src/jalview/gui/AssociatePdbFileWithSeq.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   3  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.gui;
  19
  20 import javax.swing.JOptionPane;
  21 import javax.xml.parsers.ParserConfigurationException;
  22
  23 import org.xml.sax.SAXException;
  24
  25 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionFileFormatOrSyntax;
  26 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionLoadingFailed;
  27 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionPermissionDenied;
  28 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionUnmatchedClosingParentheses;
  29
  30 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  31 import jalview.datamodel.SequenceI;
  32
  33 /**
  34  * GUI related routines for associating PDB files with sequences
  35  *
  36  * @author JimP
  37  *
  38  */
  39 public class AssociatePdbFileWithSeq
  40 {
  41
  42 /**
  43  * assocate the given PDB file with
  44  * @param choice
  45  * @param sequence
  46  * @throws SAXException
  47  * @throws ParserConfigurationException
  48  * @throws ExceptionFileFormatOrSyntax
  49  * @throws ExceptionLoadingFailed
  50  * @throws ExceptionPermissionDenied
  51  * @throws InterruptedException
  52  * @throws ExceptionUnmatchedClosingParentheses
  53  */
  54   public PDBEntry associatePdbWithSeq(String choice, String protocol, SequenceI sequence, boolean prompt) throws ExceptionFileFormatOrSyntax, ParserConfigurationException, SAXException, ExceptionPermissionDenied, ExceptionLoadingFailed, InterruptedException, ExceptionUnmatchedClosingParentheses
  55   {
  56     PDBEntry entry = new PDBEntry();
  57     try
  58     {
  59
  60                 System.out.println("This is a annotation PDB");
  61
  62
  63       MCview.PDBfile pdbfile = new MCview.PDBfile(choice,
  64               protocol);
  65
  66       if (pdbfile.id == null)
  67       {
  68         String reply = null;
  69
  70         if (prompt)
  71         {
  72           reply = JOptionPane
  73                   .showInternalInputDialog(
  74                           Desktop.desktop,
  75                           "Couldn't find a PDB id in the file supplied."
  76                                   + "Please enter an Id to identify this structure.",
  77                           "No PDB Id in File", JOptionPane.QUESTION_MESSAGE);
  78         }
  79         if (reply == null)
  80         {
  81           return null;
  82         }
  83
  84         entry.setId(reply);
  85       }
  86       else
  87       {
  88         entry.setId(pdbfile.id);
  89       }
  90
  91     } catch (java.io.IOException ex)
  92     {
  93       ex.printStackTrace();
  94     }
  95
  96     entry.setFile(choice);
  97     sequence.getDatasetSequence().addPDBId(entry);
  98     return entry;
  99
 100   }
 101
 102 }