src/jalview/gui/AlignmentPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.jbgui.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.schemes.*;\r
  26 \r
  27 import java.awt.*;\r
  28 import java.awt.event.*;\r
  29 import java.awt.print.*;\r
  30 \r
  31 import java.io.*;\r
  32 \r
  33 import javax.swing.*;\r
  34 \r
  35 \r
  36 /**\r
  37  * DOCUMENT ME!\r
  38  *\r
  39  * @author $author$\r
  40  * @version $Revision$\r
  41  */\r
  42 public class AlignmentPanel extends GAlignmentPanel\r
  43     implements AdjustmentListener, Printable\r
  44 {\r
  45   public AlignViewport av;\r
  46   OverviewPanel overviewPanel;\r
  47   SeqPanel seqPanel;\r
  48   IdPanel idPanel;\r
  49   IdwidthAdjuster idwidthAdjuster;\r
  50 \r
  51   /** DOCUMENT ME!! */\r
  52   public AlignFrame alignFrame;\r
  53   ScalePanel scalePanel;\r
  54   AnnotationPanel annotationPanel;\r
  55   AnnotationLabels alabels;\r
  56 \r
  57   // this value is set false when selection area being dragged\r
  58   boolean fastPaint = true;\r
  59   int hextent = 0;\r
  60   int vextent = 0;\r
  61 \r
  62   /**\r
  63    * Creates a new AlignmentPanel object.\r
  64    *\r
  65    * @param af DOCUMENT ME!\r
  66    * @param av DOCUMENT ME!\r
  67    */\r
  68   public AlignmentPanel(AlignFrame af, final AlignViewport av)\r
  69   {\r
  70     alignFrame = af;\r
  71     this.av = av;\r
  72     seqPanel = new SeqPanel(av, this);\r
  73     idPanel = new IdPanel(av, this);\r
  74 \r
  75     scalePanel = new ScalePanel(av, this);\r
  76 \r
  77     idPanelHolder.add(idPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  78     idwidthAdjuster = new IdwidthAdjuster(this);\r
  79     idSpaceFillerPanel1.add(idwidthAdjuster, BorderLayout.CENTER);\r
  80 \r
  81     annotationPanel = new AnnotationPanel(this);\r
  82     alabels = new AnnotationLabels(this);\r
  83 \r
  84 \r
  85     annotationScroller.setViewportView(annotationPanel);\r
  86     annotationSpaceFillerHolder.add(alabels, BorderLayout.CENTER);\r
  87 \r
  88     fontChanged();\r
  89 \r
  90     scalePanelHolder.add(scalePanel, BorderLayout.CENTER);\r
  91     seqPanelHolder.add(seqPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  92 \r
  93     setScrollValues(0, 0);\r
  94 \r
  95     adjustAnnotationHeight();\r
  96 \r
  97     setAnnotationVisible(av.getShowAnnotation());\r
  98 \r
  99     hscroll.addAdjustmentListener(this);\r
 100     vscroll.addAdjustmentListener(this);\r
 101 \r
 102     af.addKeyListener(new KeyAdapter()\r
 103     {\r
 104       public void keyPressed(KeyEvent evt)\r
 105       {\r
 106         if(av.cursorMode\r
 107            && evt.getKeyCode()>=KeyEvent.VK_0\r
 108            && evt.getKeyCode()<=KeyEvent.VK_9)\r
 109         {\r
 110           seqPanel.numberPressed(evt.getKeyChar());\r
 111         }\r
 112 \r
 113         switch (evt.getKeyCode())\r
 114         {\r
 115           case 27: // escape key\r
 116             alignFrame.deselectAllSequenceMenuItem_actionPerformed(null);\r
 117 \r
 118             break;\r
 119 \r
 120           case KeyEvent.VK_DOWN:\r
 121             if(av.cursorMode)\r
 122             {\r
 123               seqPanel.moveCursor(0,1);\r
 124             }\r
 125             else\r
 126               alignFrame.moveSelectedSequences(false);\r
 127             break;\r
 128 \r
 129           case KeyEvent.VK_UP:\r
 130             if (av.cursorMode)\r
 131             {\r
 132               seqPanel.moveCursor(0,-1);\r
 133             }\r
 134             else\r
 135               alignFrame.moveSelectedSequences(true);\r
 136             break;\r
 137 \r
 138           case KeyEvent.VK_LEFT:\r
 139             if(av.cursorMode)\r
 140             {\r
 141               seqPanel.moveCursor(-1,0);\r
 142             }\r
 143             break;\r
 144 \r
 145           case KeyEvent.VK_RIGHT:\r
 146             if (av.cursorMode)\r
 147             {\r
 148               seqPanel.moveCursor(1,0);\r
 149             }\r
 150             break;\r
 151 \r
 152           case KeyEvent.VK_SPACE:\r
 153             if(av.cursorMode)\r
 154             {\r
 155               seqPanel.insertGapAtCursor(evt.isControlDown() || evt.isShiftDown());\r
 156             }\r
 157             break;\r
 158 \r
 159           case KeyEvent.VK_DELETE:\r
 160           case KeyEvent.VK_BACK_SPACE:\r
 161             if(!av.cursorMode)\r
 162             {\r
 163               alignFrame.cut_actionPerformed(null);\r
 164             }\r
 165             else\r
 166               seqPanel.deleteGapAtCursor(evt.isControlDown() || evt.isShiftDown());\r
 167 \r
 168             break;\r
 169 \r
 170           case KeyEvent.VK_S:\r
 171             if(av.cursorMode)\r
 172             {\r
 173               seqPanel.setCursorRow();\r
 174             }\r
 175             break;\r
 176           case KeyEvent.VK_C:\r
 177             if(av.cursorMode && !evt.isControlDown())\r
 178             {\r
 179               seqPanel.setCursorColumn();\r
 180             }\r
 181             break;\r
 182           case KeyEvent.VK_P:\r
 183             if(av.cursorMode)\r
 184             {\r
 185               seqPanel.setCursorPosition();\r
 186             }\r
 187             break;\r
 188 \r
 189           case KeyEvent.VK_ENTER:\r
 190           case KeyEvent.VK_COMMA:\r
 191             if(av.cursorMode)\r
 192             {\r
 193               seqPanel.setCursorRowAndColumn();\r
 194             }\r
 195             break;\r
 196 \r
 197           case KeyEvent.VK_Q:\r
 198             if(av.cursorMode)\r
 199             {\r
 200               seqPanel.setSelectionAreaAtCursor(true);\r
 201             }\r
 202             break;\r
 203           case KeyEvent.VK_M:\r
 204             if(av.cursorMode)\r
 205             {\r
 206               seqPanel.setSelectionAreaAtCursor(false);\r
 207             }\r
 208             break;\r
 209 \r
 210          case KeyEvent.VK_F2:\r
 211            av.cursorMode = ! av.cursorMode;\r
 212            alignFrame.statusBar.setText("Keyboard editing mode is "+\r
 213                (av.cursorMode ? "on" : "off"));\r
 214            if(av.cursorMode)\r
 215            {\r
 216              seqPanel.seqCanvas.cursorX = av.startRes;\r
 217              seqPanel.seqCanvas.cursorY = av.startSeq;\r
 218            }\r
 219            seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 220            break;\r
 221 \r
 222           case KeyEvent.VK_F1:\r
 223             try\r
 224             {\r
 225               ClassLoader cl = jalview.gui.Desktop.class.getClassLoader();\r
 226               java.net.URL url = javax.help.HelpSet.findHelpSet(cl, "help/help");\r
 227               javax.help.HelpSet hs = new javax.help.HelpSet(cl, url);\r
 228 \r
 229               javax.help.HelpBroker hb = hs.createHelpBroker();\r
 230               hb.setCurrentID("home");\r
 231               hb.setDisplayed(true);\r
 232             }\r
 233             catch (Exception ex)\r
 234             {\r
 235               ex.printStackTrace();\r
 236             }\r
 237             break;\r
 238           case KeyEvent.VK_H:\r
 239           {\r
 240             SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 241             boolean hide = false;\r
 242             if(sg!=null && sg.getSize(false)!=av.alignment.getHeight())\r
 243             {\r
 244               hide = true;\r
 245               alignFrame.hideSelSequences_actionPerformed(null);\r
 246             }\r
 247             else if(av.colSel.getSelected().size()<1)\r
 248               alignFrame.showAllSeqs_actionPerformed(null);\r
 249 \r
 250             if(av.colSel.getSelected().size()>0)\r
 251               alignFrame.hideSelColumns_actionPerformed(null);\r
 252             else if(!hide)\r
 253               alignFrame.showAllColumns_actionPerformed(null);\r
 254 \r
 255             break;\r
 256           }\r
 257 \r
 258         }\r
 259       }\r
 260     });\r
 261   }\r
 262 \r
 263   /**\r
 264    * DOCUMENT ME!\r
 265    */\r
 266   public void fontChanged()\r
 267   {\r
 268     // set idCanvas bufferedImage to null\r
 269     // to prevent drawing old image\r
 270     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 271 \r
 272     scalePanelHolder.setPreferredSize(new Dimension(10,\r
 273         av.charHeight + fm.getDescent()));\r
 274     idSpaceFillerPanel1.setPreferredSize(new Dimension(10,\r
 275         av.charHeight + fm.getDescent()));\r
 276 \r
 277     idPanel.idCanvas.gg = null;\r
 278     seqPanel.seqCanvas.img = null;\r
 279     annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
 280 \r
 281     Dimension d = calculateIdWidth();\r
 282     d.setSize(d.width + 4, d.height);\r
 283     idPanel.idCanvas.setPreferredSize(d);\r
 284     hscrollFillerPanel.setPreferredSize(d);\r
 285 \r
 286     if (av.getWrapAlignment())\r
 287     {\r
 288       int max = av.alignment.getWidth() /\r
 289           seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getWidth());\r
 290       vscroll.setMaximum(max);\r
 291       vscroll.setUnitIncrement(1);\r
 292       vscroll.setVisibleAmount(1);\r
 293     }\r
 294     else\r
 295     {\r
 296       setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
 297     }\r
 298 \r
 299     if (overviewPanel != null)\r
 300       overviewPanel.setBoxPosition();\r
 301 \r
 302     repaint();\r
 303   }\r
 304 \r
 305   /**\r
 306    * DOCUMENT ME!\r
 307    *\r
 308    * @return DOCUMENT ME!\r
 309    */\r
 310   public Dimension calculateIdWidth()\r
 311   {\r
 312     Container c = new Container();\r
 313 \r
 314     FontMetrics fm = c.getFontMetrics(av.font);\r
 315     AlignmentI al = av.getAlignment();\r
 316 \r
 317     int i = 0;\r
 318     int idWidth = 0;\r
 319     String id;\r
 320 \r
 321     while ( (i < al.getHeight()) && (al.getSequenceAt(i) != null))\r
 322     {\r
 323       SequenceI s = al.getSequenceAt(i);\r
 324 \r
 325       id = s.getDisplayId(av.getShowJVSuffix());\r
 326 \r
 327       if (fm.stringWidth(id) > idWidth)\r
 328       {\r
 329         idWidth = fm.stringWidth(id);\r
 330       }\r
 331 \r
 332       i++;\r
 333     }\r
 334 \r
 335     // Also check annotation label widths\r
 336     i = 0;\r
 337 \r
 338     if (al.getAlignmentAnnotation() != null)\r
 339     {\r
 340       fm = c.getFontMetrics(alabels.getFont());\r
 341 \r
 342       while (i < al.getAlignmentAnnotation().length)\r
 343       {\r
 344         String label = al.getAlignmentAnnotation()[i].label;\r
 345 \r
 346         if (fm.stringWidth(label) > idWidth)\r
 347         {\r
 348           idWidth = fm.stringWidth(label);\r
 349         }\r
 350 \r
 351         i++;\r
 352       }\r
 353     }\r
 354 \r
 355     return new Dimension(idWidth, 12);\r
 356   }\r
 357 \r
 358   /**\r
 359    * DOCUMENT ME!\r
 360    *\r
 361    * @param results DOCUMENT ME!\r
 362    */\r
 363   public void highlightSearchResults(SearchResults results)\r
 364   {\r
 365     seqPanel.seqCanvas.highlightSearchResults(results);\r
 366 \r
 367     // do we need to scroll the panel?\r
 368     if (results != null)\r
 369     {\r
 370       SequenceI seq = results.getResultSequence(0);\r
 371       int seqIndex = av.alignment.findIndex(seq);\r
 372       int start = seq.findIndex(results.getResultStart(0)) - 1;\r
 373       int end = seq.findIndex(results.getResultEnd(0)) - 1;\r
 374 \r
 375       if(!av.wrapAlignment)\r
 376       {\r
 377         if ( (av.getStartRes() > end)  || (av.getEndRes() < start) ||\r
 378            ( (av.getStartSeq() > seqIndex) || (av.getEndSeq() < seqIndex)))\r
 379         {\r
 380           setScrollValues(start, seqIndex);\r
 381         }\r
 382       }\r
 383       else\r
 384       {\r
 385         scrollToWrappedVisible(start);\r
 386       }\r
 387     }\r
 388   }\r
 389 \r
 390   void scrollToWrappedVisible(int res)\r
 391   {\r
 392     int cwidth = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getWidth());\r
 393     if( res<=av.getStartRes() || res>=(av.getStartRes()+cwidth) )\r
 394     {\r
 395       vscroll.setValue(res / cwidth);\r
 396       av.startRes = vscroll.getValue() * cwidth;\r
 397     }\r
 398   }\r
 399 \r
 400   /**\r
 401    * DOCUMENT ME!\r
 402    *\r
 403    * @return DOCUMENT ME!\r
 404    */\r
 405   public OverviewPanel getOverviewPanel()\r
 406   {\r
 407     return overviewPanel;\r
 408   }\r
 409 \r
 410   /**\r
 411    * DOCUMENT ME!\r
 412    *\r
 413    * @param op DOCUMENT ME!\r
 414    */\r
 415   public void setOverviewPanel(OverviewPanel op)\r
 416   {\r
 417     overviewPanel = op;\r
 418   }\r
 419 \r
 420   /**\r
 421    * DOCUMENT ME!\r
 422    *\r
 423    * @param b DOCUMENT ME!\r
 424    */\r
 425   public void setAnnotationVisible(boolean b)\r
 426   {\r
 427     if (!av.wrapAlignment)\r
 428     {\r
 429       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(b);\r
 430       annotationScroller.setVisible(b);\r
 431     }\r
 432     repaint();\r
 433   }\r
 434 \r
 435   public void adjustAnnotationHeight()\r
 436   {\r
 437     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 438     {\r
 439       public void run()\r
 440       {\r
 441           while(alignFrame.getHeight()==0)\r
 442           {\r
 443             Thread.yield();\r
 444           }\r
 445 \r
 446         int height = annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
 447 \r
 448         if (height > alignFrame.getHeight() / 2)\r
 449         {\r
 450           height = alignFrame.getHeight() / 2;\r
 451         }\r
 452 \r
 453         annotationScroller.setPreferredSize(\r
 454             new Dimension(annotationScroller.getWidth(),\r
 455                           height));\r
 456 \r
 457         annotationSpaceFillerHolder.setPreferredSize(new Dimension(\r
 458             annotationSpaceFillerHolder.getWidth(),\r
 459             height));\r
 460 \r
 461         annotationPanel.repaint();\r
 462       }\r
 463     });\r
 464   }\r
 465 \r
 466   /**\r
 467    * DOCUMENT ME!\r
 468    *\r
 469    * @param wrap DOCUMENT ME!\r
 470    */\r
 471   public void setWrapAlignment(boolean wrap)\r
 472   {\r
 473     av.startSeq = 0;\r
 474     scalePanelHolder.setVisible(!wrap);\r
 475     hscroll.setVisible(!wrap);\r
 476     idwidthAdjuster.setVisible(!wrap);\r
 477 \r
 478     if (wrap)\r
 479     {\r
 480       annotationScroller.setVisible(false);\r
 481       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(false);\r
 482     }\r
 483     else if (av.showAnnotation)\r
 484     {\r
 485       annotationScroller.setVisible(true);\r
 486       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(true);\r
 487     }\r
 488 \r
 489     idSpaceFillerPanel1.setVisible(!wrap);\r
 490 \r
 491     repaint();\r
 492   }\r
 493 \r
 494   // return value is true if the scroll is valid\r
 495   public boolean scrollUp(boolean up)\r
 496   {\r
 497     if (up)\r
 498     {\r
 499       if (vscroll.getValue() < 1)\r
 500       {\r
 501         return false;\r
 502       }\r
 503 \r
 504       fastPaint = false;\r
 505       vscroll.setValue(vscroll.getValue() - 1);\r
 506     }\r
 507     else\r
 508     {\r
 509       if ( (vextent + vscroll.getValue()) >= av.getAlignment().getHeight())\r
 510       {\r
 511         return false;\r
 512       }\r
 513 \r
 514       fastPaint = false;\r
 515       vscroll.setValue(vscroll.getValue() + 1);\r
 516     }\r
 517 \r
 518     fastPaint = true;\r
 519 \r
 520     return true;\r
 521   }\r
 522 \r
 523   /**\r
 524    * DOCUMENT ME!\r
 525    *\r
 526    * @param right DOCUMENT ME!\r
 527    *\r
 528    * @return DOCUMENT ME!\r
 529    */\r
 530   public boolean scrollRight(boolean right)\r
 531   {\r
 532     if (!right)\r
 533     {\r
 534       if (hscroll.getValue() < 1)\r
 535       {\r
 536         return false;\r
 537       }\r
 538 \r
 539       fastPaint = false;\r
 540       hscroll.setValue(hscroll.getValue() - 1);\r
 541     }\r
 542     else\r
 543     {\r
 544       if ( (hextent + hscroll.getValue()) >= av.getAlignment().getWidth())\r
 545       {\r
 546         return false;\r
 547       }\r
 548 \r
 549       fastPaint = false;\r
 550       hscroll.setValue(hscroll.getValue() + 1);\r
 551     }\r
 552 \r
 553     fastPaint = true;\r
 554 \r
 555     return true;\r
 556   }\r
 557 \r
 558   /**\r
 559    * DOCUMENT ME!\r
 560    *\r
 561    * @param x DOCUMENT ME!\r
 562    * @param y DOCUMENT ME!\r
 563    */\r
 564   public void setScrollValues(int x, int y)\r
 565   {\r
 566 \r
 567     int width = av.alignment.getWidth();\r
 568     int height = av.alignment.getHeight();\r
 569 \r
 570     if(av.hasHiddenColumns)\r
 571      width = av.getColumnSelection().findColumnPosition(width);\r
 572 \r
 573     av.setEndRes( (x + (seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.charWidth)) -1);\r
 574 \r
 575     hextent = seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.charWidth;\r
 576     vextent = seqPanel.seqCanvas.getHeight() / av.charHeight;\r
 577 \r
 578     if (hextent > width)\r
 579     {\r
 580       hextent = width;\r
 581     }\r
 582 \r
 583     if (vextent > height)\r
 584     {\r
 585       vextent = height;\r
 586     }\r
 587 \r
 588     if ( (hextent + x) > width)\r
 589     {\r
 590       x = width - hextent;\r
 591     }\r
 592 \r
 593     if ( (vextent + y) > height)\r
 594     {\r
 595       y = height - vextent;\r
 596     }\r
 597 \r
 598     if (y < 0)\r
 599     {\r
 600       y = 0;\r
 601     }\r
 602 \r
 603     if (x < 0)\r
 604     {\r
 605       x = 0;\r
 606     }\r
 607 \r
 608     hscroll.setValues(x, hextent, 0, width);\r
 609     vscroll.setValues(y, vextent, 0, height);\r
 610   }\r
 611 \r
 612   /**\r
 613    * DOCUMENT ME!\r
 614    *\r
 615    * @param evt DOCUMENT ME!\r
 616    */\r
 617   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
 618   {\r
 619 \r
 620     int oldX = av.getStartRes();\r
 621     int oldY = av.getStartSeq();\r
 622 \r
 623     if (evt.getSource() == hscroll)\r
 624     {\r
 625       int x = hscroll.getValue();\r
 626       av.setStartRes(x);\r
 627       av.setEndRes( (x +\r
 628                      (seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.getCharWidth())) - 1);\r
 629     }\r
 630 \r
 631     if (evt.getSource() == vscroll)\r
 632     {\r
 633       int offy = vscroll.getValue();\r
 634 \r
 635       if (av.getWrapAlignment())\r
 636       {\r
 637         if(offy>-1)\r
 638         {\r
 639           int rowSize = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.\r
 640               seqCanvas.getWidth());\r
 641           av.setStartRes(offy * rowSize);\r
 642           av.setEndRes( (offy + 1) * rowSize);\r
 643         }\r
 644         else\r
 645         {\r
 646           //This is only called if file loaded is a jar file that\r
 647           //was wrapped when saved and user has wrap alignment true\r
 648           //as preference setting\r
 649           SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 650               {\r
 651                 public void run()\r
 652                 {\r
 653                   setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
 654                 }\r
 655               });\r
 656         }\r
 657       }\r
 658       else\r
 659       {\r
 660         av.setStartSeq(offy);\r
 661         av.setEndSeq(offy +\r
 662                      (seqPanel.seqCanvas.getHeight() / av.getCharHeight()));\r
 663       }\r
 664     }\r
 665 \r
 666     if (overviewPanel != null)\r
 667     {\r
 668       overviewPanel.setBoxPosition();\r
 669     }\r
 670 \r
 671     int scrollX = av.startRes - oldX;\r
 672     int scrollY = av.startSeq - oldY;\r
 673 \r
 674     if (av.getWrapAlignment() || !fastPaint)\r
 675     {\r
 676       repaint();\r
 677     }\r
 678     else\r
 679     {\r
 680       // Make sure we're not trying to draw a panel\r
 681       // larger than the visible window\r
 682       if(scrollX>av.endRes-av.startRes)\r
 683         scrollX = av.endRes-av.startRes;\r
 684       else if(scrollX<av.startRes-av.endRes)\r
 685         scrollX = av.startRes - av.endRes;\r
 686 \r
 687       if(scrollX!=0 || scrollY!=0)\r
 688       {\r
 689         idPanel.idCanvas.fastPaint(scrollY);\r
 690         seqPanel.seqCanvas.fastPaint(scrollX,\r
 691                                      scrollY);\r
 692         scalePanel.repaint();\r
 693 \r
 694         if (av.getShowAnnotation())\r
 695         {\r
 696           annotationPanel.fastPaint(scrollX);\r
 697         }\r
 698       }\r
 699     }\r
 700   }\r
 701 \r
 702   /**\r
 703    * DOCUMENT ME!\r
 704    *\r
 705    * @param g DOCUMENT ME!\r
 706    */\r
 707   public void paintComponent(Graphics g)\r
 708   {\r
 709     invalidate();\r
 710 \r
 711     Dimension d = idPanel.idCanvas.getPreferredSize();\r
 712     idPanelHolder.setPreferredSize(d);\r
 713     hscrollFillerPanel.setPreferredSize(new Dimension(d.width, 12));\r
 714     validate();\r
 715 \r
 716     if (av.getWrapAlignment())\r
 717     {\r
 718       int maxwidth = av.alignment.getWidth();\r
 719 \r
 720       if (av.hasHiddenColumns)\r
 721         maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;\r
 722 \r
 723       int max = maxwidth /\r
 724           seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getWidth()) +\r
 725           1;\r
 726 \r
 727 \r
 728       vscroll.setMaximum(max);\r
 729       vscroll.setUnitIncrement(1);\r
 730       vscroll.setVisibleAmount(1);\r
 731     }\r
 732     else\r
 733     {\r
 734       setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
 735     }\r
 736 \r
 737     if( this.getVisibleRect().getBounds() == g.getClipBounds()\r
 738         && overviewPanel != null)\r
 739         overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 740 \r
 741   }\r
 742 \r
 743   /**\r
 744    * DOCUMENT ME!\r
 745    *\r
 746    * @param pg DOCUMENT ME!\r
 747    * @param pf DOCUMENT ME!\r
 748    * @param pi DOCUMENT ME!\r
 749    *\r
 750    * @return DOCUMENT ME!\r
 751    *\r
 752    * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
 753    */\r
 754   public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi)\r
 755       throws PrinterException\r
 756   {\r
 757     pg.translate( (int) pf.getImageableX(), (int) pf.getImageableY());\r
 758 \r
 759     int pwidth = (int) pf.getImageableWidth();\r
 760     int pheight = (int) pf.getImageableHeight();\r
 761 \r
 762     if (av.getWrapAlignment())\r
 763     {\r
 764       return printWrappedAlignment(pg, pwidth, pheight, pi);\r
 765     }\r
 766     else\r
 767     {\r
 768       return printUnwrapped(pg, pwidth, pheight, pi);\r
 769     }\r
 770   }\r
 771 \r
 772   /**\r
 773    * DOCUMENT ME!\r
 774    *\r
 775    * @param pg DOCUMENT ME!\r
 776    * @param pwidth DOCUMENT ME!\r
 777    * @param pheight DOCUMENT ME!\r
 778    * @param pi DOCUMENT ME!\r
 779    *\r
 780    * @return DOCUMENT ME!\r
 781    *\r
 782    * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
 783    */\r
 784   public int printUnwrapped(Graphics pg, int pwidth, int pheight, int pi)\r
 785       throws PrinterException\r
 786   {\r
 787     int idWidth = calculateIdWidth().width + 4;\r
 788     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 789     int scaleHeight = av.charHeight + fm.getDescent();\r
 790 \r
 791     pg.setColor(Color.white);\r
 792     pg.fillRect(0, 0, pwidth, pheight);\r
 793     pg.setFont(av.getFont());\r
 794 \r
 795     ////////////////////////////////////\r
 796     /// How many sequences and residues can we fit on a printable page?\r
 797     int totalRes = (pwidth - idWidth) / av.getCharWidth();\r
 798 \r
 799     int totalSeq = (int) ( (pheight - scaleHeight) / av.getCharHeight()) -\r
 800         1;\r
 801 \r
 802     int pagesWide = (av.getAlignment().getWidth() / totalRes) + 1;\r
 803 \r
 804     /////////////////////////////\r
 805     /// Only print these sequences and residues on this page\r
 806     int startRes;\r
 807 \r
 808     /////////////////////////////\r
 809     /// Only print these sequences and residues on this page\r
 810     int endRes;\r
 811 \r
 812     /////////////////////////////\r
 813     /// Only print these sequences and residues on this page\r
 814     int startSeq;\r
 815 \r
 816     /////////////////////////////\r
 817     /// Only print these sequences and residues on this page\r
 818     int endSeq;\r
 819     startRes = (pi % pagesWide) * totalRes;\r
 820     endRes = (startRes + totalRes) - 1;\r
 821 \r
 822     if (endRes > (av.getAlignment().getWidth() - 1))\r
 823     {\r
 824       endRes = av.getAlignment().getWidth() - 1;\r
 825     }\r
 826 \r
 827     startSeq = (pi / pagesWide) * totalSeq;\r
 828     endSeq = startSeq + totalSeq;\r
 829 \r
 830     if (endSeq > av.getAlignment().getHeight())\r
 831     {\r
 832       endSeq = av.getAlignment().getHeight();\r
 833     }\r
 834 \r
 835     int pagesHigh = ( (av.alignment.getHeight() / totalSeq) + 1) * pheight;\r
 836 \r
 837     if (av.showAnnotation)\r
 838     {\r
 839       pagesHigh += annotationPanel.adjustPanelHeight() + 3;\r
 840     }\r
 841 \r
 842     pagesHigh /= pheight;\r
 843 \r
 844     if (pi >= (pagesWide * pagesHigh))\r
 845     {\r
 846       return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 847     }\r
 848 \r
 849     //draw Scale\r
 850     pg.translate(idWidth, 0);\r
 851     scalePanel.drawScale(pg, startRes, endRes, pwidth - idWidth, scaleHeight);\r
 852     pg.translate( -idWidth, scaleHeight);\r
 853 \r
 854     ////////////////\r
 855     // Draw the ids\r
 856     Color currentColor = null;\r
 857     Color currentTextColor = null;\r
 858 \r
 859     pg.setFont(new Font(av.getFont().getName(),\r
 860                         Font.ITALIC,\r
 861                         av.getFont().getSize()));\r
 862     for (int i = startSeq; i < endSeq; i++)\r
 863     {\r
 864       if ( (av.getSelectionGroup() != null) &&\r
 865           av.getSelectionGroup().getSequences(false).contains(\r
 866               av.getAlignment().getSequenceAt(i)))\r
 867       {\r
 868         currentColor = Color.gray;\r
 869         currentTextColor = Color.black;\r
 870       }\r
 871       else\r
 872       {\r
 873         currentColor = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getColor();\r
 874         currentTextColor = Color.black;\r
 875       }\r
 876 \r
 877       pg.setColor(currentColor);\r
 878       pg.fillRect(0, (i - startSeq) * av.charHeight, idWidth,\r
 879                   av.getCharHeight());\r
 880 \r
 881       pg.setColor(currentTextColor);\r
 882 \r
 883       String string = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getDisplayId\r
 884           ( av.getShowJVSuffix());\r
 885 \r
 886       pg.drawString(string, 0,\r
 887                     ( ( (i - startSeq) * av.charHeight) + av.getCharHeight()) -\r
 888                     (av.getCharHeight() / 5));\r
 889     }\r
 890 \r
 891     pg.setFont(av.getFont());\r
 892 \r
 893     // draw main sequence panel\r
 894     pg.translate(idWidth, 0);\r
 895     seqPanel.seqCanvas.drawPanel(pg, startRes, endRes, startSeq, endSeq, 0);\r
 896 \r
 897     if (av.showAnnotation && (endSeq == av.alignment.getHeight()))\r
 898     {\r
 899       pg.translate( -idWidth-3, (endSeq - startSeq) * av.charHeight + 3);\r
 900       alabels.drawComponent( (Graphics2D) pg, idWidth);\r
 901       pg.translate(idWidth+3, 0);\r
 902       annotationPanel.drawComponent( (Graphics2D) pg, startRes, endRes +\r
 903                                     1);\r
 904     }\r
 905 \r
 906     return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 907   }\r
 908 \r
 909   /**\r
 910    * DOCUMENT ME!\r
 911    *\r
 912    * @param pg DOCUMENT ME!\r
 913    * @param pwidth DOCUMENT ME!\r
 914    * @param pheight DOCUMENT ME!\r
 915    * @param pi DOCUMENT ME!\r
 916    *\r
 917    * @return DOCUMENT ME!\r
 918    *\r
 919    * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
 920    */\r
 921   public int printWrappedAlignment(Graphics pg, int pwidth, int pheight,\r
 922                                    int pi)\r
 923       throws PrinterException\r
 924   {\r
 925 \r
 926     int annotationHeight = 0;\r
 927     AnnotationLabels labels = null;\r
 928     if (av.showAnnotation)\r
 929     {\r
 930       annotationHeight = annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
 931       labels = new AnnotationLabels(av);\r
 932     }\r
 933 \r
 934     int hgap = av.charHeight;\r
 935     if (av.scaleAboveWrapped)\r
 936       hgap += av.charHeight;\r
 937 \r
 938     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 939         + hgap\r
 940         + annotationHeight;\r
 941 \r
 942     int idWidth = calculateIdWidth().width + 4;\r
 943 \r
 944     int maxwidth = av.alignment.getWidth();\r
 945     if (av.hasHiddenColumns)\r
 946       maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;\r
 947 \r
 948 \r
 949     int resWidth = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(pwidth -\r
 950         idWidth);\r
 951 \r
 952     int totalHeight = cHeight * (maxwidth / resWidth + 1);\r
 953 \r
 954     pg.setColor(Color.white);\r
 955     pg.fillRect(0, 0, pwidth, pheight);\r
 956     pg.setFont(av.getFont());\r
 957 \r
 958     ////////////////\r
 959     // Draw the ids\r
 960     pg.setColor(Color.black);\r
 961 \r
 962     pg.translate(0, -pi * pheight);\r
 963 \r
 964     pg.setClip(0, pi * pheight, pwidth, pheight);\r
 965 \r
 966     int ypos = hgap;\r
 967     Font italic = new Font(av.getFont().getName(), Font.ITALIC,\r
 968                            av.getFont().getSize());\r
 969     pg.setFont(italic);\r
 970 \r
 971     do\r
 972     {\r
 973       for (int i = 0; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
 974       {\r
 975         SequenceI s = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 976         String string = s.getDisplayId( av.getShowJVSuffix());\r
 977 \r
 978         pg.drawString(string, 0,\r
 979                       ( (i * av.charHeight) + ypos + av.charHeight) -\r
 980                       (av.charHeight / 5));\r
 981       }\r
 982       if (labels != null)\r
 983       {\r
 984         pg.translate(-3,\r
 985                      ypos +\r
 986                      (av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight));\r
 987 \r
 988         pg.setFont(av.getFont());\r
 989         labels.drawComponent(pg, idWidth);\r
 990         pg.setFont(italic);\r
 991         pg.translate(+3,\r
 992                      -ypos -\r
 993                      (av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight));\r
 994       }\r
 995 \r
 996       ypos += cHeight;\r
 997     }\r
 998     while (ypos < totalHeight);\r
 999 \r
1000     pg.translate(idWidth, 0);\r
1001 \r
1002     seqPanel.seqCanvas.drawWrappedPanel(pg, pwidth - idWidth, totalHeight, 0);\r
1003 \r
1004     if ( (pi * pheight) < totalHeight)\r
1005     {\r
1006       return Printable.PAGE_EXISTS;\r
1007 \r
1008     }\r
1009     else\r
1010     {\r
1011       return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
1012     }\r
1013   }\r
1014 \r
1015   void makeAlignmentImage(int type, File file)\r
1016   {\r
1017     int maxwidth = av.alignment.getWidth();\r
1018     if (av.hasHiddenColumns)\r
1019       maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth);\r
1020 \r
1021     int height = ( (av.alignment.getHeight() + 1) * av.charHeight) + 30;\r
1022     int width = idPanel.getWidth() + (maxwidth * av.charWidth);\r
1023     if (idPanel.getWidth() == 0)\r
1024     {\r
1025       width += calculateIdWidth().getWidth() + 4;\r
1026     }\r
1027 \r
1028     if (av.getWrapAlignment())\r
1029     {\r
1030       height = getWrappedHeight();\r
1031       if (System.getProperty("java.awt.headless") != null\r
1032           && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true"))\r
1033       {\r
1034         width = alignFrame.getWidth() - 22;\r
1035       }\r
1036       else\r
1037         width = seqPanel.getWidth() + idPanel.getWidth();\r
1038 \r
1039     }\r
1040     else if (av.getShowAnnotation())\r
1041     {\r
1042       height += annotationPanel.adjustPanelHeight() + 3;\r
1043     }\r
1044 \r
1045     jalview.util.ImageMaker im;\r
1046     if(type==jalview.util.ImageMaker.PNG)\r
1047       im  = new jalview.util.ImageMaker(this,\r
1048                                         jalview.util.ImageMaker.PNG,\r
1049                                         "Create PNG image from alignment",\r
1050                                         width, height, file, null);\r
1051     else\r
1052       im = new jalview.util.ImageMaker(this,\r
1053                                         jalview.util.ImageMaker.EPS,\r
1054                                        "Create EPS file from alignment",\r
1055                                         width, height, file, alignFrame.getTitle() );\r
1056 \r
1057     try\r
1058     {\r
1059       if (av.getWrapAlignment())\r
1060       {\r
1061         if(im.getGraphics()!=null)\r
1062         {\r
1063           printWrappedAlignment(im.getGraphics(), width, height, 0);\r
1064           im.writeImage();\r
1065         }\r
1066       }\r
1067       else\r
1068       {\r
1069         if(im.getGraphics()!=null)\r
1070         {\r
1071           printUnwrapped(im.getGraphics(), width, height, 0);\r
1072           im.writeImage();\r
1073         }\r
1074       }\r
1075     }\r
1076     catch (OutOfMemoryError err)\r
1077     {\r
1078       System.out.println("########################\n"\r
1079                          + "OUT OF MEMORY " + file + "\n"\r
1080                          + "########################");\r
1081 \r
1082       JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
1083                                             "Out of Memory Creating Image!!"\r
1084                                             +\r
1085                                             "\nSee help files for increasing Java Virtual Machine memory."\r
1086                                             , "Out of memory",\r
1087                                             JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
1088       System.out.println("Create IMAGE: " + err);\r
1089       System.gc();\r
1090 \r
1091     }\r
1092     catch (Exception ex)\r
1093     {\r
1094       ex.printStackTrace();\r
1095     }\r
1096   }\r
1097   /**\r
1098    * DOCUMENT ME!\r
1099    */\r
1100   public void makeEPS(File epsFile)\r
1101   {\r
1102     makeAlignmentImage(jalview.util.ImageMaker.EPS, epsFile);\r
1103   }\r
1104 \r
1105   /**\r
1106    * DOCUMENT ME!\r
1107    */\r
1108   public void makePNG(File pngFile)\r
1109   {\r
1110     makeAlignmentImage(jalview.util.ImageMaker.PNG, pngFile);\r
1111   }\r
1112 \r
1113   public void makePNGImageMap(File imgMapFile, String imageName)\r
1114   {\r
1115     ///////ONLY WORKS WITH NONE WRAPPED ALIGNMENTS\r
1116     //////////////////////////////////////////////\r
1117     int idWidth = calculateIdWidth().width + 4;\r
1118     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
1119     int scaleHeight = av.charHeight + fm.getDescent();\r
1120 \r
1121     // Gen image map\r
1122     //////////////////////////////////\r
1123     if (imgMapFile != null)\r
1124     {\r
1125       try\r
1126       {\r
1127         int s, sSize = av.alignment.getHeight(),\r
1128             res, alwidth = av.alignment.getWidth(), g, gSize, f, fSize, sy;\r
1129         StringBuffer text = new StringBuffer();\r
1130         PrintWriter out = new PrintWriter(new FileWriter(imgMapFile));\r
1131         out.println(jalview.io.HTMLOutput.getImageMapHTML());\r
1132         out.println("<img src=\"" + imageName +\r
1133                     "\" border=\"0\" usemap=\"#Map\" >"\r
1134                     + "<map name=\"Map\">");\r
1135 \r
1136         for (s = 0; s < sSize; s++)\r
1137         {\r
1138           sy = s * av.charHeight + scaleHeight;\r
1139 \r
1140           SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(s);\r
1141           SequenceFeature [] features = seq.getDatasetSequence().getSequenceFeatures();\r
1142           SequenceGroup[] groups = av.alignment.findAllGroups(seq);\r
1143           for(res =0; res<alwidth; res++)\r
1144           {\r
1145             text = new StringBuffer();\r
1146             Object obj = null;\r
1147             if(av.alignment.isNucleotide())\r
1148               obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(seq.getCharAt(res)+"" );\r
1149             else\r
1150               obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(\r
1151                     seq.getCharAt(res) + "");\r
1152 \r
1153               if (obj == null)\r
1154                   continue;\r
1155 \r
1156             String triplet = obj.toString();\r
1157             int alIndex = seq.findPosition(res);\r
1158             gSize = groups.length;\r
1159             for (g = 0; g < gSize; g++)\r
1160             {\r
1161               if(text.length()<1)\r
1162               {\r
1163                 text.append("<area shape=\"rect\" coords=\""\r
1164                   + (idWidth + res * av.charWidth) + ","\r
1165                   + sy + ","\r
1166                   + (idWidth + (res + 1) * av.charWidth) + ","\r
1167                   + (av.charHeight + sy) + "\""\r
1168                   + " onMouseOver=\"toolTip('"\r
1169                   + alIndex + " " + triplet );\r
1170               }\r
1171 \r
1172               if(groups[g].getStartRes()<res && groups[g].getEndRes()>res)\r
1173                 text.append("<br><em>" + groups[g].getName() + "</em>");\r
1174             }\r
1175 \r
1176             if (features != null)\r
1177             {\r
1178               if(text.length()<1)\r
1179               {\r
1180                 text.append("<area shape=\"rect\" coords=\""\r
1181                   + (idWidth + res * av.charWidth) + ","\r
1182                   + sy + ","\r
1183                   + (idWidth + (res + 1) * av.charWidth) + ","\r
1184                   + (av.charHeight + sy) + "\""\r
1185                   + " onMouseOver=\"toolTip('"\r
1186                   + alIndex + " " + triplet );\r
1187               }\r
1188                 fSize = features.length;\r
1189                 for (f = 0; f < fSize; f++)\r
1190                 {\r
1191 \r
1192                   if ( (features[f].getBegin() <= seq.findPosition(res)) &&\r
1193                       (features[f].getEnd() >= seq.findPosition(res)))\r
1194                   {\r
1195                     if (features[f].getType().equals("disulfide bond"))\r
1196                     {\r
1197                       if (features[f].getBegin() == seq.findPosition(res)\r
1198                           || features[f].getEnd() == seq.findPosition(res))\r
1199                       {\r
1200                         text.append("<br>disulfide bond " + features[f].getBegin() + ":" +\r
1201                                        features[f].getEnd());\r
1202                       }\r
1203                     }\r
1204                     else\r
1205                     {\r
1206                       text.append("<br>");\r
1207                       text.append(features[f].getType());\r
1208                       if (features[f].getDescription() != null && !features[f].getType().equals(features[f].getDescription()))\r
1209                         text.append(" " + features[f].getDescription());\r
1210 \r
1211                       if (features[f].getValue("status") != null )\r
1212                       {\r
1213                         text.append(" (" + features[f].getValue("status") + ")");\r
1214                       }\r
1215                     }\r
1216                   }\r
1217 \r
1218                 }\r
1219               }\r
1220               if(text.length()>1)\r
1221               {\r
1222                 text.append("')\"; onMouseOut=\"toolTip()\";  href=\"#\">");\r
1223                 out.println(text.toString());\r
1224               }\r
1225             }\r
1226           }\r
1227         out.println("</map></body></html>");\r
1228         out.close();\r
1229 \r
1230       }\r
1231       catch (Exception ex)\r
1232       {\r
1233         ex.printStackTrace();\r
1234       }\r
1235     } ///////////END OF IMAGE MAP\r
1236 \r
1237   }\r
1238 \r
1239   int getWrappedHeight()\r
1240   {\r
1241     int seqPanelWidth = seqPanel.seqCanvas.getWidth();\r
1242 \r
1243     //If headless, seqPanel will have 0 width\r
1244     if (System.getProperty("java.awt.headless") != null\r
1245               && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true"))\r
1246     {\r
1247       int idWidth = calculateIdWidth().width + 4;\r
1248       seqPanelWidth = alignFrame.getWidth() - idWidth;\r
1249     }\r
1250 \r
1251     int chunkWidth = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(\r
1252         seqPanelWidth\r
1253           );\r
1254 \r
1255     int hgap = av.charHeight;\r
1256     if (av.scaleAboveWrapped)\r
1257       hgap += av.charHeight;\r
1258 \r
1259     int annotationHeight = 0;\r
1260     if (av.showAnnotation)\r
1261     {\r
1262       annotationHeight = annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
1263     }\r
1264 \r
1265     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
1266         + hgap\r
1267         + annotationHeight;\r
1268 \r
1269     int maxwidth = av.alignment.getWidth();\r
1270     if (av.hasHiddenColumns)\r
1271       maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;\r
1272 \r
1273 \r
1274     int height = ( (maxwidth / chunkWidth) + 1) * cHeight;\r
1275 \r
1276     return height;\r
1277   }\r
1278 \r
1279   /**\r
1280    * DOCUMENT ME!\r
1281    *\r
1282    * @author $author$\r
1283    * @version $Revision$\r
1284    */\r
1285   class Preview\r
1286       extends JFrame\r
1287   {\r
1288     /**\r
1289      * Creates a new Preview object.\r
1290      *\r
1291      * @param image DOCUMENT ME!\r
1292      */\r
1293     public Preview(Image image)\r
1294     {\r
1295       setResizable(true);\r
1296       setSize(image.getWidth(this), image.getHeight(this));\r
1297       setVisible(true);\r
1298       getContentPane().setLayout(new BorderLayout());\r
1299       getContentPane().add(new PreviewPanel(image), BorderLayout.CENTER);\r
1300       validate();\r
1301       repaint();\r
1302     }\r
1303   }\r
1304 \r
1305   /**\r
1306    * DOCUMENT ME!\r
1307    *\r
1308    * @author $author$\r
1309    * @version $Revision$\r
1310    */\r
1311   class PreviewPanel\r
1312       extends JPanel\r
1313   {\r
1314     Image image;\r
1315 \r
1316     /**\r
1317      * Creates a new PreviewPanel object.\r
1318      *\r
1319      * @param image DOCUMENT ME!\r
1320      */\r
1321     public PreviewPanel(Image image)\r
1322     {\r
1323       this.image = image;\r
1324     }\r
1325 \r
1326     /**\r
1327      * DOCUMENT ME!\r
1328      *\r
1329      * @param g DOCUMENT ME!\r
1330      */\r
1331     public void paintComponent(Graphics g)\r
1332     {\r
1333       if (image != null)\r
1334       {\r
1335         g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
1336       }\r
1337       else\r
1338       {\r
1339         System.out.println("DEBUG:image is null");\r
1340       }\r
1341     }\r
1342   }\r
1343 }\r