Features now array
[jalview.git] / src / jalview / gui / AlignmentPanel.java
1 /*\r
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
4  *\r
5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
9  *\r
10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
13  * GNU General Public License for more details.\r
14  *\r
15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
18  */\r
19 package jalview.gui;\r
20 \r
21 import jalview.datamodel.*;\r
22 \r
23 import jalview.jbgui.*;\r
24 \r
25 import jalview.schemes.*;\r
26 \r
27 import java.awt.*;\r
28 import java.awt.event.*;\r
29 import java.awt.print.*;\r
30 \r
31 import java.io.*;\r
32 \r
33 import javax.swing.*;\r
34 \r
35 \r
36 /**\r
37  * DOCUMENT ME!\r
38  *\r
39  * @author $author$\r
40  * @version $Revision$\r
41  */\r
42 public class AlignmentPanel extends GAlignmentPanel\r
43     implements AdjustmentListener, Printable\r
44 {\r
45   public AlignViewport av;\r
46   OverviewPanel overviewPanel;\r
47   SeqPanel seqPanel;\r
48   IdPanel idPanel;\r
49   IdwidthAdjuster idwidthAdjuster;\r
50 \r
51   /** DOCUMENT ME!! */\r
52   public AlignFrame alignFrame;\r
53   ScalePanel scalePanel;\r
54   AnnotationPanel annotationPanel;\r
55   AnnotationLabels alabels;\r
56 \r
57   // this value is set false when selection area being dragged\r
58   boolean fastPaint = true;\r
59   int hextent = 0;\r
60   int vextent = 0;\r
61 \r
62   /**\r
63    * Creates a new AlignmentPanel object.\r
64    *\r
65    * @param af DOCUMENT ME!\r
66    * @param av DOCUMENT ME!\r
67    */\r
68   public AlignmentPanel(AlignFrame af, final AlignViewport av)\r
69   {\r
70     alignFrame = af;\r
71     this.av = av;\r
72     seqPanel = new SeqPanel(av, this);\r
73     idPanel = new IdPanel(av, this);\r
74 \r
75     scalePanel = new ScalePanel(av, this);\r
76 \r
77     idPanelHolder.add(idPanel, BorderLayout.CENTER);\r
78     idwidthAdjuster = new IdwidthAdjuster(this);\r
79     idSpaceFillerPanel1.add(idwidthAdjuster, BorderLayout.CENTER);\r
80 \r
81     annotationPanel = new AnnotationPanel(this);\r
82     alabels = new AnnotationLabels(this);\r
83 \r
84 \r
85     annotationScroller.setViewportView(annotationPanel);\r
86     annotationSpaceFillerHolder.add(alabels, BorderLayout.CENTER);\r
87 \r
88     fontChanged();\r
89 \r
90     scalePanelHolder.add(scalePanel, BorderLayout.CENTER);\r
91     seqPanelHolder.add(seqPanel, BorderLayout.CENTER);\r
92 \r
93     setScrollValues(0, 0);\r
94 \r
95     annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
96     annotationSpaceFillerHolder.setPreferredSize(annotationPanel.\r
97                                                  getPreferredSize());\r
98     annotationScroller.setPreferredSize(annotationPanel.\r
99                                         getPreferredSize());\r
100     setAnnotationVisible(av.getShowAnnotation());\r
101 \r
102     hscroll.addAdjustmentListener(this);\r
103     vscroll.addAdjustmentListener(this);\r
104 \r
105     af.addKeyListener(new KeyAdapter()\r
106     {\r
107       public void keyPressed(KeyEvent evt)\r
108       {\r
109         switch (evt.getKeyCode())\r
110         {\r
111           case 27: // escape key\r
112             av.setSelectionGroup(null);\r
113             repaint();\r
114 \r
115             break;\r
116 \r
117           case KeyEvent.VK_DOWN:\r
118             alignFrame.moveSelectedSequences(false);\r
119 \r
120             break;\r
121 \r
122           case KeyEvent.VK_UP:\r
123             alignFrame.moveSelectedSequences(true);\r
124 \r
125             break;\r
126 \r
127           case KeyEvent.VK_BACK_SPACE:\r
128           case KeyEvent.VK_DELETE:\r
129             alignFrame.cut_actionPerformed(null);\r
130             break;\r
131 \r
132           case KeyEvent.VK_P:\r
133             seqPanel.seqCanvas.increaseAARatio();\r
134             break;\r
135           case KeyEvent.VK_L:\r
136             seqPanel.seqCanvas.decreaseAARation();\r
137             break;\r
138         }\r
139       }\r
140     });\r
141   }\r
142 \r
143   /**\r
144    * DOCUMENT ME!\r
145    */\r
146   public void fontChanged()\r
147   {\r
148     // set idCanvas bufferedImage to null\r
149     // to prevent drawing old image\r
150     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
151 \r
152     scalePanelHolder.setPreferredSize(new Dimension(10,\r
153         av.charHeight + fm.getDescent()));\r
154     idSpaceFillerPanel1.setPreferredSize(new Dimension(10,\r
155         av.charHeight + fm.getDescent()));\r
156 \r
157     idPanel.idCanvas.gg = null;\r
158     seqPanel.seqCanvas.img = null;\r
159     annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
160 \r
161     Dimension d = calculateIdWidth();\r
162     d.setSize(d.width + 4, d.height);\r
163     idPanel.idCanvas.setPreferredSize(d);\r
164     hscrollFillerPanel.setPreferredSize(d);\r
165 \r
166     if (av.getWrapAlignment())\r
167     {\r
168       int max = av.alignment.getWidth() /\r
169           seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getWidth());\r
170       vscroll.setMaximum(max);\r
171       vscroll.setUnitIncrement(1);\r
172       vscroll.setVisibleAmount(1);\r
173     }\r
174     else\r
175     {\r
176       setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
177     }\r
178 \r
179     if (overviewPanel != null)\r
180       overviewPanel.setBoxPosition();\r
181 \r
182     repaint();\r
183   }\r
184 \r
185   /**\r
186    * DOCUMENT ME!\r
187    *\r
188    * @return DOCUMENT ME!\r
189    */\r
190   public Dimension calculateIdWidth()\r
191   {\r
192     Container c = new Container();\r
193 \r
194     FontMetrics fm = c.getFontMetrics(av.font);\r
195     AlignmentI al = av.getAlignment();\r
196 \r
197     int i = 0;\r
198     int idWidth = 0;\r
199     String id;\r
200 \r
201     while ( (i < al.getHeight()) && (al.getSequenceAt(i) != null))\r
202     {\r
203       SequenceI s = al.getSequenceAt(i);\r
204 \r
205       id = s.getDisplayId(av.getShowJVSuffix());\r
206 \r
207       if (fm.stringWidth(id) > idWidth)\r
208       {\r
209         idWidth = fm.stringWidth(id);\r
210       }\r
211 \r
212       i++;\r
213     }\r
214 \r
215     // Also check annotation label widths\r
216     i = 0;\r
217 \r
218     if (al.getAlignmentAnnotation() != null)\r
219     {\r
220       fm = c.getFontMetrics(alabels.getFont());\r
221 \r
222       while (i < al.getAlignmentAnnotation().length)\r
223       {\r
224         String label = al.getAlignmentAnnotation()[i].label;\r
225 \r
226         if (fm.stringWidth(label) > idWidth)\r
227         {\r
228           idWidth = fm.stringWidth(label);\r
229         }\r
230 \r
231         i++;\r
232       }\r
233     }\r
234 \r
235     return new Dimension(idWidth, 12);\r
236   }\r
237 \r
238   /**\r
239    * DOCUMENT ME!\r
240    *\r
241    * @param results DOCUMENT ME!\r
242    */\r
243   public void highlightSearchResults(SearchResults results)\r
244   {\r
245     seqPanel.seqCanvas.highlightSearchResults(results);\r
246 \r
247     // do we need to scroll the panel?\r
248     if (results != null)\r
249     {\r
250       SequenceI seq = results.getResultSequence(0);\r
251       int seqIndex = av.alignment.findIndex(seq);\r
252       int start = seq.findIndex(results.getResultStart(0)) - 1;\r
253       int end = seq.findIndex(results.getResultEnd(0)) - 1;\r
254 \r
255       if(!av.wrapAlignment)\r
256       {\r
257         if ( (av.getStartRes() > end)  || (av.getEndRes() < start) ||\r
258            ( (av.getStartSeq() > seqIndex) || (av.getEndSeq() < seqIndex)))\r
259         {\r
260           setScrollValues(start, seqIndex);\r
261         }\r
262       }\r
263       else\r
264       {\r
265         int cwidth = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getWidth());\r
266         if( start<av.getStartRes() || start>(av.getStartRes()+cwidth) )\r
267         {\r
268           vscroll.setValue(start / cwidth);\r
269           av.startRes = vscroll.getValue() * cwidth;\r
270         }\r
271       }\r
272     }\r
273   }\r
274 \r
275   /**\r
276    * DOCUMENT ME!\r
277    *\r
278    * @return DOCUMENT ME!\r
279    */\r
280   public OverviewPanel getOverviewPanel()\r
281   {\r
282     return overviewPanel;\r
283   }\r
284 \r
285   /**\r
286    * DOCUMENT ME!\r
287    *\r
288    * @param op DOCUMENT ME!\r
289    */\r
290   public void setOverviewPanel(OverviewPanel op)\r
291   {\r
292     overviewPanel = op;\r
293   }\r
294 \r
295   /**\r
296    * DOCUMENT ME!\r
297    *\r
298    * @param b DOCUMENT ME!\r
299    */\r
300   public void setAnnotationVisible(boolean b)\r
301   {\r
302     if (!av.wrapAlignment)\r
303     {\r
304       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(b);\r
305       annotationScroller.setVisible(b);\r
306     }\r
307     repaint();\r
308   }\r
309 \r
310   /**\r
311    * DOCUMENT ME!\r
312    *\r
313    * @param wrap DOCUMENT ME!\r
314    */\r
315   public void setWrapAlignment(boolean wrap)\r
316   {\r
317     av.startSeq = 0;\r
318     scalePanelHolder.setVisible(!wrap);\r
319     hscroll.setVisible(!wrap);\r
320     idwidthAdjuster.setVisible(!wrap);\r
321 \r
322     if (wrap)\r
323     {\r
324       annotationScroller.setVisible(false);\r
325       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(false);\r
326     }\r
327     else if (av.showAnnotation)\r
328     {\r
329       annotationScroller.setVisible(true);\r
330       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(true);\r
331     }\r
332 \r
333     idSpaceFillerPanel1.setVisible(!wrap);\r
334 \r
335     repaint();\r
336   }\r
337 \r
338   // return value is true if the scroll is valid\r
339   public boolean scrollUp(boolean up)\r
340   {\r
341     if (up)\r
342     {\r
343       if (vscroll.getValue() < 1)\r
344       {\r
345         return false;\r
346       }\r
347 \r
348       fastPaint = false;\r
349       vscroll.setValue(vscroll.getValue() - 1);\r
350     }\r
351     else\r
352     {\r
353       if ( (vextent + vscroll.getValue()) >= av.getAlignment().getHeight())\r
354       {\r
355         return false;\r
356       }\r
357 \r
358       fastPaint = false;\r
359       vscroll.setValue(vscroll.getValue() + 1);\r
360     }\r
361 \r
362     fastPaint = true;\r
363 \r
364     return true;\r
365   }\r
366 \r
367   /**\r
368    * DOCUMENT ME!\r
369    *\r
370    * @param right DOCUMENT ME!\r
371    *\r
372    * @return DOCUMENT ME!\r
373    */\r
374   public boolean scrollRight(boolean right)\r
375   {\r
376     if (right)\r
377     {\r
378       if (hscroll.getValue() < 1)\r
379       {\r
380         return false;\r
381       }\r
382 \r
383       fastPaint = false;\r
384       hscroll.setValue(hscroll.getValue() - 1);\r
385     }\r
386     else\r
387     {\r
388       if ( (hextent + hscroll.getValue()) >= av.getAlignment().getWidth())\r
389       {\r
390         return false;\r
391       }\r
392 \r
393       fastPaint = false;\r
394       hscroll.setValue(hscroll.getValue() + 1);\r
395     }\r
396 \r
397     fastPaint = true;\r
398 \r
399     return true;\r
400   }\r
401 \r
402   /**\r
403    * DOCUMENT ME!\r
404    *\r
405    * @param x DOCUMENT ME!\r
406    * @param y DOCUMENT ME!\r
407    */\r
408   public void setScrollValues(int x, int y)\r
409   {\r
410     av.setEndRes( (x + (seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.getCharWidth())) -\r
411                  1);\r
412 \r
413     hextent = seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.charWidth;\r
414     vextent = seqPanel.seqCanvas.getHeight() / av.charHeight;\r
415 \r
416     if (hextent > av.alignment.getWidth())\r
417     {\r
418       hextent = av.alignment.getWidth();\r
419     }\r
420 \r
421     if (vextent > av.alignment.getHeight())\r
422     {\r
423       vextent = av.alignment.getHeight();\r
424     }\r
425 \r
426     if ( (hextent + x) > av.getAlignment().getWidth())\r
427     {\r
428       x = av.getAlignment().getWidth() - hextent;\r
429     }\r
430 \r
431     if ( (vextent + y) > av.getAlignment().getHeight())\r
432     {\r
433       y = av.getAlignment().getHeight() - vextent;\r
434     }\r
435 \r
436     if (y < 0)\r
437     {\r
438       y = 0;\r
439     }\r
440 \r
441     if (x < 0)\r
442     {\r
443       x = 0;\r
444     }\r
445 \r
446     hscroll.setValues(x, hextent, 0, av.getAlignment().getWidth());\r
447     vscroll.setValues(y, vextent, 0, av.getAlignment().getHeight());\r
448   }\r
449 \r
450   /**\r
451    * DOCUMENT ME!\r
452    *\r
453    * @param evt DOCUMENT ME!\r
454    */\r
455   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
456   {\r
457 \r
458     int oldX = av.getStartRes();\r
459     int oldY = av.getStartSeq();\r
460 \r
461     if (evt.getSource() == hscroll)\r
462     {\r
463       int x = hscroll.getValue();\r
464       av.setStartRes(x);\r
465       av.setEndRes( (x +\r
466                      (seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.getCharWidth())) - 1);\r
467     }\r
468 \r
469     if (evt.getSource() == vscroll)\r
470     {\r
471       int offy = vscroll.getValue();\r
472 \r
473       if (av.getWrapAlignment())\r
474       {\r
475         int rowSize = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.\r
476             seqCanvas.getWidth());\r
477         av.setStartRes(vscroll.getValue() * rowSize);\r
478         av.setEndRes( (vscroll.getValue() + 1) * rowSize);\r
479       }\r
480       else\r
481       {\r
482         av.setStartSeq(offy);\r
483         av.setEndSeq(offy +\r
484                      (seqPanel.seqCanvas.getHeight() / av.getCharHeight()));\r
485       }\r
486     }\r
487 \r
488     if (overviewPanel != null)\r
489     {\r
490       overviewPanel.setBoxPosition();\r
491     }\r
492 \r
493     int scrollX = av.startRes - oldX;\r
494     int scrollY = av.startSeq - oldY;\r
495 \r
496     if (av.getWrapAlignment() || !fastPaint)\r
497     {\r
498       repaint();\r
499     }\r
500     else\r
501     {\r
502       // Make sure we're not trying to draw a panel\r
503       // larger than the visible window\r
504       if(scrollX>av.endRes-av.startRes)\r
505         scrollX = av.endRes-av.startRes;\r
506       else if(scrollX<av.startRes-av.endRes)\r
507         scrollX = av.startRes - av.endRes;\r
508 \r
509       if(scrollX!=0 || scrollY!=0)\r
510       {\r
511         idPanel.idCanvas.fastPaint(scrollY);\r
512         seqPanel.seqCanvas.fastPaint(scrollX,\r
513                                      scrollY);\r
514         scalePanel.repaint();\r
515 \r
516         if (av.getShowAnnotation())\r
517         {\r
518           annotationPanel.fastPaint(scrollX);\r
519         }\r
520       }\r
521     }\r
522   }\r
523 \r
524   /**\r
525    * DOCUMENT ME!\r
526    *\r
527    * @param g DOCUMENT ME!\r
528    */\r
529   public void paintComponent(Graphics g)\r
530   {\r
531     invalidate();\r
532 \r
533     Dimension d = idPanel.idCanvas.getPreferredSize();\r
534     idPanelHolder.setPreferredSize(d);\r
535     hscrollFillerPanel.setPreferredSize(new Dimension(d.width, 12));\r
536     validate();\r
537 \r
538     if (av.getWrapAlignment())\r
539     {\r
540       int max = av.alignment.getWidth() /\r
541           seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getWidth()) +1;\r
542       vscroll.setMaximum(max);\r
543       vscroll.setUnitIncrement(1);\r
544       vscroll.setVisibleAmount(1);\r
545     }\r
546     else\r
547     {\r
548       setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
549     }\r
550 \r
551 \r
552     if( this.getVisibleRect().getBounds() == g.getClipBounds() )\r
553     {\r
554       if (overviewPanel != null)\r
555         overviewPanel.updateOverviewImage();\r
556     }\r
557   }\r
558 \r
559   /**\r
560    * DOCUMENT ME!\r
561    *\r
562    * @param pg DOCUMENT ME!\r
563    * @param pf DOCUMENT ME!\r
564    * @param pi DOCUMENT ME!\r
565    *\r
566    * @return DOCUMENT ME!\r
567    *\r
568    * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
569    */\r
570   public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi)\r
571       throws PrinterException\r
572   {\r
573     pg.translate( (int) pf.getImageableX(), (int) pf.getImageableY());\r
574 \r
575     int pwidth = (int) pf.getImageableWidth();\r
576     int pheight = (int) pf.getImageableHeight();\r
577 \r
578     if (av.getWrapAlignment())\r
579     {\r
580       return printWrappedAlignment(pg, pwidth, pheight, pi);\r
581     }\r
582     else\r
583     {\r
584       return printUnwrapped(pg, pwidth, pheight, pi);\r
585     }\r
586   }\r
587 \r
588   /**\r
589    * DOCUMENT ME!\r
590    *\r
591    * @param pg DOCUMENT ME!\r
592    * @param pwidth DOCUMENT ME!\r
593    * @param pheight DOCUMENT ME!\r
594    * @param pi DOCUMENT ME!\r
595    *\r
596    * @return DOCUMENT ME!\r
597    *\r
598    * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
599    */\r
600   public int printUnwrapped(Graphics pg, int pwidth, int pheight, int pi)\r
601       throws PrinterException\r
602   {\r
603     int idWidth = calculateIdWidth().width + 4;\r
604     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
605     int scaleHeight = av.charHeight + fm.getDescent();\r
606 \r
607     pg.setColor(Color.white);\r
608     pg.fillRect(0, 0, pwidth, pheight);\r
609     pg.setFont(av.getFont());\r
610 \r
611     ////////////////////////////////////\r
612     /// How many sequences and residues can we fit on a printable page?\r
613     int totalRes = (pwidth - idWidth) / av.getCharWidth();\r
614 \r
615     int totalSeq = (int) ( (pheight - scaleHeight) / av.getCharHeight()) -\r
616         1;\r
617 \r
618     int pagesWide = (av.getAlignment().getWidth() / totalRes) + 1;\r
619 \r
620     /////////////////////////////\r
621     /// Only print these sequences and residues on this page\r
622     int startRes;\r
623 \r
624     /////////////////////////////\r
625     /// Only print these sequences and residues on this page\r
626     int endRes;\r
627 \r
628     /////////////////////////////\r
629     /// Only print these sequences and residues on this page\r
630     int startSeq;\r
631 \r
632     /////////////////////////////\r
633     /// Only print these sequences and residues on this page\r
634     int endSeq;\r
635     startRes = (pi % pagesWide) * totalRes;\r
636     endRes = (startRes + totalRes) - 1;\r
637 \r
638     if (endRes > (av.getAlignment().getWidth() - 1))\r
639     {\r
640       endRes = av.getAlignment().getWidth() - 1;\r
641     }\r
642 \r
643     startSeq = (pi / pagesWide) * totalSeq;\r
644     endSeq = startSeq + totalSeq;\r
645 \r
646     if (endSeq > av.getAlignment().getHeight())\r
647     {\r
648       endSeq = av.getAlignment().getHeight();\r
649     }\r
650 \r
651     int pagesHigh = ( (av.alignment.getHeight() / totalSeq) + 1) * pheight;\r
652 \r
653     if (av.showAnnotation)\r
654     {\r
655       pagesHigh += annotationPanel.adjustPanelHeight() + 3;\r
656     }\r
657 \r
658     pagesHigh /= pheight;\r
659 \r
660     if (pi >= (pagesWide * pagesHigh))\r
661     {\r
662       return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
663     }\r
664 \r
665     //draw Scale\r
666     pg.translate(idWidth, 0);\r
667     scalePanel.drawScale(pg, startRes, endRes, pwidth - idWidth, scaleHeight);\r
668     pg.translate( -idWidth, scaleHeight);\r
669 \r
670     ////////////////\r
671     // Draw the ids\r
672     Color currentColor = null;\r
673     Color currentTextColor = null;\r
674 \r
675     pg.setFont(new Font(av.getFont().getName(),\r
676                         Font.ITALIC,\r
677                         av.getFont().getSize()));\r
678     for (int i = startSeq; i < endSeq; i++)\r
679     {\r
680       if ( (av.getSelectionGroup() != null) &&\r
681           av.getSelectionGroup().sequences.contains(\r
682               av.getAlignment().getSequenceAt(i)))\r
683       {\r
684         currentColor = Color.gray;\r
685         currentTextColor = Color.black;\r
686       }\r
687       else\r
688       {\r
689         currentColor = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getColor();\r
690         currentTextColor = Color.black;\r
691       }\r
692 \r
693       pg.setColor(currentColor);\r
694       pg.fillRect(0, (i - startSeq) * av.charHeight, idWidth,\r
695                   av.getCharHeight());\r
696 \r
697       pg.setColor(currentTextColor);\r
698 \r
699       String string = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getDisplayId\r
700           ( av.getShowJVSuffix());\r
701 \r
702       pg.drawString(string, 0,\r
703                     ( ( (i - startSeq) * av.charHeight) + av.getCharHeight()) -\r
704                     (av.getCharHeight() / 5));\r
705     }\r
706 \r
707     pg.setFont(av.getFont());\r
708 \r
709     // draw main sequence panel\r
710     pg.translate(idWidth, 0);\r
711     seqPanel.seqCanvas.drawPanel(pg, startRes, endRes, startSeq, endSeq, 0);\r
712 \r
713     if (av.showAnnotation && (endSeq == av.alignment.getHeight()))\r
714     {\r
715       pg.translate( -idWidth-3, (endSeq - startSeq) * av.charHeight + 3);\r
716       alabels.drawComponent( (Graphics2D) pg, idWidth);\r
717       pg.translate(idWidth+3, 0);\r
718       annotationPanel.drawComponent( (Graphics2D) pg, startRes, endRes +\r
719                                     1);\r
720     }\r
721 \r
722     return Printable.PAGE_EXISTS;\r
723   }\r
724 \r
725   /**\r
726    * DOCUMENT ME!\r
727    *\r
728    * @param pg DOCUMENT ME!\r
729    * @param pwidth DOCUMENT ME!\r
730    * @param pheight DOCUMENT ME!\r
731    * @param pi DOCUMENT ME!\r
732    *\r
733    * @return DOCUMENT ME!\r
734    *\r
735    * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
736    */\r
737   public int printWrappedAlignment(Graphics pg, int pwidth, int pheight,\r
738                                    int pi)\r
739       throws PrinterException\r
740   {\r
741 \r
742     int annotationHeight = 0;\r
743     AnnotationLabels labels = null;\r
744     if (av.showAnnotation)\r
745     {\r
746       annotationHeight = annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
747       labels = new AnnotationLabels(av);\r
748     }\r
749 \r
750     int hgap = av.charHeight;\r
751     if (av.scaleAboveWrapped)\r
752       hgap += av.charHeight;\r
753 \r
754     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
755         + hgap\r
756         + annotationHeight;\r
757 \r
758     int idWidth = calculateIdWidth().width + 4;\r
759 \r
760     int resWidth = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(pwidth -\r
761         idWidth);\r
762 \r
763     int totalHeight = cHeight * (av.alignment.getWidth() / resWidth + 1);\r
764 \r
765     pg.setColor(Color.white);\r
766     pg.fillRect(0, 0, pwidth, pheight);\r
767     pg.setFont(av.getFont());\r
768 \r
769     ////////////////\r
770     // Draw the ids\r
771     pg.setColor(Color.black);\r
772 \r
773     pg.translate(0, -pi * pheight);\r
774 \r
775     pg.setClip(0, pi * pheight, pwidth, pheight);\r
776 \r
777     int ypos = hgap;\r
778     Font italic = new Font(av.getFont().getName(), Font.ITALIC,\r
779                            av.getFont().getSize());\r
780     pg.setFont(italic);\r
781 \r
782     do\r
783     {\r
784       for (int i = 0; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
785       {\r
786         SequenceI s = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
787         String string = s.getDisplayId( av.getShowJVSuffix());\r
788 \r
789         pg.drawString(string, 0,\r
790                       ( (i * av.charHeight) + ypos + av.charHeight) -\r
791                       (av.charHeight / 5));\r
792       }\r
793       if (labels != null)\r
794       {\r
795         pg.translate(-3,\r
796                      ypos +\r
797                      (av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight));\r
798 \r
799         pg.setFont(av.getFont());\r
800         labels.drawComponent(pg, idWidth);\r
801         pg.setFont(italic);\r
802         pg.translate(+3,\r
803                      -ypos -\r
804                      (av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight));\r
805       }\r
806 \r
807       ypos += cHeight;\r
808     }\r
809     while (ypos < totalHeight);\r
810 \r
811     pg.translate(idWidth, 0);\r
812 \r
813     seqPanel.seqCanvas.drawWrappedPanel(pg, pwidth - idWidth, totalHeight, 0);\r
814 \r
815     if ( (pi * pheight) < totalHeight)\r
816     {\r
817       return Printable.PAGE_EXISTS;\r
818 \r
819     }\r
820     else\r
821     {\r
822       return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
823     }\r
824   }\r
825 \r
826   void makeAlignmentImage(int type, File file)\r
827   {\r
828     int height = ( (av.alignment.getHeight() + 1) * av.charHeight) + 30;\r
829     int width = idPanel.getWidth() + (av.alignment.getWidth() * av.charWidth);\r
830 \r
831     if (idPanel.getWidth() == 0)\r
832     {\r
833       width += calculateIdWidth().getWidth() + 4;\r
834     }\r
835 \r
836     if (av.getWrapAlignment())\r
837     {\r
838       height = getWrappedHeight();\r
839       width = seqPanel.getWidth() + idPanel.getWidth();\r
840     }\r
841     else if (av.getShowAnnotation())\r
842     {\r
843       height += annotationPanel.adjustPanelHeight() + 3;\r
844     }\r
845 \r
846     jalview.util.ImageMaker im;\r
847     if(type==jalview.util.ImageMaker.PNG)\r
848       im  = new jalview.util.ImageMaker(this,\r
849                                         jalview.util.ImageMaker.PNG,\r
850                                         "Create PNG image from alignment",\r
851                                         width, height, file, null);\r
852     else\r
853       im = new jalview.util.ImageMaker(this,\r
854                                         jalview.util.ImageMaker.EPS,\r
855                                        "Create EPS file from alignment",\r
856                                         width, height, file, alignFrame.getTitle() );\r
857 \r
858     try\r
859     {\r
860       if (av.getWrapAlignment())\r
861       {\r
862         if(im.getGraphics()!=null)\r
863         {\r
864           printWrappedAlignment(im.getGraphics(), width, height, 0);\r
865           im.writeImage();\r
866         }\r
867       }\r
868       else\r
869       {\r
870         if(im.getGraphics()!=null)\r
871         {\r
872           printUnwrapped(im.getGraphics(), width, height, 0);\r
873           im.writeImage();\r
874         }\r
875       }\r
876     }\r
877     catch (OutOfMemoryError err)\r
878     {\r
879       System.out.println("########################\n"\r
880                          + "OUT OF MEMORY " + file + "\n"\r
881                          + "########################");\r
882 \r
883       JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
884                                             "Out of Memory Creating Image!!"\r
885                                             +\r
886                                             "\nSee help files for increasing Java Virtual Machine memory."\r
887                                             , "Out of memory",\r
888                                             JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
889       System.out.println("Create IMAGE: " + err);\r
890       System.gc();\r
891 \r
892     }\r
893     catch (Exception ex)\r
894     {\r
895       ex.printStackTrace();\r
896     }\r
897   }\r
898   /**\r
899    * DOCUMENT ME!\r
900    */\r
901   public void makeEPS(File epsFile)\r
902   {\r
903     makeAlignmentImage(jalview.util.ImageMaker.EPS, epsFile);\r
904   }\r
905 \r
906   /**\r
907    * DOCUMENT ME!\r
908    */\r
909   public void makePNG(File pngFile)\r
910   {\r
911     makeAlignmentImage(jalview.util.ImageMaker.PNG, pngFile);\r
912   }\r
913 \r
914   public void makePNGImageMap(File imgMapFile, String imageName)\r
915   {\r
916     ///////ONLY WORKS WITH NONE WRAPPED ALIGNMENTS\r
917     //////////////////////////////////////////////\r
918     int idWidth = calculateIdWidth().width + 4;\r
919     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
920     int scaleHeight = av.charHeight + fm.getDescent();\r
921 \r
922     // Gen image map\r
923     //////////////////////////////////\r
924     if (imgMapFile != null)\r
925     {\r
926       try\r
927       {\r
928         int s, sSize = av.alignment.getHeight(),\r
929             res, alwidth = av.alignment.getWidth(), g, gSize, f, fSize, sy;\r
930         StringBuffer text = new StringBuffer();\r
931         PrintWriter out = new PrintWriter(new FileWriter(imgMapFile));\r
932         out.println(jalview.io.HTMLOutput.getImageMapHTML());\r
933         out.println("<img src=\"" + imageName +\r
934                     "\" border=\"0\" usemap=\"#Map\" >"\r
935                     + "<map name=\"Map\">");\r
936 \r
937         for (s = 0; s < sSize; s++)\r
938         {\r
939           sy = s * av.charHeight + scaleHeight;\r
940 \r
941           SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(s);\r
942           SequenceFeature [] features = seq.getDatasetSequence().getSequenceFeatures();\r
943           SequenceGroup[] groups = av.alignment.findAllGroups(seq);\r
944           for(res =0; res<alwidth; res++)\r
945           {\r
946             text = new StringBuffer();\r
947             Object obj = null;\r
948             if(av.alignment.isNucleotide())\r
949               obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(seq.getCharAt(res)+"" );\r
950             else\r
951               obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(\r
952                     seq.getCharAt(res) + "");\r
953 \r
954               if (obj == null)\r
955                   continue;\r
956 \r
957             String triplet = obj.toString();\r
958             int alIndex = seq.findPosition(res);\r
959             gSize = groups.length;\r
960             for (g = 0; g < gSize; g++)\r
961             {\r
962               if(text.length()<1)\r
963               {\r
964                 text.append("<area shape=\"rect\" coords=\""\r
965                   + (idWidth + res * av.charWidth) + ","\r
966                   + sy + ","\r
967                   + (idWidth + (res + 1) * av.charWidth) + ","\r
968                   + (av.charHeight + sy) + "\""\r
969                   + " onMouseOver=\"toolTip('"\r
970                   + alIndex + " " + triplet );\r
971               }\r
972 \r
973               if(groups[g].getStartRes()<res && groups[g].getEndRes()>res)\r
974                 text.append("<br><em>" + groups[g].getName() + "</em>");\r
975             }\r
976 \r
977             if (features != null)\r
978             {\r
979               if(text.length()<1)\r
980               {\r
981                 text.append("<area shape=\"rect\" coords=\""\r
982                   + (idWidth + res * av.charWidth) + ","\r
983                   + sy + ","\r
984                   + (idWidth + (res + 1) * av.charWidth) + ","\r
985                   + (av.charHeight + sy) + "\""\r
986                   + " onMouseOver=\"toolTip('"\r
987                   + alIndex + " " + triplet );\r
988               }\r
989                 fSize = features.length;\r
990                 for (f = 0; f < fSize; f++)\r
991                 {\r
992 \r
993                   if ( (features[f].getBegin() <= seq.findPosition(res)) &&\r
994                       (features[f].getEnd() >= seq.findPosition(res)))\r
995                   {\r
996                     if (features[f].getType().equals("disulfide bond"))\r
997                     {\r
998                       if (features[f].getBegin() == seq.findPosition(res)\r
999                           || features[f].getEnd() == seq.findPosition(res))\r
1000                       {\r
1001                         text.append("<br>disulfide bond " + features[f].getBegin() + ":" +\r
1002                                        features[f].getEnd());\r
1003                       }\r
1004                     }\r
1005                     else\r
1006                     {\r
1007                       text.append("<br>");\r
1008                       text.append(features[f].getType());\r
1009                       if (features[f].getDescription() != null && !features[f].getType().equals(features[f].getDescription()))\r
1010                         text.append(" " + features[f].getDescription());\r
1011 \r
1012                       if (features[f].getStatus() != null && features[f].getStatus().length()>0)\r
1013                       {\r
1014                         text.append(" (" + features[f].getStatus() + ")");\r
1015                       }\r
1016                     }\r
1017                   }\r
1018 \r
1019                 }\r
1020               }\r
1021               if(text.length()>1)\r
1022               {\r
1023                 text.append("')\"; onMouseOut=\"toolTip()\";  href=\"#\">");\r
1024                 out.println(text.toString());\r
1025               }\r
1026             }\r
1027           }\r
1028         out.println("</map></body></html>");\r
1029         out.close();\r
1030 \r
1031       }\r
1032       catch (Exception ex)\r
1033       {\r
1034         ex.printStackTrace();\r
1035       }\r
1036     } ///////////END OF IMAGE MAP\r
1037 \r
1038   }\r
1039 \r
1040   int getWrappedHeight()\r
1041   {\r
1042 \r
1043     int chunkWidth = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(\r
1044         seqPanel.seqCanvas.getWidth());\r
1045 \r
1046     int hgap = av.charHeight;\r
1047     if (av.scaleAboveWrapped)\r
1048       hgap += av.charHeight;\r
1049 \r
1050     int annotationHeight = 0;\r
1051     if (av.showAnnotation)\r
1052     {\r
1053       annotationHeight = annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
1054     }\r
1055 \r
1056     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
1057         + hgap\r
1058         + annotationHeight;\r
1059 \r
1060     int height = ( (av.alignment.getWidth() / chunkWidth) + 1) * cHeight;\r
1061 \r
1062     return height;\r
1063   }\r
1064 \r
1065   /**\r
1066    * DOCUMENT ME!\r
1067    *\r
1068    * @author $author$\r
1069    * @version $Revision$\r
1070    */\r
1071   class Preview\r
1072       extends JFrame\r
1073   {\r
1074     /**\r
1075      * Creates a new Preview object.\r
1076      *\r
1077      * @param image DOCUMENT ME!\r
1078      */\r
1079     public Preview(Image image)\r
1080     {\r
1081       setResizable(true);\r
1082       setSize(image.getWidth(this), image.getHeight(this));\r
1083       setVisible(true);\r
1084       getContentPane().setLayout(new BorderLayout());\r
1085       getContentPane().add(new PreviewPanel(image), BorderLayout.CENTER);\r
1086       validate();\r
1087       repaint();\r
1088     }\r
1089   }\r
1090 \r
1091   /**\r
1092    * DOCUMENT ME!\r
1093    *\r
1094    * @author $author$\r
1095    * @version $Revision$\r
1096    */\r
1097   class PreviewPanel\r
1098       extends JPanel\r
1099   {\r
1100     Image image;\r
1101 \r
1102     /**\r
1103      * Creates a new PreviewPanel object.\r
1104      *\r
1105      * @param image DOCUMENT ME!\r
1106      */\r
1107     public PreviewPanel(Image image)\r
1108     {\r
1109       this.image = image;\r
1110     }\r
1111 \r
1112     /**\r
1113      * DOCUMENT ME!\r
1114      *\r
1115      * @param g DOCUMENT ME!\r
1116      */\r
1117     public void paintComponent(Graphics g)\r
1118     {\r
1119       if (image != null)\r
1120       {\r
1121         g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
1122       }\r
1123       else\r
1124       {\r
1125         System.out.println("DEBUG:image is null");\r
1126       }\r
1127     }\r
1128   }\r
1129 }\r