src/jalview/gui/DasSourceBrowser.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)\r
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  * \r
   5  * This file is part of Jalview.\r
   6  * \r
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
  10  * \r
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
  15  * \r
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
  17  */\r
  18 package jalview.gui;\r
  19 \r
  20 import java.text.ParseException;\r
  21 import java.util.*;\r
  22 import java.util.List;\r
  23 \r
  24 import java.awt.*;\r
  25 import java.awt.event.*;\r
  26 import javax.swing.*;\r
  27 import javax.swing.event.*;\r
  28 import javax.swing.table.*;\r
  29 \r
  30 import org.biodas.jdas.dassources.Capabilities;\r
  31 import org.biodas.jdas.dassources.utils.DasCoordinateSystemCollector;\r
  32 import org.biodas.jdas.dassources.utils.DasTimeFormat;\r
  33 import org.biodas.jdas.schema.registrycoordinates.DASCOORDINATESYSTEM;\r
  34 import org.biodas.jdas.schema.sources.CAPABILITY;\r
  35 import org.biodas.jdas.schema.sources.COORDINATES;\r
  36 import org.biodas.jdas.schema.sources.MAINTAINER;\r
  37 import org.biodas.jdas.schema.sources.PROP;\r
  38 import org.biodas.jdas.schema.sources.SOURCE;\r
  39 import org.biodas.jdas.schema.sources.SOURCES;\r
  40 import org.biodas.jdas.schema.sources.VERSION;\r
  41 \r
  42 import jalview.jbgui.*;\r
  43 import jalview.util.*;\r
  44 \r
  45 public class DasSourceBrowser extends GDasSourceBrowser implements\r
  46         Runnable, ListSelectionListener\r
  47 {\r
  48   static org.biodas.jdas.schema.sources.SOURCE[] dasSources = null;\r
  49 \r
  50   Hashtable<String, SOURCE> localSources = null;\r
  51 \r
  52   Vector selectedSources;\r
  53 \r
  54   public static String DEFAULT_REGISTRY = "http://www.dasregistry.org/das1/sources/";\r
  55 \r
  56   /**\r
  57    * true if thread is running and we are talking to DAS registry service\r
  58    */\r
  59   public boolean loadingDasSources = false;\r
  60 \r
  61   protected static String getDasRegistryURL()\r
  62   {\r
  63     String registry = jalview.bin.Cache.getDefault("DAS_REGISTRY_URL",\r
  64             DEFAULT_REGISTRY);\r
  65 \r
  66     if (registry.indexOf("/registry/das1/sources/") > -1)\r
  67     {\r
  68       jalview.bin.Cache.setProperty(jalview.bin.Cache.DAS_REGISTRY_URL,\r
  69               DEFAULT_REGISTRY);\r
  70       registry = DEFAULT_REGISTRY;\r
  71     }\r
  72     return registry;\r
  73   }\r
  74 \r
  75   public DasSourceBrowser(FeatureSettings featureSettings)\r
  76   {\r
  77     fs = featureSettings;\r
  78     String registry = getDasRegistryURL();\r
  79 \r
  80     registryURL.setText(registry);\r
  81 \r
  82     setSelectedFromProperties();\r
  83 \r
  84     displayFullDetails(null);\r
  85     table.setSelectionMode(ListSelectionModel.SINGLE_SELECTION);\r
  86 \r
  87     filter1.addListSelectionListener(this);\r
  88     filter2.addListSelectionListener(this);\r
  89     filter3.addListSelectionListener(this);\r
  90 \r
  91     // Ask to be notified of selection changes.\r
  92     ListSelectionModel rowSM = table.getSelectionModel();\r
  93     rowSM.addListSelectionListener(new ListSelectionListener()\r
  94     {\r
  95       public void valueChanged(ListSelectionEvent e)\r
  96       {\r
  97         ListSelectionModel lsm = (ListSelectionModel) e.getSource();\r
  98         if (!lsm.isSelectionEmpty())\r
  99         {\r
 100           int selectedRow = lsm.getMinSelectionIndex();\r
 101           displayFullDetails(table.getValueAt(selectedRow, 0).toString());\r
 102         }\r
 103       }\r
 104     });\r
 105 \r
 106     table.addMouseListener(new MouseAdapter()\r
 107     {\r
 108       public void mouseClicked(MouseEvent evt)\r
 109       {\r
 110         if (evt.getClickCount() == 2\r
 111                 || SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
 112         {\r
 113           editRemoveLocalSource(evt);\r
 114         }\r
 115       }\r
 116     });\r
 117 \r
 118     if (dasSources != null)\r
 119     {\r
 120       init();\r
 121     }\r
 122   }\r
 123 \r
 124   FeatureSettings fs = null;\r
 125 \r
 126   public DasSourceBrowser()\r
 127   {\r
 128     this(null);\r
 129   }\r
 130 \r
 131   public void paintComponent(java.awt.Graphics g)\r
 132   {\r
 133     if (dasSources == null && !loadingDasSources)\r
 134     {\r
 135       Thread worker = new Thread(this);\r
 136       worker.start();\r
 137     }\r
 138   }\r
 139 \r
 140   void init()\r
 141   {\r
 142     int dSize = dasSources.length;\r
 143     Object[][] data = new Object[dSize][2];\r
 144     for (int i = 0; i < dSize; i++)\r
 145     {\r
 146       data[i][0] = dasSources[i].getTitle(); // what's equivalent of nickname\r
 147       data[i][1] = new Boolean(selectedSources.contains(dasSources[i]\r
 148               .getTitle()));\r
 149     }\r
 150 \r
 151     refreshTableData(data);\r
 152     setCapabilities(dasSources);\r
 153 \r
 154     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 155     {\r
 156       public void run()\r
 157       {\r
 158         TableSorter sorter = (TableSorter) table.getModel();\r
 159         sorter.setSortingStatus(1, TableSorter.DESCENDING);\r
 160         sorter.setSortingStatus(1, TableSorter.NOT_SORTED);\r
 161       }\r
 162     });\r
 163 \r
 164     progressBar.setIndeterminate(false);\r
 165     progressBar.setVisible(false);\r
 166     addLocal.setVisible(true);\r
 167     refresh.setVisible(true);\r
 168   }\r
 169 \r
 170   public void refreshTableData(Object[][] data)\r
 171   {\r
 172     TableSorter sorter = new TableSorter(new DASTableModel(data));\r
 173     sorter.setTableHeader(table.getTableHeader());\r
 174     table.setModel(sorter);\r
 175   }\r
 176 \r
 177   void displayFullDetails(String nickName)\r
 178   {\r
 179 \r
 180     StringBuffer text = new StringBuffer(\r
 181             "<HTML><font size=\"2\" face=\"Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif\">");\r
 182 \r
 183     if (nickName == null)\r
 184     {\r
 185       fullDetails.setText(text + "Select a DAS service from the table"\r
 186               + " to read a full description here.</font></html>");\r
 187       return;\r
 188     }\r
 189 \r
 190     int dSize = dasSources.length;\r
 191     for (int i = 0; i < dSize; i++)\r
 192     {\r
 193       if (!dasSources[i].getTitle().equals(nickName))\r
 194       {\r
 195         continue;\r
 196       }\r
 197 \r
 198       SOURCE ds = dasSources[i];\r
 199       VERSION latest = getVersionFor(ds);\r
 200       text.append("<font color=\"#0000FF\">Id:</font> "\r
 201               + dasSources[i].getUri() + "<br>");\r
 202       text.append("<font color=\"#0000FF\">Nickname:</font> "\r
 203               + dasSources[i].getTitle() + "<br>");\r
 204       text.append("<font color=\"#0000FF\">URL:</font> " + latest.getUri()\r
 205               + "<br>");\r
 206 \r
 207       text.append("<font color=\"#0000FF\">Admin Email:</font> <a href=\"mailto:"\r
 208               + ds.getMAINTAINER().getEmail()\r
 209               + "\">"\r
 210               + ds.getMAINTAINER().getEmail() + "</a>" + "<br>");\r
 211 \r
 212       text.append("<font color=\"#0000FF\">Registered at:</font> "\r
 213               + latest.getCreated() + "<br>");\r
 214 \r
 215       // TODO: Identify last successful test date\r
 216       // text.append("<font color=\"#0000FF\">Last successful test:</font> "\r
 217       // + latest.dasSources[i].getLeaseDate() + "<br>");\r
 218 \r
 219       text.append("<font color=\"#0000FF\">Labels:</font> ");\r
 220       boolean b = false;\r
 221       for (PROP labl : latest.getPROP())\r
 222       {\r
 223         if (labl.getName().equalsIgnoreCase("LABEL"))\r
 224         {\r
 225           if (!b)\r
 226           {\r
 227             text.append(",");\r
 228           }\r
 229           text.append(" ");\r
 230 \r
 231           text.append(labl.getValue());\r
 232           b = true;\r
 233         }\r
 234         ;\r
 235       }\r
 236       text.append("<br>");\r
 237 \r
 238       text.append("<font color=\"#0000FF\">Capabilities:</font> ");\r
 239       CAPABILITY[] scap = latest.getCAPABILITY().toArray(new CAPABILITY[0]);\r
 240       for (int j = 0; j < scap.length; j++)\r
 241       {\r
 242         text.append(scap[j]);\r
 243         if (j < scap.length - 1)\r
 244         {\r
 245           text.append(", ");\r
 246         }\r
 247       }\r
 248       text.append("<br>");\r
 249 \r
 250       text.append("<font color=\"#0000FF\">Coordinates:</font> ");\r
 251       for (COORDINATES dcs : latest.getCOORDINATES())\r
 252       {\r
 253         text.append("(" + dcs.getUri() + ") "\r
 254 \r
 255         + dcs.getSource() + ", " + dcs.getAuthority());\r
 256         if (dcs.getTaxid() != null && dcs.getTaxid().trim().length() > 0)\r
 257         {\r
 258           text.append(", " + dcs.getTaxid());\r
 259         }\r
 260         if (dcs.getVersion().trim().length() > 0)\r
 261         {\r
 262           {\r
 263             text.append(", " + dcs.getVersion());\r
 264           }\r
 265 \r
 266           text.append("<br>");\r
 267         }\r
 268 \r
 269         text.append("<font color=\"#0000FF\">Description:</font> "\r
 270                 + dasSources[i].getDescription() + "<br>");\r
 271 \r
 272         if (dasSources[i].getDocHref() != null\r
 273                 && dasSources[i].getDocHref().length() > 0)\r
 274         {\r
 275           text.append("<font color=\"#0000FF\"><a href=\""\r
 276                   + dasSources[i].getDocHref()\r
 277                   + "\">Go to site</a></font<br>");\r
 278         }\r
 279 \r
 280         text.append("</font></html>");\r
 281 \r
 282         break;\r
 283       }\r
 284     }\r
 285     fullDetails.setText(text.toString());\r
 286     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 287     {\r
 288       public void run()\r
 289       {\r
 290         fullDetailsScrollpane.getVerticalScrollBar().setValue(0);\r
 291       }\r
 292     });\r
 293   }\r
 294 \r
 295   public void run()\r
 296   {\r
 297     loadingDasSources = true;\r
 298 \r
 299     addLocal.setVisible(false);\r
 300     refresh.setVisible(false);\r
 301     progressBar.setVisible(true);\r
 302     progressBar.setIndeterminate(true);\r
 303     setParentGuiEnabled(false);\r
 304     // Refresh the source list.\r
 305     dasSources = null;\r
 306     getDASSource();\r
 307 \r
 308     init();\r
 309 \r
 310     setParentGuiEnabled(true);\r
 311     loadingDasSources = false;\r
 312 \r
 313   }\r
 314 \r
 315   private void setParentGuiEnabled(boolean b)\r
 316   {\r
 317     if (fs != null)\r
 318     {\r
 319       fs.fetchDAS.setEnabled(b);\r
 320       fs.saveDAS.setEnabled(b);\r
 321     }\r
 322   }\r
 323 \r
 324   public Vector getSelectedSources()\r
 325   {\r
 326     // wait around if we're still loading.\r
 327     while (dasSources == null)\r
 328     {\r
 329       if (!loadingDasSources)\r
 330       {\r
 331         new Thread(this).start();\r
 332         try\r
 333         {\r
 334           Thread.sleep(5);\r
 335         } catch (Exception e)\r
 336         {\r
 337         }\r
 338         ;\r
 339         while (loadingDasSources)\r
 340         {\r
 341           try\r
 342           {\r
 343             Thread.sleep(5);\r
 344           } catch (Exception e)\r
 345           {\r
 346           }\r
 347           ;\r
 348         }\r
 349         ;\r
 350       }\r
 351     }\r
 352 \r
 353     Vector selected = new Vector();\r
 354     for (int r = 0; r < selectedSources.size(); r++)\r
 355     {\r
 356       for (int i = 0; i < dasSources.length; i++)\r
 357       {\r
 358         if (dasSources[i].getTitle().equals(selectedSources.elementAt(r)))\r
 359         {\r
 360           selected.addElement(dasSources[i]);\r
 361           break;\r
 362         }\r
 363       }\r
 364     }\r
 365 \r
 366     return selected;\r
 367   }\r
 368 \r
 369   /**\r
 370    * retrieve das sources from registry and add local source list\r
 371    * \r
 372    * @return\r
 373    */\r
 374   public SOURCE[] getDASSource()\r
 375   {\r
 376     if (dasSources == null)\r
 377     {\r
 378       dasSources = jalview.ws.DasSequenceFeatureFetcher.getDASSources();\r
 379       appendLocalSources();\r
 380     }\r
 381 \r
 382     return dasSources;\r
 383   }\r
 384 \r
 385   public void refresh_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 386   {\r
 387     saveProperties(jalview.bin.Cache.applicationProperties);\r
 388 \r
 389     Thread worker = new Thread(this);\r
 390     worker.start();\r
 391   }\r
 392 \r
 393   private boolean isLaterThan(String ref, String newer)\r
 394   {\r
 395     Date refdate = null, newdate = null;\r
 396     try\r
 397     {\r
 398       refdate = DasTimeFormat.fromDASString(ref);\r
 399 \r
 400     } catch (ParseException x)\r
 401     {\r
 402       return false;\r
 403     }\r
 404     try\r
 405     {\r
 406       newdate = DasTimeFormat.fromDASString(newer);\r
 407     } catch (ParseException e)\r
 408     {\r
 409       // TODO: handle exception\r
 410     }\r
 411     if (refdate != null)\r
 412     {\r
 413       if (newdate != null)\r
 414       {\r
 415         return refdate.before(newdate);\r
 416       }\r
 417       return false;\r
 418     }\r
 419     if (newdate != null)\r
 420     {\r
 421       return true;\r
 422     }\r
 423     // assume first instance of source is newest in list. - TODO: check if\r
 424     // natural ordering of source versions is newest first or oldest first\r
 425     return false;\r
 426   }\r
 427 \r
 428   private VERSION getVersionFor(SOURCE ds)\r
 429   {\r
 430     VERSION latest = null;\r
 431     for (VERSION v : ds.getVERSION())\r
 432     {\r
 433       if (latest == null\r
 434               || isLaterThan(latest.getCreated(), v.getCreated()))\r
 435       {\r
 436         // TODO: das 1.6 - should just get the first version - ignore other\r
 437         // versions since not specified how to construct URL from version's URI\r
 438         // + source URI\r
 439         latest = v;\r
 440       }\r
 441     }\r
 442     return latest;\r
 443   }\r
 444 \r
 445   private void setCapabilities(SOURCE[] sources)\r
 446   {\r
 447     Vector<String> authority = new Vector<String>();\r
 448     Vector<String> type = new Vector<String>();\r
 449     Vector<String> label = new Vector<String>();\r
 450     Vector<String> taxIds = new Vector<String>();\r
 451     authority.add("Any");\r
 452     type.add("Any");\r
 453     label.add("Any");\r
 454 \r
 455     for (int i = 0; i < sources.length; i++)\r
 456     {\r
 457       SOURCE ds = sources[i];\r
 458       VERSION latest = getVersionFor(ds);\r
 459 \r
 460       for (COORDINATES cs : latest.getCOORDINATES())\r
 461       {\r
 462         if (!type.contains(cs.getSource()))\r
 463         {\r
 464           type.add(cs.getSource()); // source==category\r
 465         }\r
 466 \r
 467         if (!authority.contains(cs.getAuthority()))\r
 468         {\r
 469           authority.add(cs.getAuthority());\r
 470         }\r
 471       }\r
 472 \r
 473       for (PROP slabel : latest.getPROP())\r
 474       {\r
 475         if (slabel.getName().equalsIgnoreCase("LABEL")\r
 476                 && !label.contains(slabel.getValue()))\r
 477         {\r
 478           label.add(slabel.getValue());\r
 479         }\r
 480       }\r
 481 \r
 482     }\r
 483 \r
 484     filter1.setListData(authority);\r
 485     filter2.setListData(type);\r
 486     filter3.setListData(label);\r
 487     // filter4 taxIds\r
 488 \r
 489     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 490     {\r
 491       public void run()\r
 492       {\r
 493         filter1.setSelectedIndex(0);\r
 494         filter2.setSelectedIndex(0);\r
 495         filter3.setSelectedIndex(0);\r
 496       }\r
 497     });\r
 498   }\r
 499 \r
 500   public void amendLocal(boolean newSource)\r
 501   {\r
 502     String url = "http://localhost:8080/", nickname = "";\r
 503     boolean seqsrc = false;\r
 504     if (!newSource)\r
 505     {\r
 506       int selectedRow = table.getSelectionModel().getMinSelectionIndex();\r
 507       nickname = table.getValueAt(selectedRow, 0).toString();\r
 508       url = ((SOURCE) localSources.get(nickname)).getUri();\r
 509       seqsrc = ((SOURCE) localSources.get(nickname)).getVERSION().get(0)\r
 510               .getCAPABILITY().contains(Capabilities.SEQUENCE);\r
 511     }\r
 512 \r
 513     JTextField nametf = new JTextField(nickname, 40);\r
 514     JTextField urltf = new JTextField(url, 40);\r
 515     JCheckBox seqs = new JCheckBox("Sequence Source");\r
 516     seqs.setSelected(seqsrc);\r
 517     JPanel panel = new JPanel(new BorderLayout());\r
 518     JPanel pane12 = new JPanel(new BorderLayout());\r
 519     pane12.add(new JLabel("Nickname: "), BorderLayout.CENTER);\r
 520     pane12.add(nametf, BorderLayout.EAST);\r
 521     panel.add(pane12, BorderLayout.NORTH);\r
 522     pane12 = new JPanel(new BorderLayout());\r
 523     pane12.add(new JLabel("URL: "), BorderLayout.NORTH);\r
 524     pane12.add(seqs, BorderLayout.SOUTH);\r
 525     pane12.add(urltf, BorderLayout.EAST);\r
 526     panel.add(pane12, BorderLayout.SOUTH);\r
 527 \r
 528     int reply = JOptionPane.showInternalConfirmDialog(Desktop.desktop,\r
 529             panel, "Enter Nickname & URL of Local DAS Source",\r
 530             JOptionPane.OK_CANCEL_OPTION);\r
 531 \r
 532     if (reply != JOptionPane.OK_OPTION)\r
 533     {\r
 534       return;\r
 535     }\r
 536 \r
 537     if (!urltf.getText().endsWith("/"))\r
 538     {\r
 539       urltf.setText(urltf.getText() + "/");\r
 540     }\r
 541 \r
 542     SOURCE local = createLocalSource(urltf.getText(), nametf.getText(), seqs.isSelected(), true);\r
 543     \r
 544     if (localSources == null)\r
 545     {\r
 546       localSources = new Hashtable();\r
 547     }\r
 548 \r
 549     localSources.put(local.getTitle(), local);\r
 550 \r
 551     if (!newSource && !nickname.equals(nametf.getText()))\r
 552     {\r
 553       localSources.remove(nickname);\r
 554     }\r
 555 \r
 556     int size = dasSources.length;\r
 557     int adjust = newSource ? 1 : 0;\r
 558 \r
 559     Object[][] data = new Object[size + adjust][2];\r
 560     for (int i = 0; i < size; i++)\r
 561     {\r
 562       if (!newSource && dasSources[i].getTitle().equals(nickname))\r
 563       {\r
 564         dasSources[i] = local;\r
 565         data[i][0] = local.getTitle();\r
 566         data[i][1] = new Boolean(true);\r
 567       }\r
 568       else\r
 569       {\r
 570         data[i][0] = dasSources[i].getTitle();\r
 571         data[i][1] = new Boolean(selectedSources.contains(dasSources[i]\r
 572                 .getTitle()));\r
 573       }\r
 574     }\r
 575 \r
 576     if (newSource)\r
 577     {\r
 578       data[size][0] = local.getTitle();\r
 579       data[size][1] = new Boolean(true);\r
 580       selectedSources.add(local.getTitle());\r
 581     }\r
 582 \r
 583     SOURCE[] tmp = new SOURCE[size + adjust];\r
 584 \r
 585     System.arraycopy(dasSources, 0, tmp, 0, size);\r
 586 \r
 587     if (newSource)\r
 588     {\r
 589       tmp[size] = local;\r
 590     }\r
 591 \r
 592     dasSources = tmp;\r
 593 \r
 594     refreshTableData(data);\r
 595 \r
 596     SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 597     {\r
 598       public void run()\r
 599       {\r
 600         scrollPane.getVerticalScrollBar().setValue(\r
 601                 scrollPane.getVerticalScrollBar().getMaximum());\r
 602       }\r
 603     });\r
 604 \r
 605     displayFullDetails(local.getTitle());\r
 606   }\r
 607 \r
 608   private SOURCE createLocalSource(String url, String name,\r
 609           boolean sequence, boolean features)\r
 610   {\r
 611     SOURCE local = new SOURCE();\r
 612 \r
 613     local.setUri(url);\r
 614     local.setTitle(name);\r
 615     local.setVERSION(new ArrayList<VERSION>());\r
 616     VERSION v = new VERSION();\r
 617     List<CAPABILITY> cp = new ArrayList<CAPABILITY>();\r
 618     if (sequence)\r
 619     {\r
 620 /* Could try and synthesize a coordinate system for the source if needbe\r
 621  *       COORDINATES coord = new COORDINATES();\r
 622       coord.setAuthority("NCBI");\r
 623       coord.setSource("Chromosome");\r
 624       coord.setTaxid("9606");\r
 625       coord.setVersion("35");\r
 626       version.getCOORDINATES().add(coord);*/\r
 627       CAPABILITY cap=new CAPABILITY();\r
 628       cap.setType("das1:"+Capabilities.SEQUENCE.getName());\r
 629       cp.add(cap);\r
 630     }\r
 631     if (features)\r
 632     {\r
 633     CAPABILITY cap = new CAPABILITY();\r
 634     cap.setType("das1:"+Capabilities.FEATURES.getName());\r
 635     cp.add(cap);\r
 636     }\r
 637     \r
 638     v.getCAPABILITY().addAll(cp);\r
 639     local.getVERSION().add(v);\r
 640 \r
 641     return local;\r
 642   }\r
 643 \r
 644   public void editRemoveLocalSource(MouseEvent evt)\r
 645   {\r
 646     int selectedRow = table.getSelectionModel().getMinSelectionIndex();\r
 647     if (selectedRow == -1)\r
 648     {\r
 649       return;\r
 650     }\r
 651 \r
 652     String nickname = table.getValueAt(selectedRow, 0).toString();\r
 653 \r
 654     if (!localSources.containsKey(nickname))\r
 655     {\r
 656       JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
 657               "You can only edit or remove local DAS Sources!",\r
 658               "Public DAS source - not editable",\r
 659               JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
 660       return;\r
 661     }\r
 662 \r
 663     Object[] options =\r
 664     { "Edit", "Remove", "Cancel" };\r
 665     int choice = JOptionPane.showInternalOptionDialog(Desktop.desktop,\r
 666             "Do you want to edit or remove " + nickname + "?",\r
 667             "Edit / Remove Local DAS Source",\r
 668             JOptionPane.YES_NO_CANCEL_OPTION, JOptionPane.QUESTION_MESSAGE,\r
 669             null, options, options[2]);\r
 670 \r
 671     switch (choice)\r
 672     {\r
 673     case 0:\r
 674       amendLocal(false);\r
 675       break;\r
 676     case 1:\r
 677       localSources.remove(nickname);\r
 678       selectedSources.remove(nickname);\r
 679       Object[][] data = new Object[dasSources.length - 1][2];\r
 680       SOURCE[] tmp = new SOURCE[dasSources.length - 1];\r
 681       int index = 0;\r
 682       for (int i = 0; i < dasSources.length; i++)\r
 683       {\r
 684         if (dasSources[i].getTitle().equals(nickname))\r
 685         {\r
 686           continue;\r
 687         }\r
 688         else\r
 689         {\r
 690           tmp[index] = dasSources[i];\r
 691           data[index][0] = dasSources[i].getTitle();\r
 692           data[index][1] = new Boolean(\r
 693                   selectedSources.contains(dasSources[i].getTitle()));\r
 694           index++;\r
 695         }\r
 696       }\r
 697       dasSources = tmp;\r
 698       refreshTableData(data);\r
 699       SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 700       {\r
 701         public void run()\r
 702         {\r
 703           scrollPane.getVerticalScrollBar().setValue(\r
 704                   scrollPane.getVerticalScrollBar().getMaximum());\r
 705         }\r
 706       });\r
 707 \r
 708       break;\r
 709     }\r
 710   }\r
 711 \r
 712   void appendLocalSources()\r
 713   {\r
 714     if (localSources == null)\r
 715     {\r
 716       return;\r
 717     }\r
 718     // note - we add all das sources to list so they can be filtered for the\r
 719     // standard fetchDbRefs function\r
 720     int size = dasSources != null ? dasSources.length : 0;\r
 721     int lsize = localSources.size();\r
 722 \r
 723     Object[][] data = new Object[size + lsize][2];\r
 724     for (int i = 0; i < size; i++)\r
 725     {\r
 726       data[i][0] = dasSources[i].getTitle();\r
 727       data[i][1] = new Boolean(selectedSources.contains(dasSources[i]\r
 728               .getTitle()));\r
 729     }\r
 730 \r
 731     SOURCE[] tmp = new SOURCE[size + lsize];\r
 732     if (dasSources != null)\r
 733     {\r
 734       System.arraycopy(dasSources, 0, tmp, 0, size);\r
 735     }\r
 736 \r
 737     Enumeration en = localSources.keys();\r
 738     int index = size;\r
 739     while (en.hasMoreElements())\r
 740     {\r
 741       String key = en.nextElement().toString();\r
 742       data[index][0] = key;\r
 743       data[index][1] = new Boolean(false);\r
 744       tmp[index] = createLocalSource(localSources.get(key).getUri(), key, false, true);\r
 745 \r
 746       index++;\r
 747     }\r
 748 \r
 749     dasSources = tmp;\r
 750 \r
 751     refreshTableData(data);\r
 752   }\r
 753 \r
 754   public void valueChanged(ListSelectionEvent evt)\r
 755   {\r
 756     // Called when the MainTable selection changes\r
 757     if (evt.getValueIsAdjusting())\r
 758     {\r
 759       return;\r
 760     }\r
 761 \r
 762     displayFullDetails(null);\r
 763 \r
 764     // Filter the displayed data sources\r
 765     int dSize = dasSources.length;\r
 766 \r
 767     ArrayList names = new ArrayList();\r
 768     ArrayList selected = new ArrayList();\r
 769     SOURCE ds;\r
 770 \r
 771     // The features filter is not visible, but we must still\r
 772     // filter the das source list here.\r
 773     // July 2006 - only 6 sources fo not serve features\r
 774     Object[] dummyFeatureList = new Object[]\r
 775     { "features" };\r
 776 \r
 777     for (int i = 0; i < dSize; i++)\r
 778     {\r
 779       ds = dasSources[i];\r
 780       VERSION v=getVersionFor(ds);\r
 781       List<COORDINATES> coords = v.getCOORDINATES();\r
 782       if ((coords==null || coords.size()==0)\r
 783               && filter1.getSelectedIndex() == 0\r
 784               && filter2.getSelectedIndex() == 0\r
 785               && filter3.getSelectedIndex() == 0)\r
 786       {\r
 787         // THIS IS A FIX FOR LOCAL SOURCES WHICH DO NOT\r
 788         // HAVE COORDINATE SYSTEMS, INFO WHICH AT PRESENT\r
 789         // IS ADDED FROM THE REGISTRY\r
 790         names.add(ds.getTitle());\r
 791         selected.add(new Boolean(selectedSources.contains(ds.getTitle())));\r
 792         continue;\r
 793       }\r
 794 \r
 795       if (!selectedInList(dummyFeatureList, getCapabilityKeys(v))\r
 796               || !selectedInList(filter3.getSelectedValues(),\r
 797                       getLabelsFor(v)))\r
 798       {\r
 799         continue;\r
 800       }\r
 801 \r
 802       for (int j = 0; j <coords.size(); j++)\r
 803       {\r
 804         if (selectedInList(filter1.getSelectedValues(), new String[]\r
 805         { coords.get(j).getAuthority() })\r
 806                 && selectedInList(filter2.getSelectedValues(), new String[]\r
 807                 { coords.get(j).getSource()}))\r
 808         {\r
 809           names.add(ds.getTitle());\r
 810           selected.add(new Boolean(selectedSources.contains(ds.getTitle())));\r
 811           break;\r
 812         }\r
 813       }\r
 814     }\r
 815 \r
 816     dSize = names.size();\r
 817     Object[][] data = new Object[dSize][2];\r
 818     for (int d = 0; d < dSize; d++)\r
 819     {\r
 820       data[d][0] = names.get(d);\r
 821       data[d][1] = selected.get(d);\r
 822     }\r
 823 \r
 824     refreshTableData(data);\r
 825   }\r
 826 \r
 827   private String[] getLabelsFor(VERSION v)\r
 828   {\r
 829     ArrayList<String> labels=new ArrayList<String>();\r
 830     for (PROP p: v.getPROP())\r
 831     {\r
 832       if (p.getName().equalsIgnoreCase("LABEL"))\r
 833       {\r
 834         labels.add(p.getValue());\r
 835       }\r
 836     }\r
 837     return labels.toArray(new String[0]);\r
 838   }\r
 839 \r
 840   private String[] getCapabilityKeys(VERSION v)\r
 841   {\r
 842 \r
 843     ArrayList<String> labels=new ArrayList<String>();\r
 844     for (CAPABILITY p: v.getCAPABILITY())\r
 845     {\r
 846       // TODO: work out what to do with namespace prefix \r
 847       // does SEQUENCE == das1:SEQUENCE and das2:SEQUENCE ?\r
 848       // for moment, just show all capabilities...\r
 849       if (p.getType().startsWith("das1:"))\r
 850       {\r
 851         labels.add(p.getType());\r
 852       }\r
 853     }\r
 854     return labels.toArray(new String[0]);\r
 855   }\r
 856 \r
 857   boolean selectedInList(Object[] selection, String[] items)\r
 858   {\r
 859     for (int i = 0; i < selection.length; i++)\r
 860     {\r
 861       if (selection[i].equals("Any"))\r
 862       {\r
 863         return true;\r
 864       }\r
 865 \r
 866       for (int j = 0; j < items.length; j++)\r
 867       {\r
 868         if (selection[i].equals(items[j]))\r
 869         {\r
 870           return true;\r
 871         }\r
 872       }\r
 873     }\r
 874 \r
 875     return false;\r
 876   }\r
 877 \r
 878   void setSelectedFromProperties()\r
 879   {\r
 880     String active = jalview.bin.Cache.getDefault("DAS_ACTIVE_SOURCE",\r
 881             "uniprot");\r
 882     StringTokenizer st = new StringTokenizer(active, "\t");\r
 883     selectedSources = new Vector();\r
 884     while (st.hasMoreTokens())\r
 885     {\r
 886       selectedSources.addElement(st.nextToken());\r
 887     }\r
 888 \r
 889     Vector _localSources = jalview.bin.Cache.getLocalDasSources();\r
 890     if (_localSources != null)\r
 891     {\r
 892       if (localSources == null)\r
 893       {\r
 894         localSources = new Hashtable<String, SOURCE>();\r
 895       }\r
 896       Enumeration sources = _localSources.elements();\r
 897       while (sources.hasMoreElements())\r
 898       {\r
 899         SOURCE source = (SOURCE) sources.nextElement();\r
 900         localSources.put(source.getTitle(), source);\r
 901       }\r
 902     }\r
 903   }\r
 904 \r
 905   public void reset_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 906   {\r
 907     registryURL.setText(DEFAULT_REGISTRY);\r
 908   }\r
 909 \r
 910   /**\r
 911    * set the DAS source settings in the given jalview properties.\r
 912    * \r
 913    * @param properties\r
 914    */\r
 915   public void saveProperties(Properties properties)\r
 916   {\r
 917     if (registryURL.getText() == null || registryURL.getText().length() < 1)\r
 918     {\r
 919       properties.remove(jalview.bin.Cache.DAS_REGISTRY_URL);\r
 920     }\r
 921     else\r
 922     {\r
 923       properties.setProperty(jalview.bin.Cache.DAS_REGISTRY_URL,\r
 924               registryURL.getText());\r
 925     }\r
 926 \r
 927     StringBuffer sb = new StringBuffer();\r
 928     for (int r = 0; r < table.getModel().getRowCount(); r++)\r
 929     {\r
 930       if (((Boolean) table.getValueAt(r, 1)).booleanValue())\r
 931       {\r
 932         sb.append(table.getValueAt(r, 0) + "\t");\r
 933       }\r
 934     }\r
 935 \r
 936     properties.setProperty(jalview.bin.Cache.DAS_ACTIVE_SOURCE,\r
 937             sb.toString());\r
 938 \r
 939     if (localSources != null)\r
 940     {\r
 941       sb = new StringBuffer();\r
 942       Enumeration en = localSources.keys();\r
 943       while (en.hasMoreElements())\r
 944       {\r
 945         String token = en.nextElement().toString();\r
 946         sb.append(token\r
 947                 + "|"\r
 948                 + (selectedInList(getCapabilityKeys(getVersionFor(localSources.get(token))),\r
 949                         new String[] { "das1:"+Capabilities.SEQUENCE.getName()}) ? "sequence:" : "")\r
 950                 + getVersionFor(localSources.get(token)).getUri() + "\t");\r
 951       }\r
 952 \r
 953       properties.setProperty(jalview.bin.Cache.DAS_LOCAL_SOURCE,\r
 954               sb.toString());\r
 955     }\r
 956 \r
 957   }\r
 958 \r
 959   class DASTableModel extends AbstractTableModel\r
 960   {\r
 961 \r
 962     public DASTableModel(Object[][] data)\r
 963     {\r
 964       this.data = data;\r
 965     }\r
 966 \r
 967     private String[] columnNames = new String[]\r
 968     { "Nickname", "Use Source" };\r
 969 \r
 970     private Object[][] data;\r
 971 \r
 972     public int getColumnCount()\r
 973     {\r
 974       return columnNames.length;\r
 975     }\r
 976 \r
 977     public int getRowCount()\r
 978     {\r
 979       return data.length;\r
 980     }\r
 981 \r
 982     public String getColumnName(int col)\r
 983     {\r
 984       return columnNames[col];\r
 985     }\r
 986 \r
 987     public Object getValueAt(int row, int col)\r
 988     {\r
 989       return data[row][col];\r
 990     }\r
 991 \r
 992     /*\r
 993      * JTable uses this method to determine the default renderer/ editor for\r
 994      * each cell. If we didn't implement this method, then the last column would\r
 995      * contain text ("true"/"false"), rather than a check box.\r
 996      */\r
 997     public Class getColumnClass(int c)\r
 998     {\r
 999       return getValueAt(0, c).getClass();\r
1000     }\r
1001 \r
1002     /*\r
1003      * Don't need to implement this method unless your table's editable.\r
1004      */\r
1005     public boolean isCellEditable(int row, int col)\r
1006     {\r
1007       // Note that the data/cell address is constant,\r
1008       // no matter where the cell appears onscreen.\r
1009       return col == 1;\r
1010 \r
1011     }\r
1012 \r
1013     /*\r
1014      * Don't need to implement this method unless your table's data can change.\r
1015      */\r
1016     public void setValueAt(Object value, int row, int col)\r
1017     {\r
1018       data[row][col] = value;\r
1019       fireTableCellUpdated(row, col);\r
1020 \r
1021       String name = getValueAt(row, 0).toString();\r
1022       boolean selected = ((Boolean) value).booleanValue();\r
1023 \r
1024       if (selectedSources.contains(name) && !selected)\r
1025       {\r
1026         selectedSources.remove(name);\r
1027       }\r
1028 \r
1029       if (!selectedSources.contains(name) && selected)\r
1030       {\r
1031         selectedSources.add(name);\r
1032       }\r
1033     }\r
1034   }\r
1035 \r
1036   public void initDasSources()\r
1037   {\r
1038 \r
1039     Thread thr = new Thread(new Runnable()\r
1040     {\r
1041       public void run()\r
1042       {\r
1043         // this actually initialises the das source list\r
1044         paintComponent(null); // yuk\r
1045       }\r
1046     });\r
1047     thr.start();\r
1048     while (loadingDasSources || dasSources == null)\r
1049     {\r
1050       try\r
1051       {\r
1052         Thread.sleep(10);\r
1053       } catch (Exception e)\r
1054       {\r
1055       }\r
1056       ;\r
1057     }\r
1058   }\r
1059 \r
1060   public Vector resolveSourceNicknames(Vector sources)\r
1061   {\r
1062 \r
1063     Vector resolved = new Vector();\r
1064     if (sources != null)\r
1065     {\r
1066       for (int i = 0; i < dasSources.length; i++)\r
1067       {\r
1068         if (sources.contains(dasSources[i].getTitle()))\r
1069         {\r
1070           if (!resolved.contains(dasSources[i]))\r
1071           {\r
1072             resolved.addElement(dasSources[i]);\r
1073           }\r
1074         }\r
1075       }\r
1076     }\r
1077     return resolved;\r
1078   }\r
1079 \r
1080   /**\r
1081    * disable or enable the buttons on the source browser\r
1082    * \r
1083    * @param b\r
1084    */\r
1085   public void setGuiEnabled(boolean b)\r
1086   {\r
1087     refresh.setEnabled(b);\r
1088     addLocal.setEnabled(b);\r
1089   }\r
1090 }\r