src/jalview/gui/DasSourceBrowser.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)\r
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  * \r
   5  * This file is part of Jalview.\r
   6  * \r
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
  10  * \r
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
  15  * \r
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
  17  */\r
  18 package jalview.gui;\r
  19 \r
  20 import jalview.jbgui.GDasSourceBrowser;\r
  21 import jalview.util.TableSorter;\r
  22 import jalview.ws.dbsources.das.api.DasSourceRegistryI;\r
  23 import jalview.ws.dbsources.das.api.jalviewSourceI;\r
  24 \r
  25 import java.awt.BorderLayout;\r
  26 import java.awt.event.ActionEvent;\r
  27 import java.awt.event.MouseAdapter;\r
  28 import java.awt.event.MouseEvent;\r
  29 import java.util.ArrayList;\r
  30 import java.util.List;\r
  31 import java.util.Properties;\r
  32 import java.util.StringTokenizer;\r
  33 import java.util.Vector;\r
  34 \r
  35 import javax.swing.JCheckBox;\r
  36 import javax.swing.JLabel;\r
  37 import javax.swing.JOptionPane;\r
  38 import javax.swing.JPanel;\r
  39 import javax.swing.JTextField;\r
  40 import javax.swing.ListSelectionModel;\r
  41 import javax.swing.SwingUtilities;\r
  42 import javax.swing.event.ListSelectionEvent;\r
  43 import javax.swing.event.ListSelectionListener;\r
  44 import javax.swing.table.AbstractTableModel;\r
  45 \r
  46 import org.biodas.jdas.schema.sources.CAPABILITY;\r
  47 import org.biodas.jdas.schema.sources.COORDINATES;\r
  48 import org.biodas.jdas.schema.sources.PROP;\r
  49 import org.biodas.jdas.schema.sources.VERSION;\r
  50 \r
  51 public class DasSourceBrowser extends GDasSourceBrowser implements\r
  52         Runnable, ListSelectionListener\r
  53 {\r
  54   DasSourceRegistryI sourceRegistry = null;\r
  55 \r
  56   Vector<String> selectedSources;\r
  57 \r
  58   public DasSourceBrowser(FeatureSettings featureSettings)\r
  59   {\r
  60     fs = featureSettings;\r
  61     // TODO DasSourceRegistryProvider API\r
  62     sourceRegistry = jalview.bin.Cache.getDasSourceRegistry();\r
  63     String registry = sourceRegistry.getDasRegistryURL();\r
  64 \r
  65     registryURL.setText(registry);\r
  66 \r
  67     setSelectedFromProperties();\r
  68 \r
  69     displayFullDetails(null);\r
  70     table.setSelectionMode(ListSelectionModel.SINGLE_SELECTION);\r
  71 \r
  72     filter1.addListSelectionListener(this);\r
  73     filter2.addListSelectionListener(this);\r
  74     filter3.addListSelectionListener(this);\r
  75 \r
  76     // Ask to be notified of selection changes.\r
  77     ListSelectionModel rowSM = table.getSelectionModel();\r
  78     rowSM.addListSelectionListener(new ListSelectionListener()\r
  79     {\r
  80       public void valueChanged(ListSelectionEvent e)\r
  81       {\r
  82         ListSelectionModel lsm = (ListSelectionModel) e.getSource();\r
  83         if (!lsm.isSelectionEmpty())\r
  84         {\r
  85           int selectedRow = lsm.getMinSelectionIndex();\r
  86           displayFullDetails(table.getValueAt(selectedRow, 0).toString());\r
  87         }\r
  88       }\r
  89     });\r
  90 \r
  91     table.addMouseListener(new MouseAdapter()\r
  92     {\r
  93       public void mouseClicked(MouseEvent evt)\r
  94       {\r
  95         if (evt.getClickCount() == 2\r
  96                 || SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
  97         {\r
  98           editRemoveLocalSource(evt);\r
  99         }\r
 100       }\r
 101     });\r
 102 \r
 103     if (sourceRegistry.getSources() != null)\r
 104     {\r
 105       init();\r
 106     }\r
 107   }\r
 108 \r
 109   FeatureSettings fs = null;\r
 110 \r
 111   private boolean loadingDasSources;\r
 112 \r
 113   public DasSourceBrowser()\r
 114   {\r
 115     this(null);\r
 116   }\r
 117 \r
 118   public void paintComponent(java.awt.Graphics g)\r
 119   {\r
 120     if (sourceRegistry == null)\r
 121     {\r
 122       Thread worker = new Thread(this);\r
 123       worker.start();\r
 124     }\r
 125   }\r
 126 \r
 127   void init()\r
 128   {\r
 129     List<jalviewSourceI> sources = sourceRegistry.getSources();\r
 130     int dSize = sources.size();\r
 131     Object[][] data = new Object[dSize][2];\r
 132     for (int i = 0; i < dSize; i++)\r
 133     {\r
 134       data[i][0] = sources.get(i).getTitle(); // what's equivalent of nickname\r
 135       data[i][1] = new Boolean(selectedSources.contains(sources.get(i)\r
 136               .getTitle()));\r
 137     }\r
 138 \r
 139     refreshTableData(data);\r
 140     setCapabilities(sourceRegistry);\r
 141 \r
 142     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 143     {\r
 144       public void run()\r
 145       {\r
 146         TableSorter sorter = (TableSorter) table.getModel();\r
 147         sorter.setSortingStatus(1, TableSorter.DESCENDING);\r
 148         sorter.setSortingStatus(1, TableSorter.NOT_SORTED);\r
 149       }\r
 150     });\r
 151 \r
 152     progressBar.setIndeterminate(false);\r
 153     progressBar.setVisible(false);\r
 154     addLocal.setVisible(true);\r
 155     refresh.setVisible(true);\r
 156   }\r
 157 \r
 158   public void refreshTableData(Object[][] data)\r
 159   {\r
 160     TableSorter sorter = new TableSorter(new DASTableModel(data));\r
 161     sorter.setTableHeader(table.getTableHeader());\r
 162     table.setModel(sorter);\r
 163   }\r
 164 \r
 165   void displayFullDetails(String nickName)\r
 166   {\r
 167 \r
 168     StringBuffer text = new StringBuffer(\r
 169             "<HTML><font size=\"2\" face=\"Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif\">");\r
 170 \r
 171     if (nickName == null)\r
 172     {\r
 173       fullDetails.setText(text + "Select a DAS service from the table"\r
 174               + " to read a full description here.</font></html>");\r
 175       return;\r
 176     }\r
 177 \r
 178     int dSize = sourceRegistry.getSources().size();\r
 179     for (jalviewSourceI ds : sourceRegistry.getSources())\r
 180     {\r
 181       if (!ds.getTitle().equals(nickName))\r
 182       {\r
 183         continue;\r
 184       }\r
 185 \r
 186       VERSION latest = ds.getVersion();\r
 187       text.append("<font color=\"#0000FF\">Id:</font> " + ds.getUri()\r
 188               + "<br>");\r
 189       text.append("<font color=\"#0000FF\">Nickname:</font> "\r
 190               + ds.getTitle() + "<br>");\r
 191 \r
 192       text.append("<font color=\"#0000FF\">URL:</font> <a href=\""\r
 193               + ds.getSourceURL() + "\">" + ds.getSourceURL() + "</a>"\r
 194               + "<br>");\r
 195       if (!ds.isLocal())\r
 196       {\r
 197         if (ds.getDocHref() != null && ds.getDocHref().length() > 0)\r
 198         {\r
 199           text.append("<font color=\"#0000FF\">Site:</font> <a href=\""\r
 200                   + ds.getDocHref() + "\">" + ds.getDocHref() + "</a>"\r
 201                   + "<br>");\r
 202         }\r
 203 \r
 204         text.append("<font color=\"#0000FF\">Description:</font> "\r
 205                 + ds.getDescription() + "<br>");\r
 206 \r
 207         text.append("<font color=\"#0000FF\">Admin Email:</font> <a href=\"mailto:"\r
 208                 + ds.getEmail() + "\">" + ds.getEmail() + "</a>" + "<br>");\r
 209 \r
 210         text.append("<font color=\"#0000FF\">Registered at:</font> "\r
 211                 + latest.getCreated() + "<br>");\r
 212 \r
 213         // TODO: Identify last successful test date\r
 214         // text.append("<font color=\"#0000FF\">Last successful test:</font> "\r
 215         // + latest.dasSources[i].getLeaseDate() + "<br>");\r
 216       }\r
 217       else\r
 218       {\r
 219         text.append("Source was added manually.<br/>");\r
 220       }\r
 221       text.append("<font color=\"#0000FF\">Labels:</font> ");\r
 222       boolean b = false;\r
 223       for (PROP labl : latest.getPROP())\r
 224       {\r
 225         if (labl.getName().equalsIgnoreCase("LABEL"))\r
 226         {\r
 227           if (b)\r
 228           {\r
 229             text.append(",");\r
 230           }\r
 231           text.append(" ");\r
 232 \r
 233           text.append(labl.getValue());\r
 234           b = true;\r
 235         }\r
 236         ;\r
 237       }\r
 238       text.append("<br>");\r
 239 \r
 240       text.append("<font color=\"#0000FF\">Capabilities:</font> ");\r
 241       CAPABILITY[] scap = latest.getCAPABILITY().toArray(new CAPABILITY[0]);\r
 242       for (int j = 0; j < scap.length; j++)\r
 243       {\r
 244         text.append(scap[j].getType());\r
 245         if (j < scap.length - 1)\r
 246         {\r
 247           text.append(", ");\r
 248         }\r
 249       }\r
 250       text.append("<br>");\r
 251 \r
 252       text.append("<font color=\"#0000FF\">Coordinates:</font>");\r
 253       int i = 1;\r
 254       for (COORDINATES dcs : latest.getCOORDINATES())\r
 255       {\r
 256         text.append("<br/>" + i++ + ". ");\r
 257         text.append(dcs.getAuthority() + " : " + dcs.getSource());\r
 258         if (dcs.getTaxid() != null && dcs.getTaxid().trim().length() > 0)\r
 259         {\r
 260           text.append(" [TaxId:" + dcs.getTaxid() + "]");\r
 261         }\r
 262         if (dcs.getVersion() != null\r
 263                 && dcs.getVersion().trim().length() > 0)\r
 264         {\r
 265           {\r
 266             text.append(" {v. " + dcs.getVersion() + "}");\r
 267           }\r
 268         }\r
 269         text.append(" (<a href=\"" + dcs.getUri() + "\">" + dcs.getUri()\r
 270                 + "</a>)");\r
 271       }\r
 272       text.append("</font></html>");\r
 273 \r
 274       break;\r
 275     }\r
 276 \r
 277     fullDetails.setText(text.toString());\r
 278     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 279     {\r
 280       public void run()\r
 281       {\r
 282         fullDetailsScrollpane.getVerticalScrollBar().setValue(0);\r
 283       }\r
 284     });\r
 285   }\r
 286 \r
 287   public void run()\r
 288   {\r
 289     loadingDasSources = true;\r
 290 \r
 291     addLocal.setVisible(false);\r
 292     refresh.setVisible(false);\r
 293     progressBar.setVisible(true);\r
 294     progressBar.setIndeterminate(true);\r
 295     setParentGuiEnabled(false);\r
 296     // Refresh the source list.\r
 297     sourceRegistry.refreshSources();\r
 298 \r
 299     init();\r
 300 \r
 301     setParentGuiEnabled(true);\r
 302     loadingDasSources = false;\r
 303 \r
 304   }\r
 305 \r
 306   private void setParentGuiEnabled(boolean b)\r
 307   {\r
 308     if (fs != null)\r
 309     {\r
 310       fs.fetchDAS.setEnabled(b);\r
 311       fs.saveDAS.setEnabled(b);\r
 312     }\r
 313   }\r
 314 \r
 315   public Vector<jalviewSourceI> getSelectedSources()\r
 316   {\r
 317     // wait around if we're still loading.\r
 318     while (sourceRegistry == null)\r
 319     {\r
 320       if (!loadingDasSources)\r
 321       {\r
 322         new Thread(this).start();\r
 323         try\r
 324         {\r
 325           Thread.sleep(5);\r
 326         } catch (Exception e)\r
 327         {\r
 328         }\r
 329         ;\r
 330         while (loadingDasSources)\r
 331         {\r
 332           try\r
 333           {\r
 334             Thread.sleep(5);\r
 335           } catch (Exception e)\r
 336           {\r
 337           }\r
 338           ;\r
 339         }\r
 340         ;\r
 341       }\r
 342     }\r
 343 \r
 344     Vector<jalviewSourceI> selected = new Vector<jalviewSourceI>();\r
 345     for (String source : selectedSources)\r
 346     {\r
 347       jalviewSourceI srce = sourceRegistry.getSource(source);\r
 348       if (srce != null)\r
 349       {\r
 350         selected.addElement(srce);\r
 351       }\r
 352     }\r
 353     return selected;\r
 354   }\r
 355 \r
 356   public void refresh_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 357   {\r
 358     saveProperties(jalview.bin.Cache.applicationProperties);\r
 359 \r
 360     Thread worker = new Thread(this);\r
 361     worker.start();\r
 362   }\r
 363 \r
 364   private void setCapabilities(DasSourceRegistryI sourceRegistry2)\r
 365   {\r
 366     Vector<String> authority = new Vector<String>();\r
 367     Vector<String> type = new Vector<String>();\r
 368     Vector<String> label = new Vector<String>();\r
 369     Vector<String> taxIds = new Vector<String>();\r
 370     authority.add("Any");\r
 371     type.add("Any");\r
 372     label.add("Any");\r
 373 \r
 374     for (jalviewSourceI ds : sourceRegistry2.getSources())\r
 375     {\r
 376       VERSION latest = ds.getVersion();\r
 377 \r
 378       for (COORDINATES cs : latest.getCOORDINATES())\r
 379       {\r
 380         if (!type.contains(cs.getSource()))\r
 381         {\r
 382           type.add(cs.getSource()); // source==category\r
 383         }\r
 384 \r
 385         if (!authority.contains(cs.getAuthority()))\r
 386         {\r
 387           authority.add(cs.getAuthority());\r
 388         }\r
 389       }\r
 390 \r
 391       for (PROP slabel : latest.getPROP())\r
 392       {\r
 393         if (slabel.getName().equalsIgnoreCase("LABEL")\r
 394                 && !label.contains(slabel.getValue()))\r
 395         {\r
 396           label.add(slabel.getValue());\r
 397         }\r
 398       }\r
 399 \r
 400     }\r
 401 \r
 402     filter1.setListData(authority);\r
 403     filter2.setListData(type);\r
 404     filter3.setListData(label);\r
 405     // filter4 taxIds\r
 406 \r
 407     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 408     {\r
 409       public void run()\r
 410       {\r
 411         filter1.setSelectedIndex(0);\r
 412         filter2.setSelectedIndex(0);\r
 413         filter3.setSelectedIndex(0);\r
 414       }\r
 415     });\r
 416   }\r
 417 \r
 418   public void amendLocal(boolean newSource)\r
 419   {\r
 420     String url = "http://localhost:8080/", nickname = "";\r
 421     boolean seqsrc = false;\r
 422     if (!newSource)\r
 423     {\r
 424       int selectedRow = table.getSelectionModel().getMinSelectionIndex();\r
 425       nickname = table.getValueAt(selectedRow, 0).toString();\r
 426       jalviewSourceI source = sourceRegistry.getSource(nickname);\r
 427       url = source.getUri();\r
 428       seqsrc = source.isSequenceSource();\r
 429     }\r
 430 \r
 431     JTextField nametf = new JTextField(nickname, 40);\r
 432     JTextField urltf = new JTextField(url, 40);\r
 433     JCheckBox seqs = new JCheckBox("Sequence Source");\r
 434     seqs.setSelected(seqsrc);\r
 435     JPanel panel = new JPanel(new BorderLayout());\r
 436     JPanel pane12 = new JPanel(new BorderLayout());\r
 437     pane12.add(new JLabel("Nickname: "), BorderLayout.CENTER);\r
 438     pane12.add(nametf, BorderLayout.EAST);\r
 439     panel.add(pane12, BorderLayout.NORTH);\r
 440     pane12 = new JPanel(new BorderLayout());\r
 441     pane12.add(new JLabel("URL: "), BorderLayout.NORTH);\r
 442     pane12.add(seqs, BorderLayout.SOUTH);\r
 443     pane12.add(urltf, BorderLayout.EAST);\r
 444     panel.add(pane12, BorderLayout.SOUTH);\r
 445 \r
 446     int reply = JOptionPane.showInternalConfirmDialog(Desktop.desktop,\r
 447             panel, "Enter Nickname & URL of Local DAS Source",\r
 448             JOptionPane.OK_CANCEL_OPTION);\r
 449 \r
 450     if (reply != JOptionPane.OK_OPTION)\r
 451     {\r
 452       return;\r
 453     }\r
 454 \r
 455     if (!urltf.getText().endsWith("/"))\r
 456     {\r
 457       urltf.setText(urltf.getText() + "/");\r
 458     }\r
 459 \r
 460     jalviewSourceI local = sourceRegistry.createLocalSource(\r
 461             urltf.getText(), nametf.getText(), seqs.isSelected(), true);\r
 462     List sources = sourceRegistry.getSources();\r
 463     int osize = sources.size();\r
 464     int size = osize + (newSource ? 1 : 0);\r
 465 \r
 466     Object[][] data = new Object[size][2];\r
 467     DASTableModel dtm = (table != null) ? (DASTableModel) ((TableSorter) table\r
 468             .getModel()).getTableModel() : null;\r
 469     for (int i = 0; i < osize; i++)\r
 470     {\r
 471       String osrc = (dtm == null || i >= osize) ? null : (String) dtm\r
 472               .getValueAt(i, 0);\r
 473       if (!newSource && osrc != null\r
 474               && dtm.getValueAt(i, 0).equals(nickname))\r
 475       {\r
 476         data[i][0] = local.getTitle();\r
 477         data[i][1] = new Boolean(true);\r
 478       }\r
 479       else\r
 480       {\r
 481         data[i][0] = osrc;\r
 482         data[i][1] = new Boolean(selectedSources.contains(osrc));\r
 483       }\r
 484     }\r
 485     // Always add a new source at the end\r
 486     if (newSource)\r
 487     {\r
 488       data[osize][0] = local.getTitle();\r
 489       data[osize][1] = new Boolean(true);\r
 490       selectedSources.add(local.getTitle());\r
 491     }\r
 492 \r
 493     refreshTableData(data);\r
 494 \r
 495     SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 496     {\r
 497       public void run()\r
 498       {\r
 499         scrollPane.getVerticalScrollBar().setValue(\r
 500                 scrollPane.getVerticalScrollBar().getMaximum());\r
 501       }\r
 502     });\r
 503 \r
 504     displayFullDetails(local.getTitle());\r
 505   }\r
 506 \r
 507   public void editRemoveLocalSource(MouseEvent evt)\r
 508   {\r
 509     int selectedRow = table.getSelectionModel().getMinSelectionIndex();\r
 510     if (selectedRow == -1)\r
 511     {\r
 512       return;\r
 513     }\r
 514 \r
 515     String nickname = table.getValueAt(selectedRow, 0).toString();\r
 516 \r
 517     if (!sourceRegistry.getSource(nickname).isLocal())\r
 518     {\r
 519       JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
 520               "You can only edit or remove local DAS Sources!",\r
 521               "Public DAS source - not editable",\r
 522               JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
 523       return;\r
 524     }\r
 525 \r
 526     Object[] options =\r
 527     { "Edit", "Remove", "Cancel" };\r
 528     int choice = JOptionPane.showInternalOptionDialog(Desktop.desktop,\r
 529             "Do you want to edit or remove " + nickname + "?",\r
 530             "Edit / Remove Local DAS Source",\r
 531             JOptionPane.YES_NO_CANCEL_OPTION, JOptionPane.QUESTION_MESSAGE,\r
 532             null, options, options[2]);\r
 533 \r
 534     switch (choice)\r
 535     {\r
 536     case 0:\r
 537       amendLocal(false);\r
 538       break;\r
 539     case 1:\r
 540       sourceRegistry.removeLocalSource(sourceRegistry.getSource(nickname));\r
 541       selectedSources.remove(nickname);\r
 542       Object[][] data = new Object[sourceRegistry.getSources().size()][2];\r
 543       int index = 0,\r
 544       l = table.getRowCount();\r
 545 \r
 546       for (int i = 0; i < l; i++)\r
 547       {\r
 548         String nm;\r
 549         if ((nm = (String) table.getValueAt(i, 0)).equals(nickname))\r
 550         {\r
 551           continue;\r
 552         }\r
 553         else\r
 554         {\r
 555           data[index][0] = nm;\r
 556           data[index][1] = new Boolean(selectedSources.contains(nm));\r
 557           index++;\r
 558         }\r
 559       }\r
 560       refreshTableData(data);\r
 561       SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 562       {\r
 563         public void run()\r
 564         {\r
 565           scrollPane.getVerticalScrollBar().setValue(\r
 566                   scrollPane.getVerticalScrollBar().getMaximum());\r
 567         }\r
 568       });\r
 569 \r
 570       break;\r
 571     }\r
 572   }\r
 573 \r
 574   public void valueChanged(ListSelectionEvent evt)\r
 575   {\r
 576     // Called when the MainTable selection changes\r
 577     if (evt.getValueIsAdjusting())\r
 578     {\r
 579       return;\r
 580     }\r
 581 \r
 582     displayFullDetails(null);\r
 583 \r
 584     // Filter the displayed data sources\r
 585 \r
 586     ArrayList names = new ArrayList();\r
 587     ArrayList selected = new ArrayList();\r
 588 \r
 589     // The features filter is not visible, but we must still\r
 590     // filter the das source list here.\r
 591     // July 2006 - only 6 sources fo not serve features\r
 592     Object[] dummyFeatureList = new Object[]\r
 593     { "features" };\r
 594     List<jalviewSourceI> srcs = sourceRegistry.getSources();\r
 595     for (jalviewSourceI ds : srcs)\r
 596     {\r
 597 \r
 598       VERSION v = ds.getVersion();\r
 599       List<COORDINATES> coords = v.getCOORDINATES();\r
 600       if (ds.isLocal()\r
 601               || ((coords == null || coords.size() == 0)\r
 602                       && filter1.getSelectedIndex() == 0\r
 603                       && filter2.getSelectedIndex() == 0 && filter3\r
 604                       .getSelectedIndex() == 0))\r
 605       {\r
 606         // THIS IS A FIX FOR LOCAL SOURCES WHICH DO NOT\r
 607         // HAVE COORDINATE SYSTEMS, INFO WHICH AT PRESENT\r
 608         // IS ADDED FROM THE REGISTRY\r
 609         names.add(ds.getTitle());\r
 610         selected.add(new Boolean(selectedSources.contains(ds.getTitle())));\r
 611         continue;\r
 612       }\r
 613 \r
 614       if (!selectedInList(dummyFeatureList, ds.getCapabilityList(v))\r
 615               || !selectedInList(filter3.getSelectedValues(),\r
 616                       ds.getLabelsFor(v)))\r
 617       {\r
 618         continue;\r
 619       }\r
 620 \r
 621       for (int j = 0; j < coords.size(); j++)\r
 622       {\r
 623         if (selectedInList(filter1.getSelectedValues(), new String[]\r
 624         { coords.get(j).getAuthority() })\r
 625                 && selectedInList(filter2.getSelectedValues(), new String[]\r
 626                 { coords.get(j).getSource() }))\r
 627         {\r
 628           names.add(ds.getTitle());\r
 629           selected.add(new Boolean(selectedSources.contains(ds.getTitle())));\r
 630           break;\r
 631         }\r
 632       }\r
 633     }\r
 634 \r
 635     int dSize = names.size();\r
 636     Object[][] data = new Object[dSize][2];\r
 637     for (int d = 0; d < dSize; d++)\r
 638     {\r
 639       data[d][0] = names.get(d);\r
 640       data[d][1] = selected.get(d);\r
 641     }\r
 642 \r
 643     refreshTableData(data);\r
 644   }\r
 645 \r
 646   private boolean selectedInList(Object[] selection, String[] items)\r
 647   {\r
 648     for (int i = 0; i < selection.length; i++)\r
 649     {\r
 650       if (selection[i].equals("Any"))\r
 651       {\r
 652         return true;\r
 653       }\r
 654       if (items == null || items.length == 0)\r
 655       {\r
 656         return false;\r
 657       }\r
 658       String sel = (items[0].startsWith("das1:") ? "das1:" : "")\r
 659               + selection[i];\r
 660       for (int j = 0; j < items.length; j++)\r
 661       {\r
 662         if (sel.equals(items[j]))\r
 663         {\r
 664           return true;\r
 665         }\r
 666       }\r
 667     }\r
 668 \r
 669     return false;\r
 670   }\r
 671 \r
 672   void setSelectedFromProperties()\r
 673   {\r
 674     String active = jalview.bin.Cache.getDefault("DAS_ACTIVE_SOURCE",\r
 675             "uniprot");\r
 676     StringTokenizer st = new StringTokenizer(active, "\t");\r
 677     selectedSources = new Vector();\r
 678     while (st.hasMoreTokens())\r
 679     {\r
 680       selectedSources.addElement(st.nextToken());\r
 681     }\r
 682   }\r
 683 \r
 684   public void reset_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 685   {\r
 686     registryURL.setText(sourceRegistry.getDasRegistryURL());\r
 687   }\r
 688 \r
 689   /**\r
 690    * set the DAS source settings in the given jalview properties.\r
 691    * \r
 692    * @param properties\r
 693    */\r
 694   public void saveProperties(Properties properties)\r
 695   {\r
 696     if (registryURL.getText() == null || registryURL.getText().length() < 1)\r
 697     {\r
 698       properties.remove(jalview.bin.Cache.DAS_REGISTRY_URL);\r
 699     }\r
 700     else\r
 701     {\r
 702       properties.setProperty(jalview.bin.Cache.DAS_REGISTRY_URL,\r
 703               registryURL.getText());\r
 704     }\r
 705 \r
 706     StringBuffer sb = new StringBuffer();\r
 707     for (int r = 0; r < table.getModel().getRowCount(); r++)\r
 708     {\r
 709       if (((Boolean) table.getValueAt(r, 1)).booleanValue())\r
 710       {\r
 711         sb.append(table.getValueAt(r, 0) + "\t");\r
 712       }\r
 713     }\r
 714 \r
 715     properties.setProperty(jalview.bin.Cache.DAS_ACTIVE_SOURCE,\r
 716             sb.toString());\r
 717 \r
 718     String sourceprop = sourceRegistry.getLocalSourceString();\r
 719     properties.setProperty(jalview.bin.Cache.DAS_LOCAL_SOURCE, sourceprop);\r
 720   }\r
 721 \r
 722   class DASTableModel extends AbstractTableModel\r
 723   {\r
 724 \r
 725     public DASTableModel(Object[][] data)\r
 726     {\r
 727       this.data = data;\r
 728     }\r
 729 \r
 730     private String[] columnNames = new String[]\r
 731     { "Nickname", "Use Source" };\r
 732 \r
 733     private Object[][] data;\r
 734 \r
 735     public int getColumnCount()\r
 736     {\r
 737       return columnNames.length;\r
 738     }\r
 739 \r
 740     public int getRowCount()\r
 741     {\r
 742       return data.length;\r
 743     }\r
 744 \r
 745     public String getColumnName(int col)\r
 746     {\r
 747       return columnNames[col];\r
 748     }\r
 749 \r
 750     public Object getValueAt(int row, int col)\r
 751     {\r
 752       return data[row][col];\r
 753     }\r
 754 \r
 755     /*\r
 756      * JTable uses this method to determine the default renderer/ editor for\r
 757      * each cell. If we didn't implement this method, then the last column would\r
 758      * contain text ("true"/"false"), rather than a check box.\r
 759      */\r
 760     public Class getColumnClass(int c)\r
 761     {\r
 762       return getValueAt(0, c).getClass();\r
 763     }\r
 764 \r
 765     /*\r
 766      * Don't need to implement this method unless your table's editable.\r
 767      */\r
 768     public boolean isCellEditable(int row, int col)\r
 769     {\r
 770       // Note that the data/cell address is constant,\r
 771       // no matter where the cell appears onscreen.\r
 772       return col == 1;\r
 773 \r
 774     }\r
 775 \r
 776     /*\r
 777      * Don't need to implement this method unless your table's data can change.\r
 778      */\r
 779     public void setValueAt(Object value, int row, int col)\r
 780     {\r
 781       data[row][col] = value;\r
 782       fireTableCellUpdated(row, col);\r
 783 \r
 784       String name = getValueAt(row, 0).toString();\r
 785       boolean selected = ((Boolean) value).booleanValue();\r
 786 \r
 787       if (selectedSources.contains(name) && !selected)\r
 788       {\r
 789         selectedSources.remove(name);\r
 790       }\r
 791 \r
 792       if (!selectedSources.contains(name) && selected)\r
 793       {\r
 794         selectedSources.add(name);\r
 795       }\r
 796     }\r
 797   }\r
 798 \r
 799   public void initDasSources()\r
 800   {\r
 801 \r
 802     Thread thr = new Thread(new Runnable()\r
 803     {\r
 804       public void run()\r
 805       {\r
 806         // this actually initialises the das source list\r
 807         paintComponent(null); // yuk\r
 808       }\r
 809     });\r
 810     thr.start();\r
 811     while (loadingDasSources || sourceRegistry == null)\r
 812     {\r
 813       try\r
 814       {\r
 815         Thread.sleep(10);\r
 816       } catch (Exception e)\r
 817       {\r
 818       }\r
 819       ;\r
 820     }\r
 821   }\r
 822 \r
 823   /**\r
 824    * disable or enable the buttons on the source browser\r
 825    * \r
 826    * @param b\r
 827    */\r
 828   public void setGuiEnabled(boolean b)\r
 829   {\r
 830     refresh.setEnabled(b);\r
 831     addLocal.setEnabled(b);\r
 832   }\r
 833 }\r