src/jalview/gui/BlockRenderer.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import jalview.datamodel.*;\r
   4 import jalview.schemes.*;\r
   5 import jalview.analysis.*;\r
   6 import jalview.util.*;\r
   7 import java.awt.*;\r
   8 import java.util.*;\r
   9 \r
  10 public class BlockRenderer implements RendererI {\r
  11     protected Color   color = Color.black;\r
  12     protected Color   maroon = new Color(200,0,50);\r
  13     protected Color   purple = new Color(255,100,255);\r
  14 \r
  15     public Color getResidueBoxColour(ColourSchemeI cs, SequenceI seq, int i) {\r
  16         Color c = cs.findColour(seq,seq.getSequence(i,i+1),i,null);\r
  17         return c;\r
  18     }\r
  19 \r
  20     public void drawSequence(Graphics g,ColourSchemeI cs,SequenceI seq,int start, int end, int x1, int y1, double width, int height,boolean showScores, boolean displayBoxes, boolean displayText,Vector pid, int seqnum,AlignViewport av) {\r
  21 \r
  22 /*      int i      = start;\r
  23         int length = seq.getLength();\r
  24 \r
  25         Color currentColor = Color.white;\r
  26         Vector kmers = av.getKmers();\r
  27 \r
  28         g.setColor(Color.black);\r
  29 \r
  30         int prev = -1;\r
  31 \r
  32         int seqno = -1;\r
  33 \r
  34         for (int ii = 0; ii < av.getAlignment().getHeight(); ii++) {\r
  35             if (av.getSelection().contains(av.getAlignment().getSequenceAt(ii))) {\r
  36                 seqno = ii;\r
  37             }\r
  38         }\r
  39 \r
  40         int blstart = start - 20;\r
  41         int blend   = end   + 20;\r
  42 \r
  43         if (blstart < 0) {\r
  44             blstart = 0;\r
  45         }\r
  46 \r
  47         if (blend > av.getAlignment().getWidth()) {\r
  48             blend = av.getAlignment().getWidth();\r
  49         }\r
  50 \r
  51         Hashtable blocks = AAFrequency.findBlocks(av.getAlignment().getSequences(),\r
  52                                                   blstart,\r
  53                                                   blend,\r
  54                                                   av.getSelection().asVector());\r
  55 \r
  56         Hashtable hkmer = AlignmentUtil.findKmers(seq,blstart,blend,kmers);\r
  57 \r
  58         boolean   inblock = false;\r
  59 \r
  60         int       bstart = -1;\r
  61         int       blen   = -1;\r
  62         int       klen   = -1;\r
  63         int       block_end = -1;\r
  64         Color bc;\r
  65 \r
  66         // System.out.println("Rendering " + start + " " + end);\r
  67 \r
  68         while (i <= blend && i < length) {\r
  69             boolean foundblock = false;\r
  70 \r
  71             if (blocks.get(new Integer(i-blstart)) != null) {\r
  72 \r
  73                 blen   = ((Integer)blocks.get(new Integer(i-blstart))).intValue();\r
  74 \r
  75                 foundblock = true;\r
  76 \r
  77                 block_end = i + blen-1;\r
  78 \r
  79                 g.setColor(getColor(blen));\r
  80                 g.fillRect(x1+(int)(width*(i-start)),y1,\r
  81                            (int)width+1,             height/2);\r
  82             }\r
  83 \r
  84             boolean foundKmer = false;\r
  85 \r
  86             if (hkmer.get(new Integer(i-blstart)) != null) {\r
  87 \r
  88 \r
  89                 klen   = ((Integer)hkmer.get(new Integer(i-blstart))).intValue();\r
  90 \r
  91                 //              System.out.println("Got kmer " + i + " " + start + " kength " + klen);\r
  92 \r
  93                 foundKmer = true;\r
  94 \r
  95                 g.setColor(Color.lightGray);\r
  96 \r
  97                 if ((int)width> 5) {\r
  98                     g.fillRect(x1+(int)(width*(i-start)),y1+height/2,\r
  99                                (int)(width*klen)+1,             height/2);\r
 100                 } else {\r
 101                     g.fillRect(x1+(int)(width*(i-start)),y1+height/2,\r
 102                                (int)(width*klen)+1,             height/2);\r
 103 \r
 104                 }\r
 105 \r
 106             }\r
 107 \r
 108             if (width > 5) {\r
 109                 g.setColor(Color.black);\r
 110                 g.drawString(seq.getSequence().substring(i,i+1),x1+(int)(width*(i-start)),y1+height);\r
 111             }\r
 112             i++;\r
 113         }*/\r
 114     }\r
 115 \r
 116     public Color getColor(int blen) {\r
 117 \r
 118         Color bc;\r
 119 \r
 120         if (blen > 20 ) {\r
 121             bc = Color.yellow;\r
 122         }else if (blen > 10) {\r
 123             bc = Color.red;\r
 124         } else if (blen > 5) {\r
 125             bc = Color.blue;\r
 126         } else if (blen > 2) {\r
 127             bc = purple;\r
 128         } else if (blen == 2) {\r
 129             bc = Color.orange;\r
 130 \r
 131         } else {\r
 132             bc = Color.lightGray;\r
 133         }\r
 134         return bc;\r
 135     }\r
 136 }\r