src/jalview/gui/AnnotationColourChooser.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import java.util.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 import java.awt.event.*;\r
  25 import javax.swing.*;\r
  26 import javax.swing.event.*;\r
  27 \r
  28 import jalview.datamodel.*;\r
  29 import jalview.schemes.*;\r
  30 \r
  31 public class AnnotationColourChooser\r
  32     extends JPanel\r
  33 {\r
  34   JInternalFrame frame;\r
  35   AlignViewport av;\r
  36   AlignmentPanel ap;\r
  37   ColourSchemeI oldcs;\r
  38   Hashtable oldgroupColours;\r
  39   jalview.datamodel.AlignmentAnnotation currentAnnotation;\r
  40   boolean adjusting = false;\r
  41 \r
  42   public AnnotationColourChooser(AlignViewport av, AlignmentPanel ap)\r
  43   {\r
  44     oldcs = av.getGlobalColourScheme();\r
  45     if (av.alignment.getGroups() != null)\r
  46     {\r
  47       oldgroupColours = new Hashtable();\r
  48       Vector allGroups = ap.av.alignment.getGroups();\r
  49       SequenceGroup sg;\r
  50       for (int g = 0; g < allGroups.size(); g++)\r
  51       {\r
  52         sg = (SequenceGroup) allGroups.get(g);\r
  53         if (sg.cs != null)\r
  54         {\r
  55           oldgroupColours.put(sg, sg.cs);\r
  56         }\r
  57       }\r
  58     }\r
  59     this.av = av;\r
  60     this.ap = ap;\r
  61     frame = new JInternalFrame();\r
  62     frame.setContentPane(this);\r
  63     frame.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);\r
  64     Desktop.addInternalFrame(frame, "Colour by Annotation", 480, 145);\r
  65 \r
  66     try\r
  67     {\r
  68       jbInit();\r
  69     }\r
  70     catch (Exception ex)\r
  71     {}\r
  72 \r
  73     slider.addChangeListener(new ChangeListener()\r
  74     {\r
  75       public void stateChanged(ChangeEvent evt)\r
  76       {\r
  77         if (!adjusting)\r
  78         {\r
  79           thresholdValue.setText( ( (float) slider.getValue() / 1000f) + "");\r
  80           valueChanged();\r
  81         }\r
  82       }\r
  83     });\r
  84 \r
  85     if (av.alignment.getAlignmentAnnotation() == null)\r
  86     {\r
  87       return;\r
  88     }\r
  89 \r
  90     if (oldcs instanceof AnnotationColourGradient)\r
  91     {\r
  92       AnnotationColourGradient acg = (AnnotationColourGradient) oldcs;\r
  93       minColour.setBackground(acg.getMinColour());\r
  94       maxColour.setBackground(acg.getMaxColour());\r
  95     }\r
  96     else\r
  97     {\r
  98       minColour.setBackground(Color.orange);\r
  99       maxColour.setBackground(Color.red);\r
 100     }\r
 101 \r
 102     adjusting = true;\r
 103     for (int i = 0; i < av.alignment.getAlignmentAnnotation().length; i++)\r
 104     {\r
 105       if (av.alignment.getAlignmentAnnotation()[i].graph > 0)\r
 106       {\r
 107         annotations.addItem(av.alignment.getAlignmentAnnotation()[i].label);\r
 108       }\r
 109     }\r
 110 \r
 111     threshold.addItem("No Threshold");\r
 112     threshold.addItem("Above Threshold");\r
 113     threshold.addItem("Below Threshold");\r
 114 \r
 115     adjusting = false;\r
 116 \r
 117     changeColour();\r
 118 \r
 119   }\r
 120 \r
 121   public AnnotationColourChooser()\r
 122   {\r
 123     try\r
 124     {\r
 125       jbInit();\r
 126     }\r
 127     catch (Exception ex)\r
 128     {\r
 129       ex.printStackTrace();\r
 130     }\r
 131   }\r
 132 \r
 133   private void jbInit()\r
 134       throws Exception\r
 135   {\r
 136     minColour.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));\r
 137     minColour.setBorder(BorderFactory.createEtchedBorder());\r
 138     minColour.setPreferredSize(new Dimension(40, 20));\r
 139     minColour.setToolTipText("Minimum Colour");\r
 140     minColour.addMouseListener(new MouseAdapter()\r
 141     {\r
 142       public void mousePressed(MouseEvent e)\r
 143       {\r
 144         if (minColour.isEnabled())\r
 145         {\r
 146           minColour_actionPerformed();\r
 147         }\r
 148       }\r
 149     });\r
 150     maxColour.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));\r
 151     maxColour.setBorder(BorderFactory.createEtchedBorder());\r
 152     maxColour.setPreferredSize(new Dimension(40, 20));\r
 153     maxColour.setToolTipText("Maximum Colour");\r
 154     maxColour.addMouseListener(new MouseAdapter()\r
 155     {\r
 156       public void mousePressed(MouseEvent e)\r
 157       {\r
 158         if (maxColour.isEnabled())\r
 159         {\r
 160           maxColour_actionPerformed();\r
 161         }\r
 162       }\r
 163     });\r
 164     ok.setOpaque(false);\r
 165     ok.setText("OK");\r
 166     ok.addActionListener(new ActionListener()\r
 167     {\r
 168       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 169       {\r
 170         ok_actionPerformed(e);\r
 171       }\r
 172     });\r
 173     cancel.setOpaque(false);\r
 174     cancel.setText("Cancel");\r
 175     cancel.addActionListener(new ActionListener()\r
 176     {\r
 177       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 178       {\r
 179         cancel_actionPerformed(e);\r
 180       }\r
 181     });\r
 182     this.setLayout(borderLayout1);\r
 183     jPanel2.setLayout(flowLayout1);\r
 184     annotations.addActionListener(new ActionListener()\r
 185     {\r
 186       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 187       {\r
 188         annotations_actionPerformed(e);\r
 189       }\r
 190     });\r
 191     jPanel1.setBackground(Color.white);\r
 192     jPanel2.setBackground(Color.white);\r
 193     threshold.addActionListener(new ActionListener()\r
 194     {\r
 195       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 196       {\r
 197         threshold_actionPerformed(e);\r
 198       }\r
 199     });\r
 200     jPanel3.setLayout(flowLayout2);\r
 201     thresholdValue.addActionListener(new ActionListener()\r
 202     {\r
 203       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 204       {\r
 205         thresholdValue_actionPerformed(e);\r
 206       }\r
 207     });\r
 208     slider.setPaintLabels(false);\r
 209     slider.setPaintTicks(true);\r
 210     slider.setBackground(Color.white);\r
 211     slider.setEnabled(false);\r
 212     slider.setOpaque(false);\r
 213     slider.setPreferredSize(new Dimension(150, 32));\r
 214     thresholdValue.setEnabled(false);\r
 215     thresholdValue.setColumns(10);\r
 216     jPanel3.setBackground(Color.white);\r
 217     currentColours.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));\r
 218     currentColours.setOpaque(false);\r
 219     currentColours.setText("Use Original Colours");\r
 220     currentColours.addActionListener(new ActionListener()\r
 221     {\r
 222       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 223       {\r
 224         currentColours_actionPerformed(e);\r
 225       }\r
 226     });\r
 227     jPanel1.add(ok);\r
 228     jPanel1.add(cancel);\r
 229     jPanel2.add(annotations);\r
 230     jPanel2.add(currentColours);\r
 231     jPanel2.add(minColour);\r
 232     jPanel2.add(maxColour);\r
 233     this.add(jPanel3, java.awt.BorderLayout.CENTER);\r
 234     jPanel3.add(threshold);\r
 235     jPanel3.add(slider);\r
 236     jPanel3.add(thresholdValue);\r
 237     this.add(jPanel1, java.awt.BorderLayout.SOUTH);\r
 238     this.add(jPanel2, java.awt.BorderLayout.NORTH);\r
 239   }\r
 240 \r
 241   JComboBox annotations = new JComboBox();\r
 242   JPanel minColour = new JPanel();\r
 243   JPanel maxColour = new JPanel();\r
 244   JButton ok = new JButton();\r
 245   JButton cancel = new JButton();\r
 246   JPanel jPanel1 = new JPanel();\r
 247   JPanel jPanel2 = new JPanel();\r
 248   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();\r
 249   JComboBox threshold = new JComboBox();\r
 250   FlowLayout flowLayout1 = new FlowLayout();\r
 251   JPanel jPanel3 = new JPanel();\r
 252   FlowLayout flowLayout2 = new FlowLayout();\r
 253   JSlider slider = new JSlider();\r
 254   JTextField thresholdValue = new JTextField(20);\r
 255   JCheckBox currentColours = new JCheckBox();\r
 256 \r
 257   public void minColour_actionPerformed()\r
 258   {\r
 259     Color col = JColorChooser.showDialog(this,\r
 260                                          "Select Colour for Minimum Value",\r
 261                                          minColour.getBackground());\r
 262     if (col != null)\r
 263     {\r
 264       minColour.setBackground(col);\r
 265     }\r
 266     minColour.repaint();\r
 267     changeColour();\r
 268   }\r
 269 \r
 270   public void maxColour_actionPerformed()\r
 271   {\r
 272     Color col = JColorChooser.showDialog(this,\r
 273                                          "Select Colour for Maximum Value",\r
 274                                          maxColour.getBackground());\r
 275     if (col != null)\r
 276     {\r
 277       maxColour.setBackground(col);\r
 278     }\r
 279     maxColour.repaint();\r
 280     changeColour();\r
 281   }\r
 282 \r
 283   void changeColour()\r
 284   {\r
 285     // Check if combobox is still adjusting\r
 286     if (adjusting)\r
 287     {\r
 288       return;\r
 289     }\r
 290 \r
 291     // We removed the non-graph annotations when filling the combobox\r
 292     // so allow for them again here\r
 293     int nograph = 0, graph = -1;\r
 294     for (int i = 0; i < av.alignment.getAlignmentAnnotation().length; i++)\r
 295     {\r
 296       if (av.alignment.getAlignmentAnnotation()[i].graph == 0)\r
 297       {\r
 298         nograph++;\r
 299       }\r
 300       else\r
 301       {\r
 302         graph++;\r
 303       }\r
 304 \r
 305       if (graph == annotations.getSelectedIndex())\r
 306       {\r
 307         break;\r
 308       }\r
 309     }\r
 310 \r
 311     currentAnnotation = av.alignment.getAlignmentAnnotation()[graph + nograph];\r
 312 \r
 313     int aboveThreshold = -1;\r
 314     if (threshold.getSelectedItem().equals("Above Threshold"))\r
 315     {\r
 316       aboveThreshold = AnnotationColourGradient.ABOVE_THRESHOLD;\r
 317     }\r
 318     else if (threshold.getSelectedItem().equals("Below Threshold"))\r
 319     {\r
 320       aboveThreshold = AnnotationColourGradient.BELOW_THRESHOLD;\r
 321     }\r
 322 \r
 323     slider.setEnabled(true);\r
 324     thresholdValue.setEnabled(true);\r
 325 \r
 326     if (aboveThreshold == AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD)\r
 327     {\r
 328       slider.setEnabled(false);\r
 329       thresholdValue.setEnabled(false);\r
 330       thresholdValue.setText("");\r
 331     }\r
 332     else if (aboveThreshold != AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD &&\r
 333              currentAnnotation.threshold == null)\r
 334     {\r
 335       currentAnnotation.setThreshold(new jalview.datamodel.GraphLine\r
 336                                      ( (currentAnnotation.graphMax -\r
 337                                         currentAnnotation.graphMin) / 2f,\r
 338                                       "Threshold",\r
 339                                       Color.black));\r
 340     }\r
 341 \r
 342     if (aboveThreshold != AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD)\r
 343     {\r
 344       adjusting = true;\r
 345       float range = currentAnnotation.graphMax * 1000 -\r
 346           currentAnnotation.graphMin * 1000;\r
 347 \r
 348       slider.setMinimum( (int) (currentAnnotation.graphMin * 1000));\r
 349       slider.setMaximum( (int) (currentAnnotation.graphMax * 1000));\r
 350       slider.setValue( (int) (currentAnnotation.threshold.value * 1000));\r
 351       thresholdValue.setText(currentAnnotation.threshold.value + "");\r
 352       slider.setMajorTickSpacing( (int) (range / 10f));\r
 353       slider.setEnabled(true);\r
 354       thresholdValue.setEnabled(true);\r
 355       adjusting = false;\r
 356     }\r
 357 \r
 358     AnnotationColourGradient acg = null;\r
 359     if (currentColours.isSelected())\r
 360     {\r
 361       acg = new AnnotationColourGradient(\r
 362           currentAnnotation,\r
 363           av.getGlobalColourScheme(), aboveThreshold);\r
 364     }\r
 365     else\r
 366     {\r
 367       acg =\r
 368           new AnnotationColourGradient(\r
 369               currentAnnotation,\r
 370               minColour.getBackground(),\r
 371               maxColour.getBackground(),\r
 372               aboveThreshold);\r
 373     }\r
 374 \r
 375     av.setGlobalColourScheme(acg);\r
 376 \r
 377     if (av.alignment.getGroups() != null)\r
 378     {\r
 379       Vector allGroups = ap.av.alignment.getGroups();\r
 380       SequenceGroup sg;\r
 381       for (int g = 0; g < allGroups.size(); g++)\r
 382       {\r
 383         sg = (SequenceGroup) allGroups.get(g);\r
 384 \r
 385         if (sg.cs == null)\r
 386         {\r
 387           continue;\r
 388         }\r
 389 \r
 390         if (currentColours.isSelected())\r
 391         {\r
 392           sg.cs = new AnnotationColourGradient(\r
 393               currentAnnotation,\r
 394               sg.cs, aboveThreshold);\r
 395         }\r
 396         else\r
 397         {\r
 398           sg.cs = new AnnotationColourGradient(\r
 399               currentAnnotation,\r
 400               minColour.getBackground(),\r
 401               maxColour.getBackground(),\r
 402               aboveThreshold);\r
 403         }\r
 404 \r
 405       }\r
 406     }\r
 407 \r
 408     ap.repaint();\r
 409   }\r
 410 \r
 411   public void ok_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 412   {\r
 413     changeColour();\r
 414     try\r
 415     {\r
 416       frame.setClosed(true);\r
 417     }\r
 418     catch (Exception ex)\r
 419     {}\r
 420   }\r
 421 \r
 422   public void cancel_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 423   {\r
 424     reset();\r
 425     try\r
 426     {\r
 427       frame.setClosed(true);\r
 428     }\r
 429     catch (Exception ex)\r
 430     {}\r
 431   }\r
 432 \r
 433   void reset()\r
 434   {\r
 435     av.setGlobalColourScheme(oldcs);\r
 436     if (av.alignment.getGroups() != null)\r
 437     {\r
 438       Vector allGroups = ap.av.alignment.getGroups();\r
 439       SequenceGroup sg;\r
 440       for (int g = 0; g < allGroups.size(); g++)\r
 441       {\r
 442         sg = (SequenceGroup) allGroups.get(g);\r
 443         sg.cs = (ColourSchemeI) oldgroupColours.get(sg);\r
 444       }\r
 445     }\r
 446   }\r
 447 \r
 448   public void thresholdCheck_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 449   {\r
 450     changeColour();\r
 451   }\r
 452 \r
 453   public void annotations_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 454   {\r
 455     changeColour();\r
 456   }\r
 457 \r
 458   public void threshold_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 459   {\r
 460     changeColour();\r
 461   }\r
 462 \r
 463   public void thresholdValue_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 464   {\r
 465     try\r
 466     {\r
 467       float f = Float.parseFloat(thresholdValue.getText());\r
 468       slider.setValue( (int) (f * 1000));\r
 469     }\r
 470     catch (NumberFormatException ex)\r
 471     {}\r
 472   }\r
 473 \r
 474   public void valueChanged()\r
 475   {\r
 476     if (currentColours.isSelected()\r
 477         && ! (av.getGlobalColourScheme() instanceof AnnotationColourGradient))\r
 478     {\r
 479       changeColour();\r
 480     }\r
 481 \r
 482     currentAnnotation.threshold.value = (float) slider.getValue() / 1000f;\r
 483     ap.repaint();\r
 484   }\r
 485 \r
 486   public void currentColours_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 487   {\r
 488     if (currentColours.isSelected())\r
 489     {\r
 490       reset();\r
 491     }\r
 492 \r
 493     maxColour.setEnabled(!currentColours.isSelected());\r
 494     minColour.setEnabled(!currentColours.isSelected());\r
 495 \r
 496     changeColour();\r
 497   }\r
 498 \r
 499 }\r