src/jalview/gui/AnnotationPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.gui;
  19
  20 import java.awt.*;
  21 import java.awt.event.*;
  22 import java.awt.image.*;
  23 import javax.swing.*;
  24
  25 import jalview.datamodel.*;
  26 import jalview.renderer.AnnotationRenderer;
  27 import jalview.renderer.AwtRenderPanelI;
  28
  29 /**
  30  * DOCUMENT ME!
  31  *
  32  * @author $author$
  33  * @version $Revision$
  34  */
  35 public class AnnotationPanel extends JPanel implements AwtRenderPanelI,
  36         MouseListener, MouseMotionListener, ActionListener,
  37         AdjustmentListener
  38 {
  39   final String HELIX = "Helix";
  40
  41   final String SHEET = "Sheet";
  42
  43   /**
  44    * For RNA secondary structure "stems" aka helices
  45    */
  46   final String STEM = "RNA Helix";
  47
  48   final String LABEL = "Label";
  49
  50   final String REMOVE = "Remove Annotation";
  51
  52   final String COLOUR = "Colour";
  53
  54   public final Color HELIX_COLOUR = Color.red.darker();
  55
  56   public final Color SHEET_COLOUR = Color.green.darker().darker();
  57
  58   public final Color STEM_COLOUR = Color.blue.darker();
  59
  60   /** DOCUMENT ME!! */
  61   public AlignViewport av;
  62
  63   AlignmentPanel ap;
  64
  65   public int activeRow = -1;
  66
  67   public BufferedImage image;
  68
  69   public volatile BufferedImage fadedImage;
  70
  71   Graphics2D gg;
  72
  73   public FontMetrics fm;
  74
  75   public int imgWidth = 0;
  76
  77   boolean fastPaint = false;
  78
  79   // Used For mouse Dragging and resizing graphs
  80   int graphStretch = -1;
  81
  82   int graphStretchY = -1;
  83
  84   int min; // used by mouseDragged to see if user
  85
  86   int max; // used by mouseDragged to see if user
  87
  88   boolean mouseDragging = false;
  89
  90   boolean MAC = false;
  91
  92   // for editing cursor
  93   int cursorX = 0;
  94
  95   int cursorY = 0;
  96
  97   public final AnnotationRenderer renderer;
  98
  99   /**
 100    * Creates a new AnnotationPanel object.
 101    *
 102    * @param ap
 103    *          DOCUMENT ME!
 104    */
 105   public AnnotationPanel(AlignmentPanel ap)
 106   {
 107
 108     MAC = new jalview.util.Platform().isAMac();
 109
 110     ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);
 111     ToolTipManager.sharedInstance().setInitialDelay(0);
 112     ToolTipManager.sharedInstance().setDismissDelay(10000);
 113     this.ap = ap;
 114     av = ap.av;
 115     this.setLayout(null);
 116     addMouseListener(this);
 117     addMouseMotionListener(this);
 118     ap.annotationScroller.getVerticalScrollBar()
 119             .addAdjustmentListener(this);
 120     renderer = new AnnotationRenderer();
 121   }
 122
 123   public AnnotationPanel(AlignViewport av)
 124   {
 125     this.av = av;
 126     renderer = new AnnotationRenderer();
 127   }
 128
 129   /**
 130    * DOCUMENT ME!
 131    *
 132    * @param evt
 133    *          DOCUMENT ME!
 134    */
 135   @Override
 136   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)
 137   {
 138     ap.alabels.setScrollOffset(-evt.getValue());
 139   }
 140
 141   /**
 142    * Calculates the height of the annotation displayed in the annotation panel.
 143    * Callers should normally call the ap.adjustAnnotationHeight method to ensure
 144    * all annotation associated components are updated correctly.
 145    *
 146    */
 147   public int adjustPanelHeight()
 148   {
 149     int height = calcPanelHeight();
 150     this.setPreferredSize(new Dimension(1, height));
 151     if (ap != null)
 152     {
 153       // revalidate only when the alignment panel is fully constructed
 154       ap.validate();
 155     }
 156
 157     return height;
 158   }
 159
 160   /**
 161    * calculate the height for visible annotation, revalidating bounds where
 162    * necessary ABSTRACT GUI METHOD
 163    *
 164    * @return total height of annotation
 165    */
 166   public int calcPanelHeight()
 167   {
 168     // setHeight of panels
 169     AlignmentAnnotation[] aa = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation();
 170     int height = 0;
 171
 172     if (aa != null)
 173     {
 174       for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 175       {
 176         if (aa[i] == null)
 177         {
 178           System.err.println("Null annotation row: ignoring.");
 179           continue;
 180         }
 181         if (!aa[i].visible)
 182         {
 183           continue;
 184         }
 185
 186         aa[i].height = 0;
 187
 188         if (aa[i].hasText)
 189         {
 190           aa[i].height += av.charHeight;
 191         }
 192
 193         if (aa[i].hasIcons)
 194         {
 195           aa[i].height += 16;
 196         }
 197
 198         if (aa[i].graph > 0)
 199         {
 200           aa[i].height += aa[i].graphHeight;
 201         }
 202
 203         if (aa[i].height == 0)
 204         {
 205           aa[i].height = 20;
 206         }
 207
 208         height += aa[i].height;
 209       }
 210     }
 211     if (height == 0)
 212     {
 213       // set minimum
 214       height = 20;
 215     }
 216     return height;
 217   }
 218
 219   /**
 220    * DOCUMENT ME!
 221    *
 222    * @param evt
 223    *          DOCUMENT ME!
 224    */
 225   @Override
 226   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 227   {
 228     AlignmentAnnotation[] aa = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation();
 229     if (aa == null)
 230     {
 231       return;
 232     }
 233     Annotation[] anot = aa[activeRow].annotations;
 234
 235     if (anot.length < av.getColumnSelection().getMax())
 236     {
 237       Annotation[] temp = new Annotation[av.getColumnSelection().getMax() + 2];
 238       System.arraycopy(anot, 0, temp, 0, anot.length);
 239       anot = temp;
 240       aa[activeRow].annotations = anot;
 241     }
 242
 243     if (evt.getActionCommand().equals(REMOVE))
 244     {
 245       for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().size(); i++)
 246       {
 247         anot[av.getColumnSelection().columnAt(i)] = null;
 248       }
 249     }
 250     else if (evt.getActionCommand().equals(LABEL))
 251     {
 252       String exMesg = collectAnnotVals(anot, av.getColumnSelection(), LABEL);
 253       String label = JOptionPane.showInputDialog(this, "Enter label",
 254               exMesg);
 255
 256       if (label == null)
 257       {
 258         return;
 259       }
 260
 261       if ((label.length() > 0) && !aa[activeRow].hasText)
 262       {
 263         aa[activeRow].hasText = true;
 264       }
 265
 266       for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().size(); i++)
 267       {
 268         int index = av.getColumnSelection().columnAt(i);
 269
 270         if (!av.getColumnSelection().isVisible(index))
 271           continue;
 272
 273         if (anot[index] == null)
 274         {
 275           anot[index] = new Annotation(label, "", ' ', 0); // TODO: verify that
 276           // null exceptions
 277           // aren't raised
 278           // elsewhere.
 279         }
 280         else
 281         {
 282           anot[index].displayCharacter = label;
 283         }
 284       }
 285     }
 286     else if (evt.getActionCommand().equals(COLOUR))
 287     {
 288       Color col = JColorChooser.showDialog(this,
 289               "Choose foreground colour", Color.black);
 290
 291       for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().size(); i++)
 292       {
 293         int index = av.getColumnSelection().columnAt(i);
 294
 295         if (!av.getColumnSelection().isVisible(index))
 296           continue;
 297
 298         if (anot[index] == null)
 299         {
 300           anot[index] = new Annotation("", "", ' ', 0);
 301         }
 302
 303         anot[index].colour = col;
 304       }
 305     }
 306     else
 307     // HELIX OR SHEET
 308     {
 309       char type = 0;
 310       String symbol = "\u03B1";
 311
 312       if (evt.getActionCommand().equals(HELIX))
 313       {
 314         type = 'H';
 315       }
 316       else if (evt.getActionCommand().equals(SHEET))
 317       {
 318         type = 'E';
 319         symbol = "\u03B2";
 320       }
 321
 322       // Added by LML to color stems
 323       else if (evt.getActionCommand().equals(STEM))
 324       {
 325         type = 'S';
 326         symbol = "\u03C3";
 327       }
 328
 329       if (!aa[activeRow].hasIcons)
 330       {
 331         aa[activeRow].hasIcons = true;
 332       }
 333
 334       String label = JOptionPane.showInputDialog(
 335               "Enter a label for the structure?", symbol);
 336
 337       if (label == null)
 338       {
 339         return;
 340       }
 341
 342       if ((label.length() > 0) && !aa[activeRow].hasText)
 343       {
 344         aa[activeRow].hasText = true;
 345       }
 346
 347       for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().size(); i++)
 348       {
 349         int index = av.getColumnSelection().columnAt(i);
 350
 351         if (!av.getColumnSelection().isVisible(index))
 352           continue;
 353
 354         if (anot[index] == null)
 355         {
 356           anot[index] = new Annotation(label, "", type, 0);
 357         }
 358
 359         anot[index].secondaryStructure = type;
 360         anot[index].displayCharacter = label;
 361       }
 362     }
 363     aa[activeRow].validateRangeAndDisplay();
 364
 365     adjustPanelHeight();
 366     repaint();
 367
 368     return;
 369   }
 370
 371   private String collectAnnotVals(Annotation[] anot,
 372           ColumnSelection columnSelection, String label2)
 373   {
 374     String collatedInput = "";
 375     String last = "";
 376     ColumnSelection viscols=av.getColumnSelection();
 377     // TODO: refactor and save av.getColumnSelection for efficiency
 378     for (int i = 0; i < columnSelection.size(); i++)
 379     {
 380       int index = columnSelection.columnAt(i);
 381       // always check for current display state - just in case
 382       if (!viscols.isVisible(index))
 383         continue;
 384       String tlabel = null;
 385       if (anot[index] != null)
 386       { // LML added stem code
 387         if (label2.equals(HELIX) || label2.equals(SHEET)
 388                 || label2.equals(STEM) || label2.equals(LABEL))
 389         {
 390           tlabel = anot[index].description;
 391           if (tlabel == null || tlabel.length() < 1)
 392           {
 393             if (label2.equals(HELIX) || label2.equals(SHEET)
 394                     || label2.equals(STEM))
 395             {
 396               tlabel = "" + anot[index].secondaryStructure;
 397             }
 398             else
 399             {
 400               tlabel = "" + anot[index].displayCharacter;
 401             }
 402           }
 403         }
 404         if (tlabel != null && !tlabel.equals(last))
 405         {
 406           if (last.length() > 0)
 407           {
 408             collatedInput += " ";
 409           }
 410           collatedInput += tlabel;
 411         }
 412       }
 413     }
 414     return collatedInput;
 415   }
 416
 417   /**
 418    * DOCUMENT ME!
 419    *
 420    * @param evt
 421    *          DOCUMENT ME!
 422    */
 423   @Override
 424   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 425   {
 426
 427     AlignmentAnnotation[] aa = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation();
 428     if (aa == null)
 429     {
 430       return;
 431     }
 432
 433     int height = 0;
 434     activeRow = -1;
 435
 436     for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 437     {
 438       if (aa[i].visible)
 439       {
 440         height += aa[i].height;
 441       }
 442
 443       if (evt.getY() < height)
 444       {
 445         if (aa[i].editable)
 446         {
 447           activeRow = i;
 448         }
 449         else if (aa[i].graph > 0)
 450         {
 451           // Stretch Graph
 452           graphStretch = i;
 453           graphStretchY = evt.getY();
 454         }
 455
 456         break;
 457       }
 458     }
 459
 460     if (SwingUtilities.isRightMouseButton(evt) && activeRow != -1)
 461     {
 462       if (av.getColumnSelection() == null)
 463       {
 464         return;
 465       }
 466
 467       JPopupMenu pop = new JPopupMenu("Structure type");
 468       JMenuItem item;
 469       /*
 470        * Just display the needed structure options
 471        */
 472       if (av.getAlignment().isNucleotide() == true)
 473       {
 474         item = new JMenuItem(STEM);
 475         item.addActionListener(this);
 476         pop.add(item);
 477       }
 478       else
 479       {
 480         item = new JMenuItem(HELIX);
 481         item.addActionListener(this);
 482         pop.add(item);
 483         item = new JMenuItem(SHEET);
 484         item.addActionListener(this);
 485         pop.add(item);
 486       }
 487       item = new JMenuItem(LABEL);
 488       item.addActionListener(this);
 489       pop.add(item);
 490       item = new JMenuItem(COLOUR);
 491       item.addActionListener(this);
 492       pop.add(item);
 493       item = new JMenuItem(REMOVE);
 494       item.addActionListener(this);
 495       pop.add(item);
 496       pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());
 497
 498       return;
 499     }
 500
 501     if (aa == null)
 502     {
 503       return;
 504     }
 505
 506     ap.scalePanel.mousePressed(evt);
 507
 508   }
 509
 510   /**
 511    * DOCUMENT ME!
 512    *
 513    * @param evt
 514    *          DOCUMENT ME!
 515    */
 516   @Override
 517   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 518   {
 519     graphStretch = -1;
 520     graphStretchY = -1;
 521     mouseDragging = false;
 522     ap.scalePanel.mouseReleased(evt);
 523   }
 524
 525   /**
 526    * DOCUMENT ME!
 527    *
 528    * @param evt
 529    *          DOCUMENT ME!
 530    */
 531   @Override
 532   public void mouseEntered(MouseEvent evt)
 533   {
 534     ap.scalePanel.mouseEntered(evt);
 535   }
 536
 537   /**
 538    * DOCUMENT ME!
 539    *
 540    * @param evt
 541    *          DOCUMENT ME!
 542    */
 543   @Override
 544   public void mouseExited(MouseEvent evt)
 545   {
 546     ap.scalePanel.mouseExited(evt);
 547   }
 548
 549   /**
 550    * DOCUMENT ME!
 551    *
 552    * @param evt
 553    *          DOCUMENT ME!
 554    */
 555   @Override
 556   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 557   {
 558     if (graphStretch > -1)
 559     {
 560       av.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[graphStretch].graphHeight += graphStretchY
 561               - evt.getY();
 562       if (av.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[graphStretch].graphHeight < 0)
 563       {
 564         av.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[graphStretch].graphHeight = 0;
 565       }
 566       graphStretchY = evt.getY();
 567       adjustPanelHeight();
 568       ap.paintAlignment(true);
 569     }
 570     else
 571     {
 572       ap.scalePanel.mouseDragged(evt);
 573     }
 574   }
 575
 576   /**
 577    * DOCUMENT ME!
 578    *
 579    * @param evt
 580    *          DOCUMENT ME!
 581    */
 582   @Override
 583   public void mouseMoved(MouseEvent evt)
 584   {
 585     AlignmentAnnotation[] aa = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation();
 586
 587     if (aa == null)
 588     {
 589       this.setToolTipText(null);
 590       return;
 591     }
 592
 593     int row = -1;
 594     int height = 0;
 595
 596     for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 597     {
 598       if (aa[i].visible)
 599       {
 600         height += aa[i].height;
 601       }
 602
 603       if (evt.getY() < height)
 604       {
 605         row = i;
 606
 607         break;
 608       }
 609     }
 610
 611     if (row == -1)
 612     {
 613       this.setToolTipText(null);
 614       return;
 615     }
 616
 617     int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();
 618
 619     if (av.hasHiddenColumns())
 620     {
 621       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);
 622     }
 623
 624     if (row > -1 && aa[row].annotations != null
 625             && res < aa[row].annotations.length)
 626     {
 627       if (aa[row].graphGroup > -1)
 628       {
 629         StringBuffer tip = new StringBuffer("<html>");
 630         for (int gg = 0; gg < aa.length; gg++)
 631         {
 632           if (aa[gg].graphGroup == aa[row].graphGroup
 633                   && aa[gg].annotations[res] != null)
 634           {
 635             tip.append(aa[gg].label + " "
 636                     + aa[gg].annotations[res].description + "<br>");
 637           }
 638         }
 639         if (tip.length() != 6)
 640         {
 641           tip.setLength(tip.length() - 4);
 642           this.setToolTipText(tip.toString() + "</html>");
 643         }
 644       }
 645       else if (aa[row].annotations[res] != null
 646               && aa[row].annotations[res].description != null
 647               && aa[row].annotations[res].description.length() > 0)
 648       {
 649         this.setToolTipText(aa[row].annotations[res].description);
 650       }
 651       else
 652       {
 653         // clear the tooltip.
 654         this.setToolTipText(null);
 655       }
 656
 657       if (aa[row].annotations[res] != null)
 658       {
 659         StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence position "
 660                 + (res + 1));
 661
 662         if (aa[row].annotations[res].description != null)
 663         {
 664           text.append("  " + aa[row].annotations[res].description);
 665         }
 666
 667         ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());
 668       }
 669     }
 670     else
 671     {
 672       this.setToolTipText(null);
 673     }
 674   }
 675
 676   /**
 677    * DOCUMENT ME!
 678    *
 679    * @param evt
 680    *          DOCUMENT ME!
 681    */
 682   @Override
 683   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 684   {
 685     if (activeRow != -1)
 686     {
 687       AlignmentAnnotation[] aa = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation();
 688       AlignmentAnnotation anot = aa[activeRow];
 689
 690       if (anot.description.equals("secondary structure"))
 691       {
 692         // System.out.println(anot.description+" "+anot.getRNAStruc());
 693       }
 694     }
 695   }
 696
 697   // TODO mouseClicked-content and drawCursor are quite experimental!
 698   public void drawCursor(Graphics graphics, SequenceI seq, int res, int x1,
 699           int y1)
 700   {
 701     int pady = av.charHeight / 5;
 702     int charOffset = 0;
 703     graphics.setColor(Color.black);
 704     graphics.fillRect(x1, y1, av.charWidth, av.charHeight);
 705
 706     if (av.validCharWidth)
 707     {
 708       graphics.setColor(Color.white);
 709
 710       char s = seq.getCharAt(res);
 711
 712       charOffset = (av.charWidth - fm.charWidth(s)) / 2;
 713       graphics.drawString(String.valueOf(s), charOffset + x1,
 714               (y1 + av.charHeight) - pady);
 715     }
 716
 717   }
 718   private volatile boolean imageFresh=false;
 719   /**
 720    * DOCUMENT ME!
 721    *
 722    * @param g
 723    *          DOCUMENT ME!
 724    */
 725   @Override
 726   public void paintComponent(Graphics g)
 727   {
 728     g.setColor(Color.white);
 729     g.fillRect(0, 0, getWidth(), getHeight());
 730
 731     if (image != null)
 732     {
 733       if (fastPaint || (getVisibleRect().width != g.getClipBounds().width)
 734               || (getVisibleRect().height != g.getClipBounds().height))
 735       {
 736         g.drawImage(image, 0, 0, this);
 737         fastPaint = false;
 738         return;
 739       }
 740     }
 741     imgWidth = (av.endRes - av.startRes + 1) * av.charWidth;
 742     if (imgWidth < 1)
 743       return;
 744     if (image == null || imgWidth != image.getWidth()
 745             || image.getHeight(this) != getHeight())
 746     {
 747       image = new BufferedImage(imgWidth, ap.annotationPanel.getHeight(),
 748               BufferedImage.TYPE_INT_RGB);
 749       gg = (Graphics2D) image.getGraphics();
 750
 751       if (av.antiAlias)
 752       {
 753         gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,
 754                 RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);
 755       }
 756
 757       gg.setFont(av.getFont());
 758       fm = gg.getFontMetrics();
 759       gg.setColor(Color.white);
 760       gg.fillRect(0, 0, imgWidth, image.getHeight());
 761       imageFresh=true;
 762     }
 763
 764     drawComponent(gg, av.startRes, av.endRes + 1);
 765     imageFresh=false;
 766     g.drawImage(image, 0, 0, this);
 767   }
 768
 769   /**
 770    * non-Thread safe repaint
 771    *
 772    * @param horizontal
 773    *          repaint with horizontal shift in alignment
 774    */
 775   public void fastPaint(int horizontal)
 776   {
 777
 778     if ((horizontal == 0) || gg == null
 779             || av.getAlignment().getAlignmentAnnotation() == null
 780             || av.getAlignment().getAlignmentAnnotation().length < 1
 781             || av.isCalcInProgress())
 782     {
 783       repaint();
 784       return;
 785     }
 786     gg.copyArea(0, 0, imgWidth, getHeight(), -horizontal * av.charWidth, 0);
 787
 788     int sr = av.startRes;
 789     int er = av.endRes + 1;
 790     int transX = 0;
 791
 792     if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left
 793     {
 794       transX = (er - sr - horizontal) * av.charWidth;
 795       sr = er - horizontal;
 796     }
 797     else if (horizontal < 0)
 798     {
 799       er = sr - horizontal;
 800     }
 801
 802     gg.translate(transX, 0);
 803
 804     drawComponent(gg, sr, er);
 805
 806     gg.translate(-transX, 0);
 807
 808     fastPaint = true;
 809     repaint();
 810
 811   }
 812   private volatile boolean lastImageGood=false;
 813   /**
 814    * DOCUMENT ME!
 815    *
 816    * @param g
 817    *          DOCUMENT ME!
 818    * @param startRes
 819    *          DOCUMENT ME!
 820    * @param endRes
 821    *          DOCUMENT ME!
 822    */
 823   public void drawComponent(Graphics g, int startRes, int endRes)
 824   {
 825     BufferedImage oldFaded=fadedImage;
 826     if (av.isCalcInProgress())
 827     {
 828       if (image == null)
 829       {
 830         lastImageGood=false;
 831         return;
 832       }
 833       // We'll keep a record of the old image,
 834       // and draw a faded image until the calculation
 835       // has completed
 836       if (lastImageGood && (fadedImage == null || fadedImage.getWidth() != imgWidth
 837               || fadedImage.getHeight() != image.getHeight()))
 838       {
 839 //        System.err.println("redraw faded image ("+(fadedImage==null ? "null image" : "") + " lastGood="+lastImageGood+")");
 840         fadedImage = new BufferedImage(imgWidth, image.getHeight(),
 841                 BufferedImage.TYPE_INT_RGB);
 842
 843         Graphics2D fadedG = (Graphics2D) fadedImage.getGraphics();
 844
 845         fadedG.setColor(Color.white);
 846         fadedG.fillRect(0, 0, imgWidth, image.getHeight());
 847
 848         fadedG.setComposite(AlphaComposite.getInstance(
 849                 AlphaComposite.SRC_OVER, .3f));
 850         fadedG.drawImage(image, 0, 0, this);
 851
 852       }
 853       // make sure we don't overwrite the last good faded image until all calculations have finished
 854       lastImageGood=false;
 855
 856     }
 857     else
 858     {
 859       if (fadedImage!=null)
 860       {
 861         oldFaded=fadedImage;
 862       }
 863       fadedImage = null;
 864     }
 865
 866     g.setColor(Color.white);
 867     g.fillRect(0, 0, (endRes - startRes) * av.charWidth, getHeight());
 868
 869     g.setFont(av.getFont());
 870     if (fm == null)
 871     {
 872       fm = g.getFontMetrics();
 873     }
 874
 875     if ((av.getAlignment().getAlignmentAnnotation() == null)
 876             || (av.getAlignment().getAlignmentAnnotation().length < 1))
 877     {
 878       g.setColor(Color.white);
 879       g.fillRect(0, 0, getWidth(), getHeight());
 880       g.setColor(Color.black);
 881       if (av.validCharWidth)
 882       {
 883         g.drawString("Alignment has no annotations", 20, 15);
 884       }
 885
 886       return;
 887     }
 888     lastImageGood = renderer.drawComponent(this, av, g, activeRow, startRes, endRes);
 889     if (!lastImageGood && fadedImage==null)
 890     {
 891       fadedImage=oldFaded;
 892     }
 893   }
 894
 895   @Override
 896   public FontMetrics getFontMetrics()
 897   {
 898     return fm;
 899   }
 900
 901   @Override
 902   public Image getFadedImage()
 903   {
 904     return fadedImage;
 905   }
 906
 907   @Override
 908   public int getFadedImageWidth()
 909   {
 910     return imgWidth;
 911   }
 912 }