src/jalview/gui/AlignmentPanel.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import jalview.jbgui.GAlignmentPanel;\r
   4 import jalview.schemes.*;\r
   5 import jalview.analysis.*;\r
   6 import jalview.datamodel.*;\r
   7 import java.awt.*;\r
   8 import java.awt.event.*;\r
   9 import java.awt.print.*;\r
  10 import java.io.*;\r
  11 import java.awt.image.*;\r
  12 import org.jibble.epsgraphics.*;\r
  13 import javax.imageio.*;\r
  14 import javax.swing.*;\r
  15 \r
  16 \r
  17 \r
  18 public class AlignmentPanel extends GAlignmentPanel implements AdjustmentListener, Printable\r
  19 {\r
  20 \r
  21   AlignViewport     av;\r
  22   OverviewPanel overviewPanel;\r
  23   SeqPanel   seqPanel;\r
  24   IdPanel    idPanel;\r
  25   IdwidthAdjuster idwidthAdjuster;\r
  26   public AlignFrame alignFrame;\r
  27   ScalePanel scalePanel;\r
  28   AnnotationPanel annotationPanel;\r
  29   AnnotationLabels alabels;\r
  30 \r
  31   // this value is set false when selection area being dragged\r
  32   boolean fastPaint = true;\r
  33 \r
  34   public AlignmentPanel(AlignFrame af, final AlignViewport av)\r
  35   {\r
  36     alignFrame = af;\r
  37     this.av         = av;\r
  38     seqPanel        = new SeqPanel  (av, this);\r
  39     idPanel         = new IdPanel   (av, this);\r
  40 \r
  41     scalePanel = new ScalePanel(av, this);\r
  42 \r
  43     idPanelHolder.add(idPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  44     idwidthAdjuster = new IdwidthAdjuster(this);\r
  45     idSpaceFillerPanel1.add(idwidthAdjuster, BorderLayout.CENTER);\r
  46 \r
  47     annotationPanel = new AnnotationPanel(this);\r
  48     alabels = new AnnotationLabels(this);\r
  49 \r
  50     annotationSpaceFillerHolder.setPreferredSize(annotationPanel.getPreferredSize());\r
  51     annotationScroller.setPreferredSize(annotationPanel.getPreferredSize());\r
  52     annotationScroller.setViewportView(annotationPanel);\r
  53     annotationSpaceFillerHolder.add(alabels, BorderLayout.CENTER);\r
  54 \r
  55     fontChanged();\r
  56 \r
  57     scalePanelHolder.add(scalePanel, BorderLayout.CENTER);\r
  58     seqPanelHolder.add(seqPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  59 \r
  60     setScrollValues(0, 0);\r
  61 \r
  62     hscroll.addAdjustmentListener(this);\r
  63     vscroll.addAdjustmentListener(this);\r
  64 \r
  65    setFocusable(true);\r
  66    addKeyListener(new KeyAdapter()\r
  67    {\r
  68      public void keyPressed(KeyEvent evt)\r
  69      {\r
  70        switch(evt.getKeyCode())\r
  71        {\r
  72          case  27: // escape key\r
  73            av.setSelectionGroup(null);\r
  74            repaint();\r
  75            break;\r
  76          case KeyEvent.VK_X:\r
  77            if(evt.isControlDown())\r
  78            alignFrame.cut_actionPerformed(null);\r
  79            break;\r
  80          case KeyEvent.VK_C:\r
  81          if(evt.isControlDown())\r
  82            alignFrame.copy_actionPerformed(null);\r
  83            break;\r
  84          case KeyEvent.VK_V:\r
  85           if(evt.isControlDown())\r
  86            alignFrame.paste(true);\r
  87            break;\r
  88          case KeyEvent.VK_A:\r
  89          if(evt.isControlDown())\r
  90            alignFrame.selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed(null);\r
  91            break;\r
  92         case KeyEvent.VK_DOWN:\r
  93           alignFrame.moveSelectedSequences(false);\r
  94           break;\r
  95         case KeyEvent.VK_UP:\r
  96           alignFrame.moveSelectedSequences(true);\r
  97           break;\r
  98         case KeyEvent.VK_F:\r
  99          if(evt.isControlDown())\r
 100           alignFrame.findMenuItem_actionPerformed(null);\r
 101           break;\r
 102        }\r
 103      }\r
 104    });\r
 105   }\r
 106 \r
 107   public void fontChanged()\r
 108   {\r
 109     // set idCanvas bufferedImage to null\r
 110     // to prevent drawing old image\r
 111     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 112 \r
 113     scalePanelHolder.setPreferredSize(new Dimension(10, av.charHeight+fm.getDescent()));\r
 114     idSpaceFillerPanel1.setPreferredSize(new Dimension(10, av.charHeight+fm.getDescent()));\r
 115 \r
 116     idPanel.idCanvas.gg = null;\r
 117     annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
 118     Dimension d = calculateIdWidth();\r
 119     d.setSize(d.width + 4, d.height);\r
 120     idPanel.idCanvas.setPreferredSize(d);\r
 121     hscrollFillerPanel.setPreferredSize(d);\r
 122     repaint();\r
 123   }\r
 124 \r
 125 \r
 126   Dimension calculateIdWidth()\r
 127   {\r
 128     Graphics g = this.getGraphics();\r
 129     if(g==null)\r
 130     {\r
 131       javax.swing.JFrame f = new javax.swing.JFrame();\r
 132       f.addNotify();\r
 133       g = f.getGraphics();\r
 134     }\r
 135 \r
 136     FontMetrics fm = g.getFontMetrics(av.font);\r
 137     AlignmentI al = av.getAlignment();\r
 138 \r
 139        int i   = 0;\r
 140        int idWidth = 0;\r
 141        String id;\r
 142        while (i < al.getHeight() && al.getSequenceAt(i) != null)\r
 143        {\r
 144          SequenceI s   = al.getSequenceAt(i);\r
 145          if(av.getShowFullId())\r
 146            id   = s.getDisplayId();\r
 147          else\r
 148            id = s.getName();\r
 149 \r
 150          if (fm.stringWidth(id) > idWidth)\r
 151            idWidth = fm.stringWidth(id);\r
 152          i++;\r
 153        }\r
 154 \r
 155        // Also check annotation label widths\r
 156        i=0;\r
 157        if(al.getAlignmentAnnotation()!=null)\r
 158        {\r
 159          fm = g.getFontMetrics(alabels.getFont());\r
 160          while (i < al.getAlignmentAnnotation().length)\r
 161          {\r
 162            String label = al.getAlignmentAnnotation()[i].label;\r
 163            if (fm.stringWidth(label) > idWidth)\r
 164              idWidth = fm.stringWidth(label);\r
 165            i++;\r
 166          }\r
 167        }\r
 168 \r
 169        return new Dimension(idWidth, 12);\r
 170   }\r
 171 \r
 172 \r
 173  public void highlightSearchResults(int [] results)\r
 174  {\r
 175    seqPanel.seqCanvas.highlightSearchResults( results );\r
 176 \r
 177    // do we need to scroll the panel?\r
 178    if(results!=null && (av.getStartSeq()>results[0]\r
 179                         || av.getEndSeq()<results[0]\r
 180                         || av.getStartRes()>results[1]\r
 181                         || av.getEndRes()<results[2]))\r
 182        setScrollValues(results[1], results[0]);\r
 183 \r
 184 \r
 185  }\r
 186 \r
 187 \r
 188  public OverviewPanel getOverviewPanel()\r
 189  {\r
 190    return overviewPanel;\r
 191  }\r
 192 \r
 193  public void setOverviewPanel(OverviewPanel op)\r
 194  {\r
 195    overviewPanel = op;\r
 196  }\r
 197 \r
 198 \r
 199   public void setAnnotationVisible(boolean b)\r
 200   {\r
 201     annotationSpaceFillerHolder.setVisible(b);\r
 202     annotationScroller.setVisible(b);\r
 203   }\r
 204 \r
 205 \r
 206   public void setWrapAlignment(boolean wrap)\r
 207   {\r
 208     scalePanelHolder.setVisible(!wrap);\r
 209     hscroll.setVisible(!wrap);\r
 210     idwidthAdjuster.setVisible(!wrap);\r
 211 \r
 212     av.setShowAnnotation(!wrap);\r
 213     annotationScroller.setVisible(!wrap);\r
 214     annotationSpaceFillerHolder.setVisible(!wrap);\r
 215     idSpaceFillerPanel1.setVisible(!wrap);\r
 216 \r
 217     repaint();\r
 218 \r
 219   }\r
 220 \r
 221 \r
 222   public void setColourScheme()\r
 223   {\r
 224     ColourSchemeI cs = av.getGlobalColourScheme();\r
 225 \r
 226     if(av.getConservationSelected())\r
 227     {\r
 228 \r
 229        Alignment al = (Alignment)av.getAlignment();\r
 230        Conservation c = new Conservation("All",\r
 231                             ResidueProperties.propHash, 3, al.getSequences(), 0,\r
 232                             al.getWidth() );\r
 233 \r
 234        c.calculate();\r
 235        c.verdict(false, av.ConsPercGaps);\r
 236        ConservationColourScheme ccs = new ConservationColourScheme(c, cs);\r
 237 \r
 238        av.setGlobalColourScheme( ccs );\r
 239 \r
 240     }\r
 241 \r
 242     repaint();\r
 243   }\r
 244 \r
 245 \r
 246   int hextent = 0;\r
 247   int vextent = 0;\r
 248 \r
 249   // return value is true if the scroll is valid\r
 250   public boolean scrollUp(boolean up)\r
 251   {\r
 252     if(up)\r
 253     {\r
 254       if(vscroll.getValue()<1)\r
 255         return false;\r
 256       fastPaint  = false;\r
 257       vscroll.setValue(vscroll.getValue() - 1);\r
 258     }\r
 259     else\r
 260     {\r
 261      if(vextent+vscroll.getValue() >= av.getAlignment().getHeight())\r
 262        return false;\r
 263       fastPaint  = false;\r
 264       vscroll.setValue(vscroll.getValue() + 1);\r
 265     }\r
 266     fastPaint = true;\r
 267     return true;\r
 268   }\r
 269 \r
 270   public boolean scrollRight(boolean right)\r
 271   {\r
 272 \r
 273     if (right)\r
 274     {\r
 275       if (hscroll.getValue() < 1)\r
 276         return false;\r
 277       fastPaint = false;\r
 278       hscroll.setValue(hscroll.getValue() - 1);\r
 279     }\r
 280     else\r
 281     {\r
 282       if (hextent + hscroll.getValue() >= av.getAlignment().getWidth())\r
 283         return false;\r
 284       fastPaint = false;\r
 285       hscroll.setValue(hscroll.getValue() + 1);\r
 286     }\r
 287     fastPaint = true;\r
 288     return true;\r
 289   }\r
 290 \r
 291 \r
 292   public void setScrollValues(int x, int y)\r
 293   {\r
 294     av.setEndRes(x + seqPanel.seqCanvas.getWidth()/av.getCharWidth()-1);\r
 295 \r
 296     hextent = seqPanel.seqCanvas.getWidth()/av.charWidth;\r
 297     vextent = seqPanel.seqCanvas.getHeight()/av.charHeight;\r
 298 \r
 299     if(hextent > av.alignment.getWidth())\r
 300       hextent = av.alignment.getWidth();\r
 301     if(vextent > av.alignment.getHeight())\r
 302       vextent = av.alignment.getHeight();\r
 303 \r
 304     if(hextent+x  >  av.getAlignment().getWidth())\r
 305       x =  av.getAlignment().getWidth()- hextent;\r
 306 \r
 307     if(vextent+y > av.getAlignment().getHeight())\r
 308       y = av.getAlignment().getHeight() - vextent;\r
 309 \r
 310     if(y<0)\r
 311       y = 0;\r
 312 \r
 313     if(x<0)\r
 314       x=0;\r
 315 \r
 316     hscroll.setValues(x,hextent,0,av.getAlignment().getWidth());\r
 317     vscroll.setValues(y,vextent,0,av.getAlignment().getHeight() );\r
 318 \r
 319 \r
 320 \r
 321   }\r
 322 \r
 323 \r
 324   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
 325   {\r
 326     int oldX = av.getStartRes();\r
 327     int oldY = av.getStartSeq();\r
 328 \r
 329     if (evt.getSource() == hscroll)\r
 330     {\r
 331       int x = hscroll.getValue();\r
 332       av.setStartRes(x);\r
 333       av.setEndRes(x + seqPanel.seqCanvas.getWidth()/av.getCharWidth()-1);\r
 334     }\r
 335 \r
 336     if (evt.getSource() == vscroll)\r
 337     {\r
 338       int offy = vscroll.getValue();\r
 339       if (av.getWrapAlignment())\r
 340       {\r
 341         int rowSize = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getWidth());\r
 342         av.setStartRes( vscroll.getValue() * rowSize );\r
 343         av.setEndRes( (vscroll.getValue()+1) * rowSize );\r
 344       }\r
 345       else\r
 346       {\r
 347         av.setStartSeq(offy);\r
 348         av.setEndSeq(offy + seqPanel.seqCanvas.getHeight() / av.getCharHeight());\r
 349       }\r
 350     }\r
 351 \r
 352     if(overviewPanel!=null)\r
 353       overviewPanel.setBoxPosition();\r
 354 \r
 355     if(av.getWrapAlignment() || !fastPaint)\r
 356       repaint();\r
 357     else\r
 358     {\r
 359       idPanel.idCanvas.fastPaint(av.getStartSeq() - oldY);\r
 360       seqPanel.seqCanvas.fastPaint(av.getStartRes() - oldX,\r
 361                                    av.getStartSeq() - oldY);\r
 362 \r
 363       scalePanel.repaint();\r
 364       if (av.getShowAnnotation())\r
 365         annotationPanel.fastPaint(av.getStartRes() - oldX);\r
 366     }\r
 367 \r
 368   }\r
 369 \r
 370 \r
 371   public void paintComponent(Graphics g)\r
 372   {\r
 373     invalidate();\r
 374     Dimension d = idPanel.idCanvas.getPreferredSize();\r
 375     idPanelHolder.setPreferredSize(d);\r
 376     hscrollFillerPanel.setPreferredSize(new Dimension(d.width, 12));\r
 377     validate();\r
 378 \r
 379     if (av.getWrapAlignment())\r
 380     {\r
 381       int max = av.alignment.getWidth() / seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getWidth());\r
 382       vscroll.setMaximum(max);\r
 383       vscroll.setUnitIncrement(1);\r
 384       vscroll.setVisibleAmount(1);\r
 385     }\r
 386     else\r
 387     {\r
 388       setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
 389     }\r
 390 \r
 391 \r
 392 \r
 393   }\r
 394 \r
 395   public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi) throws PrinterException\r
 396   {\r
 397     pg.translate((int)pf.getImageableX(), (int)pf.getImageableY());\r
 398 \r
 399     int pwidth = (int) pf.getImageableWidth();\r
 400     int pheight = (int) pf.getImageableHeight();\r
 401 \r
 402     if (av.getWrapAlignment())\r
 403       return printWrappedAlignment(pg, pwidth,pheight, pi);\r
 404     else\r
 405       return printUnwrapped(pg,pwidth, pheight,pi);\r
 406   }\r
 407 \r
 408   public int printUnwrapped(Graphics pg, int pwidth, int pheight, int pi) throws PrinterException\r
 409   {\r
 410 \r
 411       int idWidth = calculateIdWidth().width + 4;\r
 412       FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 413       int scaleHeight = av.charHeight + fm.getDescent();\r
 414 \r
 415       pg.setColor(Color.white);\r
 416       pg.fillRect(0, 0, pwidth, pheight);\r
 417       pg.setFont(av.getFont());\r
 418 \r
 419       ////////////////////////////////////\r
 420       /// How many sequences and residues can we fit on a printable page?\r
 421       int totalRes = (pwidth - idWidth) / av.getCharWidth();\r
 422 \r
 423       int totalSeq = (int) ( (pheight - scaleHeight) / av.getCharHeight()) - 1;\r
 424 \r
 425       int pagesWide = av.getAlignment().getWidth() / totalRes + 1;\r
 426 \r
 427       /////////////////////////////\r
 428       /// Only print these sequences and residues on this page\r
 429       int startRes, endRes, startSeq, endSeq;\r
 430       startRes = (pi % pagesWide) * totalRes;\r
 431       endRes = startRes + totalRes - 1;\r
 432       if (endRes > av.getAlignment().getWidth()-1)\r
 433         endRes = av.getAlignment().getWidth()-1;\r
 434 \r
 435       startSeq = (pi / pagesWide) * totalSeq;\r
 436       endSeq = startSeq + totalSeq;\r
 437       if (endSeq > av.getAlignment().getHeight())\r
 438         endSeq = av.getAlignment().getHeight();\r
 439 \r
 440       int pagesHigh = ( (av.alignment.getHeight() / totalSeq) + 1) * pheight;\r
 441 \r
 442       if (av.showAnnotation)\r
 443         pagesHigh += annotationPanel.getHeight();\r
 444 \r
 445       pagesHigh /= pheight;\r
 446 \r
 447       if (pi >= pagesWide * pagesHigh)\r
 448         return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 449 \r
 450         //draw Scale\r
 451       pg.translate(idWidth, 0);\r
 452       scalePanel.drawScale(pg, startRes, endRes, pwidth - idWidth, scaleHeight);\r
 453       pg.translate( -idWidth, scaleHeight);\r
 454       ////////////////\r
 455       // Draw the ids\r
 456       Color currentColor = null;\r
 457       Color currentTextColor = null;\r
 458       for (int i = startSeq; i < endSeq; i++)\r
 459       {\r
 460         if (av.getSelectionGroup() != null &&\r
 461             av.getSelectionGroup().sequences.\r
 462             contains(av.getAlignment().getSequenceAt(i)))\r
 463         {\r
 464           currentColor = Color.gray;\r
 465           currentTextColor = Color.black;\r
 466         }\r
 467         else\r
 468         {\r
 469           currentColor = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getColor();\r
 470           currentTextColor = Color.black;\r
 471         }\r
 472 \r
 473         pg.setColor(currentColor);\r
 474         pg.fillRect(0,\r
 475                     jalview.analysis.AlignmentUtil.getPixelHeight(startSeq, i,\r
 476             av.getCharHeight()),\r
 477                     idWidth,\r
 478                     av.getCharHeight());\r
 479 \r
 480         pg.setColor(currentTextColor);\r
 481 \r
 482         String string = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getName();\r
 483         if (av.getShowFullId())\r
 484           string = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getDisplayId();\r
 485 \r
 486         pg.drawString(string, 0, jalview.analysis.AlignmentUtil.getPixelHeight\r
 487                       (startSeq, i, av.getCharHeight()) + av.getCharHeight() -\r
 488                       (av.getCharHeight() / 5));\r
 489       }\r
 490 \r
 491       // draw main sequence panel\r
 492       pg.translate(idWidth, 0);\r
 493       seqPanel.seqCanvas.drawPanel(pg, startRes, endRes, startSeq, endSeq,\r
 494                                    startRes, startSeq, 0);\r
 495 \r
 496 \r
 497       if (av.showAnnotation && endSeq == av.alignment.getHeight())\r
 498       {\r
 499         pg.translate( -idWidth, (endSeq - startSeq) * av.charHeight);\r
 500         alabels.drawComponent( (Graphics2D) pg);\r
 501         pg.translate(idWidth, 0);\r
 502         annotationPanel.drawComponent( (Graphics2D) pg, startRes, endRes+1);\r
 503       }\r
 504 \r
 505       return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 506 \r
 507   }\r
 508 \r
 509 \r
 510   public int printWrappedAlignment(Graphics pg, int pwidth, int pheight, int pi) throws PrinterException\r
 511   {\r
 512       int idWidth = calculateIdWidth().width + 4;\r
 513 \r
 514       int resWidth = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(pwidth - idWidth);\r
 515       int totalHeight = totalHeight = (av.alignment.getHeight() + 2) *\r
 516           ( (av.alignment.getWidth()\r
 517              / resWidth) + 1) * av.charHeight;\r
 518 \r
 519 \r
 520       pg.setColor(Color.white);\r
 521       pg.fillRect(0, 0, pwidth, pheight);\r
 522       pg.setFont(av.getFont());\r
 523 \r
 524       ////////////////\r
 525       // Draw the ids\r
 526       pg.setColor(Color.black);\r
 527 \r
 528       pg.translate(0, -pi * pheight);\r
 529 \r
 530       pg.setClip(0,pi*pheight,pwidth, pheight);\r
 531 \r
 532       int ypos = 2 * av.charHeight;\r
 533       do\r
 534       {\r
 535         for (int i = 0; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
 536         {\r
 537           SequenceI s = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 538           String string = s.getName();\r
 539           if (av.getShowFullId())\r
 540             string = s.getDisplayId();\r
 541 \r
 542           pg.drawString(string, 0,\r
 543                         AlignmentUtil.getPixelHeight(0, i, av.charHeight) +\r
 544                         ypos +\r
 545                         av.charHeight - (av.charHeight / 5));\r
 546 \r
 547         }\r
 548 \r
 549         ypos += (av.alignment.getHeight() + 2) * av.charHeight;\r
 550 \r
 551       }\r
 552       while (ypos < totalHeight);\r
 553 \r
 554       pg.translate(idWidth, 0);\r
 555 \r
 556       seqPanel.seqCanvas.drawWrappedPanel(pg, pwidth - idWidth, totalHeight, 0);\r
 557 \r
 558       if (pi * pheight < totalHeight)\r
 559         return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 560       else\r
 561         return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 562 \r
 563 \r
 564 \r
 565   }\r
 566 \r
 567 \r
 568   public void makeEPS()\r
 569   {\r
 570     int height = (av.alignment.getWidth() / av.getChunkWidth() +1) * av.chunkHeight;\r
 571     int width = seqPanel.getWidth() + idPanel.getWidth();\r
 572 \r
 573     if (!av.getWrapAlignment())\r
 574     {\r
 575       height = (av.alignment.getHeight()+1) * av.charHeight + 30;\r
 576       width = idPanel.getWidth() + av.alignment.getWidth() * av.charWidth;\r
 577     }\r
 578     if(av.getShowAnnotation())\r
 579    {\r
 580      height += annotationPanel.getPreferredSize().height;\r
 581    }\r
 582 \r
 583     try\r
 584     {\r
 585       jalview.io.JalviewFileChooser chooser = new jalview.io.JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(\r
 586           "LAST_DIRECTORY"), new String[]{"eps"}, "Encapsulated Postscript");\r
 587       chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());\r
 588       chooser.setDialogTitle("Create EPS file from alignment");\r
 589       chooser.setToolTipText("Save");\r
 590 \r
 591       int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
 592       if (value != jalview.io.JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 593         return;\r
 594 \r
 595       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",chooser.getSelectedFile().getPath());\r
 596       FileOutputStream out = new FileOutputStream(chooser.getSelectedFile());\r
 597       EpsGraphics2D pg = new EpsGraphics2D("Example", out, 0, 0, width, height);\r
 598 \r
 599         if (av.getWrapAlignment())\r
 600           printWrappedAlignment(pg, width, height, 0);\r
 601         else\r
 602           printUnwrapped(pg, width, height, 0);\r
 603 \r
 604 \r
 605         pg.flush();\r
 606         pg.close();\r
 607     }\r
 608     catch (Exception ex)\r
 609     {\r
 610       ex.printStackTrace();\r
 611     }\r
 612   }\r
 613 \r
 614   public void makePNG()\r
 615   {\r
 616       int height = (av.alignment.getWidth() / av.getChunkWidth() +1) * av.chunkHeight;\r
 617       int width = seqPanel.getWidth() + idPanel.getWidth();\r
 618 \r
 619       if (!av.getWrapAlignment())\r
 620       {\r
 621         height = (av.alignment.getHeight()+1) * av.charHeight + 30;\r
 622         width = idPanel.getWidth() + av.alignment.getWidth() * av.charWidth;\r
 623       }\r
 624 \r
 625       if(av.getShowAnnotation())\r
 626       {\r
 627         height += annotationPanel.getPreferredSize().height;\r
 628       }\r
 629 \r
 630 \r
 631 \r
 632     try\r
 633     {\r
 634       jalview.io.JalviewFileChooser chooser = new jalview.io.JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(\r
 635           "LAST_DIRECTORY"), new String[]{"png"}, "Portable network graphics");\r
 636       chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());\r
 637       chooser.setDialogTitle("Create EPS file from alignment");\r
 638       chooser.setToolTipText("Save");\r
 639 \r
 640       int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
 641       if (value != jalview.io.JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 642         return;\r
 643 \r
 644       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",chooser.getSelectedFile().getPath());\r
 645       FileOutputStream out = new FileOutputStream(chooser.getSelectedFile());\r
 646 \r
 647       BufferedImage bi = new BufferedImage(width, height, BufferedImage.TYPE_INT_RGB);\r
 648       Graphics2D png = (Graphics2D)bi.getGraphics();\r
 649 \r
 650       png.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
 651 \r
 652         if (av.getWrapAlignment())\r
 653           printWrappedAlignment(png, width, height, 0);\r
 654         else\r
 655           printUnwrapped(png, width, height, 0);\r
 656 \r
 657         ImageIO.write(bi, "png", out);\r
 658         out.close();\r
 659     }\r
 660     catch (Exception ex)\r
 661     {\r
 662       ex.printStackTrace();\r
 663     }\r
 664   }\r
 665 \r
 666 }\r
 667 \r
 668 class Preview extends JFrame\r
 669 {\r
 670 \r
 671   public Preview(Image image)\r
 672   {\r
 673     setResizable(true);\r
 674     setSize(image.getWidth(this), image.getHeight(this));\r
 675     setVisible(true);\r
 676     getContentPane().setLayout(new BorderLayout());\r
 677     getContentPane().add(new PreviewPanel(image), BorderLayout.CENTER);\r
 678     validate();\r
 679     repaint();\r
 680   }\r
 681 }\r
 682 \r
 683 class PreviewPanel extends JPanel\r
 684 {\r
 685   Image image;\r
 686   public PreviewPanel(Image image)\r
 687   {\r
 688     this.image = image;\r
 689   }\r
 690   public void paintComponent(Graphics g)\r
 691   {\r
 692     if(image!=null)\r
 693       g.drawImage(image,0,0,this);\r
 694     else\r
 695       System.out.println("image is null");\r
 696   }\r
 697 }\r
 698 \r
 699 \r
 700 \r
 701 \r