src/jalview/gui/CutAndPasteTransfer.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.api.AlignViewportI;
  24 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  25 import jalview.api.ComplexAlignFile;
  26 import jalview.api.FeaturesDisplayedI;
  27 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  28 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  29 import jalview.datamodel.SequenceI;
  30 import jalview.io.FileParse;
  31 import jalview.io.FormatAdapter;
  32 import jalview.io.IdentifyFile;
  33 import jalview.io.JalviewFileChooser;
  34 import jalview.io.JalviewFileView;
  35 import jalview.jbgui.GCutAndPasteTransfer;
  36 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  37 import jalview.util.MessageManager;
  38
  39 import java.awt.Toolkit;
  40 import java.awt.datatransfer.Clipboard;
  41 import java.awt.datatransfer.DataFlavor;
  42 import java.awt.datatransfer.StringSelection;
  43 import java.awt.datatransfer.Transferable;
  44 import java.awt.event.ActionEvent;
  45 import java.awt.event.ActionListener;
  46 import java.awt.event.MouseEvent;
  47
  48 import javax.swing.JMenuItem;
  49 import javax.swing.JOptionPane;
  50 import javax.swing.JPopupMenu;
  51 import javax.swing.SwingUtilities;
  52
  53 /**
  54  * Cut'n'paste files into the desktop See JAL-1105
  55  *
  56  * @author $author$
  57  * @version $Revision$
  58  */
  59 public class CutAndPasteTransfer extends GCutAndPasteTransfer
  60 {
  61
  62   AlignmentViewPanel alignpanel;
  63
  64   AlignViewportI viewport;
  65
  66   FileParse source = null;
  67   public CutAndPasteTransfer()
  68   {
  69     SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
  70     {
  71       public void run()
  72       {
  73         textarea.requestFocus();
  74       }
  75     });
  76
  77   }
  78
  79   /**
  80    * DOCUMENT ME!
  81    */
  82   public void setForInput(AlignmentViewPanel viewpanel)
  83   {
  84     this.alignpanel = viewpanel;
  85     if (alignpanel != null)
  86     {
  87       this.viewport = alignpanel.getAlignViewport();
  88     }
  89     if (viewport != null)
  90     {
  91       ok.setText(MessageManager.getString("action.add"));
  92     }
  93
  94     getContentPane().add(inputButtonPanel, java.awt.BorderLayout.SOUTH);
  95   }
  96
  97   /**
  98    * DOCUMENT ME!
  99    *
 100    * @return DOCUMENT ME!
 101    */
 102   public String getText()
 103   {
 104     return textarea.getText();
 105   }
 106
 107   /**
 108    * DOCUMENT ME!
 109    *
 110    * @param text
 111    *          DOCUMENT ME!
 112    */
 113   public void setText(String text)
 114   {
 115     textarea.setText(text);
 116   }
 117
 118   public void appendText(String text)
 119   {
 120     textarea.append(text);
 121   }
 122
 123   public void save_actionPerformed(ActionEvent e)
 124   {
 125     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
 126             jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"));
 127
 128     chooser.setAcceptAllFileFilterUsed(false);
 129     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 130     chooser.setDialogTitle(MessageManager.getString("label.save_text_to_file"));
 131     chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.save"));
 132
 133     int value = chooser.showSaveDialog(this);
 134
 135     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 136     {
 137       try
 138       {
 139         java.io.PrintWriter out = new java.io.PrintWriter(
 140                 new java.io.FileWriter(chooser.getSelectedFile()));
 141
 142         out.print(getText());
 143         out.close();
 144       } catch (Exception ex)
 145       {
 146         ex.printStackTrace();
 147       }
 148
 149     }
 150   }
 151
 152   /**
 153    * DOCUMENT ME!
 154    *
 155    * @param e
 156    *          DOCUMENT ME!
 157    */
 158   public void copyItem_actionPerformed(ActionEvent e)
 159   {
 160     textarea.getSelectedText();
 161     Clipboard c = Toolkit.getDefaultToolkit().getSystemClipboard();
 162     c.setContents(new StringSelection(textarea.getSelectedText()), null);
 163   }
 164
 165   /**
 166    * DOCUMENT ME!
 167    *
 168    * @param e
 169    *          DOCUMENT ME!
 170    */
 171   public void pasteMenu_actionPerformed(ActionEvent e)
 172   {
 173     Clipboard c = Toolkit.getDefaultToolkit().getSystemClipboard();
 174     Transferable contents = c.getContents(this);
 175
 176     if (contents == null)
 177     {
 178       return;
 179     }
 180
 181     try
 182     {
 183       textarea.append((String) contents
 184               .getTransferData(DataFlavor.stringFlavor));
 185     } catch (Exception ex)
 186     {
 187     }
 188   }
 189
 190   /**
 191    * DOCUMENT ME!
 192    *
 193    * @param e
 194    *          DOCUMENT ME!
 195    */
 196   public void ok_actionPerformed(ActionEvent e)
 197   {
 198     String text = getText();
 199     if (text.trim().length() < 1)
 200     {
 201       return;
 202     }
 203
 204     String format = new IdentifyFile().Identify(text, "Paste");
 205     // TODO: identify feature, annotation or tree file and parse appropriately.
 206     AlignmentI al = null;
 207
 208     if (FormatAdapter.isValidFormat(format))
 209     {
 210       try
 211       {
 212         FormatAdapter fa = new FormatAdapter(alignpanel);
 213         al = fa.readFile(getText(), "Paste", format);
 214         source = fa.getAlignFile();
 215
 216       } catch (java.io.IOException ex)
 217       {
 218         JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 219                 MessageManager.formatMessage(
 220                         "label.couldnt_read_pasted_text", new String[]
 221                         { ex.toString() }), MessageManager
 222                         .getString("label.error_parsing_text"),
 223                 JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 224       }
 225     }
 226
 227     if (al != null)
 228     {
 229       String title = MessageManager.formatMessage(
 230               "label.input_cut_paste_params", new String[]
 231               { format });
 232       if (viewport != null)
 233       {
 234         ((AlignViewport) viewport).addAlignment(al, title);
 235       }
 236       else
 237       {
 238
 239         AlignFrame af;
 240         if (source instanceof ComplexAlignFile)
 241         {
 242           ColumnSelection colSel = ((ComplexAlignFile) source)
 243                   .getColumnSelection();
 244           SequenceI[] hiddenSeqs = ((ComplexAlignFile) source)
 245                   .getHiddenSequences();
 246           boolean showSeqFeatures = ((ComplexAlignFile) source)
 247                   .isShowSeqFeatures();
 248           ColourSchemeI cs = ((ComplexAlignFile) source).getColourScheme();
 249           FeaturesDisplayedI fd = ((ComplexAlignFile) source)
 250                   .getDisplayedFeatures();
 251           af = new AlignFrame(al, hiddenSeqs, colSel,
 252                   AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 253                   AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 254           af.getViewport().setShowSequenceFeatures(showSeqFeatures);
 255           af.getViewport().setFeaturesDisplayed(fd);
 256           af.changeColour(cs);
 257         }
 258         else
 259         {
 260           af = new AlignFrame(al, AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 261                   AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 262         }
 263
 264         af.currentFileFormat = format;
 265         Desktop.addInternalFrame(af, title, AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 266                 AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 267         af.statusBar.setText(MessageManager
 268                 .getString("label.successfully_pasted_alignment_file"));
 269
 270         try
 271         {
 272           af.setMaximum(jalview.bin.Cache.getDefault("SHOW_FULLSCREEN",
 273                   false));
 274         } catch (Exception ex)
 275         {
 276         }
 277       }
 278     }
 279   }
 280
 281
 282   /**
 283    * DOCUMENT ME!
 284    *
 285    * @param e
 286    *          DOCUMENT ME!
 287    */
 288   public void cancel_actionPerformed(ActionEvent e)
 289   {
 290     try
 291     {
 292       this.setClosed(true);
 293     } catch (Exception ex)
 294     {
 295     }
 296   }
 297
 298   public void textarea_mousePressed(MouseEvent e)
 299   {
 300     if (SwingUtilities.isRightMouseButton(e))
 301     {
 302       JPopupMenu popup = new JPopupMenu(
 303               MessageManager.getString("action.edit"));
 304       JMenuItem item = new JMenuItem(
 305               MessageManager.getString("action.copy"));
 306       item.addActionListener(new ActionListener()
 307       {
 308         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 309         {
 310           copyItem_actionPerformed(e);
 311         }
 312       });
 313       popup.add(item);
 314       item = new JMenuItem(MessageManager.getString("action.paste"));
 315       item.addActionListener(new ActionListener()
 316       {
 317         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 318         {
 319           pasteMenu_actionPerformed(e);
 320         }
 321       });
 322       popup.add(item);
 323       popup.show(this, e.getX() + 10, e.getY() + textarea.getY() + 40);
 324
 325     }
 326   }
 327
 328 }