src/jalview/gui/AppVarna.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
   3  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.gui;
  19
  20 import java.util.*;
  21 import java.awt.*;
  22 import javax.swing.*;
  23 import javax.swing.event.*;
  24
  25 import java.awt.event.*;
  26 import java.io.*;
  27
  28 import jalview.api.SequenceStructureBinding;
  29 import jalview.bin.Cache;
  30 import jalview.datamodel.*;
  31 import jalview.gui.ViewSelectionMenu.ViewSetProvider;
  32 import jalview.structure.*;
  33 import jalview.io.*;
  34 import jalview.schemes.*;
  35 import fr.orsay.lri.varna.VARNAPanel;
  36 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionFileFormatOrSyntax;
  37 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionNonEqualLength;
  38 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionUnmatchedClosingParentheses;
  39 import fr.orsay.lri.varna.interfaces.InterfaceVARNAListener;
  40 import fr.orsay.lri.varna.models.VARNAConfig;
  41 import fr.orsay.lri.varna.models.rna.ModeleBaseNucleotide;
  42 import fr.orsay.lri.varna.models.rna.ModeleStyleBP;
  43 import fr.orsay.lri.varna.models.rna.RNA;
  44
  45
  46 public class AppVarna extends JInternalFrame implements InterfaceVARNAListener// implements Runnable,SequenceStructureBinding, ViewSetProvider
  47
  48 {
  49   AppVarnaBinding vab;
  50
  51   VARNAPanel varnaPanel;
  52
  53   public String name;
  54
  55   /*public AppVarna(){
  56           vab = new AppVarnaBinding();
  57           initVarna();
  58   }*/
  59
  60   public AppVarna(String seq,String struc,String name){
  61           ArrayList<RNA> rnaList = new ArrayList<RNA>();
  62           RNA rna1 = new RNA(name);
  63           try {
  64                   rna1.setRNA(seq,struc);
  65           } catch (ExceptionUnmatchedClosingParentheses e2) {
  66                 e2.printStackTrace();
  67           } catch (ExceptionFileFormatOrSyntax e3) {
  68                 e3.printStackTrace();
  69           }
  70           rnaList.add(trimRNA(rna1));
  71           rnaList.add(rna1);
  72           rna1.setName("consenus_"+rna1.getName());
  73
  74
  75           vab = new AppVarnaBinding(rnaList);
  76           //vab = new AppVarnaBinding(seq,struc);
  77           //System.out.println("Hallo: "+name);
  78           this.name=name;
  79           initVarna();
  80   }
  81
  82   public void initVarna(){
  83           //vab.setFinishedInit(false);
  84           varnaPanel=vab.get_varnaPanel();
  85           setBackground(Color.white);
  86           JSplitPane split = new JSplitPane(JSplitPane.HORIZONTAL_SPLIT,true,vab.getListPanel(),varnaPanel);
  87           getContentPane().setLayout(new BorderLayout());
  88           getContentPane().add(split, BorderLayout.CENTER);
  89           getContentPane().add(vab.getTools(), BorderLayout.NORTH);
  90           varnaPanel.addVARNAListener(this);
  91           jalview.gui.Desktop.addInternalFrame(this,"VARNA -"+name,getBounds().width, getBounds().height);
  92           this.pack();
  93           showPanel(true);
  94   }
  95
  96   public RNA trimRNA(RNA rna){
  97           RNA rnaTrim = new RNA("trim_"+rna.getName());
  98           try {
  99                   rnaTrim.setRNA(rna.getSeq(),rna.getStructDBN());
 100           } catch (ExceptionUnmatchedClosingParentheses e2) {
 101                 e2.printStackTrace();
 102           } catch (ExceptionFileFormatOrSyntax e3) {
 103                 e3.printStackTrace();
 104           }
 105
 106           StringBuffer seq=new StringBuffer(rnaTrim.getSeq());
 107           StringBuffer struc=new StringBuffer(rnaTrim.getStructDBN());
 108           for(int i=0;i<rnaTrim.getSeq().length();i++){
 109                   //TODO: Jalview utility for gap detection java.utils.isGap()
 110                   //TODO: Switch to jalview rna datamodel
 111                   if(seq.substring(i, i+1).compareTo("-")==0 || seq.substring(i, i+1).compareTo(".")==0){
 112                           if(!rnaTrim.findPair(i).isEmpty()){
 113                                   int m=rnaTrim.findPair(i).get(1);
 114                                   int l=rnaTrim.findPair(i).get(0);
 115
 116                                   struc.replace(m, m+1, "*");
 117                                   struc.replace(l, l+1, "*");
 118                           }else{
 119                                   struc.replace(i, i+1, "*");
 120                           }
 121                   }
 122           }
 123
 124           String newSeq=rnaTrim.getSeq().replace("-", "");
 125           rnaTrim.getSeq().replace(".", "");
 126           String newStruc=struc.toString().replace("*", "");
 127
 128           try {
 129                 rnaTrim.setRNA(newSeq,newStruc);
 130           } catch (ExceptionUnmatchedClosingParentheses e) {
 131                 // TODO Auto-generated catch block
 132                 e.printStackTrace();
 133           } catch (ExceptionFileFormatOrSyntax e) {
 134                 // TODO Auto-generated catch block
 135                 e.printStackTrace();
 136           }
 137
 138           return rnaTrim;
 139   }
 140
 141   public void showPanel(boolean show){
 142           this.setVisible(show);
 143   }
 144
 145   private boolean _started = false;
 146
 147   public void run(){
 148           _started = true;
 149
 150           try
 151       {
 152         initVarna();
 153       } catch (OutOfMemoryError oomerror)
 154       {
 155         new OOMWarning("When trying to open the Varna viewer!", oomerror);
 156       } catch (Exception ex)
 157       {
 158         Cache.log.error("Couldn't open Varna viewer!", ex);
 159       }
 160   }
 161
 162 @Override
 163 public void onLayoutChanged() {
 164         // TODO Auto-generated method stub
 165
 166 }
 167
 168 @Override
 169 public void onUINewStructure(VARNAConfig v, RNA r) {
 170         //TODO _rnaList.add(v, r,"",true);
 171         // TODO Auto-generated method stub
 172
 173 }
 174
 175 @Override
 176 public void onWarningEmitted(String s) {
 177         // TODO Auto-generated method stub
 178
 179 }
 180
 181
 182 }