src/jalview/gui/AppVarna.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
   3  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.gui;
  19
  20 import java.util.*;
  21 import java.util.regex.Matcher;
  22 import java.util.regex.Pattern;
  23 import java.awt.*;
  24
  25 import javax.swing.*;
  26 import javax.swing.event.*;
  27
  28 import java.awt.event.*;
  29 import java.io.*;
  30
  31 import jalview.api.SequenceStructureBinding;
  32 import jalview.bin.Cache;
  33 import jalview.datamodel.*;
  34 import jalview.gui.ViewSelectionMenu.ViewSetProvider;
  35 import jalview.structure.*;
  36 import jalview.io.*;
  37 import jalview.schemes.*;
  38 import fr.orsay.lri.varna.VARNAPanel;
  39 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionFileFormatOrSyntax;
  40 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionNonEqualLength;
  41 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionUnmatchedClosingParentheses;
  42 import fr.orsay.lri.varna.interfaces.InterfaceVARNAListener;
  43 import fr.orsay.lri.varna.models.VARNAConfig;
  44 import fr.orsay.lri.varna.models.annotations.HighlightRegionAnnotation;
  45 import fr.orsay.lri.varna.models.rna.ModeleBaseNucleotide;
  46 import fr.orsay.lri.varna.models.rna.ModeleStyleBP;
  47 import fr.orsay.lri.varna.models.rna.RNA;
  48
  49
  50 public class AppVarna extends JInternalFrame implements InterfaceVARNAListener,SecondaryStructureListener// implements Runnable,SequenceStructureBinding, ViewSetProvider
  51
  52 {
  53   AppVarnaBinding vab;
  54
  55   VARNAPanel varnaPanel;
  56
  57   public String name;
  58
  59   public StructureSelectionManager ssm;
  60
  61   /*public AppVarna(){
  62           vab = new AppVarnaBinding();
  63           initVarna();
  64   }*/
  65
  66
  67
  68   public AppVarna(String seq,String struc,String name,AlignmentPanel ap){
  69           ArrayList<RNA> rnaList = new ArrayList<RNA>();
  70           RNA rna1 = new RNA(name);
  71           try {
  72                   rna1.setRNA(seq,replaceOddGaps(struc));
  73           } catch (ExceptionUnmatchedClosingParentheses e2) {
  74                 e2.printStackTrace();
  75           } catch (ExceptionFileFormatOrSyntax e3) {
  76                 e3.printStackTrace();
  77           }
  78           rnaList.add(trimRNA(rna1));
  79           rnaList.add(rna1);
  80           rna1.setName("consenus_"+rna1.getName());
  81
  82
  83           vab = new AppVarnaBinding(rnaList);
  84           //vab = new AppVarnaBinding(seq,struc);
  85           //System.out.println("Hallo: "+name);
  86           this.name=name;
  87           initVarna();
  88       ssm = ap.getStructureSelectionManager();
  89           ssm.addStructureViewerListener(this);
  90   }
  91
  92   public void initVarna(){
  93           //vab.setFinishedInit(false);
  94           varnaPanel=vab.get_varnaPanel();
  95           setBackground(Color.white);
  96           JSplitPane split = new JSplitPane(JSplitPane.HORIZONTAL_SPLIT,true,vab.getListPanel(),varnaPanel);
  97           getContentPane().setLayout(new BorderLayout());
  98           getContentPane().add(split, BorderLayout.CENTER);
  99           getContentPane().add(vab.getTools(), BorderLayout.NORTH);
 100           varnaPanel.addVARNAListener(this);
 101           jalview.gui.Desktop.addInternalFrame(this,"VARNA -"+name,getBounds().width, getBounds().height);
 102           this.pack();
 103           showPanel(true);
 104   }
 105
 106   public String replaceOddGaps(String oldStr){
 107           String patternStr = "[^([{<>}])]";
 108       String replacementStr = ".";
 109       Pattern pattern = Pattern.compile(patternStr);
 110       Matcher matcher = pattern.matcher(oldStr);
 111       String newStr=matcher.replaceAll(replacementStr);
 112           return newStr;
 113   }
 114
 115   public RNA trimRNA(RNA rna){
 116           RNA rnaTrim = new RNA("trim_"+rna.getName());
 117           try {
 118                   rnaTrim.setRNA(rna.getSeq(),replaceOddGaps(rna.getStructDBN()));
 119           } catch (ExceptionUnmatchedClosingParentheses e2) {
 120                 e2.printStackTrace();
 121           } catch (ExceptionFileFormatOrSyntax e3) {
 122                 e3.printStackTrace();
 123           }
 124
 125           StringBuffer seq=new StringBuffer(rnaTrim.getSeq());
 126           StringBuffer struc=new StringBuffer(rnaTrim.getStructDBN());
 127           for(int i=0;i<rnaTrim.getSeq().length();i++){
 128                   //TODO: Jalview utility for gap detection java.utils.isGap()
 129                   //TODO: Switch to jalview rna datamodel
 130                   if(seq.substring(i, i+1).compareTo("-")==0 || seq.substring(i, i+1).compareTo(".")==0){
 131                           if(!rnaTrim.findPair(i).isEmpty()){
 132                                   int m=rnaTrim.findPair(i).get(1);
 133                                   int l=rnaTrim.findPair(i).get(0);
 134
 135                                   struc.replace(m, m+1, "*");
 136                                   struc.replace(l, l+1, "*");
 137                           }else{
 138                                   struc.replace(i, i+1, "*");
 139                           }
 140                   }
 141           }
 142
 143           String newSeq=rnaTrim.getSeq().replace("-", "");
 144           rnaTrim.getSeq().replace(".", "");
 145           String newStruc=struc.toString().replace("*", "");
 146
 147           try {
 148                 rnaTrim.setRNA(newSeq,newStruc);
 149           } catch (ExceptionUnmatchedClosingParentheses e) {
 150                 // TODO Auto-generated catch block
 151                 e.printStackTrace();
 152           } catch (ExceptionFileFormatOrSyntax e) {
 153                 // TODO Auto-generated catch block
 154                 e.printStackTrace();
 155           }
 156
 157           return rnaTrim;
 158   }
 159
 160   public void showPanel(boolean show){
 161           this.setVisible(show);
 162   }
 163
 164   private boolean _started = false;
 165
 166   public void run(){
 167           _started = true;
 168
 169           try
 170       {
 171         initVarna();
 172       } catch (OutOfMemoryError oomerror)
 173       {
 174         new OOMWarning("When trying to open the Varna viewer!", oomerror);
 175       } catch (Exception ex)
 176       {
 177         Cache.log.error("Couldn't open Varna viewer!", ex);
 178       }
 179   }
 180
 181 @Override
 182 public void onLayoutChanged() {
 183         // TODO Auto-generated method stub
 184
 185 }
 186
 187 @Override
 188 public void onUINewStructure(VARNAConfig v, RNA r) {
 189         // TODO Auto-generated method stub
 190
 191 }
 192
 193 @Override
 194 public void onWarningEmitted(String s) {
 195         // TODO Auto-generated method stub
 196
 197 }
 198 /**
 199  * If a mouseOver event from the AlignmentPanel
 200  * is noticed the currently selected RNA in the
 201  * VARNA window is highlighted at the specific position.
 202  * To be able to remove it before the next highlight
 203  * it is saved in _lastHighlight
 204  */
 205 private  HighlightRegionAnnotation _lastHighlight;
 206 @Override
 207 public void mouseOverSequence(SequenceI sequence, int index) {
 208         // TODO Auto-generated method stub
 209         RNA rna=vab.getSelectedRNA();
 210         rna.removeHighlightRegion(_lastHighlight);
 211
 212         HighlightRegionAnnotation highlight = new HighlightRegionAnnotation(rna.getBasesBetween(index,index));
 213         rna.addHighlightRegion(highlight);
 214         _lastHighlight=highlight;
 215         vab.updateSelectedRNA(rna);
 216 }
 217
 218 @Override
 219 public void mouseOverStructure(int atomIndex, String strInfo) {
 220         // TODO Auto-generated method stub
 221
 222 }
 223
 224 }