src/jalview/gui/DasSourceBrowser.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)\r
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  * \r
   5  * This file is part of Jalview.\r
   6  * \r
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
  10  * \r
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
  15  * \r
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
  17  */\r
  18 package jalview.gui;\r
  19 \r
  20 import java.security.interfaces.DSAKey;\r
  21 import java.text.ParseException;\r
  22 import java.util.*;\r
  23 import java.util.List;\r
  24 \r
  25 import java.awt.*;\r
  26 import java.awt.event.*;\r
  27 import javax.swing.*;\r
  28 import javax.swing.event.*;\r
  29 import javax.swing.table.*;\r
  30 \r
  31 import org.biodas.jdas.dassources.Capabilities;\r
  32 import org.biodas.jdas.dassources.utils.DasTimeFormat;\r
  33 import org.biodas.jdas.schema.sources.CAPABILITY;\r
  34 import org.biodas.jdas.schema.sources.COORDINATES;\r
  35 import org.biodas.jdas.schema.sources.MAINTAINER;\r
  36 import org.biodas.jdas.schema.sources.PROP;\r
  37 import org.biodas.jdas.schema.sources.SOURCE;\r
  38 import org.biodas.jdas.schema.sources.SOURCES;\r
  39 import org.biodas.jdas.schema.sources.VERSION;\r
  40 \r
  41 import jalview.jbgui.*;\r
  42 import jalview.util.*;\r
  43 \r
  44 public class DasSourceBrowser extends GDasSourceBrowser implements\r
  45         Runnable, ListSelectionListener\r
  46 {\r
  47   static org.biodas.jdas.schema.sources.SOURCE[] dasSources = null;\r
  48 \r
  49   Hashtable localSources = null;\r
  50 \r
  51   Vector selectedSources;\r
  52 \r
  53   public static String DEFAULT_REGISTRY = "http://www.dasregistry.org/das1/sources/";\r
  54 \r
  55   /**\r
  56    * true if thread is running and we are talking to DAS registry service\r
  57    */\r
  58   public boolean loadingDasSources = false;\r
  59 \r
  60   protected static String getDasRegistryURL()\r
  61   {\r
  62     String registry = jalview.bin.Cache.getDefault("DAS_REGISTRY_URL",\r
  63             DEFAULT_REGISTRY);\r
  64 \r
  65     if (registry.indexOf("/registry/das1/sources/") > -1)\r
  66     {\r
  67       jalview.bin.Cache.setProperty(jalview.bin.Cache.DAS_REGISTRY_URL,\r
  68               DEFAULT_REGISTRY);\r
  69       registry = DEFAULT_REGISTRY;\r
  70     }\r
  71     return registry;\r
  72   }\r
  73 \r
  74   public DasSourceBrowser(FeatureSettings featureSettings)\r
  75   {\r
  76     fs = featureSettings;\r
  77     String registry = getDasRegistryURL();\r
  78 \r
  79     registryURL.setText(registry);\r
  80 \r
  81     setSelectedFromProperties();\r
  82 \r
  83     displayFullDetails(null);\r
  84     table.setSelectionMode(ListSelectionModel.SINGLE_SELECTION);\r
  85 \r
  86     filter1.addListSelectionListener(this);\r
  87     filter2.addListSelectionListener(this);\r
  88     filter3.addListSelectionListener(this);\r
  89 \r
  90     // Ask to be notified of selection changes.\r
  91     ListSelectionModel rowSM = table.getSelectionModel();\r
  92     rowSM.addListSelectionListener(new ListSelectionListener()\r
  93     {\r
  94       public void valueChanged(ListSelectionEvent e)\r
  95       {\r
  96         ListSelectionModel lsm = (ListSelectionModel) e.getSource();\r
  97         if (!lsm.isSelectionEmpty())\r
  98         {\r
  99           int selectedRow = lsm.getMinSelectionIndex();\r
 100           displayFullDetails(table.getValueAt(selectedRow, 0).toString());\r
 101         }\r
 102       }\r
 103     });\r
 104 \r
 105     table.addMouseListener(new MouseAdapter()\r
 106     {\r
 107       public void mouseClicked(MouseEvent evt)\r
 108       {\r
 109         if (evt.getClickCount() == 2\r
 110                 || SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
 111         {\r
 112           editRemoveLocalSource(evt);\r
 113         }\r
 114       }\r
 115     });\r
 116 \r
 117     if (dasSources != null)\r
 118     {\r
 119       init();\r
 120     }\r
 121   }\r
 122 \r
 123   FeatureSettings fs = null;\r
 124 \r
 125   public DasSourceBrowser()\r
 126   {\r
 127     this(null);\r
 128   }\r
 129 \r
 130   public void paintComponent(java.awt.Graphics g)\r
 131   {\r
 132     if (dasSources == null && !loadingDasSources)\r
 133     {\r
 134       Thread worker = new Thread(this);\r
 135       worker.start();\r
 136     }\r
 137   }\r
 138 \r
 139   void init()\r
 140   {\r
 141     int dSize = dasSources.length;\r
 142     Object[][] data = new Object[dSize][2];\r
 143     for (int i = 0; i < dSize; i++)\r
 144     {\r
 145       data[i][0] = dasSources[i].getTitle(); // what's equivalent of nickname\r
 146       data[i][1] = new Boolean(selectedSources.contains(dasSources[i]\r
 147               .getTitle()));\r
 148     }\r
 149 \r
 150     refreshTableData(data);\r
 151     setCapabilities(dasSources);\r
 152 \r
 153     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 154     {\r
 155       public void run()\r
 156       {\r
 157         TableSorter sorter = (TableSorter) table.getModel();\r
 158         sorter.setSortingStatus(1, TableSorter.DESCENDING);\r
 159         sorter.setSortingStatus(1, TableSorter.NOT_SORTED);\r
 160       }\r
 161     });\r
 162 \r
 163     progressBar.setIndeterminate(false);\r
 164     progressBar.setVisible(false);\r
 165     addLocal.setVisible(true);\r
 166     refresh.setVisible(true);\r
 167   }\r
 168 \r
 169   public void refreshTableData(Object[][] data)\r
 170   {\r
 171     TableSorter sorter = new TableSorter(new DASTableModel(data));\r
 172     sorter.setTableHeader(table.getTableHeader());\r
 173     table.setModel(sorter);\r
 174   }\r
 175 \r
 176   void displayFullDetails(String nickName)\r
 177   {\r
 178 \r
 179     StringBuffer text = new StringBuffer(\r
 180             "<HTML><font size=\"2\" face=\"Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif\">");\r
 181 \r
 182     if (nickName == null)\r
 183     {\r
 184       fullDetails.setText(text + "Select a DAS service from the table"\r
 185               + " to read a full description here.</font></html>");\r
 186       return;\r
 187     }\r
 188 \r
 189     int dSize = dasSources.length;\r
 190     for (int i = 0; i < dSize; i++)\r
 191     {\r
 192       if (!dasSources[i].getTitle().equals(nickName))\r
 193       {\r
 194         continue;\r
 195       }\r
 196 \r
 197       SOURCE ds = dasSources[i];\r
 198       VERSION latest = getVersionFor(ds);\r
 199       text.append("<font color=\"#0000FF\">Id:</font> "\r
 200               + dasSources[i].getUri() + "<br>");\r
 201       text.append("<font color=\"#0000FF\">Nickname:</font> "\r
 202               + dasSources[i].getTitle() + "<br>");\r
 203       text.append("<font color=\"#0000FF\">URL:</font> "\r
 204               + latest.getUri() + "<br>");\r
 205 \r
 206       text.append("<font color=\"#0000FF\">Admin Email:</font> <a href=\"mailto:"\r
 207               + ds.getMAINTAINER().getEmail()\r
 208               + "\">"\r
 209               + ds.getMAINTAINER().getEmail() + "</a>" + "<br>");\r
 210 \r
 211       text.append("<font color=\"#0000FF\">Registered at:</font> "\r
 212               + latest.getCreated() + "<br>");\r
 213 \r
 214       // TODO: Identify last successful test date\r
 215 //      text.append("<font color=\"#0000FF\">Last successful test:</font> "\r
 216 //              + latest.dasSources[i].getLeaseDate() + "<br>");\r
 217 \r
 218       text.append("<font color=\"#0000FF\">Labels:</font> ");\r
 219       for (int s = 0; s < latest.getPROP().length; s++)\r
 220       {\r
 221         text.append(dasSources[i].getLabels()[s]);\r
 222         if (s < dasSources[i].getLabels().length - 1)\r
 223         {\r
 224           text.append(",");\r
 225         }\r
 226         text.append(" ");\r
 227       }\r
 228       text.append("<br>");\r
 229 \r
 230       text.append("<font color=\"#0000FF\">Capabilities:</font> ");\r
 231       CAPABILITY[] scap = latest.getCAPABILITY().toArray(new CAPABILITY[0]);\r
 232       for (int j = 0; j < scap.length; j++)\r
 233       {\r
 234         text.append(scap[j]);\r
 235         if (j < scap.length - 1)\r
 236         {\r
 237           text.append(", ");\r
 238         }\r
 239       }\r
 240       text.append("<br>");\r
 241 \r
 242       text.append("<font color=\"#0000FF\">Coordinates:</font> ");\r
 243       DasCoordinateSystem[] dcs = ds.getCoordinateSystem();\r
 244       for (int j = 0; j < dcs.length; j++)\r
 245       {\r
 246         text.append("(" + dcs[j].getUniqueId() + ") "\r
 247                 + dcs[j].getCategory() + ", " + dcs[j].getName());\r
 248         if (dcs[j].getNCBITaxId() != 0)\r
 249         {\r
 250           text.append(", " + dcs[j].getNCBITaxId());\r
 251         }\r
 252         if (dcs[j].getOrganismName().length() > 0)\r
 253         {\r
 254           text.append(", " + dcs[j].getOrganismName());\r
 255         }\r
 256 \r
 257         text.append("<br>");\r
 258       }\r
 259 \r
 260       text.append("<font color=\"#0000FF\">Description:</font> "\r
 261               + dasSources[i].getDescription() + "<br>");\r
 262 \r
 263       if (dasSources[i].getHelperurl() != null\r
 264               && dasSources[i].getHelperurl().length() > 0)\r
 265       {\r
 266         text.append("<font color=\"#0000FF\"><a href=\""\r
 267                 + dasSources[i].getHelperurl()\r
 268                 + "\">Go to site</a></font<br>");\r
 269       }\r
 270 \r
 271       text.append("</font></html>");\r
 272 \r
 273       break;\r
 274     }\r
 275 \r
 276     fullDetails.setText(text.toString());\r
 277     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 278     {\r
 279       public void run()\r
 280       {\r
 281         fullDetailsScrollpane.getVerticalScrollBar().setValue(0);\r
 282       }\r
 283     });\r
 284   }\r
 285 \r
 286   public void run()\r
 287   {\r
 288     loadingDasSources = true;\r
 289 \r
 290     addLocal.setVisible(false);\r
 291     refresh.setVisible(false);\r
 292     progressBar.setVisible(true);\r
 293     progressBar.setIndeterminate(true);\r
 294     setParentGuiEnabled(false);\r
 295     // Refresh the source list.\r
 296     dasSources = null;\r
 297     getDASSource();\r
 298 \r
 299     init();\r
 300 \r
 301     setParentGuiEnabled(true);\r
 302     loadingDasSources = false;\r
 303 \r
 304   }\r
 305 \r
 306   private void setParentGuiEnabled(boolean b)\r
 307   {\r
 308     if (fs != null)\r
 309     {\r
 310       fs.fetchDAS.setEnabled(b);\r
 311       fs.saveDAS.setEnabled(b);\r
 312     }\r
 313   }\r
 314 \r
 315   public Vector getSelectedSources()\r
 316   {\r
 317     // wait around if we're still loading.\r
 318     while (dasSources == null)\r
 319     {\r
 320       if (!loadingDasSources)\r
 321       {\r
 322         new Thread(this).start();\r
 323         try\r
 324         {\r
 325           Thread.sleep(5);\r
 326         } catch (Exception e)\r
 327         {\r
 328         }\r
 329         ;\r
 330         while (loadingDasSources)\r
 331         {\r
 332           try\r
 333           {\r
 334             Thread.sleep(5);\r
 335           } catch (Exception e)\r
 336           {\r
 337           }\r
 338           ;\r
 339         }\r
 340         ;\r
 341       }\r
 342     }\r
 343 \r
 344     Vector selected = new Vector();\r
 345     for (int r = 0; r < selectedSources.size(); r++)\r
 346     {\r
 347       for (int i = 0; i < dasSources.length; i++)\r
 348       {\r
 349         if (dasSources[i].getTitle()\r
 350                 .equals(selectedSources.elementAt(r)))\r
 351         {\r
 352           selected.addElement(dasSources[i]);\r
 353           break;\r
 354         }\r
 355       }\r
 356     }\r
 357 \r
 358     return selected;\r
 359   }\r
 360 \r
 361   /**\r
 362    * retrieve das sources from registry and add local source list\r
 363    * \r
 364    * @return\r
 365    */\r
 366   public SOURCE[] getDASSource()\r
 367   {\r
 368     if (dasSources == null)\r
 369     {\r
 370       dasSources = jalview.ws.DasSequenceFeatureFetcher.getDASSources();\r
 371       appendLocalSources();\r
 372     }\r
 373 \r
 374     return dasSources;\r
 375   }\r
 376 \r
 377   public void refresh_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 378   {\r
 379     saveProperties(jalview.bin.Cache.applicationProperties);\r
 380 \r
 381     Thread worker = new Thread(this);\r
 382     worker.start();\r
 383   }\r
 384 \r
 385   private boolean isLaterThan(String ref, String newer)\r
 386   {\r
 387     Date refdate=null,newdate=null;\r
 388     try {\r
 389       refdate=DasTimeFormat.fromDASString(ref);\r
 390       \r
 391     }\r
 392     catch (ParseException x)\r
 393     {\r
 394       return false;\r
 395     }\r
 396     try {\r
 397       newdate = DasTimeFormat.fromDASString(newer);\r
 398     }\r
 399     catch (ParseException e) {\r
 400       // TODO: handle exception\r
 401     }\r
 402     if (refdate!=null)\r
 403     {\r
 404       if (newdate!=null)\r
 405       {\r
 406         return refdate.before(newdate);\r
 407       }\r
 408       return false;\r
 409     }\r
 410     if (newdate!=null)\r
 411     {\r
 412       return true;\r
 413     }\r
 414     // assume first instance of source is newest in list. - TODO: check if natural ordering of source versions is newest first or oldest first\r
 415     return false;\r
 416   }\r
 417   private VERSION getVersionFor(SOURCE ds)\r
 418   {\r
 419     VERSION latest=null;\r
 420     for (VERSION v:ds.getVERSION()) {\r
 421       if (latest==null || isLaterThan(latest.getCreated(),v.getCreated()))\r
 422       {\r
 423         // TODO: das 1.6 - should just get the first version - ignore other versions since not specified how to construct URL from version's URI + source URI\r
 424         latest=v;\r
 425       }\r
 426     }\r
 427     return latest;\r
 428   }\r
 429   private void setCapabilities(SOURCE[] sources)\r
 430   {\r
 431     Vector<String> authority = new Vector<String>();\r
 432     Vector<String> type = new Vector<String>();\r
 433     Vector<String> label = new Vector<String>();\r
 434     Vector<String> taxIds=new Vector<String>();\r
 435     authority.add("Any");\r
 436     type.add("Any");\r
 437     label.add("Any");\r
 438     \r
 439 \r
 440     for (int i = 0; i < sources.length; i++)\r
 441     {\r
 442       SOURCE ds = sources[i];\r
 443       VERSION latest=getVersionFor(ds);\r
 444       \r
 445       for (COORDINATES cs: latest.getCOORDINATES())\r
 446       {\r
 447         if (!type.contains(cs.getSource()))\r
 448         {\r
 449           type.add(cs.getSource()); // source==category\r
 450         }\r
 451 \r
 452         if (!authority.contains(cs.getAuthority()))\r
 453         {\r
 454           authority.add(cs.getAuthority());\r
 455         }\r
 456       }\r
 457 \r
 458       for (PROP slabel:latest.getPROP())\r
 459       {\r
 460         if (slabel.getName().equalsIgnoreCase("LABEL") && !label.contains(slabel.getValue()))\r
 461         {\r
 462           label.add(slabel.getValue());\r
 463         }\r
 464       }\r
 465 \r
 466     }\r
 467 \r
 468     filter1.setListData(authority);\r
 469     filter2.setListData(type);\r
 470     filter3.setListData(label);\r
 471     // filter4 taxIds\r
 472 \r
 473     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 474     {\r
 475       public void run()\r
 476       {\r
 477         filter1.setSelectedIndex(0);\r
 478         filter2.setSelectedIndex(0);\r
 479         filter3.setSelectedIndex(0);\r
 480       }\r
 481     });\r
 482   }\r
 483 \r
 484   public void amendLocal(boolean newSource)\r
 485   {\r
 486     String url = "http://localhost:8080/", nickname = "";\r
 487     boolean seqsrc = false;\r
 488     if (!newSource)\r
 489     {\r
 490       int selectedRow = table.getSelectionModel().getMinSelectionIndex();\r
 491       nickname = table.getValueAt(selectedRow, 0).toString();\r
 492       url = ((SOURCE) localSources.get(nickname)).getUri();\r
 493       seqsrc = ((SOURCE) localSources.get(nickname)).getVERSION().get(0).getCAPABILITY().contains(Capabilities.SEQUENCE);\r
 494     }\r
 495 \r
 496     JTextField nametf = new JTextField(nickname, 40);\r
 497     JTextField urltf = new JTextField(url, 40);\r
 498     JCheckBox seqs = new JCheckBox("Sequence Source");\r
 499     seqs.setSelected(seqsrc);\r
 500     JPanel panel = new JPanel(new BorderLayout());\r
 501     JPanel pane12 = new JPanel(new BorderLayout());\r
 502     pane12.add(new JLabel("Nickname: "), BorderLayout.CENTER);\r
 503     pane12.add(nametf, BorderLayout.EAST);\r
 504     panel.add(pane12, BorderLayout.NORTH);\r
 505     pane12 = new JPanel(new BorderLayout());\r
 506     pane12.add(new JLabel("URL: "), BorderLayout.NORTH);\r
 507     pane12.add(seqs, BorderLayout.SOUTH);\r
 508     pane12.add(urltf, BorderLayout.EAST);\r
 509     panel.add(pane12, BorderLayout.SOUTH);\r
 510 \r
 511     int reply = JOptionPane.showInternalConfirmDialog(Desktop.desktop,\r
 512             panel, "Enter Nickname & URL of Local DAS Source",\r
 513             JOptionPane.OK_CANCEL_OPTION);\r
 514 \r
 515     if (reply != JOptionPane.OK_OPTION)\r
 516     {\r
 517       return;\r
 518     }\r
 519 \r
 520     if (!urltf.getText().endsWith("/"))\r
 521     {\r
 522       urltf.setText(urltf.getText() + "/");\r
 523     }\r
 524 \r
 525     // build using pattern from test: sourcesclientImplTest\r
 526     {\r
 527       SOURCE source = new SOURCE();\r
 528       String uri = "http://das.sanger.ac.uk/das/dummysource";\r
 529       source.setUri("http://das.sanger.ac.uk/das/dummysource");\r
 530       source.setDescription("Dummy Test Source, should not be in a working registry sources doc");\r
 531       VERSION version = new VERSION();\r
 532       version.setUri(uri);\r
 533       COORDINATES coord = new COORDINATES();\r
 534       coord.setAuthority("NCBI");\r
 535       coord.setSource("Chromosome");\r
 536       coord.setTaxid("9606");\r
 537       coord.setVersion("35");\r
 538       version.getCOORDINATES().add(coord);\r
 539       CAPABILITY cap = new CAPABILITY();\r
 540       cap.setQueryUri(uri + "features");\r
 541       cap.setType("das1:" + Capabilities.FEATURES.getName());\r
 542       version.getCAPABILITY().add(cap);\r
 543       source.getVERSION().add(version);\r
 544       MAINTAINER m = new MAINTAINER();\r
 545       m.setEmail("jw12@sanger.ac.uk");\r
 546       source.setMAINTAINER(m);\r
 547       source.setTitle("dummy title");\r
 548 \r
 549     }\r
 550     SOURCE local = new Das1Source();\r
 551 \r
 552     local.setUrl(urltf.getText());\r
 553     local.setNickname(nametf.getText());\r
 554     if (seqs.isSelected())\r
 555     {\r
 556       local.setCapabilities(new String[]\r
 557       { "features", "sequence" });\r
 558     }\r
 559     if (localSources == null)\r
 560     {\r
 561       localSources = new Hashtable();\r
 562     }\r
 563 \r
 564     localSources.put(local.getTitle(), local);\r
 565 \r
 566     if (!newSource && !nickname.equals(nametf.getText()))\r
 567     {\r
 568       localSources.remove(nickname);\r
 569     }\r
 570 \r
 571     int size = dasSources.length;\r
 572     int adjust = newSource ? 1 : 0;\r
 573 \r
 574     Object[][] data = new Object[size + adjust][2];\r
 575     for (int i = 0; i < size; i++)\r
 576     {\r
 577       if (!newSource && dasSources[i].getTitle().equals(nickname))\r
 578       {\r
 579         ((DasSource) dasSources[i]).setNickname(local.getTitle());\r
 580         ((DasSource) dasSources[i]).setUrl(local.getUrl());\r
 581         data[i][0] = local.getTitle();\r
 582         data[i][1] = new Boolean(true);\r
 583       }\r
 584       else\r
 585       {\r
 586         data[i][0] = dasSources[i].getTitle();\r
 587         data[i][1] = new Boolean(selectedSources.contains(dasSources[i]\r
 588                 .getTitle()));\r
 589       }\r
 590     }\r
 591 \r
 592     if (newSource)\r
 593     {\r
 594       data[size][0] = local.getTitle();\r
 595       data[size][1] = new Boolean(true);\r
 596       selectedSources.add(local.getTitle());\r
 597     }\r
 598 \r
 599     DasSource[] tmp = new DasSource[size + adjust];\r
 600 \r
 601     System.arraycopy(dasSources, 0, tmp, 0, size);\r
 602 \r
 603     if (newSource)\r
 604     {\r
 605       tmp[size] = local;\r
 606     }\r
 607 \r
 608     dasSources = tmp;\r
 609 \r
 610     refreshTableData(data);\r
 611 \r
 612     SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 613     {\r
 614       public void run()\r
 615       {\r
 616         scrollPane.getVerticalScrollBar().setValue(\r
 617                 scrollPane.getVerticalScrollBar().getMaximum());\r
 618       }\r
 619     });\r
 620 \r
 621     displayFullDetails(local.getTitle());\r
 622   }\r
 623 \r
 624   public void editRemoveLocalSource(MouseEvent evt)\r
 625   {\r
 626     int selectedRow = table.getSelectionModel().getMinSelectionIndex();\r
 627     if (selectedRow == -1)\r
 628     {\r
 629       return;\r
 630     }\r
 631 \r
 632     String nickname = table.getValueAt(selectedRow, 0).toString();\r
 633 \r
 634     if (!localSources.containsKey(nickname))\r
 635     {\r
 636       JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
 637               "You can only edit or remove local DAS Sources!",\r
 638               "Public DAS source - not editable",\r
 639               JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
 640       return;\r
 641     }\r
 642 \r
 643     Object[] options =\r
 644     { "Edit", "Remove", "Cancel" };\r
 645     int choice = JOptionPane.showInternalOptionDialog(Desktop.desktop,\r
 646             "Do you want to edit or remove " + nickname + "?",\r
 647             "Edit / Remove Local DAS Source",\r
 648             JOptionPane.YES_NO_CANCEL_OPTION, JOptionPane.QUESTION_MESSAGE,\r
 649             null, options, options[2]);\r
 650 \r
 651     switch (choice)\r
 652     {\r
 653     case 0:\r
 654       amendLocal(false);\r
 655       break;\r
 656     case 1:\r
 657       localSources.remove(nickname);\r
 658       selectedSources.remove(nickname);\r
 659       Object[][] data = new Object[dasSources.length - 1][2];\r
 660       DasSource[] tmp = new DasSource[dasSources.length - 1];\r
 661       int index = 0;\r
 662       for (int i = 0; i < dasSources.length; i++)\r
 663       {\r
 664         if (dasSources[i].getTitle().equals(nickname))\r
 665         {\r
 666           continue;\r
 667         }\r
 668         else\r
 669         {\r
 670           tmp[index] = dasSources[i];\r
 671           data[index][0] = dasSources[i].getTitle();\r
 672           data[index][1] = new Boolean(\r
 673                   selectedSources.contains(dasSources[i].getTitle()));\r
 674           index++;\r
 675         }\r
 676       }\r
 677       dasSources = tmp;\r
 678       refreshTableData(data);\r
 679       SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 680       {\r
 681         public void run()\r
 682         {\r
 683           scrollPane.getVerticalScrollBar().setValue(\r
 684                   scrollPane.getVerticalScrollBar().getMaximum());\r
 685         }\r
 686       });\r
 687 \r
 688       break;\r
 689     }\r
 690   }\r
 691 \r
 692   void appendLocalSources()\r
 693   {\r
 694     if (localSources == null)\r
 695     {\r
 696       return;\r
 697     }\r
 698     // note - we add all das sources to list so they can be filtered for the\r
 699     // standard fetchDbRefs function\r
 700     int size = dasSources != null ? dasSources.length : 0;\r
 701     int lsize = localSources.size();\r
 702 \r
 703     Object[][] data = new Object[size + lsize][2];\r
 704     for (int i = 0; i < size; i++)\r
 705     {\r
 706       data[i][0] = dasSources[i].getTitle();\r
 707       data[i][1] = new Boolean(selectedSources.contains(dasSources[i]\r
 708               .getTitle()));\r
 709     }\r
 710 \r
 711     DasSource[] tmp = new DasSource[size + lsize];\r
 712     if (dasSources != null)\r
 713     {\r
 714       System.arraycopy(dasSources, 0, tmp, 0, size);\r
 715     }\r
 716 \r
 717     Enumeration en = localSources.keys();\r
 718     int index = size;\r
 719     while (en.hasMoreElements())\r
 720     {\r
 721       String key = en.nextElement().toString();\r
 722       data[index][0] = key;\r
 723       data[index][1] = new Boolean(false);\r
 724       tmp[index] = new Das1Source();\r
 725       tmp[index].setNickname(key);\r
 726       tmp[index].setUrl(((DasSource) localSources.get(key)).getUrl());\r
 727 \r
 728       index++;\r
 729     }\r
 730 \r
 731     dasSources = tmp;\r
 732 \r
 733     refreshTableData(data);\r
 734   }\r
 735 \r
 736   public void valueChanged(ListSelectionEvent evt)\r
 737   {\r
 738     // Called when the MainTable selection changes\r
 739     if (evt.getValueIsAdjusting())\r
 740     {\r
 741       return;\r
 742     }\r
 743 \r
 744     displayFullDetails(null);\r
 745 \r
 746     // Filter the displayed data sources\r
 747     int dSize = dasSources.length;\r
 748 \r
 749     ArrayList names = new ArrayList();\r
 750     ArrayList selected = new ArrayList();\r
 751     DasSource ds;\r
 752 \r
 753     // The features filter is not visible, but we must still\r
 754     // filter the das source list here.\r
 755     // July 2006 - only 6 sources fo not serve features\r
 756     Object[] dummyFeatureList = new Object[]\r
 757     { "features" };\r
 758 \r
 759     for (int i = 0; i < dSize; i++)\r
 760     {\r
 761       ds = dasSources[i];\r
 762       DasCoordinateSystem[] dcs = ds.getCoordinateSystem();\r
 763 \r
 764       if (dcs.length == 0 && ds.getCapabilities().length == 0\r
 765               && filter1.getSelectedIndex() == 0\r
 766               && filter2.getSelectedIndex() == 0\r
 767               && filter3.getSelectedIndex() == 0)\r
 768       {\r
 769         // THIS IS A FIX FOR LOCAL SOURCES WHICH DO NOT\r
 770         // HAVE COORDINATE SYSTEMS, INFO WHICH AT PRESENT\r
 771         // IS ADDED FROM THE REGISTRY\r
 772         names.add(ds.getTitle());\r
 773         selected.add(new Boolean(selectedSources.contains(ds.getTitle())));\r
 774         continue;\r
 775       }\r
 776 \r
 777       if (!selectedInList(dummyFeatureList, ds.getCapabilities())\r
 778               || !selectedInList(filter3.getSelectedValues(),\r
 779                       ds.getLabels()))\r
 780       {\r
 781         continue;\r
 782       }\r
 783 \r
 784       for (int j = 0; j < dcs.length; j++)\r
 785       {\r
 786         if (selectedInList(filter1.getSelectedValues(), new String[]\r
 787         { dcs[j].getName() })\r
 788                 && selectedInList(filter2.getSelectedValues(), new String[]\r
 789                 { dcs[j].getCategory() }))\r
 790         {\r
 791           names.add(ds.getTitle());\r
 792           selected.add(new Boolean(selectedSources.contains(ds\r
 793                   .getTitle())));\r
 794           break;\r
 795         }\r
 796       }\r
 797     }\r
 798 \r
 799     dSize = names.size();\r
 800     Object[][] data = new Object[dSize][2];\r
 801     for (int d = 0; d < dSize; d++)\r
 802     {\r
 803       data[d][0] = names.get(d);\r
 804       data[d][1] = selected.get(d);\r
 805     }\r
 806 \r
 807     refreshTableData(data);\r
 808   }\r
 809 \r
 810   boolean selectedInList(Object[] selection, String[] items)\r
 811   {\r
 812     for (int i = 0; i < selection.length; i++)\r
 813     {\r
 814       if (selection[i].equals("Any"))\r
 815       {\r
 816         return true;\r
 817       }\r
 818 \r
 819       for (int j = 0; j < items.length; j++)\r
 820       {\r
 821         if (selection[i].equals(items[j]))\r
 822         {\r
 823           return true;\r
 824         }\r
 825       }\r
 826     }\r
 827 \r
 828     return false;\r
 829   }\r
 830 \r
 831   void setSelectedFromProperties()\r
 832   {\r
 833     String active = jalview.bin.Cache.getDefault("DAS_ACTIVE_SOURCE",\r
 834             "uniprot");\r
 835     StringTokenizer st = new StringTokenizer(active, "\t");\r
 836     selectedSources = new Vector();\r
 837     while (st.hasMoreTokens())\r
 838     {\r
 839       selectedSources.addElement(st.nextToken());\r
 840     }\r
 841 \r
 842     Vector _localSources = jalview.bin.Cache.getLocalDasSources();\r
 843     if (_localSources != null)\r
 844     {\r
 845       if (localSources == null)\r
 846       {\r
 847         localSources = new Hashtable();\r
 848       }\r
 849       Enumeration sources = _localSources.elements();\r
 850       while (sources.hasMoreElements())\r
 851       {\r
 852         Das1Source source = (Das1Source) sources.nextElement();\r
 853         localSources.put(source.getTitle(), source);\r
 854       }\r
 855     }\r
 856   }\r
 857 \r
 858   public void reset_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 859   {\r
 860     registryURL.setText(DEFAULT_REGISTRY);\r
 861   }\r
 862 \r
 863   /**\r
 864    * set the DAS source settings in the given jalview properties.\r
 865    * \r
 866    * @param properties\r
 867    */\r
 868   public void saveProperties(Properties properties)\r
 869   {\r
 870     if (registryURL.getText() == null || registryURL.getText().length() < 1)\r
 871     {\r
 872       properties.remove(jalview.bin.Cache.DAS_REGISTRY_URL);\r
 873     }\r
 874     else\r
 875     {\r
 876       properties.setProperty(jalview.bin.Cache.DAS_REGISTRY_URL,\r
 877               registryURL.getText());\r
 878     }\r
 879 \r
 880     StringBuffer sb = new StringBuffer();\r
 881     for (int r = 0; r < table.getModel().getRowCount(); r++)\r
 882     {\r
 883       if (((Boolean) table.getValueAt(r, 1)).booleanValue())\r
 884       {\r
 885         sb.append(table.getValueAt(r, 0) + "\t");\r
 886       }\r
 887     }\r
 888 \r
 889     properties.setProperty(jalview.bin.Cache.DAS_ACTIVE_SOURCE,\r
 890             sb.toString());\r
 891 \r
 892     if (localSources != null)\r
 893     {\r
 894       sb = new StringBuffer();\r
 895       Enumeration en = localSources.keys();\r
 896       while (en.hasMoreElements())\r
 897       {\r
 898         String token = en.nextElement().toString();\r
 899         sb.append(token\r
 900                 + "|"\r
 901                 + (((DasSource) localSources.get(token))\r
 902                         .hasCapability("sequence") ? "sequence:" : "")\r
 903                 + ((DasSource) localSources.get(token)).getUrl() + "\t");\r
 904       }\r
 905 \r
 906       properties.setProperty(jalview.bin.Cache.DAS_LOCAL_SOURCE,\r
 907               sb.toString());\r
 908     }\r
 909 \r
 910   }\r
 911 \r
 912   class DASTableModel extends AbstractTableModel\r
 913   {\r
 914 \r
 915     public DASTableModel(Object[][] data)\r
 916     {\r
 917       this.data = data;\r
 918     }\r
 919 \r
 920     private String[] columnNames = new String[]\r
 921     { "Nickname", "Use Source" };\r
 922 \r
 923     private Object[][] data;\r
 924 \r
 925     public int getColumnCount()\r
 926     {\r
 927       return columnNames.length;\r
 928     }\r
 929 \r
 930     public int getRowCount()\r
 931     {\r
 932       return data.length;\r
 933     }\r
 934 \r
 935     public String getColumnName(int col)\r
 936     {\r
 937       return columnNames[col];\r
 938     }\r
 939 \r
 940     public Object getValueAt(int row, int col)\r
 941     {\r
 942       return data[row][col];\r
 943     }\r
 944 \r
 945     /*\r
 946      * JTable uses this method to determine the default renderer/ editor for\r
 947      * each cell. If we didn't implement this method, then the last column would\r
 948      * contain text ("true"/"false"), rather than a check box.\r
 949      */\r
 950     public Class getColumnClass(int c)\r
 951     {\r
 952       return getValueAt(0, c).getClass();\r
 953     }\r
 954 \r
 955     /*\r
 956      * Don't need to implement this method unless your table's editable.\r
 957      */\r
 958     public boolean isCellEditable(int row, int col)\r
 959     {\r
 960       // Note that the data/cell address is constant,\r
 961       // no matter where the cell appears onscreen.\r
 962       return col == 1;\r
 963 \r
 964     }\r
 965 \r
 966     /*\r
 967      * Don't need to implement this method unless your table's data can change.\r
 968      */\r
 969     public void setValueAt(Object value, int row, int col)\r
 970     {\r
 971       data[row][col] = value;\r
 972       fireTableCellUpdated(row, col);\r
 973 \r
 974       String name = getValueAt(row, 0).toString();\r
 975       boolean selected = ((Boolean) value).booleanValue();\r
 976 \r
 977       if (selectedSources.contains(name) && !selected)\r
 978       {\r
 979         selectedSources.remove(name);\r
 980       }\r
 981 \r
 982       if (!selectedSources.contains(name) && selected)\r
 983       {\r
 984         selectedSources.add(name);\r
 985       }\r
 986     }\r
 987   }\r
 988 \r
 989   public void initDasSources()\r
 990   {\r
 991 \r
 992     Thread thr = new Thread(new Runnable()\r
 993     {\r
 994       public void run()\r
 995       {\r
 996         // this actually initialises the das source list\r
 997         paintComponent(null); // yuk\r
 998       }\r
 999     });\r
1000     thr.start();\r
1001     while (loadingDasSources || dasSources == null)\r
1002     {\r
1003       try\r
1004       {\r
1005         Thread.sleep(10);\r
1006       } catch (Exception e)\r
1007       {\r
1008       }\r
1009       ;\r
1010     }\r
1011   }\r
1012 \r
1013   public Vector resolveSourceNicknames(Vector sources)\r
1014   {\r
1015 \r
1016     Vector resolved = new Vector();\r
1017     if (sources != null)\r
1018     {\r
1019       for (int i = 0; i < dasSources.length; i++)\r
1020       {\r
1021         if (sources.contains(dasSources[i].getTitle()))\r
1022         {\r
1023           if (!resolved.contains(dasSources[i]))\r
1024           {\r
1025             resolved.addElement(dasSources[i]);\r
1026           }\r
1027         }\r
1028       }\r
1029     }\r
1030     return resolved;\r
1031   }\r
1032 \r
1033   /**\r
1034    * disable or enable the buttons on the source browser\r
1035    * \r
1036    * @param b\r
1037    */\r
1038   public void setGuiEnabled(boolean b)\r
1039   {\r
1040     refresh.setEnabled(b);\r
1041     addLocal.setEnabled(b);\r
1042   }\r
1043 }\r