src/jalview/gui/AppJmol.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Development Version 2.4.1)
   3  * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.gui;
  20
  21 import java.util.regex.*;
  22 import java.util.*;
  23 import java.awt.*;
  24 import javax.swing.*;
  25 import javax.swing.event.*;
  26 import java.awt.event.*;
  27 import java.io.*;
  28
  29 import jalview.jbgui.GStructureViewer;
  30 import jalview.datamodel.*;
  31 import jalview.gui.*;
  32 import jalview.structure.*;
  33 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  34 import jalview.io.*;
  35 import jalview.schemes.*;
  36 import jalview.ws.ebi.EBIFetchClient;
  37
  38 import org.jmol.api.*;
  39 import org.jmol.adapter.smarter.SmarterJmolAdapter;
  40 import org.jmol.popup.*;
  41
  42 public class AppJmol extends GStructureViewer implements StructureListener,
  43         JmolStatusListener, Runnable
  44
  45 {
  46   JmolViewer viewer;
  47
  48   JmolPopup jmolpopup;
  49
  50   ScriptWindow scriptWindow;
  51
  52   PDBEntry pdbentry;
  53
  54   SequenceI[] sequence;
  55
  56   String[] chains;
  57
  58   StructureSelectionManager ssm;
  59
  60   JSplitPane splitPane;
  61
  62   RenderPanel renderPanel;
  63
  64   AlignmentPanel ap;
  65
  66   String fileLoadingError;
  67
  68   boolean colourBySequence = true;
  69
  70   boolean loadingFromArchive = false;
  71
  72   Vector atomsPicked = new Vector();
  73
  74   public AppJmol(String file, String id, SequenceI[] seq,
  75           AlignmentPanel ap, String loadStatus, Rectangle bounds)
  76   {
  77     this(file, id, seq, ap, loadStatus, bounds, null);
  78   }
  79
  80   public AppJmol(String file, String id, SequenceI[] seq,
  81           AlignmentPanel ap, String loadStatus, Rectangle bounds,
  82           String viewid)
  83   {
  84     loadingFromArchive = true;
  85     pdbentry = new PDBEntry();
  86     pdbentry.setFile(file);
  87     pdbentry.setId(id);
  88     this.chains = chains;
  89     this.sequence = seq;
  90     this.ap = ap;
  91     this.setBounds(bounds);
  92     colourBySequence = false;
  93     seqColour.setSelected(false);
  94     viewId = viewid;
  95     // jalview.gui.Desktop.addInternalFrame(this, "Loading File",
  96     // bounds.width,bounds.height);
  97
  98     initJmol(loadStatus);
  99
 100     this.addInternalFrameListener(new InternalFrameAdapter()
 101     {
 102       public void internalFrameClosing(InternalFrameEvent internalFrameEvent)
 103       {
 104         closeViewer();
 105       }
 106     });
 107   }
 108
 109   public synchronized void addSequence(SequenceI[] seq)
 110   {
 111     Vector v = new Vector();
 112     for (int i = 0; i < sequence.length; i++)
 113       v.addElement(sequence[i]);
 114
 115     for (int i = 0; i < seq.length; i++)
 116       if (!v.contains(seq[i]))
 117         v.addElement(seq[i]);
 118
 119     SequenceI[] tmp = new SequenceI[v.size()];
 120     v.copyInto(tmp);
 121     sequence = tmp;
 122   }
 123
 124   public AppJmol(PDBEntry pdbentry, SequenceI[] seq, String[] chains,
 125           AlignmentPanel ap)
 126   {
 127     // ////////////////////////////////
 128     // Is the pdb file already loaded?
 129     String alreadyMapped = StructureSelectionManager
 130             .getStructureSelectionManager().alreadyMappedToFile(
 131                     pdbentry.getId());
 132
 133     if (alreadyMapped != null)
 134     {
 135       int option = JOptionPane
 136               .showInternalConfirmDialog(
 137                       Desktop.desktop,
 138                       pdbentry.getId()
 139                               + " is already displayed."
 140                               + "\nDo you want to map sequences to the visible structure?",
 141                       "Map Sequences to Visible Window: "
 142                               + pdbentry.getId(), JOptionPane.YES_NO_OPTION);
 143
 144       if (option == JOptionPane.YES_OPTION)
 145       {
 146         StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager()
 147                 .setMapping(seq, chains, alreadyMapped,
 148                         AppletFormatAdapter.FILE);
 149         if (ap.seqPanel.seqCanvas.fr != null)
 150         {
 151           ap.seqPanel.seqCanvas.fr.featuresAdded();
 152           ap.paintAlignment(true);
 153         }
 154
 155         // Now this AppJmol is mapped to new sequences. We must add them to
 156         // the exisiting array
 157         JInternalFrame[] frames = Desktop.instance.getAllFrames();
 158
 159         for (int i = 0; i < frames.length; i++)
 160         {
 161           if (frames[i] instanceof AppJmol)
 162           {
 163             AppJmol topJmol = ((AppJmol) frames[i]);
 164             if (topJmol.pdbentry.getFile().equals(alreadyMapped))
 165             {
 166               topJmol.addSequence(seq);
 167               break;
 168             }
 169           }
 170         }
 171
 172         return;
 173       }
 174     }
 175     // /////////////////////////////////
 176
 177     this.ap = ap;
 178     this.pdbentry = pdbentry;
 179     this.sequence = seq;
 180     this.setSize(400, 400);
 181     // jalview.gui.Desktop.addInternalFrame(this, "Jmol
 182     // View"+(pdbentry.getId()!=null ? "for "+pdbentry.getId()
 183     // : ""), 400, 400);
 184
 185     if (pdbentry.getFile() != null)
 186     {
 187       initJmol("load \"" + pdbentry.getFile() + "\"");
 188     }
 189     else
 190     {
 191       Thread worker = new Thread(this);
 192       worker.start();
 193     }
 194
 195     this.addInternalFrameListener(new InternalFrameAdapter()
 196     {
 197       public void internalFrameClosing(InternalFrameEvent internalFrameEvent)
 198       {
 199         closeViewer();
 200       }
 201     });
 202   }
 203
 204   void initJmol(String command)
 205   {
 206     renderPanel = new RenderPanel();
 207
 208     this.getContentPane().add(renderPanel, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 209
 210     StringBuffer title = new StringBuffer(sequence[0].getName() + ":"
 211             + pdbentry.getId());
 212
 213     if (pdbentry.getProperty() != null)
 214     {
 215       if (pdbentry.getProperty().get("method") != null)
 216       {
 217         title.append(" Method: ");
 218         title.append(pdbentry.getProperty().get("method"));
 219       }
 220       if (pdbentry.getProperty().get("chains") != null)
 221       {
 222         title.append(" Chain:");
 223         title.append(pdbentry.getProperty().get("chains"));
 224       }
 225     }
 226
 227     this.setTitle(title.toString());
 228     jalview.gui.Desktop.addInternalFrame(this, title.toString(),
 229             getBounds().width, getBounds().height);
 230
 231     viewer = org.jmol.api.JmolViewer.allocateViewer(renderPanel,
 232             new SmarterJmolAdapter());
 233
 234     viewer.setAppletContext("", null, null, "");
 235
 236     viewer.setJmolStatusListener(this);
 237
 238     jmolpopup = JmolPopup.newJmolPopup(viewer);
 239
 240     viewer.evalStringQuiet(command);
 241   }
 242
 243   void setChainMenuItems(Vector chains)
 244   {
 245     chainMenu.removeAll();
 246
 247     JMenuItem menuItem = new JMenuItem("All");
 248     menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 249     {
 250       public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 251       {
 252         allChainsSelected = true;
 253         for (int i = 0; i < chainMenu.getItemCount(); i++)
 254         {
 255           if (chainMenu.getItem(i) instanceof JCheckBoxMenuItem)
 256             ((JCheckBoxMenuItem) chainMenu.getItem(i)).setSelected(true);
 257         }
 258         centerViewer();
 259         allChainsSelected = false;
 260       }
 261     });
 262
 263     chainMenu.add(menuItem);
 264
 265     for (int c = 0; c < chains.size(); c++)
 266     {
 267       menuItem = new JCheckBoxMenuItem(chains.elementAt(c).toString(), true);
 268       menuItem.addItemListener(new ItemListener()
 269       {
 270         public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 271         {
 272           if (!allChainsSelected)
 273             centerViewer();
 274         }
 275       });
 276
 277       chainMenu.add(menuItem);
 278     }
 279   }
 280
 281   boolean allChainsSelected = false;
 282
 283   void centerViewer()
 284   {
 285     StringBuffer cmd = new StringBuffer();
 286     for (int i = 0; i < chainMenu.getItemCount(); i++)
 287     {
 288       if (chainMenu.getItem(i) instanceof JCheckBoxMenuItem)
 289       {
 290         JCheckBoxMenuItem item = (JCheckBoxMenuItem) chainMenu.getItem(i);
 291         if (item.isSelected())
 292           cmd.append(":" + item.getText() + " or ");
 293       }
 294     }
 295
 296     if (cmd.length() > 0)
 297       cmd.setLength(cmd.length() - 4);
 298
 299     viewer.evalStringQuiet("select *;restrict " + cmd + ";cartoon;center "
 300             + cmd);
 301   }
 302
 303   void closeViewer()
 304   {
 305     viewer.setModeMouse(org.jmol.viewer.JmolConstants.MOUSE_NONE);
 306     viewer.evalStringQuiet("zap");
 307     viewer.setJmolStatusListener(null);
 308     viewer = null;
 309
 310     // We'll need to find out what other
 311     // listeners need to be shut down in Jmol
 312     StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager()
 313             .removeStructureViewerListener(this, pdbentry.getFile());
 314   }
 315
 316   public void run()
 317   {
 318     try
 319     {
 320       // TODO: replace with reference fetching/transfer code (validate PDBentry as a DBRef?)
 321       jalview.ws.dbsources.Pdb pdbclient = new jalview.ws.dbsources.Pdb();
 322       AlignmentI pdbseq;
 323       if ((pdbseq=pdbclient.getSequenceRecords(pdbentry.getId())) != null)
 324       {
 325         // just transfer the file name from the first seuqence's first PDBEntry
 326         pdbentry.setFile(((PDBEntry) pdbseq.getSequenceAt(0).getPDBId().elementAt(0)).getFile());
 327         initJmol("load " + pdbentry.getFile());
 328       }
 329       else
 330       {
 331         JOptionPane
 332                 .showInternalMessageDialog(
 333                         Desktop.desktop,
 334                         pdbentry.getId()
 335                                 + " could not be retrieved. Please try downloading the file manually.",
 336                         "Couldn't load file", JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
 337
 338       }
 339     } catch (OutOfMemoryError oomerror)
 340     {
 341       new OOMWarning("Retrieving PDB id " + pdbentry.getId() + " from MSD",
 342               oomerror);
 343     } catch (Exception ex)
 344     {
 345       ex.printStackTrace();
 346     }
 347   }
 348
 349   public void pdbFile_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 350   {
 351     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache
 352             .getProperty("LAST_DIRECTORY"));
 353
 354     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 355     chooser.setDialogTitle("Save PDB File");
 356     chooser.setToolTipText("Save");
 357
 358     int value = chooser.showSaveDialog(this);
 359
 360     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 361     {
 362       try
 363       {
 364         BufferedReader in = new BufferedReader(new FileReader(pdbentry
 365                 .getFile()));
 366         File outFile = chooser.getSelectedFile();
 367
 368         PrintWriter out = new PrintWriter(new FileOutputStream(outFile));
 369         String data;
 370         while ((data = in.readLine()) != null)
 371         {
 372           if (!(data.indexOf("<PRE>") > -1 || data.indexOf("</PRE>") > -1))
 373           {
 374             out.println(data);
 375           }
 376         }
 377         out.close();
 378       } catch (Exception ex)
 379       {
 380         ex.printStackTrace();
 381       }
 382     }
 383   }
 384
 385   public void viewMapping_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 386   {
 387     jalview.gui.CutAndPasteTransfer cap = new jalview.gui.CutAndPasteTransfer();
 388     jalview.gui.Desktop.addInternalFrame(cap, "PDB - Sequence Mapping",
 389             550, 600);
 390     cap.setText(StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager()
 391             .printMapping(pdbentry.getFile()));
 392   }
 393
 394   /**
 395    * DOCUMENT ME!
 396    *
 397    * @param e
 398    *          DOCUMENT ME!
 399    */
 400   public void eps_actionPerformed(ActionEvent e)
 401   {
 402     makePDBImage(jalview.util.ImageMaker.EPS);
 403   }
 404
 405   /**
 406    * DOCUMENT ME!
 407    *
 408    * @param e
 409    *          DOCUMENT ME!
 410    */
 411   public void png_actionPerformed(ActionEvent e)
 412   {
 413     makePDBImage(jalview.util.ImageMaker.PNG);
 414   }
 415
 416   void makePDBImage(int type)
 417   {
 418     int width = getWidth();
 419     int height = getHeight();
 420
 421     jalview.util.ImageMaker im;
 422
 423     if (type == jalview.util.ImageMaker.PNG)
 424     {
 425       im = new jalview.util.ImageMaker(this, jalview.util.ImageMaker.PNG,
 426               "Make PNG image from view", width, height, null, null);
 427     }
 428     else
 429     {
 430       im = new jalview.util.ImageMaker(this, jalview.util.ImageMaker.EPS,
 431               "Make EPS file from view", width, height, null, this
 432                       .getTitle());
 433     }
 434
 435     if (im.getGraphics() != null)
 436     {
 437       Rectangle rect = new Rectangle(width, height);
 438       viewer.renderScreenImage(im.getGraphics(), rect.getSize(), rect);
 439       im.writeImage();
 440     }
 441   }
 442
 443   public void seqColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 444   {
 445     lastCommand = null;
 446     colourBySequence = seqColour.isSelected();
 447     colourBySequence(ap.alignFrame.alignPanel);
 448   }
 449
 450   public void chainColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 451   {
 452     colourBySequence = false;
 453     seqColour.setSelected(false);
 454     viewer.evalStringQuiet("select *;color chain");
 455   }
 456
 457   public void chargeColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 458   {
 459     colourBySequence = false;
 460     seqColour.setSelected(false);
 461     viewer.evalStringQuiet("select *;color white;select ASP,GLU;color red;"
 462             + "select LYS,ARG;color blue;select CYS;color yellow");
 463   }
 464
 465   public void zappoColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 466   {
 467     setJalviewColourScheme(new ZappoColourScheme());
 468   }
 469
 470   public void taylorColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 471   {
 472     setJalviewColourScheme(new TaylorColourScheme());
 473   }
 474
 475   public void hydroColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 476   {
 477     setJalviewColourScheme(new HydrophobicColourScheme());
 478   }
 479
 480   public void helixColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 481   {
 482     setJalviewColourScheme(new HelixColourScheme());
 483   }
 484
 485   public void strandColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 486   {
 487     setJalviewColourScheme(new StrandColourScheme());
 488   }
 489
 490   public void turnColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 491   {
 492     setJalviewColourScheme(new TurnColourScheme());
 493   }
 494
 495   public void buriedColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 496   {
 497     setJalviewColourScheme(new BuriedColourScheme());
 498   }
 499
 500   public void setJalviewColourScheme(ColourSchemeI cs)
 501   {
 502     colourBySequence = false;
 503     seqColour.setSelected(false);
 504
 505     if (cs == null)
 506       return;
 507
 508     String res;
 509     int index;
 510     Color col;
 511
 512     Enumeration en = ResidueProperties.aa3Hash.keys();
 513     StringBuffer command = new StringBuffer("select *;color white;");
 514     while (en.hasMoreElements())
 515     {
 516       res = en.nextElement().toString();
 517       index = ((Integer) ResidueProperties.aa3Hash.get(res)).intValue();
 518       if (index > 20)
 519         continue;
 520
 521       col = cs.findColour(ResidueProperties.aa[index].charAt(0));
 522
 523       command.append("select " + res + ";color[" + col.getRed() + ","
 524               + col.getGreen() + "," + col.getBlue() + "];");
 525     }
 526
 527     viewer.evalStringQuiet(command.toString());
 528   }
 529
 530   public void userColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 531   {
 532     new UserDefinedColours(this, null);
 533   }
 534
 535   public void backGround_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 536   {
 537     java.awt.Color col = JColorChooser.showDialog(this,
 538             "Select Background Colour", null);
 539
 540     if (col != null)
 541     {
 542       viewer.evalStringQuiet("background [" + col.getRed() + ","
 543               + col.getGreen() + "," + col.getBlue() + "];");
 544     }
 545   }
 546
 547   public void jmolHelp_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 548   {
 549     try
 550     {
 551       jalview.util.BrowserLauncher
 552               .openURL("http://jmol.sourceforge.net/docs/JmolUserGuide/");
 553     } catch (Exception ex)
 554     {
 555     }
 556   }
 557
 558   // ////////////////////////////////
 559   // /StructureListener
 560   public String getPdbFile()
 561   {
 562     return pdbentry.getFile();
 563   }
 564
 565   Pattern pattern = Pattern
 566           .compile("\\[(.*)\\]([0-9]+)(:[a-zA-Z]*)?\\.([a-zA-Z]+)(/[0-9]*)?");
 567
 568   String lastMessage;
 569
 570   public void mouseOverStructure(int atomIndex, String strInfo)
 571   {
 572     Matcher matcher = pattern.matcher(strInfo);
 573     matcher.find();
 574     matcher.group(1);
 575     int pdbResNum = Integer.parseInt(matcher.group(2));
 576     String chainId = matcher.group(3);
 577
 578     if (chainId != null)
 579       chainId = chainId.substring(1, chainId.length());
 580     else
 581     {
 582       chainId = " ";
 583     }
 584
 585     if (lastMessage == null || !lastMessage.equals(strInfo))
 586     {
 587       ssm.mouseOverStructure(pdbResNum, chainId, pdbentry.getFile());
 588     }
 589     lastMessage = strInfo;
 590   }
 591
 592   StringBuffer resetLastRes = new StringBuffer();
 593
 594   StringBuffer eval = new StringBuffer();
 595
 596   public void highlightAtom(int atomIndex, int pdbResNum, String chain,
 597           String pdbfile)
 598   {
 599     if (!pdbfile.equals(pdbentry.getFile()))
 600       return;
 601
 602     if (resetLastRes.length() > 0)
 603     {
 604       viewer.evalStringQuiet(resetLastRes.toString());
 605     }
 606
 607     eval.setLength(0);
 608     eval.append("select " + pdbResNum);
 609
 610     resetLastRes.setLength(0);
 611     resetLastRes.append("select " + pdbResNum);
 612
 613     if (!chain.equals(" "))
 614     {
 615       eval.append(":" + chain);
 616       resetLastRes.append(":" + chain);
 617     }
 618
 619     eval.append(";wireframe 100;" + eval.toString() + ".CA;");
 620
 621     resetLastRes.append(";wireframe 0;" + resetLastRes.toString()
 622             + ".CA;spacefill 0;");
 623
 624     eval.append("spacefill 200;select none");
 625
 626     viewer.evalStringQuiet(eval.toString());
 627   }
 628
 629   public Color getColour(int atomIndex, int pdbResNum, String chain,
 630           String pdbfile)
 631   {
 632     if (!pdbfile.equals(pdbentry.getFile()))
 633       return null;
 634
 635     return new Color(viewer.getAtomArgb(atomIndex));
 636   }
 637
 638   public void updateColours(Object source)
 639   {
 640     colourBySequence((AlignmentPanel) source);
 641   }
 642
 643   // End StructureListener
 644   // //////////////////////////
 645
 646   String lastCommand;
 647
 648   FeatureRenderer fr = null;
 649
 650   public void colourBySequence(AlignmentPanel sourceap)
 651   {
 652     this.ap = sourceap;
 653
 654     if (!colourBySequence || ap.alignFrame.getCurrentView() != ap.av)
 655       return;
 656
 657     StructureMapping[] mapping = ssm.getMapping(pdbentry.getFile());
 658
 659     if (mapping.length < 1)
 660       return;
 661
 662     SequenceRenderer sr = new SequenceRenderer(ap.av);
 663
 664     boolean showFeatures = false;
 665
 666     if (ap.av.showSequenceFeatures)
 667     {
 668       showFeatures = true;
 669       if (fr == null)
 670       {
 671         fr = new jalview.gui.FeatureRenderer(ap);
 672       }
 673
 674       fr.transferSettings(ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer());
 675     }
 676
 677     StringBuffer command = new StringBuffer();
 678
 679     int lastPos = -1;
 680     for (int sp, s = 0; s < sequence.length; s++)
 681     {
 682       for (int m = 0; m < mapping.length; m++)
 683       {
 684         if (mapping[m].getSequence() == sequence[s]
 685                 && (sp = ap.av.alignment.findIndex(sequence[s])) > -1)
 686         {
 687           SequenceI asp = ap.av.alignment.getSequenceAt(sp);
 688           for (int r = 0; r < asp.getLength(); r++)
 689           {
 690             // No mapping to gaps in sequence.
 691             if (jalview.util.Comparison.isGap(asp.getCharAt(r)))
 692             {
 693               continue;
 694             }
 695             int pos = mapping[m].getPDBResNum(asp.findPosition(r));
 696
 697             if (pos < 1 || pos == lastPos)
 698               continue;
 699
 700             lastPos = pos;
 701
 702             Color col = sr.getResidueBoxColour(asp, r);
 703
 704             if (showFeatures)
 705               col = fr.findFeatureColour(col, asp, r);
 706
 707             if (command.toString().endsWith(
 708                     ":" + mapping[m].getChain() + ";color[" + col.getRed()
 709                             + "," + col.getGreen() + "," + col.getBlue()
 710                             + "]"))
 711             {
 712               command = condenseCommand(command, pos);
 713               continue;
 714             }
 715
 716             command.append(";select " + pos);
 717
 718             if (!mapping[m].getChain().equals(" "))
 719             {
 720               command.append(":" + mapping[m].getChain());
 721             }
 722
 723             command.append(";color[" + col.getRed() + "," + col.getGreen()
 724                     + "," + col.getBlue() + "]");
 725
 726           }
 727           break;
 728         }
 729       }
 730     }
 731
 732     if (lastCommand == null || !lastCommand.equals(command.toString()))
 733     {
 734       viewer.evalStringQuiet(command.toString());
 735     }
 736     lastCommand = command.toString();
 737   }
 738
 739   StringBuffer condenseCommand(StringBuffer command, int pos)
 740   {
 741     StringBuffer sb = new StringBuffer(command.substring(0, command
 742             .lastIndexOf("select") + 7));
 743
 744     command.delete(0, sb.length());
 745
 746     String start;
 747
 748     if (command.indexOf("-") > -1)
 749     {
 750       start = command.substring(0, command.indexOf("-"));
 751     }
 752     else
 753     {
 754       start = command.substring(0, command.indexOf(":"));
 755     }
 756
 757     sb.append(start + "-" + pos + command.substring(command.indexOf(":")));
 758
 759     return sb;
 760   }
 761
 762   // ///////////////////////////////
 763   // JmolStatusListener
 764
 765   public String eval(String strEval)
 766   {
 767     // System.out.println(strEval);
 768     // "# 'eval' is implemented only for the applet.";
 769     return null;
 770   }
 771
 772   public void createImage(String file, String type, int quality)
 773   {
 774     System.out.println("JMOL CREATE IMAGE");
 775   }
 776
 777   public void setCallbackFunction(String callbackType,
 778           String callbackFunction)
 779   {
 780   }
 781
 782   public void notifyFileLoaded(String fullPathName, String fileName,
 783           String modelName, Object clientFile, String errorMsg)
 784   {
 785     if (errorMsg != null)
 786     {
 787       fileLoadingError = errorMsg;
 788       repaint();
 789       return;
 790     }
 791
 792     fileLoadingError = null;
 793
 794     if (fileName != null)
 795     {
 796
 797       // FILE LOADED OK
 798       ssm = StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager();
 799       MCview.PDBfile pdbFile = ssm.setMapping(sequence, chains, pdbentry
 800               .getFile(), AppletFormatAdapter.FILE);
 801       ssm.addStructureViewerListener(this);
 802       Vector chains = new Vector();
 803       for (int i = 0; i < pdbFile.chains.size(); i++)
 804       {
 805         chains
 806                 .addElement(((MCview.PDBChain) pdbFile.chains.elementAt(i)).id);
 807       }
 808       setChainMenuItems(chains);
 809
 810       jmolpopup.updateComputedMenus();
 811
 812       if (!loadingFromArchive)
 813       {
 814         viewer
 815                 .evalStringQuiet("select backbone;restrict;cartoon;wireframe off;spacefill off");
 816
 817         colourBySequence(ap);
 818       }
 819       if (fr != null)
 820         fr.featuresAdded();
 821
 822       loadingFromArchive = false;
 823     }
 824     else
 825       return;
 826   }
 827
 828   public void notifyFrameChanged(int frameNo)
 829   {
 830     boolean isAnimationRunning = (frameNo <= -2);
 831   }
 832
 833   public void notifyScriptStart(String statusMessage, String additionalInfo)
 834   {
 835   }
 836
 837   public void sendConsoleEcho(String strEcho)
 838   {
 839     if (scriptWindow != null)
 840       scriptWindow.sendConsoleEcho(strEcho);
 841   }
 842
 843   public void sendConsoleMessage(String strStatus)
 844   {
 845     if (scriptWindow != null)
 846       scriptWindow.sendConsoleMessage(strStatus);
 847   }
 848
 849   public void notifyScriptTermination(String strStatus, int msWalltime)
 850   {
 851     if (scriptWindow != null)
 852       scriptWindow.notifyScriptTermination(strStatus, msWalltime);
 853   }
 854
 855   public void handlePopupMenu(int x, int y)
 856   {
 857     jmolpopup.show(x, y);
 858   }
 859
 860   public void notifyNewPickingModeMeasurement(int iatom, String strMeasure)
 861   {
 862     notifyAtomPicked(iatom, strMeasure);
 863   }
 864
 865   public void notifyNewDefaultModeMeasurement(int count, String strInfo)
 866   {
 867   }
 868
 869   public void notifyAtomPicked(int atomIndex, String strInfo)
 870   {
 871     Matcher matcher = pattern.matcher(strInfo);
 872     matcher.find();
 873
 874     matcher.group(1);
 875     String resnum = new String(matcher.group(2));
 876     String chainId = matcher.group(3);
 877
 878     String picked = resnum;
 879
 880     if (chainId != null)
 881       picked += (":" + chainId.substring(1, chainId.length()));
 882
 883     picked += ".CA";
 884
 885     if (!atomsPicked.contains(picked))
 886     {
 887       if (chainId != null)
 888         viewer.evalString("select " + picked + ";label %n %r:%c");
 889       else
 890         viewer.evalString("select " + picked + ";label %n %r");
 891       atomsPicked.addElement(picked);
 892     }
 893     else
 894     {
 895       viewer.evalString("select " + picked + ";label off");
 896       atomsPicked.removeElement(picked);
 897     }
 898
 899     if (scriptWindow != null)
 900     {
 901       scriptWindow.sendConsoleMessage(strInfo);
 902       scriptWindow.sendConsoleMessage("\n");
 903     }
 904   }
 905
 906   public void notifyAtomHovered(int atomIndex, String strInfo)
 907   {
 908     mouseOverStructure(atomIndex, strInfo);
 909   }
 910
 911   public void sendSyncScript(String script, String appletName)
 912   {
 913   }
 914
 915   public void showUrl(String url)
 916   {
 917   }
 918
 919   public void showConsole(boolean showConsole)
 920   {
 921     if (scriptWindow == null)
 922       scriptWindow = new ScriptWindow(this);
 923
 924     if (showConsole)
 925     {
 926       if (splitPane == null)
 927       {
 928         splitPane = new JSplitPane(JSplitPane.VERTICAL_SPLIT);
 929         splitPane.setTopComponent(renderPanel);
 930         splitPane.setBottomComponent(scriptWindow);
 931         this.getContentPane().add(splitPane, BorderLayout.CENTER);
 932       }
 933
 934       splitPane.setDividerLocation(getHeight() - 200);
 935       splitPane.validate();
 936     }
 937     else
 938     {
 939       if (splitPane != null)
 940         splitPane.setVisible(false);
 941
 942       splitPane = null;
 943
 944       this.getContentPane().add(renderPanel, BorderLayout.CENTER);
 945     }
 946
 947     validate();
 948   }
 949
 950   public float functionXY(String functionName, int x, int y)
 951   {
 952     return 0;
 953   }
 954
 955   // /End JmolStatusListener
 956   // /////////////////////////////
 957
 958   class RenderPanel extends JPanel
 959   {
 960     final Dimension currentSize = new Dimension();
 961
 962     final Rectangle rectClip = new Rectangle();
 963
 964     public void paintComponent(Graphics g)
 965     {
 966       getSize(currentSize);
 967       g.getClipBounds(rectClip);
 968
 969       if (viewer == null)
 970       {
 971         g.setColor(Color.black);
 972         g.fillRect(0, 0, currentSize.width, currentSize.height);
 973         g.setColor(Color.white);
 974         g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));
 975         g.drawString("Retrieving PDB data....", 20, currentSize.height / 2);
 976       }
 977       else if (fileLoadingError != null)
 978       {
 979         g.setColor(Color.black);
 980         g.fillRect(0, 0, currentSize.width, currentSize.height);
 981         g.setColor(Color.white);
 982         g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));
 983         g.drawString("Error loading file..." + pdbentry.getId(), 20,
 984                 currentSize.height / 2);
 985       }
 986       else
 987       {
 988         viewer.renderScreenImage(g, currentSize, rectClip);
 989       }
 990     }
 991   }
 992
 993   String viewId = null;
 994
 995   public String getViewId()
 996   {
 997     if (viewId == null)
 998     {
 999       viewId = System.currentTimeMillis() + "." + this.hashCode();
1000     }
1001     return viewId;
1002   }
1003
1004 }