src/jalview/gui/AppVarnaBinding.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   3  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.gui;
  19
  20 import jalview.util.MessageManager;
  21
  22 import java.awt.BorderLayout;
  23 import java.awt.Color;
  24 import java.awt.Component;
  25 import java.awt.Dimension;
  26 import java.awt.Font;
  27 import java.awt.GridLayout;
  28 import java.awt.datatransfer.DataFlavor;
  29 import java.awt.datatransfer.Transferable;
  30 import java.awt.dnd.DnDConstants;
  31 import java.awt.dnd.DropTarget;
  32 import java.awt.dnd.DropTargetDragEvent;
  33 import java.awt.dnd.DropTargetDropEvent;
  34 import java.awt.dnd.DropTargetEvent;
  35 import java.awt.dnd.DropTargetListener;
  36 import java.awt.event.ActionEvent;
  37 import java.awt.event.ActionListener;
  38 import java.awt.event.ComponentEvent;
  39 import java.awt.event.MouseEvent;
  40 import java.awt.event.MouseListener;
  41 import java.io.File;
  42 import java.util.ArrayList;
  43 import java.util.Collection;
  44 import java.util.List;
  45
  46 import javax.swing.DefaultListModel;
  47 import javax.swing.DefaultListSelectionModel;
  48 import javax.swing.JButton;
  49 import javax.swing.JLabel;
  50 import javax.swing.JList;
  51 import javax.swing.JPanel;
  52 import javax.swing.JScrollPane;
  53 import javax.swing.JTextField;
  54 import javax.swing.ListModel;
  55 import javax.swing.ListSelectionModel;
  56 import javax.swing.event.ListSelectionEvent;
  57 import javax.swing.event.ListSelectionListener;
  58
  59 import fr.orsay.lri.varna.VARNAPanel;
  60 import fr.orsay.lri.varna.components.ReorderableJList;
  61 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionFileFormatOrSyntax;
  62 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionLoadingFailed;
  63 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionNonEqualLength;
  64 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionUnmatchedClosingParentheses;
  65 import fr.orsay.lri.varna.interfaces.InterfaceVARNAListener;
  66 import fr.orsay.lri.varna.models.FullBackup;
  67 import fr.orsay.lri.varna.models.VARNAConfig;
  68 import fr.orsay.lri.varna.models.rna.Mapping;
  69 import fr.orsay.lri.varna.models.rna.RNA;
  70
  71 public class AppVarnaBinding extends jalview.ext.varna.JalviewVarnaBinding
  72         implements DropTargetListener, InterfaceVARNAListener,
  73         MouseListener
  74 {
  75
  76   /**
  77          *
  78          */
  79   // private static final long serialVersionUID = -790155708306987257L;
  80
  81   private String DEFAULT_SEQUENCE = "CAGCACGACACUAGCAGUCAGUGUCAGACUGCAIACAGCACGACACUAGCAGUCAGUGUCAGACUGCAIACAGCACGACACUAGCAGUCAGUGUCAGACUGCAIA";
  82
  83   private String DEFAULT_STRUCTURE1 = "..(((((...(((((...(((((...(((((.....)))))...))))).....(((((...(((((.....)))))...))))).....)))))...)))))..";
  84
  85   private String DEFAULT_STRUCTURE2 = "..(((((...(((((...(((((........(((((...(((((.....)))))...)))))..................))))).....)))))...)))))..";
  86
  87   public VARNAPanel vp;
  88
  89   protected JPanel _tools = new JPanel();
  90
  91   private JPanel _input = new JPanel();
  92
  93   private JPanel _seqPanel = new JPanel();
  94
  95   private JPanel _strPanel = new JPanel();
  96
  97   private JLabel _info = new JLabel();
  98
  99   private JTextField _str = new JTextField();
 100
 101   private JTextField _seq = new JTextField();
 102
 103   private JLabel _strLabel = new JLabel(MessageManager.getString("label.str"));
 104
 105   private JLabel _seqLabel = new JLabel(MessageManager.getString("label.seq"));
 106
 107   private JButton _createButton = new JButton(MessageManager.getString("action.create"));
 108
 109   private JButton _updateButton = new JButton(MessageManager.getString("action.update"));
 110
 111   private JButton _deleteButton = new JButton(MessageManager.getString("action.delete"));
 112
 113   private JButton _duplicateButton = new JButton(MessageManager.getString("action.snapshot"));
 114
 115   protected JPanel _listPanel = new JPanel();
 116
 117   private ReorderableJList _sideList = null;
 118
 119   private static String errorOpt = "error";
 120
 121   @SuppressWarnings("unused")
 122   private boolean _error;
 123
 124   private Color _backgroundColor = Color.white;
 125
 126   private static int _nextID = 1;
 127
 128   @SuppressWarnings("unused")
 129   private int _algoCode;
 130
 131   private BackupHolder _rnaList;
 132
 133   /*
 134    * public AppVarnaBinding() { //super("VARNA in Jalview");
 135    * //this.set_seq("ATGC"); //this.set_str(".()."); //RNAPanelDemoInit();
 136    *
 137    * //initVarna("ATGCATGATATATATATAT","....((((...))))....");
 138    * initVarna(this.DEFAULT_SEQUENCE,this.DEFAULT_STRUCTURE1); }
 139    */
 140
 141   public AppVarnaBinding(String seq, String struc)
 142   {
 143     // super("VARNA in Jalview");
 144     initVarna(seq, struc);
 145
 146   }
 147
 148   public AppVarnaBinding(ArrayList<RNA> rnaList)
 149   {
 150
 151     // super("VARNA in Jalview");
 152     initVarnaEdit(rnaList);
 153   }
 154
 155   private void initVarna(String seq, String str)
 156   {
 157
 158     DefaultListModel dlm = new DefaultListModel();
 159
 160     DefaultListSelectionModel m = new DefaultListSelectionModel();
 161     m.setSelectionMode(ListSelectionModel.SINGLE_SELECTION);
 162     m.setLeadAnchorNotificationEnabled(false);
 163
 164     _sideList = new ReorderableJList();
 165     _sideList.setModel(dlm);
 166     _sideList.addMouseListener(this);
 167     _sideList.setSelectionModel(m);
 168     _sideList.setPreferredSize(new Dimension(100, 0));
 169     _sideList.addListSelectionListener(new ListSelectionListener()
 170     {
 171       public void valueChanged(ListSelectionEvent arg0)
 172       {
 173         if (!_sideList.isSelectionEmpty() && !arg0.getValueIsAdjusting())
 174         {
 175           FullBackup sel = (FullBackup) _sideList.getSelectedValue();
 176           Mapping map = Mapping.DefaultOutermostMapping(vp.getRNA()
 177                   .getSize(), sel.rna.getSize());
 178           vp.showRNAInterpolated(sel.rna, sel.config, map);
 179           _seq.setText(sel.rna.getSeq());
 180           _str.setText(sel.rna.getStructDBN());
 181         }
 182       }
 183     });
 184
 185     _rnaList = new BackupHolder(dlm, _sideList);
 186     RNA _RNA1 = new RNA("User defined 1");
 187
 188     try
 189     {
 190
 191       vp = new VARNAPanel("0", ".");
 192       _RNA1.setRNA(seq, str);
 193       _RNA1.drawRNARadiate(vp.getConfig());
 194     } catch (ExceptionNonEqualLength e)
 195     {
 196       vp.errorDialog(e);
 197     } catch (ExceptionUnmatchedClosingParentheses e2)
 198     {
 199       e2.printStackTrace();
 200     } catch (ExceptionFileFormatOrSyntax e3)
 201     {
 202       e3.printStackTrace();
 203     }
 204     vp.setPreferredSize(new Dimension(400, 400));
 205     _rnaList.add(vp.getConfig().clone(), _RNA1, generateDefaultName(), true);
 206
 207     // TODO setBackground(_backgroundColor);
 208     vp.setBackground(_backgroundColor);
 209
 210     // TODO getContentPane().setLayout(new BorderLayout());
 211     // TODO getContentPane().add(vp, BorderLayout.CENTER);
 212
 213     // setVisible(true);
 214     vp.addVARNAListener(this);
 215   }
 216
 217   private void initVarnaEdit(ArrayList<RNA> rnaInList)
 218   {
 219
 220     DefaultListModel dlm = new DefaultListModel();
 221
 222     int marginTools = 40;
 223
 224     DefaultListSelectionModel m = new DefaultListSelectionModel();
 225     m.setSelectionMode(ListSelectionModel.SINGLE_SELECTION);
 226     m.setLeadAnchorNotificationEnabled(false);
 227
 228     _sideList = new ReorderableJList();
 229     _sideList.setModel(dlm);
 230     _sideList.addMouseListener(this);
 231     _sideList.setSelectionModel(m);
 232     _sideList.setPreferredSize(new Dimension(100, 0));
 233     _sideList.addListSelectionListener(new ListSelectionListener()
 234     {
 235       public void valueChanged(ListSelectionEvent arg0)
 236       {
 237         // System.out.println(arg0);
 238         if (!_sideList.isSelectionEmpty() && !arg0.getValueIsAdjusting())
 239         {
 240           FullBackup sel = (FullBackup) _sideList.getSelectedValue();
 241           Mapping map = Mapping.DefaultOutermostMapping(vp.getRNA()
 242                   .getSize(), sel.rna.getSize());
 243           //vp.showRNAInterpolated(sel.rna, sel.config, map);
 244           vp.showRNA(sel.rna, sel.config);
 245           // _seq.setText(sel.rna.getSeq());
 246           _str.setText(sel.rna.getStructDBN());
 247         }
 248       }
 249     });
 250     _rnaList = new BackupHolder(dlm, _sideList);
 251
 252     try
 253     {
 254
 255       vp = new VARNAPanel("0", ".");
 256       for (int i = 0; i < rnaInList.size(); i++)
 257       {
 258         rnaInList.get(i).drawRNARadiate(vp.getConfig());
 259
 260       }
 261     } catch (ExceptionNonEqualLength e)
 262     {
 263       vp.errorDialog(e);
 264     }
 265     vp.setPreferredSize(new Dimension(400, 400));
 266     for (int i = 0; i < rnaInList.size(); i++)
 267     {
 268       if (i < rnaInList.size() - 1)
 269       {
 270         _rnaList.add(vp.getConfig().clone(), rnaInList.get(i), rnaInList
 271                 .get(i).getName());
 272       }
 273       else
 274       {
 275         _rnaList.add(vp.getConfig().clone(), rnaInList.get(i), rnaInList
 276                 .get(i).getName(), true);
 277       }
 278     }
 279
 280     /*
 281      * _rnaList.add(vp.getConfig().clone(),_RNA2,generateDefaultName());
 282      * _rnaList.add(vp.getConfig().clone(),_RNA1,generateDefaultName(),true);
 283      */
 284
 285     JScrollPane listScroller = new JScrollPane(_sideList);
 286     listScroller.setPreferredSize(new Dimension(150, 0));
 287
 288     vp.setBackground(_backgroundColor);
 289
 290     Font textFieldsFont = Font.decode("MonoSpaced-PLAIN-12");
 291
 292     // _seqLabel.setHorizontalTextPosition(JLabel.LEFT);
 293     // _seqLabel.setPreferredSize(new Dimension(marginTools, 15));
 294     _seq.setFont(textFieldsFont);
 295     _seq.setText(rnaInList.get(0).getSeq());
 296
 297     _updateButton.addActionListener(new ActionListener()
 298     {
 299       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 300       {
 301         FullBackup sel = (FullBackup) _sideList.getSelectedValue();
 302         sel.rna.setSequence("A");
 303       }
 304     });
 305
 306     // _seqPanel.setLayout(new BorderLayout());
 307     // _seqPanel.add(_seqLabel, BorderLayout.WEST);
 308     // _seqPanel.add(_seq, BorderLayout.CENTER);
 309
 310     _strLabel.setPreferredSize(new Dimension(marginTools, 15));
 311     _strLabel.setHorizontalTextPosition(JLabel.LEFT);
 312     _str.setFont(textFieldsFont);
 313     _strPanel.setLayout(new BorderLayout());
 314     _strPanel.add(_strLabel, BorderLayout.WEST);
 315     _strPanel.add(_str, BorderLayout.CENTER);
 316
 317     _input.setLayout(new GridLayout(1, 0));
 318     // _input.add(_seqPanel);
 319     _input.add(_strPanel);
 320
 321     JPanel goPanel = new JPanel();
 322     goPanel.setLayout(new BorderLayout());
 323
 324     _tools.setLayout(new BorderLayout());
 325     _tools.add(_input, BorderLayout.CENTER);
 326     // _tools.add(_info, BorderLayout.SOUTH);
 327     _tools.add(goPanel, BorderLayout.EAST);
 328
 329     /*
 330      * _deleteButton.addActionListener(new ActionListener() { public void
 331      * actionPerformed(ActionEvent e) { _rnaList.removeSelected(); } });
 332      * _duplicateButton.addActionListener(new ActionListener() { public void
 333      * actionPerformed(ActionEvent e) {
 334      * _rnaList.add((VARNAConfig)vp.getConfig().
 335      * clone(),vp.getRNA().clone(),vp.getRNA
 336      * ().getName()+"-"+DateFormat.getTimeInstance(DateFormat.LONG).format(new
 337      * Date()),true); }});
 338      */
 339     goPanel.add(_updateButton, BorderLayout.CENTER);
 340
 341     JPanel ops = new JPanel();
 342     ops.setLayout(new GridLayout(1, 2));
 343     ops.add(_deleteButton);
 344     ops.add(_duplicateButton);
 345
 346     JLabel j = new JLabel(MessageManager.getString("label.structures_manager"), JLabel.CENTER);
 347     _listPanel.setLayout(new BorderLayout());
 348
 349     // _listPanel.add(ops, BorderLayout.SOUTH);
 350     _listPanel.add(j, BorderLayout.NORTH);
 351     _listPanel.add(listScroller, BorderLayout.CENTER);
 352
 353     // JSplitPane split = new
 354     // JSplitPane(JSplitPane.HORIZONTAL_SPLIT,true,_listPanel,vp);
 355     /**
 356      * TODO getContentPane().setLayout(new BorderLayout());
 357      * getContentPane().add(split, BorderLayout.CENTER);
 358      * getContentPane().add(_tools, BorderLayout.NORTH);
 359      */
 360
 361     // TODO setVisible(true);
 362     DropTarget dt = new DropTarget(vp, this);
 363
 364     vp.addVARNAListener(this);
 365   }
 366
 367   public JPanel getTools()
 368   {
 369     return _tools;
 370   }
 371
 372   public JPanel getListPanel()
 373   {
 374     return _listPanel;
 375   }
 376
 377   /**
 378    * TODO: Is it effective to transfer the whole RNA?
 379    *
 380    * @return Currently selected RNA
 381    */
 382   public RNA getSelectedRNA()
 383   {
 384     return _rnaList.getElementAt(_sideList.getSelectedIndex()).rna;
 385   }
 386
 387   /**
 388    * Substitute currently selected RNA with the edited one
 389    *
 390    * @param rnaEdit
 391    */
 392   public void updateSelectedRNA(RNA rnaEdit)
 393   {
 394     vp.repaint();
 395     vp.showRNA(rnaEdit);
 396   }
 397
 398   /*
 399    * private void RNAPanelDemoInit() { DefaultListModel dlm = new
 400    * DefaultListModel();
 401    *
 402    *
 403    * int marginTools = 40;
 404    *
 405    * DefaultListSelectionModel m = new DefaultListSelectionModel();
 406    * m.setSelectionMode(ListSelectionModel.SINGLE_SELECTION);
 407    * m.setLeadAnchorNotificationEnabled(false);
 408    *
 409    *
 410    * _sideList = new ReorderableJList(); _sideList.setModel(dlm);
 411    * _sideList.addMouseListener(this); _sideList.setSelectionModel(m);
 412    * _sideList.setPreferredSize(new Dimension(100, 0));
 413    * _sideList.addListSelectionListener( new ListSelectionListener(){ public
 414    * void valueChanged(ListSelectionEvent arg0) { //System.out.println(arg0); if
 415    * (!_sideList.isSelectionEmpty() && !arg0.getValueIsAdjusting()) { FullBackup
 416    * sel = (FullBackup) _sideList.getSelectedValue(); Mapping map =
 417    * Mapping.DefaultOutermostMapping(vp.getRNA().getSize(), sel.rna.getSize());
 418    * vp.showRNAInterpolated(sel.rna,sel.config,map);
 419    * _seq.setText(sel.rna.getSeq()); _str.setText(sel.rna.getStructDBN()); } }
 420    * });
 421    *
 422    * _rnaList = new BackupHolder(dlm,_sideList); RNA _RNA1 = new
 423    * RNA("User defined 1"); RNA _RNA2 = new RNA("User defined 2"); try { vp =
 424    * new VARNAPanel("0","."); _RNA1.setRNA(DEFAULT_SEQUENCE,
 425    * DEFAULT_STRUCTURE1); _RNA1.drawRNARadiate(vp.getConfig());
 426    * _RNA2.setRNA(DEFAULT_SEQUENCE, DEFAULT_STRUCTURE2);
 427    * _RNA2.drawRNARadiate(vp.getConfig()); } catch (ExceptionNonEqualLength e) {
 428    * vp.errorDialog(e); } catch (ExceptionUnmatchedClosingParentheses e2) {
 429    * e2.printStackTrace(); } catch (ExceptionFileFormatOrSyntax e3) {
 430    * e3.printStackTrace(); } vp.setPreferredSize(new Dimension(400, 400));
 431    * _rnaList.add(vp.getConfig().clone(),_RNA2,generateDefaultName());
 432    * _rnaList.add(vp.getConfig().clone(),_RNA1,generateDefaultName(),true);
 433    *
 434    * JScrollPane listScroller = new JScrollPane(_sideList);
 435    * listScroller.setPreferredSize(new Dimension(150, 0));
 436    *
 437    * setBackground(_backgroundColor); vp.setBackground(_backgroundColor);
 438    *
 439    *
 440    * Font textFieldsFont = Font.decode("MonoSpaced-PLAIN-12");
 441    *
 442    * _seqLabel.setHorizontalTextPosition(JLabel.LEFT);
 443    * _seqLabel.setPreferredSize(new Dimension(marginTools, 15));
 444    * _seq.setFont(textFieldsFont); _seq.setText(DEFAULT_SEQUENCE);
 445    *
 446    * _createButton.addActionListener(new ActionListener() { public void
 447    * actionPerformed(ActionEvent e) { try { RNA nRNA = new
 448    * RNA(generateDefaultName()); nRNA.setRNA(_seq.getText(), _str.getText());
 449    * nRNA.drawRNARadiate(vp.getConfig()); _rnaList.add(new
 450    * VARNAConfig(),nRNA,true); } catch (ExceptionUnmatchedClosingParentheses e1)
 451    * { JOptionPane.showMessageDialog(vp, e1.getMessage(),"Error",
 452    * JOptionPane.ERROR_MESSAGE); } catch (ExceptionFileFormatOrSyntax e1) {
 453    * JOptionPane.showMessageDialog(vp, e1.getMessage(),"Error",
 454    * JOptionPane.ERROR_MESSAGE); } } });
 455    *
 456    *
 457    * _seqPanel.setLayout(new BorderLayout()); _seqPanel.add(_seqLabel,
 458    * BorderLayout.WEST); _seqPanel.add(_seq, BorderLayout.CENTER);
 459    *
 460    * _strLabel.setPreferredSize(new Dimension(marginTools, 15));
 461    * _strLabel.setHorizontalTextPosition(JLabel.LEFT);
 462    * _str.setFont(textFieldsFont); _strPanel.setLayout(new BorderLayout());
 463    * _strPanel.add(_strLabel, BorderLayout.WEST); _strPanel.add(_str,
 464    * BorderLayout.CENTER);
 465    *
 466    * _input.setLayout(new GridLayout(2, 0)); _input.add(_seqPanel);
 467    * _input.add(_strPanel);
 468    *
 469    * JPanel goPanel = new JPanel(); goPanel.setLayout(new BorderLayout());
 470    *
 471    * _tools.setLayout(new BorderLayout()); _tools.add(_input,
 472    * BorderLayout.CENTER); _tools.add(_info, BorderLayout.SOUTH);
 473    * _tools.add(goPanel, BorderLayout.EAST);
 474    *
 475    * _deleteButton.addActionListener(new ActionListener() { public void
 476    * actionPerformed(ActionEvent e) { _rnaList.removeSelected(); } });
 477    * _duplicateButton.addActionListener(new ActionListener() { public void
 478    * actionPerformed(ActionEvent e) {
 479    * _rnaList.add((VARNAConfig)vp.getConfig().clone
 480    * (),vp.getRNA().clone(),vp.getRNA
 481    * ().getName()+"-"+DateFormat.getTimeInstance(DateFormat.LONG).format(new
 482    * Date()),true); }});
 483    *
 484    * JPanel ops = new JPanel(); ops.setLayout(new GridLayout(1,2));
 485    * ops.add(_deleteButton); ops.add(_duplicateButton);
 486    *
 487    * JLabel j = new JLabel("Structures Manager",JLabel.CENTER);
 488    * _listPanel.setLayout(new BorderLayout());
 489    *
 490    * _listPanel.add(ops,BorderLayout.SOUTH);
 491    * _listPanel.add(j,BorderLayout.NORTH);
 492    * _listPanel.add(listScroller,BorderLayout.CENTER);
 493    *
 494    * goPanel.add(_createButton, BorderLayout.CENTER);
 495    *
 496    * JSplitPane split = new
 497    * JSplitPane(JSplitPane.HORIZONTAL_SPLIT,true,_listPanel,vp);
 498    * getContentPane().setLayout(new BorderLayout()); getContentPane().add(split,
 499    * BorderLayout.CENTER); getContentPane().add(_tools, BorderLayout.NORTH);
 500    *
 501    * setVisible(true); DropTarget dt = new DropTarget(vp, this);
 502    *
 503    * vp.addVARNAListener(this); }
 504    */
 505   public static String generateDefaultName()
 506   {
 507     return "User file #" + _nextID++;
 508   }
 509
 510   public RNA getRNA()
 511   {
 512     return (RNA) _sideList.getSelectedValue();
 513   }
 514
 515   public String[][] getParameterInfo()
 516   {
 517     String[][] info =
 518     {
 519         // Parameter Name Kind of Value Description,
 520         { "sequenceDBN", "String", "A raw RNA sequence" },
 521         { "structureDBN", "String",
 522             "An RNA structure in dot bracket notation (DBN)" },
 523         { errorOpt, "boolean", "To show errors" }, };
 524     return info;
 525   }
 526
 527   public void init()
 528   {
 529     vp.setBackground(_backgroundColor);
 530     _error = true;
 531   }
 532
 533   @SuppressWarnings("unused")
 534   private Color getSafeColor(String col, Color def)
 535   {
 536     Color result;
 537     try
 538     {
 539       result = Color.decode(col);
 540     } catch (Exception e)
 541     {
 542       try
 543       {
 544         result = Color.getColor(col, def);
 545       } catch (Exception e2)
 546       {
 547         return def;
 548       }
 549     }
 550     return result;
 551   }
 552
 553   public VARNAPanel get_varnaPanel()
 554   {
 555     return vp;
 556   }
 557
 558   public void set_varnaPanel(VARNAPanel surface)
 559   {
 560     vp = surface;
 561   }
 562
 563   public String get_seq()
 564   {
 565     return _seq.getText();
 566   }
 567
 568   public void set_seq(String _seq)
 569   {
 570     this._seq.setText(_seq);
 571   }
 572
 573   public String get_str()
 574   {
 575     return _str.getText();
 576   }
 577
 578   public void set_str(String _str)
 579   {
 580     this._str.setText(_str);
 581   }
 582
 583   public JLabel get_info()
 584   {
 585     return _info;
 586   }
 587
 588   public void set_info(JLabel _info)
 589   {
 590     this._info = _info;
 591   }
 592
 593   /*
 594    * public static void main(String[] args) { AppVarnaBinding d = new
 595    * AppVarnaBinding(); d.setDefaultCloseOperation(JFrame.EXIT_ON_CLOSE);
 596    * d.pack(); d.setVisible(true); }
 597    */
 598
 599   public void dragEnter(DropTargetDragEvent arg0)
 600   {
 601     // TODO Auto-generated method stub
 602
 603   }
 604
 605   public void dragExit(DropTargetEvent arg0)
 606   {
 607     // TODO Auto-generated method stub
 608
 609   }
 610
 611   public void dragOver(DropTargetDragEvent arg0)
 612   {
 613     // TODO Auto-generated method stub
 614
 615   }
 616
 617   public void drop(DropTargetDropEvent dtde)
 618   {
 619     try
 620     {
 621       Transferable tr = dtde.getTransferable();
 622       DataFlavor[] flavors = tr.getTransferDataFlavors();
 623       for (int i = 0; i < flavors.length; i++)
 624       {
 625         if (flavors[i].isFlavorJavaFileListType())
 626         {
 627           dtde.acceptDrop(DnDConstants.ACTION_COPY_OR_MOVE);
 628           Object ob = tr.getTransferData(flavors[i]);
 629           if (ob instanceof List)
 630           {
 631             List list = (List) ob;
 632             for (int j = 0; j < list.size(); j++)
 633             {
 634               Object o = list.get(j);
 635
 636               if (dtde.getSource() instanceof DropTarget)
 637               {
 638                 DropTarget dt = (DropTarget) dtde.getSource();
 639                 Component c = dt.getComponent();
 640                 if (c instanceof VARNAPanel)
 641                 {
 642                   String path = o.toString();
 643                   VARNAPanel vp = (VARNAPanel) c;
 644                   try
 645                   {
 646                     FullBackup bck = VARNAPanel.importSession(path);
 647                     _rnaList.add(bck.config, bck.rna, bck.name, true);
 648                   } catch (ExceptionLoadingFailed e3)
 649                   {
 650                     int mn = 1;
 651                     Collection<RNA> mdls = fr.orsay.lri.varna.factories.RNAFactory
 652                             .loadSecStr(path);
 653                     for (RNA r : mdls)
 654                     {
 655                       r.drawRNA(vp.getConfig());
 656                       String name = r.getName();
 657                       if (name.equals(""))
 658                       {
 659                         name = path.substring(path
 660                                 .lastIndexOf(File.separatorChar) + 1);
 661                       }
 662                       if (mdls.size() > 1)
 663                       {
 664                         name += " (Model " + mn++ + ")";
 665                       }
 666                       _rnaList.add(vp.getConfig().clone(), r, name, true);
 667                     }
 668                   }
 669                 }
 670               }
 671             }
 672           }
 673           // If we made it this far, everything worked.
 674           dtde.dropComplete(true);
 675           return;
 676         }
 677       }
 678       // Hmm, the user must not have dropped a file list
 679       dtde.rejectDrop();
 680     } catch (Exception e)
 681     {
 682       e.printStackTrace();
 683       dtde.rejectDrop();
 684     }
 685
 686   }
 687
 688   public void dropActionChanged(DropTargetDragEvent arg0)
 689   {
 690   }
 691
 692   private class BackupHolder
 693   {
 694     private DefaultListModel _rnaList;
 695
 696     private ArrayList<RNA> _rnas = new ArrayList<RNA>();
 697
 698     JList _l;
 699
 700     public BackupHolder(DefaultListModel rnaList, JList l)
 701     {
 702       _rnaList = rnaList;
 703       _l = l;
 704     }
 705
 706     public void add(VARNAConfig c, RNA r)
 707     {
 708       add(c, r, r.getName(), false);
 709     }
 710
 711     public void add(VARNAConfig c, RNA r, boolean select)
 712     {
 713       add(c, r, r.getName(), select);
 714     }
 715
 716     public void add(VARNAConfig c, RNA r, String name)
 717     {
 718       add(c, r, name, false);
 719     }
 720
 721     public void add(VARNAConfig c, RNA r, String name, boolean select)
 722     {
 723       if (select)
 724       {
 725         _l.removeSelectionInterval(0, _rnaList.size());
 726       }
 727       if (name.equals(""))
 728       {
 729         name = generateDefaultName();
 730       }
 731       FullBackup bck = new FullBackup(c, r, name);
 732       _rnas.add(0, r);
 733       _rnaList.add(0, bck);
 734       if (select)
 735       {
 736         _l.setSelectedIndex(0);
 737       }
 738     }
 739
 740     public void remove(int i)
 741     {
 742       _rnas.remove(i);
 743       _rnaList.remove(i);
 744
 745     }
 746
 747     public DefaultListModel getModel()
 748     {
 749       return _rnaList;
 750     }
 751
 752     public boolean contains(RNA r)
 753     {
 754       return _rnas.contains(r);
 755     }
 756
 757     /*
 758      * public int getSize() { return _rnaList.getSize(); }
 759      */
 760     public FullBackup getElementAt(int i)
 761     {
 762       return (FullBackup) _rnaList.getElementAt(i);
 763     }
 764
 765     public void removeSelected()
 766     {
 767       int i = _l.getSelectedIndex();
 768       if (i != -1)
 769       {
 770         if (_rnaList.getSize() == 1)
 771         {
 772           RNA r = new RNA();
 773           try
 774           {
 775             r.setRNA(" ", ".");
 776           } catch (ExceptionUnmatchedClosingParentheses e1)
 777           {
 778           } catch (ExceptionFileFormatOrSyntax e1)
 779           {
 780           }
 781           vp.showRNA(r);
 782           vp.repaint();
 783         }
 784         else
 785         {
 786           int newi = i + 1;
 787           if (newi == _rnaList.getSize())
 788           {
 789             newi = _rnaList.getSize() - 2;
 790           }
 791           FullBackup bck = (FullBackup) _rnaList.getElementAt(newi);
 792           _l.setSelectedValue(bck, true);
 793         }
 794         _rnaList.remove(i);
 795       }
 796
 797     }
 798   }
 799
 800   public void onLayoutChanged()
 801   {
 802     // TODO Auto-generated method stub
 803
 804   }
 805
 806   public void onUINewStructure(VARNAConfig v, RNA r)
 807   {
 808     // patch to fix infinite loop
 809     // The problem is that onUINewStructure is called when user clicks
 810     // check with Yann about whether Jalview should do anything with this event.
 811     // e.g. if user has used VARNA's menu to import a structure .. Jalview may need to be told which structure is displayed.
 812
 813     // _rnaList.add(v, r, "", true);
 814   }
 815
 816   public void onWarningEmitted(String s)
 817   {
 818     // TODO Auto-generated method stub
 819
 820   }
 821
 822   public void mouseClicked(MouseEvent e)
 823   {
 824     if (e.getClickCount() == 2)
 825     {
 826       int index = _sideList.locationToIndex(e.getPoint());
 827       ListModel dlm = _sideList.getModel();
 828       FullBackup item = (FullBackup) dlm.getElementAt(index);
 829       ;
 830       _sideList.ensureIndexIsVisible(index);
 831       /*
 832        * TODO Object newName = JOptionPane.showInputDialog( this,
 833        * "Specify a new name for this RNA", "Rename RNA",
 834        * JOptionPane.QUESTION_MESSAGE, (Icon)null, null, item.toString()); if
 835        * (newName!=null) { item.name = newName.toString();
 836        * this._sideList.repaint(); }
 837        */
 838     }
 839   }
 840
 841   public void mouseEntered(MouseEvent arg0)
 842   {
 843     // TODO Auto-generated method stub
 844
 845   }
 846
 847   public void mouseExited(MouseEvent arg0)
 848   {
 849     // TODO Auto-generated method stub
 850
 851   }
 852
 853   public void mousePressed(MouseEvent arg0)
 854   {
 855     // TODO Auto-generated method stub
 856
 857   }
 858
 859   public void mouseReleased(MouseEvent arg0)
 860   {
 861     // TODO Auto-generated method stub
 862
 863   }
 864
 865   @Override
 866   public Color getColour(int atomIndex, int pdbResNum, String chain,
 867           String pdbId)
 868   {
 869     // TODO Auto-generated method stub
 870     return null;
 871   }
 872
 873   @Override
 874   public String[] getPdbFile()
 875   {
 876     // TODO Auto-generated method stub
 877     return null;
 878   }
 879
 880   @Override
 881   public void highlightAtom(int atomIndex, int pdbResNum, String chain,
 882           String pdbId)
 883   {
 884     // TODO Auto-generated method stub
 885
 886   }
 887
 888   @Override
 889   public void mouseOverStructure(int atomIndex, String strInfo)
 890   {
 891     // TODO Auto-generated method stub
 892
 893   }
 894
 895   @Override
 896   public void releaseReferences(Object svl)
 897   {
 898     // TODO Auto-generated method stub
 899
 900   }
 901
 902   @Override
 903   public void updateColours(Object source)
 904   {
 905     // TODO Auto-generated method stub
 906
 907   }
 908
 909   @Override
 910   public void componentHidden(ComponentEvent e)
 911   {
 912     // TODO Auto-generated method stub
 913
 914   }
 915
 916   @Override
 917   public void componentMoved(ComponentEvent e)
 918   {
 919     // TODO Auto-generated method stub
 920
 921   }
 922
 923   @Override
 924   public void componentResized(ComponentEvent e)
 925   {
 926     // TODO Auto-generated method stub
 927
 928   }
 929
 930   @Override
 931   public void componentShown(ComponentEvent e)
 932   {
 933     // TODO Auto-generated method stub
 934
 935   }
 936
 937   @Override
 938   public void onStructureRedrawn()
 939   {
 940     // TODO Auto-generated method stub
 941
 942   }
 943
 944   @Override
 945   public void onZoomLevelChanged()
 946   {
 947     // TODO Auto-generated method stub
 948
 949   }
 950
 951   @Override
 952   public void onTranslationChanged()
 953   {
 954     // TODO Auto-generated method stub
 955
 956   }
 957 }
 958
 959 /*
 960  * public static void main(String[] args) { JTextField str = new
 961  * JTextField("ATGC");
 962  *
 963  * AppVarnaBinding vab = new AppVarnaBinding(); vab.varnagui.set_seq(str);
 964  * vab.varnagui.setDefaultCloseOperation(JFrame.EXIT_ON_CLOSE);
 965  * vab.varnagui.pack(); vab.varnagui.setVisible(true); } }
 966  */