scaleHeight);
1028     getSeqPanel().seqCanvas.drawPanelForPrinting(alignmentGraphics,
1029             startRes, endRes, startSeq, endSeq - 1);
1030     alignmentGraphics.translate(-alignmentGraphicsOffset, 0);
1031
1032     if (av.isShowAnnotation() && (endSeq == alignmentHeight))
1033     {
1034       /*
1035        * draw annotation labels; drawComponent() translates by
1036        * getScrollOffset(), so compensate for that first;
1037        * then reset to (0, scale height)
1038        */
1039       int offset = getAlabels().getScrollOffset();
1040       idGraphics.translate(0, -offset);
1041       idGraphics.translate(0, alignmentDrawnHeight);
1042       getAlabels().drawComponent(idGraphics, idWidth);
1043       idGraphics.translate(0, -alignmentDrawnHeight);
1044
1045       /*
1046        * draw the annotations starting at
1047        * (idOffset, alignmentHeight) from (0, scaleHeight)
1048        */
1049       alignmentGraphics.translate(alignmentGraphicsOffset,
1050               alignmentDrawnHeight);
1051       updateLayout();
1052       getAnnotationPanel().renderer.drawComponent(getAnnotationPanel(), av,
1053               alignmentGraphics, -1, startRes, endRes + 1);
1054     }
1055
1056     return Printable.PAGE_EXISTS;
1057   }
1058
1059   /**
1060    * Prints one page of an alignment in wrapped mode. Returns
1061    * Printable.PAGE_EXISTS (0) if a page was drawn, or Printable.NO_SUCH_PAGE if
1062    * no page could be drawn (page number out of range).
1063    *
1064    * @param pageWidth
1065    * @param pageHeight
1066    * @param pageNumber
1067    *          (0, 1, ...)
1068    * @param g
1069    *
1070    * @return
1071    *
1072    * @throws PrinterException
1073    */
1074   public int printWrappedAlignment(int pageWidth, int pageHeight,
1075           int pageNumber, Graphics g) throws PrinterException
1076   {
1077     getSeqPanel().seqCanvas.calculateWrappedGeometry(getWidth(),
1078             getHeight());
1079     int annotationHeight = 0;
1080     if (av.isShowAnnotation())
1081     {
1082       annotationHeight = getAnnotationPanel().adjustPanelHeight();
1083     }
1084
1085     int hgap = av.getCharHeight();
1086     if (av.getScaleAboveWrapped())
1087     {
1088       hgap += av.getCharHeight();
1089     }
1090
1091     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.getCharHeight() + hgap
1092             + annotationHeight;
1093
1094     int idWidth = getVisibleIdWidth(false);
1095
1096     int maxwidth = av.getAlignment().getVisibleWidth();
1097
1098     int resWidth = getSeqPanel().seqCanvas
1099             .getWrappedCanvasWidth(pageWidth - idWidth);
1100     av.getRanges().setViewportStartAndWidth(0, resWidth);
1101
1102     int totalHeight = cHeight * (maxwidth / resWidth + 1);
1103
1104     g.setColor(Color.white);
1105     g.fillRect(0, 0, pageWidth, pageHeight);
1106     g.setFont(av.getFont());
1107     g.setColor(Color.black);
1108
1109     /*
1110      * method: print the whole wrapped alignment, but with a clip region that
1111      * is restricted to the requested page; this supports selective print of
1112      * single pages or ranges, (at the cost of repeated processing in the
1113      * 'normal' case, when all pages are printed)
1114      */
1115     g.translate(0, -pageNumber * pageHeight);
1116
1117     g.setClip(0, pageNumber * pageHeight, pageWidth, pageHeight);
1118
1119     /*
1120      * draw sequence ids and annotation labels (if shown)
1121      */
1122     IdCanvas idCanvas = getIdPanel().getIdCanvas();
1123     idCanvas.drawIdsWrapped((Graphics2D) g, av, 0, totalHeight);
1124
1125     g.translate(idWidth, 0);
1126
1127     getSeqPanel().seqCanvas.drawWrappedPanelForPrinting(g,
1128             pageWidth - idWidth, totalHeight, 0);
1129
1130     if ((pageNumber * pageHeight) < totalHeight)
1131     {
1132       return Printable.PAGE_EXISTS;
1133     }
1134     else
1135     {
1136       return Printable.NO_SUCH_PAGE;
1137     }
1138   }
1139
1140   /**
1141    * get current sequence ID panel width, or nominal value if panel were to be
1142    * displayed using default settings
1143    *
1144    * @return
1145    */
1146   public int getVisibleIdWidth()
1147   {
1148     return getVisibleIdWidth(true);
1149   }
1150
1151   /**
1152    * get current sequence ID panel width, or nominal value if panel were to be
1153    * displayed using default settings
1154    *
1155    * @param onscreen
1156    *          indicate if the Id width for onscreen or offscreen display should
1157    *          be returned
1158    * @return
1159    */
1160   protected int getVisibleIdWidth(boolean onscreen)
1161   {
1162     // see if rendering offscreen - check preferences and calc width accordingly
1163     if (!onscreen && Cache.getDefault("FIGURE_AUTOIDWIDTH", false))
1164     {
1165       return calculateIdWidth(-1).width;
1166     }
1167     Integer idwidth = onscreen ? null
1168             : Cache.getIntegerProperty("FIGURE_FIXEDIDWIDTH");
1169     if (idwidth != null)
1170     {
1171       return idwidth.intValue() + ID_WIDTH_PADDING;
1172     }
1173
1174     int w = getIdPanel().getWidth();
1175     return (w > 0 ? w : calculateIdWidth().width);
1176   }
1177
1178   void makeAlignmentImage(ImageMaker.TYPE type, File file, String renderer) throws ImageOutputException
1179   {
1180     makeAlignmentImage(type, file, renderer,
1181             BitmapImageSizing.nullBitmapImageSizing());
1182   }
1183
1184   /**
1185    * Builds an image of the alignment of the specified type (EPS/PNG/SVG) and
1186    * writes it to the specified file
1187    *
1188    * @param type
1189    * @param file
1190    * @param textrenderer
1191    * @param bitmapscale
1192    */
1193   void makeAlignmentImage(ImageMaker.TYPE type, File file, String renderer,
1194           BitmapImageSizing userBis) throws ImageOutputException
1195   {
1196     final int borderBottomOffset = 5;
1197
1198     AlignmentDimension aDimension = getAlignmentDimension();
1199     // todo use a lambda function in place of callback here?
1200     ImageWriterI writer = new ImageWriterI()
1201     {
1202       @Override
1203       public void exportImage(Graphics graphics) throws Exception
1204       {
1205         if (av.getWrapAlignment())
1206         {
1207           printWrappedAlignment(aDimension.getWidth(),
1208                   aDimension.getHeight() + borderBottomOffset, 0, graphics);
1209         }
1210         else
1211         {
1212           printUnwrapped(aDimension.getWidth(), aDimension.getHeight(), 0,
1213                   graphics, graphics);
1214         }
1215       }
1216     };
1217
1218     String fileTitle = alignFrame.getTitle();
1219     ImageExporter exporter = new ImageExporter(writer, alignFrame, type,
1220             fileTitle);
1221     int imageWidth = aDimension.getWidth();
1222     int imageHeight = aDimension.getHeight() + borderBottomOffset;
1223     String of = MessageManager.getString("label.alignment");
1224     exporter.doExport(file, this, imageWidth, imageHeight, of, renderer,
1225             userBis);
1226   }
1227
1228   /**
1229    * Calculates and returns a suitable width and height (in pixels) for an
1230    * exported image
1231    *
1232    * @return
1233    */
1234   public AlignmentDimension getAlignmentDimension()
1235   {
1236     int maxwidth = av.getAlignment().getVisibleWidth();
1237
1238     int height = ((av.getAlignment().getHeight() + 1) * av.getCharHeight())
1239             + getScalePanel().getHeight();
1240     int width = getVisibleIdWidth(false) + (maxwidth * av.getCharWidth());
1241
1242     if (av.getWrapAlignment())
1243     {
1244       height = getWrappedHeight();
1245       if (Jalview.isHeadlessMode())
1246       {
1247         // need to obtain default alignment width and then add in any
1248         // additional allowance for id margin
1249         // this duplicates the calculation in getWrappedHeight but adjusts for
1250         // offscreen idWith
1251         width = alignFrame.getWidth() - vscroll.getPreferredSize().width
1252                 - alignFrame.getInsets().left - alignFrame.getInsets().right
1253                 - getVisibleIdWidth() + getVisibleIdWidth(false);
1254       }
1255       else
1256       {
1257         width = getSeqPanel().getWidth() + getVisibleIdWidth(false);
1258       }
1259
1260     }
1261     else if (av.isShowAnnotation())
1262     {
1263       height += getAnnotationPanel().adjustPanelHeight() + 3;
1264     }
1265     return new AlignmentDimension(width, height);
1266
1267   }
1268
1269   public void makePNGImageMap(File imgMapFile, String imageName) throws ImageOutputException
1270   {
1271     // /////ONLY WORKS WITH NON WRAPPED ALIGNMENTS
1272     // ////////////////////////////////////////////
1273     int idWidth = getVisibleIdWidth(false);
1274     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
1275     int scaleHeight = av.getCharHeight() + fm.getDescent();
1276
1277     // Gen image map
1278     // ////////////////////////////////
1279     if (imgMapFile != null)
1280     {
1281       try
1282       {
1283         int sSize = av.getAlignment().getHeight();
1284         int alwidth = av.getAlignment().getWidth();
1285         PrintWriter out = new PrintWriter(new FileWriter(imgMapFile));
1286         out.println(HTMLOutput.getImageMapHTML());
1287         out.println("<img src=\"" + imageName
1288                 + "\" border=\"0\" usemap=\"#Map\" >"
1289                 + "<map name=\"Map\">");
1290
1291         for (int s = 0; s < sSize; s++)
1292         {
1293           int sy = s * av.getCharHeight() + scaleHeight;
1294
1295           SequenceI seq = av.getAlignment().getSequenceAt(s);
1296           SequenceGroup[] groups = av.getAlignment().findAllGroups(seq);
1297           for (int column = 0; column < alwidth; column++)
1298           {
1299             StringBuilder text = new StringBuilder(512);
1300             String triplet = null;
1301             if (av.getAlignment().isNucleotide())
1302             {
1303               triplet = ResidueProperties.nucleotideName
1304                       .get(seq.getCharAt(column) + "");
1305             }
1306             else
1307             {
1308               triplet = ResidueProperties.aa2Triplet
1309                       .get(seq.getCharAt(column) + "");
1310             }
1311
1312             if (triplet == null)
1313             {
1314               continue;
1315             }
1316
1317             int seqPos = seq.findPosition(column);
1318             int gSize = groups.length;
1319             for (int g = 0; g < gSize; g++)
1320             {
1321               if (text.length() < 1)
1322               {
1323                 text.append("<area shape=\"rect\" coords=\"")
1324                         .append((idWidth + column * av.getCharWidth()))
1325                         .append(",").append(sy).append(",")
1326                         .append((idWidth
1327                                 + (column + 1) * av.getCharWidth()))
1328                         .append(",").append((av.getCharHeight() + sy))
1329                         .append("\"").append(" onMouseOver=\"toolTip('")
1330                         .append(seqPos).append(" ").append(triplet);
1331               }
1332
1333               if (groups[g].getStartRes() < column
1334                       && groups[g].getEndRes() > column)
1335               {
1336                 text.append("<br><em>").append(groups[g].getName())
1337                         .append("</em>");
1338               }
1339             }
1340
1341             if (text.length() < 1)
1342             {
1343               text.append("<area shape=\"rect\" coords=\"")
1344                       .append((idWidth + column * av.getCharWidth()))
1345                       .append(",").append(sy).append(",")
1346                       .append((idWidth + (column + 1) * av.getCharWidth()))
1347                       .append(",").append((av.getCharHeight() + sy))
1348                       .append("\"").append(" onMouseOver=\"toolTip('")
1349                       .append(seqPos).append(" ").append(triplet);
1350             }
1351             if (!Comparison.isGap(seq.getCharAt(column)))
1352             {
1353               List<SequenceFeature> features = seq.findFeatures(column,
1354                       column);
1355               for (SequenceFeature sf : features)
1356               {
1357                 if (sf.isContactFeature())
1358                 {
1359                   text.append("<br>").append(sf.getType()).append(" ")
1360                           .append(sf.getBegin()).append(":")
1361                           .append(sf.getEnd());
1362                 }
1363                 else
1364                 {
1365                   text.append("<br>");
1366                   text.append(sf.getType());
1367                   String description = sf.getDescription();
1368                   if (description != null
1369                           && !sf.getType().equals(description))
1370                   {
1371                     description = description.replace("\"", "&quot;");
1372                     text.append(" ").append(description);
1373                   }
1374                 }
1375                 String status = sf.getStatus();
1376                 if (status != null && !"".equals(status))
1377                 {
1378                   text.append(" (").append(status).append(")");
1379                 }
1380               }
1381               if (text.length() > 1)
1382               {
1383                 text.append("')\"; onMouseOut=\"toolTip()\";  href=\"#\">");
1384                 out.println(text.toString());
1385               }
1386             }
1387           }
1388         }
1389         out.println("</map></body></html>");
1390         out.close();
1391
1392       } catch (Exception ex)
1393       {
1394         throw new ImageOutputException("couldn't write ImageMap due to unexpected error",ex);
1395       }
1396     } // /////////END OF IMAGE MAP
1397
1398   }
1399
1400   /**
1401    * Answers the height of the entire alignment in pixels, assuming it is in
1402    * wrapped mode
1403    *
1404    * @return
1405    */
1406   int getWrappedHeight()
1407   {
1408     int seqPanelWidth = getSeqPanel().seqCanvas.getWidth();
1409
1410     if (System.getProperty("java.awt.headless") != null
1411             && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true"))
1412     {
1413       seqPanelWidth = alignFrame.getWidth() - getVisibleIdWidth()
1414               - vscroll.getPreferredSize().width
1415               - alignFrame.getInsets().left - alignFrame.getInsets().right;
1416     }
1417
1418     int chunkWidth = getSeqPanel().seqCanvas
1419             .getWrappedCanvasWidth(seqPanelWidth);
1420
1421     int hgap = av.getCharHeight();
1422     if (av.getScaleAboveWrapped())
1423     {
1424       hgap += av.getCharHeight();
1425     }
1426
1427     int annotationHeight = 0;
1428     if (av.isShowAnnotation())
1429     {
1430       hgap += SeqCanvas.SEQS_ANNOTATION_GAP;
1431       annotationHeight = getAnnotationPanel().adjustPanelHeight();
1432     }
1433
1434     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.getCharHeight() + hgap
1435             + annotationHeight;
1436
1437     int maxwidth = av.getAlignment().getWidth();
1438     if (av.hasHiddenColumns())
1439     {
1440       maxwidth = av.getAlignment().getHiddenColumns()
1441               .absoluteToVisibleColumn(maxwidth) - 1;
1442     }
1443
1444     int height = ((maxwidth / chunkWidth) + 1) * cHeight;
1445
1446     return height;
1447   }
1448
1449   /**
1450    * close the panel - deregisters all listeners and nulls any references to
1451    * alignment data.
1452    */
1453   public void closePanel()
1454   {
1455     PaintRefresher.RemoveComponent(getSeqPanel().seqCanvas);
1456     PaintRefresher.RemoveComponent(getIdPanel().getIdCanvas());
1457     PaintRefresher.RemoveComponent(this);
1458
1459     closeChildFrames();
1460
1461     /*
1462      * try to ensure references are nulled
1463      */
1464     if (annotationPanel != null)
1465     {
1466       annotationPanel.dispose();
1467       annotationPanel = null;
1468     }
1469
1470     if (av != null)
1471     {
1472       av.removePropertyChangeListener(propertyChangeListener);
1473       propertyChangeListener = null;
1474       StructureSelectionManager ssm = av.getStructureSelectionManager();
1475       ssm.removeStructureViewerListener(getSeqPanel(), null);
1476       ssm.removeSelectionListener(getSeqPanel());
1477       ssm.removeCommandListener(av);
1478       ssm.removeStructureViewerListener(getSeqPanel(), null);
1479       ssm.removeSelectionListener(getSeqPanel());
1480       av.dispose();
1481       av = null;
1482     }
1483     else
1484     {
1485       if (Console.isDebugEnabled())
1486       {
1487         Console.warn("Closing alignment panel which is already closed.");
1488       }
1489     }
1490   }
1491
1492   /**
1493    * Close any open dialogs that would be orphaned when this one is closed
1494    */
1495   protected void closeChildFrames()
1496   {
1497     if (overviewPanel != null)
1498     {
1499       overviewPanel.dispose();
1500       overviewPanel = null;
1501     }
1502     if (calculationDialog != null)
1503     {
1504       calculationDialog.closeFrame();
1505       calculationDialog = null;
1506     }
1507   }
1508
1509   /**
1510    * hides or shows dynamic annotation rows based on groups and av state flags
1511    */
1512   public void updateAnnotation()
1513   {
1514     updateAnnotation(false, false);
1515   }
1516
1517   public void updateAnnotation(boolean applyGlobalSettings)
1518   {
1519     updateAnnotation(applyGlobalSettings, false);
1520   }
1521
1522   public void updateAnnotation(boolean applyGlobalSettings,
1523           boolean preserveNewGroupSettings)
1524   {
1525     av.updateGroupAnnotationSettings(applyGlobalSettings,
1526             preserveNewGroupSettings);
1527     adjustAnnotationHeight();
1528   }
1529
1530   @Override
1531   public AlignmentI getAlignment()
1532   {
1533     return av == null ? null : av.getAlignment();
1534   }
1535
1536   @Override
1537   public String getViewName()
1538   {
1539     return av.getViewName();
1540   }
1541
1542   /**
1543    * Make/Unmake this alignment panel the current input focus
1544    *
1545    * @param b
1546    */
1547   public void setSelected(boolean b)
1548   {
1549     try
1550     {
1551       if (alignFrame.getSplitViewContainer() != null)
1552       {
1553         /*
1554          * bring enclosing SplitFrame to front first if there is one
1555          */
1556         ((SplitFrame) alignFrame.getSplitViewContainer()).setSelected(b);
1557       }
1558       alignFrame.setSelected(b);
1559     } catch (Exception ex)
1560     {
1561     }
1562     if (b)
1563     {
1564       setAlignFrameView();
1565     }
1566   }
1567
1568   public void setAlignFrameView()
1569   {
1570     alignFrame.setDisplayedView(this);
1571   }
1572
1573   @Override
1574   public StructureSelectionManager getStructureSelectionManager()
1575   {
1576     return av.getStructureSelectionManager();
1577   }
1578
1579   @Override
1580   public void raiseOOMWarning(String string, OutOfMemoryError error)
1581   {
1582     new OOMWarning(string, error, this);
1583   }
1584
1585   @Override
1586   public jalview.api.FeatureRenderer cloneFeatureRenderer()
1587   {
1588
1589     return new FeatureRenderer(this);
1590   }
1591
1592   @Override
1593   public jalview.api.FeatureRenderer getFeatureRenderer()
1594   {
1595     return seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer();
1596   }
1597
1598   public void updateFeatureRenderer(
1599           jalview.renderer.seqfeatures.FeatureRenderer fr)
1600   {
1601     fr.transferSettings(getSeqPanel().seqCanvas.getFeatureRenderer());
1602   }
1603
1604   public void updateFeatureRendererFrom(jalview.api.FeatureRenderer fr)
1605   {
1606     if (getSeqPanel().seqCanvas.getFeatureRenderer() != null)
1607     {
1608       getSeqPanel().seqCanvas.getFeatureRenderer().transferSettings(fr);
1609     }
1610   }
1611
1612   public ScalePanel getScalePanel()
1613   {
1614     return scalePanel;
1615   }
1616
1617   public void setScalePanel(ScalePanel scalePanel)
1618   {
1619     this.scalePanel = scalePanel;
1620   }
1621
1622   public SeqPanel getSeqPanel()
1623   {
1624     return seqPanel;
1625   }
1626
1627   public void setSeqPanel(SeqPanel seqPanel)
1628   {
1629     this.seqPanel = seqPanel;
1630   }
1631
1632   public AnnotationPanel getAnnotationPanel()
1633   {
1634     return annotationPanel;
1635   }
1636
1637   public void setAnnotationPanel(AnnotationPanel annotationPanel)
1638   {
1639     this.annotationPanel = annotationPanel;
1640   }
1641
1642   public AnnotationLabels getAlabels()
1643   {
1644     return alabels;
1645   }
1646
1647   public void setAlabels(AnnotationLabels alabels)
1648   {
1649     this.alabels = alabels;
1650   }
1651
1652   public IdPanel getIdPanel()
1653   {
1654     return idPanel;
1655   }
1656
1657   public void setIdPanel(IdPanel idPanel)
1658   {
1659     this.idPanel = idPanel;
1660   }
1661
1662   /**
1663    * Follow a scrolling change in the (cDNA/Protein) complementary alignment.
1664    * The aim is to keep the two alignments 'lined up' on their centre columns.
1665    *
1666    * @param sr
1667    *          holds mapped region(s) of this alignment that we are scrolling
1668    *          'to'; may be modified for sequence offset by this method
1669    * @param verticalOffset
1670    *          the number of visible sequences to show above the mapped region
1671    */
1672   protected void scrollToCentre(SearchResultsI sr, int verticalOffset)
1673   {
1674     scrollToPosition(sr, verticalOffset, true);
1675   }
1676
1677   /**
1678    * Set a flag to say do not scroll any (cDNA/protein) complement.
1679    *
1680    * @param b
1681    */
1682   protected void setToScrollComplementPanel(boolean b)
1683   {
1684     this.scrollComplementaryPanel = b;
1685   }
1686
1687   /**
1688    * Get whether to scroll complement panel
1689    *
1690    * @return true if cDNA/protein complement panels should be scrolled
1691    */
1692   protected boolean isSetToScrollComplementPanel()
1693   {
1694     return this.scrollComplementaryPanel;
1695   }
1696
1697   /**
1698    * Redraw sensibly.
1699    *
1700    * @adjustHeight if true, try to recalculate panel height for visible
1701    *               annotations
1702    */
1703   protected void refresh(boolean adjustHeight)
1704   {
1705     validateAnnotationDimensions(adjustHeight);
1706     addNotify();
1707     if (adjustHeight)
1708     {
1709       // sort, repaint, update overview
1710       paintAlignment(true, false);
1711     }
1712     else
1713     {
1714       // lightweight repaint
1715       repaint();
1716     }
1717   }
1718
1719   @Override
1720   /**
1721    * Property change event fired when a change is made to the viewport ranges
1722    * object associated with this alignment panel's viewport
1723    */
1724   public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
1725   {
1726     // update this panel's scroll values based on the new viewport ranges values
1727     ViewportRanges ranges = av.getRanges();
1728     int x = ranges.getStartRes();
1729     int y = ranges.getStartSeq();
1730     setScrollValues(x, y);
1731
1732     // now update any complementary alignment (its viewport ranges object
1733     // is different so does not get automatically updated)
1734     if (isSetToScrollComplementPanel())
1735     {
1736       setToScrollComplementPanel(false);
1737       av.scrollComplementaryAlignment();
1738       setToScrollComplementPanel(true);
1739     }
1740   }
1741
1742   /**
1743    * Set the reference to the PCA/Tree chooser dialog for this panel. This
1744    * reference should be nulled when the dialog is closed.
1745    *
1746    * @param calculationChooser
1747    */
1748   public void setCalculationDialog(CalculationChooser calculationChooser)
1749   {
1750     calculationDialog = calculationChooser;
1751   }
1752
1753   /**
1754    * Returns the reference to the PCA/Tree chooser dialog for this panel (null
1755    * if none is open)
1756    */
1757   public CalculationChooser getCalculationDialog()
1758   {
1759     return calculationDialog;
1760   }
1761
1762   /**
1763    * Constructs and sets the title for the Overview window (if there is one),
1764    * including the align frame's title, and view name (if applicable). Returns
1765    * the title, or null if this panel has no Overview window open.
1766    *
1767    * @param alignFrame
1768    * @return
1769    */
1770   public String setOverviewTitle(AlignFrame alignFrame)
1771   {
1772     if (this.overviewPanel == null)
1773     {
1774       return null;
1775     }
1776     String overviewTitle = MessageManager
1777             .formatMessage("label.overview_params", new Object[]
1778             { alignFrame.getTitle() });
1779     String viewName = getViewName();
1780     if (viewName != null)
1781     {
1782       overviewTitle += (" " + viewName);
1783     }
1784     overviewPanel.setTitle(overviewTitle);
1785     return overviewTitle;
1786   }
1787
1788   /**
1789    * If this alignment panel has an Overview panel open, closes it
1790    */
1791   public void closeOverviewPanel()
1792   {
1793     if (overviewPanel != null)
1794     {
1795       overviewPanel.close();
1796       overviewPanel = null;
1797     }
1798   }
1799
1800 }