src/jalview/gui/AnnotationLabels.java

   1 \r
   2 /*\r
   3 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   4 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   5 *\r
   6 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   7 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   8 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   9 * of the License, or (at your option) any later version.\r
  10 *\r
  11 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  12 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  13 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  14 * GNU General Public License for more details.\r
  15 *\r
  16 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  17 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  18 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  19 */\r
  20 \r
  21 package jalview.gui;\r
  22 \r
  23 import javax.swing.*;\r
  24 import java.awt.event.*;\r
  25 import java.awt.*;\r
  26 import java.awt.image.*;\r
  27 import jalview.datamodel.*;\r
  28 import jalview.io.FormatAdapter;\r
  29 \r
  30 public class AnnotationLabels extends JPanel implements MouseListener, MouseMotionListener, ActionListener\r
  31 {\r
  32   boolean active = false;\r
  33   Image image;\r
  34   AlignmentPanel ap ;\r
  35   boolean resizing = false;\r
  36   int oldY, mouseX;\r
  37   static String ADDNEW = "Add New Row";\r
  38   static String HIDE = "Hide This Row";\r
  39   static String DELETE = "Delete This Row";\r
  40   static String SHOWALL="Show All Hidden Rows";\r
  41   static String OUTPUT_TEXT="Show Values In Textbox";\r
  42   int selectedRow = 0;\r
  43   int scrollOffset = 0;\r
  44 \r
  45   public AnnotationLabels(AlignmentPanel ap)\r
  46   {\r
  47     this.ap = ap;\r
  48 \r
  49     java.net.URL url = getClass().getResource("/images/idwidth.gif");\r
  50     Image temp = null;\r
  51     if (url != null)\r
  52       temp = java.awt.Toolkit.getDefaultToolkit().createImage(url);\r
  53 \r
  54     try\r
  55     {\r
  56       MediaTracker mt = new MediaTracker(this);\r
  57       mt.addImage(temp, 0);\r
  58       mt.waitForID(0);\r
  59     }\r
  60     catch (Exception ex) {}\r
  61 \r
  62     BufferedImage bi = new BufferedImage(temp.getHeight(this), temp.getWidth(this),\r
  63                                          BufferedImage.TYPE_INT_RGB);\r
  64     Graphics2D g = (Graphics2D) bi.getGraphics();\r
  65     g.rotate(Math.toRadians(90));\r
  66     g.drawImage(temp, 0, -bi.getWidth(this), this);\r
  67     image = (Image) bi;\r
  68 \r
  69     addMouseListener(this);\r
  70     addMouseMotionListener(this);\r
  71   }\r
  72 \r
  73   public void setScrollOffset(int y)\r
  74   {\r
  75     scrollOffset = y;\r
  76     repaint();\r
  77   }\r
  78 \r
  79   public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
  80   {\r
  81     AlignmentAnnotation[] aa = ap.av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
  82 \r
  83     if(evt.getActionCommand().equals(ADDNEW))\r
  84     {\r
  85       String label = JOptionPane.showInputDialog(this, "Label for annotation");\r
  86       if(label==null)\r
  87         label = "";\r
  88       ap.av.alignment.addAnnotation(new AlignmentAnnotation\r
  89                                       (label,\r
  90                                        "New description",\r
  91                                        new Annotation[ap.av.alignment.getWidth()]));\r
  92     }\r
  93    else if(evt.getActionCommand().equals(HIDE))\r
  94    {\r
  95      aa[selectedRow].visible = false;\r
  96      if(aa[selectedRow].label.equals("Conservation"))\r
  97        ap.av.showConservation = false;\r
  98      if(aa[selectedRow].label.equals("Quality"))\r
  99        ap.av.showQuality = false;\r
 100      if(aa[selectedRow].label.equals("Consensus"))\r
 101        ap.av.showIdentity = false;\r
 102    }\r
 103    else if(evt.getActionCommand().equals(DELETE))\r
 104    {\r
 105      ap.av.alignment.deleteAnnotation(aa[selectedRow]);\r
 106    }\r
 107    else if(evt.getActionCommand().equals(SHOWALL))\r
 108    {\r
 109        for(int i=0; i<aa.length; i++)\r
 110          aa[i].visible = true;\r
 111    }\r
 112    else if(evt.getActionCommand().equals(OUTPUT_TEXT))\r
 113    {\r
 114      CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();\r
 115      Desktop.addInternalFrame(cap, ap.alignFrame.getTitle()+" - "+ aa[selectedRow].label, 500, 100);\r
 116      cap.setText( aa[selectedRow].toString() );\r
 117    }\r
 118 \r
 119    ap.annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
 120    ap.repaint();\r
 121 \r
 122   }\r
 123 \r
 124   public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
 125   {\r
 126     int y = evt.getY() - scrollOffset;\r
 127 \r
 128       AlignmentAnnotation[] aa = ap.av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 129        if(aa==null || aa.length==0)\r
 130        {\r
 131             JPopupMenu pop = new JPopupMenu("Annotations");\r
 132             JMenuItem item = new JMenuItem(ADDNEW);\r
 133             item.addActionListener(this);\r
 134             pop.add(item);\r
 135             pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 136             return;\r
 137        }\r
 138 \r
 139        int height = 0;\r
 140        for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
 141        {\r
 142          if(!aa[i].visible)\r
 143            continue;\r
 144 \r
 145          height += aa[i].height;\r
 146          if(y<height)\r
 147          {\r
 148            selectedRow = i;\r
 149            break;\r
 150          }\r
 151        }\r
 152 \r
 153       JPopupMenu pop = new JPopupMenu("Annotations");\r
 154       JMenuItem item = new JMenuItem(ADDNEW);\r
 155       item.addActionListener(this);\r
 156       pop.add(item);\r
 157       item = new JMenuItem(HIDE);\r
 158       item.addActionListener(this);\r
 159       pop.add(item);\r
 160       item = new JMenuItem(DELETE);\r
 161       item.addActionListener(this);\r
 162       pop.add(item);\r
 163       item = new JMenuItem(SHOWALL);\r
 164       item.addActionListener(this);\r
 165       pop.add(item);\r
 166       item = new JMenuItem(OUTPUT_TEXT);\r
 167       item.addActionListener(this);\r
 168       pop.add(item);\r
 169       pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 170 \r
 171     oldY = evt.getY();\r
 172   }\r
 173 \r
 174   public void mouseReleased(MouseEvent evt){ active = false; repaint(); }\r
 175   public void mouseEntered(MouseEvent evt) { active = true;  repaint();}\r
 176   public void mouseExited(MouseEvent evt)  { active = false; repaint();}\r
 177   public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 178   {\r
 179     active = true;\r
 180     Dimension d = ap.annotationScroller.getPreferredSize();\r
 181     int dif = evt.getY() - oldY;\r
 182 \r
 183     dif /= ap.av.charHeight;\r
 184     dif *= ap.av.charHeight;\r
 185 \r
 186     if(d.height-dif>20)\r
 187     {\r
 188       ap.annotationScroller.setPreferredSize(new Dimension(d.width,d.height - dif));\r
 189       d = ap.annotationSpaceFillerHolder.getPreferredSize();\r
 190       ap.annotationSpaceFillerHolder.setPreferredSize(new Dimension(d.width,d.height - dif));\r
 191       ap.repaint();\r
 192     }\r
 193     ap.addNotify();\r
 194   }\r
 195 \r
 196   public void mouseMoved(MouseEvent evt)   {}\r
 197   public void mouseClicked(MouseEvent evt) {}\r
 198 \r
 199   public void paintComponent(Graphics g1)\r
 200   {\r
 201     Graphics2D g = (Graphics2D)g1;\r
 202     g.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
 203 \r
 204     drawComponent(g);\r
 205   }\r
 206 \r
 207   public void drawComponent(Graphics2D g)\r
 208   {\r
 209     FontMetrics fm = g.getFontMetrics(g.getFont());\r
 210     g.setColor(Color.white);\r
 211     g.fillRect(0,0, getWidth(), getHeight());\r
 212 \r
 213     g.translate(0, scrollOffset);\r
 214     g.setColor(Color.black);\r
 215 \r
 216    AlignmentAnnotation[] aa = ap.av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 217    int y = g.getFont().getSize();\r
 218    int x = 0;\r
 219 \r
 220    if(aa!=null)\r
 221    for(int i=0; i<aa.length; i++)\r
 222    {\r
 223      if(!aa[i].visible)\r
 224        continue;\r
 225 \r
 226      x = getWidth() - fm.stringWidth(aa[i].label)-3;\r
 227 \r
 228      if(aa[i].isGraph)\r
 229        y+=(aa[i].height/3);\r
 230 \r
 231      g.drawString(aa[i].label, x, y);\r
 232 \r
 233      if(aa[i].isGraph)\r
 234        y+=(2*aa[i].height/3);\r
 235     else\r
 236        y+=aa[i].height;\r
 237    }\r
 238 \r
 239    if (active)\r
 240    {\r
 241      if (image != null)\r
 242        g.drawImage(image, 2, 0, this);\r
 243    }\r
 244 \r
 245    if (aa == null || aa.length<1)\r
 246    {\r
 247      g.drawString("Right click", 2, 8);\r
 248      g.drawString("to add annotation", 2, 18);\r
 249    }\r
 250 \r
 251 \r
 252 \r
 253   }\r
 254 \r
 255 }\r