Remove system.out
[jalview.git] / src / jalview / gui / AlignmentPanel.java
1 /*\r
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
4  *\r
5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
9  *\r
10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
13  * GNU General Public License for more details.\r
14  *\r
15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
18  */\r
19 package jalview.gui;\r
20 \r
21 import jalview.datamodel.*;\r
22 \r
23 import jalview.jbgui.*;\r
24 \r
25 import jalview.schemes.*;\r
26 \r
27 import java.awt.*;\r
28 import java.awt.event.*;\r
29 import java.awt.print.*;\r
30 \r
31 import java.io.*;\r
32 \r
33 import javax.swing.*;\r
34 \r
35 \r
36 /**\r
37  * DOCUMENT ME!\r
38  *\r
39  * @author $author$\r
40  * @version $Revision$\r
41  */\r
42 public class AlignmentPanel extends GAlignmentPanel\r
43     implements AdjustmentListener, Printable\r
44 {\r
45   public AlignViewport av;\r
46   OverviewPanel overviewPanel;\r
47   SeqPanel seqPanel;\r
48   IdPanel idPanel;\r
49   IdwidthAdjuster idwidthAdjuster;\r
50 \r
51   /** DOCUMENT ME!! */\r
52   public AlignFrame alignFrame;\r
53   ScalePanel scalePanel;\r
54   AnnotationPanel annotationPanel;\r
55   AnnotationLabels alabels;\r
56 \r
57   // this value is set false when selection area being dragged\r
58   boolean fastPaint = true;\r
59   int hextent = 0;\r
60   int vextent = 0;\r
61 \r
62   /**\r
63    * Creates a new AlignmentPanel object.\r
64    *\r
65    * @param af DOCUMENT ME!\r
66    * @param av DOCUMENT ME!\r
67    */\r
68   public AlignmentPanel(AlignFrame af, final AlignViewport av)\r
69   {\r
70     alignFrame = af;\r
71     this.av = av;\r
72     seqPanel = new SeqPanel(av, this);\r
73     idPanel = new IdPanel(av, this);\r
74 \r
75     scalePanel = new ScalePanel(av, this);\r
76 \r
77     idPanelHolder.add(idPanel, BorderLayout.CENTER);\r
78     idwidthAdjuster = new IdwidthAdjuster(this);\r
79     idSpaceFillerPanel1.add(idwidthAdjuster, BorderLayout.CENTER);\r
80 \r
81     annotationPanel = new AnnotationPanel(this);\r
82     alabels = new AnnotationLabels(this);\r
83 \r
84 \r
85     annotationScroller.setViewportView(annotationPanel);\r
86     annotationSpaceFillerHolder.add(alabels, BorderLayout.CENTER);\r
87 \r
88     fontChanged();\r
89 \r
90     scalePanelHolder.add(scalePanel, BorderLayout.CENTER);\r
91     seqPanelHolder.add(seqPanel, BorderLayout.CENTER);\r
92 \r
93     setScrollValues(0, 0);\r
94 \r
95     adjustAnnotationHeight();\r
96 \r
97     setAnnotationVisible(av.getShowAnnotation());\r
98 \r
99     hscroll.addAdjustmentListener(this);\r
100     vscroll.addAdjustmentListener(this);\r
101 \r
102     af.addKeyListener(new KeyAdapter()\r
103     {\r
104       public void keyPressed(KeyEvent evt)\r
105       {\r
106         if(av.cursorMode\r
107            && evt.getKeyCode()>=KeyEvent.VK_0\r
108            && evt.getKeyCode()<=KeyEvent.VK_9)\r
109         {\r
110           seqPanel.numberPressed(evt.getKeyChar());\r
111         }\r
112 \r
113         switch (evt.getKeyCode())\r
114         {\r
115           case 27: // escape key\r
116             alignFrame.deselectAllSequenceMenuItem_actionPerformed(null);\r
117 \r
118             break;\r
119 \r
120           case KeyEvent.VK_DOWN:\r
121             if(av.cursorMode)\r
122             {\r
123               seqPanel.moveCursor(0,1);\r
124             }\r
125             else\r
126               alignFrame.moveSelectedSequences(false);\r
127             break;\r
128 \r
129           case KeyEvent.VK_UP:\r
130             if (av.cursorMode)\r
131             {\r
132               seqPanel.moveCursor(0,-1);\r
133             }\r
134             else\r
135               alignFrame.moveSelectedSequences(true);\r
136             break;\r
137 \r
138           case KeyEvent.VK_LEFT:\r
139             if(av.cursorMode)\r
140             {\r
141               seqPanel.moveCursor(-1,0);\r
142             }\r
143             break;\r
144 \r
145           case KeyEvent.VK_RIGHT:\r
146             if (av.cursorMode)\r
147             {\r
148               seqPanel.moveCursor(1,0);\r
149             }\r
150             break;\r
151 \r
152           case KeyEvent.VK_SPACE:\r
153             if(av.cursorMode)\r
154             {\r
155               seqPanel.insertGapAtCursor(evt.isControlDown() || evt.isShiftDown());\r
156             }\r
157             break;\r
158 \r
159           case KeyEvent.VK_DELETE:\r
160           case KeyEvent.VK_BACK_SPACE:\r
161             if(!av.cursorMode)\r
162             {\r
163               alignFrame.cut_actionPerformed(null);\r
164             }\r
165             else\r
166               seqPanel.deleteGapAtCursor(evt.isControlDown() || evt.isShiftDown());\r
167 \r
168             break;\r
169 \r
170           case KeyEvent.VK_S:\r
171             if(av.cursorMode)\r
172             {\r
173               seqPanel.setCursorRow();\r
174             }\r
175             break;\r
176           case KeyEvent.VK_C:\r
177             if(av.cursorMode && !evt.isControlDown())\r
178             {\r
179               seqPanel.setCursorColumn();\r
180             }\r
181             break;\r
182           case KeyEvent.VK_P:\r
183             if(av.cursorMode)\r
184             {\r
185               seqPanel.setCursorPosition();\r
186             }\r
187             break;\r
188 \r
189           case KeyEvent.VK_ENTER:\r
190           case KeyEvent.VK_COMMA:\r
191             if(av.cursorMode)\r
192             {\r
193               seqPanel.setCursorRowAndColumn();\r
194             }\r
195             break;\r
196 \r
197           case KeyEvent.VK_Q:\r
198             if(av.cursorMode)\r
199             {\r
200               seqPanel.setSelectionAreaAtCursor(true);\r
201             }\r
202             break;\r
203           case KeyEvent.VK_M:\r
204             if(av.cursorMode)\r
205             {\r
206               seqPanel.setSelectionAreaAtCursor(false);\r
207             }\r
208             break;\r
209 \r
210          case KeyEvent.VK_F2:\r
211            av.cursorMode = ! av.cursorMode;\r
212            alignFrame.statusBar.setText("Keyboard editing mode is "+\r
213                (av.cursorMode ? "on" : "off"));\r
214            if(av.cursorMode)\r
215            {\r
216              seqPanel.seqCanvas.cursorX = av.startRes;\r
217              seqPanel.seqCanvas.cursorY = av.startSeq;\r
218            }\r
219            seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
220            break;\r
221 \r
222           case KeyEvent.VK_F1:\r
223             try\r
224             {\r
225               ClassLoader cl = jalview.gui.Desktop.class.getClassLoader();\r
226               java.net.URL url = javax.help.HelpSet.findHelpSet(cl, "help/help");\r
227               javax.help.HelpSet hs = new javax.help.HelpSet(cl, url);\r
228 \r
229               javax.help.HelpBroker hb = hs.createHelpBroker();\r
230               hb.setCurrentID("home");\r
231               hb.setDisplayed(true);\r
232             }\r
233             catch (Exception ex)\r
234             {\r
235               ex.printStackTrace();\r
236             }\r
237             break;\r
238           case KeyEvent.VK_H:\r
239           {\r
240             boolean toggleSeqs = !evt.isControlDown();\r
241             boolean toggleCols = !evt.isShiftDown();\r
242 \r
243             boolean hide = false;\r
244 \r
245             SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
246             if(toggleSeqs)\r
247              {\r
248                if(sg != null && sg.getSize(false) != av.alignment.getHeight())\r
249                {\r
250                  alignFrame.hideSelSequences_actionPerformed(null);\r
251                  hide = true;\r
252                }\r
253                else if (!(toggleCols && av.colSel.getSelected().size() > 0))\r
254                  alignFrame.showAllSeqs_actionPerformed(null);\r
255              }\r
256 \r
257              if (toggleCols)\r
258              {\r
259                if(av.colSel.getSelected().size() > 0)\r
260                {\r
261                  alignFrame.hideSelColumns_actionPerformed(null);\r
262                  if(!toggleSeqs)\r
263                    av.selectionGroup = sg;\r
264                }\r
265                else if(!hide)\r
266                  alignFrame.showAllColumns_actionPerformed(null);\r
267              }\r
268             break;\r
269           }\r
270 \r
271         }\r
272       }\r
273     });\r
274   }\r
275 \r
276   /**\r
277    * DOCUMENT ME!\r
278    */\r
279   public void fontChanged()\r
280   {\r
281     // set idCanvas bufferedImage to null\r
282     // to prevent drawing old image\r
283     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
284 \r
285     scalePanelHolder.setPreferredSize(new Dimension(10,\r
286         av.charHeight + fm.getDescent()));\r
287     idSpaceFillerPanel1.setPreferredSize(new Dimension(10,\r
288         av.charHeight + fm.getDescent()));\r
289 \r
290     idPanel.idCanvas.gg = null;\r
291     seqPanel.seqCanvas.img = null;\r
292     annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
293 \r
294     Dimension d = calculateIdWidth();\r
295     d.setSize(d.width + 4, d.height);\r
296     idPanel.idCanvas.setPreferredSize(d);\r
297     hscrollFillerPanel.setPreferredSize(d);\r
298 \r
299     if (av.getWrapAlignment())\r
300     {\r
301       int max = av.alignment.getWidth() /\r
302           seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getWidth());\r
303       vscroll.setMaximum(max);\r
304       vscroll.setUnitIncrement(1);\r
305       vscroll.setVisibleAmount(1);\r
306     }\r
307     else\r
308     {\r
309       setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
310     }\r
311 \r
312     if (overviewPanel != null)\r
313       overviewPanel.setBoxPosition();\r
314 \r
315     repaint();\r
316   }\r
317 \r
318   /**\r
319    * DOCUMENT ME!\r
320    *\r
321    * @return DOCUMENT ME!\r
322    */\r
323   public Dimension calculateIdWidth()\r
324   {\r
325     Container c = new Container();\r
326 \r
327     FontMetrics fm = c.getFontMetrics(av.font);\r
328     AlignmentI al = av.getAlignment();\r
329 \r
330     int i = 0;\r
331     int idWidth = 0;\r
332     String id;\r
333 \r
334     while ( (i < al.getHeight()) && (al.getSequenceAt(i) != null))\r
335     {\r
336       SequenceI s = al.getSequenceAt(i);\r
337 \r
338       id = s.getDisplayId(av.getShowJVSuffix());\r
339 \r
340       if (fm.stringWidth(id) > idWidth)\r
341       {\r
342         idWidth = fm.stringWidth(id);\r
343       }\r
344 \r
345       i++;\r
346     }\r
347 \r
348     // Also check annotation label widths\r
349     i = 0;\r
350 \r
351     if (al.getAlignmentAnnotation() != null)\r
352     {\r
353       fm = c.getFontMetrics(alabels.getFont());\r
354 \r
355       while (i < al.getAlignmentAnnotation().length)\r
356       {\r
357         String label = al.getAlignmentAnnotation()[i].label;\r
358 \r
359         if (fm.stringWidth(label) > idWidth)\r
360         {\r
361           idWidth = fm.stringWidth(label);\r
362         }\r
363 \r
364         i++;\r
365       }\r
366     }\r
367 \r
368     return new Dimension(idWidth, 12);\r
369   }\r
370 \r
371   /**\r
372    * DOCUMENT ME!\r
373    *\r
374    * @param results DOCUMENT ME!\r
375    */\r
376   public void highlightSearchResults(SearchResults results)\r
377   {\r
378     seqPanel.seqCanvas.highlightSearchResults(results);\r
379 \r
380     // do we need to scroll the panel?\r
381     if (results != null)\r
382     {\r
383       SequenceI seq = results.getResultSequence(0);\r
384       int seqIndex = av.alignment.findIndex(seq);\r
385       int start = seq.findIndex(results.getResultStart(0)) - 1;\r
386       int end = seq.findIndex(results.getResultEnd(0)) - 1;\r
387 \r
388       if(!av.wrapAlignment)\r
389       {\r
390         if ( (av.getStartRes() > end)  || (av.getEndRes() < start) ||\r
391            ( (av.getStartSeq() > seqIndex) || (av.getEndSeq() < seqIndex)))\r
392         {\r
393           setScrollValues(start, seqIndex);\r
394         }\r
395       }\r
396       else\r
397       {\r
398         scrollToWrappedVisible(start);\r
399       }\r
400     }\r
401   }\r
402 \r
403   void scrollToWrappedVisible(int res)\r
404   {\r
405     int cwidth = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getWidth());\r
406     if( res<=av.getStartRes() || res>=(av.getStartRes()+cwidth) )\r
407     {\r
408       vscroll.setValue(res / cwidth);\r
409       av.startRes = vscroll.getValue() * cwidth;\r
410     }\r
411   }\r
412 \r
413   /**\r
414    * DOCUMENT ME!\r
415    *\r
416    * @return DOCUMENT ME!\r
417    */\r
418   public OverviewPanel getOverviewPanel()\r
419   {\r
420     return overviewPanel;\r
421   }\r
422 \r
423   /**\r
424    * DOCUMENT ME!\r
425    *\r
426    * @param op DOCUMENT ME!\r
427    */\r
428   public void setOverviewPanel(OverviewPanel op)\r
429   {\r
430     overviewPanel = op;\r
431   }\r
432 \r
433   /**\r
434    * DOCUMENT ME!\r
435    *\r
436    * @param b DOCUMENT ME!\r
437    */\r
438   public void setAnnotationVisible(boolean b)\r
439   {\r
440     if (!av.wrapAlignment)\r
441     {\r
442       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(b);\r
443       annotationScroller.setVisible(b);\r
444     }\r
445     repaint();\r
446   }\r
447 \r
448   public void adjustAnnotationHeight()\r
449   {\r
450     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
451     {\r
452       public void run()\r
453       {\r
454           while(alignFrame.getHeight()==0)\r
455           {\r
456             Thread.yield();\r
457           }\r
458 \r
459         int height = annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
460 \r
461         if (height > alignFrame.getHeight() / 2)\r
462         {\r
463           height = alignFrame.getHeight() / 2;\r
464         }\r
465 \r
466         annotationScroller.setPreferredSize(\r
467             new Dimension(annotationScroller.getWidth(),\r
468                           height));\r
469 \r
470         annotationSpaceFillerHolder.setPreferredSize(new Dimension(\r
471             annotationSpaceFillerHolder.getWidth(),\r
472             height));\r
473 \r
474         annotationPanel.repaint();\r
475         repaint();\r
476       }\r
477     });\r
478   }\r
479 \r
480   /**\r
481    * DOCUMENT ME!\r
482    *\r
483    * @param wrap DOCUMENT ME!\r
484    */\r
485   public void setWrapAlignment(boolean wrap)\r
486   {\r
487     av.startSeq = 0;\r
488     scalePanelHolder.setVisible(!wrap);\r
489     hscroll.setVisible(!wrap);\r
490     idwidthAdjuster.setVisible(!wrap);\r
491 \r
492     if (wrap)\r
493     {\r
494       annotationScroller.setVisible(false);\r
495       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(false);\r
496     }\r
497     else if (av.showAnnotation)\r
498     {\r
499       annotationScroller.setVisible(true);\r
500       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(true);\r
501     }\r
502 \r
503     idSpaceFillerPanel1.setVisible(!wrap);\r
504 \r
505     repaint();\r
506   }\r
507 \r
508   // return value is true if the scroll is valid\r
509   public boolean scrollUp(boolean up)\r
510   {\r
511     if (up)\r
512     {\r
513       if (vscroll.getValue() < 1)\r
514       {\r
515         return false;\r
516       }\r
517 \r
518       fastPaint = false;\r
519       vscroll.setValue(vscroll.getValue() - 1);\r
520     }\r
521     else\r
522     {\r
523       if ( (vextent + vscroll.getValue()) >= av.getAlignment().getHeight())\r
524       {\r
525         return false;\r
526       }\r
527 \r
528       fastPaint = false;\r
529       vscroll.setValue(vscroll.getValue() + 1);\r
530     }\r
531 \r
532     fastPaint = true;\r
533 \r
534     return true;\r
535   }\r
536 \r
537   /**\r
538    * DOCUMENT ME!\r
539    *\r
540    * @param right DOCUMENT ME!\r
541    *\r
542    * @return DOCUMENT ME!\r
543    */\r
544   public boolean scrollRight(boolean right)\r
545   {\r
546     if (!right)\r
547     {\r
548       if (hscroll.getValue() < 1)\r
549       {\r
550         return false;\r
551       }\r
552 \r
553       fastPaint = false;\r
554       hscroll.setValue(hscroll.getValue() - 1);\r
555     }\r
556     else\r
557     {\r
558       if ( (hextent + hscroll.getValue()) >= av.getAlignment().getWidth())\r
559       {\r
560         return false;\r
561       }\r
562 \r
563       fastPaint = false;\r
564       hscroll.setValue(hscroll.getValue() + 1);\r
565     }\r
566 \r
567     fastPaint = true;\r
568 \r
569     return true;\r
570   }\r
571 \r
572   /**\r
573    * DOCUMENT ME!\r
574    *\r
575    * @param x DOCUMENT ME!\r
576    * @param y DOCUMENT ME!\r
577    */\r
578   public void setScrollValues(int x, int y)\r
579   {\r
580 \r
581     int width = av.alignment.getWidth();\r
582     int height = av.alignment.getHeight();\r
583 \r
584     if(av.hasHiddenColumns)\r
585      width = av.getColumnSelection().findColumnPosition(width);\r
586 \r
587     av.setEndRes( (x + (seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.charWidth)) -1);\r
588 \r
589     hextent = seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.charWidth;\r
590     vextent = seqPanel.seqCanvas.getHeight() / av.charHeight;\r
591 \r
592     if (hextent > width)\r
593     {\r
594       hextent = width;\r
595     }\r
596 \r
597     if (vextent > height)\r
598     {\r
599       vextent = height;\r
600     }\r
601 \r
602     if ( (hextent + x) > width)\r
603     {\r
604       x = width - hextent;\r
605     }\r
606 \r
607     if ( (vextent + y) > height)\r
608     {\r
609       y = height - vextent;\r
610     }\r
611 \r
612     if (y < 0)\r
613     {\r
614       y = 0;\r
615     }\r
616 \r
617     if (x < 0)\r
618     {\r
619       x = 0;\r
620     }\r
621 \r
622     hscroll.setValues(x, hextent, 0, width);\r
623     vscroll.setValues(y, vextent, 0, height);\r
624   }\r
625 \r
626   /**\r
627    * DOCUMENT ME!\r
628    *\r
629    * @param evt DOCUMENT ME!\r
630    */\r
631   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
632   {\r
633 \r
634     int oldX = av.getStartRes();\r
635     int oldY = av.getStartSeq();\r
636 \r
637     if (evt.getSource() == hscroll)\r
638     {\r
639       int x = hscroll.getValue();\r
640       av.setStartRes(x);\r
641       av.setEndRes( (x +\r
642                      (seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.getCharWidth())) - 1);\r
643     }\r
644 \r
645     if (evt.getSource() == vscroll)\r
646     {\r
647       int offy = vscroll.getValue();\r
648 \r
649       if (av.getWrapAlignment())\r
650       {\r
651         if(offy>-1)\r
652         {\r
653           int rowSize = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.\r
654               seqCanvas.getWidth());\r
655           av.setStartRes(offy * rowSize);\r
656           av.setEndRes( (offy + 1) * rowSize);\r
657         }\r
658         else\r
659         {\r
660           //This is only called if file loaded is a jar file that\r
661           //was wrapped when saved and user has wrap alignment true\r
662           //as preference setting\r
663           SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
664               {\r
665                 public void run()\r
666                 {\r
667                   setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
668                 }\r
669               });\r
670         }\r
671       }\r
672       else\r
673       {\r
674         av.setStartSeq(offy);\r
675         av.setEndSeq(offy +\r
676                      (seqPanel.seqCanvas.getHeight() / av.getCharHeight()));\r
677       }\r
678     }\r
679 \r
680     if (overviewPanel != null)\r
681     {\r
682       overviewPanel.setBoxPosition();\r
683     }\r
684 \r
685     int scrollX = av.startRes - oldX;\r
686     int scrollY = av.startSeq - oldY;\r
687 \r
688     if (av.getWrapAlignment() || !fastPaint)\r
689     {\r
690       repaint();\r
691     }\r
692     else\r
693     {\r
694       // Make sure we're not trying to draw a panel\r
695       // larger than the visible window\r
696       if(scrollX>av.endRes-av.startRes)\r
697         scrollX = av.endRes-av.startRes;\r
698       else if(scrollX<av.startRes-av.endRes)\r
699         scrollX = av.startRes - av.endRes;\r
700 \r
701       if(scrollX!=0 || scrollY!=0)\r
702       {\r
703         idPanel.idCanvas.fastPaint(scrollY);\r
704         seqPanel.seqCanvas.fastPaint(scrollX,\r
705                                      scrollY);\r
706         scalePanel.repaint();\r
707 \r
708         if (av.getShowAnnotation())\r
709         {\r
710           annotationPanel.fastPaint(scrollX);\r
711         }\r
712       }\r
713     }\r
714   }\r
715 \r
716   /**\r
717    * DOCUMENT ME!\r
718    *\r
719    * @param g DOCUMENT ME!\r
720    */\r
721   public void paintComponent(Graphics g)\r
722   {\r
723     invalidate();\r
724 \r
725     Dimension d = idPanel.idCanvas.getPreferredSize();\r
726     idPanelHolder.setPreferredSize(d);\r
727     hscrollFillerPanel.setPreferredSize(new Dimension(d.width, 12));\r
728     validate();\r
729 \r
730     if (av.getWrapAlignment())\r
731     {\r
732       int maxwidth = av.alignment.getWidth();\r
733 \r
734       if (av.hasHiddenColumns)\r
735         maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;\r
736 \r
737       int max = maxwidth /\r
738           seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getWidth()) +\r
739           1;\r
740 \r
741 \r
742       vscroll.setMaximum(max);\r
743       vscroll.setUnitIncrement(1);\r
744       vscroll.setVisibleAmount(1);\r
745     }\r
746     else\r
747     {\r
748       setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
749     }\r
750 \r
751     if( this.getVisibleRect().getBounds() == g.getClipBounds()\r
752         && overviewPanel != null)\r
753         overviewPanel.updateOverviewImage();\r
754 \r
755   }\r
756 \r
757   /**\r
758    * DOCUMENT ME!\r
759    *\r
760    * @param pg DOCUMENT ME!\r
761    * @param pf DOCUMENT ME!\r
762    * @param pi DOCUMENT ME!\r
763    *\r
764    * @return DOCUMENT ME!\r
765    *\r
766    * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
767    */\r
768   public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi)\r
769       throws PrinterException\r
770   {\r
771     pg.translate( (int) pf.getImageableX(), (int) pf.getImageableY());\r
772 \r
773     int pwidth = (int) pf.getImageableWidth();\r
774     int pheight = (int) pf.getImageableHeight();\r
775 \r
776     if (av.getWrapAlignment())\r
777     {\r
778       return printWrappedAlignment(pg, pwidth, pheight, pi);\r
779     }\r
780     else\r
781     {\r
782       return printUnwrapped(pg, pwidth, pheight, pi);\r
783     }\r
784   }\r
785 \r
786   /**\r
787    * DOCUMENT ME!\r
788    *\r
789    * @param pg DOCUMENT ME!\r
790    * @param pwidth DOCUMENT ME!\r
791    * @param pheight DOCUMENT ME!\r
792    * @param pi DOCUMENT ME!\r
793    *\r
794    * @return DOCUMENT ME!\r
795    *\r
796    * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
797    */\r
798   public int printUnwrapped(Graphics pg, int pwidth, int pheight, int pi)\r
799       throws PrinterException\r
800   {\r
801     int idWidth = getVisibleIdWidth();\r
802     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
803     int scaleHeight = av.charHeight + fm.getDescent();\r
804 \r
805     pg.setColor(Color.white);\r
806     pg.fillRect(0, 0, pwidth, pheight);\r
807     pg.setFont(av.getFont());\r
808 \r
809     ////////////////////////////////////\r
810     /// How many sequences and residues can we fit on a printable page?\r
811     int totalRes = (pwidth - idWidth) / av.getCharWidth();\r
812 \r
813     int totalSeq = (int) ( (pheight - scaleHeight) / av.getCharHeight()) -\r
814         1;\r
815 \r
816     int pagesWide = (av.getAlignment().getWidth() / totalRes) + 1;\r
817 \r
818     /////////////////////////////\r
819     /// Only print these sequences and residues on this page\r
820     int startRes;\r
821 \r
822     /////////////////////////////\r
823     /// Only print these sequences and residues on this page\r
824     int endRes;\r
825 \r
826     /////////////////////////////\r
827     /// Only print these sequences and residues on this page\r
828     int startSeq;\r
829 \r
830     /////////////////////////////\r
831     /// Only print these sequences and residues on this page\r
832     int endSeq;\r
833     startRes = (pi % pagesWide) * totalRes;\r
834     endRes = (startRes + totalRes) - 1;\r
835 \r
836     if (endRes > (av.getAlignment().getWidth() - 1))\r
837     {\r
838       endRes = av.getAlignment().getWidth() - 1;\r
839     }\r
840 \r
841     startSeq = (pi / pagesWide) * totalSeq;\r
842     endSeq = startSeq + totalSeq;\r
843 \r
844     if (endSeq > av.getAlignment().getHeight())\r
845     {\r
846       endSeq = av.getAlignment().getHeight();\r
847     }\r
848 \r
849     int pagesHigh = ( (av.alignment.getHeight() / totalSeq) + 1) * pheight;\r
850 \r
851     if (av.showAnnotation)\r
852     {\r
853       pagesHigh += annotationPanel.adjustPanelHeight() + 3;\r
854     }\r
855 \r
856     pagesHigh /= pheight;\r
857 \r
858     if (pi >= (pagesWide * pagesHigh))\r
859     {\r
860       return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
861     }\r
862 \r
863     //draw Scale\r
864     pg.translate(idWidth, 0);\r
865     scalePanel.drawScale(pg, startRes, endRes, pwidth - idWidth, scaleHeight);\r
866     pg.translate( -idWidth, scaleHeight);\r
867 \r
868     ////////////////\r
869     // Draw the ids\r
870     Color currentColor = null;\r
871     Color currentTextColor = null;\r
872 \r
873     pg.setFont(new Font(av.getFont().getName(),\r
874                         Font.ITALIC,\r
875                         av.getFont().getSize()));\r
876     for (int i = startSeq; i < endSeq; i++)\r
877     {\r
878       if ( (av.getSelectionGroup() != null) &&\r
879           av.getSelectionGroup().getSequences(false).contains(\r
880               av.getAlignment().getSequenceAt(i)))\r
881       {\r
882         currentColor = Color.gray;\r
883         currentTextColor = Color.black;\r
884       }\r
885       else\r
886       {\r
887         currentColor = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getColor();\r
888         currentTextColor = Color.black;\r
889       }\r
890 \r
891       pg.setColor(currentColor);\r
892       pg.fillRect(0, (i - startSeq) * av.charHeight, idWidth,\r
893                   av.getCharHeight());\r
894 \r
895       pg.setColor(currentTextColor);\r
896 \r
897       String string = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getDisplayId\r
898           ( av.getShowJVSuffix());\r
899 \r
900       pg.drawString(string, 0,\r
901                     ( ( (i - startSeq) * av.charHeight) + av.getCharHeight()) -\r
902                     (av.getCharHeight() / 5));\r
903     }\r
904 \r
905     pg.setFont(av.getFont());\r
906 \r
907     // draw main sequence panel\r
908     pg.translate(idWidth, 0);\r
909     seqPanel.seqCanvas.drawPanel(pg, startRes, endRes, startSeq, endSeq, 0);\r
910 \r
911     if (av.showAnnotation && (endSeq == av.alignment.getHeight()))\r
912     {\r
913       pg.translate( -idWidth-3, (endSeq - startSeq) * av.charHeight + 3);\r
914       alabels.drawComponent( (Graphics2D) pg, idWidth);\r
915       pg.translate(idWidth+3, 0);\r
916       annotationPanel.drawComponent( (Graphics2D) pg, startRes, endRes +\r
917                                     1);\r
918     }\r
919 \r
920     return Printable.PAGE_EXISTS;\r
921   }\r
922 \r
923   /**\r
924    * DOCUMENT ME!\r
925    *\r
926    * @param pg DOCUMENT ME!\r
927    * @param pwidth DOCUMENT ME!\r
928    * @param pheight DOCUMENT ME!\r
929    * @param pi DOCUMENT ME!\r
930    *\r
931    * @return DOCUMENT ME!\r
932    *\r
933    * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
934    */\r
935   public int printWrappedAlignment(Graphics pg, int pwidth, int pheight,\r
936                                    int pi)\r
937       throws PrinterException\r
938   {\r
939 \r
940     int annotationHeight = 0;\r
941     AnnotationLabels labels = null;\r
942     if (av.showAnnotation)\r
943     {\r
944       annotationHeight = annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
945       labels = new AnnotationLabels(av);\r
946     }\r
947 \r
948     int hgap = av.charHeight;\r
949     if (av.scaleAboveWrapped)\r
950       hgap += av.charHeight;\r
951 \r
952     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
953         + hgap\r
954         + annotationHeight;\r
955 \r
956     int idWidth = getVisibleIdWidth();\r
957 \r
958     int maxwidth = av.alignment.getWidth();\r
959     if (av.hasHiddenColumns)\r
960       maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;\r
961 \r
962 \r
963     int resWidth = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(pwidth -\r
964         idWidth);\r
965 \r
966     int totalHeight = cHeight * (maxwidth / resWidth + 1);\r
967 \r
968     pg.setColor(Color.white);\r
969     pg.fillRect(0, 0, pwidth, pheight);\r
970     pg.setFont(av.getFont());\r
971 \r
972     ////////////////\r
973     // Draw the ids\r
974     pg.setColor(Color.black);\r
975 \r
976     pg.translate(0, -pi * pheight);\r
977 \r
978     pg.setClip(0, pi * pheight, pwidth, pheight);\r
979 \r
980     int ypos = hgap;\r
981     Font italic = new Font(av.getFont().getName(), Font.ITALIC,\r
982                            av.getFont().getSize());\r
983     pg.setFont(italic);\r
984 \r
985     do\r
986     {\r
987       for (int i = 0; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
988       {\r
989         SequenceI s = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
990         String string = s.getDisplayId( av.getShowJVSuffix());\r
991 \r
992         pg.drawString(string, 0,\r
993                       ( (i * av.charHeight) + ypos + av.charHeight) -\r
994                       (av.charHeight / 5));\r
995       }\r
996       if (labels != null)\r
997       {\r
998         pg.translate(-3,\r
999                      ypos +\r
1000                      (av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight));\r
1001 \r
1002         pg.setFont(av.getFont());\r
1003         labels.drawComponent(pg, idWidth);\r
1004         pg.setFont(italic);\r
1005         pg.translate(+3,\r
1006                      -ypos -\r
1007                      (av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight));\r
1008       }\r
1009 \r
1010       ypos += cHeight;\r
1011     }\r
1012     while (ypos < totalHeight);\r
1013 \r
1014     pg.translate(idWidth, 0);\r
1015 \r
1016     seqPanel.seqCanvas.drawWrappedPanel(pg, pwidth - idWidth, totalHeight, 0);\r
1017 \r
1018     if ( (pi * pheight) < totalHeight)\r
1019     {\r
1020       return Printable.PAGE_EXISTS;\r
1021 \r
1022     }\r
1023     else\r
1024     {\r
1025       return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
1026     }\r
1027   }\r
1028 \r
1029   int getVisibleIdWidth()\r
1030   {\r
1031     return\r
1032         idPanel.getWidth() > 0 ? idPanel.getWidth() :\r
1033         calculateIdWidth().width + 4;\r
1034   }\r
1035 \r
1036   void makeAlignmentImage(int type, File file)\r
1037   {\r
1038     int maxwidth = av.alignment.getWidth();\r
1039     if (av.hasHiddenColumns)\r
1040       maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth);\r
1041 \r
1042     int height = ( (av.alignment.getHeight() + 1) * av.charHeight) + 30;\r
1043     int width = getVisibleIdWidth() + (maxwidth * av.charWidth);\r
1044 \r
1045     if (av.getWrapAlignment())\r
1046     {\r
1047       height = getWrappedHeight();\r
1048       if (System.getProperty("java.awt.headless") != null\r
1049           && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true"))\r
1050       {\r
1051         width = alignFrame.getWidth() - 22;\r
1052       }\r
1053       else\r
1054         width = seqPanel.getWidth() + getVisibleIdWidth();\r
1055 \r
1056     }\r
1057     else if (av.getShowAnnotation())\r
1058     {\r
1059       height += annotationPanel.adjustPanelHeight() + 3;\r
1060     }\r
1061 \r
1062     jalview.util.ImageMaker im;\r
1063     if(type==jalview.util.ImageMaker.PNG)\r
1064       im  = new jalview.util.ImageMaker(this,\r
1065                                         jalview.util.ImageMaker.PNG,\r
1066                                         "Create PNG image from alignment",\r
1067                                         width, height, file, null);\r
1068     else\r
1069       im = new jalview.util.ImageMaker(this,\r
1070                                         jalview.util.ImageMaker.EPS,\r
1071                                        "Create EPS file from alignment",\r
1072                                         width, height, file, alignFrame.getTitle() );\r
1073 \r
1074     try\r
1075     {\r
1076       if (av.getWrapAlignment())\r
1077       {\r
1078         if(im.getGraphics()!=null)\r
1079         {\r
1080           printWrappedAlignment(im.getGraphics(), width, height, 0);\r
1081           im.writeImage();\r
1082         }\r
1083       }\r
1084       else\r
1085       {\r
1086         if(im.getGraphics()!=null)\r
1087         {\r
1088           printUnwrapped(im.getGraphics(), width, height, 0);\r
1089           im.writeImage();\r
1090         }\r
1091       }\r
1092     }\r
1093     catch (OutOfMemoryError err)\r
1094     {\r
1095       System.out.println("########################\n"\r
1096                          + "OUT OF MEMORY " + file + "\n"\r
1097                          + "########################");\r
1098 \r
1099       JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
1100                                             "Out of Memory Creating Image!!"\r
1101                                             +\r
1102                                             "\nSee help files for increasing Java Virtual Machine memory."\r
1103                                             , "Out of memory",\r
1104                                             JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
1105       System.out.println("Create IMAGE: " + err);\r
1106       System.gc();\r
1107 \r
1108     }\r
1109     catch (Exception ex)\r
1110     {\r
1111       ex.printStackTrace();\r
1112     }\r
1113   }\r
1114   /**\r
1115    * DOCUMENT ME!\r
1116    */\r
1117   public void makeEPS(File epsFile)\r
1118   {\r
1119     makeAlignmentImage(jalview.util.ImageMaker.EPS, epsFile);\r
1120   }\r
1121 \r
1122   /**\r
1123    * DOCUMENT ME!\r
1124    */\r
1125   public void makePNG(File pngFile)\r
1126   {\r
1127     makeAlignmentImage(jalview.util.ImageMaker.PNG, pngFile);\r
1128   }\r
1129 \r
1130   public void makePNGImageMap(File imgMapFile, String imageName)\r
1131   {\r
1132     ///////ONLY WORKS WITH NONE WRAPPED ALIGNMENTS\r
1133     //////////////////////////////////////////////\r
1134     int idWidth = getVisibleIdWidth();\r
1135     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
1136     int scaleHeight = av.charHeight + fm.getDescent();\r
1137 \r
1138     // Gen image map\r
1139     //////////////////////////////////\r
1140     if (imgMapFile != null)\r
1141     {\r
1142       try\r
1143       {\r
1144         int s, sSize = av.alignment.getHeight(),\r
1145             res, alwidth = av.alignment.getWidth(), g, gSize, f, fSize, sy;\r
1146         StringBuffer text = new StringBuffer();\r
1147         PrintWriter out = new PrintWriter(new FileWriter(imgMapFile));\r
1148         out.println(jalview.io.HTMLOutput.getImageMapHTML());\r
1149         out.println("<img src=\"" + imageName +\r
1150                     "\" border=\"0\" usemap=\"#Map\" >"\r
1151                     + "<map name=\"Map\">");\r
1152 \r
1153         for (s = 0; s < sSize; s++)\r
1154         {\r
1155           sy = s * av.charHeight + scaleHeight;\r
1156 \r
1157           SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(s);\r
1158           SequenceFeature [] features = seq.getDatasetSequence().getSequenceFeatures();\r
1159           SequenceGroup[] groups = av.alignment.findAllGroups(seq);\r
1160           for(res =0; res<alwidth; res++)\r
1161           {\r
1162             text = new StringBuffer();\r
1163             Object obj = null;\r
1164             if(av.alignment.isNucleotide())\r
1165               obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(seq.getCharAt(res)+"" );\r
1166             else\r
1167               obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(\r
1168                     seq.getCharAt(res) + "");\r
1169 \r
1170               if (obj == null)\r
1171                   continue;\r
1172 \r
1173             String triplet = obj.toString();\r
1174             int alIndex = seq.findPosition(res);\r
1175             gSize = groups.length;\r
1176             for (g = 0; g < gSize; g++)\r
1177             {\r
1178               if(text.length()<1)\r
1179               {\r
1180                 text.append("<area shape=\"rect\" coords=\""\r
1181                   + (idWidth + res * av.charWidth) + ","\r
1182                   + sy + ","\r
1183                   + (idWidth + (res + 1) * av.charWidth) + ","\r
1184                   + (av.charHeight + sy) + "\""\r
1185                   + " onMouseOver=\"toolTip('"\r
1186                   + alIndex + " " + triplet );\r
1187               }\r
1188 \r
1189               if(groups[g].getStartRes()<res && groups[g].getEndRes()>res)\r
1190                 text.append("<br><em>" + groups[g].getName() + "</em>");\r
1191             }\r
1192 \r
1193             if (features != null)\r
1194             {\r
1195               if(text.length()<1)\r
1196               {\r
1197                 text.append("<area shape=\"rect\" coords=\""\r
1198                   + (idWidth + res * av.charWidth) + ","\r
1199                   + sy + ","\r
1200                   + (idWidth + (res + 1) * av.charWidth) + ","\r
1201                   + (av.charHeight + sy) + "\""\r
1202                   + " onMouseOver=\"toolTip('"\r
1203                   + alIndex + " " + triplet );\r
1204               }\r
1205                 fSize = features.length;\r
1206                 for (f = 0; f < fSize; f++)\r
1207                 {\r
1208 \r
1209                   if ( (features[f].getBegin() <= seq.findPosition(res)) &&\r
1210                       (features[f].getEnd() >= seq.findPosition(res)))\r
1211                   {\r
1212                     if (features[f].getType().equals("disulfide bond"))\r
1213                     {\r
1214                       if (features[f].getBegin() == seq.findPosition(res)\r
1215                           || features[f].getEnd() == seq.findPosition(res))\r
1216                       {\r
1217                         text.append("<br>disulfide bond " + features[f].getBegin() + ":" +\r
1218                                        features[f].getEnd());\r
1219                       }\r
1220                     }\r
1221                     else\r
1222                     {\r
1223                       text.append("<br>");\r
1224                       text.append(features[f].getType());\r
1225                       if (features[f].getDescription() != null && !features[f].getType().equals(features[f].getDescription()))\r
1226                         text.append(" " + features[f].getDescription());\r
1227 \r
1228                       if (features[f].getValue("status") != null )\r
1229                       {\r
1230                         text.append(" (" + features[f].getValue("status") + ")");\r
1231                       }\r
1232                     }\r
1233                   }\r
1234 \r
1235                 }\r
1236               }\r
1237               if(text.length()>1)\r
1238               {\r
1239                 text.append("')\"; onMouseOut=\"toolTip()\";  href=\"#\">");\r
1240                 out.println(text.toString());\r
1241               }\r
1242             }\r
1243           }\r
1244         out.println("</map></body></html>");\r
1245         out.close();\r
1246 \r
1247       }\r
1248       catch (Exception ex)\r
1249       {\r
1250         ex.printStackTrace();\r
1251       }\r
1252     } ///////////END OF IMAGE MAP\r
1253 \r
1254   }\r
1255 \r
1256   int getWrappedHeight()\r
1257   {\r
1258     int seqPanelWidth = seqPanel.seqCanvas.getWidth();\r
1259 \r
1260     //If headless, seqPanel will have 0 width\r
1261     if (System.getProperty("java.awt.headless") != null\r
1262               && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true"))\r
1263     {\r
1264       seqPanelWidth = alignFrame.getWidth() - getVisibleIdWidth();\r
1265     }\r
1266 \r
1267     int chunkWidth = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(\r
1268         seqPanelWidth\r
1269           );\r
1270 \r
1271     int hgap = av.charHeight;\r
1272     if (av.scaleAboveWrapped)\r
1273       hgap += av.charHeight;\r
1274 \r
1275     int annotationHeight = 0;\r
1276     if (av.showAnnotation)\r
1277     {\r
1278       annotationHeight = annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
1279     }\r
1280 \r
1281     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
1282         + hgap\r
1283         + annotationHeight;\r
1284 \r
1285     int maxwidth = av.alignment.getWidth();\r
1286     if (av.hasHiddenColumns)\r
1287       maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;\r
1288 \r
1289 \r
1290     int height = ( (maxwidth / chunkWidth) + 1) * cHeight;\r
1291 \r
1292     return height;\r
1293   }\r
1294 \r
1295   /**\r
1296    * DOCUMENT ME!\r
1297    *\r
1298    * @author $author$\r
1299    * @version $Revision$\r
1300    */\r
1301   class Preview\r
1302       extends JFrame\r
1303   {\r
1304     /**\r
1305      * Creates a new Preview object.\r
1306      *\r
1307      * @param image DOCUMENT ME!\r
1308      */\r
1309     public Preview(Image image)\r
1310     {\r
1311       setResizable(true);\r
1312       setSize(image.getWidth(this), image.getHeight(this));\r
1313       setVisible(true);\r
1314       getContentPane().setLayout(new BorderLayout());\r
1315       getContentPane().add(new PreviewPanel(image), BorderLayout.CENTER);\r
1316       validate();\r
1317       repaint();\r
1318     }\r
1319   }\r
1320 \r
1321   /**\r
1322    * DOCUMENT ME!\r
1323    *\r
1324    * @author $author$\r
1325    * @version $Revision$\r
1326    */\r
1327   class PreviewPanel\r
1328       extends JPanel\r
1329   {\r
1330     Image image;\r
1331 \r
1332     /**\r
1333      * Creates a new PreviewPanel object.\r
1334      *\r
1335      * @param image DOCUMENT ME!\r
1336      */\r
1337     public PreviewPanel(Image image)\r
1338     {\r
1339       this.image = image;\r
1340     }\r
1341 \r
1342     /**\r
1343      * DOCUMENT ME!\r
1344      *\r
1345      * @param g DOCUMENT ME!\r
1346      */\r
1347     public void paintComponent(Graphics g)\r
1348     {\r
1349       if (image != null)\r
1350       {\r
1351         g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
1352       }\r
1353       else\r
1354       {\r
1355         System.out.println("DEBUG:image is null");\r
1356       }\r
1357     }\r
1358   }\r
1359 }\r