src/jalview/gui/CutAndPasteTransfer.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.api.AlignViewportI;
  24 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  25 import jalview.api.ComplexAlignFile;
  26 import jalview.api.FeaturesDisplayedI;
  27 import jalview.bin.Jalview;
  28 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  29 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  30 import jalview.datamodel.SequenceI;
  31 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  32 import jalview.io.FileParse;
  33 import jalview.io.FormatAdapter;
  34 import jalview.io.IdentifyFile;
  35 import jalview.io.JalviewFileChooser;
  36 import jalview.io.JalviewFileView;
  37 import jalview.jbgui.GCutAndPasteTransfer;
  38 import jalview.json.binding.biojson.v1.ColourSchemeMapper;
  39 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  40 import jalview.util.MessageManager;
  41
  42 import java.awt.Toolkit;
  43 import java.awt.datatransfer.Clipboard;
  44 import java.awt.datatransfer.DataFlavor;
  45 import java.awt.datatransfer.StringSelection;
  46 import java.awt.datatransfer.Transferable;
  47 import java.awt.event.ActionEvent;
  48 import java.awt.event.ActionListener;
  49 import java.awt.event.MouseEvent;
  50
  51 import javax.swing.JMenuItem;
  52 import javax.swing.JOptionPane;
  53 import javax.swing.JPopupMenu;
  54 import javax.swing.SwingUtilities;
  55
  56 /**
  57  * Cut'n'paste files into the desktop See JAL-1105
  58  *
  59  * @author $author$
  60  * @version $Revision$
  61  */
  62 public class CutAndPasteTransfer extends GCutAndPasteTransfer
  63 {
  64
  65   AlignmentViewPanel alignpanel;
  66
  67   AlignViewportI viewport;
  68
  69   FileParse source = null;
  70
  71   public CutAndPasteTransfer()
  72   {
  73     SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
  74     {
  75       @Override
  76       public void run()
  77       {
  78         textarea.requestFocus();
  79       }
  80     });
  81
  82   }
  83
  84   /**
  85    * DOCUMENT ME!
  86    */
  87   public void setForInput(AlignmentViewPanel viewpanel)
  88   {
  89     this.alignpanel = viewpanel;
  90     if (alignpanel != null)
  91     {
  92       this.viewport = alignpanel.getAlignViewport();
  93     }
  94     if (viewport != null)
  95     {
  96       ok.setText(MessageManager.getString("action.add"));
  97     }
  98
  99     getContentPane().add(inputButtonPanel, java.awt.BorderLayout.SOUTH);
 100   }
 101
 102   /**
 103    * DOCUMENT ME!
 104    *
 105    * @return DOCUMENT ME!
 106    */
 107   public String getText()
 108   {
 109     return textarea.getText();
 110   }
 111
 112   /**
 113    * DOCUMENT ME!
 114    *
 115    * @param text
 116    *          DOCUMENT ME!
 117    */
 118   public void setText(String text)
 119   {
 120     textarea.setText(text);
 121   }
 122
 123   public void appendText(String text)
 124   {
 125     textarea.append(text);
 126   }
 127
 128   @Override
 129   public void save_actionPerformed(ActionEvent e)
 130   {
 131     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
 132             jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"));
 133
 134     chooser.setAcceptAllFileFilterUsed(false);
 135     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 136     chooser.setDialogTitle(MessageManager
 137             .getString("label.save_text_to_file"));
 138     chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.save"));
 139
 140     int value = chooser.showSaveDialog(this);
 141
 142     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 143     {
 144       try
 145       {
 146         java.io.PrintWriter out = new java.io.PrintWriter(
 147                 new java.io.FileWriter(chooser.getSelectedFile()));
 148
 149         out.print(getText());
 150         out.close();
 151       } catch (Exception ex)
 152       {
 153         ex.printStackTrace();
 154       }
 155
 156     }
 157   }
 158
 159   /**
 160    * DOCUMENT ME!
 161    *
 162    * @param e
 163    *          DOCUMENT ME!
 164    */
 165   @Override
 166   public void copyItem_actionPerformed(ActionEvent e)
 167   {
 168     textarea.getSelectedText();
 169     Clipboard c = Toolkit.getDefaultToolkit().getSystemClipboard();
 170     c.setContents(new StringSelection(textarea.getSelectedText()), null);
 171   }
 172
 173   /**
 174    * DOCUMENT ME!
 175    *
 176    * @param e
 177    *          DOCUMENT ME!
 178    */
 179   @Override
 180   public void pasteMenu_actionPerformed(ActionEvent e)
 181   {
 182     Clipboard c = Toolkit.getDefaultToolkit().getSystemClipboard();
 183     Transferable contents = c.getContents(this);
 184
 185     if (contents == null)
 186     {
 187       return;
 188     }
 189
 190     try
 191     {
 192       textarea.append((String) contents
 193               .getTransferData(DataFlavor.stringFlavor));
 194     } catch (Exception ex)
 195     {
 196     }
 197   }
 198
 199   /**
 200    * DOCUMENT ME!
 201    *
 202    * @param e
 203    *          DOCUMENT ME!
 204    */
 205   @Override
 206   public void ok_actionPerformed(ActionEvent e)
 207   {
 208     String text = getText();
 209     if (text.trim().length() < 1)
 210     {
 211       return;
 212     }
 213
 214     String format = new IdentifyFile().identify(text, "Paste");
 215     if (format == null || format.equalsIgnoreCase("EMPTY DATA FILE"))
 216     {
 217       System.err.println(MessageManager
 218               .getString("label.couldnt_read_data"));
 219       if (!Jalview.isHeadlessMode())
 220       {
 221         javax.swing.JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 222                 AppletFormatAdapter.SUPPORTED_FORMATS,
 223                 MessageManager.getString("label.couldnt_read_data"),
 224                 JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 225       }
 226       return;
 227     }
 228
 229     // TODO: identify feature, annotation or tree file and parse appropriately.
 230     AlignmentI al = null;
 231
 232     if (FormatAdapter.isValidFormat(format))
 233     {
 234       try
 235       {
 236         FormatAdapter fa = new FormatAdapter(alignpanel);
 237         al = fa.readFile(getText(), "Paste", format);
 238         source = fa.getAlignFile();
 239
 240       } catch (java.io.IOException ex)
 241       {
 242         JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 243                 MessageManager.formatMessage(
 244                         "label.couldnt_read_pasted_text",
 245                         new String[] { ex.toString() }), MessageManager
 246                         .getString("label.error_parsing_text"),
 247                 JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 248       }
 249     }
 250
 251     if (al != null && al.hasValidSequence())
 252     {
 253       String title = MessageManager.formatMessage(
 254               "label.input_cut_paste_params", new String[] { format });
 255       /*
 256        * if the view panel was closed its alignment is nulled
 257        * and this is an orphaned cut and paste window
 258        */
 259       if (viewport != null && viewport.getAlignment() != null)
 260       {
 261         ((AlignViewport) viewport).addAlignment(al, title);
 262       }
 263       else
 264       {
 265
 266         AlignFrame af;
 267         if (source instanceof ComplexAlignFile)
 268         {
 269           ColumnSelection colSel = ((ComplexAlignFile) source)
 270                   .getColumnSelection();
 271           SequenceI[] hiddenSeqs = ((ComplexAlignFile) source)
 272                   .getHiddenSequences();
 273           boolean showSeqFeatures = ((ComplexAlignFile) source)
 274                   .isShowSeqFeatures();
 275           String colourSchemeName = ((ComplexAlignFile) source)
 276                   .getGlobalColourScheme();
 277           FeaturesDisplayedI fd = ((ComplexAlignFile) source)
 278                   .getDisplayedFeatures();
 279           af = new AlignFrame(al, hiddenSeqs, colSel,
 280                   AlignFrame.DEFAULT_WIDTH, AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 281           af.getViewport().setShowSequenceFeatures(showSeqFeatures);
 282           af.getViewport().setFeaturesDisplayed(fd);
 283           ColourSchemeI cs = ColourSchemeMapper.getJalviewColourScheme(
 284                   colourSchemeName, al);
 285           if (cs != null)
 286           {
 287             af.changeColour(cs);
 288           }
 289         }
 290         else
 291         {
 292           af = new AlignFrame(al, AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 293                   AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 294         }
 295
 296         af.currentFileFormat = format;
 297         Desktop.addInternalFrame(af, title, AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 298                 AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 299         af.statusBar.setText(MessageManager
 300                 .getString("label.successfully_pasted_alignment_file"));
 301
 302         try
 303         {
 304           af.setMaximum(jalview.bin.Cache.getDefault("SHOW_FULLSCREEN",
 305                   false));
 306         } catch (Exception ex)
 307         {
 308         }
 309       }
 310     }
 311     else
 312     {
 313       System.err.println(MessageManager
 314               .getString("label.couldnt_read_data"));
 315       if (!Jalview.isHeadlessMode())
 316       {
 317         javax.swing.JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 318                 AppletFormatAdapter.SUPPORTED_FORMATS,
 319                 MessageManager.getString("label.couldnt_read_data"),
 320                 JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 321       }
 322     }
 323   }
 324
 325   /**
 326    * DOCUMENT ME!
 327    *
 328    * @param e
 329    *          DOCUMENT ME!
 330    */
 331   @Override
 332   public void cancel_actionPerformed(ActionEvent e)
 333   {
 334     try
 335     {
 336       this.setClosed(true);
 337     } catch (Exception ex)
 338     {
 339     }
 340   }
 341
 342   @Override
 343   public void textarea_mousePressed(MouseEvent e)
 344   {
 345     if (SwingUtilities.isRightMouseButton(e))
 346     {
 347       JPopupMenu popup = new JPopupMenu(
 348               MessageManager.getString("action.edit"));
 349       JMenuItem item = new JMenuItem(
 350               MessageManager.getString("action.copy"));
 351       item.addActionListener(new ActionListener()
 352       {
 353         @Override
 354         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 355         {
 356           copyItem_actionPerformed(e);
 357         }
 358       });
 359       popup.add(item);
 360       item = new JMenuItem(MessageManager.getString("action.paste"));
 361       item.addActionListener(new ActionListener()
 362       {
 363         @Override
 364         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 365         {
 366           pasteMenu_actionPerformed(e);
 367         }
 368       });
 369       popup.add(item);
 370       popup.show(this, e.getX() + 10, e.getY() + textarea.getY() + 40);
 371
 372     }
 373   }
 374
 375 }