src/jalview/gui/CpGRenderer.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 import jalview.datamodel.*;\r
   3 import jalview.schemes.*;\r
   4 import jalview.util.*;\r
   5 import jalview.analysis.*;\r
   6 import java.awt.*;\r
   7 import java.awt.geom.*;\r
   8 import java.util.*;\r
   9 \r
  10 public class CpGRenderer implements RendererI {\r
  11     protected Color   color = Color.black;\r
  12 \r
  13     public Color getResidueBoxColour(ColourSchemeI cs, SequenceI seq, int i) {\r
  14         Color c = cs.findColour(seq,seq.getSequence(i,i+1),i,null);\r
  15         return c;\r
  16     }\r
  17 \r
  18     public void drawSequence(Graphics g,ColourSchemeI cs,SequenceI seq,int start, int end, int x1, int y1, double width, int height,boolean showScores, boolean displayBoxes, boolean displayText,Vector pid, int seqnum,AlignViewport av) {\r
  19 \r
  20         int i      = start;\r
  21         int length = seq.getLength();\r
  22 \r
  23         Color currentColor = Color.white;\r
  24 \r
  25         g.setColor(Color.black);\r
  26 \r
  27         int window = 1000;\r
  28         int max    = window/5;\r
  29 \r
  30         int step = window/10;\r
  31 \r
  32         if (step > window) {\r
  33           step = window;\r
  34         }\r
  35 \r
  36         if (window < 2) {\r
  37            window = 2;\r
  38            step = 1;\r
  39         }\r
  40 \r
  41         int cpgstart = start;\r
  42         int cpgend   = end;\r
  43 \r
  44         if (cpgstart <= window/2 ) {\r
  45             cpgstart = window/2;\r
  46         }\r
  47         if (cpgend+window/2 >= length) {\r
  48             cpgend = length-window/2;\r
  49         }\r
  50 \r
  51         Hashtable vals = AAFrequency.findKmerCount(seq,cpgstart,cpgend,window,step,av.getKmers());\r
  52 \r
  53         Enumeration en = vals.keys();\r
  54 \r
  55         Vector valset = new Vector();\r
  56 \r
  57         while (en.hasMoreElements()) {\r
  58             valset.add((Integer)en.nextElement());\r
  59         }\r
  60         Collections.sort(valset);\r
  61 \r
  62         g.setColor(Color.black);\r
  63 \r
  64         int j = 0;\r
  65 \r
  66         while (j < valset.size()) {\r
  67 \r
  68             Integer posInt = (Integer)valset.elementAt(j);\r
  69             int     count  = ((Integer)vals.get(posInt)).intValue();\r
  70             int     pos    = posInt.intValue();\r
  71 \r
  72             if (count > 40) {\r
  73                g.setColor(Color.red);\r
  74             } else {\r
  75                g.setColor(Color.black);\r
  76             }\r
  77 \r
  78             g.fillRect(x1 + (int)(width*(pos-start-width/2)),\r
  79                        y1+height - (int)(count*height/max),\r
  80                        (int)(step*width),\r
  81                        (int)(count*height/max));\r
  82 \r
  83             j++;\r
  84         }\r
  85     }\r
  86 \r
  87 }\r