src/jalview/gui/AlignmentPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import java.beans.*;\r
  22 import java.io.*;\r
  23 \r
  24 import java.awt.*;\r
  25 import java.awt.event.*;\r
  26 import java.awt.print.*;\r
  27 import javax.swing.*;\r
  28 \r
  29 import jalview.datamodel.*;\r
  30 import jalview.jbgui.*;\r
  31 import jalview.schemes.*;\r
  32 \r
  33 /**\r
  34  * DOCUMENT ME!\r
  35  *\r
  36  * @author $author$\r
  37  * @version $Revision$\r
  38  */\r
  39 public class AlignmentPanel\r
  40     extends GAlignmentPanel implements AdjustmentListener, Printable\r
  41 {\r
  42   public AlignViewport av;\r
  43   OverviewPanel overviewPanel;\r
  44   SeqPanel seqPanel;\r
  45   IdPanel idPanel;\r
  46   IdwidthAdjuster idwidthAdjuster;\r
  47 \r
  48   /** DOCUMENT ME!! */\r
  49   public AlignFrame alignFrame;\r
  50   ScalePanel scalePanel;\r
  51   AnnotationPanel annotationPanel;\r
  52   AnnotationLabels alabels;\r
  53 \r
  54   // this value is set false when selection area being dragged\r
  55   boolean fastPaint = true;\r
  56   int hextent = 0;\r
  57   int vextent = 0;\r
  58 \r
  59   /**\r
  60    * Creates a new AlignmentPanel object.\r
  61    *\r
  62    * @param af DOCUMENT ME!\r
  63    * @param av DOCUMENT ME!\r
  64    */\r
  65   public AlignmentPanel(AlignFrame af, final AlignViewport av)\r
  66   {\r
  67     alignFrame = af;\r
  68     this.av = av;\r
  69     seqPanel = new SeqPanel(av, this);\r
  70     idPanel = new IdPanel(av, this);\r
  71 \r
  72     scalePanel = new ScalePanel(av, this);\r
  73 \r
  74     idPanelHolder.add(idPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  75     idwidthAdjuster = new IdwidthAdjuster(this);\r
  76     idSpaceFillerPanel1.add(idwidthAdjuster, BorderLayout.CENTER);\r
  77 \r
  78     annotationPanel = new AnnotationPanel(this);\r
  79     alabels = new AnnotationLabels(this);\r
  80 \r
  81     annotationScroller.setViewportView(annotationPanel);\r
  82     annotationSpaceFillerHolder.add(alabels, BorderLayout.CENTER);\r
  83 \r
  84     scalePanelHolder.add(scalePanel, BorderLayout.CENTER);\r
  85     seqPanelHolder.add(seqPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  86 \r
  87     setScrollValues(0, 0);\r
  88 \r
  89     setAnnotationVisible(av.getShowAnnotation());\r
  90 \r
  91     hscroll.addAdjustmentListener(this);\r
  92     vscroll.addAdjustmentListener(this);\r
  93 \r
  94     final AlignmentPanel ap = this;\r
  95     av.addPropertyChangeListener(new PropertyChangeListener()\r
  96     {\r
  97       public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)\r
  98       {\r
  99         if (evt.getPropertyName().equals("alignment"))\r
 100         {\r
 101           PaintRefresher.Refresh(ap,\r
 102                                  av.getSequenceSetId(),\r
 103                                  true,\r
 104                                  true);\r
 105           alignmentChanged();\r
 106         }\r
 107       }\r
 108     });\r
 109 \r
 110     fontChanged();\r
 111     adjustAnnotationHeight();\r
 112 \r
 113   }\r
 114 \r
 115   public void alignmentChanged()\r
 116   {\r
 117     av.alignmentChanged(this);\r
 118 \r
 119     alignFrame.updateEditMenuBar();\r
 120 \r
 121     paintAlignment(true);\r
 122 \r
 123   }\r
 124 \r
 125   /**\r
 126    * DOCUMENT ME!\r
 127    */\r
 128   public void fontChanged()\r
 129   {\r
 130     // set idCanvas bufferedImage to null\r
 131     // to prevent drawing old image\r
 132     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 133 \r
 134     scalePanelHolder.setPreferredSize(new Dimension(10,\r
 135         av.charHeight + fm.getDescent()));\r
 136     idSpaceFillerPanel1.setPreferredSize(new Dimension(10,\r
 137         av.charHeight + fm.getDescent()));\r
 138 \r
 139     idPanel.idCanvas.gg = null;\r
 140     seqPanel.seqCanvas.img = null;\r
 141     annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
 142 \r
 143     Dimension d = calculateIdWidth();\r
 144     d.setSize(d.width + 4, d.height);\r
 145     idPanel.idCanvas.setPreferredSize(d);\r
 146     hscrollFillerPanel.setPreferredSize(d);\r
 147 \r
 148     if (overviewPanel != null)\r
 149     {\r
 150       overviewPanel.setBoxPosition();\r
 151     }\r
 152 \r
 153     repaint();\r
 154   }\r
 155 \r
 156   /**\r
 157    * DOCUMENT ME!\r
 158    *\r
 159    * @return DOCUMENT ME!\r
 160    */\r
 161   public Dimension calculateIdWidth()\r
 162   {\r
 163     Container c = new Container();\r
 164 \r
 165     FontMetrics fm = c.getFontMetrics(\r
 166         new Font(av.font.getName(), Font.ITALIC, av.font.getSize()));\r
 167 \r
 168     AlignmentI al = av.getAlignment();\r
 169 \r
 170     int i = 0;\r
 171     int idWidth = 0;\r
 172     String id;\r
 173 \r
 174     while ( (i < al.getHeight()) && (al.getSequenceAt(i) != null))\r
 175     {\r
 176       SequenceI s = al.getSequenceAt(i);\r
 177 \r
 178       id = s.getDisplayId(av.getShowJVSuffix());\r
 179 \r
 180       if (fm.stringWidth(id) > idWidth)\r
 181       {\r
 182         idWidth = fm.stringWidth(id);\r
 183       }\r
 184 \r
 185       i++;\r
 186     }\r
 187 \r
 188     // Also check annotation label widths\r
 189     i = 0;\r
 190 \r
 191     if (al.getAlignmentAnnotation() != null)\r
 192     {\r
 193       fm = c.getFontMetrics(alabels.getFont());\r
 194 \r
 195       while (i < al.getAlignmentAnnotation().length)\r
 196       {\r
 197         String label = al.getAlignmentAnnotation()[i].label;\r
 198 \r
 199         if (fm.stringWidth(label) > idWidth)\r
 200         {\r
 201           idWidth = fm.stringWidth(label);\r
 202         }\r
 203 \r
 204         i++;\r
 205       }\r
 206     }\r
 207 \r
 208     return new Dimension(idWidth, 12);\r
 209   }\r
 210 \r
 211   /**\r
 212    * DOCUMENT ME!\r
 213    *\r
 214    * @param results DOCUMENT ME!\r
 215    */\r
 216   public void highlightSearchResults(SearchResults results)\r
 217   {\r
 218     seqPanel.seqCanvas.highlightSearchResults(results);\r
 219 \r
 220     // do we need to scroll the panel?\r
 221     if (results != null)\r
 222     {\r
 223       SequenceI seq = results.getResultSequence(0);\r
 224       int seqIndex = av.alignment.findIndex(seq);\r
 225       int start = seq.findIndex(results.getResultStart(0)) - 1;\r
 226       int end = seq.findIndex(results.getResultEnd(0)) - 1;\r
 227 \r
 228       if (!av.wrapAlignment)\r
 229       {\r
 230         if ( (av.getStartRes() > end) || (av.getEndRes() < start) ||\r
 231             ( (av.getStartSeq() > seqIndex) || (av.getEndSeq() < seqIndex)))\r
 232         {\r
 233           setScrollValues(start, seqIndex);\r
 234         }\r
 235       }\r
 236       else\r
 237       {\r
 238         scrollToWrappedVisible(start);\r
 239       }\r
 240     }\r
 241 \r
 242     paintAlignment(true);\r
 243   }\r
 244 \r
 245   void scrollToWrappedVisible(int res)\r
 246   {\r
 247     int cwidth = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.\r
 248         getWidth());\r
 249     if (res <= av.getStartRes() || res >= (av.getStartRes() + cwidth))\r
 250     {\r
 251       vscroll.setValue(res / cwidth);\r
 252       av.startRes = vscroll.getValue() * cwidth;\r
 253     }\r
 254   }\r
 255 \r
 256   /**\r
 257    * DOCUMENT ME!\r
 258    *\r
 259    * @return DOCUMENT ME!\r
 260    */\r
 261   public OverviewPanel getOverviewPanel()\r
 262   {\r
 263     return overviewPanel;\r
 264   }\r
 265 \r
 266   /**\r
 267    * DOCUMENT ME!\r
 268    *\r
 269    * @param op DOCUMENT ME!\r
 270    */\r
 271   public void setOverviewPanel(OverviewPanel op)\r
 272   {\r
 273     overviewPanel = op;\r
 274   }\r
 275 \r
 276   /**\r
 277    * DOCUMENT ME!\r
 278    *\r
 279    * @param b DOCUMENT ME!\r
 280    */\r
 281   public void setAnnotationVisible(boolean b)\r
 282   {\r
 283     if (!av.wrapAlignment)\r
 284     {\r
 285       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(b);\r
 286       annotationScroller.setVisible(b);\r
 287     }\r
 288     repaint();\r
 289   }\r
 290 \r
 291   public void adjustAnnotationHeight()\r
 292   {\r
 293     if (alignFrame.getHeight() == 0)\r
 294     {\r
 295       System.out.println("NEEDS FIXING");\r
 296     }\r
 297 \r
 298     int height = annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
 299 \r
 300     if (hscroll.isVisible())\r
 301     {\r
 302       height += hscroll.getPreferredSize().height;\r
 303     }\r
 304     if (height > alignFrame.getHeight() / 2)\r
 305     {\r
 306       height = alignFrame.getHeight() / 2;\r
 307     }\r
 308 \r
 309     hscroll.addNotify();\r
 310 \r
 311     annotationScroller.setPreferredSize(\r
 312         new Dimension(annotationScroller.getWidth(), height));\r
 313 \r
 314 \r
 315     annotationSpaceFillerHolder.setPreferredSize(new Dimension(\r
 316         annotationSpaceFillerHolder.getWidth(),\r
 317         height));\r
 318 \r
 319     repaint();\r
 320   }\r
 321 \r
 322   /**\r
 323    * DOCUMENT ME!\r
 324    *\r
 325    * @param wrap DOCUMENT ME!\r
 326    */\r
 327   public void setWrapAlignment(boolean wrap)\r
 328   {\r
 329     av.startSeq = 0;\r
 330     scalePanelHolder.setVisible(!wrap);\r
 331     hscroll.setVisible(!wrap);\r
 332     idwidthAdjuster.setVisible(!wrap);\r
 333 \r
 334     if (wrap)\r
 335     {\r
 336       annotationScroller.setVisible(false);\r
 337       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(false);\r
 338     }\r
 339     else if (av.showAnnotation)\r
 340     {\r
 341       annotationScroller.setVisible(true);\r
 342       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(true);\r
 343     }\r
 344 \r
 345     idSpaceFillerPanel1.setVisible(!wrap);\r
 346 \r
 347     repaint();\r
 348   }\r
 349 \r
 350   // return value is true if the scroll is valid\r
 351   public boolean scrollUp(boolean up)\r
 352   {\r
 353     if (up)\r
 354     {\r
 355       if (vscroll.getValue() < 1)\r
 356       {\r
 357         return false;\r
 358       }\r
 359 \r
 360       fastPaint = false;\r
 361       vscroll.setValue(vscroll.getValue() - 1);\r
 362     }\r
 363     else\r
 364     {\r
 365       if ( (vextent + vscroll.getValue()) >= av.getAlignment().getHeight())\r
 366       {\r
 367         return false;\r
 368       }\r
 369 \r
 370       fastPaint = false;\r
 371       vscroll.setValue(vscroll.getValue() + 1);\r
 372     }\r
 373 \r
 374     fastPaint = true;\r
 375 \r
 376     return true;\r
 377   }\r
 378 \r
 379   /**\r
 380    * DOCUMENT ME!\r
 381    *\r
 382    * @param right DOCUMENT ME!\r
 383    *\r
 384    * @return DOCUMENT ME!\r
 385    */\r
 386   public boolean scrollRight(boolean right)\r
 387   {\r
 388     if (!right)\r
 389     {\r
 390       if (hscroll.getValue() < 1)\r
 391       {\r
 392         return false;\r
 393       }\r
 394 \r
 395       fastPaint = false;\r
 396       hscroll.setValue(hscroll.getValue() - 1);\r
 397     }\r
 398     else\r
 399     {\r
 400       if ( (hextent + hscroll.getValue()) >= av.getAlignment().getWidth())\r
 401       {\r
 402         return false;\r
 403       }\r
 404 \r
 405       fastPaint = false;\r
 406       hscroll.setValue(hscroll.getValue() + 1);\r
 407     }\r
 408 \r
 409     fastPaint = true;\r
 410 \r
 411     return true;\r
 412   }\r
 413 \r
 414   /**\r
 415    * DOCUMENT ME!\r
 416    *\r
 417    * @param x DOCUMENT ME!\r
 418    * @param y DOCUMENT ME!\r
 419    */\r
 420   public void setScrollValues(int x, int y)\r
 421   {\r
 422 \r
 423     int width = av.alignment.getWidth();\r
 424     int height = av.alignment.getHeight();\r
 425 \r
 426     if (av.hasHiddenColumns)\r
 427     {\r
 428       width = av.getColumnSelection().findColumnPosition(width);\r
 429     }\r
 430 \r
 431     av.setEndRes( (x + (seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.charWidth)) - 1);\r
 432 \r
 433     hextent = seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.charWidth;\r
 434     vextent = seqPanel.seqCanvas.getHeight() / av.charHeight;\r
 435 \r
 436     if (hextent > width)\r
 437     {\r
 438       hextent = width;\r
 439     }\r
 440 \r
 441     if (vextent > height)\r
 442     {\r
 443       vextent = height;\r
 444     }\r
 445 \r
 446     if ( (hextent + x) > width)\r
 447     {\r
 448       x = width - hextent;\r
 449     }\r
 450 \r
 451     if ( (vextent + y) > height)\r
 452     {\r
 453       y = height - vextent;\r
 454     }\r
 455 \r
 456     if (y < 0)\r
 457     {\r
 458       y = 0;\r
 459     }\r
 460 \r
 461     if (x < 0)\r
 462     {\r
 463       x = 0;\r
 464     }\r
 465 \r
 466     hscroll.setValues(x, hextent, 0, width);\r
 467     vscroll.setValues(y, vextent, 0, height);\r
 468   }\r
 469 \r
 470   /**\r
 471    * DOCUMENT ME!\r
 472    *\r
 473    * @param evt DOCUMENT ME!\r
 474    */\r
 475   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
 476   {\r
 477 \r
 478     int oldX = av.getStartRes();\r
 479     int oldY = av.getStartSeq();\r
 480 \r
 481     if (evt.getSource() == hscroll)\r
 482     {\r
 483       int x = hscroll.getValue();\r
 484       av.setStartRes(x);\r
 485       av.setEndRes( (x +\r
 486                      (seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.getCharWidth())) - 1);\r
 487     }\r
 488 \r
 489     if (evt.getSource() == vscroll)\r
 490     {\r
 491       int offy = vscroll.getValue();\r
 492 \r
 493       if (av.getWrapAlignment())\r
 494       {\r
 495         if (offy > -1)\r
 496         {\r
 497           int rowSize = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.\r
 498               seqCanvas.getWidth());\r
 499           av.setStartRes(offy * rowSize);\r
 500           av.setEndRes( (offy + 1) * rowSize);\r
 501         }\r
 502         else\r
 503         {\r
 504           //This is only called if file loaded is a jar file that\r
 505           //was wrapped when saved and user has wrap alignment true\r
 506           //as preference setting\r
 507           SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 508           {\r
 509             public void run()\r
 510             {\r
 511               setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
 512             }\r
 513           });\r
 514         }\r
 515       }\r
 516       else\r
 517       {\r
 518         av.setStartSeq(offy);\r
 519         av.setEndSeq(offy +\r
 520                      (seqPanel.seqCanvas.getHeight() / av.getCharHeight()));\r
 521       }\r
 522     }\r
 523 \r
 524     if (overviewPanel != null)\r
 525     {\r
 526       overviewPanel.setBoxPosition();\r
 527     }\r
 528 \r
 529     int scrollX = av.startRes - oldX;\r
 530     int scrollY = av.startSeq - oldY;\r
 531 \r
 532     if (av.getWrapAlignment() || !fastPaint)\r
 533     {\r
 534       repaint();\r
 535     }\r
 536     else\r
 537     {\r
 538       // Make sure we're not trying to draw a panel\r
 539       // larger than the visible window\r
 540       if (scrollX > av.endRes - av.startRes)\r
 541       {\r
 542         scrollX = av.endRes - av.startRes;\r
 543       }\r
 544       else if (scrollX < av.startRes - av.endRes)\r
 545       {\r
 546         scrollX = av.startRes - av.endRes;\r
 547       }\r
 548 \r
 549       if (scrollX != 0 || scrollY != 0)\r
 550       {\r
 551         idPanel.idCanvas.fastPaint(scrollY);\r
 552         seqPanel.seqCanvas.fastPaint(scrollX,\r
 553                                      scrollY);\r
 554         scalePanel.repaint();\r
 555 \r
 556         if (av.getShowAnnotation())\r
 557         {\r
 558           annotationPanel.fastPaint(scrollX);\r
 559         }\r
 560       }\r
 561     }\r
 562   }\r
 563 \r
 564   public void paintAlignment(boolean updateOverview)\r
 565   {\r
 566     repaint();\r
 567 \r
 568     if(updateOverview)\r
 569     {\r
 570       jalview.structure.StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager()\r
 571           .sequenceColoursChanged(this);\r
 572 \r
 573       if (overviewPanel != null)\r
 574       {\r
 575         overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 576       }\r
 577     }\r
 578   }\r
 579 \r
 580   /**\r
 581    * DOCUMENT ME!\r
 582    *\r
 583    * @param g DOCUMENT ME!\r
 584    */\r
 585   public void paintComponent(Graphics g)\r
 586   {\r
 587     invalidate();\r
 588 \r
 589     Dimension d = idPanel.idCanvas.getPreferredSize();\r
 590     idPanelHolder.setPreferredSize(d);\r
 591     hscrollFillerPanel.setPreferredSize(new Dimension(d.width, 12));\r
 592     validate();\r
 593 \r
 594     if (av.getWrapAlignment())\r
 595     {\r
 596       int maxwidth = av.alignment.getWidth();\r
 597 \r
 598       if (av.hasHiddenColumns)\r
 599       {\r
 600         maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;\r
 601       }\r
 602 \r
 603       int canvasWidth = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.\r
 604           seqCanvas.getWidth());\r
 605       if (canvasWidth > 0)\r
 606       {\r
 607         int max = maxwidth /\r
 608             seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.\r
 609             getWidth()) +\r
 610             1;\r
 611         vscroll.setMaximum(max);\r
 612         vscroll.setUnitIncrement(1);\r
 613         vscroll.setVisibleAmount(1);\r
 614       }\r
 615     }\r
 616     else\r
 617     {\r
 618       setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
 619     }\r
 620   }\r
 621 \r
 622   /**\r
 623    * DOCUMENT ME!\r
 624    *\r
 625    * @param pg DOCUMENT ME!\r
 626    * @param pf DOCUMENT ME!\r
 627    * @param pi DOCUMENT ME!\r
 628    *\r
 629    * @return DOCUMENT ME!\r
 630    *\r
 631    * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
 632    */\r
 633   public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi)\r
 634       throws PrinterException\r
 635   {\r
 636     pg.translate( (int) pf.getImageableX(), (int) pf.getImageableY());\r
 637 \r
 638     int pwidth = (int) pf.getImageableWidth();\r
 639     int pheight = (int) pf.getImageableHeight();\r
 640 \r
 641     if (av.getWrapAlignment())\r
 642     {\r
 643       return printWrappedAlignment(pg, pwidth, pheight, pi);\r
 644     }\r
 645     else\r
 646     {\r
 647       return printUnwrapped(pg, pwidth, pheight, pi);\r
 648     }\r
 649   }\r
 650 \r
 651   /**\r
 652    * DOCUMENT ME!\r
 653    *\r
 654    * @param pg DOCUMENT ME!\r
 655    * @param pwidth DOCUMENT ME!\r
 656    * @param pheight DOCUMENT ME!\r
 657    * @param pi DOCUMENT ME!\r
 658    *\r
 659    * @return DOCUMENT ME!\r
 660    *\r
 661    * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
 662    */\r
 663   public int printUnwrapped(Graphics pg, int pwidth, int pheight, int pi)\r
 664       throws PrinterException\r
 665   {\r
 666     int idWidth = getVisibleIdWidth();\r
 667     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 668     int scaleHeight = av.charHeight + fm.getDescent();\r
 669 \r
 670     pg.setColor(Color.white);\r
 671     pg.fillRect(0, 0, pwidth, pheight);\r
 672     pg.setFont(av.getFont());\r
 673 \r
 674     ////////////////////////////////////\r
 675     /// How many sequences and residues can we fit on a printable page?\r
 676     int totalRes = (pwidth - idWidth) / av.getCharWidth();\r
 677 \r
 678     int totalSeq = (int) ( (pheight - scaleHeight) / av.getCharHeight()) -\r
 679         1;\r
 680 \r
 681     int pagesWide = (av.getAlignment().getWidth() / totalRes) + 1;\r
 682 \r
 683     /////////////////////////////\r
 684     /// Only print these sequences and residues on this page\r
 685     int startRes;\r
 686 \r
 687     /////////////////////////////\r
 688     /// Only print these sequences and residues on this page\r
 689     int endRes;\r
 690 \r
 691     /////////////////////////////\r
 692     /// Only print these sequences and residues on this page\r
 693     int startSeq;\r
 694 \r
 695     /////////////////////////////\r
 696     /// Only print these sequences and residues on this page\r
 697     int endSeq;\r
 698     startRes = (pi % pagesWide) * totalRes;\r
 699     endRes = (startRes + totalRes) - 1;\r
 700 \r
 701     if (endRes > (av.getAlignment().getWidth() - 1))\r
 702     {\r
 703       endRes = av.getAlignment().getWidth() - 1;\r
 704     }\r
 705 \r
 706     startSeq = (pi / pagesWide) * totalSeq;\r
 707     endSeq = startSeq + totalSeq;\r
 708 \r
 709     if (endSeq > av.getAlignment().getHeight())\r
 710     {\r
 711       endSeq = av.getAlignment().getHeight();\r
 712     }\r
 713 \r
 714     int pagesHigh = ( (av.alignment.getHeight() / totalSeq) + 1) * pheight;\r
 715 \r
 716     if (av.showAnnotation)\r
 717     {\r
 718       pagesHigh += annotationPanel.adjustPanelHeight() + 3;\r
 719     }\r
 720 \r
 721     pagesHigh /= pheight;\r
 722 \r
 723     if (pi >= (pagesWide * pagesHigh))\r
 724     {\r
 725       return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 726     }\r
 727 \r
 728     //draw Scale\r
 729     pg.translate(idWidth, 0);\r
 730     scalePanel.drawScale(pg, startRes, endRes, pwidth - idWidth, scaleHeight);\r
 731     pg.translate( -idWidth, scaleHeight);\r
 732 \r
 733     ////////////////\r
 734     // Draw the ids\r
 735     Color currentColor = null;\r
 736     Color currentTextColor = null;\r
 737 \r
 738     pg.setFont(idPanel.idCanvas.idfont);\r
 739 \r
 740     SequenceI seq;\r
 741     for (int i = startSeq; i < endSeq; i++)\r
 742     {\r
 743       seq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);\r
 744       if ( (av.getSelectionGroup() != null) &&\r
 745           av.getSelectionGroup().getSequences(null).contains(seq))\r
 746       {\r
 747         currentColor = Color.gray;\r
 748         currentTextColor = Color.black;\r
 749       }\r
 750       else\r
 751       {\r
 752         currentColor = av.getSequenceColour(seq);\r
 753         currentTextColor = Color.black;\r
 754       }\r
 755 \r
 756       pg.setColor(currentColor);\r
 757       pg.fillRect(0, (i - startSeq) * av.charHeight, idWidth,\r
 758                   av.getCharHeight());\r
 759 \r
 760       pg.setColor(currentTextColor);\r
 761 \r
 762       int xPos = 0;\r
 763       if (av.rightAlignIds)\r
 764       {\r
 765         fm = pg.getFontMetrics();\r
 766         xPos = idWidth - fm.stringWidth(\r
 767             seq.getDisplayId(av.getShowJVSuffix())\r
 768             ) - 4;\r
 769       }\r
 770 \r
 771       pg.drawString(seq.getDisplayId(av.getShowJVSuffix()),\r
 772                     xPos,\r
 773                     ( ( (i - startSeq) * av.charHeight) + av.getCharHeight()) -\r
 774                     (av.getCharHeight() / 5));\r
 775     }\r
 776 \r
 777     pg.setFont(av.getFont());\r
 778 \r
 779     // draw main sequence panel\r
 780     pg.translate(idWidth, 0);\r
 781     seqPanel.seqCanvas.drawPanel(pg, startRes, endRes, startSeq, endSeq, 0);\r
 782 \r
 783     if (av.showAnnotation && (endSeq == av.alignment.getHeight()))\r
 784     {\r
 785       pg.translate( -idWidth - 3, (endSeq - startSeq) * av.charHeight + 3);\r
 786       alabels.drawComponent( (Graphics2D) pg, idWidth);\r
 787       pg.translate(idWidth + 3, 0);\r
 788       annotationPanel.drawComponent( (Graphics2D) pg, startRes, endRes +\r
 789                                     1);\r
 790     }\r
 791 \r
 792     return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 793   }\r
 794 \r
 795   /**\r
 796    * DOCUMENT ME!\r
 797    *\r
 798    * @param pg DOCUMENT ME!\r
 799    * @param pwidth DOCUMENT ME!\r
 800    * @param pheight DOCUMENT ME!\r
 801    * @param pi DOCUMENT ME!\r
 802    *\r
 803    * @return DOCUMENT ME!\r
 804    *\r
 805    * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
 806    */\r
 807   public int printWrappedAlignment(Graphics pg, int pwidth, int pheight,\r
 808                                    int pi)\r
 809       throws PrinterException\r
 810   {\r
 811 \r
 812     int annotationHeight = 0;\r
 813     AnnotationLabels labels = null;\r
 814     if (av.showAnnotation)\r
 815     {\r
 816       annotationHeight = annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
 817       labels = new AnnotationLabels(av);\r
 818     }\r
 819 \r
 820     int hgap = av.charHeight;\r
 821     if (av.scaleAboveWrapped)\r
 822     {\r
 823       hgap += av.charHeight;\r
 824     }\r
 825 \r
 826     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 827         + hgap\r
 828         + annotationHeight;\r
 829 \r
 830     int idWidth = getVisibleIdWidth();\r
 831 \r
 832     int maxwidth = av.alignment.getWidth();\r
 833     if (av.hasHiddenColumns)\r
 834     {\r
 835       maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;\r
 836     }\r
 837 \r
 838     int resWidth = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(pwidth -\r
 839         idWidth);\r
 840 \r
 841     int totalHeight = cHeight * (maxwidth / resWidth + 1);\r
 842 \r
 843     pg.setColor(Color.white);\r
 844     pg.fillRect(0, 0, pwidth, pheight);\r
 845     pg.setFont(av.getFont());\r
 846 \r
 847     ////////////////\r
 848     // Draw the ids\r
 849     pg.setColor(Color.black);\r
 850 \r
 851     pg.translate(0, -pi * pheight);\r
 852 \r
 853     pg.setClip(0, pi * pheight, pwidth, pheight);\r
 854 \r
 855     int ypos = hgap;\r
 856 \r
 857     do\r
 858     {\r
 859       for (int i = 0; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
 860       {\r
 861         pg.setFont(idPanel.idCanvas.idfont);\r
 862         SequenceI s = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 863         String string = s.getDisplayId(av.getShowJVSuffix());\r
 864         int xPos = 0;\r
 865         if (av.rightAlignIds)\r
 866         {\r
 867           FontMetrics fm = pg.getFontMetrics();\r
 868           xPos = idWidth - fm.stringWidth(string) - 4;\r
 869         }\r
 870         pg.drawString(string, xPos,\r
 871                       ( (i * av.charHeight) + ypos + av.charHeight) -\r
 872                       (av.charHeight / 5));\r
 873       }\r
 874       if (labels != null)\r
 875       {\r
 876         pg.translate( -3,\r
 877                      ypos +\r
 878                      (av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight));\r
 879 \r
 880         pg.setFont(av.getFont());\r
 881         labels.drawComponent(pg, idWidth);\r
 882         pg.translate( +3,\r
 883                      -ypos -\r
 884                      (av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight));\r
 885       }\r
 886 \r
 887       ypos += cHeight;\r
 888     }\r
 889     while (ypos < totalHeight);\r
 890 \r
 891     pg.translate(idWidth, 0);\r
 892 \r
 893     seqPanel.seqCanvas.drawWrappedPanel(pg, pwidth - idWidth, totalHeight, 0);\r
 894 \r
 895     if ( (pi * pheight) < totalHeight)\r
 896     {\r
 897       return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 898 \r
 899     }\r
 900     else\r
 901     {\r
 902       return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 903     }\r
 904   }\r
 905 \r
 906   int getVisibleIdWidth()\r
 907   {\r
 908     return\r
 909         idPanel.getWidth() > 0 ? idPanel.getWidth() :\r
 910         calculateIdWidth().width + 4;\r
 911   }\r
 912 \r
 913   void makeAlignmentImage(int type, File file)\r
 914   {\r
 915     int maxwidth = av.alignment.getWidth();\r
 916     if (av.hasHiddenColumns)\r
 917     {\r
 918       maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth);\r
 919     }\r
 920 \r
 921     int height = ( (av.alignment.getHeight() + 1) * av.charHeight) + 30;\r
 922     int width = getVisibleIdWidth() + (maxwidth * av.charWidth);\r
 923 \r
 924     if (av.getWrapAlignment())\r
 925     {\r
 926       height = getWrappedHeight();\r
 927       if (System.getProperty("java.awt.headless") != null\r
 928           && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true"))\r
 929       {\r
 930         width = alignFrame.getWidth()\r
 931             - vscroll.getPreferredSize().width\r
 932             - alignFrame.getInsets().left\r
 933             - alignFrame.getInsets().right;\r
 934       }\r
 935       else\r
 936       {\r
 937         width = seqPanel.getWidth() + getVisibleIdWidth();\r
 938       }\r
 939 \r
 940     }\r
 941     else if (av.getShowAnnotation())\r
 942     {\r
 943       height += annotationPanel.adjustPanelHeight() + 3;\r
 944     }\r
 945 \r
 946     try\r
 947     {\r
 948 \r
 949       jalview.util.ImageMaker im;\r
 950       if (type == jalview.util.ImageMaker.PNG)\r
 951       {\r
 952         im = new jalview.util.ImageMaker(this,\r
 953                                          jalview.util.ImageMaker.PNG,\r
 954                                          "Create PNG image from alignment",\r
 955                                          width, height, file, null);\r
 956       }\r
 957       else\r
 958       {\r
 959         im = new jalview.util.ImageMaker(this,\r
 960                                          jalview.util.ImageMaker.EPS,\r
 961                                          "Create EPS file from alignment",\r
 962                                          width, height, file,\r
 963                                          alignFrame.getTitle());\r
 964       }\r
 965 \r
 966       if (av.getWrapAlignment())\r
 967       {\r
 968         if (im.getGraphics() != null)\r
 969         {\r
 970           printWrappedAlignment(im.getGraphics(), width, height, 0);\r
 971           im.writeImage();\r
 972         }\r
 973       }\r
 974       else\r
 975       {\r
 976         if (im.getGraphics() != null)\r
 977         {\r
 978           printUnwrapped(im.getGraphics(), width, height, 0);\r
 979           im.writeImage();\r
 980         }\r
 981       }\r
 982     }\r
 983     catch (OutOfMemoryError err)\r
 984     {\r
 985       System.out.println("########################\n"\r
 986                          + "OUT OF MEMORY " + file + "\n"\r
 987                          + "########################");\r
 988 \r
 989       JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
 990                                             "Out of Memory Creating Image!!"\r
 991                                             +\r
 992                                             "\nSee help files for increasing Java Virtual Machine memory."\r
 993                                             , "Out of memory",\r
 994                                             JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
 995       System.out.println("Create IMAGE: " + err);\r
 996       System.gc();\r
 997 \r
 998     }\r
 999     catch (Exception ex)\r
1000     {\r
1001       ex.printStackTrace();\r
1002     }\r
1003   }\r
1004 \r
1005   /**\r
1006    * DOCUMENT ME!\r
1007    */\r
1008   public void makeEPS(File epsFile)\r
1009   {\r
1010     makeAlignmentImage(jalview.util.ImageMaker.EPS, epsFile);\r
1011   }\r
1012 \r
1013   /**\r
1014    * DOCUMENT ME!\r
1015    */\r
1016   public void makePNG(File pngFile)\r
1017   {\r
1018     makeAlignmentImage(jalview.util.ImageMaker.PNG, pngFile);\r
1019   }\r
1020 \r
1021   public void makePNGImageMap(File imgMapFile, String imageName)\r
1022   {\r
1023     ///////ONLY WORKS WITH NONE WRAPPED ALIGNMENTS\r
1024     //////////////////////////////////////////////\r
1025     int idWidth = getVisibleIdWidth();\r
1026     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
1027     int scaleHeight = av.charHeight + fm.getDescent();\r
1028 \r
1029     // Gen image map\r
1030     //////////////////////////////////\r
1031     if (imgMapFile != null)\r
1032     {\r
1033       try\r
1034       {\r
1035         int s, sSize = av.alignment.getHeight(),\r
1036             res, alwidth = av.alignment.getWidth(), g, gSize, f, fSize, sy;\r
1037         StringBuffer text = new StringBuffer();\r
1038         PrintWriter out = new PrintWriter(new FileWriter(imgMapFile));\r
1039         out.println(jalview.io.HTMLOutput.getImageMapHTML());\r
1040         out.println("<img src=\"" + imageName +\r
1041                     "\" border=\"0\" usemap=\"#Map\" >"\r
1042                     + "<map name=\"Map\">");\r
1043 \r
1044         for (s = 0; s < sSize; s++)\r
1045         {\r
1046           sy = s * av.charHeight + scaleHeight;\r
1047 \r
1048           SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(s);\r
1049           SequenceFeature[] features = seq.getDatasetSequence().\r
1050               getSequenceFeatures();\r
1051           SequenceGroup[] groups = av.alignment.findAllGroups(seq);\r
1052           for (res = 0; res < alwidth; res++)\r
1053           {\r
1054             text = new StringBuffer();\r
1055             Object obj = null;\r
1056             if (av.alignment.isNucleotide())\r
1057             {\r
1058               obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(seq.getCharAt(res) +\r
1059                   "");\r
1060             }\r
1061             else\r
1062             {\r
1063               obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(\r
1064                   seq.getCharAt(res) + "");\r
1065             }\r
1066 \r
1067             if (obj == null)\r
1068             {\r
1069               continue;\r
1070             }\r
1071 \r
1072             String triplet = obj.toString();\r
1073             int alIndex = seq.findPosition(res);\r
1074             gSize = groups.length;\r
1075             for (g = 0; g < gSize; g++)\r
1076             {\r
1077               if (text.length() < 1)\r
1078               {\r
1079                 text.append("<area shape=\"rect\" coords=\""\r
1080                             + (idWidth + res * av.charWidth) + ","\r
1081                             + sy + ","\r
1082                             + (idWidth + (res + 1) * av.charWidth) + ","\r
1083                             + (av.charHeight + sy) + "\""\r
1084                             + " onMouseOver=\"toolTip('"\r
1085                             + alIndex + " " + triplet);\r
1086               }\r
1087 \r
1088               if (groups[g].getStartRes() < res && groups[g].getEndRes() > res)\r
1089               {\r
1090                 text.append("<br><em>" + groups[g].getName() + "</em>");\r
1091               }\r
1092             }\r
1093 \r
1094             if (features != null)\r
1095             {\r
1096               if (text.length() < 1)\r
1097               {\r
1098                 text.append("<area shape=\"rect\" coords=\""\r
1099                             + (idWidth + res * av.charWidth) + ","\r
1100                             + sy + ","\r
1101                             + (idWidth + (res + 1) * av.charWidth) + ","\r
1102                             + (av.charHeight + sy) + "\""\r
1103                             + " onMouseOver=\"toolTip('"\r
1104                             + alIndex + " " + triplet);\r
1105               }\r
1106               fSize = features.length;\r
1107               for (f = 0; f < fSize; f++)\r
1108               {\r
1109 \r
1110                 if ( (features[f].getBegin() <= seq.findPosition(res)) &&\r
1111                     (features[f].getEnd() >= seq.findPosition(res)))\r
1112                 {\r
1113                   if (features[f].getType().equals("disulfide bond"))\r
1114                   {\r
1115                     if (features[f].getBegin() == seq.findPosition(res)\r
1116                         || features[f].getEnd() == seq.findPosition(res))\r
1117                     {\r
1118                       text.append("<br>disulfide bond " + features[f].getBegin() +\r
1119                                   ":" +\r
1120                                   features[f].getEnd());\r
1121                     }\r
1122                   }\r
1123                   else\r
1124                   {\r
1125                     text.append("<br>");\r
1126                     text.append(features[f].getType());\r
1127                     if (features[f].getDescription() != null &&\r
1128                         !features[f].\r
1129                         getType().equals(features[f].getDescription()))\r
1130                     {\r
1131                       text.append(" " + features[f].getDescription());\r
1132                     }\r
1133 \r
1134                     if (features[f].getValue("status") != null)\r
1135                     {\r
1136                       text.append(" (" + features[f].getValue("status") + ")");\r
1137                     }\r
1138                   }\r
1139                 }\r
1140 \r
1141               }\r
1142             }\r
1143             if (text.length() > 1)\r
1144             {\r
1145               text.append("')\"; onMouseOut=\"toolTip()\";  href=\"#\">");\r
1146               out.println(text.toString());\r
1147             }\r
1148           }\r
1149         }\r
1150         out.println("</map></body></html>");\r
1151         out.close();\r
1152 \r
1153       }\r
1154       catch (Exception ex)\r
1155       {\r
1156         ex.printStackTrace();\r
1157       }\r
1158     } ///////////END OF IMAGE MAP\r
1159 \r
1160   }\r
1161 \r
1162   int getWrappedHeight()\r
1163   {\r
1164     int seqPanelWidth = seqPanel.seqCanvas.getWidth();\r
1165 \r
1166     if (System.getProperty("java.awt.headless") != null\r
1167         && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true"))\r
1168     {\r
1169       seqPanelWidth = alignFrame.getWidth()\r
1170           - getVisibleIdWidth()\r
1171           - vscroll.getPreferredSize().width\r
1172           - alignFrame.getInsets().left\r
1173           - alignFrame.getInsets().right;\r
1174     }\r
1175 \r
1176     int chunkWidth = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(\r
1177         seqPanelWidth\r
1178         );\r
1179 \r
1180     int hgap = av.charHeight;\r
1181     if (av.scaleAboveWrapped)\r
1182     {\r
1183       hgap += av.charHeight;\r
1184     }\r
1185 \r
1186     int annotationHeight = 0;\r
1187     if (av.showAnnotation)\r
1188     {\r
1189       annotationHeight = annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
1190     }\r
1191 \r
1192     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
1193         + hgap\r
1194         + annotationHeight;\r
1195 \r
1196     int maxwidth = av.alignment.getWidth();\r
1197     if (av.hasHiddenColumns)\r
1198     {\r
1199       maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;\r
1200     }\r
1201 \r
1202     int height = ( (maxwidth / chunkWidth) + 1) * cHeight;\r
1203 \r
1204     return height;\r
1205   }\r
1206 }\r