src/jalview/gui/AnnotationPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.gui;
  19
  20 import java.awt.*;
  21 import java.awt.event.*;
  22 import java.awt.image.*;
  23 import java.util.Hashtable;
  24
  25 import javax.swing.*;
  26
  27 import jalview.analysis.AAFrequency;
  28 import jalview.analysis.StructureFrequency;
  29 import jalview.datamodel.*;
  30 import jalview.renderer.AnnotationRenderer;
  31 import jalview.renderer.AwtRenderPanelI;
  32
  33 /**
  34  * DOCUMENT ME!
  35  *
  36  * @author $author$
  37  * @version $Revision$
  38  */
  39 public class AnnotationPanel extends JPanel implements AwtRenderPanelI,
  40         MouseListener, MouseMotionListener, ActionListener,
  41         AdjustmentListener
  42 {
  43   final String HELIX = "Helix";
  44
  45   final String SHEET = "Sheet";
  46
  47   /**
  48    * For RNA secondary structure "stems" aka helices
  49    */
  50   final String STEM = "RNA Helix";
  51
  52   final String LABEL = "Label";
  53
  54   final String REMOVE = "Remove Annotation";
  55
  56   final String COLOUR = "Colour";
  57
  58   public final Color HELIX_COLOUR = Color.red.darker();
  59
  60   public final Color SHEET_COLOUR = Color.green.darker().darker();
  61
  62   public final Color STEM_COLOUR = Color.blue.darker();
  63
  64   /** DOCUMENT ME!! */
  65   public AlignViewport av;
  66
  67   AlignmentPanel ap;
  68
  69   public int activeRow = -1;
  70
  71   public BufferedImage image;
  72
  73   public BufferedImage fadedImage;
  74
  75   Graphics2D gg;
  76
  77   public FontMetrics fm;
  78
  79   public int imgWidth = 0;
  80
  81   boolean fastPaint = false;
  82
  83   // Used For mouse Dragging and resizing graphs
  84   int graphStretch = -1;
  85
  86   int graphStretchY = -1;
  87
  88   int min; // used by mouseDragged to see if user
  89
  90   int max; // used by mouseDragged to see if user
  91
  92   boolean mouseDragging = false;
  93
  94   boolean MAC = false;
  95
  96   // for editing cursor
  97   int cursorX = 0;
  98
  99   int cursorY = 0;
 100
 101   public final AnnotationRenderer renderer;
 102
 103   /**
 104    * Creates a new AnnotationPanel object.
 105    *
 106    * @param ap
 107    *          DOCUMENT ME!
 108    */
 109   public AnnotationPanel(AlignmentPanel ap)
 110   {
 111
 112     MAC = new jalview.util.Platform().isAMac();
 113
 114     ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);
 115     ToolTipManager.sharedInstance().setInitialDelay(0);
 116     ToolTipManager.sharedInstance().setDismissDelay(10000);
 117     this.ap = ap;
 118     av = ap.av;
 119     this.setLayout(null);
 120     addMouseListener(this);
 121     addMouseMotionListener(this);
 122     ap.annotationScroller.getVerticalScrollBar()
 123             .addAdjustmentListener(this);
 124     renderer = new AnnotationRenderer();
 125   }
 126
 127   public AnnotationPanel(AlignViewport av)
 128   {
 129     this.av = av;
 130     renderer = new AnnotationRenderer();
 131   }
 132
 133   /**
 134    * DOCUMENT ME!
 135    *
 136    * @param evt
 137    *          DOCUMENT ME!
 138    */
 139   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)
 140   {
 141     ap.alabels.setScrollOffset(-evt.getValue());
 142   }
 143
 144   /**
 145    * Calculates the height of the annotation displayed in the annotation panel.
 146    * Callers should normally call the ap.adjustAnnotationHeight method to ensure
 147    * all annotation associated components are updated correctly.
 148    *
 149    */
 150   public int adjustPanelHeight()
 151   {
 152     int height = calcPanelHeight();
 153     this.setPreferredSize(new Dimension(1, height));
 154     if (ap != null)
 155     {
 156       // revalidate only when the alignment panel is fully constructed
 157       ap.validate();
 158     }
 159
 160     return height;
 161   }
 162
 163   /**
 164    * calculate the height for visible annotation, revalidating bounds where
 165    * necessary ABSTRACT GUI METHOD
 166    *
 167    * @return total height of annotation
 168    */
 169   public int calcPanelHeight()
 170   {
 171     // setHeight of panels
 172     AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();
 173     int height = 0;
 174
 175     if (aa != null)
 176     {
 177       for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 178       {
 179         if (aa[i] == null)
 180         {
 181           System.err.println("Null annotation row: ignoring.");
 182           continue;
 183         }
 184         if (!aa[i].visible)
 185         {
 186           continue;
 187         }
 188
 189         aa[i].height = 0;
 190
 191         if (aa[i].hasText)
 192         {
 193           aa[i].height += av.charHeight;
 194         }
 195
 196         if (aa[i].hasIcons)
 197         {
 198           aa[i].height += 16;
 199         }
 200
 201         if (aa[i].graph > 0)
 202         {
 203           aa[i].height += aa[i].graphHeight;
 204         }
 205
 206         if (aa[i].height == 0)
 207         {
 208           aa[i].height = 20;
 209         }
 210
 211         height += aa[i].height;
 212       }
 213     }
 214     if (height == 0)
 215     {
 216       // set minimum
 217       height = 20;
 218     }
 219     return height;
 220   }
 221
 222   /**
 223    * DOCUMENT ME!
 224    *
 225    * @param evt
 226    *          DOCUMENT ME!
 227    */
 228   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 229   {
 230     AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();
 231     if (aa == null)
 232     {
 233       return;
 234     }
 235     Annotation[] anot = aa[activeRow].annotations;
 236
 237     if (anot.length < av.getColumnSelection().getMax())
 238     {
 239       Annotation[] temp = new Annotation[av.getColumnSelection().getMax() + 2];
 240       System.arraycopy(anot, 0, temp, 0, anot.length);
 241       anot = temp;
 242       aa[activeRow].annotations = anot;
 243     }
 244
 245     if (evt.getActionCommand().equals(REMOVE))
 246     {
 247       for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().size(); i++)
 248       {
 249         anot[av.getColumnSelection().columnAt(i)] = null;
 250       }
 251     }
 252     else if (evt.getActionCommand().equals(LABEL))
 253     {
 254       String exMesg = collectAnnotVals(anot, av.getColumnSelection(), LABEL);
 255       String label = JOptionPane.showInputDialog(this, "Enter label",
 256               exMesg);
 257
 258       if (label == null)
 259       {
 260         return;
 261       }
 262
 263       if ((label.length() > 0) && !aa[activeRow].hasText)
 264       {
 265         aa[activeRow].hasText = true;
 266       }
 267
 268       for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().size(); i++)
 269       {
 270         int index = av.getColumnSelection().columnAt(i);
 271
 272         if (!av.colSel.isVisible(index))
 273           continue;
 274
 275         if (anot[index] == null)
 276         {
 277           anot[index] = new Annotation(label, "", ' ', 0); // TODO: verify that
 278           // null exceptions
 279           // aren't raised
 280           // elsewhere.
 281         }
 282         else
 283         {
 284           anot[index].displayCharacter = label;
 285         }
 286       }
 287     }
 288     else if (evt.getActionCommand().equals(COLOUR))
 289     {
 290       Color col = JColorChooser.showDialog(this,
 291               "Choose foreground colour", Color.black);
 292
 293       for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().size(); i++)
 294       {
 295         int index = av.getColumnSelection().columnAt(i);
 296
 297         if (!av.colSel.isVisible(index))
 298           continue;
 299
 300         if (anot[index] == null)
 301         {
 302           anot[index] = new Annotation("", "", ' ', 0);
 303         }
 304
 305         anot[index].colour = col;
 306       }
 307     }
 308     else
 309     // HELIX OR SHEET
 310     {
 311       char type = 0;
 312       String symbol = "\u03B1";
 313
 314       if (evt.getActionCommand().equals(HELIX))
 315       {
 316         type = 'H';
 317       }
 318       else if (evt.getActionCommand().equals(SHEET))
 319       {
 320         type = 'E';
 321         symbol = "\u03B2";
 322       }
 323
 324       // Added by LML to color stems
 325       else if (evt.getActionCommand().equals(STEM))
 326       {
 327         type = 'S';
 328         symbol = "\u03C3";
 329       }
 330
 331       if (!aa[activeRow].hasIcons)
 332       {
 333         aa[activeRow].hasIcons = true;
 334       }
 335
 336       String label = JOptionPane.showInputDialog(
 337               "Enter a label for the structure?", symbol);
 338
 339       if (label == null)
 340       {
 341         return;
 342       }
 343
 344       if ((label.length() > 0) && !aa[activeRow].hasText)
 345       {
 346         aa[activeRow].hasText = true;
 347       }
 348
 349       for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().size(); i++)
 350       {
 351         int index = av.getColumnSelection().columnAt(i);
 352
 353         if (!av.colSel.isVisible(index))
 354           continue;
 355
 356         if (anot[index] == null)
 357         {
 358           anot[index] = new Annotation(label, "", type, 0);
 359         }
 360
 361         anot[index].secondaryStructure = type;
 362         anot[index].displayCharacter = label;
 363       }
 364     }
 365
 366     adjustPanelHeight();
 367     repaint();
 368
 369     return;
 370   }
 371
 372   private String collectAnnotVals(Annotation[] anot,
 373           ColumnSelection columnSelection, String label2)
 374   {
 375     String collatedInput = "";
 376     String last = "";
 377     for (int i = 0; i < columnSelection.size(); i++)
 378     {
 379       int index = columnSelection.columnAt(i);
 380       // always check for current display state - just in case
 381       if (!av.colSel.isVisible(index))
 382         continue;
 383       String tlabel = null;
 384       if (anot[index] != null)
 385       { // LML added stem code
 386         if (label2.equals(HELIX) || label2.equals(SHEET)
 387                 || label2.equals(STEM) || label2.equals(LABEL))
 388         {
 389           tlabel = anot[index].description;
 390           if (tlabel == null || tlabel.length() < 1)
 391           {
 392             if (label2.equals(HELIX) || label2.equals(SHEET)
 393                     || label2.equals(STEM))
 394             {
 395               tlabel = "" + anot[index].secondaryStructure;
 396             }
 397             else
 398             {
 399               tlabel = "" + anot[index].displayCharacter;
 400             }
 401           }
 402         }
 403         if (tlabel != null && !tlabel.equals(last))
 404         {
 405           if (last.length() > 0)
 406           {
 407             collatedInput += " ";
 408           }
 409           collatedInput += tlabel;
 410         }
 411       }
 412     }
 413     return collatedInput;
 414   }
 415
 416   /**
 417    * DOCUMENT ME!
 418    *
 419    * @param evt
 420    *          DOCUMENT ME!
 421    */
 422   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 423   {
 424
 425     AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();
 426     if (aa == null)
 427     {
 428       return;
 429     }
 430
 431     int height = 0;
 432     activeRow = -1;
 433
 434     for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 435     {
 436       if (aa[i].visible)
 437       {
 438         height += aa[i].height;
 439       }
 440
 441       if (evt.getY() < height)
 442       {
 443         if (aa[i].editable)
 444         {
 445           activeRow = i;
 446         }
 447         else if (aa[i].graph > 0)
 448         {
 449           // Stretch Graph
 450           graphStretch = i;
 451           graphStretchY = evt.getY();
 452         }
 453
 454         break;
 455       }
 456     }
 457
 458     if (SwingUtilities.isRightMouseButton(evt) && activeRow != -1)
 459     {
 460       if (av.getColumnSelection() == null)
 461       {
 462         return;
 463       }
 464
 465       JPopupMenu pop = new JPopupMenu("Structure type");
 466       JMenuItem item;
 467       /*
 468        * Just display the needed structure options
 469        */
 470       if (av.alignment.isNucleotide() == true)
 471       {
 472         item = new JMenuItem(STEM);
 473         item.addActionListener(this);
 474         pop.add(item);
 475       }
 476       else
 477       {
 478         item = new JMenuItem(HELIX);
 479         item.addActionListener(this);
 480         pop.add(item);
 481         item = new JMenuItem(SHEET);
 482         item.addActionListener(this);
 483         pop.add(item);
 484       }
 485       item = new JMenuItem(LABEL);
 486       item.addActionListener(this);
 487       pop.add(item);
 488       item = new JMenuItem(COLOUR);
 489       item.addActionListener(this);
 490       pop.add(item);
 491       item = new JMenuItem(REMOVE);
 492       item.addActionListener(this);
 493       pop.add(item);
 494       pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());
 495
 496       return;
 497     }
 498
 499     if (aa == null)
 500     {
 501       return;
 502     }
 503
 504     ap.scalePanel.mousePressed(evt);
 505
 506   }
 507
 508   /**
 509    * DOCUMENT ME!
 510    *
 511    * @param evt
 512    *          DOCUMENT ME!
 513    */
 514   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 515   {
 516     graphStretch = -1;
 517     graphStretchY = -1;
 518     mouseDragging = false;
 519     ap.scalePanel.mouseReleased(evt);
 520   }
 521
 522   /**
 523    * DOCUMENT ME!
 524    *
 525    * @param evt
 526    *          DOCUMENT ME!
 527    */
 528   public void mouseEntered(MouseEvent evt)
 529   {
 530     ap.scalePanel.mouseEntered(evt);
 531   }
 532
 533   /**
 534    * DOCUMENT ME!
 535    *
 536    * @param evt
 537    *          DOCUMENT ME!
 538    */
 539   public void mouseExited(MouseEvent evt)
 540   {
 541     ap.scalePanel.mouseExited(evt);
 542   }
 543
 544   /**
 545    * DOCUMENT ME!
 546    *
 547    * @param evt
 548    *          DOCUMENT ME!
 549    */
 550   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 551   {
 552     if (graphStretch > -1)
 553     {
 554       av.alignment.getAlignmentAnnotation()[graphStretch].graphHeight += graphStretchY
 555               - evt.getY();
 556       if (av.alignment.getAlignmentAnnotation()[graphStretch].graphHeight < 0)
 557       {
 558         av.alignment.getAlignmentAnnotation()[graphStretch].graphHeight = 0;
 559       }
 560       graphStretchY = evt.getY();
 561       adjustPanelHeight();
 562       ap.paintAlignment(true);
 563     }
 564     else
 565     {
 566       ap.scalePanel.mouseDragged(evt);
 567     }
 568   }
 569
 570   /**
 571    * DOCUMENT ME!
 572    *
 573    * @param evt
 574    *          DOCUMENT ME!
 575    */
 576   public void mouseMoved(MouseEvent evt)
 577   {
 578     AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();
 579
 580     if (aa == null)
 581     {
 582       this.setToolTipText(null);
 583       return;
 584     }
 585
 586     int row = -1;
 587     int height = 0;
 588
 589     for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 590     {
 591       if (aa[i].visible)
 592       {
 593         height += aa[i].height;
 594       }
 595
 596       if (evt.getY() < height)
 597       {
 598         row = i;
 599
 600         break;
 601       }
 602     }
 603
 604     if (row == -1)
 605     {
 606       this.setToolTipText(null);
 607       return;
 608     }
 609
 610     int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();
 611
 612     if (av.hasHiddenColumns)
 613     {
 614       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);
 615     }
 616
 617     if (row > -1 && aa[row].annotations != null
 618             && res < (int) aa[row].annotations.length)
 619     {
 620       if (aa[row].graphGroup > -1)
 621       {
 622         StringBuffer tip = new StringBuffer("<html>");
 623         for (int gg = 0; gg < aa.length; gg++)
 624         {
 625           if (aa[gg].graphGroup == aa[row].graphGroup
 626                   && aa[gg].annotations[res] != null)
 627           {
 628             tip.append(aa[gg].label + " "
 629                     + aa[gg].annotations[res].description + "<br>");
 630           }
 631         }
 632         if (tip.length() != 6)
 633         {
 634           tip.setLength(tip.length() - 4);
 635           this.setToolTipText(tip.toString() + "</html>");
 636         }
 637       }
 638       else if (aa[row].annotations[res] != null
 639               && aa[row].annotations[res].description != null
 640               && aa[row].annotations[res].description.length() > 0)
 641       {
 642         this.setToolTipText(aa[row].annotations[res].description);
 643       }
 644       else
 645       {
 646         // clear the tooltip.
 647         this.setToolTipText(null);
 648       }
 649
 650       if (aa[row].annotations[res] != null)
 651       {
 652         StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence position "
 653                 + (res + 1));
 654
 655         if (aa[row].annotations[res].description != null)
 656         {
 657           text.append("  " + aa[row].annotations[res].description);
 658         }
 659
 660         ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());
 661       }
 662     }
 663     else
 664     {
 665       this.setToolTipText(null);
 666     }
 667   }
 668
 669   /**
 670    * DOCUMENT ME!
 671    *
 672    * @param evt
 673    *          DOCUMENT ME!
 674    */
 675   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 676   {
 677     if (activeRow != -1)
 678     {
 679       AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();
 680       AlignmentAnnotation anot = aa[activeRow];
 681
 682       if (anot.description.equals("secondary structure"))
 683       {
 684         // System.out.println(anot.description+" "+anot.getRNAStruc());
 685       }
 686     }
 687   }
 688
 689   // TODO mouseClicked-content and drawCursor are quite experimental!
 690   public void drawCursor(Graphics graphics, SequenceI seq, int res, int x1,
 691           int y1)
 692   {
 693     int pady = av.charHeight / 5;
 694     int charOffset = 0;
 695     graphics.setColor(Color.black);
 696     graphics.fillRect(x1, y1, av.charWidth, av.charHeight);
 697
 698     if (av.validCharWidth)
 699     {
 700       graphics.setColor(Color.white);
 701
 702       char s = seq.getCharAt(res);
 703
 704       charOffset = (av.charWidth - fm.charWidth(s)) / 2;
 705       graphics.drawString(String.valueOf(s), charOffset + x1,
 706               (y1 + av.charHeight) - pady);
 707     }
 708
 709   }
 710
 711   /**
 712    * DOCUMENT ME!
 713    *
 714    * @param g
 715    *          DOCUMENT ME!
 716    */
 717   public void paintComponent(Graphics g)
 718   {
 719     g.setColor(Color.white);
 720     g.fillRect(0, 0, getWidth(), getHeight());
 721
 722     if (image != null)
 723     {
 724       if (fastPaint || (getVisibleRect().width != g.getClipBounds().width)
 725               || (getVisibleRect().height != g.getClipBounds().height))
 726       {
 727         g.drawImage(image, 0, 0, this);
 728         fastPaint = false;
 729         return;
 730       }
 731     }
 732     imgWidth = (av.endRes - av.startRes + 1) * av.charWidth;
 733     if (imgWidth < 1)
 734       return;
 735     if (image == null || imgWidth != image.getWidth()
 736             || image.getHeight(this) != getHeight())
 737     {
 738       image = new BufferedImage(imgWidth, ap.annotationPanel.getHeight(),
 739               BufferedImage.TYPE_INT_RGB);
 740       gg = (Graphics2D) image.getGraphics();
 741
 742       if (av.antiAlias)
 743       {
 744         gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,
 745                 RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);
 746       }
 747
 748       gg.setFont(av.getFont());
 749       fm = gg.getFontMetrics();
 750       gg.setColor(Color.white);
 751       gg.fillRect(0, 0, imgWidth, image.getHeight());
 752     }
 753
 754     drawComponent(gg, av.startRes, av.endRes + 1);
 755     g.drawImage(image, 0, 0, this);
 756   }
 757
 758   /**
 759    * non-Thread safe repaint
 760    *
 761    * @param horizontal
 762    *          repaint with horizontal shift in alignment
 763    */
 764   public void fastPaint(int horizontal)
 765   {
 766
 767     if ((horizontal == 0) || gg == null
 768             || av.alignment.getAlignmentAnnotation() == null
 769             || av.alignment.getAlignmentAnnotation().length < 1
 770             || av.updatingConsensus || av.updatingConservation)
 771     {
 772       repaint();
 773       return;
 774     }
 775     gg.copyArea(0, 0, imgWidth, getHeight(), -horizontal * av.charWidth, 0);
 776
 777     int sr = av.startRes;
 778     int er = av.endRes + 1;
 779     int transX = 0;
 780
 781     if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left
 782     {
 783       transX = (er - sr - horizontal) * av.charWidth;
 784       sr = er - horizontal;
 785     }
 786     else if (horizontal < 0)
 787     {
 788       er = sr - horizontal;
 789     }
 790
 791     gg.translate(transX, 0);
 792
 793     drawComponent(gg, sr, er);
 794
 795     gg.translate(-transX, 0);
 796
 797     fastPaint = true;
 798     repaint();
 799
 800   }
 801
 802   /**
 803    * DOCUMENT ME!
 804    *
 805    * @param g
 806    *          DOCUMENT ME!
 807    * @param startRes
 808    *          DOCUMENT ME!
 809    * @param endRes
 810    *          DOCUMENT ME!
 811    */
 812   public void drawComponent(Graphics g, int startRes, int endRes)
 813   {
 814     if (av.updatingConsensus || av.updatingConservation)
 815     {
 816       if (image == null)
 817       {
 818         return;
 819       }
 820       // We'll keep a record of the old image,
 821       // and draw a faded image until the calculation
 822       // has completed
 823       if (fadedImage == null || fadedImage.getWidth() != imgWidth
 824               || fadedImage.getHeight() != image.getHeight())
 825       {
 826         fadedImage = new BufferedImage(imgWidth, image.getHeight(),
 827                 BufferedImage.TYPE_INT_RGB);
 828
 829         Graphics2D fadedG = (Graphics2D) fadedImage.getGraphics();
 830
 831         fadedG.setColor(Color.white);
 832         fadedG.fillRect(0, 0, imgWidth, image.getHeight());
 833
 834         fadedG.setComposite(AlphaComposite.getInstance(
 835                 AlphaComposite.SRC_OVER, .3f));
 836         fadedG.drawImage(image, 0, 0, this);
 837
 838       }
 839
 840     }
 841     else
 842     {
 843       fadedImage = null;
 844     }
 845
 846     g.setColor(Color.white);
 847     g.fillRect(0, 0, (endRes - startRes) * av.charWidth, getHeight());
 848
 849     g.setFont(av.getFont());
 850     if (fm == null)
 851     {
 852       fm = g.getFontMetrics();
 853     }
 854
 855     if ((av.alignment.getAlignmentAnnotation() == null)
 856             || (av.alignment.getAlignmentAnnotation().length < 1))
 857     {
 858       g.setColor(Color.white);
 859       g.fillRect(0, 0, getWidth(), getHeight());
 860       g.setColor(Color.black);
 861       if (av.validCharWidth)
 862       {
 863         g.drawString("Alignment has no annotations", 20, 15);
 864       }
 865
 866       return;
 867     }
 868     renderer.drawComponent(this, av, g, activeRow, startRes, endRes);
 869   }
 870
 871   @Override
 872   public FontMetrics getFontMetrics()
 873   {
 874     return fm;
 875   }
 876
 877   @Override
 878   public Image getFadedImage()
 879   {
 880     return fadedImage;
 881   }
 882
 883   @Override
 884   public int getFadedImageWidth()
 885   {
 886     return imgWidth;
 887   }
 888 }