src/jalview/gui/AnnotationPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.gui;
  20
  21 import java.awt.*;
  22 import java.awt.event.*;
  23 import java.awt.image.*;
  24 import javax.swing.*;
  25
  26 import jalview.datamodel.*;
  27
  28 /**
  29  * DOCUMENT ME!
  30  *
  31  * @author $author$
  32  * @version $Revision$
  33  */
  34 public class AnnotationPanel
  35     extends JPanel implements MouseListener,
  36     MouseMotionListener, ActionListener, AdjustmentListener
  37 {
  38   final String HELIX = "Helix";
  39   final String SHEET = "Sheet";
  40   final String LABEL = "Label";
  41   final String REMOVE = "Remove Annotation";
  42   final String COLOUR = "Colour";
  43   final Color HELIX_COLOUR = Color.red.darker();
  44   final Color SHEET_COLOUR = Color.green.darker().darker();
  45   /** DOCUMENT ME!! */
  46   AlignViewport av;
  47   AlignmentPanel ap;
  48   int activeRow = -1;
  49   BufferedImage image;
  50   BufferedImage fadedImage;
  51   Graphics2D gg;
  52   FontMetrics fm;
  53   int imgWidth = 0;
  54   boolean fastPaint = false;
  55
  56   //Used For mouse Dragging and resizing graphs
  57   int graphStretch = -1;
  58   int graphStretchY = -1;
  59   int min; //used by mouseDragged to see if user
  60   int max; //used by mouseDragged to see if user
  61   boolean mouseDragging = false;
  62
  63   boolean MAC = false;
  64
  65   /**
  66    * Creates a new AnnotationPanel object.
  67    *
  68    * @param ap DOCUMENT ME!
  69    */
  70   public AnnotationPanel(AlignmentPanel ap)
  71   {
  72
  73     MAC = new jalview.util.Platform().isAMac();
  74
  75     ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);
  76     ToolTipManager.sharedInstance().setInitialDelay(0);
  77     ToolTipManager.sharedInstance().setDismissDelay(10000);
  78     this.ap = ap;
  79     av = ap.av;
  80     this.setLayout(null);
  81     addMouseListener(this);
  82     addMouseMotionListener(this);
  83     ap.annotationScroller.getVerticalScrollBar().addAdjustmentListener(this);
  84   }
  85
  86   public AnnotationPanel(AlignViewport av)
  87   {
  88     this.av = av;
  89   }
  90
  91   /**
  92    * DOCUMENT ME!
  93    *
  94    * @param evt DOCUMENT ME!
  95    */
  96   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)
  97   {
  98     ap.alabels.setScrollOffset( -evt.getValue());
  99   }
 100
 101   /**
 102    * DOCUMENT ME!
 103    */
 104   public int adjustPanelHeight()
 105   {
 106     // setHeight of panels
 107     AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();
 108     int height = 0;
 109
 110     if (aa != null)
 111     {
 112       for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 113       {
 114         if (!aa[i].visible)
 115         {
 116           continue;
 117         }
 118
 119         aa[i].height = 0;
 120
 121         if (aa[i].hasText)
 122         {
 123           aa[i].height += av.charHeight;
 124         }
 125
 126         if (aa[i].hasIcons)
 127         {
 128           aa[i].height += 16;
 129         }
 130
 131         if (aa[i].graph > 0)
 132         {
 133           aa[i].height += aa[i].graphHeight;
 134         }
 135
 136         if (aa[i].height == 0)
 137         {
 138           aa[i].height = 20;
 139         }
 140
 141         height += aa[i].height;
 142       }
 143     }
 144     else
 145     {
 146       height = 20;
 147     }
 148
 149     this.setPreferredSize(new Dimension(1, height));
 150
 151     return height;
 152   }
 153
 154   /**
 155    * DOCUMENT ME!
 156    *
 157    * @param evt DOCUMENT ME!
 158    */
 159   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 160   {
 161     AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();
 162     Annotation[] anot = aa[activeRow].annotations;
 163
 164     if (anot.length < av.getColumnSelection().getMax())
 165     {
 166       Annotation[] temp = new Annotation[av.getColumnSelection().getMax() + 2];
 167       System.arraycopy(anot, 0, temp, 0, anot.length);
 168       anot = temp;
 169       aa[activeRow].annotations = anot;
 170     }
 171
 172     if (evt.getActionCommand().equals(REMOVE))
 173     {
 174       for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().size(); i++)
 175       {
 176         anot[av.getColumnSelection().columnAt(i)] = null;
 177       }
 178     }
 179     else if (evt.getActionCommand().equals(LABEL))
 180     {
 181       String exMesg = collectAnnotVals(anot, av.getColumnSelection(), LABEL);
 182       String label = JOptionPane.showInputDialog(this,"Enter label",exMesg);
 183
 184       if (label == null)
 185       {
 186         return;
 187       }
 188
 189       if ( (label.length() > 0) && !aa[activeRow].hasText)
 190       {
 191         aa[activeRow].hasText = true;
 192       }
 193
 194       for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().size(); i++)
 195       {
 196         int index = av.getColumnSelection().columnAt(i);
 197
 198         if(!av.colSel.isVisible(index))
 199           continue;
 200
 201         if (anot[index] == null)
 202         {
 203           anot[index] = new Annotation(label, "", ' ', 0); // TODO: verify that null exceptions aren't raised elsewhere.
 204         } else {
 205           anot[index].displayCharacter = label;
 206         }
 207       }
 208     }
 209     else if (evt.getActionCommand().equals(COLOUR))
 210     {
 211       Color col = JColorChooser.showDialog(this,
 212                                            "Choose foreground colour",
 213                                            Color.black);
 214
 215       for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().size(); i++)
 216       {
 217         int index = av.getColumnSelection().columnAt(i);
 218
 219         if(!av.colSel.isVisible(index))
 220           continue;
 221
 222         if (anot[index] == null)
 223         {
 224           anot[index] = new Annotation("", "", ' ', 0);
 225         }
 226
 227         anot[index].colour = col;
 228       }
 229     }
 230     else // HELIX OR SHEET
 231     {
 232       char type = 0;
 233       String symbol = "\u03B1";
 234
 235       if (evt.getActionCommand().equals(HELIX))
 236       {
 237         type = 'H';
 238       }
 239       else if (evt.getActionCommand().equals(SHEET))
 240       {
 241         type = 'E';
 242         symbol = "\u03B2";
 243       }
 244
 245       if (!aa[activeRow].hasIcons)
 246       {
 247         aa[activeRow].hasIcons = true;
 248       }
 249
 250       String label = JOptionPane.showInputDialog(
 251           "Enter a label for the structure?",
 252           symbol);
 253
 254       if (label == null)
 255       {
 256         return;
 257       }
 258
 259       if ( (label.length() > 0) && !aa[activeRow].hasText)
 260       {
 261         aa[activeRow].hasText = true;
 262       }
 263
 264       for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().size(); i++)
 265       {
 266         int index = av.getColumnSelection().columnAt(i);
 267
 268         if(!av.colSel.isVisible(index))
 269           continue;
 270
 271         if (anot[index] == null)
 272         {
 273           anot[index] = new Annotation(label, "", type, 0);
 274         }
 275
 276         anot[index].secondaryStructure = type;
 277         anot[index].displayCharacter = label;
 278       }
 279     }
 280
 281     adjustPanelHeight();
 282     repaint();
 283
 284     return;
 285   }
 286
 287   private String collectAnnotVals(Annotation[] anot, ColumnSelection columnSelection,
 288           String label2)
 289   {
 290     String collatedInput="";
 291     String last="";
 292     for (int i = 0; i < columnSelection.size(); i++)
 293     {
 294       int index = columnSelection.columnAt(i);
 295       // always check for current display state - just in case
 296       if(!av.colSel.isVisible(index))
 297         continue;
 298       String tlabel=null;
 299       if (anot[index] != null)
 300       {
 301         if (label2.equals(HELIX) || label2.equals(SHEET) || label2.equals(LABEL))
 302         {
 303           tlabel = anot[index].description;
 304           if (tlabel == null)
 305           {
 306             if (label2.equals(HELIX) || label2.equals(SHEET))
 307             {
 308               tlabel = ""+anot[index].secondaryStructure;
 309             } else {
 310               tlabel = ""+anot[index].displayCharacter;
 311             }
 312           }
 313         }
 314         if (tlabel!=null && !tlabel.equals(last))
 315         {
 316           if (last.length()>0)
 317           {
 318             collatedInput+=" ";
 319           }
 320           collatedInput+=tlabel;
 321         }
 322       }
 323     }
 324     return collatedInput;
 325   }
 326
 327   /**
 328    * DOCUMENT ME!
 329    *
 330    * @param evt DOCUMENT ME!
 331    */
 332   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 333   {
 334
 335     AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();
 336     if (aa == null)
 337     {
 338       return;
 339     }
 340
 341     int height = 0;
 342     activeRow = -1;
 343
 344     for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 345     {
 346       if (aa[i].visible)
 347       {
 348         height += aa[i].height;
 349       }
 350
 351       if (evt.getY() < height)
 352       {
 353         if (aa[i].editable)
 354         {
 355           activeRow = i;
 356         }
 357         else if (aa[i].graph > 0)
 358         {
 359           //Stretch Graph
 360           graphStretch = i;
 361           graphStretchY = evt.getY();
 362         }
 363
 364         break;
 365       }
 366     }
 367
 368     if (SwingUtilities.isRightMouseButton(evt) && activeRow != -1)
 369     {
 370       if (av.getColumnSelection() == null)
 371       {
 372         return;
 373       }
 374
 375       JPopupMenu pop = new JPopupMenu("Structure type");
 376       JMenuItem item = new JMenuItem(HELIX);
 377       item.addActionListener(this);
 378       pop.add(item);
 379       item = new JMenuItem(SHEET);
 380       item.addActionListener(this);
 381       pop.add(item);
 382       item = new JMenuItem(LABEL);
 383       item.addActionListener(this);
 384       pop.add(item);
 385       item = new JMenuItem(COLOUR);
 386       item.addActionListener(this);
 387       pop.add(item);
 388       item = new JMenuItem(REMOVE);
 389       item.addActionListener(this);
 390       pop.add(item);
 391       pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());
 392
 393       return;
 394     }
 395
 396     if (aa == null)
 397     {
 398       return;
 399     }
 400
 401     ap.scalePanel.mousePressed(evt);
 402
 403   }
 404
 405   /**
 406    * DOCUMENT ME!
 407    *
 408    * @param evt DOCUMENT ME!
 409    */
 410   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 411   {
 412     graphStretch = -1;
 413     graphStretchY = -1;
 414     mouseDragging = false;
 415     ap.scalePanel.mouseReleased(evt);
 416   }
 417
 418   /**
 419    * DOCUMENT ME!
 420    *
 421    * @param evt DOCUMENT ME!
 422    */
 423   public void mouseEntered(MouseEvent evt)
 424   {
 425      ap.scalePanel.mouseEntered(evt);
 426   }
 427
 428   /**
 429    * DOCUMENT ME!
 430    *
 431    * @param evt DOCUMENT ME!
 432    */
 433   public void mouseExited(MouseEvent evt)
 434   {
 435     ap.scalePanel.mouseExited(evt);
 436   }
 437
 438   /**
 439    * DOCUMENT ME!
 440    *
 441    * @param evt DOCUMENT ME!
 442    */
 443   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 444   {
 445     if (graphStretch > -1)
 446     {
 447       av.alignment.getAlignmentAnnotation()[graphStretch].graphHeight +=
 448           graphStretchY - evt.getY();
 449       if (av.alignment.getAlignmentAnnotation()[graphStretch].graphHeight < 0)
 450       {
 451         av.alignment.getAlignmentAnnotation()[graphStretch].graphHeight = 0;
 452       }
 453       graphStretchY = evt.getY();
 454       adjustPanelHeight();
 455       ap.paintAlignment(true);
 456     }
 457     else
 458     {
 459       ap.scalePanel.mouseDragged(evt);
 460     }
 461   }
 462
 463   /**
 464    * DOCUMENT ME!
 465    *
 466    * @param evt DOCUMENT ME!
 467    */
 468   public void mouseMoved(MouseEvent evt)
 469   {
 470     AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();
 471
 472     if (aa == null)
 473     {
 474       this.setToolTipText(null);
 475       return;
 476     }
 477
 478     int row = -1;
 479     int height = 0;
 480
 481     for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 482     {
 483       if (aa[i].visible)
 484       {
 485         height += aa[i].height;
 486       }
 487
 488       if (evt.getY() < height)
 489       {
 490         row = i;
 491
 492         break;
 493       }
 494     }
 495
 496     if (row == -1)
 497     {
 498       this.setToolTipText(null);
 499       return;
 500     }
 501
 502     int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();
 503
 504     if (av.hasHiddenColumns)
 505     {
 506       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);
 507     }
 508
 509     if (aa[row].annotations != null
 510         && row > -1
 511         && res < (int) aa[row].annotations.length)
 512     {
 513       if (aa[row].graphGroup > -1)
 514       {
 515         StringBuffer tip = new StringBuffer("<html>");
 516         for (int gg = 0; gg < aa.length; gg++)
 517         {
 518           if (aa[gg].graphGroup == aa[row].graphGroup && aa[gg].annotations[res] != null)
 519           {
 520             tip.append(aa[gg].label + " " + aa[gg].annotations[res].description +
 521                        "<br>");
 522           }
 523         }
 524         if (tip.length() != 6)
 525         {
 526           tip.setLength(tip.length() - 4);
 527           this.setToolTipText(tip.toString() + "</html>");
 528         }
 529       }
 530       else if (aa[row].annotations[res] != null
 531                && aa[row].annotations[res].description != null)
 532       {
 533         this.setToolTipText(aa[row].annotations[res].description);
 534       }
 535
 536       if (aa[row].annotations[res] != null)
 537       {
 538         StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence position " +
 539                                              (res + 1));
 540
 541         if (aa[row].annotations[res].description != null)
 542         {
 543           text.append("  " + aa[row].annotations[res].description);
 544         }
 545
 546         ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());
 547       }
 548     }
 549     else
 550     {
 551       this.setToolTipText(null);
 552     }
 553   }
 554
 555   /**
 556    * DOCUMENT ME!
 557    *
 558    * @param evt DOCUMENT ME!
 559    */
 560   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 561   {
 562   }
 563
 564   /**
 565    * DOCUMENT ME!
 566    *
 567    * @param g DOCUMENT ME!
 568    */
 569   public void paintComponent(Graphics g)
 570   {
 571     g.setColor(Color.white);
 572     g.fillRect(0, 0, getWidth(), getHeight());
 573
 574     if (image != null)
 575     {
 576       if (fastPaint
 577           || (getVisibleRect().width != g.getClipBounds().width)
 578           || (getVisibleRect().height != g.getClipBounds().height))
 579       {
 580         g.drawImage(image, 0, 0, this);
 581         fastPaint = false;
 582         return;
 583       }
 584     }
 585     imgWidth = (av.endRes - av.startRes + 1) * av.charWidth;
 586     if (imgWidth<1)
 587       return;
 588     if (image == null || imgWidth != image.getWidth()
 589         || image.getHeight(this) != getHeight())
 590     {
 591       image = new BufferedImage(imgWidth, ap.annotationPanel.getHeight(),
 592                                 BufferedImage.TYPE_INT_RGB);
 593       gg = (Graphics2D) image.getGraphics();
 594
 595       if (av.antiAlias)
 596       {
 597         gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,
 598                             RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);
 599       }
 600
 601       gg.setFont(av.getFont());
 602       fm = gg.getFontMetrics();
 603       gg.setColor(Color.white);
 604       gg.fillRect(0, 0, imgWidth, image.getHeight());
 605     }
 606
 607     drawComponent(gg, av.startRes, av.endRes + 1);
 608     g.drawImage(image, 0, 0, this);
 609   }
 610   /**
 611    * non-Thread safe repaint
 612    *
 613    * @param horizontal repaint with horizontal shift in alignment
 614    */
 615   public void fastPaint(int horizontal)
 616   {
 617
 618     if ( (horizontal == 0)
 619         || gg == null
 620         || av.alignment.getAlignmentAnnotation() == null
 621         || av.alignment.getAlignmentAnnotation().length < 1
 622         || av.updatingConsensus
 623         || av.updatingConservation)
 624     {
 625       repaint();
 626       return;
 627     }
 628     gg.copyArea(0, 0, imgWidth, getHeight(), -horizontal * av.charWidth, 0);
 629
 630     int sr = av.startRes;
 631     int er = av.endRes + 1;
 632     int transX = 0;
 633
 634     if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left
 635     {
 636       transX = (er - sr - horizontal) * av.charWidth;
 637       sr = er - horizontal;
 638     }
 639     else if (horizontal < 0)
 640     {
 641       er = sr - horizontal;
 642     }
 643
 644     gg.translate(transX, 0);
 645
 646     drawComponent(gg, sr, er);
 647
 648     gg.translate( -transX, 0);
 649
 650     fastPaint = true;
 651     repaint();
 652
 653   }
 654
 655   /**
 656    * DOCUMENT ME!
 657    *
 658    * @param g DOCUMENT ME!
 659    * @param startRes DOCUMENT ME!
 660    * @param endRes DOCUMENT ME!
 661    */
 662   public void drawComponent(Graphics g, int startRes, int endRes)
 663   {
 664     if (av.updatingConsensus || av.updatingConservation)
 665     {
 666       if (image == null)
 667       {
 668         return;
 669       }
 670       //We'll keep a record of the old image,
 671       //and draw a faded image until the calculation
 672       //has completed
 673       if (fadedImage == null
 674           || fadedImage.getWidth() != imgWidth
 675           || fadedImage.getHeight() != image.getHeight())
 676       {
 677         fadedImage = new BufferedImage(
 678             imgWidth, image.getHeight(),
 679             BufferedImage.TYPE_INT_RGB);
 680
 681         Graphics2D fadedG = (Graphics2D) fadedImage.getGraphics();
 682
 683         fadedG.setColor(Color.white);
 684         fadedG.fillRect(0, 0, imgWidth, image.getHeight());
 685
 686         fadedG.setComposite(
 687             AlphaComposite.getInstance(
 688                 AlphaComposite.SRC_OVER, .3f));
 689         fadedG.drawImage(image, 0, 0, this);
 690
 691       }
 692
 693     }
 694     else
 695     {
 696       fadedImage = null;
 697     }
 698
 699     g.setColor(Color.white);
 700     g.fillRect(0, 0, (endRes - startRes) * av.charWidth, getHeight());
 701
 702     g.setFont(av.getFont());
 703     if (fm == null)
 704     {
 705       fm = g.getFontMetrics();
 706     }
 707
 708     if ( (av.alignment.getAlignmentAnnotation() == null) ||
 709         (av.alignment.getAlignmentAnnotation().length < 1))
 710     {
 711       g.setColor(Color.white);
 712       g.fillRect(0, 0, getWidth(), getHeight());
 713       g.setColor(Color.black);
 714       if (av.validCharWidth)
 715       {
 716         g.drawString("Alignment has no annotations", 20, 15);
 717       }
 718
 719       return;
 720     }
 721
 722     AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();
 723
 724     int x = 0, y=0;
 725     int column = 0;
 726     char lastSS;
 727     int lastSSX;
 728     int iconOffset = 0;
 729     boolean validRes = false;
 730
 731     boolean[] graphGroupDrawn = new boolean[aa.length];
 732
 733     //\u03B2 \u03B1
 734     for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 735     {
 736       AlignmentAnnotation row = aa[i];
 737
 738       if (!row.visible)
 739       {
 740         continue;
 741       }
 742
 743       lastSS = ' ';
 744       lastSSX = 0;
 745
 746       if (row.graph > 0)
 747       {
 748         if (row.graphGroup > -1 && graphGroupDrawn[row.graphGroup])
 749         {
 750           continue;
 751         }
 752
 753         // this is so that we draw the characters below the graph
 754         y += row.height;
 755
 756         if (row.hasText)
 757         {
 758           iconOffset =av.charHeight -fm.getDescent();
 759           y -= av.charHeight;
 760         }
 761       }
 762       else if (row.hasText)
 763       {
 764         iconOffset = av.charHeight -fm.getDescent();
 765
 766       }
 767       else
 768       {
 769         iconOffset = 0;
 770       }
 771
 772
 773       if (av.updatingConsensus && aa[i] == av.consensus)
 774       {
 775         y += av.charHeight;
 776
 777         g.drawImage(fadedImage,
 778                     0, y - row.height, imgWidth, y,
 779                     0, y - row.height, imgWidth, y, this);
 780         g.setColor(Color.black);
 781         // g.drawString("Calculating Consensus....",20, y-row.height/2);
 782
 783         continue;
 784       }
 785       else if (av.updatingConservation && aa[i].label.equals("Conservation"))
 786       {
 787
 788         y += av.charHeight;
 789         g.drawImage(fadedImage,
 790                     0, y - row.height, imgWidth, y,
 791                     0, y - row.height, imgWidth, y, this);
 792
 793         g.setColor(Color.black);
 794         //  g.drawString("Calculating Conservation.....",20, y-row.height/2);
 795
 796         continue;
 797       }
 798       else if (av.updatingConservation && aa[i].label.equals("Quality"))
 799       {
 800
 801         y += av.charHeight;
 802         g.drawImage(fadedImage,
 803                     0, y - row.height, imgWidth, y,
 804                     0, y - row.height, imgWidth, y, this);
 805         g.setColor(Color.black);
 806         /// g.drawString("Calculating Quality....",20, y-row.height/2);
 807
 808         continue;
 809       }
 810
 811
 812
 813       x = 0;
 814       while (x < endRes - startRes)
 815       {
 816         if (av.hasHiddenColumns)
 817         {
 818           column = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(startRes + x);
 819           if (column > row.annotations.length - 1)
 820           {
 821             break;
 822           }
 823         }
 824         else
 825         {
 826           column = startRes + x;
 827         }
 828
 829         if ( (row.annotations==null)
 830                 || (row.annotations.length <= column)
 831                 || (row.annotations[column] == null))
 832         {
 833           validRes = false;
 834         }
 835         else
 836         {
 837           validRes = true;
 838         }
 839
 840         if (activeRow == i)
 841         {
 842           g.setColor(Color.red);
 843
 844           if (av.getColumnSelection() != null)
 845           {
 846             for (int n = 0; n < av.getColumnSelection().size(); n++)
 847             {
 848               int v = av.getColumnSelection().columnAt(n);
 849
 850               if (v == column)
 851               {
 852                 g.fillRect(x * av.charWidth, y,
 853                            av.charWidth, av.charHeight);
 854               }
 855             }
 856           }
 857         }
 858
 859         if (av.validCharWidth && validRes
 860             && row.annotations[column].displayCharacter != null
 861             && (row.annotations[column].displayCharacter.length() > 0))
 862         {
 863
 864           int charOffset = (av.getCentreColumnLabels()) ? ((av.charWidth -
 865                             fm.charsWidth(row.annotations[column].
 866                                          displayCharacter.toCharArray(),0,
 867                                          row.annotations[column].
 868                                          displayCharacter.length())) / 2)
 869                                          : (av.charWidth - fm.charWidth(row.annotations[column].
 870                                                  displayCharacter.charAt(0))) / 2;
 871
 872           if (row.annotations[column].colour == null)
 873             g.setColor(Color.black);
 874           else
 875             g.setColor(row.annotations[column].colour);
 876
 877           if (column == 0 || row.graph > 0)
 878           {
 879             g.drawString(row.annotations[column].displayCharacter,
 880                          (x * av.charWidth) + charOffset,
 881                          y + iconOffset);
 882           }
 883           else if (
 884               row.annotations[column - 1] == null
 885               || (!row.annotations[column].displayCharacter.equals(
 886                   row.annotations[column - 1].displayCharacter)
 887                   ||
 888                   (row.annotations[column].displayCharacter.length() < 2 &&
 889                    row.annotations[column].secondaryStructure == ' ')))
 890           {
 891             g.drawString(row.annotations[column].displayCharacter,
 892                          x * av.charWidth + charOffset,
 893                          y + iconOffset);
 894           }
 895         }
 896
 897         if (row.hasIcons)
 898         {
 899           if (!validRes ||
 900               (row.annotations[column].secondaryStructure != lastSS))
 901           {
 902             switch (lastSS)
 903             {
 904               case 'H':
 905                 g.setColor(HELIX_COLOUR);
 906                 if (MAC)
 907                 {
 908                   //Off by 1 offset when drawing rects and ovals
 909                   //to offscreen image on the MAC
 910                   g.fillRoundRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset,
 911                                   (x * av.charWidth) - lastSSX, 7, 8, 8);
 912                   break;
 913                 }
 914
 915                 int sCol = (lastSSX / av.charWidth) + startRes;
 916                 int x1 = lastSSX;
 917                 int x2 = (x * av.charWidth);
 918
 919                 if (sCol == 0 ||
 920                     row.annotations[sCol - 1] == null ||
 921                     row.annotations[sCol - 1].secondaryStructure != 'H')
 922                 {
 923                   g.fillArc(lastSSX, y + 4 + iconOffset, av.charWidth, 8, 90,
 924                             180);
 925                   x1 += av.charWidth / 2;
 926                 }
 927
 928                 if (row.annotations[column] == null ||
 929                     row.annotations[column].secondaryStructure != 'H')
 930                 {
 931                   g.fillArc( (x * av.charWidth) - av.charWidth,
 932                             y + 4 + iconOffset, av.charWidth, 8, 270, 180);
 933                   x2 -= av.charWidth / 2;
 934                 }
 935
 936                 g.fillRect(x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 8);
 937                 break;
 938
 939               case 'E':
 940                 g.setColor(SHEET_COLOUR);
 941                 g.fillRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset,
 942                            (x * av.charWidth) - lastSSX - 4, 7);
 943                 g.fillPolygon(new int[]
 944                               { (x * av.charWidth) - 4,
 945                               (x * av.charWidth) - 4,
 946                               (x * av.charWidth)},
 947                               new int[]
 948                               {
 949                               y + iconOffset, y + 14 + iconOffset,
 950                               y + 8 + iconOffset
 951                 }, 3);
 952
 953                 break;
 954
 955               default:
 956                 g.setColor(Color.gray);
 957                 g.fillRect(lastSSX, y + 6 + iconOffset,
 958                            (x * av.charWidth) - lastSSX, 2);
 959
 960                 break;
 961             }
 962
 963             if (validRes)
 964             {
 965               lastSS = row.annotations[column].secondaryStructure;
 966             }
 967             else
 968             {
 969               lastSS = ' ';
 970             }
 971
 972             lastSSX = (x * av.charWidth);
 973           }
 974         }
 975
 976         column++;
 977         x++;
 978       }
 979
 980       if (column >= row.annotations.length)
 981       {
 982         column = row.annotations.length - 1;
 983       }
 984
 985       //  x ++;
 986
 987       if (row.hasIcons)
 988       {
 989         switch (lastSS)
 990         {
 991           case 'H':
 992             g.setColor(HELIX_COLOUR);
 993             if (MAC)
 994             {
 995               //Off by 1 offset when drawing rects and ovals
 996               //to offscreen image on the MAC
 997               g.fillRoundRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset,
 998                               (x * av.charWidth) - lastSSX, 7, 8, 8);
 999               break;
1000             }
1001
1002             int sCol = (lastSSX / av.charWidth) + startRes;
1003             int x1 = lastSSX;
1004             int x2 = (x * av.charWidth);
1005
1006             if (sCol == 0 ||
1007                 row.annotations[sCol - 1] == null ||
1008                 row.annotations[sCol - 1].secondaryStructure != 'H')
1009             {
1010               g.fillArc(lastSSX, y + 4 + iconOffset, av.charWidth, 8, 90, 180);
1011               x1 += av.charWidth / 2;
1012             }
1013
1014             if (row.annotations[column] == null ||
1015                 row.annotations[column].secondaryStructure != 'H')
1016             {
1017               g.fillArc( (x * av.charWidth) - av.charWidth,
1018                         y + 4 + iconOffset, av.charWidth, 8, 270,
1019                         180);
1020               x2 -= av.charWidth / 2;
1021             }
1022
1023             g.fillRect(x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 8);
1024
1025             break;
1026
1027           case 'E':
1028             g.setColor(SHEET_COLOUR);
1029
1030             if (row.annotations[endRes] == null
1031                 || row.annotations[endRes].secondaryStructure != 'E')
1032             {
1033               g.fillRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset,
1034                          (x * av.charWidth) - lastSSX - 4, 7);
1035               g.fillPolygon(new int[]
1036                             { (x * av.charWidth) - 4,
1037                             (x * av.charWidth) - 4,
1038                             (x * av.charWidth)},
1039                             new int[]
1040                             {
1041                             y + iconOffset, y + 14 + iconOffset,
1042                             y + 7 + iconOffset
1043               }, 3);
1044             }
1045             else
1046             {
1047               g.fillRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset,
1048                          (x + 1) * av.charWidth - lastSSX, 7);
1049             }
1050             break;
1051
1052           default:
1053             g.setColor(Color.gray);
1054             g.fillRect(lastSSX, y + 6 + iconOffset,
1055                        (x * av.charWidth) - lastSSX, 2);
1056
1057             break;
1058         }
1059       }
1060
1061       if (row.graph > 0 && row.graphHeight > 0)
1062       {
1063         if (row.graph == AlignmentAnnotation.LINE_GRAPH)
1064         {
1065           if (row.graphGroup > -1 && !graphGroupDrawn[row.graphGroup])
1066           {
1067             float groupmax = -999999, groupmin = 9999999;
1068             for (int gg = 0; gg < aa.length; gg++)
1069             {
1070               if (aa[gg].graphGroup != row.graphGroup)
1071               {
1072                 continue;
1073               }
1074
1075               if (aa[gg] != row)
1076               {
1077                 aa[gg].visible = false;
1078               }
1079
1080               if (aa[gg].graphMax > groupmax)
1081               {
1082                 groupmax = aa[gg].graphMax;
1083               }
1084               if (aa[gg].graphMin < groupmin)
1085               {
1086                 groupmin = aa[gg].graphMin;
1087               }
1088             }
1089
1090             for (int gg = 0; gg < aa.length; gg++)
1091             {
1092               if (aa[gg].graphGroup == row.graphGroup)
1093               {
1094                 drawLineGraph(g, aa[gg], startRes, endRes, y,
1095                               groupmin, groupmax,
1096                               row.graphHeight);
1097               }
1098             }
1099
1100             graphGroupDrawn[row.graphGroup] = true;
1101           }
1102           else
1103           {
1104             drawLineGraph(g, row, startRes, endRes,
1105                           y, row.graphMin, row.graphMax, row.graphHeight);
1106           }
1107         }
1108         else if (row.graph == AlignmentAnnotation.BAR_GRAPH)
1109         {
1110           drawBarGraph(g, row, startRes, endRes,
1111                        row.graphMin, row.graphMax, y);
1112         }
1113       }
1114
1115       if (row.graph > 0 && row.hasText)
1116       {
1117         y += av.charHeight;
1118       }
1119
1120       if (row.graph == 0)
1121       {
1122         y += aa[i].height;
1123       }
1124     }
1125   }
1126
1127   public void drawLineGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation aa,
1128                             int sRes, int eRes,
1129                             int y,
1130                             float min, float max,
1131                             int graphHeight)
1132   {
1133     if (sRes > aa.annotations.length)
1134     {
1135       return;
1136     }
1137
1138     int x = 0;
1139
1140     //Adjustment for fastpaint to left
1141     if (eRes < av.endRes)
1142     {
1143       eRes++;
1144     }
1145
1146     eRes = Math.min(eRes, aa.annotations.length);
1147
1148     if (sRes == 0)
1149     {
1150       x++;
1151     }
1152
1153     int y1 = y, y2 = y;
1154     float range = max - min;
1155
1156     ////Draw origin
1157     if (min < 0)
1158     {
1159       y2 = y - (int) ( (0 - min / range) * graphHeight);
1160     }
1161
1162     g.setColor(Color.gray);
1163     g.drawLine(x - av.charWidth, y2, (eRes - sRes + 1) * av.charWidth, y2);
1164
1165     eRes = Math.min(eRes, aa.annotations.length);
1166
1167     int column;
1168     int aaMax = aa.annotations.length - 1;
1169
1170     while (x < eRes - sRes)
1171     {
1172       column = sRes + x;
1173       if (av.hasHiddenColumns)
1174       {
1175         column = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(column);
1176       }
1177
1178       if (column > aaMax)
1179       {
1180         break;
1181       }
1182
1183       if (aa.annotations[column] == null || aa.annotations[column - 1] == null)
1184       {
1185         x++;
1186         continue;
1187       }
1188
1189       if (aa.annotations[column].colour == null)
1190         g.setColor(Color.black);
1191       else
1192         g.setColor(aa.annotations[column].colour);
1193
1194       y1 = y -
1195           (int) ( ( (aa.annotations[column - 1].value - min) / range) * graphHeight);
1196       y2 = y -
1197           (int) ( ( (aa.annotations[column].value - min) / range) * graphHeight);
1198
1199       g.drawLine(x * av.charWidth - av.charWidth / 2, y1,
1200                  x * av.charWidth + av.charWidth / 2, y2);
1201       x++;
1202     }
1203
1204     if (aa.threshold != null)
1205     {
1206       g.setColor(aa.threshold.colour);
1207       Graphics2D g2 = (Graphics2D) g;
1208       g2.setStroke(new BasicStroke(1,
1209                                    BasicStroke.CAP_SQUARE,
1210                                    BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f,
1211                                    new float[]
1212                                    {5f, 3f}, 0f));
1213
1214       y2 = (int) (y - ( (aa.threshold.value - min) / range) * graphHeight);
1215       g.drawLine(0, y2, (eRes - sRes) * av.charWidth, y2);
1216       g2.setStroke(new BasicStroke());
1217     }
1218   }
1219
1220   public void drawBarGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation aa,
1221                            int sRes, int eRes,
1222                            float min, float max,
1223                            int y)
1224   {
1225     if (sRes > aa.annotations.length)
1226     {
1227       return;
1228     }
1229
1230     eRes = Math.min(eRes, aa.annotations.length);
1231
1232     int x = 0, y1 = y, y2 = y;
1233
1234     float range = max - min;
1235
1236     if (min < 0)
1237     {
1238       y2 = y - (int) ( (0 - min / (range)) * aa.graphHeight);
1239     }
1240
1241     g.setColor(Color.gray);
1242
1243     g.drawLine(x, y2, (eRes - sRes) * av.charWidth, y2);
1244
1245     int column;
1246     int aaMax = aa.annotations.length - 1;
1247
1248     while (x < eRes - sRes)
1249     {
1250       column = sRes + x;
1251       if (av.hasHiddenColumns)
1252       {
1253         column = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(column);
1254       }
1255
1256       if (column > aaMax)
1257       {
1258         break;
1259       }
1260
1261       if (aa.annotations[column] == null)
1262       {
1263         x++;
1264         continue;
1265       }
1266
1267       if (aa.annotations[column].colour == null)
1268         g.setColor(Color.black);
1269       else
1270         g.setColor(aa.annotations[column].colour);
1271
1272       y1 = y -
1273           (int) ( ( (aa.annotations[column].value - min) / (range)) * aa.graphHeight);
1274
1275       if (y1 - y2 > 0)
1276       {
1277         g.fillRect(x * av.charWidth, y2, av.charWidth, y1 - y2);
1278       }
1279       else
1280       {
1281         g.fillRect(x * av.charWidth, y1, av.charWidth, y2 - y1);
1282       }
1283
1284       x++;
1285
1286     }
1287     if (aa.threshold != null)
1288     {
1289       g.setColor(aa.threshold.colour);
1290       Graphics2D g2 = (Graphics2D) g;
1291       g2.setStroke(new BasicStroke(1,
1292                                    BasicStroke.CAP_SQUARE,
1293                                    BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f,
1294                                    new float[]
1295                                    {5f, 3f}, 0f));
1296
1297       y2 = (int) (y - ( (aa.threshold.value - min) / range) * aa.graphHeight);
1298       g.drawLine(0, y2, (eRes - sRes) * av.charWidth, y2);
1299       g2.setStroke(new BasicStroke());
1300     }
1301   }
1302
1303   // used by overview window
1304   public void drawGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation aa, int width, int y,
1305                         int sRes, int eRes)
1306   {
1307     eRes = Math.min(eRes, aa.annotations.length);
1308     g.setColor(Color.white);
1309     g.fillRect(0, 0, width, y);
1310     g.setColor(new Color(0, 0, 180));
1311
1312     int x = 0, height;
1313
1314     for (int j = sRes; j < eRes; j++)
1315     {
1316       if (aa.annotations[j] != null)
1317       {
1318         if (aa.annotations[j].colour == null)
1319           g.setColor(Color.black);
1320         else
1321           g.setColor(aa.annotations[j].colour);
1322
1323         height = (int) ( (aa.annotations[j].value / aa.graphMax) * y);
1324         if (height > y)
1325         {
1326           height = y;
1327         }
1328
1329         g.fillRect(x, y - height, av.charWidth, height);
1330       }
1331       x += av.charWidth;
1332     }
1333   }
1334
1335 }