src/jalview/gui/AlignmentPanel.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import jalview.jbgui.GAlignmentPanel;\r
   4 import jalview.schemes.*;\r
   5 import jalview.analysis.*;\r
   6 import jalview.datamodel.*;\r
   7 import java.awt.*;\r
   8 import java.awt.event.*;\r
   9 import java.awt.print.*;\r
  10 import java.io.*;\r
  11 import java.awt.image.*;\r
  12 import org.jibble.epsgraphics.*;\r
  13 import javax.imageio.*;\r
  14 \r
  15 \r
  16 \r
  17 public class AlignmentPanel extends GAlignmentPanel implements AdjustmentListener, Printable\r
  18 {\r
  19 \r
  20   AlignViewport     av;\r
  21   OverviewPanel overviewPanel;\r
  22   SeqPanel   seqPanel;\r
  23   IdPanel    idPanel;\r
  24   IdwidthAdjuster idwidthAdjuster;\r
  25   SecondaryStructurePanel ssPanel;\r
  26   public AlignFrame alignFrame;\r
  27   ScalePanel scalePanel;\r
  28   ScorePanel scorePanel;\r
  29 \r
  30   public AlignmentPanel(AlignFrame af, final AlignViewport av)\r
  31   {\r
  32     alignFrame = af;\r
  33     this.av         = av;\r
  34     seqPanel        = new SeqPanel  (av, this);\r
  35     idPanel         = new IdPanel   (av, this);\r
  36 \r
  37     scalePanel = new ScalePanel(av, this);\r
  38     scorePanel = new ScorePanel(av);\r
  39     ssPanel = new SecondaryStructurePanel(av);\r
  40 \r
  41     secondaryPanelHolder.add(ssPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  42 \r
  43     idPanelHolder.add(idPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  44     idwidthAdjuster = new IdwidthAdjuster(this);\r
  45     idSpaceFillerPanel1.add(idwidthAdjuster, BorderLayout.CENTER);\r
  46 \r
  47     Dimension d = calculateIdWidth();\r
  48     d.setSize( d.width+4, d.height);\r
  49     idPanel.idCanvas.setPreferredSize( d );\r
  50     hscrollFillerPanel.setPreferredSize( d );\r
  51 \r
  52     scalePanelHolder.add(scalePanel, BorderLayout.CENTER);\r
  53     scorePanelHolder.add(scorePanel, BorderLayout.CENTER);\r
  54     seqPanelHolder.add(seqPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  55     setScrollValues(0,0);\r
  56 \r
  57     hscroll.addAdjustmentListener(this);\r
  58     vscroll.addAdjustmentListener(this);\r
  59 \r
  60     addComponentListener(new ComponentAdapter()\r
  61    {\r
  62      public void componentResized(ComponentEvent evt)\r
  63      {\r
  64        if(seqPanel.getWidth()>0 && seqPanel.getHeight()>0)\r
  65           RefreshPanels();\r
  66      }\r
  67    });\r
  68 \r
  69 \r
  70   // hscroll.setFocusable(false);\r
  71   // vscroll.setFocusable(false);\r
  72    setFocusable(true);\r
  73 \r
  74    addKeyListener(new KeyAdapter()\r
  75    {\r
  76      public void keyPressed(KeyEvent evt)\r
  77      {\r
  78        switch(evt.getKeyCode())\r
  79        {\r
  80          case  27: // escape key\r
  81            av.setSelectionGroup(null);\r
  82            RefreshPanels();\r
  83            break;\r
  84          case KeyEvent.VK_X:\r
  85            alignFrame.cut_actionPerformed(null);\r
  86            break;\r
  87          case KeyEvent.VK_C:\r
  88            alignFrame.copy_actionPerformed(null);\r
  89            break;\r
  90          case KeyEvent.VK_V:\r
  91            alignFrame.paste(true);\r
  92            break;\r
  93          case KeyEvent.VK_A:\r
  94            alignFrame.selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed(null);\r
  95            break;\r
  96         case KeyEvent.VK_DOWN:\r
  97           alignFrame.moveSelectedSequences(false);\r
  98           break;\r
  99         case KeyEvent.VK_UP:\r
 100           alignFrame.moveSelectedSequences(true);\r
 101           break;\r
 102         case KeyEvent.VK_F:\r
 103           alignFrame.findMenuItem_actionPerformed(null);\r
 104           break;\r
 105        }\r
 106      }\r
 107    });\r
 108   }\r
 109 \r
 110   Dimension calculateIdWidth()\r
 111   {\r
 112     Graphics g = this.getGraphics();\r
 113     if(g==null)\r
 114     {\r
 115       javax.swing.JFrame f = new javax.swing.JFrame();\r
 116       f.addNotify();\r
 117       g = f.getGraphics();\r
 118     }\r
 119 \r
 120     FontMetrics fm = g.getFontMetrics(av.font);\r
 121     AlignmentI al = av.getAlignment();\r
 122 \r
 123        int i   = 0;\r
 124        int idWidth = 0;\r
 125        String id;\r
 126        while (i < al.getHeight() && al.getSequenceAt(i) != null)\r
 127        {\r
 128          SequenceI s   = al.getSequenceAt(i);\r
 129          if(av.getShowFullId())\r
 130            id   = s.getDisplayId();\r
 131          else\r
 132            id = s.getName();\r
 133 \r
 134          if (fm.stringWidth(id) > idWidth)\r
 135            idWidth = fm.stringWidth(id);\r
 136          i++;\r
 137        }\r
 138 \r
 139        return new Dimension(idWidth, 12);\r
 140   }\r
 141 \r
 142 \r
 143  public void highlightSearchResults(int [] results)\r
 144  {\r
 145    seqPanel.seqCanvas.highlightSearchResults( results );\r
 146 \r
 147    // do we need to scroll the panel?\r
 148    if(results!=null && (av.getStartSeq()>results[0]\r
 149                         || av.getEndSeq()<results[0]\r
 150                         || av.getStartRes()>results[1]\r
 151                         || av.getEndRes()<results[2]))\r
 152        setScrollValues(results[1], results[0]);\r
 153 \r
 154 \r
 155  }\r
 156 \r
 157 \r
 158  public OverviewPanel getOverviewPanel()\r
 159  {\r
 160    return overviewPanel;\r
 161  }\r
 162 \r
 163  public void setOverviewPanel(OverviewPanel op)\r
 164  {\r
 165    overviewPanel = op;\r
 166  }\r
 167 \r
 168 \r
 169   public void setGraphPanelVisible(boolean b)\r
 170   {\r
 171     idSpaceFillerPanel.setVisible(b);\r
 172     scorePanelHolder.setVisible(b);\r
 173 \r
 174     RefreshPanels();\r
 175     // bit annoying to call this twice, can you do better?\r
 176     RefreshPanels();\r
 177   }\r
 178 \r
 179   public void setSecondaryStructureVisible(boolean b)\r
 180   {\r
 181     secondaryPanelHolder.setVisible(b);\r
 182     RefreshPanels();\r
 183   }\r
 184 \r
 185   public void setWrapAlignment(boolean wrap)\r
 186   {\r
 187     scorePanelHolder.setVisible(!wrap);\r
 188     scalePanelHolder.setVisible(!wrap);\r
 189     secondaryPanelHolder.setVisible(!wrap);\r
 190 \r
 191     hscroll.setVisible(!wrap);\r
 192 \r
 193     idwidthAdjuster.setVisible(!wrap);\r
 194     idSpaceFillerPanel.setVisible(!wrap);\r
 195     idSpaceFillerPanel1.setVisible(!wrap);\r
 196 \r
 197     RefreshPanels();\r
 198 \r
 199   }\r
 200 \r
 201 \r
 202   public void setColourScheme()\r
 203   {\r
 204     ColourSchemeI cs = av.getGlobalColourScheme();\r
 205 \r
 206     if(av.getConservationSelected())\r
 207     {\r
 208 \r
 209        Alignment al = (Alignment)av.getAlignment();\r
 210        Conservation c = new Conservation("All",\r
 211                             ResidueProperties.propHash, 3, al.getSequences(), 0,\r
 212                             al.getWidth() );\r
 213 \r
 214        c.calculate();\r
 215        c.verdict(false, 100);\r
 216        ConservationColourScheme ccs = new ConservationColourScheme(c, cs);\r
 217 \r
 218        av.setGlobalColourScheme( ccs );\r
 219 \r
 220     }\r
 221 \r
 222     RefreshPanels();\r
 223   }\r
 224 \r
 225   public void RefreshPanels()\r
 226   {\r
 227               requestFocus();\r
 228               invalidate();\r
 229               idPanelHolder.setPreferredSize(idPanel.idCanvas.getPreferredSize());\r
 230               if(idPanel.idCanvas.getPreferredSize()!=null)\r
 231                 hscrollFillerPanel.setPreferredSize(new Dimension(idPanel.idCanvas.getPreferredSize().width, 12));\r
 232               idSpaceFillerPanel1.setPreferredSize(new Dimension(500,\r
 233                   av.charHeight / 2 + 12));\r
 234               scalePanelHolder.setPreferredSize(new Dimension(500,\r
 235                   av.charHeight / 2 + 12));\r
 236               if (av.getWrapAlignment())\r
 237               {\r
 238                 int max = av.alignment.getWidth() /\r
 239                     (seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.charWidth) + 1;\r
 240 \r
 241                 int h = (av.alignment.getHeight() + 2) * av.charHeight;\r
 242                 vextent = seqPanel.seqCanvas.getHeight() / h;\r
 243                 vscroll.setValues(0, vextent, 0, max);\r
 244               }\r
 245               else\r
 246 \r
 247                 setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
 248               av.getConsensus(true);\r
 249               if (overviewPanel != null)\r
 250                 overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 251 \r
 252           validate();\r
 253           repaint();\r
 254   }\r
 255   int hextent = 0;\r
 256   int vextent = 0;\r
 257 \r
 258 \r
 259   // return value is true if the scroll is valid\r
 260   public boolean scrollUp(boolean up)\r
 261   {\r
 262     if(up)\r
 263     {\r
 264       if(vscroll.getValue()<1)\r
 265         return false;\r
 266       vscroll.setValue(vscroll.getValue() - 1);\r
 267     }\r
 268     else\r
 269     {\r
 270      if(vextent+vscroll.getValue() >= av.getAlignment().getHeight())\r
 271        return false;\r
 272       vscroll.setValue(vscroll.getValue() + 1);\r
 273     }\r
 274 \r
 275     return true;\r
 276   }\r
 277 \r
 278   public boolean scrollRight(boolean right)\r
 279   {\r
 280     if(right)\r
 281    {\r
 282      if(hscroll.getValue()<1)\r
 283        return false;\r
 284      hscroll.setValue(hscroll.getValue() - 1);\r
 285    }\r
 286    else\r
 287    {\r
 288     if(hextent+hscroll.getValue() >= av.getAlignment().getWidth())\r
 289       return false;\r
 290      hscroll.setValue(hscroll.getValue() + 1);\r
 291    }\r
 292 \r
 293    return true;\r
 294  }\r
 295 \r
 296 \r
 297   public void setScrollValues(int x, int y)\r
 298   {\r
 299     hextent = seqPanel.seqCanvas.getWidth()/av.getCharWidth();\r
 300     vextent = seqPanel.seqCanvas.getHeight()/av.getCharHeight();\r
 301 \r
 302     if(hextent+x  >  av.getAlignment().getWidth())\r
 303       x =  av.getAlignment().getWidth()- hextent;\r
 304 \r
 305     if(vextent+y > av.getAlignment().getHeight())\r
 306       y = av.getAlignment().getHeight() - vextent;\r
 307 \r
 308     if(y<0)\r
 309       y = 0;\r
 310 \r
 311     if(x<0)\r
 312       x=0;\r
 313 \r
 314     hscroll.setValues(x,hextent,0,av.getAlignment().getWidth());\r
 315     vscroll.setValues(y,vextent,0,av.getAlignment().getHeight() );\r
 316 \r
 317 \r
 318     repaint();\r
 319 \r
 320   }\r
 321 \r
 322 \r
 323   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
 324   {\r
 325 \r
 326     if (evt.getSource() == hscroll)\r
 327     {\r
 328       int x = hscroll.getValue();\r
 329       av.setStartRes(x);\r
 330       av.setEndRes(x + seqPanel.seqCanvas.getWidth()/av.getCharWidth()-1);\r
 331     }\r
 332 \r
 333     if (evt.getSource() == vscroll)\r
 334     {\r
 335       int offy = vscroll.getValue();\r
 336       if (av.getWrapAlignment())\r
 337       {\r
 338         av.setStartRes( vscroll.getValue() * av.getChunkWidth());\r
 339       }\r
 340       else\r
 341       {\r
 342         av.setStartSeq(offy);\r
 343         av.setEndSeq(offy + seqPanel.seqCanvas.getHeight() / av.getCharHeight());\r
 344       }\r
 345     }\r
 346 \r
 347 \r
 348     if(overviewPanel!=null)\r
 349       overviewPanel.setBoxPosition();\r
 350 \r
 351     repaint();\r
 352   }\r
 353 \r
 354   public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi) throws PrinterException\r
 355   {\r
 356     pg.translate((int)pf.getImageableX(), (int)pf.getImageableY());\r
 357 \r
 358     int pwidth = (int) pf.getImageableWidth();\r
 359     int pheight = (int) pf.getImageableHeight();\r
 360 \r
 361     if (av.getWrapAlignment())\r
 362       return printWrappedAlignment(pg, pwidth,pheight, pi);\r
 363     else\r
 364       return printUnwrapped(pg,pwidth, pheight,pi);\r
 365   }\r
 366 \r
 367   public int printUnwrapped(Graphics pg, int pwidth, int pheight, int pi) throws PrinterException\r
 368   {\r
 369 \r
 370     int idWidth = calculateIdWidth().width;\r
 371 \r
 372 \r
 373     pg.setColor(Color.white);\r
 374     pg.fillRect(0,0,pwidth, pheight);\r
 375     pg.setFont( av.getFont() );\r
 376 \r
 377     ////////////////////////////////////\r
 378     /// How many sequences and residues can we fit on a printable page?\r
 379     int totalRes = (pwidth - idWidth)/av.getCharWidth();\r
 380     int totalSeq = (int)((pheight - 30)/av.getCharHeight())-1;\r
 381     int pagesWide = av.getAlignment().getWidth() / totalRes +1;\r
 382     int pagesHigh = av.getAlignment().getHeight() / totalSeq +1;\r
 383 \r
 384     if (pi >= pagesWide*pagesHigh)\r
 385      return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 386 \r
 387     /////////////////////////////\r
 388     /// Only print these sequences and residues on this page\r
 389     int startRes, endRes, startSeq, endSeq;\r
 390     startRes = (pi % pagesWide) * totalRes;\r
 391     endRes = startRes + totalRes-1;\r
 392     if(endRes>av.getAlignment().getWidth())\r
 393       endRes = av.getAlignment().getWidth();\r
 394 \r
 395      startSeq = (pi / pagesWide) * totalSeq;\r
 396      endSeq = startSeq + totalSeq;\r
 397      if(endSeq > av.getAlignment().getHeight())\r
 398        endSeq = av.getAlignment().getHeight();\r
 399 \r
 400 \r
 401     ////////////////\r
 402     //draw Scale\r
 403     pg.translate(30,0);\r
 404     scalePanel.drawScale(pg, startRes, endRes, pwidth-idWidth);\r
 405 \r
 406     pg.translate(-30, 30);\r
 407     ////////////////\r
 408     // Draw the ids\r
 409     Color currentColor=null;\r
 410     Color currentTextColor=null;\r
 411     for(int i=startSeq; i<endSeq; i++)\r
 412     {\r
 413       if (av.getSelectionGroup()!=null && av.getSelectionGroup().sequences.contains(av.getAlignment().getSequenceAt(i)))\r
 414       {\r
 415         currentColor = Color.gray;\r
 416         currentTextColor = Color.black;\r
 417       }\r
 418       else\r
 419       {\r
 420         currentColor = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getColor();\r
 421         currentTextColor = Color.black;\r
 422       }\r
 423 \r
 424       pg.setColor(currentColor);\r
 425       pg.fillRect(0,  jalview.analysis.AlignmentUtil.getPixelHeight(startSeq, i, av.getCharHeight()),\r
 426                               idWidth,\r
 427                               av.getCharHeight());\r
 428 \r
 429       pg.setColor(currentTextColor);\r
 430 \r
 431       String string = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getName();\r
 432       if(av.getShowFullId())\r
 433         string = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getDisplayId();\r
 434 \r
 435       pg.drawString(string, 0,  jalview.analysis.AlignmentUtil.getPixelHeight\r
 436                     (startSeq, i, av.getCharHeight()) + av.getCharHeight() - (av.getCharHeight() / 5));\r
 437     }\r
 438 \r
 439     // draw main sequence panel\r
 440     pg.translate(idWidth+4,0);\r
 441     pg.setClip(0,0,pwidth-idWidth, pheight);\r
 442     seqPanel.seqCanvas.drawPanel(pg,startRes,endRes,startSeq,endSeq,startRes,startSeq,0);\r
 443 \r
 444     return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 445   }\r
 446 \r
 447 \r
 448   public int printWrappedAlignment(Graphics pg, int pwidth, int pheight, int pi) throws PrinterException\r
 449   {\r
 450 \r
 451     int idWidth = calculateIdWidth().width;\r
 452 \r
 453     if( seqPanel.seqCanvas.getWidth() < pwidth-idWidth)\r
 454       pwidth = seqPanel.seqCanvas.getWidth() + idWidth;\r
 455 \r
 456 \r
 457     pg.setColor(Color.white);\r
 458     pg.fillRect(0,0,pwidth, pheight);\r
 459     pg.setFont( av.getFont() );\r
 460 \r
 461     ////////////////////////////////////\r
 462     /// How many sequences and residues can we fit on a printable page?\r
 463     AlignmentI da = av.alignment;\r
 464     int endy   = da.getHeight();\r
 465     int chunkHeight =  (da.getHeight() + 2)*av.charHeight;\r
 466     int chunkWidth  =   (pwidth-idWidth)/av.charWidth;\r
 467 \r
 468     int noChunksOnPage = pheight / chunkHeight;\r
 469     int totalChunks = da.getWidth() / chunkWidth;\r
 470 \r
 471     if ( pi*noChunksOnPage > totalChunks )\r
 472      return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 473 \r
 474     ////////////////\r
 475     // Draw the ids\r
 476     pg.setClip(0,0,pwidth, noChunksOnPage*chunkHeight);\r
 477 \r
 478     int row = pi*noChunksOnPage;\r
 479     pg.setColor(Color.black);\r
 480     for(int ypos=2*av.charHeight;\r
 481         ypos <= pheight && row*chunkWidth<da.getWidth();\r
 482         ypos += chunkHeight, row++ )\r
 483     {\r
 484       for (int i = 0; i < endy; i++)\r
 485       {\r
 486         SequenceI s = da.getSequenceAt(i);\r
 487         String string = s.getName();\r
 488         if (av.getShowFullId())\r
 489           string = s.getDisplayId();\r
 490 \r
 491         pg.drawString(string, 0,\r
 492                       AlignmentUtil.getPixelHeight(0, i, av.charHeight) + ypos +\r
 493                       av.charHeight - (av.charHeight / 5));\r
 494       }\r
 495     }\r
 496 \r
 497     // draw main sequence panel\r
 498     pg.translate(idWidth+4,0);\r
 499     seqPanel.seqCanvas.drawWrappedPanel(pg, pwidth-idWidth, pheight, pi*noChunksOnPage*chunkWidth);\r
 500 \r
 501 \r
 502     return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 503 \r
 504   }\r
 505 \r
 506 \r
 507   public void makeEPS()\r
 508   {\r
 509     int height = (av.alignment.getWidth() / av.getChunkWidth() +1) * av.chunkHeight;\r
 510     int width = seqPanel.getWidth() + idPanel.getWidth();\r
 511 \r
 512     if (!av.getWrapAlignment())\r
 513     {\r
 514       height = (av.alignment.getHeight()+1) * av.charHeight + 30;\r
 515       width = idPanel.getWidth() + av.alignment.getWidth() * av.charWidth;\r
 516     }\r
 517 \r
 518     try\r
 519     {\r
 520       jalview.io.JalviewFileChooser chooser = new jalview.io.JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(\r
 521           "LAST_DIRECTORY"), new String[]{"eps"}, "Encapsulated Postscript");\r
 522       chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());\r
 523       chooser.setDialogTitle("Create EPS file from alignment");\r
 524       chooser.setToolTipText("Save");\r
 525 \r
 526       int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
 527       if (value != jalview.io.JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 528         return;\r
 529 \r
 530       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",chooser.getSelectedFile().getPath());\r
 531       FileOutputStream out = new FileOutputStream(chooser.getSelectedFile());\r
 532       EpsGraphics2D pg = new EpsGraphics2D("Example", out, 0, 0, width, height);\r
 533 \r
 534         if (av.getWrapAlignment())\r
 535           printWrappedAlignment(pg, width, height, 0);\r
 536         else\r
 537           printUnwrapped(pg, width, height, 0);\r
 538 \r
 539 \r
 540         pg.flush();\r
 541         pg.close();\r
 542     }\r
 543     catch (Exception ex)\r
 544     {\r
 545       ex.printStackTrace();\r
 546     }\r
 547   }\r
 548 \r
 549   public void makePNG()\r
 550   {\r
 551       int height = (av.alignment.getWidth() / av.getChunkWidth() +1) * av.chunkHeight;\r
 552       int width = seqPanel.getWidth() + idPanel.getWidth();\r
 553 \r
 554       if (!av.getWrapAlignment())\r
 555       {\r
 556         height = (av.alignment.getHeight()+1) * av.charHeight + 30;\r
 557         width = idPanel.getWidth() + av.alignment.getWidth() * av.charWidth;\r
 558       }\r
 559 \r
 560 \r
 561 \r
 562     try\r
 563     {\r
 564       jalview.io.JalviewFileChooser chooser = new jalview.io.JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(\r
 565           "LAST_DIRECTORY"), new String[]{"png"}, "Portable network graphics");\r
 566       chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());\r
 567       chooser.setDialogTitle("Create EPS file from alignment");\r
 568       chooser.setToolTipText("Save");\r
 569 \r
 570       int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
 571       if (value != jalview.io.JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 572         return;\r
 573 \r
 574       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",chooser.getSelectedFile().getPath());\r
 575       FileOutputStream out = new FileOutputStream(chooser.getSelectedFile());\r
 576 \r
 577       BufferedImage bi = new BufferedImage(width, height, BufferedImage.TYPE_INT_RGB);\r
 578       Graphics png = bi.getGraphics();\r
 579 \r
 580 \r
 581         if (av.getWrapAlignment())\r
 582           printWrappedAlignment(png, width, height, 0);\r
 583         else\r
 584           printUnwrapped(png, width, height, 0);\r
 585 \r
 586         ImageIO.write(bi, "png", out);\r
 587         out.close();\r
 588     }\r
 589     catch (Exception ex)\r
 590     {\r
 591       ex.printStackTrace();\r
 592     }\r
 593   }\r
 594 \r
 595 }\r
 596 \r
 597 \r
 598 \r
 599 \r