src/jalview/gui/AlignmentPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.jbgui.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.schemes.*;\r
  26 \r
  27 import java.awt.*;\r
  28 import java.awt.event.*;\r
  29 import java.awt.print.*;\r
  30 \r
  31 import java.io.*;\r
  32 \r
  33 import javax.swing.*;\r
  34 \r
  35 \r
  36 /**\r
  37  * DOCUMENT ME!\r
  38  *\r
  39  * @author $author$\r
  40  * @version $Revision$\r
  41  */\r
  42 public class AlignmentPanel extends GAlignmentPanel\r
  43     implements AdjustmentListener, Printable\r
  44 {\r
  45   public AlignViewport av;\r
  46   OverviewPanel overviewPanel;\r
  47   SeqPanel seqPanel;\r
  48   IdPanel idPanel;\r
  49   IdwidthAdjuster idwidthAdjuster;\r
  50 \r
  51   /** DOCUMENT ME!! */\r
  52   public AlignFrame alignFrame;\r
  53   ScalePanel scalePanel;\r
  54   AnnotationPanel annotationPanel;\r
  55   AnnotationLabels alabels;\r
  56 \r
  57   // this value is set false when selection area being dragged\r
  58   boolean fastPaint = true;\r
  59   int hextent = 0;\r
  60   int vextent = 0;\r
  61 \r
  62   /**\r
  63    * Creates a new AlignmentPanel object.\r
  64    *\r
  65    * @param af DOCUMENT ME!\r
  66    * @param av DOCUMENT ME!\r
  67    */\r
  68   public AlignmentPanel(AlignFrame af, final AlignViewport av)\r
  69   {\r
  70     alignFrame = af;\r
  71     this.av = av;\r
  72     seqPanel = new SeqPanel(av, this);\r
  73     idPanel = new IdPanel(av, this);\r
  74 \r
  75     scalePanel = new ScalePanel(av, this);\r
  76 \r
  77     idPanelHolder.add(idPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  78     idwidthAdjuster = new IdwidthAdjuster(this);\r
  79     idSpaceFillerPanel1.add(idwidthAdjuster, BorderLayout.CENTER);\r
  80 \r
  81     annotationPanel = new AnnotationPanel(this);\r
  82     alabels = new AnnotationLabels(this);\r
  83 \r
  84 \r
  85     annotationScroller.setViewportView(annotationPanel);\r
  86     annotationSpaceFillerHolder.add(alabels, BorderLayout.CENTER);\r
  87 \r
  88     fontChanged();\r
  89 \r
  90     scalePanelHolder.add(scalePanel, BorderLayout.CENTER);\r
  91     seqPanelHolder.add(seqPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  92 \r
  93     setScrollValues(0, 0);\r
  94 \r
  95     annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
  96     annotationSpaceFillerHolder.setPreferredSize(annotationPanel.\r
  97                                                  getPreferredSize());\r
  98     annotationScroller.setPreferredSize(annotationPanel.\r
  99                                         getPreferredSize());\r
 100     setAnnotationVisible(av.getShowAnnotation());\r
 101 \r
 102     hscroll.addAdjustmentListener(this);\r
 103     vscroll.addAdjustmentListener(this);\r
 104 \r
 105     af.addKeyListener(new KeyAdapter()\r
 106     {\r
 107       public void keyPressed(KeyEvent evt)\r
 108       {\r
 109         if(av.cursorMode\r
 110            && evt.getKeyCode()>=KeyEvent.VK_0\r
 111            && evt.getKeyCode()<=KeyEvent.VK_9)\r
 112         {\r
 113           seqPanel.numberPressed(evt.getKeyChar());\r
 114         }\r
 115 \r
 116         switch (evt.getKeyCode())\r
 117         {\r
 118           case 27: // escape key\r
 119             av.setSelectionGroup(null);\r
 120             repaint();\r
 121 \r
 122             break;\r
 123 \r
 124           case KeyEvent.VK_DOWN:\r
 125             if(av.cursorMode)\r
 126             {\r
 127               seqPanel.moveCursor(0,1);\r
 128             }\r
 129             else\r
 130               alignFrame.moveSelectedSequences(false);\r
 131             break;\r
 132 \r
 133           case KeyEvent.VK_UP:\r
 134             if (av.cursorMode)\r
 135             {\r
 136               seqPanel.moveCursor(0,-1);\r
 137             }\r
 138             else\r
 139               alignFrame.moveSelectedSequences(true);\r
 140             break;\r
 141 \r
 142           case KeyEvent.VK_LEFT:\r
 143             if(av.cursorMode)\r
 144             {\r
 145               seqPanel.moveCursor(-1,0);\r
 146             }\r
 147             break;\r
 148 \r
 149           case KeyEvent.VK_RIGHT:\r
 150             if (av.cursorMode)\r
 151             {\r
 152               seqPanel.moveCursor(1,0);\r
 153             }\r
 154             break;\r
 155 \r
 156           case KeyEvent.VK_SPACE:\r
 157             if(av.cursorMode)\r
 158             {\r
 159               seqPanel.insertGapAtCursor(evt.isControlDown() || evt.isShiftDown());\r
 160             }\r
 161             break;\r
 162 \r
 163           case KeyEvent.VK_DELETE:\r
 164             if(av.cursorMode)\r
 165             {\r
 166               seqPanel.deleteGapAtCursor(evt.isControlDown() || evt.isShiftDown());\r
 167             }\r
 168             break;\r
 169 \r
 170           case KeyEvent.VK_BACK_SPACE:\r
 171             if(!av.cursorMode)\r
 172             {\r
 173               alignFrame.cut_actionPerformed(null);\r
 174               seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 175             }\r
 176             break;\r
 177 \r
 178           case KeyEvent.VK_S:\r
 179             if(av.cursorMode)\r
 180             {\r
 181               seqPanel.setCursorRow();\r
 182             }\r
 183             break;\r
 184           case KeyEvent.VK_C:\r
 185             if(av.cursorMode)\r
 186             {\r
 187               seqPanel.setCursorColumn();\r
 188             }\r
 189             break;\r
 190           case KeyEvent.VK_P:\r
 191             if(av.cursorMode)\r
 192             {\r
 193               seqPanel.setCursorPosition();\r
 194             }\r
 195             break;\r
 196 \r
 197           case KeyEvent.VK_ENTER:\r
 198           case KeyEvent.VK_COMMA:\r
 199             if(av.cursorMode)\r
 200             {\r
 201               seqPanel.setCursorRowAndColumn();\r
 202             }\r
 203             break;\r
 204 \r
 205           case KeyEvent.VK_Q:\r
 206             if(av.cursorMode)\r
 207             {\r
 208               seqPanel.setSelectionAreaAtCursor(true);\r
 209             }\r
 210             break;\r
 211           case KeyEvent.VK_M:\r
 212             if(av.cursorMode)\r
 213             {\r
 214               seqPanel.setSelectionAreaAtCursor(false);\r
 215             }\r
 216             break;\r
 217 \r
 218          case KeyEvent.VK_F2:\r
 219            av.cursorMode = ! av.cursorMode;\r
 220            alignFrame.statusBar.setText("Keyboard editing mode is "+\r
 221                (av.cursorMode ? "on" : "off"));\r
 222            if(av.cursorMode)\r
 223            {\r
 224              seqPanel.seqCanvas.cursorX = av.startRes;\r
 225              seqPanel.seqCanvas.cursorY = av.startSeq;\r
 226            }\r
 227            seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 228            break;\r
 229 \r
 230           case KeyEvent.VK_F1:\r
 231             try\r
 232             {\r
 233               ClassLoader cl = jalview.gui.Desktop.class.getClassLoader();\r
 234               java.net.URL url = javax.help.HelpSet.findHelpSet(cl, "help/help");\r
 235               javax.help.HelpSet hs = new javax.help.HelpSet(cl, url);\r
 236 \r
 237               javax.help.HelpBroker hb = hs.createHelpBroker();\r
 238               hb.setCurrentID("home");\r
 239               hb.setDisplayed(true);\r
 240             }\r
 241             catch (Exception ex)\r
 242             {\r
 243               ex.printStackTrace();\r
 244             }\r
 245             break;\r
 246 \r
 247         }\r
 248       }\r
 249     });\r
 250   }\r
 251 \r
 252   /**\r
 253    * DOCUMENT ME!\r
 254    */\r
 255   public void fontChanged()\r
 256   {\r
 257     // set idCanvas bufferedImage to null\r
 258     // to prevent drawing old image\r
 259     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 260 \r
 261     scalePanelHolder.setPreferredSize(new Dimension(10,\r
 262         av.charHeight + fm.getDescent()));\r
 263     idSpaceFillerPanel1.setPreferredSize(new Dimension(10,\r
 264         av.charHeight + fm.getDescent()));\r
 265 \r
 266     idPanel.idCanvas.gg = null;\r
 267     seqPanel.seqCanvas.img = null;\r
 268     annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
 269 \r
 270     Dimension d = calculateIdWidth();\r
 271     d.setSize(d.width + 4, d.height);\r
 272     idPanel.idCanvas.setPreferredSize(d);\r
 273     hscrollFillerPanel.setPreferredSize(d);\r
 274 \r
 275     if (av.getWrapAlignment())\r
 276     {\r
 277       int max = av.alignment.getWidth() /\r
 278           seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getWidth());\r
 279       vscroll.setMaximum(max);\r
 280       vscroll.setUnitIncrement(1);\r
 281       vscroll.setVisibleAmount(1);\r
 282     }\r
 283     else\r
 284     {\r
 285       setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
 286     }\r
 287 \r
 288     if (overviewPanel != null)\r
 289       overviewPanel.setBoxPosition();\r
 290 \r
 291     repaint();\r
 292   }\r
 293 \r
 294   /**\r
 295    * DOCUMENT ME!\r
 296    *\r
 297    * @return DOCUMENT ME!\r
 298    */\r
 299   public Dimension calculateIdWidth()\r
 300   {\r
 301     Container c = new Container();\r
 302 \r
 303     FontMetrics fm = c.getFontMetrics(av.font);\r
 304     AlignmentI al = av.getAlignment();\r
 305 \r
 306     int i = 0;\r
 307     int idWidth = 0;\r
 308     String id;\r
 309 \r
 310     while ( (i < al.getHeight()) && (al.getSequenceAt(i) != null))\r
 311     {\r
 312       SequenceI s = al.getSequenceAt(i);\r
 313 \r
 314       id = s.getDisplayId(av.getShowJVSuffix());\r
 315 \r
 316       if (fm.stringWidth(id) > idWidth)\r
 317       {\r
 318         idWidth = fm.stringWidth(id);\r
 319       }\r
 320 \r
 321       i++;\r
 322     }\r
 323 \r
 324     // Also check annotation label widths\r
 325     i = 0;\r
 326 \r
 327     if (al.getAlignmentAnnotation() != null)\r
 328     {\r
 329       fm = c.getFontMetrics(alabels.getFont());\r
 330 \r
 331       while (i < al.getAlignmentAnnotation().length)\r
 332       {\r
 333         String label = al.getAlignmentAnnotation()[i].label;\r
 334 \r
 335         if (fm.stringWidth(label) > idWidth)\r
 336         {\r
 337           idWidth = fm.stringWidth(label);\r
 338         }\r
 339 \r
 340         i++;\r
 341       }\r
 342     }\r
 343 \r
 344     return new Dimension(idWidth, 12);\r
 345   }\r
 346 \r
 347   /**\r
 348    * DOCUMENT ME!\r
 349    *\r
 350    * @param results DOCUMENT ME!\r
 351    */\r
 352   public void highlightSearchResults(SearchResults results)\r
 353   {\r
 354     seqPanel.seqCanvas.highlightSearchResults(results);\r
 355 \r
 356     // do we need to scroll the panel?\r
 357     if (results != null)\r
 358     {\r
 359       SequenceI seq = results.getResultSequence(0);\r
 360       int seqIndex = av.alignment.findIndex(seq);\r
 361       int start = seq.findIndex(results.getResultStart(0)) - 1;\r
 362       int end = seq.findIndex(results.getResultEnd(0)) - 1;\r
 363 \r
 364       if(!av.wrapAlignment)\r
 365       {\r
 366         if ( (av.getStartRes() > end)  || (av.getEndRes() < start) ||\r
 367            ( (av.getStartSeq() > seqIndex) || (av.getEndSeq() < seqIndex)))\r
 368         {\r
 369           setScrollValues(start, seqIndex);\r
 370         }\r
 371       }\r
 372       else\r
 373       {\r
 374         int cwidth = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getWidth());\r
 375         if( start<av.getStartRes() || start>(av.getStartRes()+cwidth) )\r
 376         {\r
 377           vscroll.setValue(start / cwidth);\r
 378           av.startRes = vscroll.getValue() * cwidth;\r
 379         }\r
 380       }\r
 381     }\r
 382   }\r
 383 \r
 384   /**\r
 385    * DOCUMENT ME!\r
 386    *\r
 387    * @return DOCUMENT ME!\r
 388    */\r
 389   public OverviewPanel getOverviewPanel()\r
 390   {\r
 391     return overviewPanel;\r
 392   }\r
 393 \r
 394   /**\r
 395    * DOCUMENT ME!\r
 396    *\r
 397    * @param op DOCUMENT ME!\r
 398    */\r
 399   public void setOverviewPanel(OverviewPanel op)\r
 400   {\r
 401     overviewPanel = op;\r
 402   }\r
 403 \r
 404   /**\r
 405    * DOCUMENT ME!\r
 406    *\r
 407    * @param b DOCUMENT ME!\r
 408    */\r
 409   public void setAnnotationVisible(boolean b)\r
 410   {\r
 411     if (!av.wrapAlignment)\r
 412     {\r
 413       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(b);\r
 414       annotationScroller.setVisible(b);\r
 415     }\r
 416     repaint();\r
 417   }\r
 418 \r
 419   /**\r
 420    * DOCUMENT ME!\r
 421    *\r
 422    * @param wrap DOCUMENT ME!\r
 423    */\r
 424   public void setWrapAlignment(boolean wrap)\r
 425   {\r
 426     av.startSeq = 0;\r
 427     scalePanelHolder.setVisible(!wrap);\r
 428     hscroll.setVisible(!wrap);\r
 429     idwidthAdjuster.setVisible(!wrap);\r
 430 \r
 431     if (wrap)\r
 432     {\r
 433       annotationScroller.setVisible(false);\r
 434       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(false);\r
 435     }\r
 436     else if (av.showAnnotation)\r
 437     {\r
 438       annotationScroller.setVisible(true);\r
 439       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(true);\r
 440     }\r
 441 \r
 442     idSpaceFillerPanel1.setVisible(!wrap);\r
 443 \r
 444     repaint();\r
 445   }\r
 446 \r
 447   // return value is true if the scroll is valid\r
 448   public boolean scrollUp(boolean up)\r
 449   {\r
 450     if (up)\r
 451     {\r
 452       if (vscroll.getValue() < 1)\r
 453       {\r
 454         return false;\r
 455       }\r
 456 \r
 457       fastPaint = false;\r
 458       vscroll.setValue(vscroll.getValue() - 1);\r
 459     }\r
 460     else\r
 461     {\r
 462       if ( (vextent + vscroll.getValue()) >= av.getAlignment().getHeight())\r
 463       {\r
 464         return false;\r
 465       }\r
 466 \r
 467       fastPaint = false;\r
 468       vscroll.setValue(vscroll.getValue() + 1);\r
 469     }\r
 470 \r
 471     fastPaint = true;\r
 472 \r
 473     return true;\r
 474   }\r
 475 \r
 476   /**\r
 477    * DOCUMENT ME!\r
 478    *\r
 479    * @param right DOCUMENT ME!\r
 480    *\r
 481    * @return DOCUMENT ME!\r
 482    */\r
 483   public boolean scrollRight(boolean right)\r
 484   {\r
 485     if (!right)\r
 486     {\r
 487       if (hscroll.getValue() < 1)\r
 488       {\r
 489         return false;\r
 490       }\r
 491 \r
 492       fastPaint = false;\r
 493       hscroll.setValue(hscroll.getValue() - 1);\r
 494     }\r
 495     else\r
 496     {\r
 497       if ( (hextent + hscroll.getValue()) >= av.getAlignment().getWidth())\r
 498       {\r
 499         return false;\r
 500       }\r
 501 \r
 502       fastPaint = false;\r
 503       hscroll.setValue(hscroll.getValue() + 1);\r
 504     }\r
 505 \r
 506     fastPaint = true;\r
 507 \r
 508     return true;\r
 509   }\r
 510 \r
 511   /**\r
 512    * DOCUMENT ME!\r
 513    *\r
 514    * @param x DOCUMENT ME!\r
 515    * @param y DOCUMENT ME!\r
 516    */\r
 517   public void setScrollValues(int x, int y)\r
 518   {\r
 519 \r
 520     int width = av.alignment.getWidth();\r
 521     int height = av.alignment.getHeight();\r
 522 \r
 523     if(av.hasHiddenColumns)\r
 524      width = av.getColumnSelection().findColumnPosition(width);\r
 525 \r
 526     av.setEndRes( (x + (seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.charWidth)) -1);\r
 527 \r
 528     hextent = seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.charWidth;\r
 529     vextent = seqPanel.seqCanvas.getHeight() / av.charHeight;\r
 530 \r
 531     if (hextent > width)\r
 532     {\r
 533       hextent = width;\r
 534     }\r
 535 \r
 536     if (vextent > height)\r
 537     {\r
 538       vextent = height;\r
 539     }\r
 540 \r
 541     if ( (hextent + x) > width)\r
 542     {\r
 543       x = width - hextent;\r
 544     }\r
 545 \r
 546     if ( (vextent + y) > height)\r
 547     {\r
 548       y = height - vextent;\r
 549     }\r
 550 \r
 551     if (y < 0)\r
 552     {\r
 553       y = 0;\r
 554     }\r
 555 \r
 556     if (x < 0)\r
 557     {\r
 558       x = 0;\r
 559     }\r
 560 \r
 561     hscroll.setValues(x, hextent, 0, width);\r
 562     vscroll.setValues(y, vextent, 0, height);\r
 563   }\r
 564 \r
 565   /**\r
 566    * DOCUMENT ME!\r
 567    *\r
 568    * @param evt DOCUMENT ME!\r
 569    */\r
 570   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
 571   {\r
 572     int oldX = av.getStartRes();\r
 573     int oldY = av.getStartSeq();\r
 574 \r
 575     if (evt.getSource() == hscroll)\r
 576     {\r
 577       int x = hscroll.getValue();\r
 578       av.setStartRes(x);\r
 579       av.setEndRes( (x +\r
 580                      (seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.getCharWidth())) - 1);\r
 581     }\r
 582 \r
 583     if (evt.getSource() == vscroll)\r
 584     {\r
 585       int offy = vscroll.getValue();\r
 586 \r
 587       if (av.getWrapAlignment())\r
 588       {\r
 589         int rowSize = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.\r
 590             seqCanvas.getWidth());\r
 591         av.setStartRes(vscroll.getValue() * rowSize);\r
 592         av.setEndRes( (vscroll.getValue() + 1) * rowSize);\r
 593       }\r
 594       else\r
 595       {\r
 596         av.setStartSeq(offy);\r
 597         av.setEndSeq(offy +\r
 598                      (seqPanel.seqCanvas.getHeight() / av.getCharHeight()));\r
 599       }\r
 600     }\r
 601 \r
 602     if (overviewPanel != null)\r
 603     {\r
 604       overviewPanel.setBoxPosition();\r
 605     }\r
 606 \r
 607     int scrollX = av.startRes - oldX;\r
 608     int scrollY = av.startSeq - oldY;\r
 609 \r
 610     if (av.getWrapAlignment() || !fastPaint)\r
 611     {\r
 612       repaint();\r
 613     }\r
 614     else\r
 615     {\r
 616       // Make sure we're not trying to draw a panel\r
 617       // larger than the visible window\r
 618       if(scrollX>av.endRes-av.startRes)\r
 619         scrollX = av.endRes-av.startRes;\r
 620       else if(scrollX<av.startRes-av.endRes)\r
 621         scrollX = av.startRes - av.endRes;\r
 622 \r
 623       if(scrollX!=0 || scrollY!=0)\r
 624       {\r
 625         idPanel.idCanvas.fastPaint(scrollY);\r
 626         seqPanel.seqCanvas.fastPaint(scrollX,\r
 627                                      scrollY);\r
 628         scalePanel.repaint();\r
 629 \r
 630         if (av.getShowAnnotation())\r
 631         {\r
 632           annotationPanel.fastPaint(scrollX);\r
 633         }\r
 634       }\r
 635     }\r
 636   }\r
 637 \r
 638   /**\r
 639    * DOCUMENT ME!\r
 640    *\r
 641    * @param g DOCUMENT ME!\r
 642    */\r
 643   public void paintComponent(Graphics g)\r
 644   {\r
 645     invalidate();\r
 646 \r
 647     Dimension d = idPanel.idCanvas.getPreferredSize();\r
 648     idPanelHolder.setPreferredSize(d);\r
 649     hscrollFillerPanel.setPreferredSize(new Dimension(d.width, 12));\r
 650     validate();\r
 651 \r
 652     if (av.getWrapAlignment())\r
 653     {\r
 654       int max = av.alignment.getWidth() /\r
 655           seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getWidth()) +1;\r
 656 \r
 657 \r
 658       vscroll.setMaximum(max);\r
 659       vscroll.setUnitIncrement(1);\r
 660       vscroll.setVisibleAmount(1);\r
 661     }\r
 662     else\r
 663     {\r
 664       setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
 665     }\r
 666 \r
 667     if( this.getVisibleRect().getBounds() == g.getClipBounds()\r
 668         && overviewPanel != null)\r
 669         overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 670 \r
 671   }\r
 672 \r
 673   /**\r
 674    * DOCUMENT ME!\r
 675    *\r
 676    * @param pg DOCUMENT ME!\r
 677    * @param pf DOCUMENT ME!\r
 678    * @param pi DOCUMENT ME!\r
 679    *\r
 680    * @return DOCUMENT ME!\r
 681    *\r
 682    * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
 683    */\r
 684   public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi)\r
 685       throws PrinterException\r
 686   {\r
 687     pg.translate( (int) pf.getImageableX(), (int) pf.getImageableY());\r
 688 \r
 689     int pwidth = (int) pf.getImageableWidth();\r
 690     int pheight = (int) pf.getImageableHeight();\r
 691 \r
 692     if (av.getWrapAlignment())\r
 693     {\r
 694       return printWrappedAlignment(pg, pwidth, pheight, pi);\r
 695     }\r
 696     else\r
 697     {\r
 698       return printUnwrapped(pg, pwidth, pheight, pi);\r
 699     }\r
 700   }\r
 701 \r
 702   /**\r
 703    * DOCUMENT ME!\r
 704    *\r
 705    * @param pg DOCUMENT ME!\r
 706    * @param pwidth DOCUMENT ME!\r
 707    * @param pheight DOCUMENT ME!\r
 708    * @param pi DOCUMENT ME!\r
 709    *\r
 710    * @return DOCUMENT ME!\r
 711    *\r
 712    * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
 713    */\r
 714   public int printUnwrapped(Graphics pg, int pwidth, int pheight, int pi)\r
 715       throws PrinterException\r
 716   {\r
 717     int idWidth = calculateIdWidth().width + 4;\r
 718     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 719     int scaleHeight = av.charHeight + fm.getDescent();\r
 720 \r
 721     pg.setColor(Color.white);\r
 722     pg.fillRect(0, 0, pwidth, pheight);\r
 723     pg.setFont(av.getFont());\r
 724 \r
 725     ////////////////////////////////////\r
 726     /// How many sequences and residues can we fit on a printable page?\r
 727     int totalRes = (pwidth - idWidth) / av.getCharWidth();\r
 728 \r
 729     int totalSeq = (int) ( (pheight - scaleHeight) / av.getCharHeight()) -\r
 730         1;\r
 731 \r
 732     int pagesWide = (av.getAlignment().getWidth() / totalRes) + 1;\r
 733 \r
 734     /////////////////////////////\r
 735     /// Only print these sequences and residues on this page\r
 736     int startRes;\r
 737 \r
 738     /////////////////////////////\r
 739     /// Only print these sequences and residues on this page\r
 740     int endRes;\r
 741 \r
 742     /////////////////////////////\r
 743     /// Only print these sequences and residues on this page\r
 744     int startSeq;\r
 745 \r
 746     /////////////////////////////\r
 747     /// Only print these sequences and residues on this page\r
 748     int endSeq;\r
 749     startRes = (pi % pagesWide) * totalRes;\r
 750     endRes = (startRes + totalRes) - 1;\r
 751 \r
 752     if (endRes > (av.getAlignment().getWidth() - 1))\r
 753     {\r
 754       endRes = av.getAlignment().getWidth() - 1;\r
 755     }\r
 756 \r
 757     startSeq = (pi / pagesWide) * totalSeq;\r
 758     endSeq = startSeq + totalSeq;\r
 759 \r
 760     if (endSeq > av.getAlignment().getHeight())\r
 761     {\r
 762       endSeq = av.getAlignment().getHeight();\r
 763     }\r
 764 \r
 765     int pagesHigh = ( (av.alignment.getHeight() / totalSeq) + 1) * pheight;\r
 766 \r
 767     if (av.showAnnotation)\r
 768     {\r
 769       pagesHigh += annotationPanel.adjustPanelHeight() + 3;\r
 770     }\r
 771 \r
 772     pagesHigh /= pheight;\r
 773 \r
 774     if (pi >= (pagesWide * pagesHigh))\r
 775     {\r
 776       return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 777     }\r
 778 \r
 779     //draw Scale\r
 780     pg.translate(idWidth, 0);\r
 781     scalePanel.drawScale(pg, startRes, endRes, pwidth - idWidth, scaleHeight);\r
 782     pg.translate( -idWidth, scaleHeight);\r
 783 \r
 784     ////////////////\r
 785     // Draw the ids\r
 786     Color currentColor = null;\r
 787     Color currentTextColor = null;\r
 788 \r
 789     pg.setFont(new Font(av.getFont().getName(),\r
 790                         Font.ITALIC,\r
 791                         av.getFont().getSize()));\r
 792     for (int i = startSeq; i < endSeq; i++)\r
 793     {\r
 794       if ( (av.getSelectionGroup() != null) &&\r
 795           av.getSelectionGroup().sequences.contains(\r
 796               av.getAlignment().getSequenceAt(i)))\r
 797       {\r
 798         currentColor = Color.gray;\r
 799         currentTextColor = Color.black;\r
 800       }\r
 801       else\r
 802       {\r
 803         currentColor = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getColor();\r
 804         currentTextColor = Color.black;\r
 805       }\r
 806 \r
 807       pg.setColor(currentColor);\r
 808       pg.fillRect(0, (i - startSeq) * av.charHeight, idWidth,\r
 809                   av.getCharHeight());\r
 810 \r
 811       pg.setColor(currentTextColor);\r
 812 \r
 813       String string = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getDisplayId\r
 814           ( av.getShowJVSuffix());\r
 815 \r
 816       pg.drawString(string, 0,\r
 817                     ( ( (i - startSeq) * av.charHeight) + av.getCharHeight()) -\r
 818                     (av.getCharHeight() / 5));\r
 819     }\r
 820 \r
 821     pg.setFont(av.getFont());\r
 822 \r
 823     // draw main sequence panel\r
 824     pg.translate(idWidth, 0);\r
 825     seqPanel.seqCanvas.drawPanel(pg, startRes, endRes, startSeq, endSeq, 0);\r
 826 \r
 827     if (av.showAnnotation && (endSeq == av.alignment.getHeight()))\r
 828     {\r
 829       pg.translate( -idWidth-3, (endSeq - startSeq) * av.charHeight + 3);\r
 830       alabels.drawComponent( (Graphics2D) pg, idWidth);\r
 831       pg.translate(idWidth+3, 0);\r
 832       annotationPanel.drawComponent( (Graphics2D) pg, startRes, endRes +\r
 833                                     1);\r
 834     }\r
 835 \r
 836     return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 837   }\r
 838 \r
 839   /**\r
 840    * DOCUMENT ME!\r
 841    *\r
 842    * @param pg DOCUMENT ME!\r
 843    * @param pwidth DOCUMENT ME!\r
 844    * @param pheight DOCUMENT ME!\r
 845    * @param pi DOCUMENT ME!\r
 846    *\r
 847    * @return DOCUMENT ME!\r
 848    *\r
 849    * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
 850    */\r
 851   public int printWrappedAlignment(Graphics pg, int pwidth, int pheight,\r
 852                                    int pi)\r
 853       throws PrinterException\r
 854   {\r
 855 \r
 856     int annotationHeight = 0;\r
 857     AnnotationLabels labels = null;\r
 858     if (av.showAnnotation)\r
 859     {\r
 860       annotationHeight = annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
 861       labels = new AnnotationLabels(av);\r
 862     }\r
 863 \r
 864     int hgap = av.charHeight;\r
 865     if (av.scaleAboveWrapped)\r
 866       hgap += av.charHeight;\r
 867 \r
 868     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 869         + hgap\r
 870         + annotationHeight;\r
 871 \r
 872     int idWidth = calculateIdWidth().width + 4;\r
 873 \r
 874     int resWidth = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(pwidth -\r
 875         idWidth);\r
 876 \r
 877     int totalHeight = cHeight * (av.alignment.getWidth() / resWidth + 1);\r
 878 \r
 879     pg.setColor(Color.white);\r
 880     pg.fillRect(0, 0, pwidth, pheight);\r
 881     pg.setFont(av.getFont());\r
 882 \r
 883     ////////////////\r
 884     // Draw the ids\r
 885     pg.setColor(Color.black);\r
 886 \r
 887     pg.translate(0, -pi * pheight);\r
 888 \r
 889     pg.setClip(0, pi * pheight, pwidth, pheight);\r
 890 \r
 891     int ypos = hgap;\r
 892     Font italic = new Font(av.getFont().getName(), Font.ITALIC,\r
 893                            av.getFont().getSize());\r
 894     pg.setFont(italic);\r
 895 \r
 896     do\r
 897     {\r
 898       for (int i = 0; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
 899       {\r
 900         SequenceI s = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 901         String string = s.getDisplayId( av.getShowJVSuffix());\r
 902 \r
 903         pg.drawString(string, 0,\r
 904                       ( (i * av.charHeight) + ypos + av.charHeight) -\r
 905                       (av.charHeight / 5));\r
 906       }\r
 907       if (labels != null)\r
 908       {\r
 909         pg.translate(-3,\r
 910                      ypos +\r
 911                      (av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight));\r
 912 \r
 913         pg.setFont(av.getFont());\r
 914         labels.drawComponent(pg, idWidth);\r
 915         pg.setFont(italic);\r
 916         pg.translate(+3,\r
 917                      -ypos -\r
 918                      (av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight));\r
 919       }\r
 920 \r
 921       ypos += cHeight;\r
 922     }\r
 923     while (ypos < totalHeight);\r
 924 \r
 925     pg.translate(idWidth, 0);\r
 926 \r
 927     seqPanel.seqCanvas.drawWrappedPanel(pg, pwidth - idWidth, totalHeight, 0);\r
 928 \r
 929     if ( (pi * pheight) < totalHeight)\r
 930     {\r
 931       return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 932 \r
 933     }\r
 934     else\r
 935     {\r
 936       return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 937     }\r
 938   }\r
 939 \r
 940   void makeAlignmentImage(int type, File file)\r
 941   {\r
 942     int height = ( (av.alignment.getHeight() + 1) * av.charHeight) + 30;\r
 943     int width = idPanel.getWidth() + (av.alignment.getWidth() * av.charWidth);\r
 944 \r
 945     if (idPanel.getWidth() == 0)\r
 946     {\r
 947       width += calculateIdWidth().getWidth() + 4;\r
 948     }\r
 949 \r
 950     if (av.getWrapAlignment())\r
 951     {\r
 952       height = getWrappedHeight();\r
 953       width = seqPanel.getWidth() + idPanel.getWidth();\r
 954     }\r
 955     else if (av.getShowAnnotation())\r
 956     {\r
 957       height += annotationPanel.adjustPanelHeight() + 3;\r
 958     }\r
 959 \r
 960     jalview.util.ImageMaker im;\r
 961     if(type==jalview.util.ImageMaker.PNG)\r
 962       im  = new jalview.util.ImageMaker(this,\r
 963                                         jalview.util.ImageMaker.PNG,\r
 964                                         "Create PNG image from alignment",\r
 965                                         width, height, file, null);\r
 966     else\r
 967       im = new jalview.util.ImageMaker(this,\r
 968                                         jalview.util.ImageMaker.EPS,\r
 969                                        "Create EPS file from alignment",\r
 970                                         width, height, file, alignFrame.getTitle() );\r
 971 \r
 972     try\r
 973     {\r
 974       if (av.getWrapAlignment())\r
 975       {\r
 976         if(im.getGraphics()!=null)\r
 977         {\r
 978           printWrappedAlignment(im.getGraphics(), width, height, 0);\r
 979           im.writeImage();\r
 980         }\r
 981       }\r
 982       else\r
 983       {\r
 984         if(im.getGraphics()!=null)\r
 985         {\r
 986           printUnwrapped(im.getGraphics(), width, height, 0);\r
 987           im.writeImage();\r
 988         }\r
 989       }\r
 990     }\r
 991     catch (OutOfMemoryError err)\r
 992     {\r
 993       System.out.println("########################\n"\r
 994                          + "OUT OF MEMORY " + file + "\n"\r
 995                          + "########################");\r
 996 \r
 997       JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
 998                                             "Out of Memory Creating Image!!"\r
 999                                             +\r
1000                                             "\nSee help files for increasing Java Virtual Machine memory."\r
1001                                             , "Out of memory",\r
1002                                             JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
1003       System.out.println("Create IMAGE: " + err);\r
1004       System.gc();\r
1005 \r
1006     }\r
1007     catch (Exception ex)\r
1008     {\r
1009       ex.printStackTrace();\r
1010     }\r
1011   }\r
1012   /**\r
1013    * DOCUMENT ME!\r
1014    */\r
1015   public void makeEPS(File epsFile)\r
1016   {\r
1017     makeAlignmentImage(jalview.util.ImageMaker.EPS, epsFile);\r
1018   }\r
1019 \r
1020   /**\r
1021    * DOCUMENT ME!\r
1022    */\r
1023   public void makePNG(File pngFile)\r
1024   {\r
1025     makeAlignmentImage(jalview.util.ImageMaker.PNG, pngFile);\r
1026   }\r
1027 \r
1028   public void makePNGImageMap(File imgMapFile, String imageName)\r
1029   {\r
1030     ///////ONLY WORKS WITH NONE WRAPPED ALIGNMENTS\r
1031     //////////////////////////////////////////////\r
1032     int idWidth = calculateIdWidth().width + 4;\r
1033     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
1034     int scaleHeight = av.charHeight + fm.getDescent();\r
1035 \r
1036     // Gen image map\r
1037     //////////////////////////////////\r
1038     if (imgMapFile != null)\r
1039     {\r
1040       try\r
1041       {\r
1042         int s, sSize = av.alignment.getHeight(),\r
1043             res, alwidth = av.alignment.getWidth(), g, gSize, f, fSize, sy;\r
1044         StringBuffer text = new StringBuffer();\r
1045         PrintWriter out = new PrintWriter(new FileWriter(imgMapFile));\r
1046         out.println(jalview.io.HTMLOutput.getImageMapHTML());\r
1047         out.println("<img src=\"" + imageName +\r
1048                     "\" border=\"0\" usemap=\"#Map\" >"\r
1049                     + "<map name=\"Map\">");\r
1050 \r
1051         for (s = 0; s < sSize; s++)\r
1052         {\r
1053           sy = s * av.charHeight + scaleHeight;\r
1054 \r
1055           SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(s);\r
1056           SequenceFeature [] features = seq.getDatasetSequence().getSequenceFeatures();\r
1057           SequenceGroup[] groups = av.alignment.findAllGroups(seq);\r
1058           for(res =0; res<alwidth; res++)\r
1059           {\r
1060             text = new StringBuffer();\r
1061             Object obj = null;\r
1062             if(av.alignment.isNucleotide())\r
1063               obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(seq.getCharAt(res)+"" );\r
1064             else\r
1065               obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(\r
1066                     seq.getCharAt(res) + "");\r
1067 \r
1068               if (obj == null)\r
1069                   continue;\r
1070 \r
1071             String triplet = obj.toString();\r
1072             int alIndex = seq.findPosition(res);\r
1073             gSize = groups.length;\r
1074             for (g = 0; g < gSize; g++)\r
1075             {\r
1076               if(text.length()<1)\r
1077               {\r
1078                 text.append("<area shape=\"rect\" coords=\""\r
1079                   + (idWidth + res * av.charWidth) + ","\r
1080                   + sy + ","\r
1081                   + (idWidth + (res + 1) * av.charWidth) + ","\r
1082                   + (av.charHeight + sy) + "\""\r
1083                   + " onMouseOver=\"toolTip('"\r
1084                   + alIndex + " " + triplet );\r
1085               }\r
1086 \r
1087               if(groups[g].getStartRes()<res && groups[g].getEndRes()>res)\r
1088                 text.append("<br><em>" + groups[g].getName() + "</em>");\r
1089             }\r
1090 \r
1091             if (features != null)\r
1092             {\r
1093               if(text.length()<1)\r
1094               {\r
1095                 text.append("<area shape=\"rect\" coords=\""\r
1096                   + (idWidth + res * av.charWidth) + ","\r
1097                   + sy + ","\r
1098                   + (idWidth + (res + 1) * av.charWidth) + ","\r
1099                   + (av.charHeight + sy) + "\""\r
1100                   + " onMouseOver=\"toolTip('"\r
1101                   + alIndex + " " + triplet );\r
1102               }\r
1103                 fSize = features.length;\r
1104                 for (f = 0; f < fSize; f++)\r
1105                 {\r
1106 \r
1107                   if ( (features[f].getBegin() <= seq.findPosition(res)) &&\r
1108                       (features[f].getEnd() >= seq.findPosition(res)))\r
1109                   {\r
1110                     if (features[f].getType().equals("disulfide bond"))\r
1111                     {\r
1112                       if (features[f].getBegin() == seq.findPosition(res)\r
1113                           || features[f].getEnd() == seq.findPosition(res))\r
1114                       {\r
1115                         text.append("<br>disulfide bond " + features[f].getBegin() + ":" +\r
1116                                        features[f].getEnd());\r
1117                       }\r
1118                     }\r
1119                     else\r
1120                     {\r
1121                       text.append("<br>");\r
1122                       text.append(features[f].getType());\r
1123                       if (features[f].getDescription() != null && !features[f].getType().equals(features[f].getDescription()))\r
1124                         text.append(" " + features[f].getDescription());\r
1125 \r
1126                       if (features[f].getStatus() != null && features[f].getStatus().length()>0)\r
1127                       {\r
1128                         text.append(" (" + features[f].getStatus() + ")");\r
1129                       }\r
1130                     }\r
1131                   }\r
1132 \r
1133                 }\r
1134               }\r
1135               if(text.length()>1)\r
1136               {\r
1137                 text.append("')\"; onMouseOut=\"toolTip()\";  href=\"#\">");\r
1138                 out.println(text.toString());\r
1139               }\r
1140             }\r
1141           }\r
1142         out.println("</map></body></html>");\r
1143         out.close();\r
1144 \r
1145       }\r
1146       catch (Exception ex)\r
1147       {\r
1148         ex.printStackTrace();\r
1149       }\r
1150     } ///////////END OF IMAGE MAP\r
1151 \r
1152   }\r
1153 \r
1154   int getWrappedHeight()\r
1155   {\r
1156 \r
1157     int chunkWidth = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(\r
1158         seqPanel.seqCanvas.getWidth());\r
1159 \r
1160     int hgap = av.charHeight;\r
1161     if (av.scaleAboveWrapped)\r
1162       hgap += av.charHeight;\r
1163 \r
1164     int annotationHeight = 0;\r
1165     if (av.showAnnotation)\r
1166     {\r
1167       annotationHeight = annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
1168     }\r
1169 \r
1170     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
1171         + hgap\r
1172         + annotationHeight;\r
1173 \r
1174     int height = ( (av.alignment.getWidth() / chunkWidth) + 1) * cHeight;\r
1175 \r
1176     return height;\r
1177   }\r
1178 \r
1179   /**\r
1180    * DOCUMENT ME!\r
1181    *\r
1182    * @author $author$\r
1183    * @version $Revision$\r
1184    */\r
1185   class Preview\r
1186       extends JFrame\r
1187   {\r
1188     /**\r
1189      * Creates a new Preview object.\r
1190      *\r
1191      * @param image DOCUMENT ME!\r
1192      */\r
1193     public Preview(Image image)\r
1194     {\r
1195       setResizable(true);\r
1196       setSize(image.getWidth(this), image.getHeight(this));\r
1197       setVisible(true);\r
1198       getContentPane().setLayout(new BorderLayout());\r
1199       getContentPane().add(new PreviewPanel(image), BorderLayout.CENTER);\r
1200       validate();\r
1201       repaint();\r
1202     }\r
1203   }\r
1204 \r
1205   /**\r
1206    * DOCUMENT ME!\r
1207    *\r
1208    * @author $author$\r
1209    * @version $Revision$\r
1210    */\r
1211   class PreviewPanel\r
1212       extends JPanel\r
1213   {\r
1214     Image image;\r
1215 \r
1216     /**\r
1217      * Creates a new PreviewPanel object.\r
1218      *\r
1219      * @param image DOCUMENT ME!\r
1220      */\r
1221     public PreviewPanel(Image image)\r
1222     {\r
1223       this.image = image;\r
1224     }\r
1225 \r
1226     /**\r
1227      * DOCUMENT ME!\r
1228      *\r
1229      * @param g DOCUMENT ME!\r
1230      */\r
1231     public void paintComponent(Graphics g)\r
1232     {\r
1233       if (image != null)\r
1234       {\r
1235         g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
1236       }\r
1237       else\r
1238       {\r
1239         System.out.println("DEBUG:image is null");\r
1240       }\r
1241     }\r
1242   }\r
1243 }\r