src/jalview/gui/AlignmentPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.jbgui.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.schemes.*;\r
  26 \r
  27 import java.awt.*;\r
  28 import java.awt.event.*;\r
  29 import java.awt.print.*;\r
  30 \r
  31 import java.io.*;\r
  32 \r
  33 import javax.swing.*;\r
  34 \r
  35 \r
  36 /**\r
  37  * DOCUMENT ME!\r
  38  *\r
  39  * @author $author$\r
  40  * @version $Revision$\r
  41  */\r
  42 public class AlignmentPanel extends GAlignmentPanel\r
  43     implements AdjustmentListener, Printable\r
  44 {\r
  45   public AlignViewport av;\r
  46   OverviewPanel overviewPanel;\r
  47   SeqPanel seqPanel;\r
  48   IdPanel idPanel;\r
  49   IdwidthAdjuster idwidthAdjuster;\r
  50 \r
  51   /** DOCUMENT ME!! */\r
  52   public AlignFrame alignFrame;\r
  53   ScalePanel scalePanel;\r
  54   AnnotationPanel annotationPanel;\r
  55   AnnotationLabels alabels;\r
  56 \r
  57   // this value is set false when selection area being dragged\r
  58   boolean fastPaint = true;\r
  59   int hextent = 0;\r
  60   int vextent = 0;\r
  61 \r
  62   /**\r
  63    * Creates a new AlignmentPanel object.\r
  64    *\r
  65    * @param af DOCUMENT ME!\r
  66    * @param av DOCUMENT ME!\r
  67    */\r
  68   public AlignmentPanel(AlignFrame af, final AlignViewport av)\r
  69   {\r
  70     alignFrame = af;\r
  71     this.av = av;\r
  72     seqPanel = new SeqPanel(av, this);\r
  73     idPanel = new IdPanel(av, this);\r
  74 \r
  75     scalePanel = new ScalePanel(av, this);\r
  76 \r
  77     idPanelHolder.add(idPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  78     idwidthAdjuster = new IdwidthAdjuster(this);\r
  79     idSpaceFillerPanel1.add(idwidthAdjuster, BorderLayout.CENTER);\r
  80 \r
  81     annotationPanel = new AnnotationPanel(this);\r
  82     alabels = new AnnotationLabels(this);\r
  83 \r
  84 \r
  85     annotationScroller.setViewportView(annotationPanel);\r
  86     annotationSpaceFillerHolder.add(alabels, BorderLayout.CENTER);\r
  87 \r
  88     fontChanged();\r
  89 \r
  90     scalePanelHolder.add(scalePanel, BorderLayout.CENTER);\r
  91     seqPanelHolder.add(seqPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  92 \r
  93     setScrollValues(0, 0);\r
  94 \r
  95     adjustAnnotationHeight();\r
  96 \r
  97     setAnnotationVisible(av.getShowAnnotation());\r
  98 \r
  99     hscroll.addAdjustmentListener(this);\r
 100     vscroll.addAdjustmentListener(this);\r
 101 \r
 102     af.addKeyListener(new KeyAdapter()\r
 103     {\r
 104       public void keyPressed(KeyEvent evt)\r
 105       {\r
 106         if(av.cursorMode\r
 107            && evt.getKeyCode()>=KeyEvent.VK_0\r
 108            && evt.getKeyCode()<=KeyEvent.VK_9)\r
 109         {\r
 110           seqPanel.numberPressed(evt.getKeyChar());\r
 111         }\r
 112 \r
 113         switch (evt.getKeyCode())\r
 114         {\r
 115           case 27: // escape key\r
 116             alignFrame.deselectAllSequenceMenuItem_actionPerformed(null);\r
 117 \r
 118             break;\r
 119 \r
 120           case KeyEvent.VK_DOWN:\r
 121             if(av.cursorMode)\r
 122             {\r
 123               seqPanel.moveCursor(0,1);\r
 124             }\r
 125             else\r
 126               alignFrame.moveSelectedSequences(false);\r
 127             break;\r
 128 \r
 129           case KeyEvent.VK_UP:\r
 130             if (av.cursorMode)\r
 131             {\r
 132               seqPanel.moveCursor(0,-1);\r
 133             }\r
 134             else\r
 135               alignFrame.moveSelectedSequences(true);\r
 136             break;\r
 137 \r
 138           case KeyEvent.VK_LEFT:\r
 139             if(av.cursorMode)\r
 140             {\r
 141               seqPanel.moveCursor(-1,0);\r
 142             }\r
 143             break;\r
 144 \r
 145           case KeyEvent.VK_RIGHT:\r
 146             if (av.cursorMode)\r
 147             {\r
 148               seqPanel.moveCursor(1,0);\r
 149             }\r
 150             break;\r
 151 \r
 152           case KeyEvent.VK_SPACE:\r
 153             if(av.cursorMode)\r
 154             {\r
 155               seqPanel.insertGapAtCursor(evt.isControlDown() || evt.isShiftDown());\r
 156             }\r
 157             break;\r
 158 \r
 159           case KeyEvent.VK_DELETE:\r
 160           case KeyEvent.VK_BACK_SPACE:\r
 161             if(!av.cursorMode)\r
 162             {\r
 163               alignFrame.cut_actionPerformed(null);\r
 164               seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 165             }\r
 166             else\r
 167               seqPanel.deleteGapAtCursor(evt.isControlDown() || evt.isShiftDown());\r
 168 \r
 169             break;\r
 170 \r
 171           case KeyEvent.VK_S:\r
 172             if(av.cursorMode)\r
 173             {\r
 174               seqPanel.setCursorRow();\r
 175             }\r
 176             break;\r
 177           case KeyEvent.VK_C:\r
 178             if(av.cursorMode && !evt.isControlDown())\r
 179             {\r
 180               seqPanel.setCursorColumn();\r
 181             }\r
 182             break;\r
 183           case KeyEvent.VK_P:\r
 184             if(av.cursorMode)\r
 185             {\r
 186               seqPanel.setCursorPosition();\r
 187             }\r
 188             break;\r
 189 \r
 190           case KeyEvent.VK_ENTER:\r
 191           case KeyEvent.VK_COMMA:\r
 192             if(av.cursorMode)\r
 193             {\r
 194               seqPanel.setCursorRowAndColumn();\r
 195             }\r
 196             break;\r
 197 \r
 198           case KeyEvent.VK_Q:\r
 199             if(av.cursorMode)\r
 200             {\r
 201               seqPanel.setSelectionAreaAtCursor(true);\r
 202             }\r
 203             break;\r
 204           case KeyEvent.VK_M:\r
 205             if(av.cursorMode)\r
 206             {\r
 207               seqPanel.setSelectionAreaAtCursor(false);\r
 208             }\r
 209             break;\r
 210 \r
 211          case KeyEvent.VK_F2:\r
 212            av.cursorMode = ! av.cursorMode;\r
 213            alignFrame.statusBar.setText("Keyboard editing mode is "+\r
 214                (av.cursorMode ? "on" : "off"));\r
 215            if(av.cursorMode)\r
 216            {\r
 217              seqPanel.seqCanvas.cursorX = av.startRes;\r
 218              seqPanel.seqCanvas.cursorY = av.startSeq;\r
 219            }\r
 220            seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 221            break;\r
 222 \r
 223           case KeyEvent.VK_F1:\r
 224             try\r
 225             {\r
 226               ClassLoader cl = jalview.gui.Desktop.class.getClassLoader();\r
 227               java.net.URL url = javax.help.HelpSet.findHelpSet(cl, "help/help");\r
 228               javax.help.HelpSet hs = new javax.help.HelpSet(cl, url);\r
 229 \r
 230               javax.help.HelpBroker hb = hs.createHelpBroker();\r
 231               hb.setCurrentID("home");\r
 232               hb.setDisplayed(true);\r
 233             }\r
 234             catch (Exception ex)\r
 235             {\r
 236               ex.printStackTrace();\r
 237             }\r
 238             break;\r
 239 \r
 240         }\r
 241       }\r
 242     });\r
 243   }\r
 244 \r
 245   /**\r
 246    * DOCUMENT ME!\r
 247    */\r
 248   public void fontChanged()\r
 249   {\r
 250     // set idCanvas bufferedImage to null\r
 251     // to prevent drawing old image\r
 252     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 253 \r
 254     scalePanelHolder.setPreferredSize(new Dimension(10,\r
 255         av.charHeight + fm.getDescent()));\r
 256     idSpaceFillerPanel1.setPreferredSize(new Dimension(10,\r
 257         av.charHeight + fm.getDescent()));\r
 258 \r
 259     idPanel.idCanvas.gg = null;\r
 260     seqPanel.seqCanvas.img = null;\r
 261     annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
 262 \r
 263     Dimension d = calculateIdWidth();\r
 264     d.setSize(d.width + 4, d.height);\r
 265     idPanel.idCanvas.setPreferredSize(d);\r
 266     hscrollFillerPanel.setPreferredSize(d);\r
 267 \r
 268     if (av.getWrapAlignment())\r
 269     {\r
 270       int max = av.alignment.getWidth() /\r
 271           seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getWidth());\r
 272       vscroll.setMaximum(max);\r
 273       vscroll.setUnitIncrement(1);\r
 274       vscroll.setVisibleAmount(1);\r
 275     }\r
 276     else\r
 277     {\r
 278       setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
 279     }\r
 280 \r
 281     if (overviewPanel != null)\r
 282       overviewPanel.setBoxPosition();\r
 283 \r
 284     repaint();\r
 285   }\r
 286 \r
 287   /**\r
 288    * DOCUMENT ME!\r
 289    *\r
 290    * @return DOCUMENT ME!\r
 291    */\r
 292   public Dimension calculateIdWidth()\r
 293   {\r
 294     Container c = new Container();\r
 295 \r
 296     FontMetrics fm = c.getFontMetrics(av.font);\r
 297     AlignmentI al = av.getAlignment();\r
 298 \r
 299     int i = 0;\r
 300     int idWidth = 0;\r
 301     String id;\r
 302 \r
 303     while ( (i < al.getHeight()) && (al.getSequenceAt(i) != null))\r
 304     {\r
 305       SequenceI s = al.getSequenceAt(i);\r
 306 \r
 307       id = s.getDisplayId(av.getShowJVSuffix());\r
 308 \r
 309       if (fm.stringWidth(id) > idWidth)\r
 310       {\r
 311         idWidth = fm.stringWidth(id);\r
 312       }\r
 313 \r
 314       i++;\r
 315     }\r
 316 \r
 317     // Also check annotation label widths\r
 318     i = 0;\r
 319 \r
 320     if (al.getAlignmentAnnotation() != null)\r
 321     {\r
 322       fm = c.getFontMetrics(alabels.getFont());\r
 323 \r
 324       while (i < al.getAlignmentAnnotation().length)\r
 325       {\r
 326         String label = al.getAlignmentAnnotation()[i].label;\r
 327 \r
 328         if (fm.stringWidth(label) > idWidth)\r
 329         {\r
 330           idWidth = fm.stringWidth(label);\r
 331         }\r
 332 \r
 333         i++;\r
 334       }\r
 335     }\r
 336 \r
 337     return new Dimension(idWidth, 12);\r
 338   }\r
 339 \r
 340   /**\r
 341    * DOCUMENT ME!\r
 342    *\r
 343    * @param results DOCUMENT ME!\r
 344    */\r
 345   public void highlightSearchResults(SearchResults results)\r
 346   {\r
 347     seqPanel.seqCanvas.highlightSearchResults(results);\r
 348 \r
 349     // do we need to scroll the panel?\r
 350     if (results != null)\r
 351     {\r
 352       SequenceI seq = results.getResultSequence(0);\r
 353       int seqIndex = av.alignment.findIndex(seq);\r
 354       int start = seq.findIndex(results.getResultStart(0)) - 1;\r
 355       int end = seq.findIndex(results.getResultEnd(0)) - 1;\r
 356 \r
 357       if(!av.wrapAlignment)\r
 358       {\r
 359         if ( (av.getStartRes() > end)  || (av.getEndRes() < start) ||\r
 360            ( (av.getStartSeq() > seqIndex) || (av.getEndSeq() < seqIndex)))\r
 361         {\r
 362           setScrollValues(start, seqIndex);\r
 363         }\r
 364       }\r
 365       else\r
 366       {\r
 367         scrollToWrappedVisible(start);\r
 368       }\r
 369     }\r
 370   }\r
 371 \r
 372   void scrollToWrappedVisible(int res)\r
 373   {\r
 374     int cwidth = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getWidth());\r
 375     if( res<=av.getStartRes() || res>=(av.getStartRes()+cwidth) )\r
 376     {\r
 377       vscroll.setValue(res / cwidth);\r
 378       av.startRes = vscroll.getValue() * cwidth;\r
 379     }\r
 380   }\r
 381 \r
 382   /**\r
 383    * DOCUMENT ME!\r
 384    *\r
 385    * @return DOCUMENT ME!\r
 386    */\r
 387   public OverviewPanel getOverviewPanel()\r
 388   {\r
 389     return overviewPanel;\r
 390   }\r
 391 \r
 392   /**\r
 393    * DOCUMENT ME!\r
 394    *\r
 395    * @param op DOCUMENT ME!\r
 396    */\r
 397   public void setOverviewPanel(OverviewPanel op)\r
 398   {\r
 399     overviewPanel = op;\r
 400   }\r
 401 \r
 402   /**\r
 403    * DOCUMENT ME!\r
 404    *\r
 405    * @param b DOCUMENT ME!\r
 406    */\r
 407   public void setAnnotationVisible(boolean b)\r
 408   {\r
 409     if (!av.wrapAlignment)\r
 410     {\r
 411       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(b);\r
 412       annotationScroller.setVisible(b);\r
 413     }\r
 414     repaint();\r
 415   }\r
 416 \r
 417   public void adjustAnnotationHeight()\r
 418   {\r
 419     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 420     {\r
 421       public void run()\r
 422       {\r
 423           while(alignFrame.getHeight()==0)\r
 424           {\r
 425             Thread.yield();\r
 426           }\r
 427 \r
 428         int height = annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
 429 \r
 430         if (height > alignFrame.getHeight() / 2)\r
 431         {\r
 432           height = alignFrame.getHeight() / 2;\r
 433         }\r
 434 \r
 435         annotationScroller.setPreferredSize(\r
 436             new Dimension(annotationScroller.getWidth(),\r
 437                           height));\r
 438 \r
 439         annotationSpaceFillerHolder.setPreferredSize(new Dimension(\r
 440             annotationSpaceFillerHolder.getWidth(),\r
 441             height));\r
 442 \r
 443         annotationPanel.repaint();\r
 444       }\r
 445     });\r
 446   }\r
 447 \r
 448   /**\r
 449    * DOCUMENT ME!\r
 450    *\r
 451    * @param wrap DOCUMENT ME!\r
 452    */\r
 453   public void setWrapAlignment(boolean wrap)\r
 454   {\r
 455     av.startSeq = 0;\r
 456     scalePanelHolder.setVisible(!wrap);\r
 457     hscroll.setVisible(!wrap);\r
 458     idwidthAdjuster.setVisible(!wrap);\r
 459 \r
 460     if (wrap)\r
 461     {\r
 462       annotationScroller.setVisible(false);\r
 463       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(false);\r
 464     }\r
 465     else if (av.showAnnotation)\r
 466     {\r
 467       annotationScroller.setVisible(true);\r
 468       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(true);\r
 469     }\r
 470 \r
 471     idSpaceFillerPanel1.setVisible(!wrap);\r
 472 \r
 473     repaint();\r
 474   }\r
 475 \r
 476   // return value is true if the scroll is valid\r
 477   public boolean scrollUp(boolean up)\r
 478   {\r
 479     if (up)\r
 480     {\r
 481       if (vscroll.getValue() < 1)\r
 482       {\r
 483         return false;\r
 484       }\r
 485 \r
 486       fastPaint = false;\r
 487       vscroll.setValue(vscroll.getValue() - 1);\r
 488     }\r
 489     else\r
 490     {\r
 491       if ( (vextent + vscroll.getValue()) >= av.getAlignment().getHeight())\r
 492       {\r
 493         return false;\r
 494       }\r
 495 \r
 496       fastPaint = false;\r
 497       vscroll.setValue(vscroll.getValue() + 1);\r
 498     }\r
 499 \r
 500     fastPaint = true;\r
 501 \r
 502     return true;\r
 503   }\r
 504 \r
 505   /**\r
 506    * DOCUMENT ME!\r
 507    *\r
 508    * @param right DOCUMENT ME!\r
 509    *\r
 510    * @return DOCUMENT ME!\r
 511    */\r
 512   public boolean scrollRight(boolean right)\r
 513   {\r
 514     if (!right)\r
 515     {\r
 516       if (hscroll.getValue() < 1)\r
 517       {\r
 518         return false;\r
 519       }\r
 520 \r
 521       fastPaint = false;\r
 522       hscroll.setValue(hscroll.getValue() - 1);\r
 523     }\r
 524     else\r
 525     {\r
 526       if ( (hextent + hscroll.getValue()) >= av.getAlignment().getWidth())\r
 527       {\r
 528         return false;\r
 529       }\r
 530 \r
 531       fastPaint = false;\r
 532       hscroll.setValue(hscroll.getValue() + 1);\r
 533     }\r
 534 \r
 535     fastPaint = true;\r
 536 \r
 537     return true;\r
 538   }\r
 539 \r
 540   /**\r
 541    * DOCUMENT ME!\r
 542    *\r
 543    * @param x DOCUMENT ME!\r
 544    * @param y DOCUMENT ME!\r
 545    */\r
 546   public void setScrollValues(int x, int y)\r
 547   {\r
 548 \r
 549     int width = av.alignment.getWidth();\r
 550     int height = av.alignment.getHeight();\r
 551 \r
 552     if(av.hasHiddenColumns)\r
 553      width = av.getColumnSelection().findColumnPosition(width);\r
 554 \r
 555     av.setEndRes( (x + (seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.charWidth)) -1);\r
 556 \r
 557     hextent = seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.charWidth;\r
 558     vextent = seqPanel.seqCanvas.getHeight() / av.charHeight;\r
 559 \r
 560     if (hextent > width)\r
 561     {\r
 562       hextent = width;\r
 563     }\r
 564 \r
 565     if (vextent > height)\r
 566     {\r
 567       vextent = height;\r
 568     }\r
 569 \r
 570     if ( (hextent + x) > width)\r
 571     {\r
 572       x = width - hextent;\r
 573     }\r
 574 \r
 575     if ( (vextent + y) > height)\r
 576     {\r
 577       y = height - vextent;\r
 578     }\r
 579 \r
 580     if (y < 0)\r
 581     {\r
 582       y = 0;\r
 583     }\r
 584 \r
 585     if (x < 0)\r
 586     {\r
 587       x = 0;\r
 588     }\r
 589 \r
 590     hscroll.setValues(x, hextent, 0, width);\r
 591     vscroll.setValues(y, vextent, 0, height);\r
 592   }\r
 593 \r
 594   /**\r
 595    * DOCUMENT ME!\r
 596    *\r
 597    * @param evt DOCUMENT ME!\r
 598    */\r
 599   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
 600   {\r
 601 \r
 602     int oldX = av.getStartRes();\r
 603     int oldY = av.getStartSeq();\r
 604 \r
 605     if (evt.getSource() == hscroll)\r
 606     {\r
 607       int x = hscroll.getValue();\r
 608       av.setStartRes(x);\r
 609       av.setEndRes( (x +\r
 610                      (seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.getCharWidth())) - 1);\r
 611     }\r
 612 \r
 613     if (evt.getSource() == vscroll)\r
 614     {\r
 615       int offy = vscroll.getValue();\r
 616 \r
 617       if (av.getWrapAlignment())\r
 618       {\r
 619         if(offy>-1)\r
 620         {\r
 621           int rowSize = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.\r
 622               seqCanvas.getWidth());\r
 623           av.setStartRes(offy * rowSize);\r
 624           av.setEndRes( (offy + 1) * rowSize);\r
 625         }\r
 626         else\r
 627         {\r
 628           //This is only called if file loaded is a jar file that\r
 629           //was wrapped when saved and user has wrap alignment true\r
 630           //as preference setting\r
 631           SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 632               {\r
 633                 public void run()\r
 634                 {\r
 635                   setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
 636                 }\r
 637               });\r
 638         }\r
 639       }\r
 640       else\r
 641       {\r
 642         av.setStartSeq(offy);\r
 643         av.setEndSeq(offy +\r
 644                      (seqPanel.seqCanvas.getHeight() / av.getCharHeight()));\r
 645       }\r
 646     }\r
 647 \r
 648     if (overviewPanel != null)\r
 649     {\r
 650       overviewPanel.setBoxPosition();\r
 651     }\r
 652 \r
 653     int scrollX = av.startRes - oldX;\r
 654     int scrollY = av.startSeq - oldY;\r
 655 \r
 656     if (av.getWrapAlignment() || !fastPaint)\r
 657     {\r
 658       repaint();\r
 659     }\r
 660     else\r
 661     {\r
 662       // Make sure we're not trying to draw a panel\r
 663       // larger than the visible window\r
 664       if(scrollX>av.endRes-av.startRes)\r
 665         scrollX = av.endRes-av.startRes;\r
 666       else if(scrollX<av.startRes-av.endRes)\r
 667         scrollX = av.startRes - av.endRes;\r
 668 \r
 669       if(scrollX!=0 || scrollY!=0)\r
 670       {\r
 671         idPanel.idCanvas.fastPaint(scrollY);\r
 672         seqPanel.seqCanvas.fastPaint(scrollX,\r
 673                                      scrollY);\r
 674         scalePanel.repaint();\r
 675 \r
 676         if (av.getShowAnnotation())\r
 677         {\r
 678           annotationPanel.fastPaint(scrollX);\r
 679         }\r
 680       }\r
 681     }\r
 682   }\r
 683 \r
 684   /**\r
 685    * DOCUMENT ME!\r
 686    *\r
 687    * @param g DOCUMENT ME!\r
 688    */\r
 689   public void paintComponent(Graphics g)\r
 690   {\r
 691     invalidate();\r
 692 \r
 693     Dimension d = idPanel.idCanvas.getPreferredSize();\r
 694     idPanelHolder.setPreferredSize(d);\r
 695     hscrollFillerPanel.setPreferredSize(new Dimension(d.width, 12));\r
 696     validate();\r
 697 \r
 698     if (av.getWrapAlignment())\r
 699     {\r
 700       int maxwidth = av.alignment.getWidth();\r
 701 \r
 702       if (av.hasHiddenColumns)\r
 703         maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;\r
 704 \r
 705       int max = maxwidth /\r
 706           seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getWidth()) +\r
 707           1;\r
 708 \r
 709 \r
 710       vscroll.setMaximum(max);\r
 711       vscroll.setUnitIncrement(1);\r
 712       vscroll.setVisibleAmount(1);\r
 713     }\r
 714     else\r
 715     {\r
 716       setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
 717     }\r
 718 \r
 719     if( this.getVisibleRect().getBounds() == g.getClipBounds()\r
 720         && overviewPanel != null)\r
 721         overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 722 \r
 723   }\r
 724 \r
 725   /**\r
 726    * DOCUMENT ME!\r
 727    *\r
 728    * @param pg DOCUMENT ME!\r
 729    * @param pf DOCUMENT ME!\r
 730    * @param pi DOCUMENT ME!\r
 731    *\r
 732    * @return DOCUMENT ME!\r
 733    *\r
 734    * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
 735    */\r
 736   public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi)\r
 737       throws PrinterException\r
 738   {\r
 739     pg.translate( (int) pf.getImageableX(), (int) pf.getImageableY());\r
 740 \r
 741     int pwidth = (int) pf.getImageableWidth();\r
 742     int pheight = (int) pf.getImageableHeight();\r
 743 \r
 744     if (av.getWrapAlignment())\r
 745     {\r
 746       return printWrappedAlignment(pg, pwidth, pheight, pi);\r
 747     }\r
 748     else\r
 749     {\r
 750       return printUnwrapped(pg, pwidth, pheight, pi);\r
 751     }\r
 752   }\r
 753 \r
 754   /**\r
 755    * DOCUMENT ME!\r
 756    *\r
 757    * @param pg DOCUMENT ME!\r
 758    * @param pwidth DOCUMENT ME!\r
 759    * @param pheight DOCUMENT ME!\r
 760    * @param pi DOCUMENT ME!\r
 761    *\r
 762    * @return DOCUMENT ME!\r
 763    *\r
 764    * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
 765    */\r
 766   public int printUnwrapped(Graphics pg, int pwidth, int pheight, int pi)\r
 767       throws PrinterException\r
 768   {\r
 769     int idWidth = calculateIdWidth().width + 4;\r
 770     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 771     int scaleHeight = av.charHeight + fm.getDescent();\r
 772 \r
 773     pg.setColor(Color.white);\r
 774     pg.fillRect(0, 0, pwidth, pheight);\r
 775     pg.setFont(av.getFont());\r
 776 \r
 777     ////////////////////////////////////\r
 778     /// How many sequences and residues can we fit on a printable page?\r
 779     int totalRes = (pwidth - idWidth) / av.getCharWidth();\r
 780 \r
 781     int totalSeq = (int) ( (pheight - scaleHeight) / av.getCharHeight()) -\r
 782         1;\r
 783 \r
 784     int pagesWide = (av.getAlignment().getWidth() / totalRes) + 1;\r
 785 \r
 786     /////////////////////////////\r
 787     /// Only print these sequences and residues on this page\r
 788     int startRes;\r
 789 \r
 790     /////////////////////////////\r
 791     /// Only print these sequences and residues on this page\r
 792     int endRes;\r
 793 \r
 794     /////////////////////////////\r
 795     /// Only print these sequences and residues on this page\r
 796     int startSeq;\r
 797 \r
 798     /////////////////////////////\r
 799     /// Only print these sequences and residues on this page\r
 800     int endSeq;\r
 801     startRes = (pi % pagesWide) * totalRes;\r
 802     endRes = (startRes + totalRes) - 1;\r
 803 \r
 804     if (endRes > (av.getAlignment().getWidth() - 1))\r
 805     {\r
 806       endRes = av.getAlignment().getWidth() - 1;\r
 807     }\r
 808 \r
 809     startSeq = (pi / pagesWide) * totalSeq;\r
 810     endSeq = startSeq + totalSeq;\r
 811 \r
 812     if (endSeq > av.getAlignment().getHeight())\r
 813     {\r
 814       endSeq = av.getAlignment().getHeight();\r
 815     }\r
 816 \r
 817     int pagesHigh = ( (av.alignment.getHeight() / totalSeq) + 1) * pheight;\r
 818 \r
 819     if (av.showAnnotation)\r
 820     {\r
 821       pagesHigh += annotationPanel.adjustPanelHeight() + 3;\r
 822     }\r
 823 \r
 824     pagesHigh /= pheight;\r
 825 \r
 826     if (pi >= (pagesWide * pagesHigh))\r
 827     {\r
 828       return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 829     }\r
 830 \r
 831     //draw Scale\r
 832     pg.translate(idWidth, 0);\r
 833     scalePanel.drawScale(pg, startRes, endRes, pwidth - idWidth, scaleHeight);\r
 834     pg.translate( -idWidth, scaleHeight);\r
 835 \r
 836     ////////////////\r
 837     // Draw the ids\r
 838     Color currentColor = null;\r
 839     Color currentTextColor = null;\r
 840 \r
 841     pg.setFont(new Font(av.getFont().getName(),\r
 842                         Font.ITALIC,\r
 843                         av.getFont().getSize()));\r
 844     for (int i = startSeq; i < endSeq; i++)\r
 845     {\r
 846       if ( (av.getSelectionGroup() != null) &&\r
 847           av.getSelectionGroup().getSequences(false).contains(\r
 848               av.getAlignment().getSequenceAt(i)))\r
 849       {\r
 850         currentColor = Color.gray;\r
 851         currentTextColor = Color.black;\r
 852       }\r
 853       else\r
 854       {\r
 855         currentColor = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getColor();\r
 856         currentTextColor = Color.black;\r
 857       }\r
 858 \r
 859       pg.setColor(currentColor);\r
 860       pg.fillRect(0, (i - startSeq) * av.charHeight, idWidth,\r
 861                   av.getCharHeight());\r
 862 \r
 863       pg.setColor(currentTextColor);\r
 864 \r
 865       String string = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getDisplayId\r
 866           ( av.getShowJVSuffix());\r
 867 \r
 868       pg.drawString(string, 0,\r
 869                     ( ( (i - startSeq) * av.charHeight) + av.getCharHeight()) -\r
 870                     (av.getCharHeight() / 5));\r
 871     }\r
 872 \r
 873     pg.setFont(av.getFont());\r
 874 \r
 875     // draw main sequence panel\r
 876     pg.translate(idWidth, 0);\r
 877     seqPanel.seqCanvas.drawPanel(pg, startRes, endRes, startSeq, endSeq, 0);\r
 878 \r
 879     if (av.showAnnotation && (endSeq == av.alignment.getHeight()))\r
 880     {\r
 881       pg.translate( -idWidth-3, (endSeq - startSeq) * av.charHeight + 3);\r
 882       alabels.drawComponent( (Graphics2D) pg, idWidth);\r
 883       pg.translate(idWidth+3, 0);\r
 884       annotationPanel.drawComponent( (Graphics2D) pg, startRes, endRes +\r
 885                                     1);\r
 886     }\r
 887 \r
 888     return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 889   }\r
 890 \r
 891   /**\r
 892    * DOCUMENT ME!\r
 893    *\r
 894    * @param pg DOCUMENT ME!\r
 895    * @param pwidth DOCUMENT ME!\r
 896    * @param pheight DOCUMENT ME!\r
 897    * @param pi DOCUMENT ME!\r
 898    *\r
 899    * @return DOCUMENT ME!\r
 900    *\r
 901    * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
 902    */\r
 903   public int printWrappedAlignment(Graphics pg, int pwidth, int pheight,\r
 904                                    int pi)\r
 905       throws PrinterException\r
 906   {\r
 907 \r
 908     int annotationHeight = 0;\r
 909     AnnotationLabels labels = null;\r
 910     if (av.showAnnotation)\r
 911     {\r
 912       annotationHeight = annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
 913       labels = new AnnotationLabels(av);\r
 914     }\r
 915 \r
 916     int hgap = av.charHeight;\r
 917     if (av.scaleAboveWrapped)\r
 918       hgap += av.charHeight;\r
 919 \r
 920     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 921         + hgap\r
 922         + annotationHeight;\r
 923 \r
 924     int idWidth = calculateIdWidth().width + 4;\r
 925 \r
 926     int maxwidth = av.alignment.getWidth();\r
 927     if (av.hasHiddenColumns)\r
 928       maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;\r
 929 \r
 930 \r
 931     int resWidth = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(pwidth -\r
 932         idWidth);\r
 933 \r
 934     int totalHeight = cHeight * (maxwidth / resWidth + 1);\r
 935 \r
 936     pg.setColor(Color.white);\r
 937     pg.fillRect(0, 0, pwidth, pheight);\r
 938     pg.setFont(av.getFont());\r
 939 \r
 940     ////////////////\r
 941     // Draw the ids\r
 942     pg.setColor(Color.black);\r
 943 \r
 944     pg.translate(0, -pi * pheight);\r
 945 \r
 946     pg.setClip(0, pi * pheight, pwidth, pheight);\r
 947 \r
 948     int ypos = hgap;\r
 949     Font italic = new Font(av.getFont().getName(), Font.ITALIC,\r
 950                            av.getFont().getSize());\r
 951     pg.setFont(italic);\r
 952 \r
 953     do\r
 954     {\r
 955       for (int i = 0; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
 956       {\r
 957         SequenceI s = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 958         String string = s.getDisplayId( av.getShowJVSuffix());\r
 959 \r
 960         pg.drawString(string, 0,\r
 961                       ( (i * av.charHeight) + ypos + av.charHeight) -\r
 962                       (av.charHeight / 5));\r
 963       }\r
 964       if (labels != null)\r
 965       {\r
 966         pg.translate(-3,\r
 967                      ypos +\r
 968                      (av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight));\r
 969 \r
 970         pg.setFont(av.getFont());\r
 971         labels.drawComponent(pg, idWidth);\r
 972         pg.setFont(italic);\r
 973         pg.translate(+3,\r
 974                      -ypos -\r
 975                      (av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight));\r
 976       }\r
 977 \r
 978       ypos += cHeight;\r
 979     }\r
 980     while (ypos < totalHeight);\r
 981 \r
 982     pg.translate(idWidth, 0);\r
 983 \r
 984     seqPanel.seqCanvas.drawWrappedPanel(pg, pwidth - idWidth, totalHeight, 0);\r
 985 \r
 986     if ( (pi * pheight) < totalHeight)\r
 987     {\r
 988       return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 989 \r
 990     }\r
 991     else\r
 992     {\r
 993       return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 994     }\r
 995   }\r
 996 \r
 997   void makeAlignmentImage(int type, File file)\r
 998   {\r
 999     int maxwidth = av.alignment.getWidth();\r
1000     if (av.hasHiddenColumns)\r
1001       maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth);\r
1002 \r
1003     int height = ( (av.alignment.getHeight() + 1) * av.charHeight) + 30;\r
1004     int width = idPanel.getWidth() + (maxwidth * av.charWidth);\r
1005     if (idPanel.getWidth() == 0)\r
1006     {\r
1007       width += calculateIdWidth().getWidth() + 4;\r
1008     }\r
1009 \r
1010     if (av.getWrapAlignment())\r
1011     {\r
1012       height = getWrappedHeight();\r
1013       if (System.getProperty("java.awt.headless") != null\r
1014           && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true"))\r
1015       {\r
1016         width = alignFrame.getWidth() - 22;\r
1017       }\r
1018       else\r
1019         width = seqPanel.getWidth() + idPanel.getWidth();\r
1020 \r
1021     }\r
1022     else if (av.getShowAnnotation())\r
1023     {\r
1024       height += annotationPanel.adjustPanelHeight() + 3;\r
1025     }\r
1026 \r
1027     jalview.util.ImageMaker im;\r
1028     if(type==jalview.util.ImageMaker.PNG)\r
1029       im  = new jalview.util.ImageMaker(this,\r
1030                                         jalview.util.ImageMaker.PNG,\r
1031                                         "Create PNG image from alignment",\r
1032                                         width, height, file, null);\r
1033     else\r
1034       im = new jalview.util.ImageMaker(this,\r
1035                                         jalview.util.ImageMaker.EPS,\r
1036                                        "Create EPS file from alignment",\r
1037                                         width, height, file, alignFrame.getTitle() );\r
1038 \r
1039     try\r
1040     {\r
1041       if (av.getWrapAlignment())\r
1042       {\r
1043         if(im.getGraphics()!=null)\r
1044         {\r
1045           printWrappedAlignment(im.getGraphics(), width, height, 0);\r
1046           im.writeImage();\r
1047         }\r
1048       }\r
1049       else\r
1050       {\r
1051         if(im.getGraphics()!=null)\r
1052         {\r
1053           printUnwrapped(im.getGraphics(), width, height, 0);\r
1054           im.writeImage();\r
1055         }\r
1056       }\r
1057     }\r
1058     catch (OutOfMemoryError err)\r
1059     {\r
1060       System.out.println("########################\n"\r
1061                          + "OUT OF MEMORY " + file + "\n"\r
1062                          + "########################");\r
1063 \r
1064       JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
1065                                             "Out of Memory Creating Image!!"\r
1066                                             +\r
1067                                             "\nSee help files for increasing Java Virtual Machine memory."\r
1068                                             , "Out of memory",\r
1069                                             JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
1070       System.out.println("Create IMAGE: " + err);\r
1071       System.gc();\r
1072 \r
1073     }\r
1074     catch (Exception ex)\r
1075     {\r
1076       ex.printStackTrace();\r
1077     }\r
1078   }\r
1079   /**\r
1080    * DOCUMENT ME!\r
1081    */\r
1082   public void makeEPS(File epsFile)\r
1083   {\r
1084     makeAlignmentImage(jalview.util.ImageMaker.EPS, epsFile);\r
1085   }\r
1086 \r
1087   /**\r
1088    * DOCUMENT ME!\r
1089    */\r
1090   public void makePNG(File pngFile)\r
1091   {\r
1092     makeAlignmentImage(jalview.util.ImageMaker.PNG, pngFile);\r
1093   }\r
1094 \r
1095   public void makePNGImageMap(File imgMapFile, String imageName)\r
1096   {\r
1097     ///////ONLY WORKS WITH NONE WRAPPED ALIGNMENTS\r
1098     //////////////////////////////////////////////\r
1099     int idWidth = calculateIdWidth().width + 4;\r
1100     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
1101     int scaleHeight = av.charHeight + fm.getDescent();\r
1102 \r
1103     // Gen image map\r
1104     //////////////////////////////////\r
1105     if (imgMapFile != null)\r
1106     {\r
1107       try\r
1108       {\r
1109         int s, sSize = av.alignment.getHeight(),\r
1110             res, alwidth = av.alignment.getWidth(), g, gSize, f, fSize, sy;\r
1111         StringBuffer text = new StringBuffer();\r
1112         PrintWriter out = new PrintWriter(new FileWriter(imgMapFile));\r
1113         out.println(jalview.io.HTMLOutput.getImageMapHTML());\r
1114         out.println("<img src=\"" + imageName +\r
1115                     "\" border=\"0\" usemap=\"#Map\" >"\r
1116                     + "<map name=\"Map\">");\r
1117 \r
1118         for (s = 0; s < sSize; s++)\r
1119         {\r
1120           sy = s * av.charHeight + scaleHeight;\r
1121 \r
1122           SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(s);\r
1123           SequenceFeature [] features = seq.getDatasetSequence().getSequenceFeatures();\r
1124           SequenceGroup[] groups = av.alignment.findAllGroups(seq);\r
1125           for(res =0; res<alwidth; res++)\r
1126           {\r
1127             text = new StringBuffer();\r
1128             Object obj = null;\r
1129             if(av.alignment.isNucleotide())\r
1130               obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(seq.getCharAt(res)+"" );\r
1131             else\r
1132               obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(\r
1133                     seq.getCharAt(res) + "");\r
1134 \r
1135               if (obj == null)\r
1136                   continue;\r
1137 \r
1138             String triplet = obj.toString();\r
1139             int alIndex = seq.findPosition(res);\r
1140             gSize = groups.length;\r
1141             for (g = 0; g < gSize; g++)\r
1142             {\r
1143               if(text.length()<1)\r
1144               {\r
1145                 text.append("<area shape=\"rect\" coords=\""\r
1146                   + (idWidth + res * av.charWidth) + ","\r
1147                   + sy + ","\r
1148                   + (idWidth + (res + 1) * av.charWidth) + ","\r
1149                   + (av.charHeight + sy) + "\""\r
1150                   + " onMouseOver=\"toolTip('"\r
1151                   + alIndex + " " + triplet );\r
1152               }\r
1153 \r
1154               if(groups[g].getStartRes()<res && groups[g].getEndRes()>res)\r
1155                 text.append("<br><em>" + groups[g].getName() + "</em>");\r
1156             }\r
1157 \r
1158             if (features != null)\r
1159             {\r
1160               if(text.length()<1)\r
1161               {\r
1162                 text.append("<area shape=\"rect\" coords=\""\r
1163                   + (idWidth + res * av.charWidth) + ","\r
1164                   + sy + ","\r
1165                   + (idWidth + (res + 1) * av.charWidth) + ","\r
1166                   + (av.charHeight + sy) + "\""\r
1167                   + " onMouseOver=\"toolTip('"\r
1168                   + alIndex + " " + triplet );\r
1169               }\r
1170                 fSize = features.length;\r
1171                 for (f = 0; f < fSize; f++)\r
1172                 {\r
1173 \r
1174                   if ( (features[f].getBegin() <= seq.findPosition(res)) &&\r
1175                       (features[f].getEnd() >= seq.findPosition(res)))\r
1176                   {\r
1177                     if (features[f].getType().equals("disulfide bond"))\r
1178                     {\r
1179                       if (features[f].getBegin() == seq.findPosition(res)\r
1180                           || features[f].getEnd() == seq.findPosition(res))\r
1181                       {\r
1182                         text.append("<br>disulfide bond " + features[f].getBegin() + ":" +\r
1183                                        features[f].getEnd());\r
1184                       }\r
1185                     }\r
1186                     else\r
1187                     {\r
1188                       text.append("<br>");\r
1189                       text.append(features[f].getType());\r
1190                       if (features[f].getDescription() != null && !features[f].getType().equals(features[f].getDescription()))\r
1191                         text.append(" " + features[f].getDescription());\r
1192 \r
1193                       if (features[f].getValue("status") != null )\r
1194                       {\r
1195                         text.append(" (" + features[f].getValue("status") + ")");\r
1196                       }\r
1197                     }\r
1198                   }\r
1199 \r
1200                 }\r
1201               }\r
1202               if(text.length()>1)\r
1203               {\r
1204                 text.append("')\"; onMouseOut=\"toolTip()\";  href=\"#\">");\r
1205                 out.println(text.toString());\r
1206               }\r
1207             }\r
1208           }\r
1209         out.println("</map></body></html>");\r
1210         out.close();\r
1211 \r
1212       }\r
1213       catch (Exception ex)\r
1214       {\r
1215         ex.printStackTrace();\r
1216       }\r
1217     } ///////////END OF IMAGE MAP\r
1218 \r
1219   }\r
1220 \r
1221   int getWrappedHeight()\r
1222   {\r
1223     int seqPanelWidth = seqPanel.seqCanvas.getWidth();\r
1224 \r
1225     //If headless, seqPanel will have 0 width\r
1226     if (System.getProperty("java.awt.headless") != null\r
1227               && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true"))\r
1228     {\r
1229       int idWidth = calculateIdWidth().width + 4;\r
1230       seqPanelWidth = alignFrame.getWidth() - idWidth;\r
1231     }\r
1232 \r
1233     int chunkWidth = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(\r
1234         seqPanelWidth\r
1235           );\r
1236 \r
1237     int hgap = av.charHeight;\r
1238     if (av.scaleAboveWrapped)\r
1239       hgap += av.charHeight;\r
1240 \r
1241     int annotationHeight = 0;\r
1242     if (av.showAnnotation)\r
1243     {\r
1244       annotationHeight = annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
1245     }\r
1246 \r
1247     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
1248         + hgap\r
1249         + annotationHeight;\r
1250 \r
1251     int maxwidth = av.alignment.getWidth();\r
1252     if (av.hasHiddenColumns)\r
1253       maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;\r
1254 \r
1255 \r
1256     int height = ( (maxwidth / chunkWidth) + 1) * cHeight;\r
1257 \r
1258     return height;\r
1259   }\r
1260 \r
1261   /**\r
1262    * DOCUMENT ME!\r
1263    *\r
1264    * @author $author$\r
1265    * @version $Revision$\r
1266    */\r
1267   class Preview\r
1268       extends JFrame\r
1269   {\r
1270     /**\r
1271      * Creates a new Preview object.\r
1272      *\r
1273      * @param image DOCUMENT ME!\r
1274      */\r
1275     public Preview(Image image)\r
1276     {\r
1277       setResizable(true);\r
1278       setSize(image.getWidth(this), image.getHeight(this));\r
1279       setVisible(true);\r
1280       getContentPane().setLayout(new BorderLayout());\r
1281       getContentPane().add(new PreviewPanel(image), BorderLayout.CENTER);\r
1282       validate();\r
1283       repaint();\r
1284     }\r
1285   }\r
1286 \r
1287   /**\r
1288    * DOCUMENT ME!\r
1289    *\r
1290    * @author $author$\r
1291    * @version $Revision$\r
1292    */\r
1293   class PreviewPanel\r
1294       extends JPanel\r
1295   {\r
1296     Image image;\r
1297 \r
1298     /**\r
1299      * Creates a new PreviewPanel object.\r
1300      *\r
1301      * @param image DOCUMENT ME!\r
1302      */\r
1303     public PreviewPanel(Image image)\r
1304     {\r
1305       this.image = image;\r
1306     }\r
1307 \r
1308     /**\r
1309      * DOCUMENT ME!\r
1310      *\r
1311      * @param g DOCUMENT ME!\r
1312      */\r
1313     public void paintComponent(Graphics g)\r
1314     {\r
1315       if (image != null)\r
1316       {\r
1317         g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
1318       }\r
1319       else\r
1320       {\r
1321         System.out.println("DEBUG:image is null");\r
1322       }\r
1323     }\r
1324   }\r
1325 }\r