src/jalview/gui/DasSourceBrowser.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4)\r
   3  * Copyright (C) 2008 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  * \r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  * \r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  * \r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import java.util.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 import java.awt.event.*;\r
  25 import javax.swing.*;\r
  26 import javax.swing.event.*;\r
  27 import javax.swing.table.*;\r
  28 \r
  29 import org.biojava.dasobert.dasregistry.*;\r
  30 import jalview.jbgui.*;\r
  31 import jalview.util.*;\r
  32 \r
  33 public class DasSourceBrowser extends GDasSourceBrowser implements\r
  34         Runnable, ListSelectionListener\r
  35 {\r
  36   static DasSource[] dasSources = null;\r
  37 \r
  38   Hashtable localSources = null;\r
  39 \r
  40   Vector selectedSources;\r
  41 \r
  42   public static String DEFAULT_REGISTRY = "http://www.dasregistry.org/das1/sources/";\r
  43 \r
  44   /**\r
  45    * true if thread is running and we are talking to DAS registry service\r
  46    */\r
  47   public boolean loadingDasSources = false;\r
  48 \r
  49   protected static String getDasRegistryURL()\r
  50   {\r
  51     String registry = jalview.bin.Cache.getDefault("DAS_REGISTRY_URL",\r
  52             DEFAULT_REGISTRY);\r
  53 \r
  54     if (registry.indexOf("/registry/das1/sources/") > -1)\r
  55     {\r
  56       jalview.bin.Cache.setProperty(jalview.bin.Cache.DAS_REGISTRY_URL, DEFAULT_REGISTRY);\r
  57       registry = DEFAULT_REGISTRY;\r
  58     }\r
  59     return registry;\r
  60   }\r
  61 \r
  62   public DasSourceBrowser()\r
  63   {\r
  64     String registry = getDasRegistryURL();\r
  65 \r
  66     registryURL.setText(registry);\r
  67 \r
  68     setSelectedFromProperties();\r
  69 \r
  70     displayFullDetails(null);\r
  71     table.setSelectionMode(ListSelectionModel.SINGLE_SELECTION);\r
  72 \r
  73     filter1.addListSelectionListener(this);\r
  74     filter2.addListSelectionListener(this);\r
  75     filter3.addListSelectionListener(this);\r
  76 \r
  77     // Ask to be notified of selection changes.\r
  78     ListSelectionModel rowSM = table.getSelectionModel();\r
  79     rowSM.addListSelectionListener(new ListSelectionListener()\r
  80     {\r
  81       public void valueChanged(ListSelectionEvent e)\r
  82       {\r
  83         ListSelectionModel lsm = (ListSelectionModel) e.getSource();\r
  84         if (!lsm.isSelectionEmpty())\r
  85         {\r
  86           int selectedRow = lsm.getMinSelectionIndex();\r
  87           displayFullDetails(table.getValueAt(selectedRow, 0).toString());\r
  88         }\r
  89       }\r
  90     });\r
  91 \r
  92     table.addMouseListener(new MouseAdapter()\r
  93     {\r
  94       public void mouseClicked(MouseEvent evt)\r
  95       {\r
  96         if (evt.getClickCount() == 2\r
  97                 || SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
  98         {\r
  99           editRemoveLocalSource(evt);\r
 100         }\r
 101       }\r
 102     });\r
 103 \r
 104     if (dasSources != null)\r
 105     {\r
 106       init();\r
 107     }\r
 108   }\r
 109 \r
 110   public void paintComponent(java.awt.Graphics g)\r
 111   {\r
 112     if (dasSources == null && !loadingDasSources)\r
 113     {\r
 114       Thread worker = new Thread(this);\r
 115       worker.start();\r
 116     }\r
 117   }\r
 118 \r
 119   void init()\r
 120   {\r
 121     int dSize = dasSources.length;\r
 122     Object[][] data = new Object[dSize][2];\r
 123     for (int i = 0; i < dSize; i++)\r
 124     {\r
 125       data[i][0] = dasSources[i].getNickname();\r
 126       data[i][1] = new Boolean(selectedSources.contains(dasSources[i]\r
 127               .getNickname()));\r
 128     }\r
 129 \r
 130     refreshTableData(data);\r
 131     setCapabilities(dasSources);\r
 132 \r
 133     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 134     {\r
 135       public void run()\r
 136       {\r
 137         TableSorter sorter = (TableSorter) table.getModel();\r
 138         sorter.setSortingStatus(1, TableSorter.DESCENDING);\r
 139         sorter.setSortingStatus(1, TableSorter.NOT_SORTED);\r
 140       }\r
 141     });\r
 142 \r
 143     progressBar.setIndeterminate(false);\r
 144     progressBar.setVisible(false);\r
 145     addLocal.setVisible(true);\r
 146     refresh.setVisible(true);\r
 147   }\r
 148 \r
 149   public void refreshTableData(Object[][] data)\r
 150   {\r
 151     TableSorter sorter = new TableSorter(new DASTableModel(data));\r
 152     sorter.setTableHeader(table.getTableHeader());\r
 153     table.setModel(sorter);\r
 154   }\r
 155 \r
 156   void displayFullDetails(String nickName)\r
 157   {\r
 158 \r
 159     StringBuffer text = new StringBuffer(\r
 160             "<HTML><font size=\"2\" face=\"Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif\">");\r
 161 \r
 162     if (nickName == null)\r
 163     {\r
 164       fullDetails.setText(text + "Select a DAS service from the table"\r
 165               + " to read a full description here.</font></html>");\r
 166       return;\r
 167     }\r
 168 \r
 169     int dSize = dasSources.length;\r
 170     for (int i = 0; i < dSize; i++)\r
 171     {\r
 172       if (!dasSources[i].getNickname().equals(nickName))\r
 173       {\r
 174         continue;\r
 175       }\r
 176 \r
 177       DasSource ds = dasSources[i];\r
 178 \r
 179       text.append("<font color=\"#0000FF\">Id:</font> "\r
 180               + dasSources[i].getId() + "<br>");\r
 181       text.append("<font color=\"#0000FF\">Nickname:</font> "\r
 182               + dasSources[i].getNickname() + "<br>");\r
 183       text.append("<font color=\"#0000FF\">URL:</font> "\r
 184               + dasSources[i].getUrl() + "<br>");\r
 185 \r
 186       text\r
 187               .append("<font color=\"#0000FF\">Admin Email:</font> <a href=\"mailto:"\r
 188                       + dasSources[i].getAdminemail()\r
 189                       + "\">"\r
 190                       + dasSources[i].getAdminemail() + "</a>" + "<br>");\r
 191 \r
 192       text.append("<font color=\"#0000FF\">Registered at:</font> "\r
 193               + dasSources[i].getRegisterDate() + "<br>");\r
 194 \r
 195       text.append("<font color=\"#0000FF\">Last successful test:</font> "\r
 196               + dasSources[i].getLeaseDate() + "<br>");\r
 197 \r
 198       text.append("<font color=\"#0000FF\">Labels:</font> ");\r
 199       for (int s = 0; s < dasSources[i].getLabels().length; s++)\r
 200       {\r
 201         text.append(dasSources[i].getLabels()[s]);\r
 202         if (s < dasSources[i].getLabels().length - 1)\r
 203         {\r
 204           text.append(",");\r
 205         }\r
 206         text.append(" ");\r
 207       }\r
 208       text.append("<br>");\r
 209 \r
 210       text.append("<font color=\"#0000FF\">Capabilities:</font> ");\r
 211       String[] scap = dasSources[i].getCapabilities();\r
 212       for (int j = 0; j < scap.length; j++)\r
 213       {\r
 214         text.append(scap[j]);\r
 215         if (j < scap.length - 1)\r
 216         {\r
 217           text.append(", ");\r
 218         }\r
 219       }\r
 220       text.append("<br>");\r
 221 \r
 222       text.append("<font color=\"#0000FF\">Coordinates:</font> ");\r
 223       DasCoordinateSystem[] dcs = ds.getCoordinateSystem();\r
 224       for (int j = 0; j < dcs.length; j++)\r
 225       {\r
 226         text.append("(" + dcs[j].getUniqueId() + ") "\r
 227                 + dcs[j].getCategory() + ", " + dcs[j].getName());\r
 228         if (dcs[j].getNCBITaxId() != 0)\r
 229         {\r
 230           text.append(", " + dcs[j].getNCBITaxId());\r
 231         }\r
 232         if (dcs[j].getOrganismName().length() > 0)\r
 233         {\r
 234           text.append(", " + dcs[j].getOrganismName());\r
 235         }\r
 236 \r
 237         text.append("<br>");\r
 238       }\r
 239 \r
 240       text.append("<font color=\"#0000FF\">Description:</font> "\r
 241               + dasSources[i].getDescription() + "<br>");\r
 242 \r
 243       if (dasSources[i].getHelperurl() != null\r
 244               && dasSources[i].getHelperurl().length() > 0)\r
 245       {\r
 246         text.append("<font color=\"#0000FF\"><a href=\""\r
 247                 + dasSources[i].getHelperurl()\r
 248                 + "\">Go to site</a></font<br>");\r
 249       }\r
 250 \r
 251       text.append("</font></html>");\r
 252 \r
 253       break;\r
 254     }\r
 255 \r
 256     fullDetails.setText(text.toString());\r
 257     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 258     {\r
 259       public void run()\r
 260       {\r
 261         fullDetailsScrollpane.getVerticalScrollBar().setValue(0);\r
 262       }\r
 263     });\r
 264   }\r
 265 \r
 266   public void run()\r
 267   {\r
 268     loadingDasSources = true;\r
 269 \r
 270     addLocal.setVisible(false);\r
 271     refresh.setVisible(false);\r
 272     progressBar.setVisible(true);\r
 273     progressBar.setIndeterminate(true);\r
 274     // Refresh the source list.\r
 275     dasSources = null;\r
 276     getDASSource();\r
 277 \r
 278     init();\r
 279 \r
 280     loadingDasSources = false;\r
 281 \r
 282   }\r
 283 \r
 284   public Vector getSelectedSources()\r
 285   {\r
 286     // wait around if we're still loading.\r
 287     while (dasSources ==null) {\r
 288       if (!loadingDasSources)\r
 289       {\r
 290         new Thread(this).start();\r
 291         try { Thread.sleep(5); } catch (Exception e) {};\r
 292         while (loadingDasSources)\r
 293         {\r
 294           try { Thread.sleep(5); } catch (Exception e) {}; \r
 295         };\r
 296       }\r
 297     }\r
 298       \r
 299     Vector selected = new Vector();\r
 300     for (int r = 0; r < selectedSources.size(); r++)\r
 301     {\r
 302       for (int i = 0; i < dasSources.length; i++)\r
 303       {\r
 304         if (dasSources[i].getNickname()\r
 305                 .equals(selectedSources.elementAt(r)))\r
 306         {\r
 307           selected.addElement(dasSources[i]);\r
 308           break;\r
 309         }\r
 310       }\r
 311     }\r
 312 \r
 313     return selected;\r
 314   }\r
 315 \r
 316   /**\r
 317    * retrieve das sources from registry and add local source list\r
 318    * \r
 319    * @return\r
 320    */\r
 321   public DasSource[] getDASSource()\r
 322   {\r
 323     if (dasSources == null)\r
 324     {\r
 325       dasSources = jalview.ws.DasSequenceFeatureFetcher.getDASSources();\r
 326       appendLocalSources();\r
 327     }\r
 328 \r
 329     return dasSources;\r
 330   }\r
 331 \r
 332   public void refresh_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 333   {\r
 334     saveProperties(jalview.bin.Cache.applicationProperties);\r
 335 \r
 336     Thread worker = new Thread(this);\r
 337     worker.start();\r
 338   }\r
 339 \r
 340   private void setCapabilities(DasSource[] sources)\r
 341   {\r
 342     Vector authority = new Vector();\r
 343     Vector type = new Vector();\r
 344     Vector label = new Vector();\r
 345 \r
 346     authority.addElement("Any");\r
 347     type.addElement("Any");\r
 348     label.addElement("Any");\r
 349 \r
 350     for (int i = 0; i < sources.length; i++)\r
 351     {\r
 352       DasSource ds = sources[i];\r
 353 \r
 354       DasCoordinateSystem[] dcs = ds.getCoordinateSystem();\r
 355 \r
 356       for (int j = 0; j < dcs.length; j++)\r
 357       {\r
 358         if (!type.contains(dcs[j].getCategory()))\r
 359         {\r
 360           type.addElement(dcs[j].getCategory());\r
 361         }\r
 362 \r
 363         if (!authority.contains(dcs[j].getName()))\r
 364         {\r
 365           authority.addElement(dcs[j].getName());\r
 366         }\r
 367       }\r
 368 \r
 369       String[] slabels = ds.getLabels();\r
 370       for (int s = 0; s < slabels.length; s++)\r
 371       {\r
 372         if (!label.contains(slabels[s]))\r
 373         {\r
 374           label.addElement(slabels[s]);\r
 375         }\r
 376       }\r
 377 \r
 378     }\r
 379 \r
 380     filter1.setListData(authority);\r
 381     filter2.setListData(type);\r
 382     filter3.setListData(label);\r
 383 \r
 384     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 385     {\r
 386       public void run()\r
 387       {\r
 388         filter1.setSelectedIndex(0);\r
 389         filter2.setSelectedIndex(0);\r
 390         filter3.setSelectedIndex(0);\r
 391       }\r
 392     });\r
 393   }\r
 394 \r
 395   public void amendLocal(boolean newSource)\r
 396   {\r
 397     String url = "http://localhost:8080/", nickname = "";\r
 398     boolean seqsrc=false;\r
 399     if (!newSource)\r
 400     {\r
 401       int selectedRow = table.getSelectionModel().getMinSelectionIndex();\r
 402       nickname = table.getValueAt(selectedRow, 0).toString();\r
 403       url = ((DasSource) localSources.get(nickname)).getUrl();\r
 404       seqsrc = ((DasSource)localSources.get(nickname)).hasCapability("sequence");\r
 405     }\r
 406 \r
 407     JTextField nametf = new JTextField(nickname, 40);\r
 408     JTextField urltf = new JTextField(url, 40);\r
 409     JCheckBox seqs = new JCheckBox("Sequence Source");\r
 410     seqs.setSelected(seqsrc);\r
 411     JPanel panel = new JPanel(new BorderLayout());\r
 412     JPanel pane12 = new JPanel(new BorderLayout());\r
 413     pane12.add(new JLabel("Nickname: "), BorderLayout.CENTER);\r
 414     pane12.add(nametf, BorderLayout.EAST);\r
 415     panel.add(pane12, BorderLayout.NORTH);\r
 416     pane12 = new JPanel(new BorderLayout());\r
 417     pane12.add(new JLabel("URL: "), BorderLayout.NORTH);\r
 418     pane12.add(seqs, BorderLayout.SOUTH);\r
 419     pane12.add(urltf, BorderLayout.EAST);\r
 420     panel.add(pane12, BorderLayout.SOUTH);\r
 421     \r
 422     int reply = JOptionPane.showInternalConfirmDialog(Desktop.desktop,\r
 423             panel, "Enter Nickname & URL of Local DAS Source",\r
 424             JOptionPane.OK_CANCEL_OPTION);\r
 425 \r
 426     if (reply != JOptionPane.OK_OPTION)\r
 427     {\r
 428       return;\r
 429     }\r
 430 \r
 431     if (!urltf.getText().endsWith("/"))\r
 432     {\r
 433       urltf.setText(urltf.getText() + "/");\r
 434     }\r
 435 \r
 436     Das1Source local = new Das1Source();\r
 437 \r
 438     local.setUrl(urltf.getText());\r
 439     local.setNickname(nametf.getText());\r
 440     if (seqs.isSelected())\r
 441     {\r
 442       local.setCapabilities(new String[] {"features","sequence"});\r
 443     }\r
 444     if (localSources == null)\r
 445     {\r
 446       localSources = new Hashtable();\r
 447     }\r
 448 \r
 449     localSources.put(local.getNickname(), local);\r
 450 \r
 451     if (!newSource && !nickname.equals(nametf.getText()))\r
 452     {\r
 453       localSources.remove(nickname);\r
 454     }\r
 455 \r
 456     int size = dasSources.length;\r
 457     int adjust = newSource ? 1 : 0;\r
 458 \r
 459     Object[][] data = new Object[size + adjust][2];\r
 460     for (int i = 0; i < size; i++)\r
 461     {\r
 462       if (!newSource && dasSources[i].getNickname().equals(nickname))\r
 463       {\r
 464         ((DasSource) dasSources[i]).setNickname(local.getNickname());\r
 465         ((DasSource) dasSources[i]).setUrl(local.getUrl());\r
 466         data[i][0] = local.getNickname();\r
 467         data[i][1] = new Boolean(true);\r
 468       }\r
 469       else\r
 470       {\r
 471         data[i][0] = dasSources[i].getNickname();\r
 472         data[i][1] = new Boolean(selectedSources.contains(dasSources[i]\r
 473                 .getNickname()));\r
 474       }\r
 475     }\r
 476 \r
 477     if (newSource)\r
 478     {\r
 479       data[size][0] = local.getNickname();\r
 480       data[size][1] = new Boolean(true);\r
 481       selectedSources.add(local.getNickname());\r
 482     }\r
 483 \r
 484     DasSource[] tmp = new DasSource[size + adjust];\r
 485 \r
 486     System.arraycopy(dasSources, 0, tmp, 0, size);\r
 487 \r
 488     if (newSource)\r
 489     {\r
 490       tmp[size] = local;\r
 491     }\r
 492 \r
 493     dasSources = tmp;\r
 494 \r
 495     refreshTableData(data);\r
 496 \r
 497     SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 498     {\r
 499       public void run()\r
 500       {\r
 501         scrollPane.getVerticalScrollBar().setValue(\r
 502                 scrollPane.getVerticalScrollBar().getMaximum());\r
 503       }\r
 504     });\r
 505 \r
 506     displayFullDetails(local.getNickname());\r
 507   }\r
 508 \r
 509   public void editRemoveLocalSource(MouseEvent evt)\r
 510   {\r
 511     int selectedRow = table.getSelectionModel().getMinSelectionIndex();\r
 512     if (selectedRow == -1)\r
 513     {\r
 514       return;\r
 515     }\r
 516 \r
 517     String nickname = table.getValueAt(selectedRow, 0).toString();\r
 518 \r
 519     if (!localSources.containsKey(nickname))\r
 520     {\r
 521       JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
 522               "You can only edit or remove local DAS Sources!",\r
 523               "Public DAS source - not editable",\r
 524               JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
 525       return;\r
 526     }\r
 527 \r
 528     Object[] options =\r
 529     { "Edit", "Remove", "Cancel" };\r
 530     int choice = JOptionPane.showInternalOptionDialog(Desktop.desktop,\r
 531             "Do you want to edit or remove " + nickname + "?",\r
 532             "Edit / Remove Local DAS Source",\r
 533             JOptionPane.YES_NO_CANCEL_OPTION, JOptionPane.QUESTION_MESSAGE,\r
 534             null, options, options[2]);\r
 535 \r
 536     switch (choice)\r
 537     {\r
 538     case 0:\r
 539       amendLocal(false);\r
 540       break;\r
 541     case 1:\r
 542       localSources.remove(nickname);\r
 543       selectedSources.remove(nickname);\r
 544       Object[][] data = new Object[dasSources.length - 1][2];\r
 545       DasSource[] tmp = new DasSource[dasSources.length - 1];\r
 546       int index = 0;\r
 547       for (int i = 0; i < dasSources.length; i++)\r
 548       {\r
 549         if (dasSources[i].getNickname().equals(nickname))\r
 550         {\r
 551           continue;\r
 552         }\r
 553         else\r
 554         {\r
 555           tmp[index] = dasSources[i];\r
 556           data[index][0] = dasSources[i].getNickname();\r
 557           data[index][1] = new Boolean(selectedSources\r
 558                   .contains(dasSources[i].getNickname()));\r
 559           index++;\r
 560         }\r
 561       }\r
 562       dasSources = tmp;\r
 563       refreshTableData(data);\r
 564       SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 565       {\r
 566         public void run()\r
 567         {\r
 568           scrollPane.getVerticalScrollBar().setValue(\r
 569                   scrollPane.getVerticalScrollBar().getMaximum());\r
 570         }\r
 571       });\r
 572 \r
 573       break;\r
 574     }\r
 575   }\r
 576 \r
 577   void appendLocalSources()\r
 578   {\r
 579     if (localSources == null)\r
 580     {\r
 581       return;\r
 582     }\r
 583     // note - we add all das sources to list so they can be filtered for the standard fetchDbRefs function\r
 584     int size = dasSources != null ? dasSources.length : 0;\r
 585     int lsize = localSources.size();\r
 586 \r
 587     Object[][] data = new Object[size + lsize][2];\r
 588     for (int i = 0; i < size; i++)\r
 589     {\r
 590       data[i][0] = dasSources[i].getNickname();\r
 591       data[i][1] = new Boolean(selectedSources.contains(dasSources[i]\r
 592               .getNickname()));\r
 593     }\r
 594 \r
 595     DasSource[] tmp = new DasSource[size + lsize];\r
 596     if (dasSources != null)\r
 597     {\r
 598       System.arraycopy(dasSources, 0, tmp, 0, size);\r
 599     }\r
 600 \r
 601     Enumeration en = localSources.keys();\r
 602     int index = size;\r
 603     while (en.hasMoreElements())\r
 604     {\r
 605       String key = en.nextElement().toString();\r
 606       data[index][0] = key;\r
 607       data[index][1] = new Boolean(false);\r
 608       tmp[index] = new Das1Source();\r
 609       tmp[index].setNickname(key);\r
 610       tmp[index].setUrl(((DasSource) localSources.get(key)).getUrl());\r
 611 \r
 612       index++;\r
 613     }\r
 614 \r
 615     dasSources = tmp;\r
 616 \r
 617     refreshTableData(data);\r
 618   }\r
 619 \r
 620   public void valueChanged(ListSelectionEvent evt)\r
 621   {\r
 622     // Called when the MainTable selection changes\r
 623     if (evt.getValueIsAdjusting())\r
 624     {\r
 625       return;\r
 626     }\r
 627 \r
 628     displayFullDetails(null);\r
 629 \r
 630     // Filter the displayed data sources\r
 631     int dSize = dasSources.length;\r
 632 \r
 633     ArrayList names = new ArrayList();\r
 634     ArrayList selected = new ArrayList();\r
 635     DasSource ds;\r
 636 \r
 637     // The features filter is not visible, but we must still\r
 638     // filter the das source list here.\r
 639     // July 2006 - only 6 sources fo not serve features\r
 640     Object[] dummyFeatureList = new Object[]\r
 641     { "features" };\r
 642 \r
 643     for (int i = 0; i < dSize; i++)\r
 644     {\r
 645       ds = dasSources[i];\r
 646       DasCoordinateSystem[] dcs = ds.getCoordinateSystem();\r
 647 \r
 648       if (dcs.length == 0 && ds.getCapabilities().length == 0\r
 649               && filter1.getSelectedIndex() == 0\r
 650               && filter2.getSelectedIndex() == 0\r
 651               && filter3.getSelectedIndex() == 0)\r
 652       {\r
 653         // THIS IS A FIX FOR LOCAL SOURCES WHICH DO NOT\r
 654         // HAVE COORDINATE SYSTEMS, INFO WHICH AT PRESENT\r
 655         // IS ADDED FROM THE REGISTRY\r
 656         names.add(ds.getNickname());\r
 657         selected\r
 658                 .add(new Boolean(selectedSources.contains(ds.getNickname())));\r
 659         continue;\r
 660       }\r
 661 \r
 662       if (!selectedInList(dummyFeatureList, ds.getCapabilities())\r
 663               || !selectedInList(filter3.getSelectedValues(), ds\r
 664                       .getLabels()))\r
 665       {\r
 666         continue;\r
 667       }\r
 668 \r
 669       for (int j = 0; j < dcs.length; j++)\r
 670       {\r
 671         if (selectedInList(filter1.getSelectedValues(), new String[]\r
 672         { dcs[j].getName() })\r
 673                 && selectedInList(filter2.getSelectedValues(), new String[]\r
 674                 { dcs[j].getCategory() }))\r
 675         {\r
 676           names.add(ds.getNickname());\r
 677           selected.add(new Boolean(selectedSources.contains(ds\r
 678                   .getNickname())));\r
 679           break;\r
 680         }\r
 681       }\r
 682     }\r
 683 \r
 684     dSize = names.size();\r
 685     Object[][] data = new Object[dSize][2];\r
 686     for (int d = 0; d < dSize; d++)\r
 687     {\r
 688       data[d][0] = names.get(d);\r
 689       data[d][1] = selected.get(d);\r
 690     }\r
 691 \r
 692     refreshTableData(data);\r
 693   }\r
 694 \r
 695   boolean selectedInList(Object[] selection, String[] items)\r
 696   {\r
 697     for (int i = 0; i < selection.length; i++)\r
 698     {\r
 699       if (selection[i].equals("Any"))\r
 700       {\r
 701         return true;\r
 702       }\r
 703 \r
 704       for (int j = 0; j < items.length; j++)\r
 705       {\r
 706         if (selection[i].equals(items[j]))\r
 707         {\r
 708           return true;\r
 709         }\r
 710       }\r
 711     }\r
 712 \r
 713     return false;\r
 714   }\r
 715 \r
 716   void setSelectedFromProperties()\r
 717   {\r
 718     String active = jalview.bin.Cache.getDefault("DAS_ACTIVE_SOURCE",\r
 719             "uniprot");\r
 720     StringTokenizer st = new StringTokenizer(active, "\t");\r
 721     selectedSources = new Vector();\r
 722     while (st.hasMoreTokens())\r
 723     {\r
 724       selectedSources.addElement(st.nextToken());\r
 725     }\r
 726     \r
 727     Vector _localSources = jalview.bin.Cache.getLocalDasSources();\r
 728     if (_localSources!=null)\r
 729     {\r
 730       if (localSources==null)\r
 731       {\r
 732         localSources = new Hashtable();\r
 733       }\r
 734       Enumeration sources = _localSources.elements();\r
 735       while (sources.hasMoreElements())\r
 736       {\r
 737         Das1Source source = (Das1Source) sources.nextElement();\r
 738         localSources.put(source.getNickname(), source);\r
 739       }\r
 740     }\r
 741   }\r
 742 \r
 743   public void reset_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 744   {\r
 745     registryURL.setText(DEFAULT_REGISTRY);\r
 746   }\r
 747 \r
 748   /**\r
 749    * set the DAS source settings in the given jalview properties.\r
 750    * @param properties\r
 751    */\r
 752   public void saveProperties(Properties properties)\r
 753   {\r
 754     if (registryURL.getText() == null || registryURL.getText().length() < 1)\r
 755     {\r
 756       properties.remove(jalview.bin.Cache.DAS_REGISTRY_URL);\r
 757     }\r
 758     else\r
 759     {\r
 760       properties.setProperty(jalview.bin.Cache.DAS_REGISTRY_URL, registryURL.getText());\r
 761     }\r
 762 \r
 763     StringBuffer sb = new StringBuffer();\r
 764     for (int r = 0; r < table.getModel().getRowCount(); r++)\r
 765     {\r
 766       if (((Boolean) table.getValueAt(r, 1)).booleanValue())\r
 767       {\r
 768         sb.append(table.getValueAt(r, 0) + "\t");\r
 769       }\r
 770     }\r
 771 \r
 772     properties.setProperty(jalview.bin.Cache.DAS_ACTIVE_SOURCE, sb.toString());\r
 773 \r
 774     if (localSources != null)\r
 775     {\r
 776       sb = new StringBuffer();\r
 777       Enumeration en = localSources.keys();\r
 778       while (en.hasMoreElements())\r
 779       {\r
 780         String token = en.nextElement().toString();\r
 781         sb.append(token + "|"\r
 782                 +(((DasSource) localSources.get(token)).hasCapability("sequence") ? "sequence:" : "")\r
 783                 + ((DasSource) localSources.get(token)).getUrl() + "\t");\r
 784       }\r
 785 \r
 786       properties.setProperty(jalview.bin.Cache.DAS_LOCAL_SOURCE, sb.toString());\r
 787     }\r
 788 \r
 789   }\r
 790 \r
 791   class DASTableModel extends AbstractTableModel\r
 792   {\r
 793 \r
 794     public DASTableModel(Object[][] data)\r
 795     {\r
 796       this.data = data;\r
 797     }\r
 798 \r
 799     private String[] columnNames = new String[]\r
 800     { "Nickname", "Use Source" };\r
 801 \r
 802     private Object[][] data;\r
 803 \r
 804     public int getColumnCount()\r
 805     {\r
 806       return columnNames.length;\r
 807     }\r
 808 \r
 809     public int getRowCount()\r
 810     {\r
 811       return data.length;\r
 812     }\r
 813 \r
 814     public String getColumnName(int col)\r
 815     {\r
 816       return columnNames[col];\r
 817     }\r
 818 \r
 819     public Object getValueAt(int row, int col)\r
 820     {\r
 821       return data[row][col];\r
 822     }\r
 823 \r
 824     /*\r
 825      * JTable uses this method to determine the default renderer/ editor for\r
 826      * each cell. If we didn't implement this method, then the last column would\r
 827      * contain text ("true"/"false"), rather than a check box.\r
 828      */\r
 829     public Class getColumnClass(int c)\r
 830     {\r
 831       return getValueAt(0, c).getClass();\r
 832     }\r
 833 \r
 834     /*\r
 835      * Don't need to implement this method unless your table's editable.\r
 836      */\r
 837     public boolean isCellEditable(int row, int col)\r
 838     {\r
 839       // Note that the data/cell address is constant,\r
 840       // no matter where the cell appears onscreen.\r
 841       return col == 1;\r
 842 \r
 843     }\r
 844 \r
 845     /*\r
 846      * Don't need to implement this method unless your table's data can change.\r
 847      */\r
 848     public void setValueAt(Object value, int row, int col)\r
 849     {\r
 850       data[row][col] = value;\r
 851       fireTableCellUpdated(row, col);\r
 852 \r
 853       String name = getValueAt(row, 0).toString();\r
 854       boolean selected = ((Boolean) value).booleanValue();\r
 855 \r
 856       if (selectedSources.contains(name) && !selected)\r
 857       {\r
 858         selectedSources.remove(name);\r
 859       }\r
 860 \r
 861       if (!selectedSources.contains(name) && selected)\r
 862       {\r
 863         selectedSources.add(name);\r
 864       }\r
 865     }\r
 866   }\r
 867 \r
 868   public void initDasSources()\r
 869   {\r
 870 \r
 871     Thread thr = new Thread(new Runnable()\r
 872     {\r
 873       public void run()\r
 874       {\r
 875         // this actually initialises the das source list\r
 876         paintComponent(null); // yuk\r
 877       }\r
 878     });\r
 879     thr.start();\r
 880     while (loadingDasSources\r
 881             || dasSources == null)\r
 882     {\r
 883       try\r
 884       {\r
 885         Thread.sleep(10);\r
 886       } catch (Exception e)\r
 887       {\r
 888       }\r
 889       ;\r
 890     }\r
 891   }\r
 892 \r
 893   public Vector resolveSourceNicknames(Vector sources)\r
 894   {\r
 895 \r
 896     Vector resolved = new Vector();\r
 897     if (sources != null)\r
 898     {\r
 899       for (int i = 0; i < dasSources.length; i++)\r
 900       {\r
 901         if (sources.contains(dasSources[i].getNickname()))\r
 902         {\r
 903           if (!resolved.contains(dasSources[i]))\r
 904           {\r
 905             resolved.addElement(dasSources[i]);\r
 906           }\r
 907         }\r
 908       }\r
 909     }\r
 910     return resolved;\r
 911   }\r
 912 }\r