src/jalview/gui/AppVarna.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
   3  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.gui;
  19
  20 import java.util.*;
  21 import java.awt.*;
  22
  23 import javax.swing.*;
  24 import javax.swing.event.*;
  25
  26 import java.awt.event.*;
  27 import java.io.*;
  28
  29 import jalview.api.SequenceStructureBinding;
  30 import jalview.bin.Cache;
  31 import jalview.datamodel.*;
  32 import jalview.gui.ViewSelectionMenu.ViewSetProvider;
  33 import jalview.structure.*;
  34 import jalview.io.*;
  35 import jalview.schemes.*;
  36 import fr.orsay.lri.varna.VARNAPanel;
  37 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionFileFormatOrSyntax;
  38 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionNonEqualLength;
  39 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionUnmatchedClosingParentheses;
  40 import fr.orsay.lri.varna.interfaces.InterfaceVARNAListener;
  41 import fr.orsay.lri.varna.models.VARNAConfig;
  42 import fr.orsay.lri.varna.models.annotations.HighlightRegionAnnotation;
  43 import fr.orsay.lri.varna.models.rna.ModeleBaseNucleotide;
  44 import fr.orsay.lri.varna.models.rna.ModeleStyleBP;
  45 import fr.orsay.lri.varna.models.rna.RNA;
  46
  47
  48 public class AppVarna extends JInternalFrame implements InterfaceVARNAListener,SecondaryStructureListener// implements Runnable,SequenceStructureBinding, ViewSetProvider
  49
  50 {
  51   AppVarnaBinding vab;
  52
  53   VARNAPanel varnaPanel;
  54
  55   public String name;
  56
  57   public StructureSelectionManager ssm;
  58
  59   /*public AppVarna(){
  60           vab = new AppVarnaBinding();
  61           initVarna();
  62   }*/
  63
  64   public AppVarna(String seq,String struc,String name,AlignmentPanel ap){
  65           ArrayList<RNA> rnaList = new ArrayList<RNA>();
  66           RNA rna1 = new RNA(name);
  67           try {
  68                   rna1.setRNA(seq,struc);
  69           } catch (ExceptionUnmatchedClosingParentheses e2) {
  70                 e2.printStackTrace();
  71           } catch (ExceptionFileFormatOrSyntax e3) {
  72                 e3.printStackTrace();
  73           }
  74           rnaList.add(trimRNA(rna1));
  75           rnaList.add(rna1);
  76           rna1.setName("consenus_"+rna1.getName());
  77
  78
  79           vab = new AppVarnaBinding(rnaList);
  80           //vab = new AppVarnaBinding(seq,struc);
  81           //System.out.println("Hallo: "+name);
  82           this.name=name;
  83           initVarna();
  84       ssm = ap.getStructureSelectionManager();
  85           ssm.addStructureViewerListener(this);
  86   }
  87
  88   public void initVarna(){
  89           //vab.setFinishedInit(false);
  90           varnaPanel=vab.get_varnaPanel();
  91           setBackground(Color.white);
  92           JSplitPane split = new JSplitPane(JSplitPane.HORIZONTAL_SPLIT,true,vab.getListPanel(),varnaPanel);
  93           getContentPane().setLayout(new BorderLayout());
  94           getContentPane().add(split, BorderLayout.CENTER);
  95           getContentPane().add(vab.getTools(), BorderLayout.NORTH);
  96           varnaPanel.addVARNAListener(this);
  97           jalview.gui.Desktop.addInternalFrame(this,"VARNA -"+name,getBounds().width, getBounds().height);
  98           this.pack();
  99           showPanel(true);
 100   }
 101
 102   public RNA trimRNA(RNA rna){
 103           RNA rnaTrim = new RNA("trim_"+rna.getName());
 104           try {
 105                   rnaTrim.setRNA(rna.getSeq(),rna.getStructDBN());
 106           } catch (ExceptionUnmatchedClosingParentheses e2) {
 107                 e2.printStackTrace();
 108           } catch (ExceptionFileFormatOrSyntax e3) {
 109                 e3.printStackTrace();
 110           }
 111
 112           StringBuffer seq=new StringBuffer(rnaTrim.getSeq());
 113           StringBuffer struc=new StringBuffer(rnaTrim.getStructDBN());
 114           for(int i=0;i<rnaTrim.getSeq().length();i++){
 115                   //TODO: Jalview utility for gap detection java.utils.isGap()
 116                   //TODO: Switch to jalview rna datamodel
 117                   if(seq.substring(i, i+1).compareTo("-")==0 || seq.substring(i, i+1).compareTo(".")==0){
 118                           if(!rnaTrim.findPair(i).isEmpty()){
 119                                   int m=rnaTrim.findPair(i).get(1);
 120                                   int l=rnaTrim.findPair(i).get(0);
 121
 122                                   struc.replace(m, m+1, "*");
 123                                   struc.replace(l, l+1, "*");
 124                           }else{
 125                                   struc.replace(i, i+1, "*");
 126                           }
 127                   }
 128           }
 129
 130           String newSeq=rnaTrim.getSeq().replace("-", "");
 131           rnaTrim.getSeq().replace(".", "");
 132           String newStruc=struc.toString().replace("*", "");
 133
 134           try {
 135                 rnaTrim.setRNA(newSeq,newStruc);
 136           } catch (ExceptionUnmatchedClosingParentheses e) {
 137                 // TODO Auto-generated catch block
 138                 e.printStackTrace();
 139           } catch (ExceptionFileFormatOrSyntax e) {
 140                 // TODO Auto-generated catch block
 141                 e.printStackTrace();
 142           }
 143
 144           return rnaTrim;
 145   }
 146
 147   public void showPanel(boolean show){
 148           this.setVisible(show);
 149   }
 150
 151   private boolean _started = false;
 152
 153   public void run(){
 154           _started = true;
 155
 156           try
 157       {
 158         initVarna();
 159       } catch (OutOfMemoryError oomerror)
 160       {
 161         new OOMWarning("When trying to open the Varna viewer!", oomerror);
 162       } catch (Exception ex)
 163       {
 164         Cache.log.error("Couldn't open Varna viewer!", ex);
 165       }
 166   }
 167
 168 @Override
 169 public void onLayoutChanged() {
 170         // TODO Auto-generated method stub
 171
 172 }
 173
 174 @Override
 175 public void onUINewStructure(VARNAConfig v, RNA r) {
 176         // TODO Auto-generated method stub
 177
 178 }
 179
 180 @Override
 181 public void onWarningEmitted(String s) {
 182         // TODO Auto-generated method stub
 183
 184 }
 185 /**
 186  * If a mouseOver event from the AlignmentPanel
 187  * is noticed the currently selected RNA in the
 188  * VARNA window is highlighted at the specific position.
 189  * To be able to remove it before the next highlight
 190  * it is saved in _lastHighlight
 191  */
 192 private  HighlightRegionAnnotation _lastHighlight;
 193 @Override
 194 public void mouseOverSequence(SequenceI sequence, int index) {
 195         // TODO Auto-generated method stub
 196         RNA rna=vab.getSelectedRNA();
 197         rna.removeHighlightRegion(_lastHighlight);
 198
 199         HighlightRegionAnnotation highlight = new HighlightRegionAnnotation(rna.getBasesBetween(index,index));
 200         rna.addHighlightRegion(highlight);
 201         _lastHighlight=highlight;
 202         vab.updateSelectedRNA(rna);
 203 }
 204
 205 @Override
 206 public void mouseOverStructure(int atomIndex, String strInfo) {
 207         // TODO Auto-generated method stub
 208
 209 }
 210
 211 }