src/jalview/gui/Desktop.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import java.awt.*;\r
  22 import java.awt.datatransfer.*;\r
  23 import java.awt.dnd.*;\r
  24 import java.awt.event.*;\r
  25 import javax.swing.*;\r
  26 \r
  27 import jalview.datamodel.*;\r
  28 import jalview.io.*;\r
  29 \r
  30 public class Desktop\r
  31     extends jalview.jbgui.GDesktop implements DropTargetListener\r
  32 {\r
  33   public static JDesktopPane desktop;\r
  34   static int openFrameCount = 0;\r
  35   static final int xOffset = 30;\r
  36   static final int yOffset = 30;\r
  37 \r
  38   public Desktop()\r
  39   {\r
  40     Image image = null;\r
  41 \r
  42     try\r
  43     {\r
  44       java.net.URL url = getClass().getResource("/images/logo.gif");\r
  45 \r
  46       if (url != null)\r
  47       {\r
  48         image = java.awt.Toolkit.getDefaultToolkit().createImage(url);\r
  49 \r
  50         MediaTracker mt = new MediaTracker(this);\r
  51         mt.addImage(image, 0);\r
  52         mt.waitForID(0);\r
  53         setIconImage(image);\r
  54       }\r
  55     }\r
  56     catch (Exception ex)\r
  57     {\r
  58     }\r
  59 \r
  60     setTitle("Jalview 2005");\r
  61     setDefaultCloseOperation(JFrame.EXIT_ON_CLOSE);\r
  62     desktop = new JDesktopPane();\r
  63     desktop.setBackground(Color.white);\r
  64     setContentPane(desktop);\r
  65     desktop.setDragMode(JDesktopPane.OUTLINE_DRAG_MODE);\r
  66 \r
  67     // This line prevents Windows Look&Feel resizing all new windows to maximum\r
  68     // if previous window was maximised\r
  69     desktop.setDesktopManager(new DefaultDesktopManager());\r
  70 \r
  71     Dimension screenSize = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();\r
  72     String x = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_X");\r
  73     String y = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_Y");\r
  74     String width = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_WIDTH");\r
  75     String height = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_HEIGHT");\r
  76 \r
  77     if ( (x != null) && (y != null) && (width != null) && (height != null))\r
  78     {\r
  79       setBounds(Integer.parseInt(x), Integer.parseInt(y),\r
  80                 Integer.parseInt(width), Integer.parseInt(height));\r
  81     }\r
  82     else\r
  83     {\r
  84       setBounds( (int) (screenSize.width - 900) / 2,\r
  85                 (int) (screenSize.height - 650) / 2, 900, 650);\r
  86     }\r
  87 \r
  88     this.addWindowListener(new WindowAdapter()\r
  89     {\r
  90       public void windowClosing(WindowEvent evt)\r
  91       {\r
  92         quit();\r
  93       }\r
  94     });\r
  95     setVisible(true);\r
  96 \r
  97     this.setDropTarget(new java.awt.dnd.DropTarget(desktop, this));\r
  98 \r
  99     /////////Add a splashscreen on startup\r
 100     /////////Add a splashscreen on startup\r
 101     JInternalFrame frame = new JInternalFrame();\r
 102 \r
 103     SplashScreen splash = new SplashScreen(frame, image);\r
 104     frame.setContentPane(splash);\r
 105     frame.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);\r
 106     addInternalFrame(frame, "", 750, 160, false);\r
 107     frame.setLocation( (int) ( (getWidth() - 750) / 2),\r
 108                       (int) ( (getHeight() - 160) / 2));\r
 109   }\r
 110 \r
 111   public static void addInternalFrame(final JInternalFrame frame,\r
 112                                       String title, int w, int h)\r
 113   {\r
 114     addInternalFrame(frame, title, w, h, true);\r
 115   }\r
 116 \r
 117   public static void addInternalFrame(final JInternalFrame frame,\r
 118                                       String title, int w, int h,\r
 119                                       boolean resizable)\r
 120   {\r
 121     desktop.add(frame);\r
 122     openFrameCount++;\r
 123 \r
 124     try\r
 125     {\r
 126       frame.setSelected(true);\r
 127     }\r
 128     catch (java.beans.PropertyVetoException e)\r
 129     {\r
 130     }\r
 131 \r
 132     frame.setTitle(title);\r
 133     frame.setSize(w, h);\r
 134     frame.setClosable(true);\r
 135     frame.setResizable(resizable);\r
 136     frame.setMaximizable(resizable);\r
 137     frame.setIconifiable(resizable);\r
 138     frame.setFrameIcon(null);\r
 139     frame.setLocation(xOffset * openFrameCount, yOffset * openFrameCount);\r
 140     frame.toFront();\r
 141 \r
 142     final JMenuItem menuItem = new JMenuItem(title);\r
 143     frame.addInternalFrameListener(new javax.swing.event.InternalFrameAdapter()\r
 144     {\r
 145       public void internalFrameClosed(\r
 146           javax.swing.event.InternalFrameEvent evt)\r
 147       {\r
 148         openFrameCount--;\r
 149         windowMenu.remove(menuItem);\r
 150       }\r
 151       ;\r
 152     });\r
 153 \r
 154     menuItem.addActionListener(new ActionListener()\r
 155     {\r
 156       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 157       {\r
 158         try\r
 159         {\r
 160           frame.setSelected(true);\r
 161           frame.setIcon(false);\r
 162         }\r
 163         catch (java.beans.PropertyVetoException ex)\r
 164         {\r
 165         }\r
 166 \r
 167         ;\r
 168       }\r
 169     });\r
 170 \r
 171     frame.setVisible(true);\r
 172     windowMenu.add(menuItem);\r
 173   }\r
 174 \r
 175   public void dragEnter(DropTargetDragEvent evt)\r
 176   {\r
 177   }\r
 178 \r
 179   public void dragExit(DropTargetEvent evt)\r
 180   {\r
 181   }\r
 182 \r
 183   public void dragOver(DropTargetDragEvent evt)\r
 184   {\r
 185   }\r
 186 \r
 187   public void dropActionChanged(DropTargetDragEvent evt)\r
 188   {\r
 189   }\r
 190 \r
 191   public void drop(DropTargetDropEvent evt)\r
 192   {\r
 193     Transferable t = evt.getTransferable();\r
 194 \r
 195     if (!t.isDataFlavorSupported(DataFlavor.javaFileListFlavor))\r
 196     {\r
 197       return;\r
 198     }\r
 199 \r
 200     evt.acceptDrop(DnDConstants.ACTION_COPY_OR_MOVE);\r
 201 \r
 202     try\r
 203     {\r
 204       java.util.List files = (java.util.List) t.getTransferData(DataFlavor.\r
 205           javaFileListFlavor);\r
 206 \r
 207       for (int i = 0; i < files.size(); i++)\r
 208       {\r
 209         String file = files.get(i).toString();\r
 210         String protocol = "File";\r
 211 \r
 212         if (file.endsWith(".jar"))\r
 213         {\r
 214           Jalview2XML.LoadJalviewAlign(file);\r
 215         }\r
 216         else\r
 217         {\r
 218           String format = jalview.io.IdentifyFile.Identify(file,\r
 219               protocol);\r
 220           LoadFile(file, protocol, format);\r
 221         }\r
 222       }\r
 223     }\r
 224     catch (Exception ex)\r
 225     {\r
 226       ex.printStackTrace();\r
 227     }\r
 228   }\r
 229 \r
 230   public void inputLocalFileMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 231   {\r
 232     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.\r
 233         getProperty(\r
 234             "LAST_DIRECTORY"),\r
 235         new String[]\r
 236         {\r
 237         "fa, fasta, fastq", "aln", "pfam", "msf", "pir", "blc",\r
 238         "jar"\r
 239     },\r
 240         new String[]\r
 241         {\r
 242         "Fasta", "Clustal", "PFAM", "MSF", "PIR", "BLC", "Jalview"\r
 243     }, jalview.bin.Cache.getProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT"));\r
 244 \r
 245     chooser.setFileView(new JalviewFileView());\r
 246     chooser.setDialogTitle("Open local file");\r
 247     chooser.setToolTipText("Open");\r
 248 \r
 249     int value = chooser.showOpenDialog(this);\r
 250 \r
 251     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 252     {\r
 253       String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();\r
 254       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",\r
 255                                     chooser.getSelectedFile().getParent());\r
 256 \r
 257       if (chooser.getSelectedFormat().equals("Jalview"))\r
 258       {\r
 259         jalview.bin.Cache.setProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT", "Jalivew");\r
 260         Jalview2XML.LoadJalviewAlign(choice);\r
 261       }\r
 262       else\r
 263       {\r
 264         String format = IdentifyFile.Identify(choice, "File");\r
 265         jalview.bin.Cache.setProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT", format);\r
 266         LoadFile(choice, "File", format);\r
 267       }\r
 268     }\r
 269   }\r
 270 \r
 271   public void LoadFile(String file, String protocol, String format)\r
 272   {\r
 273     LoadingThread loader = new LoadingThread(file, protocol, format);\r
 274     loader.start();\r
 275   }\r
 276 \r
 277   public void inputURLMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 278   {\r
 279     String url = JOptionPane.showInternalInputDialog(Desktop.desktop,\r
 280         "Enter url of input file", "Input alignment from URL",\r
 281         JOptionPane.QUESTION_MESSAGE, null, null, "http://www.")\r
 282         .toString();\r
 283 \r
 284     if (url == null)\r
 285     {\r
 286       return;\r
 287     }\r
 288 \r
 289     String format = IdentifyFile.Identify(url, "URL");\r
 290 \r
 291     if (format.equals("URL NOT FOUND"))\r
 292     {\r
 293       JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
 294                                             "Couldn't locate " + url,\r
 295                                             "URL not found",\r
 296                                             JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
 297 \r
 298       return;\r
 299     }\r
 300 \r
 301     LoadFile(url, "URL", format);\r
 302   }\r
 303 \r
 304   public void inputTextboxMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 305   {\r
 306     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();\r
 307     cap.setForInput();\r
 308     Desktop.addInternalFrame(cap, "Cut & Paste Alignment File", 600, 500);\r
 309   }\r
 310 \r
 311   /*\r
 312    * Exit the program\r
 313    */\r
 314   public void quit()\r
 315   {\r
 316     if (jalview.bin.Jalview.applet != null)\r
 317     {\r
 318       jalview.bin.Jalview.applet.destroy();\r
 319     }\r
 320     else\r
 321     {\r
 322       jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_X", getBounds().x +\r
 323                                     "");\r
 324       jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_Y", getBounds().y +\r
 325                                     "");\r
 326       jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_WIDTH",\r
 327                                     getWidth() + "");\r
 328       jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_HEIGHT",\r
 329                                       getHeight() + "");\r
 330       System.exit(0);\r
 331     }\r
 332   }\r
 333 \r
 334   public void aboutMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 335   {\r
 336     JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
 337                                           "JalView 2005 version " +\r
 338                                           jalview.bin.Cache.VERSION +\r
 339                                           "; last updated: " +\r
 340                                           jalview.bin.Cache.BUILD_DATE +\r
 341                                           "\nAuthors:  Michele Clamp, James Cuff, Steve Searle, Andrew Waterhouse, Jim Procter & Geoff Barton." +\r
 342                                           "\nCurrent development managed by Andrew Waterhouse; Barton Group, University of Dundee." +\r
 343                                           "\nFor all issues relating to Jalview, email help@jalview.org" +\r
 344                                           "\n\nIf  you use JalView, please cite:" +\r
 345                                           "\n\"Clamp, M., Cuff, J., Searle, S. M. and Barton, G. J. (2004), The Jalview Java Alignment Editor\"" +\r
 346                                           "\nBioinformatics,  2004 12;426-7.",\r
 347                                           "About Jalview",\r
 348                                           JOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);\r
 349   }\r
 350 \r
 351   public void documentationMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 352   {\r
 353     try\r
 354     {\r
 355       ClassLoader cl = jalview.gui.Desktop.class.getClassLoader();\r
 356       java.net.URL url = javax.help.HelpSet.findHelpSet(cl, "help/help");\r
 357       javax.help.HelpSet hs = new javax.help.HelpSet(cl, url);\r
 358 \r
 359       javax.help.HelpBroker hb = hs.createHelpBroker();\r
 360       hb.setLocation(new Point(200, 50));\r
 361       hb.setSize(new Dimension(800, 700));\r
 362       hb.setCurrentID("home");\r
 363       hb.setDisplayed(true);\r
 364     }\r
 365     catch (Exception ex)\r
 366     {\r
 367       ex.printStackTrace();\r
 368     }\r
 369   }\r
 370 \r
 371   protected void preferences_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 372   {\r
 373     Preferences pref = new Preferences();\r
 374   }\r
 375 \r
 376   public void saveState_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 377   {\r
 378     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.\r
 379         getProperty(\r
 380             "LAST_DIRECTORY"), new String[]\r
 381         {"jar"},\r
 382         new String[]\r
 383         {"Jalview Project"}, "Jalview Project");\r
 384 \r
 385     chooser.setFileView(new JalviewFileView());\r
 386     chooser.setDialogTitle("Save State");\r
 387 \r
 388     int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
 389 \r
 390     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 391     {\r
 392       java.io.File choice = chooser.getSelectedFile();\r
 393       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", choice.getParent());\r
 394       Jalview2XML.SaveState(choice);\r
 395     }\r
 396   }\r
 397 \r
 398   public void loadState_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 399   {\r
 400     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.\r
 401         getProperty(\r
 402             "LAST_DIRECTORY"), new String[]\r
 403         {"jar"},\r
 404         new String[]\r
 405         {"Jalview Project"}, "Jalview Project");\r
 406     chooser.setFileView(new JalviewFileView());\r
 407     chooser.setDialogTitle("Restore state");\r
 408 \r
 409     int value = chooser.showOpenDialog(this);\r
 410 \r
 411     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 412     {\r
 413       String choice = chooser.getSelectedFile().getAbsolutePath();\r
 414       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",\r
 415                                     chooser.getSelectedFile().getParent());\r
 416       Jalview2XML.LoadJalviewAlign(choice);\r
 417     }\r
 418   }\r
 419 \r
 420   class LoadingThread\r
 421       extends Thread\r
 422   {\r
 423     String file;\r
 424     String protocol;\r
 425     String format;\r
 426 \r
 427     public LoadingThread(String file, String protocol, String format)\r
 428     {\r
 429       this.file = file;\r
 430       this.protocol = protocol;\r
 431       this.format = format;\r
 432     }\r
 433 \r
 434     public void run()\r
 435     {\r
 436       SequenceI[] sequences = null;\r
 437 \r
 438       if (FormatAdapter.formats.contains(format))\r
 439       {\r
 440         sequences = FormatAdapter.readFile(file, protocol, format);\r
 441       }\r
 442 \r
 443       if ( (sequences != null) && (sequences.length > 0))\r
 444       {\r
 445         AlignFrame af = new AlignFrame(new Alignment(sequences));\r
 446         addInternalFrame(af, file, AlignFrame.NEW_WINDOW_WIDTH,\r
 447                          AlignFrame.NEW_WINDOW_HEIGHT);\r
 448         af.currentFileFormat = format;\r
 449         af.statusBar.setText("Successfully loaded file " + file);\r
 450 \r
 451         try\r
 452         {\r
 453           af.setMaximum(Preferences.showFullscreen);\r
 454         }\r
 455         catch (Exception ex)\r
 456         {\r
 457         }\r
 458       }\r
 459       else\r
 460       {\r
 461         JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
 462                                               "Couldn't open file.\n" +\r
 463                                               "Formats currently supported are\n" +\r
 464                                               "Fasta, MSF, Clustal, BLC, PIR, MSP, and PFAM" // JBPNote - message should be generated through FormatAdapter!\r
 465                                               , "Error loading file",\r
 466                                               JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
 467       }\r
 468     }\r
 469   }\r
 470 }\r