src/jalview/gui/AlignmentPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.analysis.AnnotationSorter;
  24 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  25 import jalview.bin.Cache;
  26 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  27 import jalview.datamodel.SearchResults;
  28 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  29 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  30 import jalview.datamodel.SequenceI;
  31 import jalview.jbgui.GAlignmentPanel;
  32 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  33 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  34 import jalview.util.MessageManager;
  35
  36 import java.awt.BorderLayout;
  37 import java.awt.Color;
  38 import java.awt.Container;
  39 import java.awt.Dimension;
  40 import java.awt.Font;
  41 import java.awt.FontMetrics;
  42 import java.awt.Graphics;
  43 import java.awt.event.AdjustmentEvent;
  44 import java.awt.event.AdjustmentListener;
  45 import java.awt.print.PageFormat;
  46 import java.awt.print.Printable;
  47 import java.awt.print.PrinterException;
  48 import java.beans.PropertyChangeEvent;
  49 import java.beans.PropertyChangeListener;
  50 import java.io.File;
  51 import java.io.FileWriter;
  52 import java.io.PrintWriter;
  53
  54 import javax.swing.SwingUtilities;
  55
  56 /**
  57  * DOCUMENT ME!
  58  *
  59  * @author $author$
  60  * @version $Revision: 1.161 $
  61  */
  62 public class AlignmentPanel extends GAlignmentPanel implements
  63         AdjustmentListener, Printable, AlignmentViewPanel
  64 {
  65   public AlignViewport av;
  66
  67   OverviewPanel overviewPanel;
  68
  69   SeqPanel seqPanel;
  70
  71   IdPanel idPanel;
  72
  73   IdwidthAdjuster idwidthAdjuster;
  74
  75   /** DOCUMENT ME!! */
  76   public AlignFrame alignFrame;
  77
  78   ScalePanel scalePanel;
  79
  80   AnnotationPanel annotationPanel;
  81
  82   AnnotationLabels alabels;
  83
  84   // this value is set false when selection area being dragged
  85   boolean fastPaint = true;
  86
  87   int hextent = 0;
  88
  89   int vextent = 0;
  90
  91   /**
  92    * Creates a new AlignmentPanel object.
  93    *
  94    * @param af
  95    *          DOCUMENT ME!
  96    * @param av
  97    *          DOCUMENT ME!
  98    */
  99   public AlignmentPanel(AlignFrame af, final AlignViewport av)
 100   {
 101     alignFrame = af;
 102     this.av = av;
 103     seqPanel = new SeqPanel(av, this);
 104     idPanel = new IdPanel(av, this);
 105
 106     scalePanel = new ScalePanel(av, this);
 107
 108     idPanelHolder.add(idPanel, BorderLayout.CENTER);
 109     idwidthAdjuster = new IdwidthAdjuster(this);
 110     idSpaceFillerPanel1.add(idwidthAdjuster, BorderLayout.CENTER);
 111
 112     annotationPanel = new AnnotationPanel(this);
 113     alabels = new AnnotationLabels(this);
 114
 115     annotationScroller.setViewportView(annotationPanel);
 116     annotationSpaceFillerHolder.add(alabels, BorderLayout.CENTER);
 117
 118     scalePanelHolder.add(scalePanel, BorderLayout.CENTER);
 119     seqPanelHolder.add(seqPanel, BorderLayout.CENTER);
 120
 121     setScrollValues(0, 0);
 122
 123     setAnnotationVisible(av.getShowAnnotation());
 124
 125     hscroll.addAdjustmentListener(this);
 126     vscroll.addAdjustmentListener(this);
 127
 128     final AlignmentPanel ap = this;
 129     av.addPropertyChangeListener(new PropertyChangeListener()
 130     {
 131       public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
 132       {
 133         if (evt.getPropertyName().equals("alignment"))
 134         {
 135           PaintRefresher.Refresh(ap, av.getSequenceSetId(), true, true);
 136           alignmentChanged();
 137         }
 138       }
 139     });
 140     fontChanged();
 141     adjustAnnotationHeight();
 142
 143   }
 144
 145   public void alignmentChanged()
 146   {
 147     av.alignmentChanged(this);
 148
 149     alignFrame.updateEditMenuBar();
 150
 151     paintAlignment(true);
 152
 153   }
 154
 155   /**
 156    * DOCUMENT ME!
 157    */
 158   public void fontChanged()
 159   {
 160     // set idCanvas bufferedImage to null
 161     // to prevent drawing old image
 162     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 163
 164     scalePanelHolder.setPreferredSize(new Dimension(10, av.charHeight
 165             + fm.getDescent()));
 166     idSpaceFillerPanel1.setPreferredSize(new Dimension(10, av.charHeight
 167             + fm.getDescent()));
 168
 169     idPanel.idCanvas.gg = null;
 170     seqPanel.seqCanvas.img = null;
 171     annotationPanel.adjustPanelHeight();
 172
 173     Dimension d = calculateIdWidth();
 174     d.setSize(d.width + 4, d.height);
 175     idPanel.idCanvas.setPreferredSize(d);
 176     hscrollFillerPanel.setPreferredSize(d);
 177
 178     if (overviewPanel != null)
 179     {
 180       overviewPanel.setBoxPosition();
 181     }
 182
 183     repaint();
 184   }
 185
 186   /**
 187    * Calculate the width of the alignment labels based on the displayed names
 188    * and any bounds on label width set in preferences.
 189    *
 190    * @return Dimension giving the maximum width of the alignment label panel
 191    *         that should be used.
 192    */
 193   public Dimension calculateIdWidth()
 194   {
 195     // calculate sensible default width when no preference is available
 196
 197     int afwidth = (alignFrame != null ? alignFrame.getWidth() : 300);
 198     int maxwidth = Math.max(20,
 199             Math.min(afwidth - 200, 2 * afwidth / 3));
 200     return calculateIdWidth(maxwidth);
 201   }
 202
 203   /**
 204    * Calculate the width of the alignment labels based on the displayed names
 205    * and any bounds on label width set in preferences.
 206    *
 207    * @param maxwidth
 208    *          -1 or maximum width allowed for IdWidth
 209    * @return Dimension giving the maximum width of the alignment label panel
 210    *         that should be used.
 211    */
 212   public Dimension calculateIdWidth(int maxwidth)
 213   {
 214     Container c = new Container();
 215
 216     FontMetrics fm = c.getFontMetrics(new Font(av.font.getName(),
 217             Font.ITALIC, av.font.getSize()));
 218
 219     AlignmentI al = av.getAlignment();
 220     int i = 0;
 221     int idWidth = 0;
 222     String id;
 223
 224     while ((i < al.getHeight()) && (al.getSequenceAt(i) != null))
 225     {
 226       SequenceI s = al.getSequenceAt(i);
 227
 228       id = s.getDisplayId(av.getShowJVSuffix());
 229
 230       if (fm.stringWidth(id) > idWidth)
 231       {
 232         idWidth = fm.stringWidth(id);
 233       }
 234
 235       i++;
 236     }
 237
 238     // Also check annotation label widths
 239     i = 0;
 240
 241     if (al.getAlignmentAnnotation() != null)
 242     {
 243       fm = c.getFontMetrics(alabels.getFont());
 244
 245       while (i < al.getAlignmentAnnotation().length)
 246       {
 247         String label = al.getAlignmentAnnotation()[i].label;
 248
 249         if (fm.stringWidth(label) > idWidth)
 250         {
 251           idWidth = fm.stringWidth(label);
 252         }
 253
 254         i++;
 255       }
 256     }
 257
 258     return new Dimension(maxwidth < 0 ? idWidth : Math.min(maxwidth,
 259             idWidth), 12);
 260   }
 261
 262   /**
 263    * Highlight the given results on the alignment.
 264    *
 265    */
 266   public void highlightSearchResults(SearchResults results)
 267   {
 268     scrollToPosition(results);
 269     seqPanel.seqCanvas.highlightSearchResults(results);
 270   }
 271
 272   /**
 273    * scroll the view to show the position of the highlighted region in results
 274    * (if any) and redraw the overview
 275    *
 276    * @param results
 277    */
 278   public boolean scrollToPosition(SearchResults results)
 279   {
 280     return scrollToPosition(results, true);
 281   }
 282
 283   /**
 284    * scroll the view to show the position of the highlighted region in results
 285    * (if any)
 286    *
 287    * @param results
 288    * @param redrawOverview
 289    *          - when set, the overview will be recalculated (takes longer)
 290    * @return false if results were not found
 291    */
 292   public boolean scrollToPosition(SearchResults results,
 293           boolean redrawOverview)
 294   {
 295     int startv, endv, starts, ends, width;
 296     // TODO: properly locate search results in view when large numbers of hidden
 297     // columns exist before highlighted region
 298     // do we need to scroll the panel?
 299     // TODO: tons of nullpointereexceptions raised here.
 300     if (results != null && results.getSize() > 0 && av != null
 301             && av.getAlignment() != null)
 302     {
 303       int seqIndex = av.getAlignment().findIndex(results);
 304       if (seqIndex == -1)
 305       {
 306         return false;
 307       }
 308       SequenceI seq = av.getAlignment().getSequenceAt(seqIndex);
 309
 310       int[] r = results.getResults(seq, 0, av.getAlignment().getWidth());
 311       if (r == null)
 312       {
 313         return false;
 314       }
 315       int start = r[0];
 316       int end = r[1];
 317       // System.err.println("Seq : "+seqIndex+" Scroll to "+start+","+end); //
 318       // DEBUG
 319       if (start < 0)
 320       {
 321         return false;
 322       }
 323       if (end == seq.getEnd())
 324       {
 325         return false;
 326       }
 327       if (av.hasHiddenColumns())
 328       {
 329         start = av.getColumnSelection().findColumnPosition(start);
 330         end = av.getColumnSelection().findColumnPosition(end);
 331         if (start == end)
 332         {
 333           if (!av.getColumnSelection().isVisible(r[0]))
 334           {
 335             // don't scroll - position isn't visible
 336             return false;
 337           }
 338         }
 339       }
 340       if (!av.wrapAlignment)
 341       {
 342         if ((startv = av.getStartRes()) >= start)
 343         {
 344           setScrollValues(start - 1, seqIndex);
 345         }
 346         else if ((endv = av.getEndRes()) <= end)
 347         {
 348           setScrollValues(startv + 1 + end - endv, seqIndex);
 349         }
 350         else if ((starts = av.getStartSeq()) > seqIndex)
 351         {
 352           setScrollValues(av.getStartRes(), seqIndex);
 353         }
 354         else if ((ends = av.getEndSeq()) <= seqIndex)
 355         {
 356           setScrollValues(av.getStartRes(), starts + seqIndex - ends + 1);
 357         }
 358       }
 359       else
 360       {
 361         scrollToWrappedVisible(start);
 362       }
 363     }
 364     if (redrawOverview && overviewPanel != null)
 365     {
 366       overviewPanel.setBoxPosition();
 367     }
 368     paintAlignment(redrawOverview);
 369     return true;
 370   }
 371
 372   void scrollToWrappedVisible(int res)
 373   {
 374     int cwidth = seqPanel.seqCanvas
 375             .getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getWidth());
 376     if (res < av.getStartRes() || res >= (av.getStartRes() + cwidth))
 377     {
 378       vscroll.setValue((res / cwidth));
 379       av.startRes = vscroll.getValue() * cwidth;
 380     }
 381
 382   }
 383
 384   /**
 385    * DOCUMENT ME!
 386    *
 387    * @return DOCUMENT ME!
 388    */
 389   public OverviewPanel getOverviewPanel()
 390   {
 391     return overviewPanel;
 392   }
 393
 394   /**
 395    * DOCUMENT ME!
 396    *
 397    * @param op
 398    *          DOCUMENT ME!
 399    */
 400   public void setOverviewPanel(OverviewPanel op)
 401   {
 402     overviewPanel = op;
 403   }
 404
 405   /**
 406    *
 407    * @param b
 408    *          Hide or show annotation panel
 409    *
 410    */
 411   public void setAnnotationVisible(boolean b)
 412   {
 413     if (!av.wrapAlignment)
 414     {
 415       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(b);
 416       annotationScroller.setVisible(b);
 417     }
 418     repaint();
 419   }
 420
 421   /**
 422    * automatically adjust annotation panel height for new annotation whilst
 423    * ensuring the alignment is still visible.
 424    */
 425   public void adjustAnnotationHeight()
 426   {
 427     // TODO: display vertical annotation scrollbar if necessary
 428     // this is called after loading new annotation onto alignment
 429     if (alignFrame.getHeight() == 0)
 430     {
 431       System.out.println("NEEDS FIXING");
 432     }
 433     validateAnnotationDimensions(true);
 434     addNotify();
 435     paintAlignment(true);
 436   }
 437
 438   /**
 439    * calculate the annotation dimensions and refresh slider values accordingly.
 440    * need to do repaints/notifys afterwards.
 441    */
 442   protected void validateAnnotationDimensions(boolean adjustPanelHeight)
 443   {
 444     int height = annotationPanel.adjustPanelHeight();
 445
 446     int theight = av.getCharHeight()
 447             * (av.getAlignment().getHeight() + (!av.hasHiddenRows() ? 0
 448                     : av.getAlignment().getHiddenSequences().getSize()));
 449     float sscaling = (float) (theight / (1.0 * theight + height));
 450     float ascaling = (float) (height * 1.0 / alignFrame.getHeight());
 451     int rheight = alignFrame.getHeight() - height - av.getCharHeight();
 452     if (adjustPanelHeight)
 453     {
 454       // NOTE: this logic is different in the applet. Need a better algorithm to
 455       // define behaviour
 456       // try and set height according to alignment
 457       if (ascaling > 0 && sscaling < 0.5)
 458       {
 459         // if the alignment is too big then
 460         // default is 0.5 split
 461         height = alignFrame.getHeight() / 2;
 462       }
 463       else
 464       {
 465         // if space for more than one sequence row left when annotation is fully
 466         // displayed then set height to annotation height
 467         // otherwise, leave at least two lines of sequence shown.
 468         height = (rheight > av.getCharHeight()) ? height
 469                 : (-av.getCharHeight() * 3 + (int) (alignFrame.getHeight() * (1 - sscaling)));
 470       }
 471     }
 472     else
 473     {
 474       // maintain same window layout whilst updating sliders
 475       height = annotationScroller.getSize().height;
 476     }
 477     hscroll.addNotify();
 478
 479     annotationScroller.setPreferredSize(new Dimension(annotationScroller
 480             .getWidth(), height));
 481
 482     annotationSpaceFillerHolder.setPreferredSize(new Dimension(
 483             annotationSpaceFillerHolder.getWidth(), height));
 484     annotationScroller.validate();// repaint();
 485     annotationScroller.addNotify();
 486   }
 487
 488   /**
 489    * DOCUMENT ME!
 490    *
 491    * @param wrap
 492    *          DOCUMENT ME!
 493    */
 494   public void setWrapAlignment(boolean wrap)
 495   {
 496     av.startSeq = 0;
 497     scalePanelHolder.setVisible(!wrap);
 498     hscroll.setVisible(!wrap);
 499     idwidthAdjuster.setVisible(!wrap);
 500
 501     if (wrap)
 502     {
 503       annotationScroller.setVisible(false);
 504       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(false);
 505     }
 506     else if (av.showAnnotation)
 507     {
 508       annotationScroller.setVisible(true);
 509       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(true);
 510     }
 511
 512     idSpaceFillerPanel1.setVisible(!wrap);
 513
 514     repaint();
 515   }
 516
 517   // return value is true if the scroll is valid
 518   public boolean scrollUp(boolean up)
 519   {
 520     if (up)
 521     {
 522       if (vscroll.getValue() < 1)
 523       {
 524         return false;
 525       }
 526
 527       fastPaint = false;
 528       vscroll.setValue(vscroll.getValue() - 1);
 529     }
 530     else
 531     {
 532       if ((vextent + vscroll.getValue()) >= av.getAlignment().getHeight())
 533       {
 534         return false;
 535       }
 536
 537       fastPaint = false;
 538       vscroll.setValue(vscroll.getValue() + 1);
 539     }
 540
 541     fastPaint = true;
 542
 543     return true;
 544   }
 545
 546   /**
 547    * DOCUMENT ME!
 548    *
 549    * @param right
 550    *          DOCUMENT ME!
 551    *
 552    * @return DOCUMENT ME!
 553    */
 554   public boolean scrollRight(boolean right)
 555   {
 556     if (!right)
 557     {
 558       if (hscroll.getValue() < 1)
 559       {
 560         return false;
 561       }
 562
 563       fastPaint = false;
 564       hscroll.setValue(hscroll.getValue() - 1);
 565     }
 566     else
 567     {
 568       if ((hextent + hscroll.getValue()) >= av.getAlignment().getWidth())
 569       {
 570         return false;
 571       }
 572
 573       fastPaint = false;
 574       hscroll.setValue(hscroll.getValue() + 1);
 575     }
 576
 577     fastPaint = true;
 578
 579     return true;
 580   }
 581
 582   /**
 583    * Adjust row/column scrollers to show a visible position in the alignment.
 584    *
 585    * @param x
 586    *          visible column to scroll to DOCUMENT ME!
 587    * @param y
 588    *          visible row to scroll to
 589    *
 590    */
 591   public void setScrollValues(int x, int y)
 592   {
 593     // System.err.println("Scroll to "+x+","+y);
 594     if (av == null || av.getAlignment() == null)
 595     {
 596       return;
 597     }
 598     int width = av.getAlignment().getWidth();
 599     int height = av.getAlignment().getHeight();
 600
 601     if (av.hasHiddenColumns())
 602     {
 603       width = av.getColumnSelection().findColumnPosition(width);
 604     }
 605
 606     av.setEndRes((x + (seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.charWidth)) - 1);
 607
 608     hextent = seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.charWidth;
 609     vextent = seqPanel.seqCanvas.getHeight() / av.charHeight;
 610
 611     if (hextent > width)
 612     {
 613       hextent = width;
 614     }
 615
 616     if (vextent > height)
 617     {
 618       vextent = height;
 619     }
 620
 621     if ((hextent + x) > width)
 622     {
 623       x = width - hextent;
 624     }
 625
 626     if ((vextent + y) > height)
 627     {
 628       y = height - vextent;
 629     }
 630
 631     if (y < 0)
 632     {
 633       y = 0;
 634     }
 635
 636     if (x < 0)
 637     {
 638       x = 0;
 639     }
 640
 641     hscroll.setValues(x, hextent, 0, width);
 642     vscroll.setValues(y, vextent, 0, height);
 643   }
 644
 645   /**
 646    * DOCUMENT ME!
 647    *
 648    * @param evt
 649    *          DOCUMENT ME!
 650    */
 651   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)
 652   {
 653
 654     int oldX = av.getStartRes();
 655     int oldY = av.getStartSeq();
 656
 657     if (evt.getSource() == hscroll)
 658     {
 659       int x = hscroll.getValue();
 660       av.setStartRes(x);
 661       av.setEndRes((x + (seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.getCharWidth())) - 1);
 662     }
 663
 664     if (evt.getSource() == vscroll)
 665     {
 666       int offy = vscroll.getValue();
 667
 668       if (av.getWrapAlignment())
 669       {
 670         if (offy > -1)
 671         {
 672           int rowSize = seqPanel.seqCanvas
 673                   .getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getWidth());
 674           av.setStartRes(offy * rowSize);
 675           av.setEndRes((offy + 1) * rowSize);
 676         }
 677         else
 678         {
 679           // This is only called if file loaded is a jar file that
 680           // was wrapped when saved and user has wrap alignment true
 681           // as preference setting
 682           SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 683           {
 684             public void run()
 685             {
 686               setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());
 687             }
 688           });
 689         }
 690       }
 691       else
 692       {
 693         av.setStartSeq(offy);
 694         av.setEndSeq(offy
 695                 + (seqPanel.seqCanvas.getHeight() / av.getCharHeight()));
 696       }
 697     }
 698
 699     if (overviewPanel != null)
 700     {
 701       overviewPanel.setBoxPosition();
 702     }
 703
 704     int scrollX = av.startRes - oldX;
 705     int scrollY = av.startSeq - oldY;
 706
 707     if (av.getWrapAlignment() || !fastPaint)
 708     {
 709       repaint();
 710     }
 711     else
 712     {
 713       // Make sure we're not trying to draw a panel
 714       // larger than the visible window
 715       if (scrollX > av.endRes - av.startRes)
 716       {
 717         scrollX = av.endRes - av.startRes;
 718       }
 719       else if (scrollX < av.startRes - av.endRes)
 720       {
 721         scrollX = av.startRes - av.endRes;
 722       }
 723
 724       if (scrollX != 0 || scrollY != 0)
 725       {
 726         idPanel.idCanvas.fastPaint(scrollY);
 727         seqPanel.seqCanvas.fastPaint(scrollX, scrollY);
 728         scalePanel.repaint();
 729
 730         if (av.getShowAnnotation() && scrollX != 0)
 731         {
 732           annotationPanel.fastPaint(scrollX);
 733         }
 734       }
 735     }
 736   }
 737
 738   /**
 739    * Repaint the alignment including the annotations and overview panels (if
 740    * shown).
 741    */
 742   public void paintAlignment(boolean updateOverview)
 743   {
 744     final AnnotationSorter sorter = new AnnotationSorter(getAlignment(),
 745             av.isShowAutocalculatedAbove());
 746     sorter.sort(getAlignment()
 747             .getAlignmentAnnotation(),
 748             av.getSortAnnotationsBy());
 749     repaint();
 750
 751     if (updateOverview)
 752     {
 753       av.getStructureSelectionManager().sequenceColoursChanged(this);
 754
 755       if (overviewPanel != null)
 756       {
 757         overviewPanel.updateOverviewImage();
 758       }
 759     }
 760   }
 761
 762   /**
 763    * DOCUMENT ME!
 764    *
 765    * @param g
 766    *          DOCUMENT ME!
 767    */
 768   public void paintComponent(Graphics g)
 769   {
 770     invalidate();
 771
 772     Dimension d = idPanel.idCanvas.getPreferredSize();
 773     idPanelHolder.setPreferredSize(d);
 774     hscrollFillerPanel.setPreferredSize(new Dimension(d.width, 12));
 775     validate();
 776
 777     if (av.getWrapAlignment())
 778     {
 779       int maxwidth = av.getAlignment().getWidth();
 780
 781       if (av.hasHiddenColumns())
 782       {
 783         maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;
 784       }
 785
 786       int canvasWidth = seqPanel.seqCanvas
 787               .getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getWidth());
 788       if (canvasWidth > 0)
 789       {
 790         int max = maxwidth
 791                 / seqPanel.seqCanvas
 792                         .getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas
 793                                 .getWidth()) + 1;
 794         vscroll.setMaximum(max);
 795         vscroll.setUnitIncrement(1);
 796         vscroll.setVisibleAmount(1);
 797       }
 798     }
 799     else
 800     {
 801       setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());
 802     }
 803   }
 804
 805   /**
 806    * DOCUMENT ME!
 807    *
 808    * @param pg
 809    *          DOCUMENT ME!
 810    * @param pf
 811    *          DOCUMENT ME!
 812    * @param pi
 813    *          DOCUMENT ME!
 814    *
 815    * @return DOCUMENT ME!
 816    *
 817    * @throws PrinterException
 818    *           DOCUMENT ME!
 819    */
 820   public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi)
 821           throws PrinterException
 822   {
 823     pg.translate((int) pf.getImageableX(), (int) pf.getImageableY());
 824
 825     int pwidth = (int) pf.getImageableWidth();
 826     int pheight = (int) pf.getImageableHeight();
 827
 828     if (av.getWrapAlignment())
 829     {
 830       return printWrappedAlignment(pg, pwidth, pheight, pi);
 831     }
 832     else
 833     {
 834       return printUnwrapped(pg, pwidth, pheight, pi);
 835     }
 836   }
 837
 838   /**
 839    * DOCUMENT ME!
 840    *
 841    * @param pg
 842    *          DOCUMENT ME!
 843    * @param pwidth
 844    *          DOCUMENT ME!
 845    * @param pheight
 846    *          DOCUMENT ME!
 847    * @param pi
 848    *          DOCUMENT ME!
 849    *
 850    * @return DOCUMENT ME!
 851    *
 852    * @throws PrinterException
 853    *           DOCUMENT ME!
 854    */
 855   public int printUnwrapped(Graphics pg, int pwidth, int pheight, int pi)
 856           throws PrinterException
 857   {
 858     int idWidth = getVisibleIdWidth(false);
 859     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 860     int scaleHeight = av.charHeight + fm.getDescent();
 861
 862     pg.setColor(Color.white);
 863     pg.fillRect(0, 0, pwidth, pheight);
 864     pg.setFont(av.getFont());
 865
 866     // //////////////////////////////////
 867     // / How many sequences and residues can we fit on a printable page?
 868     int totalRes = (pwidth - idWidth) / av.getCharWidth();
 869
 870     int totalSeq = (pheight - scaleHeight) / av.getCharHeight() - 1;
 871
 872     int pagesWide = (av.getAlignment().getWidth() / totalRes) + 1;
 873
 874     // ///////////////////////////
 875     // / Only print these sequences and residues on this page
 876     int startRes;
 877
 878     // ///////////////////////////
 879     // / Only print these sequences and residues on this page
 880     int endRes;
 881
 882     // ///////////////////////////
 883     // / Only print these sequences and residues on this page
 884     int startSeq;
 885
 886     // ///////////////////////////
 887     // / Only print these sequences and residues on this page
 888     int endSeq;
 889     startRes = (pi % pagesWide) * totalRes;
 890     endRes = (startRes + totalRes) - 1;
 891
 892     if (endRes > (av.getAlignment().getWidth() - 1))
 893     {
 894       endRes = av.getAlignment().getWidth() - 1;
 895     }
 896
 897     startSeq = (pi / pagesWide) * totalSeq;
 898     endSeq = startSeq + totalSeq;
 899
 900     if (endSeq > av.getAlignment().getHeight())
 901     {
 902       endSeq = av.getAlignment().getHeight();
 903     }
 904
 905     int pagesHigh = ((av.getAlignment().getHeight() / totalSeq) + 1)
 906             * pheight;
 907
 908     if (av.showAnnotation)
 909     {
 910       pagesHigh += annotationPanel.adjustPanelHeight() + 3;
 911     }
 912
 913     pagesHigh /= pheight;
 914
 915     if (pi >= (pagesWide * pagesHigh))
 916     {
 917       return Printable.NO_SUCH_PAGE;
 918     }
 919
 920     // draw Scale
 921     pg.translate(idWidth, 0);
 922     scalePanel.drawScale(pg, startRes, endRes, pwidth - idWidth,
 923             scaleHeight);
 924     pg.translate(-idWidth, scaleHeight);
 925
 926     // //////////////
 927     // Draw the ids
 928     Color currentColor = null;
 929     Color currentTextColor = null;
 930
 931     pg.setFont(idPanel.idCanvas.idfont);
 932
 933     SequenceI seq;
 934     for (int i = startSeq; i < endSeq; i++)
 935     {
 936       seq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 937       if ((av.getSelectionGroup() != null)
 938               && av.getSelectionGroup().getSequences(null).contains(seq))
 939       {
 940         currentColor = Color.gray;
 941         currentTextColor = Color.black;
 942       }
 943       else
 944       {
 945         currentColor = av.getSequenceColour(seq);
 946         currentTextColor = Color.black;
 947       }
 948
 949       pg.setColor(currentColor);
 950       pg.fillRect(0, (i - startSeq) * av.charHeight, idWidth,
 951               av.getCharHeight());
 952
 953       pg.setColor(currentTextColor);
 954
 955       int xPos = 0;
 956       if (av.rightAlignIds)
 957       {
 958         fm = pg.getFontMetrics();
 959         xPos = idWidth
 960                 - fm.stringWidth(seq.getDisplayId(av.getShowJVSuffix()))
 961                 - 4;
 962       }
 963
 964       pg.drawString(
 965               seq.getDisplayId(av.getShowJVSuffix()),
 966               xPos,
 967               (((i - startSeq) * av.charHeight) + av.getCharHeight())
 968                       - (av.getCharHeight() / 5));
 969     }
 970
 971     pg.setFont(av.getFont());
 972
 973     // draw main sequence panel
 974     pg.translate(idWidth, 0);
 975     seqPanel.seqCanvas.drawPanel(pg, startRes, endRes, startSeq, endSeq, 0);
 976
 977     if (av.showAnnotation && (endSeq == av.getAlignment().getHeight()))
 978     {
 979       // draw annotation - need to offset for current scroll position
 980       int offset = -alabels.scrollOffset;
 981       pg.translate(0, offset);
 982       pg.translate(-idWidth - 3, (endSeq - startSeq) * av.charHeight + 3);
 983       alabels.drawComponent(pg, idWidth);
 984       pg.translate(idWidth + 3, 0);
 985       annotationPanel.renderer.drawComponent(annotationPanel, av,
 986               pg, -1, startRes, endRes + 1);
 987       pg.translate(0, -offset);
 988     }
 989
 990     return Printable.PAGE_EXISTS;
 991   }
 992
 993   /**
 994    * DOCUMENT ME!
 995    *
 996    * @param pg
 997    *          DOCUMENT ME!
 998    * @param pwidth
 999    *          DOCUMENT ME!
1000    * @param pheight
1001    *          DOCUMENT ME!
1002    * @param pi
1003    *          DOCUMENT ME!
1004    *
1005    * @return DOCUMENT ME!
1006    *
1007    * @throws PrinterException
1008    *           DOCUMENT ME!
1009    */
1010   public int printWrappedAlignment(Graphics pg, int pwidth, int pheight,
1011           int pi) throws PrinterException
1012   {
1013
1014     int annotationHeight = 0;
1015     AnnotationLabels labels = null;
1016     if (av.showAnnotation)
1017     {
1018       annotationHeight = annotationPanel.adjustPanelHeight();
1019       labels = new AnnotationLabels(av);
1020     }
1021
1022     int hgap = av.charHeight;
1023     if (av.scaleAboveWrapped)
1024     {
1025       hgap += av.charHeight;
1026     }
1027
1028     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight + hgap
1029             + annotationHeight;
1030
1031     int idWidth = getVisibleIdWidth(false);
1032
1033     int maxwidth = av.getAlignment().getWidth();
1034     if (av.hasHiddenColumns())
1035     {
1036       maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;
1037     }
1038
1039     int resWidth = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(pwidth
1040             - idWidth);
1041
1042     int totalHeight = cHeight * (maxwidth / resWidth + 1);
1043
1044     pg.setColor(Color.white);
1045     pg.fillRect(0, 0, pwidth, pheight);
1046     pg.setFont(av.getFont());
1047
1048     // //////////////
1049     // Draw the ids
1050     pg.setColor(Color.black);
1051
1052     pg.translate(0, -pi * pheight);
1053
1054     pg.setClip(0, pi * pheight, pwidth, pheight);
1055
1056     int ypos = hgap;
1057
1058     do
1059     {
1060       for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)
1061       {
1062         pg.setFont(idPanel.idCanvas.idfont);
1063         SequenceI s = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
1064         String string = s.getDisplayId(av.getShowJVSuffix());
1065         int xPos = 0;
1066         if (av.rightAlignIds)
1067         {
1068           FontMetrics fm = pg.getFontMetrics();
1069           xPos = idWidth - fm.stringWidth(string) - 4;
1070         }
1071         pg.drawString(string, xPos,
1072                 ((i * av.charHeight) + ypos + av.charHeight)
1073                         - (av.charHeight / 5));
1074       }
1075       if (labels != null)
1076       {
1077         pg.translate(-3, ypos
1078                 + (av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight));
1079
1080         pg.setFont(av.getFont());
1081         labels.drawComponent(pg, idWidth);
1082         pg.translate(+3, -ypos
1083                 - (av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight));
1084       }
1085
1086       ypos += cHeight;
1087     } while (ypos < totalHeight);
1088
1089     pg.translate(idWidth, 0);
1090
1091     seqPanel.seqCanvas.drawWrappedPanel(pg, pwidth - idWidth, totalHeight,
1092             0);
1093
1094     if ((pi * pheight) < totalHeight)
1095     {
1096       return Printable.PAGE_EXISTS;
1097
1098     }
1099     else
1100     {
1101       return Printable.NO_SUCH_PAGE;
1102     }
1103   }
1104
1105   /**
1106    * get current sequence ID panel width, or nominal value if panel were to be
1107    * displayed using default settings
1108    *
1109    * @return
1110    */
1111   int getVisibleIdWidth()
1112   {
1113     return getVisibleIdWidth(true);
1114   }
1115
1116   /**
1117    * get current sequence ID panel width, or nominal value if panel were to be
1118    * displayed using default settings
1119    *
1120    * @param onscreen
1121    *          indicate if the Id width for onscreen or offscreen display should
1122    *          be returned
1123    * @return
1124    */
1125   int getVisibleIdWidth(boolean onscreen)
1126   {
1127     // see if rendering offscreen - check preferences and calc width accordingly
1128     if (!onscreen && Cache.getDefault("FIGURE_AUTOIDWIDTH", false))
1129     {
1130       return calculateIdWidth(-1).width + 4;
1131     }
1132     Integer idwidth = null;
1133     if (onscreen
1134             || (idwidth = Cache.getIntegerProperty("FIGURE_FIXEDIDWIDTH")) == null)
1135     {
1136       return (idPanel.getWidth() > 0 ? idPanel.getWidth()
1137               : calculateIdWidth().width + 4);
1138     }
1139     return idwidth.intValue() + 4;
1140   }
1141
1142   void makeAlignmentImage(int type, File file)
1143   {
1144     long progress = System.currentTimeMillis();
1145     boolean headless = (System.getProperty("java.awt.headless") != null && System
1146             .getProperty("java.awt.headless").equals("true"));
1147     if (alignFrame != null && !headless)
1148     {
1149       alignFrame.setProgressBar(MessageManager.formatMessage("status.saving_file", new String[]{(type == jalview.util.ImageMaker.PNG ? MessageManager.getString("label.png_image") : MessageManager.getString("label.eps_file"))}), progress);
1150     }
1151     try
1152     {
1153       int maxwidth = av.getAlignment().getWidth();
1154       if (av.hasHiddenColumns())
1155       {
1156         maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth);
1157       }
1158
1159       int height = ((av.getAlignment().getHeight() + 1) * av.charHeight)
1160               + scalePanel.getHeight();
1161       int width = getVisibleIdWidth(false) + (maxwidth * av.charWidth);
1162
1163       if (av.getWrapAlignment())
1164       {
1165         height = getWrappedHeight();
1166         if (headless)
1167         {
1168           // need to obtain default alignment width and then add in any
1169           // additional allowance for id margin
1170           // this duplicates the calculation in getWrappedHeight but adjusts for
1171           // offscreen idWith
1172           width = alignFrame.getWidth() - vscroll.getPreferredSize().width
1173                   - alignFrame.getInsets().left
1174                   - alignFrame.getInsets().right - getVisibleIdWidth()
1175                   + getVisibleIdWidth(false);
1176         }
1177         else
1178         {
1179           width = seqPanel.getWidth() + getVisibleIdWidth(false);
1180         }
1181
1182       }
1183       else if (av.getShowAnnotation())
1184       {
1185         height += annotationPanel.adjustPanelHeight() + 3;
1186       }
1187
1188       try
1189       {
1190
1191         jalview.util.ImageMaker im;
1192         final String imageAction, imageTitle;
1193         if (type == jalview.util.ImageMaker.PNG)
1194         {
1195           imageAction = "Create PNG image from alignment";
1196           imageTitle = null;
1197         }
1198         else
1199         {
1200           imageAction = "Create EPS file from alignment";
1201           imageTitle = alignFrame.getTitle();
1202         }
1203         im = new jalview.util.ImageMaker(this, type, imageAction, width,
1204                 height, file, imageTitle);
1205         if (av.getWrapAlignment())
1206         {
1207           if (im.getGraphics() != null)
1208           {
1209             printWrappedAlignment(im.getGraphics(), width, height, 0);
1210             im.writeImage();
1211           }
1212         }
1213         else
1214         {
1215           if (im.getGraphics() != null)
1216           {
1217             printUnwrapped(im.getGraphics(), width, height, 0);
1218             im.writeImage();
1219           }
1220         }
1221       } catch (OutOfMemoryError err)
1222       {
1223         // Be noisy here.
1224         System.out.println("########################\n" + "OUT OF MEMORY "
1225                 + file + "\n" + "########################");
1226         new OOMWarning("Creating Image for " + file, err);
1227         // System.out.println("Create IMAGE: " + err);
1228       } catch (Exception ex)
1229       {
1230         ex.printStackTrace();
1231       }
1232     } finally
1233     {
1234       if (alignFrame != null && !headless)
1235       {
1236         alignFrame.setProgressBar(MessageManager.getString("status.export_complete"), progress);
1237       }
1238     }
1239   }
1240
1241   /**
1242    * DOCUMENT ME!
1243    */
1244   public void makeEPS(File epsFile)
1245   {
1246     makeAlignmentImage(jalview.util.ImageMaker.EPS, epsFile);
1247   }
1248
1249   /**
1250    * DOCUMENT ME!
1251    */
1252   public void makePNG(File pngFile)
1253   {
1254     makeAlignmentImage(jalview.util.ImageMaker.PNG, pngFile);
1255   }
1256
1257   public void makePNGImageMap(File imgMapFile, String imageName)
1258   {
1259     // /////ONLY WORKS WITH NONE WRAPPED ALIGNMENTS
1260     // ////////////////////////////////////////////
1261     int idWidth = getVisibleIdWidth(false);
1262     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
1263     int scaleHeight = av.charHeight + fm.getDescent();
1264
1265     // Gen image map
1266     // ////////////////////////////////
1267     if (imgMapFile != null)
1268     {
1269       try
1270       {
1271         int s, sSize = av.getAlignment().getHeight(), res, alwidth = av
1272                 .getAlignment().getWidth(), g, gSize, f, fSize, sy;
1273         StringBuffer text = new StringBuffer();
1274         PrintWriter out = new PrintWriter(new FileWriter(imgMapFile));
1275         out.println(jalview.io.HTMLOutput.getImageMapHTML());
1276         out.println("<img src=\"" + imageName
1277                 + "\" border=\"0\" usemap=\"#Map\" >"
1278                 + "<map name=\"Map\">");
1279
1280         for (s = 0; s < sSize; s++)
1281         {
1282           sy = s * av.charHeight + scaleHeight;
1283
1284           SequenceI seq = av.getAlignment().getSequenceAt(s);
1285           SequenceFeature[] features = seq.getDatasetSequence()
1286                   .getSequenceFeatures();
1287           SequenceGroup[] groups = av.getAlignment().findAllGroups(seq);
1288           for (res = 0; res < alwidth; res++)
1289           {
1290             text = new StringBuffer();
1291             Object obj = null;
1292             if (av.getAlignment().isNucleotide())
1293             {
1294               obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(seq.getCharAt(res)
1295                       + "");
1296             }
1297             else
1298             {
1299               obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(seq.getCharAt(res)
1300                       + "");
1301             }
1302
1303             if (obj == null)
1304             {
1305               continue;
1306             }
1307
1308             String triplet = obj.toString();
1309             int alIndex = seq.findPosition(res);
1310             gSize = groups.length;
1311             for (g = 0; g < gSize; g++)
1312             {
1313               if (text.length() < 1)
1314               {
1315                 text.append("<area shape=\"rect\" coords=\""
1316                         + (idWidth + res * av.charWidth) + "," + sy + ","
1317                         + (idWidth + (res + 1) * av.charWidth) + ","
1318                         + (av.charHeight + sy) + "\""
1319                         + " onMouseOver=\"toolTip('" + alIndex + " "
1320                         + triplet);
1321               }
1322
1323               if (groups[g].getStartRes() < res
1324                       && groups[g].getEndRes() > res)
1325               {
1326                 text.append("<br><em>" + groups[g].getName() + "</em>");
1327               }
1328             }
1329
1330             if (features != null)
1331             {
1332               if (text.length() < 1)
1333               {
1334                 text.append("<area shape=\"rect\" coords=\""
1335                         + (idWidth + res * av.charWidth) + "," + sy + ","
1336                         + (idWidth + (res + 1) * av.charWidth) + ","
1337                         + (av.charHeight + sy) + "\""
1338                         + " onMouseOver=\"toolTip('" + alIndex + " "
1339                         + triplet);
1340               }
1341               fSize = features.length;
1342               for (f = 0; f < fSize; f++)
1343               {
1344
1345                 if ((features[f].getBegin() <= seq.findPosition(res))
1346                         && (features[f].getEnd() >= seq.findPosition(res)))
1347                 {
1348                   if (features[f].getType().equals("disulfide bond"))
1349                   {
1350                     if (features[f].getBegin() == seq.findPosition(res)
1351                             || features[f].getEnd() == seq
1352                                     .findPosition(res))
1353                     {
1354                       text.append("<br>disulfide bond "
1355                               + features[f].getBegin() + ":"
1356                               + features[f].getEnd());
1357                     }
1358                   }
1359                   else
1360                   {
1361                     text.append("<br>");
1362                     text.append(features[f].getType());
1363                     if (features[f].getDescription() != null
1364                             && !features[f].getType().equals(
1365                                     features[f].getDescription()))
1366                     {
1367                       text.append(" " + features[f].getDescription());
1368                     }
1369
1370                     if (features[f].getValue("status") != null)
1371                     {
1372                       text.append(" (" + features[f].getValue("status")
1373                               + ")");
1374                     }
1375                   }
1376                 }
1377
1378               }
1379             }
1380             if (text.length() > 1)
1381             {
1382               text.append("')\"; onMouseOut=\"toolTip()\";  href=\"#\">");
1383               out.println(text.toString());
1384             }
1385           }
1386         }
1387         out.println("</map></body></html>");
1388         out.close();
1389
1390       } catch (Exception ex)
1391       {
1392         ex.printStackTrace();
1393       }
1394     } // /////////END OF IMAGE MAP
1395
1396   }
1397
1398   int getWrappedHeight()
1399   {
1400     int seqPanelWidth = seqPanel.seqCanvas.getWidth();
1401
1402     if (System.getProperty("java.awt.headless") != null
1403             && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true"))
1404     {
1405       seqPanelWidth = alignFrame.getWidth() - getVisibleIdWidth()
1406               - vscroll.getPreferredSize().width
1407               - alignFrame.getInsets().left - alignFrame.getInsets().right;
1408     }
1409
1410     int chunkWidth = seqPanel.seqCanvas
1411             .getWrappedCanvasWidth(seqPanelWidth);
1412
1413     int hgap = av.charHeight;
1414     if (av.scaleAboveWrapped)
1415     {
1416       hgap += av.charHeight;
1417     }
1418
1419     int annotationHeight = 0;
1420     if (av.showAnnotation)
1421     {
1422       annotationHeight = annotationPanel.adjustPanelHeight();
1423     }
1424
1425     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight + hgap
1426             + annotationHeight;
1427
1428     int maxwidth = av.getAlignment().getWidth();
1429     if (av.hasHiddenColumns())
1430     {
1431       maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;
1432     }
1433
1434     int height = ((maxwidth / chunkWidth) + 1) * cHeight;
1435
1436     return height;
1437   }
1438
1439   /**
1440    * close the panel - deregisters all listeners and nulls any references to
1441    * alignment data.
1442    */
1443   public void closePanel()
1444   {
1445     PaintRefresher.RemoveComponent(seqPanel.seqCanvas);
1446     PaintRefresher.RemoveComponent(idPanel.idCanvas);
1447     PaintRefresher.RemoveComponent(this);
1448     if (av != null)
1449     {
1450       jalview.structure.StructureSelectionManager ssm = av
1451               .getStructureSelectionManager();
1452       ssm.removeStructureViewerListener(seqPanel, null);
1453       ssm.removeSelectionListener(seqPanel);
1454       av.setAlignment(null);
1455       av = null;
1456     }
1457     else
1458     {
1459       if (Cache.log.isDebugEnabled())
1460       {
1461         Cache.log.warn("Closing alignment panel which is already closed.");
1462       }
1463     }
1464   }
1465
1466   /**
1467    * hides or shows dynamic annotation rows based on groups and av state flags
1468    */
1469   public void updateAnnotation()
1470   {
1471     updateAnnotation(false, false);
1472   }
1473
1474   public void updateAnnotation(boolean applyGlobalSettings)
1475   {
1476     updateAnnotation(applyGlobalSettings, false);
1477   }
1478
1479   public void updateAnnotation(boolean applyGlobalSettings,
1480           boolean preserveNewGroupSettings)
1481   {
1482     av.updateGroupAnnotationSettings(applyGlobalSettings,
1483             preserveNewGroupSettings);
1484     adjustAnnotationHeight();
1485   }
1486
1487   @Override
1488   public AlignmentI getAlignment()
1489   {
1490     return av.getAlignment();
1491   }
1492
1493   /**
1494    * get the name for this view
1495    *
1496    * @return
1497    */
1498   public String getViewName()
1499   {
1500     return av.viewName;
1501   }
1502
1503   /**
1504    * Make/Unmake this alignment panel the current input focus
1505    *
1506    * @param b
1507    */
1508   public void setSelected(boolean b)
1509   {
1510     try
1511     {
1512       alignFrame.setSelected(b);
1513     } catch (Exception ex)
1514     {
1515     }
1516     ;
1517
1518     if (b)
1519     {
1520       alignFrame.setDisplayedView(this);
1521     }
1522   }
1523
1524   @Override
1525   public StructureSelectionManager getStructureSelectionManager()
1526   {
1527     return av.getStructureSelectionManager();
1528   }
1529
1530   @Override
1531   public void raiseOOMWarning(String string, OutOfMemoryError error)
1532   {
1533     new OOMWarning(string, error, this);
1534   }
1535
1536   public FeatureRenderer cloneFeatureRenderer()
1537   {
1538
1539     return new FeatureRenderer(this);
1540   }
1541
1542   public void updateFeatureRenderer(FeatureRenderer fr)
1543   {
1544     fr.transferSettings(seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer());
1545   }
1546
1547   public void updateFeatureRendererFrom(FeatureRenderer fr)
1548   {
1549     if (seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer() != null)
1550     {
1551       seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().transferSettings(fr);
1552     }
1553   }
1554 }