src/jalview/gui/AppVarnaBinding.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.structure.AtomSpec;
  24 import jalview.util.MessageManager;
  25
  26 import java.awt.BorderLayout;
  27 import java.awt.Color;
  28 import java.awt.Component;
  29 import java.awt.Dimension;
  30 import java.awt.Font;
  31 import java.awt.GridLayout;
  32 import java.awt.datatransfer.DataFlavor;
  33 import java.awt.datatransfer.Transferable;
  34 import java.awt.dnd.DnDConstants;
  35 import java.awt.dnd.DropTarget;
  36 import java.awt.dnd.DropTargetDragEvent;
  37 import java.awt.dnd.DropTargetDropEvent;
  38 import java.awt.dnd.DropTargetEvent;
  39 import java.awt.dnd.DropTargetListener;
  40 import java.awt.event.ActionEvent;
  41 import java.awt.event.ActionListener;
  42 import java.awt.event.ComponentEvent;
  43 import java.awt.event.MouseEvent;
  44 import java.awt.event.MouseListener;
  45 import java.io.File;
  46 import java.util.ArrayList;
  47 import java.util.Collection;
  48 import java.util.List;
  49
  50 import javax.swing.DefaultListModel;
  51 import javax.swing.DefaultListSelectionModel;
  52 import javax.swing.JButton;
  53 import javax.swing.JLabel;
  54 import javax.swing.JList;
  55 import javax.swing.JPanel;
  56 import javax.swing.JScrollPane;
  57 import javax.swing.JTextField;
  58 import javax.swing.ListModel;
  59 import javax.swing.ListSelectionModel;
  60 import javax.swing.event.ListSelectionEvent;
  61 import javax.swing.event.ListSelectionListener;
  62
  63 import fr.orsay.lri.varna.VARNAPanel;
  64 import fr.orsay.lri.varna.components.ReorderableJList;
  65 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionFileFormatOrSyntax;
  66 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionLoadingFailed;
  67 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionNonEqualLength;
  68 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionUnmatchedClosingParentheses;
  69 import fr.orsay.lri.varna.interfaces.InterfaceVARNAListener;
  70 import fr.orsay.lri.varna.models.FullBackup;
  71 import fr.orsay.lri.varna.models.VARNAConfig;
  72 import fr.orsay.lri.varna.models.rna.Mapping;
  73 import fr.orsay.lri.varna.models.rna.RNA;
  74
  75 public class AppVarnaBinding extends jalview.ext.varna.JalviewVarnaBinding
  76         implements DropTargetListener, InterfaceVARNAListener,
  77         MouseListener
  78 {
  79
  80   /**
  81          *
  82          */
  83   // private static final long serialVersionUID = -790155708306987257L;
  84
  85   private String DEFAULT_SEQUENCE = "CAGCACGACACUAGCAGUCAGUGUCAGACUGCAIACAGCACGACACUAGCAGUCAGUGUCAGACUGCAIACAGCACGACACUAGCAGUCAGUGUCAGACUGCAIA";
  86
  87   private String DEFAULT_STRUCTURE1 = "..(((((...(((((...(((((...(((((.....)))))...))))).....(((((...(((((.....)))))...))))).....)))))...)))))..";
  88
  89   private String DEFAULT_STRUCTURE2 = "..(((((...(((((...(((((........(((((...(((((.....)))))...)))))..................))))).....)))))...)))))..";
  90
  91   public VARNAPanel vp;
  92
  93   protected JPanel _tools = new JPanel();
  94
  95   private JPanel _input = new JPanel();
  96
  97   private JPanel _seqPanel = new JPanel();
  98
  99   private JPanel _strPanel = new JPanel();
 100
 101   private JLabel _info = new JLabel();
 102
 103   private JTextField _str = new JTextField();
 104
 105   private JTextField _seq = new JTextField();
 106
 107   private JLabel _strLabel = new JLabel(
 108           MessageManager.getString("label.str"));
 109
 110   private JLabel _seqLabel = new JLabel(
 111           MessageManager.getString("label.seq"));
 112
 113   private JButton _createButton = new JButton(
 114           MessageManager.getString("action.create"));
 115
 116   private JButton _updateButton = new JButton(
 117           MessageManager.getString("action.update"));
 118
 119   private JButton _deleteButton = new JButton(
 120           MessageManager.getString("action.delete"));
 121
 122   private JButton _duplicateButton = new JButton(
 123           MessageManager.getString("action.snapshot"));
 124
 125   protected JPanel _listPanel = new JPanel();
 126
 127   private ReorderableJList _sideList = null;
 128
 129   private static String errorOpt = "error";
 130
 131   @SuppressWarnings("unused")
 132   private boolean _error;
 133
 134   private Color _backgroundColor = Color.white;
 135
 136   private static int _nextID = 1;
 137
 138   @SuppressWarnings("unused")
 139   private int _algoCode;
 140
 141   private BackupHolder _rnaList;
 142
 143   /*
 144    * public AppVarnaBinding() { //super("VARNA in Jalview");
 145    * //this.set_seq("ATGC"); //this.set_str(".()."); //RNAPanelDemoInit();
 146    *
 147    * //initVarna("ATGCATGATATATATATAT","....((((...))))....");
 148    * initVarna(this.DEFAULT_SEQUENCE,this.DEFAULT_STRUCTURE1); }
 149    */
 150
 151   public AppVarnaBinding(String seq, String struc)
 152   {
 153     // super("VARNA in Jalview");
 154     initVarna(seq, struc);
 155
 156   }
 157
 158   public AppVarnaBinding(ArrayList<RNA> rnaList)
 159   {
 160
 161     // super("VARNA in Jalview");
 162     initVarnaEdit(rnaList);
 163   }
 164
 165   private void initVarna(String seq, String str)
 166   {
 167
 168     DefaultListModel dlm = new DefaultListModel();
 169
 170     DefaultListSelectionModel m = new DefaultListSelectionModel();
 171     m.setSelectionMode(ListSelectionModel.SINGLE_SELECTION);
 172     m.setLeadAnchorNotificationEnabled(false);
 173
 174     _sideList = new ReorderableJList();
 175     _sideList.setModel(dlm);
 176     _sideList.addMouseListener(this);
 177     _sideList.setSelectionModel(m);
 178     _sideList.setPreferredSize(new Dimension(100, 0));
 179     _sideList.addListSelectionListener(new ListSelectionListener()
 180     {
 181       public void valueChanged(ListSelectionEvent arg0)
 182       {
 183         if (!_sideList.isSelectionEmpty() && !arg0.getValueIsAdjusting())
 184         {
 185           FullBackup sel = (FullBackup) _sideList.getSelectedValue();
 186           Mapping map = Mapping.DefaultOutermostMapping(vp.getRNA()
 187                   .getSize(), sel.rna.getSize());
 188           vp.showRNAInterpolated(sel.rna, sel.config, map);
 189           _seq.setText(sel.rna.getSeq());
 190           _str.setText(sel.rna.getStructDBN());
 191         }
 192       }
 193     });
 194
 195     _rnaList = new BackupHolder(dlm, _sideList);
 196     RNA _RNA1 = new RNA("User defined 1");
 197
 198     try
 199     {
 200
 201       vp = new VARNAPanel("0", ".");
 202       _RNA1.setRNA(seq, str);
 203       _RNA1.drawRNARadiate(vp.getConfig());
 204     } catch (ExceptionNonEqualLength e)
 205     {
 206       vp.errorDialog(e);
 207     } catch (ExceptionUnmatchedClosingParentheses e2)
 208     {
 209       e2.printStackTrace();
 210     } catch (ExceptionFileFormatOrSyntax e3)
 211     {
 212       e3.printStackTrace();
 213     }
 214     vp.setPreferredSize(new Dimension(400, 400));
 215     _rnaList.add(vp.getConfig().clone(), _RNA1, generateDefaultName(), true);
 216
 217     // TODO setBackground(_backgroundColor);
 218     vp.setBackground(_backgroundColor);
 219
 220     // TODO getContentPane().setLayout(new BorderLayout());
 221     // TODO getContentPane().add(vp, BorderLayout.CENTER);
 222
 223     // setVisible(true);
 224     vp.addVARNAListener(this);
 225   }
 226
 227   private void initVarnaEdit(ArrayList<RNA> rnaInList)
 228   {
 229
 230     DefaultListModel dlm = new DefaultListModel();
 231
 232     int marginTools = 40;
 233
 234     DefaultListSelectionModel m = new DefaultListSelectionModel();
 235     m.setSelectionMode(ListSelectionModel.SINGLE_SELECTION);
 236     m.setLeadAnchorNotificationEnabled(false);
 237
 238     _sideList = new ReorderableJList();
 239     _sideList.setModel(dlm);
 240     _sideList.addMouseListener(this);
 241     _sideList.setSelectionModel(m);
 242     _sideList.setPreferredSize(new Dimension(100, 0));
 243     _sideList.addListSelectionListener(new ListSelectionListener()
 244     {
 245       public void valueChanged(ListSelectionEvent arg0)
 246       {
 247         // System.out.println(arg0);
 248         if (!_sideList.isSelectionEmpty() && !arg0.getValueIsAdjusting())
 249         {
 250           FullBackup sel = (FullBackup) _sideList.getSelectedValue();
 251           Mapping map = Mapping.DefaultOutermostMapping(vp.getRNA()
 252                   .getSize(), sel.rna.getSize());
 253           // vp.showRNAInterpolated(sel.rna, sel.config, map);
 254           vp.showRNA(sel.rna, sel.config);
 255           // _seq.setText(sel.rna.getSeq());
 256           _str.setText(sel.rna.getStructDBN());
 257         }
 258       }
 259     });
 260     _rnaList = new BackupHolder(dlm, _sideList);
 261
 262     try
 263     {
 264
 265       vp = new VARNAPanel("0", ".");
 266       for (int i = 0; i < rnaInList.size(); i++)
 267       {
 268         rnaInList.get(i).drawRNARadiate(vp.getConfig());
 269
 270       }
 271     } catch (ExceptionNonEqualLength e)
 272     {
 273       vp.errorDialog(e);
 274     }
 275     vp.setPreferredSize(new Dimension(400, 400));
 276     for (int i = 0; i < rnaInList.size(); i++)
 277     {
 278       if (i < rnaInList.size() - 1)
 279       {
 280         _rnaList.add(vp.getConfig().clone(), rnaInList.get(i), rnaInList
 281                 .get(i).getName());
 282       }
 283       else
 284       {
 285         _rnaList.add(vp.getConfig().clone(), rnaInList.get(i), rnaInList
 286                 .get(i).getName(), true);
 287       }
 288     }
 289
 290     /*
 291      * _rnaList.add(vp.getConfig().clone(),_RNA2,generateDefaultName());
 292      * _rnaList.add(vp.getConfig().clone(),_RNA1,generateDefaultName(),true);
 293      */
 294
 295     JScrollPane listScroller = new JScrollPane(_sideList);
 296     listScroller.setPreferredSize(new Dimension(150, 0));
 297
 298     vp.setBackground(_backgroundColor);
 299
 300     Font textFieldsFont = Font.decode("MonoSpaced-PLAIN-12");
 301
 302     // _seqLabel.setHorizontalTextPosition(JLabel.LEFT);
 303     // _seqLabel.setPreferredSize(new Dimension(marginTools, 15));
 304     _seq.setFont(textFieldsFont);
 305     _seq.setText(rnaInList.get(0).getSeq());
 306
 307     _updateButton.addActionListener(new ActionListener()
 308     {
 309       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 310       {
 311         FullBackup sel = (FullBackup) _sideList.getSelectedValue();
 312         sel.rna.setSequence("A");
 313       }
 314     });
 315
 316     // _seqPanel.setLayout(new BorderLayout());
 317     // _seqPanel.add(_seqLabel, BorderLayout.WEST);
 318     // _seqPanel.add(_seq, BorderLayout.CENTER);
 319
 320     _strLabel.setPreferredSize(new Dimension(marginTools, 15));
 321     _strLabel.setHorizontalTextPosition(JLabel.LEFT);
 322     _str.setFont(textFieldsFont);
 323     _strPanel.setLayout(new BorderLayout());
 324     _strPanel.add(_strLabel, BorderLayout.WEST);
 325     _strPanel.add(_str, BorderLayout.CENTER);
 326
 327     _input.setLayout(new GridLayout(1, 0));
 328     // _input.add(_seqPanel);
 329     _input.add(_strPanel);
 330
 331     JPanel goPanel = new JPanel();
 332     goPanel.setLayout(new BorderLayout());
 333
 334     _tools.setLayout(new BorderLayout());
 335     _tools.add(_input, BorderLayout.CENTER);
 336     // _tools.add(_info, BorderLayout.SOUTH);
 337     _tools.add(goPanel, BorderLayout.EAST);
 338
 339     /*
 340      * _deleteButton.addActionListener(new ActionListener() { public void
 341      * actionPerformed(ActionEvent e) { _rnaList.removeSelected(); } });
 342      * _duplicateButton.addActionListener(new ActionListener() { public void
 343      * actionPerformed(ActionEvent e) {
 344      * _rnaList.add((VARNAConfig)vp.getConfig().
 345      * clone(),vp.getRNA().clone(),vp.getRNA
 346      * ().getName()+"-"+DateFormat.getTimeInstance(DateFormat.LONG).format(new
 347      * Date()),true); }});
 348      */
 349     goPanel.add(_updateButton, BorderLayout.CENTER);
 350
 351     JPanel ops = new JPanel();
 352     ops.setLayout(new GridLayout(1, 2));
 353     ops.add(_deleteButton);
 354     ops.add(_duplicateButton);
 355
 356     JLabel j = new JLabel(
 357             MessageManager.getString("label.structures_manager"),
 358             JLabel.CENTER);
 359     _listPanel.setLayout(new BorderLayout());
 360
 361     // _listPanel.add(ops, BorderLayout.SOUTH);
 362     _listPanel.add(j, BorderLayout.NORTH);
 363     _listPanel.add(listScroller, BorderLayout.CENTER);
 364
 365     // JSplitPane split = new
 366     // JSplitPane(JSplitPane.HORIZONTAL_SPLIT,true,_listPanel,vp);
 367     /**
 368      * TODO getContentPane().setLayout(new BorderLayout());
 369      * getContentPane().add(split, BorderLayout.CENTER);
 370      * getContentPane().add(_tools, BorderLayout.NORTH);
 371      */
 372
 373     // TODO setVisible(true);
 374     DropTarget dt = new DropTarget(vp, this);
 375
 376     vp.addVARNAListener(this);
 377   }
 378
 379   public JPanel getTools()
 380   {
 381     return _tools;
 382   }
 383
 384   public JPanel getListPanel()
 385   {
 386     return _listPanel;
 387   }
 388
 389   /**
 390    * TODO: Is it effective to transfer the whole RNA?
 391    *
 392    * @return Currently selected RNA
 393    */
 394   public RNA getSelectedRNA()
 395   {
 396     return _rnaList.getElementAt(_sideList.getSelectedIndex()).rna;
 397   }
 398
 399   /**
 400    * Substitute currently selected RNA with the edited one
 401    *
 402    * @param rnaEdit
 403    */
 404   public void updateSelectedRNA(RNA rnaEdit)
 405   {
 406     vp.repaint();
 407     vp.showRNA(rnaEdit);
 408   }
 409
 410   /*
 411    * private void RNAPanelDemoInit() { DefaultListModel dlm = new
 412    * DefaultListModel();
 413    *
 414    *
 415    * int marginTools = 40;
 416    *
 417    * DefaultListSelectionModel m = new DefaultListSelectionModel();
 418    * m.setSelectionMode(ListSelectionModel.SINGLE_SELECTION);
 419    * m.setLeadAnchorNotificationEnabled(false);
 420    *
 421    *
 422    * _sideList = new ReorderableJList(); _sideList.setModel(dlm);
 423    * _sideList.addMouseListener(this); _sideList.setSelectionModel(m);
 424    * _sideList.setPreferredSize(new Dimension(100, 0));
 425    * _sideList.addListSelectionListener( new ListSelectionListener(){ public
 426    * void valueChanged(ListSelectionEvent arg0) { //System.out.println(arg0); if
 427    * (!_sideList.isSelectionEmpty() && !arg0.getValueIsAdjusting()) { FullBackup
 428    * sel = (FullBackup) _sideList.getSelectedValue(); Mapping map =
 429    * Mapping.DefaultOutermostMapping(vp.getRNA().getSize(), sel.rna.getSize());
 430    * vp.showRNAInterpolated(sel.rna,sel.config,map);
 431    * _seq.setText(sel.rna.getSeq()); _str.setText(sel.rna.getStructDBN()); } }
 432    * });
 433    *
 434    * _rnaList = new BackupHolder(dlm,_sideList); RNA _RNA1 = new
 435    * RNA("User defined 1"); RNA _RNA2 = new RNA("User defined 2"); try { vp =
 436    * new VARNAPanel("0","."); _RNA1.setRNA(DEFAULT_SEQUENCE,
 437    * DEFAULT_STRUCTURE1); _RNA1.drawRNARadiate(vp.getConfig());
 438    * _RNA2.setRNA(DEFAULT_SEQUENCE, DEFAULT_STRUCTURE2);
 439    * _RNA2.drawRNARadiate(vp.getConfig()); } catch (ExceptionNonEqualLength e) {
 440    * vp.errorDialog(e); } catch (ExceptionUnmatchedClosingParentheses e2) {
 441    * e2.printStackTrace(); } catch (ExceptionFileFormatOrSyntax e3) {
 442    * e3.printStackTrace(); } vp.setPreferredSize(new Dimension(400, 400));
 443    * _rnaList.add(vp.getConfig().clone(),_RNA2,generateDefaultName());
 444    * _rnaList.add(vp.getConfig().clone(),_RNA1,generateDefaultName(),true);
 445    *
 446    * JScrollPane listScroller = new JScrollPane(_sideList);
 447    * listScroller.setPreferredSize(new Dimension(150, 0));
 448    *
 449    * setBackground(_backgroundColor); vp.setBackground(_backgroundColor);
 450    *
 451    *
 452    * Font textFieldsFont = Font.decode("MonoSpaced-PLAIN-12");
 453    *
 454    * _seqLabel.setHorizontalTextPosition(JLabel.LEFT);
 455    * _seqLabel.setPreferredSize(new Dimension(marginTools, 15));
 456    * _seq.setFont(textFieldsFont); _seq.setText(DEFAULT_SEQUENCE);
 457    *
 458    * _createButton.addActionListener(new ActionListener() { public void
 459    * actionPerformed(ActionEvent e) { try { RNA nRNA = new
 460    * RNA(generateDefaultName()); nRNA.setRNA(_seq.getText(), _str.getText());
 461    * nRNA.drawRNARadiate(vp.getConfig()); _rnaList.add(new
 462    * VARNAConfig(),nRNA,true); } catch (ExceptionUnmatchedClosingParentheses e1)
 463    * { JOptionPane.showMessageDialog(vp, e1.getMessage(),"Error",
 464    * JOptionPane.ERROR_MESSAGE); } catch (ExceptionFileFormatOrSyntax e1) {
 465    * JOptionPane.showMessageDialog(vp, e1.getMessage(),"Error",
 466    * JOptionPane.ERROR_MESSAGE); } } });
 467    *
 468    *
 469    * _seqPanel.setLayout(new BorderLayout()); _seqPanel.add(_seqLabel,
 470    * BorderLayout.WEST); _seqPanel.add(_seq, BorderLayout.CENTER);
 471    *
 472    * _strLabel.setPreferredSize(new Dimension(marginTools, 15));
 473    * _strLabel.setHorizontalTextPosition(JLabel.LEFT);
 474    * _str.setFont(textFieldsFont); _strPanel.setLayout(new BorderLayout());
 475    * _strPanel.add(_strLabel, BorderLayout.WEST); _strPanel.add(_str,
 476    * BorderLayout.CENTER);
 477    *
 478    * _input.setLayout(new GridLayout(2, 0)); _input.add(_seqPanel);
 479    * _input.add(_strPanel);
 480    *
 481    * JPanel goPanel = new JPanel(); goPanel.setLayout(new BorderLayout());
 482    *
 483    * _tools.setLayout(new BorderLayout()); _tools.add(_input,
 484    * BorderLayout.CENTER); _tools.add(_info, BorderLayout.SOUTH);
 485    * _tools.add(goPanel, BorderLayout.EAST);
 486    *
 487    * _deleteButton.addActionListener(new ActionListener() { public void
 488    * actionPerformed(ActionEvent e) { _rnaList.removeSelected(); } });
 489    * _duplicateButton.addActionListener(new ActionListener() { public void
 490    * actionPerformed(ActionEvent e) {
 491    * _rnaList.add((VARNAConfig)vp.getConfig().clone
 492    * (),vp.getRNA().clone(),vp.getRNA
 493    * ().getName()+"-"+DateFormat.getTimeInstance(DateFormat.LONG).format(new
 494    * Date()),true); }});
 495    *
 496    * JPanel ops = new JPanel(); ops.setLayout(new GridLayout(1,2));
 497    * ops.add(_deleteButton); ops.add(_duplicateButton);
 498    *
 499    * JLabel j = new JLabel("Structures Manager",JLabel.CENTER);
 500    * _listPanel.setLayout(new BorderLayout());
 501    *
 502    * _listPanel.add(ops,BorderLayout.SOUTH);
 503    * _listPanel.add(j,BorderLayout.NORTH);
 504    * _listPanel.add(listScroller,BorderLayout.CENTER);
 505    *
 506    * goPanel.add(_createButton, BorderLayout.CENTER);
 507    *
 508    * JSplitPane split = new
 509    * JSplitPane(JSplitPane.HORIZONTAL_SPLIT,true,_listPanel,vp);
 510    * getContentPane().setLayout(new BorderLayout()); getContentPane().add(split,
 511    * BorderLayout.CENTER); getContentPane().add(_tools, BorderLayout.NORTH);
 512    *
 513    * setVisible(true); DropTarget dt = new DropTarget(vp, this);
 514    *
 515    * vp.addVARNAListener(this); }
 516    */
 517   public static String generateDefaultName()
 518   {
 519     return "User file #" + _nextID++;
 520   }
 521
 522   public RNA getRNA()
 523   {
 524     return (RNA) _sideList.getSelectedValue();
 525   }
 526
 527   public String[][] getParameterInfo()
 528   {
 529     String[][] info =
 530     {
 531         // Parameter Name Kind of Value Description,
 532         { "sequenceDBN", "String", "A raw RNA sequence" },
 533         { "structureDBN", "String",
 534             "An RNA structure in dot bracket notation (DBN)" },
 535         { errorOpt, "boolean", "To show errors" }, };
 536     return info;
 537   }
 538
 539   public void init()
 540   {
 541     vp.setBackground(_backgroundColor);
 542     _error = true;
 543   }
 544
 545   @SuppressWarnings("unused")
 546   private Color getSafeColor(String col, Color def)
 547   {
 548     Color result;
 549     try
 550     {
 551       result = Color.decode(col);
 552     } catch (Exception e)
 553     {
 554       try
 555       {
 556         result = Color.getColor(col, def);
 557       } catch (Exception e2)
 558       {
 559         return def;
 560       }
 561     }
 562     return result;
 563   }
 564
 565   public VARNAPanel get_varnaPanel()
 566   {
 567     return vp;
 568   }
 569
 570   public void set_varnaPanel(VARNAPanel surface)
 571   {
 572     vp = surface;
 573   }
 574
 575   public String get_seq()
 576   {
 577     return _seq.getText();
 578   }
 579
 580   public void set_seq(String _seq)
 581   {
 582     this._seq.setText(_seq);
 583   }
 584
 585   public String get_str()
 586   {
 587     return _str.getText();
 588   }
 589
 590   public void set_str(String _str)
 591   {
 592     this._str.setText(_str);
 593   }
 594
 595   public JLabel get_info()
 596   {
 597     return _info;
 598   }
 599
 600   public void set_info(JLabel _info)
 601   {
 602     this._info = _info;
 603   }
 604
 605   /*
 606    * public static void main(String[] args) { AppVarnaBinding d = new
 607    * AppVarnaBinding(); d.setDefaultCloseOperation(JFrame.EXIT_ON_CLOSE);
 608    * d.pack(); d.setVisible(true); }
 609    */
 610
 611   public void dragEnter(DropTargetDragEvent arg0)
 612   {
 613     // TODO Auto-generated method stub
 614
 615   }
 616
 617   public void dragExit(DropTargetEvent arg0)
 618   {
 619     // TODO Auto-generated method stub
 620
 621   }
 622
 623   public void dragOver(DropTargetDragEvent arg0)
 624   {
 625     // TODO Auto-generated method stub
 626
 627   }
 628
 629   public void drop(DropTargetDropEvent dtde)
 630   {
 631     try
 632     {
 633       Transferable tr = dtde.getTransferable();
 634       DataFlavor[] flavors = tr.getTransferDataFlavors();
 635       for (int i = 0; i < flavors.length; i++)
 636       {
 637         if (flavors[i].isFlavorJavaFileListType())
 638         {
 639           dtde.acceptDrop(DnDConstants.ACTION_COPY_OR_MOVE);
 640           Object ob = tr.getTransferData(flavors[i]);
 641           if (ob instanceof List)
 642           {
 643             List list = (List) ob;
 644             for (int j = 0; j < list.size(); j++)
 645             {
 646               Object o = list.get(j);
 647
 648               if (dtde.getSource() instanceof DropTarget)
 649               {
 650                 DropTarget dt = (DropTarget) dtde.getSource();
 651                 Component c = dt.getComponent();
 652                 if (c instanceof VARNAPanel)
 653                 {
 654                   String path = o.toString();
 655                   VARNAPanel vp = (VARNAPanel) c;
 656                   try
 657                   {
 658                     FullBackup bck = VARNAPanel.importSession(path);
 659                     _rnaList.add(bck.config, bck.rna, bck.name, true);
 660                   } catch (ExceptionLoadingFailed e3)
 661                   {
 662                     int mn = 1;
 663                     Collection<RNA> mdls = fr.orsay.lri.varna.factories.RNAFactory
 664                             .loadSecStr(path);
 665                     for (RNA r : mdls)
 666                     {
 667                       r.drawRNA(vp.getConfig());
 668                       String name = r.getName();
 669                       if (name.equals(""))
 670                       {
 671                         name = path.substring(path
 672                                 .lastIndexOf(File.separatorChar) + 1);
 673                       }
 674                       if (mdls.size() > 1)
 675                       {
 676                         name += " (Model " + mn++ + ")";
 677                       }
 678                       _rnaList.add(vp.getConfig().clone(), r, name, true);
 679                     }
 680                   }
 681                 }
 682               }
 683             }
 684           }
 685           // If we made it this far, everything worked.
 686           dtde.dropComplete(true);
 687           return;
 688         }
 689       }
 690       // Hmm, the user must not have dropped a file list
 691       dtde.rejectDrop();
 692     } catch (Exception e)
 693     {
 694       e.printStackTrace();
 695       dtde.rejectDrop();
 696     }
 697
 698   }
 699
 700   public void dropActionChanged(DropTargetDragEvent arg0)
 701   {
 702   }
 703
 704   private class BackupHolder
 705   {
 706     private DefaultListModel _rnaList;
 707
 708     private ArrayList<RNA> _rnas = new ArrayList<RNA>();
 709
 710     JList _l;
 711
 712     public BackupHolder(DefaultListModel rnaList, JList l)
 713     {
 714       _rnaList = rnaList;
 715       _l = l;
 716     }
 717
 718     public void add(VARNAConfig c, RNA r)
 719     {
 720       add(c, r, r.getName(), false);
 721     }
 722
 723     public void add(VARNAConfig c, RNA r, boolean select)
 724     {
 725       add(c, r, r.getName(), select);
 726     }
 727
 728     public void add(VARNAConfig c, RNA r, String name)
 729     {
 730       add(c, r, name, false);
 731     }
 732
 733     public void add(VARNAConfig c, RNA r, String name, boolean select)
 734     {
 735       if (select)
 736       {
 737         _l.removeSelectionInterval(0, _rnaList.size());
 738       }
 739       if (name.equals(""))
 740       {
 741         name = generateDefaultName();
 742       }
 743       FullBackup bck = new FullBackup(c, r, name);
 744       _rnas.add(0, r);
 745       _rnaList.add(0, bck);
 746       if (select)
 747       {
 748         _l.setSelectedIndex(0);
 749       }
 750     }
 751
 752     public void remove(int i)
 753     {
 754       _rnas.remove(i);
 755       _rnaList.remove(i);
 756
 757     }
 758
 759     public DefaultListModel getModel()
 760     {
 761       return _rnaList;
 762     }
 763
 764     public boolean contains(RNA r)
 765     {
 766       return _rnas.contains(r);
 767     }
 768
 769     /*
 770      * public int getSize() { return _rnaList.getSize(); }
 771      */
 772     public FullBackup getElementAt(int i)
 773     {
 774       return (FullBackup) _rnaList.getElementAt(i);
 775     }
 776
 777     public void removeSelected()
 778     {
 779       int i = _l.getSelectedIndex();
 780       if (i != -1)
 781       {
 782         if (_rnaList.getSize() == 1)
 783         {
 784           RNA r = new RNA();
 785           try
 786           {
 787             r.setRNA(" ", ".");
 788           } catch (ExceptionUnmatchedClosingParentheses e1)
 789           {
 790           } catch (ExceptionFileFormatOrSyntax e1)
 791           {
 792           }
 793           vp.showRNA(r);
 794           vp.repaint();
 795         }
 796         else
 797         {
 798           int newi = i + 1;
 799           if (newi == _rnaList.getSize())
 800           {
 801             newi = _rnaList.getSize() - 2;
 802           }
 803           FullBackup bck = (FullBackup) _rnaList.getElementAt(newi);
 804           _l.setSelectedValue(bck, true);
 805         }
 806         _rnaList.remove(i);
 807       }
 808
 809     }
 810   }
 811
 812   public void onLayoutChanged()
 813   {
 814     // TODO Auto-generated method stub
 815
 816   }
 817
 818   public void onUINewStructure(VARNAConfig v, RNA r)
 819   {
 820     // patch to fix infinite loop
 821     // The problem is that onUINewStructure is called when user clicks
 822     // check with Yann about whether Jalview should do anything with this event.
 823     // e.g. if user has used VARNA's menu to import a structure .. Jalview may
 824     // need to be told which structure is displayed.
 825
 826     // _rnaList.add(v, r, "", true);
 827   }
 828
 829   public void onWarningEmitted(String s)
 830   {
 831   }
 832
 833   public void mouseClicked(MouseEvent e)
 834   {
 835     if (e.getClickCount() == 2)
 836     {
 837       int index = _sideList.locationToIndex(e.getPoint());
 838       ListModel dlm = _sideList.getModel();
 839       FullBackup item = (FullBackup) dlm.getElementAt(index);
 840       ;
 841       _sideList.ensureIndexIsVisible(index);
 842       /*
 843        * TODO Object newName = JOptionPane.showInputDialog( this,
 844        * "Specify a new name for this RNA", "Rename RNA",
 845        * JOptionPane.QUESTION_MESSAGE, (Icon)null, null, item.toString()); if
 846        * (newName!=null) { item.name = newName.toString();
 847        * this._sideList.repaint(); }
 848        */
 849     }
 850   }
 851
 852   public void mouseEntered(MouseEvent arg0)
 853   {
 854   }
 855
 856   public void mouseExited(MouseEvent arg0)
 857   {
 858   }
 859
 860   public void mousePressed(MouseEvent arg0)
 861   {
 862   }
 863
 864   public void mouseReleased(MouseEvent arg0)
 865   {
 866   }
 867
 868   @Override
 869   public String[] getPdbFile()
 870   {
 871     return null;
 872   }
 873
 874   @Override
 875   public void releaseReferences(Object svl)
 876   {
 877   }
 878
 879   @Override
 880   public void updateColours(Object source)
 881   {
 882   }
 883
 884   @Override
 885   public void componentHidden(ComponentEvent e)
 886   {
 887   }
 888
 889   @Override
 890   public void componentMoved(ComponentEvent e)
 891   {
 892   }
 893
 894   @Override
 895   public void componentResized(ComponentEvent e)
 896   {
 897   }
 898
 899   @Override
 900   public void componentShown(ComponentEvent e)
 901   {
 902   }
 903
 904   @Override
 905   public void onStructureRedrawn()
 906   {
 907   }
 908
 909   @Override
 910   public void onZoomLevelChanged()
 911   {
 912   }
 913
 914   @Override
 915   public void onTranslationChanged()
 916   {
 917   }
 918
 919   @Override
 920   public void highlightAtoms(List<AtomSpec> atoms)
 921   {
 922   }
 923 }