src/jalview/gui/DasSourceBrowser.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import java.util.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 import java.awt.event.*;\r
  25 import javax.swing.*;\r
  26 import javax.swing.event.*;\r
  27 import javax.swing.table.*;\r
  28 \r
  29 import org.biojava.dasobert.dasregistry.*;\r
  30 import jalview.jbgui.*;\r
  31 import jalview.util.*;\r
  32 \r
  33 public class DasSourceBrowser\r
  34     extends GDasSourceBrowser implements Runnable, ListSelectionListener\r
  35 {\r
  36   static DasSource[] dasSources = null;\r
  37 \r
  38   Hashtable localSources = null;\r
  39 \r
  40   Vector selectedSources;\r
  41 \r
  42   public static String DEFAULT_REGISTRY =\r
  43       "http://www.dasregistry.org/das1/sources/";\r
  44 \r
  45   /**\r
  46    * true if thread is running and we are talking to DAS registry service\r
  47    */\r
  48   public boolean loadingDasSources = false;\r
  49 \r
  50   public DasSourceBrowser()\r
  51   {\r
  52     String registry = jalview.bin.Cache.getDefault("DAS_REGISTRY_URL",\r
  53         DEFAULT_REGISTRY);\r
  54 \r
  55     if (registry.indexOf("/registry/das1/sources/") > -1)\r
  56     {\r
  57       jalview.bin.Cache.setProperty("DAS_REGISTRY_URL", DEFAULT_REGISTRY);\r
  58       registry = DEFAULT_REGISTRY;\r
  59     }\r
  60 \r
  61     registryURL.setText(registry);\r
  62 \r
  63     setSelectedFromProperties();\r
  64 \r
  65     displayFullDetails(null);\r
  66     table.setSelectionMode(ListSelectionModel.SINGLE_SELECTION);\r
  67 \r
  68     filter1.addListSelectionListener(this);\r
  69     filter2.addListSelectionListener(this);\r
  70     filter3.addListSelectionListener(this);\r
  71 \r
  72     //Ask to be notified of selection changes.\r
  73     ListSelectionModel rowSM = table.getSelectionModel();\r
  74     rowSM.addListSelectionListener(new ListSelectionListener()\r
  75     {\r
  76       public void valueChanged(ListSelectionEvent e)\r
  77       {\r
  78         ListSelectionModel lsm = (ListSelectionModel) e.getSource();\r
  79         if (!lsm.isSelectionEmpty())\r
  80         {\r
  81           int selectedRow = lsm.getMinSelectionIndex();\r
  82           displayFullDetails(table.getValueAt(selectedRow, 0).toString());\r
  83         }\r
  84       }\r
  85     });\r
  86 \r
  87     table.addMouseListener(new MouseAdapter()\r
  88     {\r
  89       public void mouseClicked(MouseEvent evt)\r
  90       {\r
  91         if (evt.getClickCount() == 2\r
  92             || SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
  93         {\r
  94           editRemoveLocalSource(evt);\r
  95         }\r
  96       }\r
  97     });\r
  98 \r
  99     if (dasSources != null)\r
 100     {\r
 101       init();\r
 102     }\r
 103   }\r
 104 \r
 105   public void paintComponent(java.awt.Graphics g)\r
 106   {\r
 107     if (dasSources == null && !loadingDasSources)\r
 108     {\r
 109       Thread worker = new Thread(this);\r
 110       worker.start();\r
 111     }\r
 112   }\r
 113 \r
 114   void init()\r
 115   {\r
 116     int dSize = dasSources.length;\r
 117     Object[][] data = new Object[dSize][2];\r
 118     for (int i = 0; i < dSize; i++)\r
 119     {\r
 120       data[i][0] = dasSources[i].getNickname();\r
 121       data[i][1] = new Boolean(selectedSources.contains(dasSources[i].\r
 122           getNickname()));\r
 123     }\r
 124 \r
 125     refreshTableData(data);\r
 126     setCapabilities(dasSources);\r
 127 \r
 128     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 129     {\r
 130       public void run()\r
 131       {\r
 132         TableSorter sorter = (TableSorter) table.getModel();\r
 133         sorter.setSortingStatus(1, TableSorter.DESCENDING);\r
 134         sorter.setSortingStatus(1, TableSorter.NOT_SORTED);\r
 135       }\r
 136     });\r
 137 \r
 138     progressBar.setIndeterminate(false);\r
 139     progressBar.setVisible(false);\r
 140     addLocal.setVisible(true);\r
 141     refresh.setVisible(true);\r
 142   }\r
 143 \r
 144   public void refreshTableData(Object[][] data)\r
 145   {\r
 146     TableSorter sorter = new TableSorter(new DASTableModel(data));\r
 147     sorter.setTableHeader(table.getTableHeader());\r
 148     table.setModel(sorter);\r
 149   }\r
 150 \r
 151   void displayFullDetails(String nickName)\r
 152   {\r
 153 \r
 154     StringBuffer text = new StringBuffer(\r
 155         "<HTML><font size=\"2\" face=\"Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif\">");\r
 156 \r
 157     if (nickName == null)\r
 158     {\r
 159       fullDetails.setText(text +\r
 160                           "Select a DAS service from the table"\r
 161                           + " to read a full description here.</font></html>");\r
 162       return;\r
 163     }\r
 164 \r
 165     int dSize = dasSources.length;\r
 166     for (int i = 0; i < dSize; i++)\r
 167     {\r
 168       if (!dasSources[i].getNickname().equals(nickName))\r
 169       {\r
 170         continue;\r
 171       }\r
 172 \r
 173       DasSource ds = dasSources[i];\r
 174 \r
 175       text.append("<font color=\"#0000FF\">Id:</font> " + dasSources[i].getId() +\r
 176                   "<br>");\r
 177       text.append("<font color=\"#0000FF\">Nickname:</font> " +\r
 178                   dasSources[i].getNickname() + "<br>");\r
 179       text.append("<font color=\"#0000FF\">URL:</font> " + dasSources[i].getUrl() +\r
 180                   "<br>");\r
 181 \r
 182       text.append(\r
 183           "<font color=\"#0000FF\">Admin Email:</font> <a href=\"mailto:"\r
 184           + dasSources[i].getAdminemail()\r
 185           + "\">" + dasSources[i].getAdminemail() + "</a>" +\r
 186           "<br>");\r
 187 \r
 188       text.append("<font color=\"#0000FF\">Registered at:</font> " +\r
 189                   dasSources[i].getRegisterDate() +\r
 190                   "<br>");\r
 191 \r
 192       text.append("<font color=\"#0000FF\">Last successful test:</font> " +\r
 193                   dasSources[i].getLeaseDate() +\r
 194                   "<br>");\r
 195 \r
 196       text.append("<font color=\"#0000FF\">Labels:</font> ");\r
 197       for (int s = 0; s < dasSources[i].getLabels().length; s++)\r
 198       {\r
 199         text.append(dasSources[i].getLabels()[s]);\r
 200         if (s < dasSources[i].getLabels().length - 1)\r
 201         {\r
 202           text.append(",");\r
 203         }\r
 204         text.append(" ");\r
 205       }\r
 206       text.append("<br>");\r
 207 \r
 208       text.append("<font color=\"#0000FF\">Capabilities:</font> ");\r
 209       String[] scap = dasSources[i].getCapabilities();\r
 210       for (int j = 0; j < scap.length; j++)\r
 211       {\r
 212         text.append(scap[j]);\r
 213         if (j < scap.length - 1)\r
 214         {\r
 215           text.append(", ");\r
 216         }\r
 217       }\r
 218       text.append("<br>");\r
 219 \r
 220       text.append("<font color=\"#0000FF\">Coordinates:</font> ");\r
 221       DasCoordinateSystem[] dcs = ds.getCoordinateSystem();\r
 222       for (int j = 0; j < dcs.length; j++)\r
 223       {\r
 224         text.append("(" + dcs[j].getUniqueId() + ") "\r
 225                     + dcs[j].getCategory() + ", " + dcs[j].getName());\r
 226         if (dcs[j].getNCBITaxId() != 0)\r
 227         {\r
 228           text.append(", " + dcs[j].getNCBITaxId());\r
 229         }\r
 230         if (dcs[j].getOrganismName().length() > 0)\r
 231         {\r
 232           text.append(", " + dcs[j].getOrganismName());\r
 233         }\r
 234 \r
 235         text.append("<br>");\r
 236       }\r
 237 \r
 238       text.append("<font color=\"#0000FF\">Description:</font> " +\r
 239                   dasSources[i].getDescription() + "<br>");\r
 240 \r
 241       if (dasSources[i].getHelperurl() != null\r
 242           && dasSources[i].getHelperurl().length() > 0)\r
 243       {\r
 244         text.append("<font color=\"#0000FF\"><a href=\"" +\r
 245                     dasSources[i].getHelperurl()\r
 246                     + "\">Go to site</a></font<br>");\r
 247       }\r
 248 \r
 249       text.append("</font></html>");\r
 250 \r
 251       break;\r
 252     }\r
 253 \r
 254     fullDetails.setText(text.toString());\r
 255     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 256     {\r
 257       public void run()\r
 258       {\r
 259         fullDetailsScrollpane.getVerticalScrollBar().setValue(0);\r
 260       }\r
 261     });\r
 262   }\r
 263 \r
 264   public void run()\r
 265   {\r
 266     loadingDasSources = true;\r
 267 \r
 268     addLocal.setVisible(false);\r
 269     refresh.setVisible(false);\r
 270     progressBar.setVisible(true);\r
 271     progressBar.setIndeterminate(true);\r
 272     // Refresh the source list.\r
 273     dasSources=null;\r
 274     getDASSource();\r
 275     \r
 276     init();\r
 277 \r
 278     loadingDasSources = false;\r
 279 \r
 280   }\r
 281 \r
 282   public Vector getSelectedSources()\r
 283   {\r
 284     Vector selected = new Vector();\r
 285     for (int r = 0; r < selectedSources.size(); r++)\r
 286     {\r
 287       for (int i = 0; i < dasSources.length; i++)\r
 288       {\r
 289         if (dasSources[i].getNickname().equals(\r
 290             selectedSources.elementAt(r)))\r
 291         {\r
 292           selected.addElement(dasSources[i]);\r
 293           break;\r
 294         }\r
 295       }\r
 296     }\r
 297 \r
 298     return selected;\r
 299   }\r
 300   /**\r
 301    * retrieve das sources from registry and add local source list\r
 302    * @return\r
 303    */\r
 304   public DasSource[] getDASSource()\r
 305   {\r
 306     if (dasSources == null)\r
 307     {\r
 308       dasSources = jalview.ws.DasSequenceFeatureFetcher.getDASSources();\r
 309       appendLocalSources();\r
 310     }\r
 311 \r
 312     return dasSources;\r
 313   }\r
 314 \r
 315   public void refresh_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 316   {\r
 317     saveProperties(jalview.bin.Cache.applicationProperties);\r
 318 \r
 319     Thread worker = new Thread(this);\r
 320     worker.start();\r
 321   }\r
 322 \r
 323   private void setCapabilities(DasSource[] sources)\r
 324   {\r
 325     Vector authority = new Vector();\r
 326     Vector type = new Vector();\r
 327     Vector label = new Vector();\r
 328 \r
 329     authority.addElement("Any");\r
 330     type.addElement("Any");\r
 331     label.addElement("Any");\r
 332 \r
 333     for (int i = 0; i < sources.length; i++)\r
 334     {\r
 335       DasSource ds = sources[i];\r
 336 \r
 337       DasCoordinateSystem[] dcs = ds.getCoordinateSystem();\r
 338 \r
 339       for (int j = 0; j < dcs.length; j++)\r
 340       {\r
 341         if (!type.contains(dcs[j].getCategory()))\r
 342         {\r
 343           type.addElement(dcs[j].getCategory());\r
 344         }\r
 345 \r
 346         if (!authority.contains(dcs[j].getName()))\r
 347         {\r
 348           authority.addElement(dcs[j].getName());\r
 349         }\r
 350       }\r
 351 \r
 352       String[] slabels = ds.getLabels();\r
 353       for (int s = 0; s < slabels.length; s++)\r
 354       {\r
 355         if (!label.contains(slabels[s]))\r
 356         {\r
 357           label.addElement(slabels[s]);\r
 358         }\r
 359       }\r
 360 \r
 361     }\r
 362 \r
 363     filter1.setListData(authority);\r
 364     filter2.setListData(type);\r
 365     filter3.setListData(label);\r
 366 \r
 367     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 368     {\r
 369       public void run()\r
 370       {\r
 371         filter1.setSelectedIndex(0);\r
 372         filter2.setSelectedIndex(0);\r
 373         filter3.setSelectedIndex(0);\r
 374       }\r
 375     });\r
 376   }\r
 377 \r
 378   public void amendLocal(boolean newSource)\r
 379   {\r
 380     String url = "http://localhost:8080/", nickname = "";\r
 381 \r
 382     if (!newSource)\r
 383     {\r
 384       int selectedRow = table.getSelectionModel().getMinSelectionIndex();\r
 385       nickname = table.getValueAt(selectedRow, 0).toString();\r
 386       url = ( (DasSource) localSources.get(nickname)).getUrl();\r
 387     }\r
 388 \r
 389     JTextField nametf = new JTextField(nickname, 40);\r
 390     JTextField urltf = new JTextField(url, 40);\r
 391 \r
 392     JPanel panel = new JPanel(new BorderLayout());\r
 393     JPanel pane12 = new JPanel(new BorderLayout());\r
 394     pane12.add(new JLabel("Nickname: "), BorderLayout.CENTER);\r
 395     pane12.add(nametf, BorderLayout.EAST);\r
 396     panel.add(pane12, BorderLayout.NORTH);\r
 397     pane12 = new JPanel(new BorderLayout());\r
 398     pane12.add(new JLabel("URL: "), BorderLayout.CENTER);\r
 399     pane12.add(urltf, BorderLayout.EAST);\r
 400     panel.add(pane12, BorderLayout.SOUTH);\r
 401 \r
 402     int reply = JOptionPane.showInternalConfirmDialog(Desktop.desktop,\r
 403         panel, "Enter Nickname & URL of Local DAS Source",\r
 404         JOptionPane.OK_CANCEL_OPTION);\r
 405 \r
 406     if (reply != JOptionPane.OK_OPTION)\r
 407     {\r
 408       return;\r
 409     }\r
 410 \r
 411     if (!urltf.getText().endsWith("/"))\r
 412     {\r
 413       urltf.setText(urltf.getText() + "/");\r
 414     }\r
 415 \r
 416     Das1Source local = new Das1Source();\r
 417 \r
 418     local.setUrl(urltf.getText());\r
 419     local.setNickname(nametf.getText());\r
 420 \r
 421     if (localSources == null)\r
 422     {\r
 423       localSources = new Hashtable();\r
 424     }\r
 425 \r
 426     localSources.put(local.getNickname(), local);\r
 427 \r
 428     if (!newSource && !nickname.equals(nametf.getText()))\r
 429     {\r
 430       localSources.remove(nickname);\r
 431     }\r
 432 \r
 433     int size = dasSources.length;\r
 434     int adjust = newSource ? 1 : 0;\r
 435 \r
 436     Object[][] data = new Object[size + adjust][2];\r
 437     for (int i = 0; i < size; i++)\r
 438     {\r
 439       if (!newSource && dasSources[i].getNickname().equals(nickname))\r
 440       {\r
 441         ( (DasSource) dasSources[i]).setNickname(local.getNickname());\r
 442         ( (DasSource) dasSources[i]).setUrl(local.getUrl());\r
 443         data[i][0] = local.getNickname();\r
 444         data[i][1] = new Boolean(true);\r
 445       }\r
 446       else\r
 447       {\r
 448         data[i][0] = dasSources[i].getNickname();\r
 449         data[i][1] = new Boolean(selectedSources.contains(dasSources[i].\r
 450             getNickname()));\r
 451       }\r
 452     }\r
 453 \r
 454     if (newSource)\r
 455     {\r
 456       data[size][0] = local.getNickname();\r
 457       data[size][1] = new Boolean(true);\r
 458       selectedSources.add(local.getNickname());\r
 459     }\r
 460 \r
 461     DasSource[] tmp = new DasSource[size + adjust];\r
 462 \r
 463     System.arraycopy(dasSources, 0, tmp, 0, size);\r
 464 \r
 465     if (newSource)\r
 466     {\r
 467       tmp[size] = local;\r
 468     }\r
 469 \r
 470     dasSources = tmp;\r
 471 \r
 472     refreshTableData(data);\r
 473 \r
 474     SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 475     {\r
 476       public void run()\r
 477       {\r
 478         scrollPane.getVerticalScrollBar().setValue(\r
 479             scrollPane.getVerticalScrollBar().getMaximum()\r
 480             );\r
 481       }\r
 482     });\r
 483 \r
 484     displayFullDetails(local.getNickname());\r
 485   }\r
 486 \r
 487   public void editRemoveLocalSource(MouseEvent evt)\r
 488   {\r
 489     int selectedRow = table.getSelectionModel().getMinSelectionIndex();\r
 490     if (selectedRow == -1)\r
 491     {\r
 492       return;\r
 493     }\r
 494 \r
 495     String nickname = table.getValueAt(selectedRow, 0).toString();\r
 496 \r
 497     if (!localSources.containsKey(nickname))\r
 498     {\r
 499       JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
 500                                             "You can only edit or remove local DAS Sources!",\r
 501                                             "Public DAS source - not editable",\r
 502                                             JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
 503       return;\r
 504     }\r
 505 \r
 506     Object[] options =\r
 507         {\r
 508         "Edit", "Remove", "Cancel"};\r
 509     int choice = JOptionPane.showInternalOptionDialog(Desktop.desktop,\r
 510         "Do you want to edit or remove " + nickname + "?",\r
 511         "Edit / Remove Local DAS Source",\r
 512         JOptionPane.YES_NO_CANCEL_OPTION,\r
 513         JOptionPane.QUESTION_MESSAGE,\r
 514         null,\r
 515         options,\r
 516         options[2]);\r
 517 \r
 518     switch (choice)\r
 519     {\r
 520       case 0:\r
 521         amendLocal(false);\r
 522         break;\r
 523       case 1:\r
 524         localSources.remove(nickname);\r
 525         selectedSources.remove(nickname);\r
 526         Object[][] data = new Object[dasSources.length - 1][2];\r
 527         DasSource[] tmp = new DasSource[dasSources.length - 1];\r
 528         int index = 0;\r
 529         for (int i = 0; i < dasSources.length; i++)\r
 530         {\r
 531           if (dasSources[i].getNickname().equals(nickname))\r
 532           {\r
 533             continue;\r
 534           }\r
 535           else\r
 536           {\r
 537             tmp[index] = dasSources[i];\r
 538             data[index][0] = dasSources[i].getNickname();\r
 539             data[index][1] = new Boolean(selectedSources.contains(dasSources[i].\r
 540                 getNickname()));\r
 541             index++;\r
 542           }\r
 543         }\r
 544         dasSources = tmp;\r
 545         refreshTableData(data);\r
 546         SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 547         {\r
 548           public void run()\r
 549           {\r
 550             scrollPane.getVerticalScrollBar().setValue(\r
 551                 scrollPane.getVerticalScrollBar().getMaximum()\r
 552                 );\r
 553           }\r
 554         });\r
 555 \r
 556         break;\r
 557     }\r
 558   }\r
 559 \r
 560   void appendLocalSources()\r
 561   {\r
 562     if (localSources == null)\r
 563     {\r
 564       return;\r
 565     }\r
 566 \r
 567     int size = dasSources != null ? dasSources.length : 0;\r
 568     int lsize = localSources.size();\r
 569 \r
 570     Object[][] data = new Object[size + lsize][2];\r
 571     for (int i = 0; i < size; i++)\r
 572     {\r
 573       data[i][0] = dasSources[i].getNickname();\r
 574       data[i][1] = new Boolean(selectedSources.contains(dasSources[i].\r
 575           getNickname()));\r
 576     }\r
 577 \r
 578     DasSource[] tmp = new DasSource[size + lsize];\r
 579     if (dasSources != null)\r
 580     {\r
 581       System.arraycopy(dasSources, 0, tmp, 0, size);\r
 582     }\r
 583 \r
 584     Enumeration en = localSources.keys();\r
 585     int index = size;\r
 586     while (en.hasMoreElements())\r
 587     {\r
 588       String key = en.nextElement().toString();\r
 589       data[index][0] = key;\r
 590       data[index][1] = new Boolean(false);\r
 591       tmp[index] = new Das1Source();\r
 592       tmp[index].setNickname(key);\r
 593       tmp[index].setUrl( ( (DasSource) localSources.get(key)).getUrl());\r
 594 \r
 595       index++;\r
 596     }\r
 597 \r
 598     dasSources = tmp;\r
 599 \r
 600     refreshTableData(data);\r
 601   }\r
 602 \r
 603   public void valueChanged(ListSelectionEvent evt)\r
 604   {\r
 605     //Called when the MainTable selection changes\r
 606     if (evt.getValueIsAdjusting())\r
 607     {\r
 608       return;\r
 609     }\r
 610 \r
 611     displayFullDetails(null);\r
 612 \r
 613     // Filter the displayed data sources\r
 614     int dSize = dasSources.length;\r
 615 \r
 616     ArrayList names = new ArrayList();\r
 617     ArrayList selected = new ArrayList();\r
 618     DasSource ds;\r
 619 \r
 620     //The features filter is not visible, but we must still\r
 621     //filter the das source list here.\r
 622     //July 2006 - only 6 sources fo not serve features\r
 623     Object[] dummyFeatureList = new Object[]\r
 624         {\r
 625         "features"};\r
 626 \r
 627     for (int i = 0; i < dSize; i++)\r
 628     {\r
 629       ds = dasSources[i];\r
 630       DasCoordinateSystem[] dcs = ds.getCoordinateSystem();\r
 631 \r
 632       if (dcs.length == 0 && ds.getCapabilities().length == 0\r
 633           && filter1.getSelectedIndex() == 0\r
 634           && filter2.getSelectedIndex() == 0\r
 635           && filter3.getSelectedIndex() == 0)\r
 636       {\r
 637         //THIS IS A FIX FOR LOCAL SOURCES WHICH DO NOT\r
 638         //HAVE COORDINATE SYSTEMS, INFO WHICH AT PRESENT\r
 639         //IS ADDED FROM THE REGISTRY\r
 640         names.add(ds.getNickname());\r
 641         selected.add(new Boolean(\r
 642             selectedSources.contains(ds.getNickname())));\r
 643         continue;\r
 644       }\r
 645 \r
 646       if (!selectedInList(dummyFeatureList, ds.getCapabilities())\r
 647           || !selectedInList(filter3.getSelectedValues(),\r
 648                              ds.getLabels()))\r
 649       {\r
 650         continue;\r
 651       }\r
 652 \r
 653       for (int j = 0; j < dcs.length; j++)\r
 654       {\r
 655         if (selectedInList(filter1.getSelectedValues(),\r
 656                            new String[]\r
 657                            {dcs[j].getName()})\r
 658             && selectedInList(filter2.getSelectedValues(),\r
 659                               new String[]\r
 660                               {dcs[j].getCategory()}))\r
 661         {\r
 662           names.add(ds.getNickname());\r
 663           selected.add(new Boolean(\r
 664               selectedSources.contains(ds.getNickname())));\r
 665           break;\r
 666         }\r
 667       }\r
 668     }\r
 669 \r
 670     dSize = names.size();\r
 671     Object[][] data = new Object[dSize][2];\r
 672     for (int d = 0; d < dSize; d++)\r
 673     {\r
 674       data[d][0] = names.get(d);\r
 675       data[d][1] = selected.get(d);\r
 676     }\r
 677 \r
 678     refreshTableData(data);\r
 679   }\r
 680 \r
 681   boolean selectedInList(Object[] selection, String[] items)\r
 682   {\r
 683     for (int i = 0; i < selection.length; i++)\r
 684     {\r
 685       if (selection[i].equals("Any"))\r
 686       {\r
 687         return true;\r
 688       }\r
 689 \r
 690       for (int j = 0; j < items.length; j++)\r
 691       {\r
 692         if (selection[i].equals(items[j]))\r
 693         {\r
 694           return true;\r
 695         }\r
 696       }\r
 697     }\r
 698 \r
 699     return false;\r
 700   }\r
 701 \r
 702   void setSelectedFromProperties()\r
 703   {\r
 704     String active = jalview.bin.Cache.getDefault("DAS_ACTIVE_SOURCE", "uniprot");\r
 705     StringTokenizer st = new StringTokenizer(active, "\t");\r
 706     selectedSources = new Vector();\r
 707     while (st.hasMoreTokens())\r
 708     {\r
 709       selectedSources.addElement(st.nextToken());\r
 710     }\r
 711 \r
 712     String local = jalview.bin.Cache.getProperty("DAS_LOCAL_SOURCE");\r
 713     if (local != null)\r
 714     {\r
 715       if (localSources == null)\r
 716       {\r
 717         localSources = new Hashtable();\r
 718       }\r
 719 \r
 720       st = new StringTokenizer(local, "\t");\r
 721       while (st.hasMoreTokens())\r
 722       {\r
 723         String token = st.nextToken();\r
 724         int bar = token.indexOf("|");\r
 725         Das1Source source = new Das1Source();\r
 726 \r
 727         source.setUrl(token.substring(bar + 1));\r
 728         source.setNickname(token.substring(0, bar));\r
 729 \r
 730         localSources.put(source.getNickname(), source);\r
 731       }\r
 732     }\r
 733   }\r
 734 \r
 735   public void reset_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 736   {\r
 737     registryURL.setText(DEFAULT_REGISTRY);\r
 738   }\r
 739 \r
 740   public void saveProperties(Properties properties)\r
 741   {\r
 742     if (registryURL.getText() == null || registryURL.getText().length() < 1)\r
 743     {\r
 744       properties.remove("DAS_REGISTRY_URL");\r
 745     }\r
 746     else\r
 747     {\r
 748       properties.setProperty("DAS_REGISTRY_URL", registryURL.getText());\r
 749     }\r
 750 \r
 751     StringBuffer sb = new StringBuffer();\r
 752     for (int r = 0; r < table.getModel().getRowCount(); r++)\r
 753     {\r
 754       if ( ( (Boolean) table.getValueAt(r, 1)).booleanValue())\r
 755       {\r
 756         sb.append(table.getValueAt(r, 0) + "\t");\r
 757       }\r
 758     }\r
 759 \r
 760     properties.setProperty("DAS_ACTIVE_SOURCE", sb.toString());\r
 761 \r
 762     if (localSources != null)\r
 763     {\r
 764       sb = new StringBuffer();\r
 765       Enumeration en = localSources.keys();\r
 766       while (en.hasMoreElements())\r
 767       {\r
 768         String token = en.nextElement().toString();\r
 769         sb.append(token + "|"\r
 770                   + ( (DasSource) localSources.get(token)).getUrl()\r
 771                   + "\t");\r
 772       }\r
 773 \r
 774       properties.setProperty("DAS_LOCAL_SOURCE", sb.toString());\r
 775     }\r
 776 \r
 777   }\r
 778 \r
 779   class DASTableModel\r
 780       extends AbstractTableModel\r
 781   {\r
 782 \r
 783     public DASTableModel(Object[][] data)\r
 784     {\r
 785       this.data = data;\r
 786     }\r
 787 \r
 788     private String[] columnNames = new String[]\r
 789         {\r
 790         "Nickname", "Use Source"};\r
 791 \r
 792     private Object[][] data;\r
 793 \r
 794     public int getColumnCount()\r
 795     {\r
 796       return columnNames.length;\r
 797     }\r
 798 \r
 799     public int getRowCount()\r
 800     {\r
 801       return data.length;\r
 802     }\r
 803 \r
 804     public String getColumnName(int col)\r
 805     {\r
 806       return columnNames[col];\r
 807     }\r
 808 \r
 809     public Object getValueAt(int row, int col)\r
 810     {\r
 811       return data[row][col];\r
 812     }\r
 813 \r
 814     /*\r
 815      * JTable uses this method to determine the default renderer/\r
 816      * editor for each cell.  If we didn't implement this method,\r
 817      * then the last column would contain text ("true"/"false"),\r
 818      * rather than a check box.\r
 819      */\r
 820     public Class getColumnClass(int c)\r
 821     {\r
 822       return getValueAt(0, c).getClass();\r
 823     }\r
 824 \r
 825     /*\r
 826      * Don't need to implement this method unless your table's\r
 827      * editable.\r
 828      */\r
 829     public boolean isCellEditable(int row, int col)\r
 830     {\r
 831       //Note that the data/cell address is constant,\r
 832       //no matter where the cell appears onscreen.\r
 833       return col == 1;\r
 834 \r
 835     }\r
 836 \r
 837     /*\r
 838      * Don't need to implement this method unless your table's\r
 839      * data can change.\r
 840      */\r
 841     public void setValueAt(Object value, int row, int col)\r
 842     {\r
 843       data[row][col] = value;\r
 844       fireTableCellUpdated(row, col);\r
 845 \r
 846       String name = getValueAt(row, 0).toString();\r
 847       boolean selected = ( (Boolean) value).booleanValue();\r
 848 \r
 849       if (selectedSources.contains(name) && !selected)\r
 850       {\r
 851         selectedSources.remove(name);\r
 852       }\r
 853 \r
 854       if (!selectedSources.contains(name) && selected)\r
 855       {\r
 856         selectedSources.add(name);\r
 857       }\r
 858     }\r
 859   }\r
 860 }\r