src/jalview/gui/AlignmentPanel.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import jalview.jbgui.GAlignmentPanel;\r
   4 import java.awt.*;\r
   5 import javax.swing.*;\r
   6 import java.awt.event.*;\r
   7 \r
   8 public class AlignmentPanel extends GAlignmentPanel implements AdjustmentListener\r
   9 {\r
  10 \r
  11   AlignViewport     av;\r
  12   public SeqPanel   seqPanel;\r
  13   public IdPanel    idPanel;\r
  14   public AlignFrame alignFrame;\r
  15   public ScalePanel scalePanel;\r
  16   public ScorePanel scorePanel;\r
  17 \r
  18   public boolean    groupEdit = false;\r
  19 \r
  20   public AlignmentPanel(AlignFrame af, AlignViewport av)\r
  21   {\r
  22     alignFrame = af;\r
  23     this.av         = av;\r
  24     seqPanel        = new SeqPanel  (av, this);\r
  25     idPanel         = new IdPanel   (av, this);\r
  26     scalePanel = new ScalePanel(av);\r
  27     scorePanel = new ScorePanel(av);\r
  28 \r
  29     idPanelHolder.add(idPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  30     scalePanelHolder.add(scalePanel, BorderLayout.CENTER);\r
  31     scorePanelHolder.add(scorePanel, BorderLayout.CENTER);\r
  32     seqPanelHolder.add(seqPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  33     setScrollValues(0,0);\r
  34 \r
  35     hscroll.addAdjustmentListener(this);\r
  36     vscroll.addAdjustmentListener(this);\r
  37     selectAll(false);\r
  38 \r
  39     addComponentListener(new ComponentAdapter()\r
  40    {\r
  41        public void componentResized(ComponentEvent evt)\r
  42      {      RefreshPanels();    }\r
  43    });\r
  44 \r
  45   }\r
  46 \r
  47   public int countSelected()\r
  48   {\r
  49     return av.getSelection().size();\r
  50   }\r
  51 \r
  52   public void selectAll(boolean flag) {\r
  53     int i = 0;\r
  54     if (flag) {\r
  55       while (i < seqPanel.align.getHeight()) {\r
  56         if (! av.getSelection().contains(av.getAlignment().getSequenceAt(i))) {\r
  57           av.getSelection().addElement(av.getAlignment().getSequenceAt(i));\r
  58         }\r
  59         i++;\r
  60       }\r
  61     } else {\r
  62       av.getSelection().clear();\r
  63     }\r
  64   }\r
  65 \r
  66 \r
  67 \r
  68   public void setGraphPanelVisible(boolean b)\r
  69   {\r
  70     scorePanelHolder.setVisible(b);\r
  71     idSpaceFillerPanel.setVisible(b);\r
  72     RefreshPanels();\r
  73   }\r
  74 \r
  75 \r
  76 \r
  77   public void RefreshPanels()\r
  78   {\r
  79     invalidate();\r
  80     idPanelHolder.setPreferredSize( idPanel.idCanvas.getPreferredSize() );\r
  81     validate();\r
  82     idPanel.idCanvas.paintFlag = true;\r
  83     seqPanel.seqCanvas.paintFlag = true;\r
  84     setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
  85     av.getConsensus(true);\r
  86     repaint();\r
  87   }\r
  88 \r
  89   int hextent = 0;\r
  90   int vextent = 0;\r
  91 \r
  92   public void setScrollValues(int x, int y)\r
  93   {\r
  94     hextent = (int)(seqPanel.seqCanvas.getWidth()/av.getCharWidth());\r
  95     vextent = seqPanel.seqCanvas.getHeight()/av.getCharHeight();\r
  96 \r
  97     if(hextent+x  >  av.getAlignment().getWidth())\r
  98       x =  av.getAlignment().getWidth()- hextent;\r
  99 \r
 100     if(vextent+y > av.getAlignment().getHeight())\r
 101       y = av.getAlignment().getHeight() - vextent;\r
 102 \r
 103     if(y<0)\r
 104       y = 0;\r
 105 \r
 106     if(x<0)\r
 107       x=0;\r
 108 \r
 109     hscroll.setValues(x,hextent,0,av.getAlignment().getWidth());\r
 110     vscroll.setValues(y,vextent,0,av.getAlignment().getHeight() );\r
 111 \r
 112   }\r
 113 \r
 114 \r
 115   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt) {\r
 116 \r
 117     if (evt.getSource() == hscroll)\r
 118     {\r
 119       int x = hscroll.getValue();\r
 120       av.setStartRes(x);\r
 121       av.setEndRes(x + (int)(seqPanel.seqCanvas.getWidth()/av.getCharWidth()-1));\r
 122     }\r
 123 \r
 124     if (evt.getSource() == vscroll)\r
 125     {\r
 126         int offy = vscroll.getValue();\r
 127         av.setStartSeq(offy);\r
 128         av.setEndSeq(offy + seqPanel.seqCanvas.getHeight()/av.getCharHeight());\r
 129     }\r
 130 \r
 131     repaint();\r
 132   }\r
 133 \r
 134 \r
 135 \r
 136 }\r