src/jalview/gui/AlignmentPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.jbgui.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.schemes.*;\r
  26 \r
  27 import java.awt.*;\r
  28 import java.awt.event.*;\r
  29 import java.awt.print.*;\r
  30 \r
  31 import java.io.*;\r
  32 \r
  33 import javax.swing.*;\r
  34 \r
  35 \r
  36 /**\r
  37  * DOCUMENT ME!\r
  38  *\r
  39  * @author $author$\r
  40  * @version $Revision$\r
  41  */\r
  42 public class AlignmentPanel extends GAlignmentPanel\r
  43     implements AdjustmentListener, Printable\r
  44 {\r
  45   public AlignViewport av;\r
  46   OverviewPanel overviewPanel;\r
  47   SeqPanel seqPanel;\r
  48   IdPanel idPanel;\r
  49   IdwidthAdjuster idwidthAdjuster;\r
  50 \r
  51   /** DOCUMENT ME!! */\r
  52   public AlignFrame alignFrame;\r
  53   ScalePanel scalePanel;\r
  54   AnnotationPanel annotationPanel;\r
  55   AnnotationLabels alabels;\r
  56 \r
  57   // this value is set false when selection area being dragged\r
  58   boolean fastPaint = true;\r
  59   int hextent = 0;\r
  60   int vextent = 0;\r
  61 \r
  62   /**\r
  63    * Creates a new AlignmentPanel object.\r
  64    *\r
  65    * @param af DOCUMENT ME!\r
  66    * @param av DOCUMENT ME!\r
  67    */\r
  68   public AlignmentPanel(AlignFrame af, final AlignViewport av)\r
  69   {\r
  70     alignFrame = af;\r
  71     this.av = av;\r
  72     seqPanel = new SeqPanel(av, this);\r
  73     idPanel = new IdPanel(av, this);\r
  74 \r
  75     scalePanel = new ScalePanel(av, this);\r
  76 \r
  77     idPanelHolder.add(idPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  78     idwidthAdjuster = new IdwidthAdjuster(this);\r
  79     idSpaceFillerPanel1.add(idwidthAdjuster, BorderLayout.CENTER);\r
  80 \r
  81     annotationPanel = new AnnotationPanel(this);\r
  82     alabels = new AnnotationLabels(this);\r
  83 \r
  84 \r
  85     annotationScroller.setViewportView(annotationPanel);\r
  86     annotationSpaceFillerHolder.add(alabels, BorderLayout.CENTER);\r
  87 \r
  88     fontChanged();\r
  89 \r
  90     scalePanelHolder.add(scalePanel, BorderLayout.CENTER);\r
  91     seqPanelHolder.add(seqPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  92 \r
  93     setScrollValues(0, 0);\r
  94 \r
  95     annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
  96     annotationSpaceFillerHolder.setPreferredSize(annotationPanel.\r
  97                                                  getPreferredSize());\r
  98     annotationScroller.setPreferredSize(annotationPanel.\r
  99                                         getPreferredSize());\r
 100     setAnnotationVisible(av.getShowAnnotation());\r
 101 \r
 102     hscroll.addAdjustmentListener(this);\r
 103     vscroll.addAdjustmentListener(this);\r
 104 \r
 105     af.addKeyListener(new KeyAdapter()\r
 106     {\r
 107       public void keyPressed(KeyEvent evt)\r
 108       {\r
 109         switch (evt.getKeyCode())\r
 110         {\r
 111           case 27: // escape key\r
 112             av.setSelectionGroup(null);\r
 113             repaint();\r
 114 \r
 115             break;\r
 116 \r
 117           case KeyEvent.VK_DOWN:\r
 118             alignFrame.moveSelectedSequences(false);\r
 119 \r
 120             break;\r
 121 \r
 122           case KeyEvent.VK_UP:\r
 123             alignFrame.moveSelectedSequences(true);\r
 124 \r
 125             break;\r
 126 \r
 127           case KeyEvent.VK_BACK_SPACE:\r
 128           case KeyEvent.VK_DELETE:\r
 129             alignFrame.cut_actionPerformed(null);\r
 130             break;\r
 131 \r
 132           case KeyEvent.VK_P:\r
 133             seqPanel.seqCanvas.increaseAARatio();\r
 134             break;\r
 135           case KeyEvent.VK_L:\r
 136             seqPanel.seqCanvas.decreaseAARation();\r
 137             break;\r
 138         }\r
 139       }\r
 140     });\r
 141   }\r
 142 \r
 143   /**\r
 144    * DOCUMENT ME!\r
 145    */\r
 146   public void fontChanged()\r
 147   {\r
 148     // set idCanvas bufferedImage to null\r
 149     // to prevent drawing old image\r
 150     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 151 \r
 152     scalePanelHolder.setPreferredSize(new Dimension(10,\r
 153         av.charHeight + fm.getDescent()));\r
 154     idSpaceFillerPanel1.setPreferredSize(new Dimension(10,\r
 155         av.charHeight + fm.getDescent()));\r
 156 \r
 157     idPanel.idCanvas.gg = null;\r
 158     seqPanel.seqCanvas.img = null;\r
 159     annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
 160 \r
 161     Dimension d = calculateIdWidth();\r
 162     d.setSize(d.width + 4, d.height);\r
 163     idPanel.idCanvas.setPreferredSize(d);\r
 164     hscrollFillerPanel.setPreferredSize(d);\r
 165 \r
 166     if (av.getWrapAlignment())\r
 167     {\r
 168       int max = av.alignment.getWidth() /\r
 169           seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getWidth());\r
 170       vscroll.setMaximum(max);\r
 171       vscroll.setUnitIncrement(1);\r
 172       vscroll.setVisibleAmount(1);\r
 173     }\r
 174     else\r
 175     {\r
 176       setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
 177     }\r
 178 \r
 179     if (overviewPanel != null)\r
 180       overviewPanel.setBoxPosition();\r
 181 \r
 182     repaint();\r
 183   }\r
 184 \r
 185   /**\r
 186    * DOCUMENT ME!\r
 187    *\r
 188    * @return DOCUMENT ME!\r
 189    */\r
 190   public Dimension calculateIdWidth()\r
 191   {\r
 192     Container c = new Container();\r
 193 \r
 194     FontMetrics fm = c.getFontMetrics(av.font);\r
 195     AlignmentI al = av.getAlignment();\r
 196 \r
 197     int i = 0;\r
 198     int idWidth = 0;\r
 199     String id;\r
 200 \r
 201     while ( (i < al.getHeight()) && (al.getSequenceAt(i) != null))\r
 202     {\r
 203       SequenceI s = al.getSequenceAt(i);\r
 204 \r
 205       id = s.getDisplayId(av.getShowJVSuffix());\r
 206 \r
 207       if (fm.stringWidth(id) > idWidth)\r
 208       {\r
 209         idWidth = fm.stringWidth(id);\r
 210       }\r
 211 \r
 212       i++;\r
 213     }\r
 214 \r
 215     // Also check annotation label widths\r
 216     i = 0;\r
 217 \r
 218     if (al.getAlignmentAnnotation() != null)\r
 219     {\r
 220       fm = c.getFontMetrics(alabels.getFont());\r
 221 \r
 222       while (i < al.getAlignmentAnnotation().length)\r
 223       {\r
 224         String label = al.getAlignmentAnnotation()[i].label;\r
 225 \r
 226         if (fm.stringWidth(label) > idWidth)\r
 227         {\r
 228           idWidth = fm.stringWidth(label);\r
 229         }\r
 230 \r
 231         i++;\r
 232       }\r
 233     }\r
 234 \r
 235     return new Dimension(idWidth, 12);\r
 236   }\r
 237 \r
 238   /**\r
 239    * DOCUMENT ME!\r
 240    *\r
 241    * @param results DOCUMENT ME!\r
 242    */\r
 243   public void highlightSearchResults(int[] results)\r
 244   {\r
 245     seqPanel.seqCanvas.highlightSearchResults(results);\r
 246 \r
 247     // do we need to scroll the panel?\r
 248     if (results != null)\r
 249     {\r
 250       SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(results[0]);\r
 251       int start = seq.findIndex(results[1]) - 1;\r
 252       int end = seq.findIndex(results[2]) - 1;\r
 253 \r
 254       if(!av.wrapAlignment)\r
 255       {\r
 256         if ( (av.getStartRes() > start) || (av.getEndRes() < end) ||\r
 257             ( (av.getStartSeq() > results[0]) ||\r
 258              (av.getEndSeq() < results[0])))\r
 259         {\r
 260           setScrollValues(start, results[0]);\r
 261         }\r
 262       }\r
 263       else\r
 264       {\r
 265         int cwidth = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getWidth());\r
 266         if( start<av.getStartRes() || start>(av.getStartRes()+cwidth) )\r
 267         {\r
 268           vscroll.setValue(start / cwidth);\r
 269         }\r
 270       }\r
 271     }\r
 272   }\r
 273 \r
 274   /**\r
 275    * DOCUMENT ME!\r
 276    *\r
 277    * @return DOCUMENT ME!\r
 278    */\r
 279   public OverviewPanel getOverviewPanel()\r
 280   {\r
 281     return overviewPanel;\r
 282   }\r
 283 \r
 284   /**\r
 285    * DOCUMENT ME!\r
 286    *\r
 287    * @param op DOCUMENT ME!\r
 288    */\r
 289   public void setOverviewPanel(OverviewPanel op)\r
 290   {\r
 291     overviewPanel = op;\r
 292   }\r
 293 \r
 294   /**\r
 295    * DOCUMENT ME!\r
 296    *\r
 297    * @param b DOCUMENT ME!\r
 298    */\r
 299   public void setAnnotationVisible(boolean b)\r
 300   {\r
 301     if (!av.wrapAlignment)\r
 302     {\r
 303       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(b);\r
 304       annotationScroller.setVisible(b);\r
 305     }\r
 306     repaint();\r
 307   }\r
 308 \r
 309   /**\r
 310    * DOCUMENT ME!\r
 311    *\r
 312    * @param wrap DOCUMENT ME!\r
 313    */\r
 314   public void setWrapAlignment(boolean wrap)\r
 315   {\r
 316     av.startSeq = 0;\r
 317     scalePanelHolder.setVisible(!wrap);\r
 318     hscroll.setVisible(!wrap);\r
 319     idwidthAdjuster.setVisible(!wrap);\r
 320 \r
 321     if (wrap)\r
 322     {\r
 323       annotationScroller.setVisible(false);\r
 324       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(false);\r
 325     }\r
 326     else if (av.showAnnotation)\r
 327     {\r
 328       annotationScroller.setVisible(true);\r
 329       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(true);\r
 330     }\r
 331 \r
 332     idSpaceFillerPanel1.setVisible(!wrap);\r
 333 \r
 334     repaint();\r
 335   }\r
 336 \r
 337   // return value is true if the scroll is valid\r
 338   public boolean scrollUp(boolean up)\r
 339   {\r
 340     if (up)\r
 341     {\r
 342       if (vscroll.getValue() < 1)\r
 343       {\r
 344         return false;\r
 345       }\r
 346 \r
 347       fastPaint = false;\r
 348       vscroll.setValue(vscroll.getValue() - 1);\r
 349     }\r
 350     else\r
 351     {\r
 352       if ( (vextent + vscroll.getValue()) >= av.getAlignment().getHeight())\r
 353       {\r
 354         return false;\r
 355       }\r
 356 \r
 357       fastPaint = false;\r
 358       vscroll.setValue(vscroll.getValue() + 1);\r
 359     }\r
 360 \r
 361     fastPaint = true;\r
 362 \r
 363     return true;\r
 364   }\r
 365 \r
 366   /**\r
 367    * DOCUMENT ME!\r
 368    *\r
 369    * @param right DOCUMENT ME!\r
 370    *\r
 371    * @return DOCUMENT ME!\r
 372    */\r
 373   public boolean scrollRight(boolean right)\r
 374   {\r
 375     if (right)\r
 376     {\r
 377       if (hscroll.getValue() < 1)\r
 378       {\r
 379         return false;\r
 380       }\r
 381 \r
 382       fastPaint = false;\r
 383       hscroll.setValue(hscroll.getValue() - 1);\r
 384     }\r
 385     else\r
 386     {\r
 387       if ( (hextent + hscroll.getValue()) >= av.getAlignment().getWidth())\r
 388       {\r
 389         return false;\r
 390       }\r
 391 \r
 392       fastPaint = false;\r
 393       hscroll.setValue(hscroll.getValue() + 1);\r
 394     }\r
 395 \r
 396     fastPaint = true;\r
 397 \r
 398     return true;\r
 399   }\r
 400 \r
 401   /**\r
 402    * DOCUMENT ME!\r
 403    *\r
 404    * @param x DOCUMENT ME!\r
 405    * @param y DOCUMENT ME!\r
 406    */\r
 407   public void setScrollValues(int x, int y)\r
 408   {\r
 409     av.setEndRes( (x + (seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.getCharWidth())) -\r
 410                  1);\r
 411 \r
 412     hextent = seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.charWidth;\r
 413     vextent = seqPanel.seqCanvas.getHeight() / av.charHeight;\r
 414 \r
 415     if (hextent > av.alignment.getWidth())\r
 416     {\r
 417       hextent = av.alignment.getWidth();\r
 418     }\r
 419 \r
 420     if (vextent > av.alignment.getHeight())\r
 421     {\r
 422       vextent = av.alignment.getHeight();\r
 423     }\r
 424 \r
 425     if ( (hextent + x) > av.getAlignment().getWidth())\r
 426     {\r
 427       x = av.getAlignment().getWidth() - hextent;\r
 428     }\r
 429 \r
 430     if ( (vextent + y) > av.getAlignment().getHeight())\r
 431     {\r
 432       y = av.getAlignment().getHeight() - vextent;\r
 433     }\r
 434 \r
 435     if (y < 0)\r
 436     {\r
 437       y = 0;\r
 438     }\r
 439 \r
 440     if (x < 0)\r
 441     {\r
 442       x = 0;\r
 443     }\r
 444 \r
 445     hscroll.setValues(x, hextent, 0, av.getAlignment().getWidth());\r
 446     vscroll.setValues(y, vextent, 0, av.getAlignment().getHeight());\r
 447   }\r
 448 \r
 449   /**\r
 450    * DOCUMENT ME!\r
 451    *\r
 452    * @param evt DOCUMENT ME!\r
 453    */\r
 454   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
 455   {\r
 456 \r
 457     int oldX = av.getStartRes();\r
 458     int oldY = av.getStartSeq();\r
 459 \r
 460     if (evt.getSource() == hscroll)\r
 461     {\r
 462       int x = hscroll.getValue();\r
 463       av.setStartRes(x);\r
 464       av.setEndRes( (x +\r
 465                      (seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.getCharWidth())) - 1);\r
 466     }\r
 467 \r
 468     if (evt.getSource() == vscroll)\r
 469     {\r
 470       int offy = vscroll.getValue();\r
 471 \r
 472       if (av.getWrapAlignment())\r
 473       {\r
 474         int rowSize = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.\r
 475             seqCanvas.getWidth());\r
 476         av.setStartRes(vscroll.getValue() * rowSize);\r
 477         av.setEndRes( (vscroll.getValue() + 1) * rowSize);\r
 478       }\r
 479       else\r
 480       {\r
 481         av.setStartSeq(offy);\r
 482         av.setEndSeq(offy +\r
 483                      (seqPanel.seqCanvas.getHeight() / av.getCharHeight()));\r
 484       }\r
 485     }\r
 486 \r
 487     if (overviewPanel != null)\r
 488     {\r
 489       overviewPanel.setBoxPosition();\r
 490     }\r
 491 \r
 492     int scrollX = av.startRes - oldX;\r
 493     int scrollY = av.startSeq - oldY;\r
 494 \r
 495     if (av.getWrapAlignment() || !fastPaint)\r
 496     {\r
 497       repaint();\r
 498     }\r
 499     else\r
 500     {\r
 501       // Make sure we're not trying to draw a panel\r
 502       // larger than the visible window\r
 503       if(scrollX>av.endRes-av.startRes)\r
 504         scrollX = av.endRes-av.startRes;\r
 505       else if(scrollX<av.startRes-av.endRes)\r
 506         scrollX = av.startRes - av.endRes;\r
 507 \r
 508       if(scrollX!=0 || scrollY!=0)\r
 509       {\r
 510         idPanel.idCanvas.fastPaint(scrollY);\r
 511         seqPanel.seqCanvas.fastPaint(scrollX,\r
 512                                      scrollY);\r
 513         scalePanel.repaint();\r
 514 \r
 515         if (av.getShowAnnotation())\r
 516         {\r
 517           annotationPanel.fastPaint(scrollX);\r
 518         }\r
 519       }\r
 520     }\r
 521   }\r
 522 \r
 523   /**\r
 524    * DOCUMENT ME!\r
 525    *\r
 526    * @param g DOCUMENT ME!\r
 527    */\r
 528   public void paintComponent(Graphics g)\r
 529   {\r
 530     invalidate();\r
 531 \r
 532     Dimension d = idPanel.idCanvas.getPreferredSize();\r
 533     idPanelHolder.setPreferredSize(d);\r
 534     hscrollFillerPanel.setPreferredSize(new Dimension(d.width, 12));\r
 535     validate();\r
 536 \r
 537     if (av.getWrapAlignment())\r
 538     {\r
 539       int max = av.alignment.getWidth() /\r
 540           seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getWidth()) +1;\r
 541       vscroll.setMaximum(max);\r
 542       vscroll.setUnitIncrement(1);\r
 543       vscroll.setVisibleAmount(1);\r
 544     }\r
 545     else\r
 546     {\r
 547       setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
 548     }\r
 549 \r
 550 \r
 551     if( this.getVisibleRect().getBounds() == g.getClipBounds() )\r
 552     {\r
 553       if (overviewPanel != null)\r
 554         overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 555     }\r
 556   }\r
 557 \r
 558   /**\r
 559    * DOCUMENT ME!\r
 560    *\r
 561    * @param pg DOCUMENT ME!\r
 562    * @param pf DOCUMENT ME!\r
 563    * @param pi DOCUMENT ME!\r
 564    *\r
 565    * @return DOCUMENT ME!\r
 566    *\r
 567    * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
 568    */\r
 569   public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi)\r
 570       throws PrinterException\r
 571   {\r
 572     pg.translate( (int) pf.getImageableX(), (int) pf.getImageableY());\r
 573 \r
 574     int pwidth = (int) pf.getImageableWidth();\r
 575     int pheight = (int) pf.getImageableHeight();\r
 576 \r
 577     if (av.getWrapAlignment())\r
 578     {\r
 579       return printWrappedAlignment(pg, pwidth, pheight, pi);\r
 580     }\r
 581     else\r
 582     {\r
 583       return printUnwrapped(pg, pwidth, pheight, pi);\r
 584     }\r
 585   }\r
 586 \r
 587   /**\r
 588    * DOCUMENT ME!\r
 589    *\r
 590    * @param pg DOCUMENT ME!\r
 591    * @param pwidth DOCUMENT ME!\r
 592    * @param pheight DOCUMENT ME!\r
 593    * @param pi DOCUMENT ME!\r
 594    *\r
 595    * @return DOCUMENT ME!\r
 596    *\r
 597    * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
 598    */\r
 599   public int printUnwrapped(Graphics pg, int pwidth, int pheight, int pi)\r
 600       throws PrinterException\r
 601   {\r
 602     int idWidth = calculateIdWidth().width + 4;\r
 603     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 604     int scaleHeight = av.charHeight + fm.getDescent();\r
 605 \r
 606     pg.setColor(Color.white);\r
 607     pg.fillRect(0, 0, pwidth, pheight);\r
 608     pg.setFont(av.getFont());\r
 609 \r
 610     ////////////////////////////////////\r
 611     /// How many sequences and residues can we fit on a printable page?\r
 612     int totalRes = (pwidth - idWidth) / av.getCharWidth();\r
 613 \r
 614     int totalSeq = (int) ( (pheight - scaleHeight) / av.getCharHeight()) -\r
 615         1;\r
 616 \r
 617     int pagesWide = (av.getAlignment().getWidth() / totalRes) + 1;\r
 618 \r
 619     /////////////////////////////\r
 620     /// Only print these sequences and residues on this page\r
 621     int startRes;\r
 622 \r
 623     /////////////////////////////\r
 624     /// Only print these sequences and residues on this page\r
 625     int endRes;\r
 626 \r
 627     /////////////////////////////\r
 628     /// Only print these sequences and residues on this page\r
 629     int startSeq;\r
 630 \r
 631     /////////////////////////////\r
 632     /// Only print these sequences and residues on this page\r
 633     int endSeq;\r
 634     startRes = (pi % pagesWide) * totalRes;\r
 635     endRes = (startRes + totalRes) - 1;\r
 636 \r
 637     if (endRes > (av.getAlignment().getWidth() - 1))\r
 638     {\r
 639       endRes = av.getAlignment().getWidth() - 1;\r
 640     }\r
 641 \r
 642     startSeq = (pi / pagesWide) * totalSeq;\r
 643     endSeq = startSeq + totalSeq;\r
 644 \r
 645     if (endSeq > av.getAlignment().getHeight())\r
 646     {\r
 647       endSeq = av.getAlignment().getHeight();\r
 648     }\r
 649 \r
 650     int pagesHigh = ( (av.alignment.getHeight() / totalSeq) + 1) * pheight;\r
 651 \r
 652     if (av.showAnnotation)\r
 653     {\r
 654       pagesHigh += annotationPanel.adjustPanelHeight() + 3;\r
 655     }\r
 656 \r
 657     pagesHigh /= pheight;\r
 658 \r
 659     if (pi >= (pagesWide * pagesHigh))\r
 660     {\r
 661       return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 662     }\r
 663 \r
 664     //draw Scale\r
 665     pg.translate(idWidth, 0);\r
 666     scalePanel.drawScale(pg, startRes, endRes, pwidth - idWidth, scaleHeight);\r
 667     pg.translate( -idWidth, scaleHeight);\r
 668 \r
 669     ////////////////\r
 670     // Draw the ids\r
 671     Color currentColor = null;\r
 672     Color currentTextColor = null;\r
 673 \r
 674     pg.setFont(new Font(av.getFont().getName(),\r
 675                         Font.ITALIC,\r
 676                         av.getFont().getSize()));\r
 677     for (int i = startSeq; i < endSeq; i++)\r
 678     {\r
 679       if ( (av.getSelectionGroup() != null) &&\r
 680           av.getSelectionGroup().sequences.contains(\r
 681               av.getAlignment().getSequenceAt(i)))\r
 682       {\r
 683         currentColor = Color.gray;\r
 684         currentTextColor = Color.black;\r
 685       }\r
 686       else\r
 687       {\r
 688         currentColor = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getColor();\r
 689         currentTextColor = Color.black;\r
 690       }\r
 691 \r
 692       pg.setColor(currentColor);\r
 693       pg.fillRect(0, (i - startSeq) * av.charHeight, idWidth,\r
 694                   av.getCharHeight());\r
 695 \r
 696       pg.setColor(currentTextColor);\r
 697 \r
 698       String string = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getDisplayId\r
 699           ( av.getShowJVSuffix());\r
 700 \r
 701       pg.drawString(string, 0,\r
 702                     ( ( (i - startSeq) * av.charHeight) + av.getCharHeight()) -\r
 703                     (av.getCharHeight() / 5));\r
 704     }\r
 705 \r
 706     pg.setFont(av.getFont());\r
 707 \r
 708     // draw main sequence panel\r
 709     pg.translate(idWidth, 0);\r
 710     seqPanel.seqCanvas.drawPanel(pg, startRes, endRes, startSeq, endSeq,\r
 711                                  startRes, startSeq, 0);\r
 712 \r
 713     if (av.showAnnotation && (endSeq == av.alignment.getHeight()))\r
 714     {\r
 715       pg.translate( -idWidth-3, (endSeq - startSeq) * av.charHeight + 3);\r
 716       alabels.drawComponent( (Graphics2D) pg, idWidth);\r
 717       pg.translate(idWidth+3, 0);\r
 718       annotationPanel.drawComponent( (Graphics2D) pg, startRes, endRes +\r
 719                                     1);\r
 720     }\r
 721 \r
 722     return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 723   }\r
 724 \r
 725   /**\r
 726    * DOCUMENT ME!\r
 727    *\r
 728    * @param pg DOCUMENT ME!\r
 729    * @param pwidth DOCUMENT ME!\r
 730    * @param pheight DOCUMENT ME!\r
 731    * @param pi DOCUMENT ME!\r
 732    *\r
 733    * @return DOCUMENT ME!\r
 734    *\r
 735    * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
 736    */\r
 737   public int printWrappedAlignment(Graphics pg, int pwidth, int pheight,\r
 738                                    int pi)\r
 739       throws PrinterException\r
 740   {\r
 741 \r
 742     int annotationHeight = 0;\r
 743     AnnotationLabels labels = null;\r
 744     if (av.showAnnotation)\r
 745     {\r
 746       annotationHeight = annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
 747       labels = new AnnotationLabels(av);\r
 748     }\r
 749 \r
 750     int hgap = av.charHeight;\r
 751     if (av.scaleAboveWrapped)\r
 752       hgap += av.charHeight;\r
 753 \r
 754     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 755         + hgap\r
 756         + annotationHeight;\r
 757 \r
 758     int idWidth = calculateIdWidth().width + 4;\r
 759 \r
 760     int resWidth = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(pwidth -\r
 761         idWidth);\r
 762 \r
 763     int totalHeight = cHeight * (av.alignment.getWidth() / resWidth + 1);\r
 764 \r
 765     pg.setColor(Color.white);\r
 766     pg.fillRect(0, 0, pwidth, pheight);\r
 767     pg.setFont(av.getFont());\r
 768 \r
 769     ////////////////\r
 770     // Draw the ids\r
 771     pg.setColor(Color.black);\r
 772 \r
 773     pg.translate(0, -pi * pheight);\r
 774 \r
 775     pg.setClip(0, pi * pheight, pwidth, pheight);\r
 776 \r
 777     int ypos = hgap;\r
 778     Font italic = new Font(av.getFont().getName(), Font.ITALIC,\r
 779                            av.getFont().getSize());\r
 780     pg.setFont(italic);\r
 781 \r
 782     do\r
 783     {\r
 784       for (int i = 0; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
 785       {\r
 786         SequenceI s = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 787         String string = s.getDisplayId( av.getShowJVSuffix());\r
 788 \r
 789         pg.drawString(string, 0,\r
 790                       ( (i * av.charHeight) + ypos + av.charHeight) -\r
 791                       (av.charHeight / 5));\r
 792       }\r
 793       if (labels != null)\r
 794       {\r
 795         pg.translate(-3,\r
 796                      ypos +\r
 797                      (av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight));\r
 798 \r
 799         pg.setFont(av.getFont());\r
 800         labels.drawComponent(pg, idWidth);\r
 801         pg.setFont(italic);\r
 802         pg.translate(+3,\r
 803                      -ypos -\r
 804                      (av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight));\r
 805       }\r
 806 \r
 807       ypos += cHeight;\r
 808     }\r
 809     while (ypos < totalHeight);\r
 810 \r
 811     pg.translate(idWidth, 0);\r
 812 \r
 813     seqPanel.seqCanvas.drawWrappedPanel(pg, pwidth - idWidth, totalHeight, 0);\r
 814 \r
 815     if ( (pi * pheight) < totalHeight)\r
 816     {\r
 817       return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 818 \r
 819     }\r
 820     else\r
 821     {\r
 822       return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 823     }\r
 824   }\r
 825 \r
 826   void makeAlignmentImage(int type, File file)\r
 827   {\r
 828     int height = ( (av.alignment.getHeight() + 1) * av.charHeight) + 30;\r
 829     int width = idPanel.getWidth() + (av.alignment.getWidth() * av.charWidth);\r
 830 \r
 831     if (idPanel.getWidth() == 0)\r
 832     {\r
 833       width += calculateIdWidth().getWidth() + 4;\r
 834     }\r
 835 \r
 836     if (av.getWrapAlignment())\r
 837     {\r
 838       height = getWrappedHeight();\r
 839       width = seqPanel.getWidth() + idPanel.getWidth();\r
 840     }\r
 841     else if (av.getShowAnnotation())\r
 842     {\r
 843       height += annotationPanel.adjustPanelHeight() + 3;\r
 844     }\r
 845 \r
 846     jalview.util.ImageMaker im;\r
 847     if(type==jalview.util.ImageMaker.PNG)\r
 848       im  = new jalview.util.ImageMaker(this,\r
 849                                         jalview.util.ImageMaker.PNG,\r
 850                                         "Create PNG image from alignment",\r
 851                                         width, height, file, null);\r
 852     else\r
 853       im = new jalview.util.ImageMaker(this,\r
 854                                         jalview.util.ImageMaker.EPS,\r
 855                                        "Create EPS file from alignment",\r
 856                                         width, height, file, alignFrame.getTitle() );\r
 857 \r
 858     try\r
 859     {\r
 860       if (av.getWrapAlignment())\r
 861       {\r
 862         if(im.getGraphics()!=null)\r
 863         {\r
 864           printWrappedAlignment(im.getGraphics(), width, height, 0);\r
 865           im.writeImage();\r
 866         }\r
 867       }\r
 868       else\r
 869       {\r
 870         if(im.getGraphics()!=null)\r
 871         {\r
 872           printUnwrapped(im.getGraphics(), width, height, 0);\r
 873           im.writeImage();\r
 874         }\r
 875       }\r
 876     }\r
 877     catch (OutOfMemoryError err)\r
 878     {\r
 879       System.out.println("########################\n"\r
 880                          + "OUT OF MEMORY " + file + "\n"\r
 881                          + "########################");\r
 882 \r
 883       JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
 884                                             "Out of Memory Creating Image!!"\r
 885                                             +\r
 886                                             "\nSee help files for increasing Java Virtual Machine memory."\r
 887                                             , "Out of memory",\r
 888                                             JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
 889       System.out.println("Create IMAGE: " + err);\r
 890       System.gc();\r
 891 \r
 892     }\r
 893     catch (Exception ex)\r
 894     {\r
 895       ex.printStackTrace();\r
 896     }\r
 897   }\r
 898   /**\r
 899    * DOCUMENT ME!\r
 900    */\r
 901   public void makeEPS(File epsFile)\r
 902   {\r
 903     makeAlignmentImage(jalview.util.ImageMaker.EPS, epsFile);\r
 904   }\r
 905 \r
 906   /**\r
 907    * DOCUMENT ME!\r
 908    */\r
 909   public void makePNG(File pngFile)\r
 910   {\r
 911     makeAlignmentImage(jalview.util.ImageMaker.PNG, pngFile);\r
 912   }\r
 913 \r
 914   public void makePNGImageMap(File imgMapFile, String imageName)\r
 915   {\r
 916     ///////ONLY WORKS WITH NONE WRAPPED ALIGNMENTS\r
 917     //////////////////////////////////////////////\r
 918     int idWidth = calculateIdWidth().width + 4;\r
 919     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 920     int scaleHeight = av.charHeight + fm.getDescent();\r
 921 \r
 922     // Gen image map\r
 923     //////////////////////////////////\r
 924     if (imgMapFile != null)\r
 925     {\r
 926       try\r
 927       {\r
 928         int s, sSize = av.alignment.getHeight(),\r
 929             res, alwidth = av.alignment.getWidth(), g, gSize, f, fSize, sy;\r
 930         StringBuffer text = new StringBuffer();\r
 931         PrintWriter out = new PrintWriter(new FileWriter(imgMapFile));\r
 932         out.println(jalview.io.HTMLOutput.getImageMapHTML());\r
 933         out.println("<img src=\"" + imageName +\r
 934                     "\" border=\"0\" usemap=\"#Map\" >"\r
 935                     + "<map name=\"Map\">");\r
 936 \r
 937         for (s = 0; s < sSize; s++)\r
 938         {\r
 939           sy = s * av.charHeight + scaleHeight;\r
 940 \r
 941           SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(s);\r
 942           java.util.Vector features = seq.getDatasetSequence().getSequenceFeatures();\r
 943           SequenceGroup[] groups = av.alignment.findAllGroups(seq);\r
 944           for(res =0; res<alwidth; res++)\r
 945           {\r
 946             text = new StringBuffer();\r
 947             Object obj = null;\r
 948             if(av.alignment.isNucleotide())\r
 949               obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(seq.getCharAt(res)+"" );\r
 950             else\r
 951               obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(\r
 952                     seq.getCharAt(res) + "");\r
 953 \r
 954               if (obj == null)\r
 955                   continue;\r
 956 \r
 957             String triplet = obj.toString();\r
 958             int alIndex = seq.findPosition(res);\r
 959             gSize = groups.length;\r
 960             for (g = 0; g < gSize; g++)\r
 961             {\r
 962               if(text.length()<1)\r
 963               {\r
 964                 text.append("<area shape=\"rect\" coords=\""\r
 965                   + (idWidth + res * av.charWidth) + ","\r
 966                   + sy + ","\r
 967                   + (idWidth + (res + 1) * av.charWidth) + ","\r
 968                   + (av.charHeight + sy) + "\""\r
 969                   + " onMouseOver=\"toolTip('"\r
 970                   + alIndex + " " + triplet );\r
 971               }\r
 972 \r
 973               if(groups[g].getStartRes()<res && groups[g].getEndRes()>res)\r
 974                 text.append("<br><em>" + groups[g].getName() + "</em>");\r
 975             }\r
 976 \r
 977             if (features != null)\r
 978             {\r
 979               if(text.length()<1)\r
 980               {\r
 981                 text.append("<area shape=\"rect\" coords=\""\r
 982                   + (idWidth + res * av.charWidth) + ","\r
 983                   + sy + ","\r
 984                   + (idWidth + (res + 1) * av.charWidth) + ","\r
 985                   + (av.charHeight + sy) + "\""\r
 986                   + " onMouseOver=\"toolTip('"\r
 987                   + alIndex + " " + triplet );\r
 988               }\r
 989                 fSize = features.size();\r
 990                 for (f = 0; f < fSize; f++)\r
 991                 {\r
 992                   SequenceFeature sf = (SequenceFeature) features.elementAt(f);\r
 993 \r
 994                   if ( (sf.getBegin() <= seq.findPosition(res)) &&\r
 995                       (sf.getEnd() >= seq.findPosition(res)))\r
 996                   {\r
 997                     if (sf.getType().equals("disulfide bond"))\r
 998                     {\r
 999                       if (sf.getBegin() == seq.findPosition(res)\r
1000                           || sf.getEnd() == seq.findPosition(res))\r
1001                       {\r
1002                         text.append("<br>disulfide bond " + sf.getBegin() + ":" +\r
1003                                        sf.getEnd());\r
1004                       }\r
1005                     }\r
1006                     else\r
1007                     {\r
1008                       text.append("<br>");\r
1009                       text.append(sf.getType());\r
1010                       if (sf.getDescription() != null && !sf.getType().equals(sf.getDescription()))\r
1011                         text.append(" " + sf.getDescription());\r
1012 \r
1013                       if (sf.getStatus() != null && sf.getStatus().length()>0)\r
1014                       {\r
1015                         text.append(" (" + sf.getStatus() + ")");\r
1016                       }\r
1017                     }\r
1018                   }\r
1019 \r
1020                 }\r
1021               }\r
1022               if(text.length()>1)\r
1023               {\r
1024                 text.append("')\"; onMouseOut=\"toolTip()\";  href=\"#\">");\r
1025                 out.println(text.toString());\r
1026               }\r
1027             }\r
1028           }\r
1029         out.println("</map></body></html>");\r
1030         out.close();\r
1031 \r
1032       }\r
1033       catch (Exception ex)\r
1034       {\r
1035         ex.printStackTrace();\r
1036       }\r
1037     } ///////////END OF IMAGE MAP\r
1038 \r
1039   }\r
1040 \r
1041   int getWrappedHeight()\r
1042   {\r
1043 \r
1044     int chunkWidth = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(\r
1045         seqPanel.seqCanvas.getWidth());\r
1046 \r
1047     int hgap = av.charHeight;\r
1048     if (av.scaleAboveWrapped)\r
1049       hgap += av.charHeight;\r
1050 \r
1051     int annotationHeight = 0;\r
1052     if (av.showAnnotation)\r
1053     {\r
1054       annotationHeight = annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
1055     }\r
1056 \r
1057     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
1058         + hgap\r
1059         + annotationHeight;\r
1060 \r
1061     int height = ( (av.alignment.getWidth() / chunkWidth) + 1) * cHeight;\r
1062 \r
1063     return height;\r
1064   }\r
1065 \r
1066   /**\r
1067    * DOCUMENT ME!\r
1068    *\r
1069    * @author $author$\r
1070    * @version $Revision$\r
1071    */\r
1072   class Preview\r
1073       extends JFrame\r
1074   {\r
1075     /**\r
1076      * Creates a new Preview object.\r
1077      *\r
1078      * @param image DOCUMENT ME!\r
1079      */\r
1080     public Preview(Image image)\r
1081     {\r
1082       setResizable(true);\r
1083       setSize(image.getWidth(this), image.getHeight(this));\r
1084       setVisible(true);\r
1085       getContentPane().setLayout(new BorderLayout());\r
1086       getContentPane().add(new PreviewPanel(image), BorderLayout.CENTER);\r
1087       validate();\r
1088       repaint();\r
1089     }\r
1090   }\r
1091 \r
1092   /**\r
1093    * DOCUMENT ME!\r
1094    *\r
1095    * @author $author$\r
1096    * @version $Revision$\r
1097    */\r
1098   class PreviewPanel\r
1099       extends JPanel\r
1100   {\r
1101     Image image;\r
1102 \r
1103     /**\r
1104      * Creates a new PreviewPanel object.\r
1105      *\r
1106      * @param image DOCUMENT ME!\r
1107      */\r
1108     public PreviewPanel(Image image)\r
1109     {\r
1110       this.image = image;\r
1111     }\r
1112 \r
1113     /**\r
1114      * DOCUMENT ME!\r
1115      *\r
1116      * @param g DOCUMENT ME!\r
1117      */\r
1118     public void paintComponent(Graphics g)\r
1119     {\r
1120       if (image != null)\r
1121       {\r
1122         g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
1123       }\r
1124       else\r
1125       {\r
1126         System.out.println("DEBUG:image is null");\r
1127       }\r
1128     }\r
1129   }\r
1130 }\r