src/jalview/gui/AssociatePdbFileWithSeq.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   3  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.gui;
  19
  20 import javax.swing.JOptionPane;
  21 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  22 import jalview.datamodel.SequenceI;
  23
  24 /**
  25  * GUI related routines for associating PDB files with sequences
  26  *
  27  * @author JimP
  28  *
  29  */
  30 public class AssociatePdbFileWithSeq
  31 {
  32
  33   /**
  34    * assocate the given PDB file with
  35    *
  36    * @param choice
  37    * @param sequence
  38    */
  39   public PDBEntry associatePdbWithSeq(String choice, String protocol,
  40           SequenceI sequence, boolean prompt)
  41   {
  42     PDBEntry entry = new PDBEntry();
  43     try
  44     {
  45       MCview.PDBfile pdbfile = new MCview.PDBfile(choice, protocol);
  46
  47       if (pdbfile.id == null)
  48       {
  49         String reply = null;
  50
  51         if (prompt)
  52         {
  53           reply = JOptionPane
  54                   .showInternalInputDialog(
  55                           Desktop.desktop,
  56                           "Couldn't find a PDB id in the file supplied."
  57                                   + "Please enter an Id to identify this structure.",
  58                           "No PDB Id in File", JOptionPane.QUESTION_MESSAGE);
  59         }
  60         if (reply == null)
  61         {
  62           return null;
  63         }
  64
  65         entry.setId(reply);
  66       }
  67       else
  68       {
  69         entry.setId(pdbfile.id);
  70       }
  71
  72     } catch (java.io.IOException ex)
  73     {
  74       ex.printStackTrace();
  75     }
  76
  77     entry.setFile(choice);
  78     sequence.getDatasetSequence().addPDBId(entry);
  79     return entry;
  80   }
  81 }