src/jalview/gui/DasSourceBrowser.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import java.util.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 import java.awt.event.*;\r
  25 import javax.swing.*;\r
  26 import javax.swing.event.*;\r
  27 import javax.swing.table.*;\r
  28 \r
  29 import org.biojava.dasobert.dasregistry.*;\r
  30 import jalview.jbgui.*;\r
  31 import jalview.util.*;\r
  32 \r
  33 public class DasSourceBrowser\r
  34     extends GDasSourceBrowser implements Runnable, ListSelectionListener\r
  35 {\r
  36   static DasSource[] dasSources = null;\r
  37 \r
  38   Hashtable localSources = null;\r
  39 \r
  40   Vector selectedSources;\r
  41 \r
  42   public static String DEFAULT_REGISTRY =\r
  43       "http://www.dasregistry.org/das1/sources/";\r
  44 \r
  45   /**\r
  46    * true if thread is running and we are talking to DAS registry service\r
  47    */\r
  48   public boolean loadingDasSources = false;\r
  49 \r
  50   public DasSourceBrowser()\r
  51   {\r
  52     String registry = jalview.bin.Cache.getDefault("DAS_REGISTRY_URL",\r
  53         DEFAULT_REGISTRY);\r
  54 \r
  55     if (registry.indexOf("/registry/das1/sources/") > -1)\r
  56     {\r
  57       jalview.bin.Cache.setProperty("DAS_REGISTRY_URL", DEFAULT_REGISTRY);\r
  58       registry = DEFAULT_REGISTRY;\r
  59     }\r
  60 \r
  61     registryURL.setText(registry);\r
  62 \r
  63     setSelectedFromProperties();\r
  64 \r
  65     displayFullDetails(null);\r
  66     table.setSelectionMode(ListSelectionModel.SINGLE_SELECTION);\r
  67 \r
  68     filter1.addListSelectionListener(this);\r
  69     filter2.addListSelectionListener(this);\r
  70     filter3.addListSelectionListener(this);\r
  71 \r
  72     //Ask to be notified of selection changes.\r
  73     ListSelectionModel rowSM = table.getSelectionModel();\r
  74     rowSM.addListSelectionListener(new ListSelectionListener()\r
  75     {\r
  76       public void valueChanged(ListSelectionEvent e)\r
  77       {\r
  78         ListSelectionModel lsm = (ListSelectionModel) e.getSource();\r
  79         if (!lsm.isSelectionEmpty())\r
  80         {\r
  81           int selectedRow = lsm.getMinSelectionIndex();\r
  82           displayFullDetails(table.getValueAt(selectedRow, 0).toString());\r
  83         }\r
  84       }\r
  85     });\r
  86 \r
  87     table.addMouseListener(new MouseAdapter()\r
  88     {\r
  89       public void mouseClicked(MouseEvent evt)\r
  90       {\r
  91         if (evt.getClickCount() == 2\r
  92             || SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
  93         {\r
  94           editRemoveLocalSource(evt);\r
  95         }\r
  96       }\r
  97     });\r
  98 \r
  99     if (dasSources != null)\r
 100     {\r
 101       init();\r
 102     }\r
 103   }\r
 104 \r
 105   public void paintComponent(java.awt.Graphics g)\r
 106   {\r
 107     if (dasSources == null && !loadingDasSources)\r
 108     {\r
 109       Thread worker = new Thread(this);\r
 110       worker.start();\r
 111     }\r
 112   }\r
 113 \r
 114   void init()\r
 115   {\r
 116     int dSize = dasSources.length;\r
 117     Object[][] data = new Object[dSize][2];\r
 118     for (int i = 0; i < dSize; i++)\r
 119     {\r
 120       data[i][0] = dasSources[i].getNickname();\r
 121       data[i][1] = new Boolean(selectedSources.contains(dasSources[i].\r
 122           getNickname()));\r
 123     }\r
 124 \r
 125     refreshTableData(data);\r
 126     setCapabilities(dasSources);\r
 127 \r
 128     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 129     {\r
 130       public void run()\r
 131       {\r
 132         TableSorter sorter = (TableSorter) table.getModel();\r
 133         sorter.setSortingStatus(1, TableSorter.DESCENDING);\r
 134         sorter.setSortingStatus(1, TableSorter.NOT_SORTED);\r
 135       }\r
 136     });\r
 137 \r
 138     progressBar.setIndeterminate(false);\r
 139     progressBar.setVisible(false);\r
 140     addLocal.setVisible(true);\r
 141     refresh.setVisible(true);\r
 142   }\r
 143 \r
 144   public void refreshTableData(Object[][] data)\r
 145   {\r
 146     TableSorter sorter = new TableSorter(new DASTableModel(data));\r
 147     sorter.setTableHeader(table.getTableHeader());\r
 148     table.setModel(sorter);\r
 149   }\r
 150 \r
 151   void displayFullDetails(String nickName)\r
 152   {\r
 153 \r
 154     StringBuffer text = new StringBuffer(\r
 155         "<HTML><font size=\"2\" face=\"Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif\">");\r
 156 \r
 157     if (nickName == null)\r
 158     {\r
 159       fullDetails.setText(text +\r
 160                           "Select a DAS service from the table"\r
 161                           + " to read a full description here.</font></html>");\r
 162       return;\r
 163     }\r
 164 \r
 165     int dSize = dasSources.length;\r
 166     for (int i = 0; i < dSize; i++)\r
 167     {\r
 168       if (!dasSources[i].getNickname().equals(nickName))\r
 169       {\r
 170         continue;\r
 171       }\r
 172 \r
 173       DasSource ds = dasSources[i];\r
 174 \r
 175       text.append("<font color=\"#0000FF\">Id:</font> " + dasSources[i].getId() +\r
 176                   "<br>");\r
 177       text.append("<font color=\"#0000FF\">Nickname:</font> " +\r
 178                   dasSources[i].getNickname() + "<br>");\r
 179       text.append("<font color=\"#0000FF\">URL:</font> " + dasSources[i].getUrl() +\r
 180                   "<br>");\r
 181 \r
 182       text.append(\r
 183           "<font color=\"#0000FF\">Admin Email:</font> <a href=\"mailto:"\r
 184           + dasSources[i].getAdminemail()\r
 185           + "\">" + dasSources[i].getAdminemail() + "</a>" +\r
 186           "<br>");\r
 187 \r
 188       text.append("<font color=\"#0000FF\">Registered at:</font> " +\r
 189                   dasSources[i].getRegisterDate() +\r
 190                   "<br>");\r
 191 \r
 192       text.append("<font color=\"#0000FF\">Last successful test:</font> " +\r
 193                   dasSources[i].getLeaseDate() +\r
 194                   "<br>");\r
 195 \r
 196       text.append("<font color=\"#0000FF\">Labels:</font> ");\r
 197       for (int s = 0; s < dasSources[i].getLabels().length; s++)\r
 198       {\r
 199         text.append(dasSources[i].getLabels()[s]);\r
 200         if (s < dasSources[i].getLabels().length - 1)\r
 201         {\r
 202           text.append(",");\r
 203         }\r
 204         text.append(" ");\r
 205       }\r
 206       text.append("<br>");\r
 207 \r
 208       text.append("<font color=\"#0000FF\">Capabilities:</font> ");\r
 209       String[] scap = dasSources[i].getCapabilities();\r
 210       for (int j = 0; j < scap.length; j++)\r
 211       {\r
 212         text.append(scap[j]);\r
 213         if (j < scap.length - 1)\r
 214         {\r
 215           text.append(", ");\r
 216         }\r
 217       }\r
 218       text.append("<br>");\r
 219 \r
 220       text.append("<font color=\"#0000FF\">Coordinates:</font> ");\r
 221       DasCoordinateSystem[] dcs = ds.getCoordinateSystem();\r
 222       for (int j = 0; j < dcs.length; j++)\r
 223       {\r
 224         text.append("(" + dcs[j].getUniqueId() + ") "\r
 225                     + dcs[j].getCategory() + ", " + dcs[j].getName());\r
 226         if (dcs[j].getNCBITaxId() != 0)\r
 227         {\r
 228           text.append(", " + dcs[j].getNCBITaxId());\r
 229         }\r
 230         if (dcs[j].getOrganismName().length() > 0)\r
 231         {\r
 232           text.append(", " + dcs[j].getOrganismName());\r
 233         }\r
 234 \r
 235         text.append("<br>");\r
 236       }\r
 237 \r
 238       text.append("<font color=\"#0000FF\">Description:</font> " +\r
 239                   dasSources[i].getDescription() + "<br>");\r
 240 \r
 241       if (dasSources[i].getHelperurl() != null\r
 242           && dasSources[i].getHelperurl().length() > 0)\r
 243       {\r
 244         text.append("<font color=\"#0000FF\"><a href=\"" +\r
 245                     dasSources[i].getHelperurl()\r
 246                     + "\">Go to site</a></font<br>");\r
 247       }\r
 248 \r
 249       text.append("</font></html>");\r
 250 \r
 251       break;\r
 252     }\r
 253 \r
 254     fullDetails.setText(text.toString());\r
 255     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 256     {\r
 257       public void run()\r
 258       {\r
 259         fullDetailsScrollpane.getVerticalScrollBar().setValue(0);\r
 260       }\r
 261     });\r
 262   }\r
 263 \r
 264   public void run()\r
 265   {\r
 266     loadingDasSources = true;\r
 267 \r
 268     addLocal.setVisible(false);\r
 269     refresh.setVisible(false);\r
 270     progressBar.setVisible(true);\r
 271     progressBar.setIndeterminate(true);\r
 272 \r
 273     dasSources = jalview.ws.DasSequenceFeatureFetcher.getDASSources();\r
 274 \r
 275     appendLocalSources();\r
 276 \r
 277     init();\r
 278 \r
 279     loadingDasSources = false;\r
 280 \r
 281   }\r
 282 \r
 283   public Vector getSelectedSources()\r
 284   {\r
 285     Vector selected = new Vector();\r
 286     for (int r = 0; r < selectedSources.size(); r++)\r
 287     {\r
 288       for (int i = 0; i < dasSources.length; i++)\r
 289       {\r
 290         if (dasSources[i].getNickname().equals(\r
 291             selectedSources.elementAt(r)))\r
 292         {\r
 293           selected.addElement(dasSources[i]);\r
 294           break;\r
 295         }\r
 296       }\r
 297     }\r
 298 \r
 299     return selected;\r
 300   }\r
 301 \r
 302   public DasSource[] getDASSource()\r
 303   {\r
 304     if (dasSources == null)\r
 305     {\r
 306       dasSources = jalview.ws.DasSequenceFeatureFetcher.getDASSources();\r
 307       appendLocalSources();\r
 308     }\r
 309 \r
 310     return dasSources;\r
 311   }\r
 312 \r
 313   public void refresh_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 314   {\r
 315     saveProperties(jalview.bin.Cache.applicationProperties);\r
 316 \r
 317     Thread worker = new Thread(this);\r
 318     worker.start();\r
 319   }\r
 320 \r
 321   private void setCapabilities(DasSource[] sources)\r
 322   {\r
 323     Vector authority = new Vector();\r
 324     Vector type = new Vector();\r
 325     Vector label = new Vector();\r
 326 \r
 327     authority.addElement("Any");\r
 328     type.addElement("Any");\r
 329     label.addElement("Any");\r
 330 \r
 331     for (int i = 0; i < sources.length; i++)\r
 332     {\r
 333       DasSource ds = sources[i];\r
 334 \r
 335       DasCoordinateSystem[] dcs = ds.getCoordinateSystem();\r
 336 \r
 337       for (int j = 0; j < dcs.length; j++)\r
 338       {\r
 339         if (!type.contains(dcs[j].getCategory()))\r
 340         {\r
 341           type.addElement(dcs[j].getCategory());\r
 342         }\r
 343 \r
 344         if (!authority.contains(dcs[j].getName()))\r
 345         {\r
 346           authority.addElement(dcs[j].getName());\r
 347         }\r
 348       }\r
 349 \r
 350       String[] slabels = ds.getLabels();\r
 351       for (int s = 0; s < slabels.length; s++)\r
 352       {\r
 353         if (!label.contains(slabels[s]))\r
 354         {\r
 355           label.addElement(slabels[s]);\r
 356         }\r
 357       }\r
 358 \r
 359     }\r
 360 \r
 361     filter1.setListData(authority);\r
 362     filter2.setListData(type);\r
 363     filter3.setListData(label);\r
 364 \r
 365     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 366     {\r
 367       public void run()\r
 368       {\r
 369         filter1.setSelectedIndex(0);\r
 370         filter2.setSelectedIndex(0);\r
 371         filter3.setSelectedIndex(0);\r
 372       }\r
 373     });\r
 374   }\r
 375 \r
 376   public void amendLocal(boolean newSource)\r
 377   {\r
 378     String url = "http://localhost:8080/", nickname = "";\r
 379 \r
 380     if (!newSource)\r
 381     {\r
 382       int selectedRow = table.getSelectionModel().getMinSelectionIndex();\r
 383       nickname = table.getValueAt(selectedRow, 0).toString();\r
 384       url = ( (DasSource) localSources.get(nickname)).getUrl();\r
 385     }\r
 386 \r
 387     JTextField nametf = new JTextField(nickname, 40);\r
 388     JTextField urltf = new JTextField(url, 40);\r
 389 \r
 390     JPanel panel = new JPanel(new BorderLayout());\r
 391     JPanel pane12 = new JPanel(new BorderLayout());\r
 392     pane12.add(new JLabel("Nickname: "), BorderLayout.CENTER);\r
 393     pane12.add(nametf, BorderLayout.EAST);\r
 394     panel.add(pane12, BorderLayout.NORTH);\r
 395     pane12 = new JPanel(new BorderLayout());\r
 396     pane12.add(new JLabel("URL: "), BorderLayout.CENTER);\r
 397     pane12.add(urltf, BorderLayout.EAST);\r
 398     panel.add(pane12, BorderLayout.SOUTH);\r
 399 \r
 400     int reply = JOptionPane.showInternalConfirmDialog(Desktop.desktop,\r
 401         panel, "Enter Nickname & URL of Local DAS Source",\r
 402         JOptionPane.OK_CANCEL_OPTION);\r
 403 \r
 404     if (reply != JOptionPane.OK_OPTION)\r
 405     {\r
 406       return;\r
 407     }\r
 408 \r
 409     if (!urltf.getText().endsWith("/"))\r
 410     {\r
 411       urltf.setText(urltf.getText() + "/");\r
 412     }\r
 413 \r
 414     Das1Source local = new Das1Source();\r
 415 \r
 416     local.setUrl(urltf.getText());\r
 417     local.setNickname(nametf.getText());\r
 418 \r
 419     if (localSources == null)\r
 420     {\r
 421       localSources = new Hashtable();\r
 422     }\r
 423 \r
 424     localSources.put(local.getNickname(), local);\r
 425 \r
 426     if (!newSource && !nickname.equals(nametf.getText()))\r
 427     {\r
 428       localSources.remove(nickname);\r
 429     }\r
 430 \r
 431     int size = dasSources.length;\r
 432     int adjust = newSource ? 1 : 0;\r
 433 \r
 434     Object[][] data = new Object[size + adjust][2];\r
 435     for (int i = 0; i < size; i++)\r
 436     {\r
 437       if (!newSource && dasSources[i].getNickname().equals(nickname))\r
 438       {\r
 439         ( (DasSource) dasSources[i]).setNickname(local.getNickname());\r
 440         ( (DasSource) dasSources[i]).setUrl(local.getUrl());\r
 441         data[i][0] = local.getNickname();\r
 442         data[i][1] = new Boolean(true);\r
 443       }\r
 444       else\r
 445       {\r
 446         data[i][0] = dasSources[i].getNickname();\r
 447         data[i][1] = new Boolean(selectedSources.contains(dasSources[i].\r
 448             getNickname()));\r
 449       }\r
 450     }\r
 451 \r
 452     if (newSource)\r
 453     {\r
 454       data[size][0] = local.getNickname();\r
 455       data[size][1] = new Boolean(true);\r
 456       selectedSources.add(local.getNickname());\r
 457     }\r
 458 \r
 459     DasSource[] tmp = new DasSource[size + adjust];\r
 460 \r
 461     System.arraycopy(dasSources, 0, tmp, 0, size);\r
 462 \r
 463     if (newSource)\r
 464     {\r
 465       tmp[size] = local;\r
 466     }\r
 467 \r
 468     dasSources = tmp;\r
 469 \r
 470     refreshTableData(data);\r
 471 \r
 472     SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 473     {\r
 474       public void run()\r
 475       {\r
 476         scrollPane.getVerticalScrollBar().setValue(\r
 477             scrollPane.getVerticalScrollBar().getMaximum()\r
 478             );\r
 479       }\r
 480     });\r
 481 \r
 482     displayFullDetails(local.getNickname());\r
 483   }\r
 484 \r
 485   public void editRemoveLocalSource(MouseEvent evt)\r
 486   {\r
 487     int selectedRow = table.getSelectionModel().getMinSelectionIndex();\r
 488     if (selectedRow == -1)\r
 489     {\r
 490       return;\r
 491     }\r
 492 \r
 493     String nickname = table.getValueAt(selectedRow, 0).toString();\r
 494 \r
 495     if (!localSources.containsKey(nickname))\r
 496     {\r
 497       JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
 498                                             "You can only edit or remove local DAS Sources!",\r
 499                                             "Public DAS source - not editable",\r
 500                                             JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
 501       return;\r
 502     }\r
 503 \r
 504     Object[] options =\r
 505         {\r
 506         "Edit", "Remove", "Cancel"};\r
 507     int choice = JOptionPane.showInternalOptionDialog(Desktop.desktop,\r
 508         "Do you want to edit or remove " + nickname + "?",\r
 509         "Edit / Remove Local DAS Source",\r
 510         JOptionPane.YES_NO_CANCEL_OPTION,\r
 511         JOptionPane.QUESTION_MESSAGE,\r
 512         null,\r
 513         options,\r
 514         options[2]);\r
 515 \r
 516     switch (choice)\r
 517     {\r
 518       case 0:\r
 519         amendLocal(false);\r
 520         break;\r
 521       case 1:\r
 522         localSources.remove(nickname);\r
 523         selectedSources.remove(nickname);\r
 524         Object[][] data = new Object[dasSources.length - 1][2];\r
 525         DasSource[] tmp = new DasSource[dasSources.length - 1];\r
 526         int index = 0;\r
 527         for (int i = 0; i < dasSources.length; i++)\r
 528         {\r
 529           if (dasSources[i].getNickname().equals(nickname))\r
 530           {\r
 531             continue;\r
 532           }\r
 533           else\r
 534           {\r
 535             tmp[index] = dasSources[i];\r
 536             data[index][0] = dasSources[i].getNickname();\r
 537             data[index][1] = new Boolean(selectedSources.contains(dasSources[i].\r
 538                 getNickname()));\r
 539             index++;\r
 540           }\r
 541         }\r
 542         dasSources = tmp;\r
 543         refreshTableData(data);\r
 544         SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 545         {\r
 546           public void run()\r
 547           {\r
 548             scrollPane.getVerticalScrollBar().setValue(\r
 549                 scrollPane.getVerticalScrollBar().getMaximum()\r
 550                 );\r
 551           }\r
 552         });\r
 553 \r
 554         break;\r
 555     }\r
 556   }\r
 557 \r
 558   void appendLocalSources()\r
 559   {\r
 560     if (localSources == null)\r
 561     {\r
 562       return;\r
 563     }\r
 564 \r
 565     int size = dasSources != null ? dasSources.length : 0;\r
 566     int lsize = localSources.size();\r
 567 \r
 568     Object[][] data = new Object[size + lsize][2];\r
 569     for (int i = 0; i < size; i++)\r
 570     {\r
 571       data[i][0] = dasSources[i].getNickname();\r
 572       data[i][1] = new Boolean(selectedSources.contains(dasSources[i].\r
 573           getNickname()));\r
 574     }\r
 575 \r
 576     DasSource[] tmp = new DasSource[size + lsize];\r
 577     if (dasSources != null)\r
 578     {\r
 579       System.arraycopy(dasSources, 0, tmp, 0, size);\r
 580     }\r
 581 \r
 582     Enumeration en = localSources.keys();\r
 583     int index = size;\r
 584     while (en.hasMoreElements())\r
 585     {\r
 586       String key = en.nextElement().toString();\r
 587       data[index][0] = key;\r
 588       data[index][1] = new Boolean(false);\r
 589       tmp[index] = new Das1Source();\r
 590       tmp[index].setNickname(key);\r
 591       tmp[index].setUrl( ( (DasSource) localSources.get(key)).getUrl());\r
 592 \r
 593       index++;\r
 594     }\r
 595 \r
 596     dasSources = tmp;\r
 597 \r
 598     refreshTableData(data);\r
 599   }\r
 600 \r
 601   public void valueChanged(ListSelectionEvent evt)\r
 602   {\r
 603     //Called when the MainTable selection changes\r
 604     if (evt.getValueIsAdjusting())\r
 605     {\r
 606       return;\r
 607     }\r
 608 \r
 609     displayFullDetails(null);\r
 610 \r
 611     // Filter the displayed data sources\r
 612     int dSize = dasSources.length;\r
 613 \r
 614     ArrayList names = new ArrayList();\r
 615     ArrayList selected = new ArrayList();\r
 616     DasSource ds;\r
 617 \r
 618     //The features filter is not visible, but we must still\r
 619     //filter the das source list here.\r
 620     //July 2006 - only 6 sources fo not serve features\r
 621     Object[] dummyFeatureList = new Object[]\r
 622         {\r
 623         "features"};\r
 624 \r
 625     for (int i = 0; i < dSize; i++)\r
 626     {\r
 627       ds = dasSources[i];\r
 628       DasCoordinateSystem[] dcs = ds.getCoordinateSystem();\r
 629 \r
 630       if (dcs.length == 0 && ds.getCapabilities().length == 0\r
 631           && filter1.getSelectedIndex() == 0\r
 632           && filter2.getSelectedIndex() == 0\r
 633           && filter3.getSelectedIndex() == 0)\r
 634       {\r
 635         //THIS IS A FIX FOR LOCAL SOURCES WHICH DO NOT\r
 636         //HAVE COORDINATE SYSTEMS, INFO WHICH AT PRESENT\r
 637         //IS ADDED FROM THE REGISTRY\r
 638         names.add(ds.getNickname());\r
 639         selected.add(new Boolean(\r
 640             selectedSources.contains(ds.getNickname())));\r
 641         continue;\r
 642       }\r
 643 \r
 644       if (!selectedInList(dummyFeatureList, ds.getCapabilities())\r
 645           || !selectedInList(filter3.getSelectedValues(),\r
 646                              ds.getLabels()))\r
 647       {\r
 648         continue;\r
 649       }\r
 650 \r
 651       for (int j = 0; j < dcs.length; j++)\r
 652       {\r
 653         if (selectedInList(filter1.getSelectedValues(),\r
 654                            new String[]\r
 655                            {dcs[j].getName()})\r
 656             && selectedInList(filter2.getSelectedValues(),\r
 657                               new String[]\r
 658                               {dcs[j].getCategory()}))\r
 659         {\r
 660           names.add(ds.getNickname());\r
 661           selected.add(new Boolean(\r
 662               selectedSources.contains(ds.getNickname())));\r
 663           break;\r
 664         }\r
 665       }\r
 666     }\r
 667 \r
 668     dSize = names.size();\r
 669     Object[][] data = new Object[dSize][2];\r
 670     for (int d = 0; d < dSize; d++)\r
 671     {\r
 672       data[d][0] = names.get(d);\r
 673       data[d][1] = selected.get(d);\r
 674     }\r
 675 \r
 676     refreshTableData(data);\r
 677   }\r
 678 \r
 679   boolean selectedInList(Object[] selection, String[] items)\r
 680   {\r
 681     for (int i = 0; i < selection.length; i++)\r
 682     {\r
 683       if (selection[i].equals("Any"))\r
 684       {\r
 685         return true;\r
 686       }\r
 687 \r
 688       for (int j = 0; j < items.length; j++)\r
 689       {\r
 690         if (selection[i].equals(items[j]))\r
 691         {\r
 692           return true;\r
 693         }\r
 694       }\r
 695     }\r
 696 \r
 697     return false;\r
 698   }\r
 699 \r
 700   void setSelectedFromProperties()\r
 701   {\r
 702     String active = jalview.bin.Cache.getDefault("DAS_ACTIVE_SOURCE", "uniprot");\r
 703     StringTokenizer st = new StringTokenizer(active, "\t");\r
 704     selectedSources = new Vector();\r
 705     while (st.hasMoreTokens())\r
 706     {\r
 707       selectedSources.addElement(st.nextToken());\r
 708     }\r
 709 \r
 710     String local = jalview.bin.Cache.getProperty("DAS_LOCAL_SOURCE");\r
 711     if (local != null)\r
 712     {\r
 713       if (localSources == null)\r
 714       {\r
 715         localSources = new Hashtable();\r
 716       }\r
 717 \r
 718       st = new StringTokenizer(local, "\t");\r
 719       while (st.hasMoreTokens())\r
 720       {\r
 721         String token = st.nextToken();\r
 722         int bar = token.indexOf("|");\r
 723         Das1Source source = new Das1Source();\r
 724 \r
 725         source.setUrl(token.substring(bar + 1));\r
 726         source.setNickname(token.substring(0, bar));\r
 727 \r
 728         localSources.put(source.getNickname(), source);\r
 729       }\r
 730     }\r
 731   }\r
 732 \r
 733   public void reset_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 734   {\r
 735     registryURL.setText(DEFAULT_REGISTRY);\r
 736   }\r
 737 \r
 738   public void saveProperties(Properties properties)\r
 739   {\r
 740     if (registryURL.getText() == null || registryURL.getText().length() < 1)\r
 741     {\r
 742       properties.remove("DAS_REGISTRY_URL");\r
 743     }\r
 744     else\r
 745     {\r
 746       properties.setProperty("DAS_REGISTRY_URL", registryURL.getText());\r
 747     }\r
 748 \r
 749     StringBuffer sb = new StringBuffer();\r
 750     for (int r = 0; r < table.getModel().getRowCount(); r++)\r
 751     {\r
 752       if ( ( (Boolean) table.getValueAt(r, 1)).booleanValue())\r
 753       {\r
 754         sb.append(table.getValueAt(r, 0) + "\t");\r
 755       }\r
 756     }\r
 757 \r
 758     properties.setProperty("DAS_ACTIVE_SOURCE", sb.toString());\r
 759 \r
 760     if (localSources != null)\r
 761     {\r
 762       sb = new StringBuffer();\r
 763       Enumeration en = localSources.keys();\r
 764       while (en.hasMoreElements())\r
 765       {\r
 766         String token = en.nextElement().toString();\r
 767         sb.append(token + "|"\r
 768                   + ( (DasSource) localSources.get(token)).getUrl()\r
 769                   + "\t");\r
 770       }\r
 771 \r
 772       properties.setProperty("DAS_LOCAL_SOURCE", sb.toString());\r
 773     }\r
 774 \r
 775   }\r
 776 \r
 777   class DASTableModel\r
 778       extends AbstractTableModel\r
 779   {\r
 780 \r
 781     public DASTableModel(Object[][] data)\r
 782     {\r
 783       this.data = data;\r
 784     }\r
 785 \r
 786     private String[] columnNames = new String[]\r
 787         {\r
 788         "Nickname", "Use Source"};\r
 789 \r
 790     private Object[][] data;\r
 791 \r
 792     public int getColumnCount()\r
 793     {\r
 794       return columnNames.length;\r
 795     }\r
 796 \r
 797     public int getRowCount()\r
 798     {\r
 799       return data.length;\r
 800     }\r
 801 \r
 802     public String getColumnName(int col)\r
 803     {\r
 804       return columnNames[col];\r
 805     }\r
 806 \r
 807     public Object getValueAt(int row, int col)\r
 808     {\r
 809       return data[row][col];\r
 810     }\r
 811 \r
 812     /*\r
 813      * JTable uses this method to determine the default renderer/\r
 814      * editor for each cell.  If we didn't implement this method,\r
 815      * then the last column would contain text ("true"/"false"),\r
 816      * rather than a check box.\r
 817      */\r
 818     public Class getColumnClass(int c)\r
 819     {\r
 820       return getValueAt(0, c).getClass();\r
 821     }\r
 822 \r
 823     /*\r
 824      * Don't need to implement this method unless your table's\r
 825      * editable.\r
 826      */\r
 827     public boolean isCellEditable(int row, int col)\r
 828     {\r
 829       //Note that the data/cell address is constant,\r
 830       //no matter where the cell appears onscreen.\r
 831       return col == 1;\r
 832 \r
 833     }\r
 834 \r
 835     /*\r
 836      * Don't need to implement this method unless your table's\r
 837      * data can change.\r
 838      */\r
 839     public void setValueAt(Object value, int row, int col)\r
 840     {\r
 841       data[row][col] = value;\r
 842       fireTableCellUpdated(row, col);\r
 843 \r
 844       String name = getValueAt(row, 0).toString();\r
 845       boolean selected = ( (Boolean) value).booleanValue();\r
 846 \r
 847       if (selectedSources.contains(name) && !selected)\r
 848       {\r
 849         selectedSources.remove(name);\r
 850       }\r
 851 \r
 852       if (!selectedSources.contains(name) && selected)\r
 853       {\r
 854         selectedSources.add(name);\r
 855       }\r
 856     }\r
 857   }\r
 858 }\r