src/jalview/gui/AppJmol.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.bin.Cache;
  24 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  25 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  26 import jalview.datamodel.SequenceI;
  27 import jalview.gui.StructureViewer.ViewerType;
  28 import jalview.structures.models.AAStructureBindingModel;
  29 import jalview.util.BrowserLauncher;
  30 import jalview.util.MessageManager;
  31 import jalview.util.Platform;
  32 import jalview.ws.dbsources.Pdb;
  33
  34 import java.awt.BorderLayout;
  35 import java.awt.Color;
  36 import java.awt.Dimension;
  37 import java.awt.Font;
  38 import java.awt.Graphics;
  39 import java.awt.Rectangle;
  40 import java.awt.event.ActionEvent;
  41 import java.io.File;
  42 import java.util.ArrayList;
  43 import java.util.List;
  44 import java.util.Vector;
  45
  46 import javax.swing.JCheckBoxMenuItem;
  47 import javax.swing.JInternalFrame;
  48 import javax.swing.JPanel;
  49 import javax.swing.JSplitPane;
  50 import javax.swing.SwingUtilities;
  51 import javax.swing.event.InternalFrameAdapter;
  52 import javax.swing.event.InternalFrameEvent;
  53
  54 public class AppJmol extends StructureViewerBase
  55 {
  56   // ms to wait for Jmol to load files
  57   private static final int JMOL_LOAD_TIMEOUT = 20000;
  58
  59   private static final String SPACE = " ";
  60
  61   private static final String BACKSLASH = "\"";
  62
  63   AppJmolBinding jmb;
  64
  65   JPanel scriptWindow;
  66
  67   JSplitPane splitPane;
  68
  69   RenderPanel renderPanel;
  70
  71   /**
  72    *
  73    * @param files
  74    * @param ids
  75    * @param seqs
  76    * @param ap
  77    * @param usetoColour
  78    *          - add the alignment panel to the list used for colouring these
  79    *          structures
  80    * @param useToAlign
  81    *          - add the alignment panel to the list used for aligning these
  82    *          structures
  83    * @param leaveColouringToJmol
  84    *          - do not update the colours from any other source. Jmol is
  85    *          handling them
  86    * @param loadStatus
  87    * @param bounds
  88    * @param viewid
  89    */
  90   public AppJmol(String[] files, String[] ids, SequenceI[][] seqs,
  91           AlignmentPanel ap, boolean usetoColour, boolean useToAlign,
  92           boolean leaveColouringToJmol, String loadStatus,
  93           Rectangle bounds, String viewid)
  94   {
  95     PDBEntry[] pdbentrys = new PDBEntry[files.length];
  96     for (int i = 0; i < pdbentrys.length; i++)
  97     {
  98       // PDBEntry pdbentry = new PDBEntry(files[i], ids[i]);
  99       PDBEntry pdbentry = new PDBEntry(ids[i], null, PDBEntry.Type.PDB,
 100               files[i]);
 101       pdbentrys[i] = pdbentry;
 102     }
 103     // / TODO: check if protocol is needed to be set, and if chains are
 104     // autodiscovered.
 105     jmb = new AppJmolBinding(this, ap.getStructureSelectionManager(),
 106             pdbentrys, seqs, null);
 107
 108     jmb.setLoadingFromArchive(true);
 109     addAlignmentPanel(ap);
 110     if (useToAlign)
 111     {
 112       useAlignmentPanelForSuperposition(ap);
 113     }
 114     initMenus();
 115     if (leaveColouringToJmol || !usetoColour)
 116     {
 117       jmb.setColourBySequence(false);
 118       seqColour.setSelected(false);
 119       viewerColour.setSelected(true);
 120     }
 121     else if (usetoColour)
 122     {
 123       useAlignmentPanelForColourbyseq(ap);
 124       jmb.setColourBySequence(true);
 125       seqColour.setSelected(true);
 126       viewerColour.setSelected(false);
 127     }
 128     this.setBounds(bounds);
 129     setViewId(viewid);
 130     // jalview.gui.Desktop.addInternalFrame(this, "Loading File",
 131     // bounds.width,bounds.height);
 132
 133     this.addInternalFrameListener(new InternalFrameAdapter()
 134     {
 135       @Override
 136       public void internalFrameClosing(InternalFrameEvent internalFrameEvent)
 137       {
 138         closeViewer(false);
 139       }
 140     });
 141     initJmol(loadStatus); // pdbentry, seq, JBPCHECK!ˇ
 142
 143   }
 144
 145   @Override
 146   protected void initMenus()
 147   {
 148     super.initMenus();
 149
 150     viewerActionMenu.setText(MessageManager.getString("label.jmol"));
 151
 152     viewerColour
 153             .setText(MessageManager.getString("label.colour_with_jmol"));
 154     viewerColour.setToolTipText(MessageManager
 155             .getString("label.let_jmol_manage_structure_colours"));
 156   }
 157
 158   IProgressIndicator progressBar = null;
 159
 160   @Override
 161   protected IProgressIndicator getIProgressIndicator()
 162   {
 163     return progressBar;
 164   }
 165   /**
 166    * add a single PDB structure to a new or existing Jmol view
 167    *
 168    * @param pdbentry
 169    * @param seq
 170    * @param chains
 171    * @param ap
 172    */
 173   public AppJmol(PDBEntry pdbentry, SequenceI[] seq, String[] chains,
 174           final AlignmentPanel ap)
 175   {
 176     progressBar = ap.alignFrame;
 177     String pdbId = pdbentry.getId();
 178
 179     /*
 180      * If the PDB file is already loaded, the user may just choose to add to an
 181      * existing viewer (or cancel)
 182      */
 183     if (addAlreadyLoadedFile(seq, chains, ap, pdbId))
 184     {
 185       return;
 186     }
 187
 188     /*
 189      * Check if there are other Jmol views involving this alignment and prompt
 190      * user about adding this molecule to one of them
 191      */
 192     if (addToExistingViewer(pdbentry, seq, chains, ap, pdbId))
 193     {
 194       return;
 195     }
 196
 197     /*
 198      * If the options above are declined or do not apply, open a new viewer
 199      */
 200     openNewJmol(ap, new PDBEntry[] { pdbentry }, new SequenceI[][] { seq });
 201   }
 202
 203   private void openNewJmol(AlignmentPanel ap, PDBEntry[] pdbentrys,
 204           SequenceI[][] seqs)
 205   {
 206     progressBar = ap.alignFrame;
 207     jmb = new AppJmolBinding(this, ap.getStructureSelectionManager(),
 208             pdbentrys, seqs, null);
 209     addAlignmentPanel(ap);
 210     useAlignmentPanelForColourbyseq(ap);
 211
 212     if (pdbentrys.length > 1)
 213     {
 214       alignAddedStructures = true;
 215       useAlignmentPanelForSuperposition(ap);
 216     }
 217     jmb.setColourBySequence(true);
 218     setSize(400, 400); // probably should be a configurable/dynamic default here
 219     initMenus();
 220     addingStructures = false;
 221     worker = new Thread(this);
 222     worker.start();
 223
 224     this.addInternalFrameListener(new InternalFrameAdapter()
 225     {
 226       @Override
 227       public void internalFrameClosing(InternalFrameEvent internalFrameEvent)
 228       {
 229         closeViewer(false);
 230       }
 231     });
 232
 233   }
 234
 235   /**
 236    * create a new Jmol containing several structures superimposed using the
 237    * given alignPanel.
 238    *
 239    * @param ap
 240    * @param pe
 241    * @param seqs
 242    */
 243   public AppJmol(AlignmentPanel ap, PDBEntry[] pe, SequenceI[][] seqs)
 244   {
 245     openNewJmol(ap, pe, seqs);
 246   }
 247
 248   /**
 249    * Returns a list of any Jmol viewers. The list is restricted to those linked
 250    * to the given alignment panel if it is not null.
 251    */
 252   @Override
 253   protected List<StructureViewerBase> getViewersFor(AlignmentPanel apanel)
 254   {
 255     List<StructureViewerBase> result = new ArrayList<StructureViewerBase>();
 256     JInternalFrame[] frames = Desktop.instance.getAllFrames();
 257
 258     for (JInternalFrame frame : frames)
 259     {
 260       if (frame instanceof AppJmol)
 261       {
 262         if (apanel == null
 263                 || ((StructureViewerBase) frame).isLinkedWith(apanel))
 264         {
 265           result.add((StructureViewerBase) frame);
 266         }
 267       }
 268     }
 269     return result;
 270   }
 271
 272   void initJmol(String command)
 273   {
 274     jmb.setFinishedInit(false);
 275     renderPanel = new RenderPanel();
 276     // TODO: consider waiting until the structure/view is fully loaded before
 277     // displaying
 278     this.getContentPane().add(renderPanel, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 279     jalview.gui.Desktop.addInternalFrame(this, jmb.getViewerTitle(),
 280             getBounds().width, getBounds().height);
 281     if (scriptWindow == null)
 282     {
 283       BorderLayout bl = new BorderLayout();
 284       bl.setHgap(0);
 285       bl.setVgap(0);
 286       scriptWindow = new JPanel(bl);
 287       scriptWindow.setVisible(false);
 288     }
 289
 290     jmb.allocateViewer(renderPanel, true, "", null, null, "",
 291             scriptWindow, null);
 292     // jmb.newJmolPopup("Jmol");
 293     if (command == null)
 294     {
 295       command = "";
 296     }
 297     jmb.evalStateCommand(command);
 298     jmb.evalStateCommand("set hoverDelay=0.1");
 299     jmb.setFinishedInit(true);
 300   }
 301
 302
 303
 304   boolean allChainsSelected = false;
 305
 306   @Override
 307   void showSelectedChains()
 308   {
 309     Vector<String> toshow = new Vector<String>();
 310     for (int i = 0; i < chainMenu.getItemCount(); i++)
 311     {
 312       if (chainMenu.getItem(i) instanceof JCheckBoxMenuItem)
 313       {
 314         JCheckBoxMenuItem item = (JCheckBoxMenuItem) chainMenu.getItem(i);
 315         if (item.isSelected())
 316         {
 317           toshow.addElement(item.getText());
 318         }
 319       }
 320     }
 321     jmb.centerViewer(toshow);
 322   }
 323
 324   @Override
 325   public void closeViewer(boolean closeExternalViewer)
 326   {
 327     // Jmol does not use an external viewer
 328     if (jmb != null)
 329     {
 330       jmb.closeViewer();
 331     }
 332     setAlignmentPanel(null);
 333     _aps.clear();
 334     _alignwith.clear();
 335     _colourwith.clear();
 336     // TODO: check for memory leaks where instance isn't finalised because jmb
 337     // holds a reference to the window
 338     jmb = null;
 339   }
 340
 341   @Override
 342   public void run()
 343   {
 344     _started = true;
 345     try
 346     {
 347       List<String> files = fetchPdbFiles();
 348       if (files.size() > 0)
 349       {
 350         showFilesInViewer(files);
 351       }
 352     } finally
 353     {
 354       _started = false;
 355       worker = null;
 356     }
 357   }
 358
 359   /**
 360    * Either adds the given files to a structure viewer or opens a new viewer to
 361    * show them
 362    *
 363    * @param files
 364    *          list of absolute paths to structure files
 365    */
 366   void showFilesInViewer(List<String> files)
 367   {
 368     long lastnotify = jmb.getLoadNotifiesHandled();
 369     StringBuilder fileList = new StringBuilder();
 370     for (String s : files)
 371     {
 372       fileList.append(SPACE).append(BACKSLASH)
 373               .append(Platform.escapeString(s)).append(BACKSLASH);
 374     }
 375     String filesString = fileList.toString();
 376
 377     if (!addingStructures)
 378     {
 379       try
 380       {
 381         initJmol("load FILES " + filesString);
 382       } catch (OutOfMemoryError oomerror)
 383       {
 384         new OOMWarning("When trying to open the Jmol viewer!", oomerror);
 385         Cache.log.debug("File locations are " + filesString);
 386       } catch (Exception ex)
 387       {
 388         Cache.log.error("Couldn't open Jmol viewer!", ex);
 389       }
 390     }
 391     else
 392     {
 393       StringBuilder cmd = new StringBuilder();
 394       cmd.append("loadingJalviewdata=true\nload APPEND ");
 395       cmd.append(filesString);
 396       cmd.append("\nloadingJalviewdata=null");
 397       final String command = cmd.toString();
 398       lastnotify = jmb.getLoadNotifiesHandled();
 399
 400       try
 401       {
 402         jmb.evalStateCommand(command);
 403       } catch (OutOfMemoryError oomerror)
 404       {
 405         new OOMWarning("When trying to add structures to the Jmol viewer!",
 406                 oomerror);
 407         Cache.log.debug("File locations are " + filesString);
 408       } catch (Exception ex)
 409       {
 410         Cache.log.error("Couldn't add files to Jmol viewer!", ex);
 411       }
 412     }
 413
 414     // need to wait around until script has finished
 415     int waitMax = JMOL_LOAD_TIMEOUT;
 416     int waitFor = 35;
 417     int waitTotal = 0;
 418     while (addingStructures ? lastnotify >= jmb.getLoadNotifiesHandled()
 419             : !(jmb.isFinishedInit() && jmb.getPdbFile() != null && jmb
 420                     .getPdbFile().length == files.size()))
 421     {
 422       try
 423       {
 424         Cache.log.debug("Waiting around for jmb notify.");
 425         Thread.sleep(waitFor);
 426         waitTotal += waitFor;
 427       } catch (Exception e)
 428       {
 429       }
 430       if (waitTotal > waitMax)
 431       {
 432         System.err
 433                 .println("Timed out waiting for Jmol to load files after "
 434                         + waitTotal + "ms");
 435 //        System.err.println("finished: " + jmb.isFinishedInit()
 436 //                + "; loaded: " + Arrays.toString(jmb.getPdbFile())
 437 //                + "; files: " + files.toString());
 438         jmb.getPdbFile();
 439         break;
 440       }
 441     }
 442
 443     // refresh the sequence colours for the new structure(s)
 444     for (AlignmentPanel ap : _colourwith)
 445     {
 446       jmb.updateColours(ap);
 447     }
 448     // do superposition if asked to
 449     if (Cache.getDefault("AUTOSUPERIMPOSE", true) && alignAddedStructures)
 450     {
 451       alignAddedStructures();
 452     }
 453     addingStructures = false;
 454   }
 455
 456   /**
 457    * Queues a thread to align structures with Jalview alignments
 458    */
 459   void alignAddedStructures()
 460   {
 461     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 462     {
 463       @Override
 464       public void run()
 465       {
 466         if (jmb.viewer.isScriptExecuting())
 467         {
 468           SwingUtilities.invokeLater(this);
 469           try
 470           {
 471             Thread.sleep(5);
 472           } catch (InterruptedException q)
 473           {
 474           }
 475           return;
 476         }
 477         else
 478         {
 479           alignStructs_withAllAlignPanels();
 480         }
 481       }
 482     });
 483     alignAddedStructures = false;
 484   }
 485
 486   /**
 487    * Retrieves and saves as file any modelled PDB entries for which we do not
 488    * already have a file saved. Returns a list of absolute paths to structure
 489    * files which were either retrieved, or already stored but not modelled in
 490    * the structure viewer (i.e. files to add to the viewer display).
 491    *
 492    * @return
 493    */
 494   List<String> fetchPdbFiles()
 495   {
 496     // todo - record which pdbids were successfully imported.
 497     StringBuilder errormsgs = new StringBuilder();
 498
 499     List<String> files = new ArrayList<String>();
 500     String pdbid = "";
 501     try
 502     {
 503       String[] filesInViewer = jmb.getPdbFile();
 504       // TODO: replace with reference fetching/transfer code (validate PDBentry
 505       // as a DBRef?)
 506       Pdb pdbclient = new Pdb();
 507       for (int pi = 0; pi < jmb.getPdbCount(); pi++)
 508       {
 509         String file = jmb.getPdbEntry(pi).getFile();
 510         if (file == null)
 511         {
 512           // retrieve the pdb and store it locally
 513           AlignmentI pdbseq = null;
 514           pdbid = jmb.getPdbEntry(pi).getId();
 515           long hdl = pdbid.hashCode() - System.currentTimeMillis();
 516           if (progressBar != null)
 517           {
 518             progressBar.setProgressBar(MessageManager.formatMessage(
 519                     "status.fetching_pdb", new String[] { pdbid }), hdl);
 520           }
 521           try
 522           {
 523             pdbseq = pdbclient.getSequenceRecords(pdbid);
 524           } catch (OutOfMemoryError oomerror)
 525           {
 526             new OOMWarning("Retrieving PDB id " + pdbid, oomerror);
 527           } catch (Exception ex)
 528           {
 529             ex.printStackTrace();
 530             errormsgs.append("'").append(pdbid).append("'");
 531           } finally
 532           {
 533             if (progressBar != null)
 534             {
 535               progressBar.setProgressBar(
 536                       MessageManager.getString("label.state_completed"),
 537                       hdl);
 538             }
 539           }
 540           if (pdbseq != null)
 541           {
 542             // just transfer the file name from the first sequence's first
 543             // PDBEntry
 544             file = new File(pdbseq.getSequenceAt(0).getAllPDBEntries()
 545                     .elementAt(0).getFile()).getAbsolutePath();
 546             jmb.getPdbEntry(pi).setFile(file);
 547             files.add(file);
 548           }
 549           else
 550           {
 551             errormsgs.append("'").append(pdbid).append("' ");
 552           }
 553         }
 554         else
 555         {
 556           if (filesInViewer != null && filesInViewer.length > 0)
 557           {
 558             addingStructures = true; // already files loaded.
 559             for (int c = 0; c < filesInViewer.length; c++)
 560             {
 561               if (filesInViewer[c].equals(file))
 562               {
 563                 file = null;
 564                 break;
 565               }
 566             }
 567           }
 568           if (file != null)
 569           {
 570             files.add(file);
 571           }
 572         }
 573       }
 574     } catch (OutOfMemoryError oomerror)
 575     {
 576       new OOMWarning("Retrieving PDB files: " + pdbid, oomerror);
 577     } catch (Exception ex)
 578     {
 579       ex.printStackTrace();
 580       errormsgs.append("When retrieving pdbfiles : current was: '")
 581               .append(pdbid).append("'");
 582     }
 583     if (errormsgs.length() > 0)
 584     {
 585       JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop, MessageManager
 586               .formatMessage("label.pdb_entries_couldnt_be_retrieved",
 587                       new String[] { errormsgs.toString() }),
 588               MessageManager.getString("label.couldnt_load_file"),
 589               JvOptionPane.ERROR_MESSAGE);
 590     }
 591     return files;
 592   }
 593
 594   @Override
 595   public void eps_actionPerformed(ActionEvent e)
 596   {
 597     makePDBImage(jalview.util.ImageMaker.TYPE.EPS);
 598   }
 599
 600   @Override
 601   public void png_actionPerformed(ActionEvent e)
 602   {
 603     makePDBImage(jalview.util.ImageMaker.TYPE.PNG);
 604   }
 605
 606   void makePDBImage(jalview.util.ImageMaker.TYPE type)
 607   {
 608     int width = getWidth();
 609     int height = getHeight();
 610
 611     jalview.util.ImageMaker im;
 612
 613     if (type == jalview.util.ImageMaker.TYPE.PNG)
 614     {
 615       im = new jalview.util.ImageMaker(this,
 616               jalview.util.ImageMaker.TYPE.PNG, "Make PNG image from view",
 617               width, height, null, null, null, 0, false);
 618     }
 619     else if (type == jalview.util.ImageMaker.TYPE.EPS)
 620     {
 621       im = new jalview.util.ImageMaker(this,
 622               jalview.util.ImageMaker.TYPE.EPS, "Make EPS file from view",
 623               width, height, null, this.getTitle(), null, 0, false);
 624     }
 625     else
 626     {
 627
 628       im = new jalview.util.ImageMaker(this,
 629               jalview.util.ImageMaker.TYPE.SVG, "Make SVG file from PCA",
 630               width, height, null, this.getTitle(), null, 0, false);
 631     }
 632
 633     if (im.getGraphics() != null)
 634     {
 635       jmb.viewer.renderScreenImage(im.getGraphics(), width, height);
 636       im.writeImage();
 637     }
 638   }
 639
 640   @Override
 641   public void showHelp_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 642   {
 643     try
 644     {
 645       BrowserLauncher
 646               .openURL("http://jmol.sourceforge.net/docs/JmolUserGuide/");
 647     } catch (Exception ex)
 648     {
 649     }
 650   }
 651
 652   public void showConsole(boolean showConsole)
 653   {
 654
 655     if (showConsole)
 656     {
 657       if (splitPane == null)
 658       {
 659         splitPane = new JSplitPane(JSplitPane.VERTICAL_SPLIT);
 660         splitPane.setTopComponent(renderPanel);
 661         splitPane.setBottomComponent(scriptWindow);
 662         this.getContentPane().add(splitPane, BorderLayout.CENTER);
 663         splitPane.setDividerLocation(getHeight() - 200);
 664         scriptWindow.setVisible(true);
 665         scriptWindow.validate();
 666         splitPane.validate();
 667       }
 668
 669     }
 670     else
 671     {
 672       if (splitPane != null)
 673       {
 674         splitPane.setVisible(false);
 675       }
 676
 677       splitPane = null;
 678
 679       this.getContentPane().add(renderPanel, BorderLayout.CENTER);
 680     }
 681
 682     validate();
 683   }
 684
 685   class RenderPanel extends JPanel
 686   {
 687     final Dimension currentSize = new Dimension();
 688
 689     @Override
 690     public void paintComponent(Graphics g)
 691     {
 692       getSize(currentSize);
 693
 694       if (jmb != null && jmb.hasFileLoadingError())
 695       {
 696         g.setColor(Color.black);
 697         g.fillRect(0, 0, currentSize.width, currentSize.height);
 698         g.setColor(Color.white);
 699         g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));
 700         g.drawString(MessageManager.getString("label.error_loading_file")
 701                 + "...", 20, currentSize.height / 2);
 702         StringBuffer sb = new StringBuffer();
 703         int lines = 0;
 704         for (int e = 0; e < jmb.getPdbCount(); e++)
 705         {
 706           sb.append(jmb.getPdbEntry(e).getId());
 707           if (e < jmb.getPdbCount() - 1)
 708           {
 709             sb.append(",");
 710           }
 711
 712           if (e == jmb.getPdbCount() - 1 || sb.length() > 20)
 713           {
 714             lines++;
 715             g.drawString(sb.toString(), 20, currentSize.height / 2 - lines
 716                     * g.getFontMetrics().getHeight());
 717           }
 718         }
 719       }
 720       else if (jmb == null || jmb.viewer == null || !jmb.isFinishedInit())
 721       {
 722         g.setColor(Color.black);
 723         g.fillRect(0, 0, currentSize.width, currentSize.height);
 724         g.setColor(Color.white);
 725         g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));
 726         g.drawString(MessageManager.getString("label.retrieving_pdb_data"),
 727                 20, currentSize.height / 2);
 728       }
 729       else
 730       {
 731         jmb.viewer.renderScreenImage(g, currentSize.width,
 732                 currentSize.height);
 733       }
 734     }
 735   }
 736
 737   @Override
 738   public AAStructureBindingModel getBinding()
 739   {
 740     return this.jmb;
 741   }
 742
 743   @Override
 744   public String getStateInfo()
 745   {
 746     return jmb == null ? null : jmb.viewer.getStateInfo();
 747   }
 748
 749   @Override
 750   public ViewerType getViewerType()
 751   {
 752     return ViewerType.JMOL;
 753   }
 754
 755   @Override
 756   protected String getViewerName()
 757   {
 758     return "Jmol";
 759   }
 760
 761   @Override
 762   protected AAStructureBindingModel getBindingModel()
 763   {
 764     return jmb;
 765   }
 766 }