src/jalview/gui/AppJmol.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
   3  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.gui;
  19
  20 import java.util.regex.*;
  21 import java.util.*;
  22 import java.awt.*;
  23 import javax.swing.*;
  24 import javax.swing.event.*;
  25 import java.awt.event.*;
  26 import java.io.*;
  27
  28 import jalview.jbgui.GStructureViewer;
  29 import jalview.api.SequenceStructureBinding;
  30 import jalview.bin.Cache;
  31 import jalview.datamodel.*;
  32 import jalview.gui.*;
  33 import jalview.structure.*;
  34 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  35 import jalview.io.*;
  36 import jalview.schemes.*;
  37 import jalview.ws.ebi.EBIFetchClient;
  38
  39 import org.jmol.api.*;
  40 import org.jmol.adapter.smarter.SmarterJmolAdapter;
  41 import org.jmol.popup.*;
  42 import org.jmol.viewer.JmolConstants;
  43 import org.openscience.jmol.app.jmolpanel.AppConsole;
  44
  45 public class AppJmol extends GStructureViewer implements Runnable,
  46         SequenceStructureBinding
  47
  48 {
  49   AppJmolBinding jmb;
  50
  51   JPanel scriptWindow;
  52
  53   JSplitPane splitPane;
  54
  55   RenderPanel renderPanel;
  56
  57   AlignmentPanel ap;
  58
  59   Vector atomsPicked = new Vector();
  60
  61   private boolean addingStructures = false;
  62
  63   /**
  64    *
  65    * @param file
  66    * @param id
  67    * @param seq
  68    * @param ap
  69    * @param loadStatus
  70    * @param bounds
  71    * @deprecated defaults to AppJmol(String[] files, ... , viewid);
  72    */
  73   public AppJmol(String file, String id, SequenceI[] seq,
  74           AlignmentPanel ap, String loadStatus, Rectangle bounds)
  75   {
  76     this(file, id, seq, ap, loadStatus, bounds, null);
  77   }
  78
  79   /**
  80    * @deprecated
  81    */
  82   public AppJmol(String file, String id, SequenceI[] seq,
  83           AlignmentPanel ap, String loadStatus, Rectangle bounds,
  84           String viewid)
  85   {
  86     this(new String[]
  87     { file }, new String[]
  88     { id }, new SequenceI[][]
  89     { seq }, ap, loadStatus, bounds, viewid);
  90   }
  91
  92   /**
  93    *
  94    * @param files
  95    * @param ids
  96    * @param seqs
  97    * @param ap
  98    * @param loadStatus
  99    * @param bounds
 100    * @param viewid
 101    */
 102   public AppJmol(String[] files, String[] ids, SequenceI[][] seqs,
 103           AlignmentPanel ap, String loadStatus, Rectangle bounds,
 104           String viewid)
 105   {
 106     PDBEntry[] pdbentrys = new PDBEntry[files.length];
 107     for (int i = 0; i < pdbentrys.length; i++)
 108     {
 109       PDBEntry pdbentry = new PDBEntry();
 110       pdbentry.setFile(files[i]);
 111       pdbentry.setId(ids[i]);
 112       pdbentrys[i] = pdbentry;
 113     }
 114     // / TODO: check if protocol is needed to be set, and if chains are
 115     // autodiscovered.
 116     jmb = new AppJmolBinding(this, pdbentrys, seqs, null, null);
 117
 118     jmb.setLoadingFromArchive(true);
 119     this.ap = ap;
 120     this.setBounds(bounds);
 121     jmb.setColourBySequence(false);
 122     seqColour.setSelected(false);
 123     viewId = viewid;
 124     // jalview.gui.Desktop.addInternalFrame(this, "Loading File",
 125     // bounds.width,bounds.height);
 126
 127     this.addInternalFrameListener(new InternalFrameAdapter()
 128     {
 129       public void internalFrameClosing(InternalFrameEvent internalFrameEvent)
 130       {
 131         closeViewer();
 132       }
 133     });
 134     initJmol(loadStatus); // pdbentry, seq, JBPCHECK!
 135
 136   }
 137
 138   IProgressIndicator progressBar = null;
 139
 140   public AppJmol(PDBEntry pdbentry, SequenceI[] seq, String[] chains,
 141           AlignmentPanel ap)
 142   {
 143     progressBar = ap.alignFrame;
 144     // ////////////////////////////////
 145     // Is the pdb file already loaded?
 146     String alreadyMapped = StructureSelectionManager
 147             .getStructureSelectionManager().alreadyMappedToFile(
 148                     pdbentry.getId());
 149
 150     if (alreadyMapped != null)
 151     {
 152       int option = JOptionPane.showInternalConfirmDialog(Desktop.desktop,
 153               pdbentry.getId() + " is already displayed."
 154                       + "\nDo you want to re-use this viewer ?",
 155               "Map Sequences to Visible Window: " + pdbentry.getId(),
 156               JOptionPane.YES_NO_OPTION);
 157
 158       if (option == JOptionPane.YES_OPTION)
 159       {
 160         StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager()
 161                 .setMapping(seq, chains, alreadyMapped,
 162                         AppletFormatAdapter.FILE);
 163         if (ap.seqPanel.seqCanvas.fr != null)
 164         {
 165           ap.seqPanel.seqCanvas.fr.featuresAdded();
 166           ap.paintAlignment(true);
 167         }
 168
 169         // Now this AppJmol is mapped to new sequences. We must add them to
 170         // the exisiting array
 171         JInternalFrame[] frames = Desktop.instance.getAllFrames();
 172
 173         for (int i = 0; i < frames.length; i++)
 174         {
 175           if (frames[i] instanceof AppJmol)
 176           {
 177             AppJmol topJmol = ((AppJmol) frames[i]);
 178             // JBPNOTE: this looks like a binding routine, rather than a gui
 179             // routine
 180             for (int pe = 0; pe < topJmol.jmb.pdbentry.length; pe++)
 181             {
 182               if (topJmol.jmb.pdbentry[pe].getFile().equals(alreadyMapped))
 183               {
 184                 topJmol.jmb.addSequence(pe, seq);
 185                 break;
 186               }
 187             }
 188           }
 189         }
 190
 191         return;
 192       }
 193     }
 194     // /////////////////////////////////
 195     // Check if there are other Jmol views involving this alignment
 196     // and prompt user about adding this molecule to one of them
 197     Vector existingViews = getJmolsFor(ap);
 198     if (existingViews.size() > 0)
 199     {
 200       Enumeration jm = existingViews.elements();
 201       while (jm.hasMoreElements())
 202       {
 203         AppJmol topJmol = (AppJmol) jm.nextElement();
 204         // TODO: highlight topJmol in view somehow
 205         int option = JOptionPane.showInternalConfirmDialog(Desktop.desktop,
 206                 "Do you want to add " + pdbentry.getId()
 207                         + " to the view called\n'" + topJmol.getTitle()
 208                         + "'\n", "Align to existing structure view",
 209                 JOptionPane.YES_NO_OPTION);
 210         if (option == JOptionPane.YES_OPTION)
 211         {
 212           topJmol.addStructure(pdbentry, seq, chains, true, ap.alignFrame);
 213           return;
 214         }
 215       }
 216     }
 217     // /////////////////////////////////
 218
 219     jmb = new AppJmolBinding(this, new PDBEntry[]
 220     { pdbentry }, new SequenceI[][]
 221     { seq }, null, null);
 222     this.ap = ap;
 223     setSize(400, 400); // probably should be a configurable/dynamic default here
 224
 225     if (pdbentry.getFile() != null)
 226     {
 227       initJmol("load \"" + pdbentry.getFile() + "\"");
 228     }
 229     else
 230     {
 231       addingStructures = false;
 232       worker = new Thread(this);
 233       worker.start();
 234     }
 235
 236     this.addInternalFrameListener(new InternalFrameAdapter()
 237     {
 238       public void internalFrameClosing(InternalFrameEvent internalFrameEvent)
 239       {
 240         closeViewer();
 241       }
 242     });
 243
 244   }
 245
 246   /**
 247    * pdb retrieval thread.
 248    */
 249   private Thread worker = null;
 250
 251   /**
 252    * add a new structure (with associated sequences and chains) to this viewer,
 253    * retrieving it if necessary first.
 254    *
 255    * @param pdbentry
 256    * @param seq
 257    * @param chains
 258    * @param alignFrame
 259    * @param align
 260    *          if true, new structure(s) will be align using associated alignment
 261    */
 262   private void addStructure(final PDBEntry pdbentry, final SequenceI[] seq,
 263           final String[] chains, final boolean b,
 264           final IProgressIndicator alignFrame)
 265   {
 266     if (pdbentry.getFile() == null)
 267     {
 268       if (worker != null && worker.isAlive())
 269       {
 270         // a retrieval is in progress, wait around and add ourselves to the
 271         // queue.
 272         new Thread(new Runnable()
 273         {
 274           public void run()
 275           {
 276             while (worker != null && worker.isAlive() && _started)
 277             {
 278               try
 279               {
 280                 Thread.sleep(100 + ((int) Math.random() * 100));
 281
 282               } catch (Exception e)
 283               {
 284               }
 285
 286             }
 287             // and call ourselves again.
 288             addStructure(pdbentry, seq, chains, b, alignFrame);
 289           }
 290         }).start();
 291         return;
 292       }
 293     }
 294     // otherwise, start adding the structure.
 295     jmb.addSequenceAndChain(new PDBEntry[]
 296     { pdbentry }, new SequenceI[][]
 297     { seq }, new String[][]
 298     { chains });
 299     addingStructures = true;
 300     _started = false;
 301     alignAddedStructures = b;
 302     progressBar = alignFrame; // visual indication happens on caller frame.
 303     (worker = new Thread(this)).start();
 304     return;
 305   }
 306
 307   private Vector getJmolsFor(AlignmentPanel ap2)
 308   {
 309     Vector otherJmols = new Vector();
 310     // Now this AppJmol is mapped to new sequences. We must add them to
 311     // the exisiting array
 312     JInternalFrame[] frames = Desktop.instance.getAllFrames();
 313
 314     for (int i = 0; i < frames.length; i++)
 315     {
 316       if (frames[i] instanceof AppJmol)
 317       {
 318         AppJmol topJmol = ((AppJmol) frames[i]);
 319         if (topJmol.ap == ap2)
 320         {
 321           otherJmols.addElement(topJmol);
 322         }
 323       }
 324     }
 325     return otherJmols;
 326   }
 327
 328   void initJmol(String command)
 329   {
 330     jmb.setFinishedInit(false);
 331     renderPanel = new RenderPanel();
 332     // TODO: consider waiting until the structure/view is fully loaded before
 333     // displaying
 334     this.getContentPane().add(renderPanel, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 335     jalview.gui.Desktop.addInternalFrame(this, jmb.getViewerTitle(),
 336             getBounds().width, getBounds().height);
 337     if (scriptWindow == null)
 338     {
 339       BorderLayout bl = new BorderLayout();
 340       bl.setHgap(0);
 341       bl.setVgap(0);
 342       scriptWindow = new JPanel(bl);
 343       scriptWindow.setVisible(false);
 344     }
 345     ;
 346     jmb.allocateViewer(renderPanel, true, "", null, null, "", scriptWindow,
 347             null);
 348     jmb.newJmolPopup(true, "Jmol", true);
 349     jmb.evalStateCommand(command);
 350     jmb.setFinishedInit(true);
 351   }
 352
 353   void setChainMenuItems(Vector chains)
 354   {
 355     chainMenu.removeAll();
 356     if (chains == null)
 357     {
 358       return;
 359     }
 360     JMenuItem menuItem = new JMenuItem("All");
 361     menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 362     {
 363       public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 364       {
 365         allChainsSelected = true;
 366         for (int i = 0; i < chainMenu.getItemCount(); i++)
 367         {
 368           if (chainMenu.getItem(i) instanceof JCheckBoxMenuItem)
 369             ((JCheckBoxMenuItem) chainMenu.getItem(i)).setSelected(true);
 370         }
 371         centerViewer();
 372         allChainsSelected = false;
 373       }
 374     });
 375
 376     chainMenu.add(menuItem);
 377
 378     for (int c = 0; c < chains.size(); c++)
 379     {
 380       menuItem = new JCheckBoxMenuItem(chains.elementAt(c).toString(), true);
 381       menuItem.addItemListener(new ItemListener()
 382       {
 383         public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 384         {
 385           if (!allChainsSelected)
 386             centerViewer();
 387         }
 388       });
 389
 390       chainMenu.add(menuItem);
 391     }
 392   }
 393
 394   boolean allChainsSelected = false;
 395
 396   private boolean alignAddedStructures = false;
 397
 398   void centerViewer()
 399   {
 400     Vector toshow = new Vector();
 401     String lbl;
 402     int mlength, p, mnum;
 403     for (int i = 0; i < chainMenu.getItemCount(); i++)
 404     {
 405       if (chainMenu.getItem(i) instanceof JCheckBoxMenuItem)
 406       {
 407         JCheckBoxMenuItem item = (JCheckBoxMenuItem) chainMenu.getItem(i);
 408         if (item.isSelected())
 409         {
 410           toshow.addElement(item.getText());
 411         }
 412       }
 413     }
 414     jmb.centerViewer(toshow);
 415   }
 416
 417   void closeViewer()
 418   {
 419     jmb.closeViewer();
 420
 421     // TODO: check for memory leaks where instance isn't finalised because jmb
 422     // holds a reference to the window
 423     jmb = null;
 424   }
 425
 426   /**
 427    * state flag for PDB retrieval thread
 428    */
 429   private boolean _started = false;
 430
 431   public void run()
 432   {
 433     _started = true;
 434     String pdbid = "";
 435     // todo - record which pdbids were successfuly imported.
 436     StringBuffer errormsgs = new StringBuffer(), files = new StringBuffer();
 437     try
 438     {
 439       String[] curfiles = jmb.getPdbFile(); // files currently in viewer
 440       // TODO: replace with reference fetching/transfer code (validate PDBentry
 441       // as a DBRef?)
 442       jalview.ws.dbsources.Pdb pdbclient = new jalview.ws.dbsources.Pdb();
 443       for (int pi = 0; pi < jmb.pdbentry.length; pi++)
 444       {
 445         String file = jmb.pdbentry[pi].getFile();
 446         if (file == null)
 447         {
 448           // retrieve the pdb and store it locally
 449           AlignmentI pdbseq = null;
 450           pdbid = jmb.pdbentry[pi].getId();
 451           long hdl = pdbid.hashCode() - System.currentTimeMillis();
 452           if (progressBar != null)
 453           {
 454             progressBar.setProgressBar("Fetching PDB " + pdbid, hdl);
 455           }
 456           try
 457           {
 458             pdbseq = pdbclient.getSequenceRecords(pdbid = jmb.pdbentry[pi]
 459                     .getId());
 460           } catch (OutOfMemoryError oomerror)
 461           {
 462             new OOMWarning("Retrieving PDB id " + pdbid, oomerror);
 463           } catch (Exception ex)
 464           {
 465             ex.printStackTrace();
 466             errormsgs.append("'" + pdbid + "'");
 467           }
 468           if (progressBar != null)
 469           {
 470             progressBar.setProgressBar("Finished.", hdl);
 471           }
 472           if (pdbseq != null)
 473           {
 474             // just transfer the file name from the first sequence's first
 475             // PDBEntry
 476             jmb.pdbentry[pi].setFile(file = ((PDBEntry) pdbseq
 477                     .getSequenceAt(0).getPDBId().elementAt(0)).getFile());
 478             files.append(" \"" + file + "\"");
 479           }
 480           else
 481           {
 482             errormsgs.append("'" + pdbid + "' ");
 483           }
 484         }
 485         else
 486         {
 487           if (curfiles != null && curfiles.length > 0)
 488           {
 489             addingStructures = true; // already files loaded.
 490             for (int c = 0; c < curfiles.length; c++)
 491             {
 492               if (curfiles[c].equals(file))
 493               {
 494                 file = null;
 495                 break;
 496               }
 497             }
 498           }
 499           if (file != null)
 500           {
 501             files.append(" \"" + file + "\"");
 502           }
 503         }
 504       }
 505     } catch (OutOfMemoryError oomerror)
 506     {
 507       new OOMWarning("Retrieving PDB files: " + pdbid, oomerror);
 508     } catch (Exception ex)
 509     {
 510       ex.printStackTrace();
 511       errormsgs.append("When retrieving pdbfiles : current was: '" + pdbid
 512               + "'");
 513     }
 514     if (errormsgs.length() > 0)
 515     {
 516
 517       JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 518               "The following pdb entries could not be retrieved from the PDB:\n"
 519                       + errormsgs.toString()
 520                       + "\nPlease try downloading them manually.",
 521               "Couldn't load file", JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
 522
 523     }
 524     if (files.length() > 0)
 525     {
 526       if (!addingStructures)
 527       {
 528
 529         try
 530         {
 531           initJmol("load FILES " + files.toString());
 532         } catch (OutOfMemoryError oomerror)
 533         {
 534           new OOMWarning("When trying to open the Jmol viewer!", oomerror);
 535           Cache.log.debug("File locations are " + files);
 536         } catch (Exception ex)
 537         {
 538           Cache.log.error("Couldn't open Jmol viewer!", ex);
 539         }
 540       }
 541       else
 542       {
 543         StringBuffer cmd = new StringBuffer();
 544         cmd.append("loadingJalviewdata=true\nload APPEND ");
 545         cmd.append(files.toString());
 546         cmd.append("\nloadingJalviewdata=null");
 547         final String command = cmd.toString();
 548         cmd = null;
 549         try
 550         {
 551           jmb.evalStateCommand(command);
 552         } catch (OutOfMemoryError oomerror)
 553         {
 554           new OOMWarning(
 555                   "When trying to add structures to the Jmol viewer!",
 556                   oomerror);
 557           Cache.log.debug("File locations are " + files);
 558         } catch (Exception ex)
 559         {
 560           Cache.log.error("Couldn't add files to Jmol viewer!", ex);
 561         }
 562         long lastnotify = jmb.getLoadNotifiesHandled();
 563         // need to wait around until script has finished
 564         while (lastnotify >= jmb.getLoadNotifiesHandled())
 565           ;
 566         {
 567           try
 568           {
 569             Thread.sleep(35);
 570           } catch (Exception e)
 571           {
 572           }
 573         }
 574         // refresh the sequence colours for the new structure(s)
 575         jmb.updateColours(ap);
 576         // do superposition if asked to
 577         if (alignAddedStructures)
 578         {
 579           javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 580           {
 581             public void run()
 582             {
 583               jmb.superposeStructures(ap.av.getAlignment(), -1, null);
 584             }
 585           });
 586           alignAddedStructures = false;
 587         }
 588         addingStructures = false;
 589       }
 590     }
 591     _started = false;
 592     worker = null;
 593   }
 594
 595   public void pdbFile_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 596   {
 597     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
 598             jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"));
 599
 600     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 601     chooser.setDialogTitle("Save PDB File");
 602     chooser.setToolTipText("Save");
 603
 604     int value = chooser.showSaveDialog(this);
 605
 606     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 607     {
 608       try
 609       {
 610         // TODO: cope with multiple PDB files in view
 611         BufferedReader in = new BufferedReader(new FileReader(
 612                 jmb.getPdbFile()[0]));
 613         File outFile = chooser.getSelectedFile();
 614
 615         PrintWriter out = new PrintWriter(new FileOutputStream(outFile));
 616         String data;
 617         while ((data = in.readLine()) != null)
 618         {
 619           if (!(data.indexOf("<PRE>") > -1 || data.indexOf("</PRE>") > -1))
 620           {
 621             out.println(data);
 622           }
 623         }
 624         out.close();
 625       } catch (Exception ex)
 626       {
 627         ex.printStackTrace();
 628       }
 629     }
 630   }
 631
 632   public void viewMapping_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 633   {
 634     jalview.gui.CutAndPasteTransfer cap = new jalview.gui.CutAndPasteTransfer();
 635     try
 636     {
 637       for (int pdbe = 0; pdbe < jmb.pdbentry.length; pdbe++)
 638       {
 639         cap.appendText(StructureSelectionManager
 640                 .getStructureSelectionManager().printMapping(
 641                         jmb.pdbentry[pdbe].getFile()));
 642         cap.appendText("\n");
 643       }
 644     } catch (OutOfMemoryError e)
 645     {
 646       new OOMWarning(
 647               "composing sequence-structure alignments for display in text box.",
 648               e);
 649       cap.dispose();
 650       return;
 651     }
 652     jalview.gui.Desktop.addInternalFrame(cap, "PDB - Sequence Mapping",
 653             550, 600);
 654   }
 655
 656   /**
 657    * DOCUMENT ME!
 658    *
 659    * @param e
 660    *          DOCUMENT ME!
 661    */
 662   public void eps_actionPerformed(ActionEvent e)
 663   {
 664     makePDBImage(jalview.util.ImageMaker.EPS);
 665   }
 666
 667   /**
 668    * DOCUMENT ME!
 669    *
 670    * @param e
 671    *          DOCUMENT ME!
 672    */
 673   public void png_actionPerformed(ActionEvent e)
 674   {
 675     makePDBImage(jalview.util.ImageMaker.PNG);
 676   }
 677
 678   void makePDBImage(int type)
 679   {
 680     int width = getWidth();
 681     int height = getHeight();
 682
 683     jalview.util.ImageMaker im;
 684
 685     if (type == jalview.util.ImageMaker.PNG)
 686     {
 687       im = new jalview.util.ImageMaker(this, jalview.util.ImageMaker.PNG,
 688               "Make PNG image from view", width, height, null, null);
 689     }
 690     else
 691     {
 692       im = new jalview.util.ImageMaker(this, jalview.util.ImageMaker.EPS,
 693               "Make EPS file from view", width, height, null,
 694               this.getTitle());
 695     }
 696
 697     if (im.getGraphics() != null)
 698     {
 699       Rectangle rect = new Rectangle(width, height);
 700       jmb.viewer.renderScreenImage(im.getGraphics(), rect.getSize(), rect);
 701       im.writeImage();
 702     }
 703   }
 704
 705   public void seqColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 706   {
 707     jmb.setColourBySequence(seqColour.isSelected());
 708     // Set the colour using the current view for the associated alignframe
 709     jmb.colourBySequence(ap.alignFrame.viewport.showSequenceFeatures,
 710             ap.alignFrame.viewport.alignment);
 711   }
 712
 713   public void chainColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 714   {
 715     chainColour.setSelected(true);
 716     jmb.colourByChain();
 717   }
 718
 719   public void chargeColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 720   {
 721     chargeColour.setSelected(true);
 722     jmb.colourByCharge();
 723   }
 724
 725   public void zappoColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 726   {
 727     zappoColour.setSelected(true);
 728     jmb.setJalviewColourScheme(new ZappoColourScheme());
 729   }
 730
 731   public void taylorColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 732   {
 733     taylorColour.setSelected(true);
 734     jmb.setJalviewColourScheme(new TaylorColourScheme());
 735   }
 736
 737   public void hydroColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 738   {
 739     hydroColour.setSelected(true);
 740     jmb.setJalviewColourScheme(new HydrophobicColourScheme());
 741   }
 742
 743   public void helixColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 744   {
 745     helixColour.setSelected(true);
 746     jmb.setJalviewColourScheme(new HelixColourScheme());
 747   }
 748
 749   public void strandColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 750   {
 751     strandColour.setSelected(true);
 752     jmb.setJalviewColourScheme(new StrandColourScheme());
 753   }
 754
 755   public void turnColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 756   {
 757     turnColour.setSelected(true);
 758     jmb.setJalviewColourScheme(new TurnColourScheme());
 759   }
 760
 761   public void buriedColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 762   {
 763     buriedColour.setSelected(true);
 764     jmb.setJalviewColourScheme(new BuriedColourScheme());
 765   }
 766
 767   public void userColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 768   {
 769     userColour.setSelected(true);
 770     new UserDefinedColours(this, null);
 771   }
 772
 773   public void backGround_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 774   {
 775     java.awt.Color col = JColorChooser.showDialog(this,
 776             "Select Background Colour", null);
 777     if (col != null)
 778     {
 779       jmb.setBackgroundColour(col);
 780     }
 781   }
 782
 783   public void jmolHelp_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 784   {
 785     try
 786     {
 787       jalview.util.BrowserLauncher
 788               .openURL("http://jmol.sourceforge.net/docs/JmolUserGuide/");
 789     } catch (Exception ex)
 790     {
 791     }
 792   }
 793
 794   public void showConsole(boolean showConsole)
 795   {
 796
 797     if (showConsole)
 798     {
 799       if (splitPane == null)
 800       {
 801         splitPane = new JSplitPane(JSplitPane.VERTICAL_SPLIT);
 802         splitPane.setTopComponent(renderPanel);
 803         splitPane.setBottomComponent(scriptWindow);
 804         this.getContentPane().add(splitPane, BorderLayout.CENTER);
 805         splitPane.setDividerLocation(getHeight() - 200);
 806         scriptWindow.setVisible(true);
 807         scriptWindow.validate();
 808         splitPane.validate();
 809       }
 810
 811     }
 812     else
 813     {
 814       if (splitPane != null)
 815       {
 816         splitPane.setVisible(false);
 817       }
 818
 819       splitPane = null;
 820
 821       this.getContentPane().add(renderPanel, BorderLayout.CENTER);
 822     }
 823
 824     validate();
 825   }
 826
 827   class RenderPanel extends JPanel
 828   {
 829     final Dimension currentSize = new Dimension();
 830
 831     final Rectangle rectClip = new Rectangle();
 832
 833     public void paintComponent(Graphics g)
 834     {
 835       getSize(currentSize);
 836       g.getClipBounds(rectClip);
 837
 838       if (jmb.fileLoadingError != null)
 839       {
 840         g.setColor(Color.black);
 841         g.fillRect(0, 0, currentSize.width, currentSize.height);
 842         g.setColor(Color.white);
 843         g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));
 844         g.drawString("Error loading file...", 20, currentSize.height / 2);
 845         StringBuffer sb = new StringBuffer();
 846         int lines = 0;
 847         for (int e = 0; e < jmb.pdbentry.length; e++)
 848         {
 849           sb.append(jmb.pdbentry[e].getId());
 850           if (e < jmb.pdbentry.length - 1)
 851           {
 852             sb.append(",");
 853           }
 854
 855           if (e == jmb.pdbentry.length - 1 || sb.length() > 20)
 856           {
 857             lines++;
 858             g.drawString(sb.toString(), 20, currentSize.height / 2 - lines
 859                     * g.getFontMetrics().getHeight());
 860           }
 861         }
 862       }
 863       else if (jmb == null || jmb.viewer == null || !jmb.isFinishedInit())
 864       {
 865         g.setColor(Color.black);
 866         g.fillRect(0, 0, currentSize.width, currentSize.height);
 867         g.setColor(Color.white);
 868         g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));
 869         g.drawString("Retrieving PDB data....", 20, currentSize.height / 2);
 870       }
 871       else
 872       {
 873         jmb.viewer.renderScreenImage(g, currentSize, rectClip);
 874       }
 875     }
 876   }
 877
 878   String viewId = null;
 879
 880   public String getViewId()
 881   {
 882     if (viewId == null)
 883     {
 884       viewId = System.currentTimeMillis() + "." + this.hashCode();
 885     }
 886     return viewId;
 887   }
 888
 889   public void updateTitleAndMenus()
 890   {
 891     if (jmb.fileLoadingError != null && jmb.fileLoadingError.length() > 0)
 892     {
 893       repaint();
 894       return;
 895     }
 896     setChainMenuItems(jmb.chainNames);
 897     jmb.colourBySequence(ap.av.getShowSequenceFeatures(), ap.av.alignment);
 898
 899     this.setTitle(jmb.getViewerTitle());
 900     if (jmb.getPdbFile().length > 1 && jmb.sequence.length > 1)
 901     {
 902       jmolActionMenu.setVisible(true);
 903     }
 904   }
 905
 906   /*
 907    * (non-Javadoc)
 908    *
 909    * @see
 910    * jalview.jbgui.GStructureViewer#alignStructs_actionPerformed(java.awt.event
 911    * .ActionEvent)
 912    */
 913   @Override
 914   protected void alignStructs_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 915   {
 916
 917     try
 918     {
 919       jmb.superposeStructures(ap.av.getAlignment(), -1,
 920               ap.av.getColumnSelection());
 921     } catch (Exception e)
 922     {
 923       Cache.log.info("Couldn't align structures in alignframe "
 924               + ap.alignFrame.getTitle(), e);
 925
 926     }
 927   }
 928
 929   public void setJalviewColourScheme(ColourSchemeI ucs)
 930   {
 931     jmb.setJalviewColourScheme(ucs);
 932
 933   }
 934
 935 }