src/jalview/gui/AppVarna.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
   3  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.gui;
  19
  20 import java.util.*;
  21 import java.awt.*;
  22 import javax.swing.*;
  23 import javax.swing.event.*;
  24
  25 import java.awt.event.*;
  26 import java.io.*;
  27
  28 import jalview.api.SequenceStructureBinding;
  29 import jalview.bin.Cache;
  30 import jalview.datamodel.*;
  31 import jalview.gui.ViewSelectionMenu.ViewSetProvider;
  32 import jalview.structure.*;
  33 import jalview.io.*;
  34 import jalview.schemes.*;
  35 import fr.orsay.lri.varna.VARNAPanel;
  36 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionFileFormatOrSyntax;
  37 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionNonEqualLength;
  38 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionUnmatchedClosingParentheses;
  39 import fr.orsay.lri.varna.interfaces.InterfaceVARNAListener;
  40 import fr.orsay.lri.varna.models.VARNAConfig;
  41 import fr.orsay.lri.varna.models.rna.RNA;
  42
  43
  44 public class AppVarna extends JInternalFrame implements InterfaceVARNAListener// implements Runnable,SequenceStructureBinding, ViewSetProvider
  45
  46 {
  47   AppVarnaBinding vab;
  48
  49   VARNAPanel varnaPanel;
  50
  51   public String name;
  52
  53   /*public AppVarna(){
  54           vab = new AppVarnaBinding();
  55           initVarna();
  56   }*/
  57
  58   public AppVarna(String seq,String struc,String name){
  59           ArrayList<RNA> rnaList = new ArrayList<RNA>();
  60           RNA rna1 = new RNA(name);
  61           try {
  62                   rna1.setRNA(seq,struc);
  63           } catch (ExceptionUnmatchedClosingParentheses e2) {
  64                 e2.printStackTrace();
  65           } catch (ExceptionFileFormatOrSyntax e3) {
  66                 e3.printStackTrace();
  67           }
  68           rnaList.add(rna1);
  69           rnaList.add(trimRNA(rna1));
  70
  71           vab = new AppVarnaBinding(rnaList);
  72           //vab = new AppVarnaBinding(seq,struc);
  73           //System.out.println("Hallo: "+name);
  74           this.name=name;
  75           initVarna();
  76   }
  77
  78   public void initVarna(){
  79           //vab.setFinishedInit(false);
  80           varnaPanel=vab.get_varnaPanel();
  81           setBackground(Color.white);
  82           JSplitPane split = new JSplitPane(JSplitPane.HORIZONTAL_SPLIT,true,vab.getListPanel(),varnaPanel);
  83           getContentPane().setLayout(new BorderLayout());
  84           getContentPane().add(split, BorderLayout.CENTER);
  85           //getContentPane().add(vab.getTools(), BorderLayout.NORTH);
  86           varnaPanel.addVARNAListener(this);
  87           jalview.gui.Desktop.addInternalFrame(this,"VARNA -"+name,getBounds().width, getBounds().height);
  88           this.pack();
  89           showPanel(true);
  90   }
  91
  92   public RNA trimRNA(RNA rna){
  93           RNA rnaTrim = new RNA(rna.getName()+"_trim");
  94           String seq=rna.getSeq();
  95           String struc=rna.getStructDBN();
  96           String newSeq="";
  97           String newStruc="";
  98           for(int i=0;i<seq.length();i++){
  99                   if(seq.substring(i, i+1).compareTo("-")!=0){
 100                           newSeq=newSeq+seq.substring(i, i+1);
 101                           newStruc=newStruc+struc.substring(i,i+1);
 102                   }
 103           }
 104           try {
 105                 rnaTrim.setRNA(newSeq,newStruc);
 106         } catch (ExceptionUnmatchedClosingParentheses e) {
 107                 // TODO Auto-generated catch block
 108                 e.printStackTrace();
 109         } catch (ExceptionFileFormatOrSyntax e) {
 110                 // TODO Auto-generated catch block
 111                 e.printStackTrace();
 112         }
 113         //System.out.println(newSeq+"\t"+newStruc);
 114         return rnaTrim;
 115   }
 116
 117   public void showPanel(boolean show){
 118           this.setVisible(show);
 119   }
 120
 121   private boolean _started = false;
 122
 123   public void run(){
 124           _started = true;
 125
 126           try
 127       {
 128         initVarna();
 129       } catch (OutOfMemoryError oomerror)
 130       {
 131         new OOMWarning("When trying to open the Varna viewer!", oomerror);
 132       } catch (Exception ex)
 133       {
 134         Cache.log.error("Couldn't open Varna viewer!", ex);
 135       }
 136   }
 137
 138 @Override
 139 public void onLayoutChanged() {
 140         // TODO Auto-generated method stub
 141
 142 }
 143
 144 @Override
 145 public void onUINewStructure(VARNAConfig v, RNA r) {
 146         //TODO _rnaList.add(v, r,"",true);
 147         // TODO Auto-generated method stub
 148
 149 }
 150
 151 @Override
 152 public void onWarningEmitted(String s) {
 153         // TODO Auto-generated method stub
 154
 155 }
 156
 157
 158 }