src/jalview/gui/Desktop.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import java.awt.BorderLayout;
  24 import java.awt.Color;
  25 import java.awt.Dimension;
  26 import java.awt.FontMetrics;
  27 import java.awt.Graphics;
  28 import java.awt.GridLayout;
  29 import java.awt.Point;
  30 import java.awt.Rectangle;
  31 import java.awt.Toolkit;
  32 import java.awt.Window;
  33 import java.awt.datatransfer.Clipboard;
  34 import java.awt.datatransfer.ClipboardOwner;
  35 import java.awt.datatransfer.DataFlavor;
  36 import java.awt.datatransfer.Transferable;
  37 import java.awt.dnd.DnDConstants;
  38 import java.awt.dnd.DropTargetDragEvent;
  39 import java.awt.dnd.DropTargetDropEvent;
  40 import java.awt.dnd.DropTargetEvent;
  41 import java.awt.dnd.DropTargetListener;
  42 import java.awt.event.ActionEvent;
  43 import java.awt.event.ActionListener;
  44 import java.awt.event.InputEvent;
  45 import java.awt.event.KeyEvent;
  46 import java.awt.event.MouseAdapter;
  47 import java.awt.event.MouseEvent;
  48 import java.awt.event.WindowAdapter;
  49 import java.awt.event.WindowEvent;
  50 import java.beans.PropertyChangeEvent;
  51 import java.beans.PropertyChangeListener;
  52 import java.io.File;
  53 import java.io.FileWriter;
  54 import java.io.IOException;
  55 import java.net.URL;
  56 import java.util.ArrayList;
  57 import java.util.HashMap;
  58 import java.util.Hashtable;
  59 import java.util.List;
  60 import java.util.ListIterator;
  61 import java.util.Vector;
  62 import java.util.concurrent.ExecutorService;
  63 import java.util.concurrent.Executors;
  64 import java.util.concurrent.Semaphore;
  65
  66 import javax.swing.AbstractAction;
  67 import javax.swing.Action;
  68 import javax.swing.ActionMap;
  69 import javax.swing.Box;
  70 import javax.swing.BoxLayout;
  71 import javax.swing.DefaultDesktopManager;
  72 import javax.swing.DesktopManager;
  73 import javax.swing.InputMap;
  74 import javax.swing.JButton;
  75 import javax.swing.JCheckBox;
  76 import javax.swing.JComboBox;
  77 import javax.swing.JComponent;
  78 import javax.swing.JDesktopPane;
  79 import javax.swing.JInternalFrame;
  80 import javax.swing.JLabel;
  81 import javax.swing.JMenuItem;
  82 import javax.swing.JPanel;
  83 import javax.swing.JPopupMenu;
  84 import javax.swing.JProgressBar;
  85 import javax.swing.JTextField;
  86 import javax.swing.KeyStroke;
  87 import javax.swing.SwingUtilities;
  88 import javax.swing.event.HyperlinkEvent;
  89 import javax.swing.event.HyperlinkEvent.EventType;
  90 import javax.swing.event.InternalFrameAdapter;
  91 import javax.swing.event.InternalFrameEvent;
  92
  93 import org.stackoverflowusers.file.WindowsShortcut;
  94
  95 import jalview.api.AlignViewportI;
  96 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  97 import jalview.api.StructureSelectionManagerProvider;
  98 import jalview.bin.ApplicationSingletonProvider;
  99 import jalview.bin.ApplicationSingletonProvider.ApplicationSingletonI;
 100 import jalview.bin.Cache;
 101 import jalview.bin.Jalview;
 102 import jalview.gui.ImageExporter.ImageWriterI;
 103 import jalview.io.BackupFiles;
 104 import jalview.io.DataSourceType;
 105 import jalview.io.FileFormat;
 106 import jalview.io.FileFormatException;
 107 import jalview.io.FileFormatI;
 108 import jalview.io.FileFormats;
 109 import jalview.io.FileLoader;
 110 import jalview.io.FormatAdapter;
 111 import jalview.io.IdentifyFile;
 112 import jalview.io.JalviewFileChooser;
 113 import jalview.io.JalviewFileView;
 114 import jalview.jbgui.GDesktop;
 115 import jalview.jbgui.GSplitFrame;
 116 import jalview.jbgui.GStructureViewer;
 117 import jalview.project.Jalview2XML;
 118 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
 119 import jalview.urls.IdOrgSettings;
 120 import jalview.util.BrowserLauncher;
 121 import jalview.util.ImageMaker.TYPE;
 122 import jalview.util.MessageManager;
 123 import jalview.util.Platform;
 124 import jalview.util.ShortcutKeyMaskExWrapper;
 125 import jalview.util.UrlConstants;
 126 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
 127 import jalview.ws.params.ParamManager;
 128 import jalview.ws.utils.UrlDownloadClient;
 129
 130 /**
 131  * Jalview Desktop
 132  *
 133  *
 134  * @author $author$
 135  * @version $Revision: 1.155 $
 136  */
 137 @SuppressWarnings("serial")
 138 public class Desktop extends GDesktop
 139         implements DropTargetListener, ClipboardOwner, IProgressIndicator,
 140         StructureSelectionManagerProvider, ApplicationSingletonI
 141
 142 {
 143   private static final String CITATION = "<br><br>Development managed by The Barton Group, University of Dundee, Scotland, UK.<br>"
 144           + "<br><br>For help, see the FAQ at <a href=\"http://www.jalview.org/faq\">www.jalview.org/faq</a> and/or join the jalview-discuss@jalview.org mailing list"
 145           + "<br><br>If  you use Jalview, please cite:"
 146           + "<br>Waterhouse, A.M., Procter, J.B., Martin, D.M.A, Clamp, M. and Barton, G. J. (2009)"
 147           + "<br>Jalview Version 2 - a multiple sequence alignment editor and analysis workbench"
 148           + "<br>Bioinformatics doi: 10.1093/bioinformatics/btp033";
 149
 150   private static final String DEFAULT_AUTHORS = "The Jalview Authors (See AUTHORS file for current list)";
 151
 152   private static int DEFAULT_MIN_WIDTH = 300;
 153
 154   private static int DEFAULT_MIN_HEIGHT = 250;
 155
 156   private static int ALIGN_FRAME_DEFAULT_MIN_WIDTH = 600;
 157
 158   private static int ALIGN_FRAME_DEFAULT_MIN_HEIGHT = 70;
 159
 160   private static final String EXPERIMENTAL_FEATURES = "EXPERIMENTAL_FEATURES";
 161
 162   protected static final String CONFIRM_KEYBOARD_QUIT = "CONFIRM_KEYBOARD_QUIT";
 163
 164   public static HashMap<String, FileWriter> savingFiles = new HashMap<String, FileWriter>();
 165
 166   private JalviewChangeSupport changeSupport = new JalviewChangeSupport();
 167
 168   /**
 169    * news reader - null if it was never started.
 170    */
 171   private BlogReader jvnews = null;
 172
 173   private File projectFile;
 174
 175   /**
 176    * @param listener
 177    * @see jalview.gui.JalviewChangeSupport#addJalviewPropertyChangeListener(java.beans.PropertyChangeListener)
 178    */
 179   public void addJalviewPropertyChangeListener(
 180           PropertyChangeListener listener)
 181   {
 182     changeSupport.addJalviewPropertyChangeListener(listener);
 183   }
 184
 185   /**
 186    * @param propertyName
 187    * @param listener
 188    * @see jalview.gui.JalviewChangeSupport#addJalviewPropertyChangeListener(java.lang.String,
 189    *      java.beans.PropertyChangeListener)
 190    */
 191   public void addJalviewPropertyChangeListener(String propertyName,
 192           PropertyChangeListener listener)
 193   {
 194     changeSupport.addJalviewPropertyChangeListener(propertyName, listener);
 195   }
 196
 197   /**
 198    * @param propertyName
 199    * @param listener
 200    * @see jalview.gui.JalviewChangeSupport#removeJalviewPropertyChangeListener(java.lang.String,
 201    *      java.beans.PropertyChangeListener)
 202    */
 203   public void removeJalviewPropertyChangeListener(String propertyName,
 204           PropertyChangeListener listener)
 205   {
 206     changeSupport.removeJalviewPropertyChangeListener(propertyName,
 207             listener);
 208   }
 209
 210   private MyDesktopPane desktopPane;
 211
 212   public static MyDesktopPane getDesktopPane()
 213   {
 214     Desktop desktop = getInstance();
 215     return desktop == null ? null : desktop.desktopPane;
 216   }
 217
 218   /**
 219    * Answers an 'application scope' singleton instance of this class. Separate
 220    * SwingJS 'applets' running in the same browser page will each have a
 221    * distinct instance of Desktop.
 222    *
 223    * @return
 224    */
 225   public static Desktop getInstance()
 226   {
 227     return Jalview.isHeadlessMode() ? null
 228             : (Desktop) ApplicationSingletonProvider
 229                     .getInstance(Desktop.class);
 230   }
 231
 232   public static StructureSelectionManager getStructureSelectionManager()
 233   {
 234     return StructureSelectionManager
 235             .getStructureSelectionManager(getInstance());
 236   }
 237
 238   int openFrameCount = 0;
 239
 240   final int xOffset = 30;
 241
 242   final int yOffset = 30;
 243
 244   public jalview.ws.jws1.Discoverer discoverer;
 245
 246   public Object[] jalviewClipboard;
 247
 248   public boolean internalCopy = false;
 249
 250   int fileLoadingCount = 0;
 251
 252   class MyDesktopManager implements DesktopManager
 253   {
 254
 255     private DesktopManager delegate;
 256
 257     public MyDesktopManager(DesktopManager delegate)
 258     {
 259       this.delegate = delegate;
 260     }
 261
 262     @Override
 263     public void activateFrame(JInternalFrame f)
 264     {
 265       try
 266       {
 267         delegate.activateFrame(f);
 268       } catch (NullPointerException npe)
 269       {
 270         Point p = getMousePosition();
 271         showPasteMenu(p.x, p.y);
 272       }
 273     }
 274
 275     @Override
 276     public void beginDraggingFrame(JComponent f)
 277     {
 278       delegate.beginDraggingFrame(f);
 279     }
 280
 281     @Override
 282     public void beginResizingFrame(JComponent f, int direction)
 283     {
 284       delegate.beginResizingFrame(f, direction);
 285     }
 286
 287     @Override
 288     public void closeFrame(JInternalFrame f)
 289     {
 290       delegate.closeFrame(f);
 291     }
 292
 293     @Override
 294     public void deactivateFrame(JInternalFrame f)
 295     {
 296       delegate.deactivateFrame(f);
 297     }
 298
 299     @Override
 300     public void deiconifyFrame(JInternalFrame f)
 301     {
 302       delegate.deiconifyFrame(f);
 303     }
 304
 305     @Override
 306     public void dragFrame(JComponent f, int newX, int newY)
 307     {
 308       if (newY < 0)
 309       {
 310         newY = 0;
 311       }
 312       delegate.dragFrame(f, newX, newY);
 313     }
 314
 315     @Override
 316     public void endDraggingFrame(JComponent f)
 317     {
 318       delegate.endDraggingFrame(f);
 319       desktopPane.repaint();
 320     }
 321
 322     @Override
 323     public void endResizingFrame(JComponent f)
 324     {
 325       delegate.endResizingFrame(f);
 326       desktopPane.repaint();
 327     }
 328
 329     @Override
 330     public void iconifyFrame(JInternalFrame f)
 331     {
 332       delegate.iconifyFrame(f);
 333     }
 334
 335     @Override
 336     public void maximizeFrame(JInternalFrame f)
 337     {
 338       delegate.maximizeFrame(f);
 339     }
 340
 341     @Override
 342     public void minimizeFrame(JInternalFrame f)
 343     {
 344       delegate.minimizeFrame(f);
 345     }
 346
 347     @Override
 348     public void openFrame(JInternalFrame f)
 349     {
 350       delegate.openFrame(f);
 351     }
 352
 353     @Override
 354     public void resizeFrame(JComponent f, int newX, int newY, int newWidth,
 355             int newHeight)
 356     {
 357       if (newY < 0)
 358       {
 359         newY = 0;
 360       }
 361       delegate.resizeFrame(f, newX, newY, newWidth, newHeight);
 362     }
 363
 364     @Override
 365     public void setBoundsForFrame(JComponent f, int newX, int newY,
 366             int newWidth, int newHeight)
 367     {
 368       delegate.setBoundsForFrame(f, newX, newY, newWidth, newHeight);
 369     }
 370
 371     // All other methods, simply delegate
 372
 373   }
 374
 375   /**
 376    * Private constructor enforces singleton pattern. It is called by reflection
 377    * from ApplicationSingletonProvider.getInstance().
 378    */
 379   private Desktop()
 380   {
 381     Cache.initLogger();
 382     try
 383     {
 384       /**
 385        * A note to implementors. It is ESSENTIAL that any activities that might
 386        * block are spawned off as threads rather than waited for during this
 387        * constructor.
 388        */
 389
 390       doConfigureStructurePrefs();
 391       setTitle("Jalview " + Cache.getProperty("VERSION"));
 392       /*
 393       if (!Platform.isAMac())
 394       {
 395       // this.setDefaultCloseOperation(WindowConstants.EXIT_ON_CLOSE);
 396       }
 397       else
 398       {
 399        this.setDefaultCloseOperation(WindowConstants.DO_NOTHING_ON_CLOSE);
 400       }
 401       */
 402
 403       try
 404       {
 405         APQHandlers.setAPQHandlers(this);
 406       } catch (Throwable t)
 407       {
 408         System.out.println("Error setting APQHandlers: " + t.toString());
 409         // t.printStackTrace();
 410       }
 411
 412       addWindowListener(new WindowAdapter()
 413       {
 414
 415         @Override
 416         public void windowClosing(WindowEvent ev)
 417         {
 418           quit();
 419         }
 420       });
 421
 422       boolean selmemusage = Cache.getDefault("SHOW_MEMUSAGE", false);
 423
 424       boolean showjconsole = Cache.getDefault("SHOW_JAVA_CONSOLE", false);
 425       desktopPane = new MyDesktopPane(selmemusage);
 426
 427       showMemusage.setSelected(selmemusage);
 428       desktopPane.setBackground(Color.white);
 429
 430       getContentPane().setLayout(new BorderLayout());
 431       // alternate config - have scrollbars - see notes in JAL-153
 432       // JScrollPane sp = new JScrollPane();
 433       // sp.getViewport().setView(desktop);
 434       // getContentPane().add(sp, BorderLayout.CENTER);
 435
 436       // BH 2018 - just an experiment to try unclipped JInternalFrames.
 437       if (Platform.isJS())
 438       {
 439         getRootPane().putClientProperty("swingjs.overflow.hidden", "false");
 440       }
 441
 442       getContentPane().add(desktopPane, BorderLayout.CENTER);
 443       desktopPane.setDragMode(JDesktopPane.OUTLINE_DRAG_MODE);
 444
 445       // This line prevents Windows Look&Feel resizing all new windows to
 446       // maximum
 447       // if previous window was maximised
 448       desktopPane.setDesktopManager(new MyDesktopManager(
 449               (Platform.isWindowsAndNotJS() ? new DefaultDesktopManager()
 450                       : Platform.isAMacAndNotJS()
 451                               ? new AquaInternalFrameManager(
 452                                       desktopPane.getDesktopManager())
 453                               : desktopPane.getDesktopManager())));
 454
 455       Rectangle dims = getLastKnownDimensions("");
 456       if (dims != null)
 457       {
 458         setBounds(dims);
 459       }
 460       else
 461       {
 462         Dimension screenSize = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
 463         int xPos = Math.max(5, (screenSize.width - 900) / 2);
 464         int yPos = Math.max(5, (screenSize.height - 650) / 2);
 465         setBounds(xPos, yPos, 900, 650);
 466       }
 467
 468       getIdentifiersOrgData();
 469
 470       if (!Platform.isJS())
 471       /**
 472        * Java only
 473        *
 474        * @j2sIgnore
 475        */
 476       {
 477         jconsole = new Console(this, showjconsole);
 478         jconsole.setHeader(Cache.getVersionDetailsForConsole());
 479         showConsole(showjconsole);
 480
 481         showNews.setVisible(false);
 482
 483         experimentalFeatures.setSelected(showExperimental());
 484
 485         checkURLLinks();
 486
 487         // Spawn a thread that shows the splashscreen
 488
 489         SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 490         {
 491           @Override
 492           public void run()
 493           {
 494             new SplashScreen(true);
 495           }
 496         });
 497
 498         // Thread off a new instance of the file chooser - this reduces the time
 499         // it
 500         // takes to open it later on.
 501         new Thread(new Runnable()
 502         {
 503           @Override
 504           public void run()
 505           {
 506             Cache.log.debug("Filechooser init thread started.");
 507             String fileFormat = Cache.getProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT");
 508             JalviewFileChooser.forRead(Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"),
 509                     fileFormat);
 510             Cache.log.debug("Filechooser init thread finished.");
 511           }
 512         }).start();
 513         // Add the service change listener
 514         changeSupport.addJalviewPropertyChangeListener("services",
 515                 new PropertyChangeListener()
 516                 {
 517
 518                   @Override
 519                   public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
 520                   {
 521                     Cache.log.debug("Firing service changed event for "
 522                             + evt.getNewValue());
 523                     JalviewServicesChanged(evt);
 524                   }
 525                 });
 526       }
 527
 528       this.setDropTarget(new java.awt.dnd.DropTarget(desktopPane, this));
 529
 530       this.addWindowListener(new WindowAdapter()
 531       {
 532         @Override
 533         public void windowClosing(WindowEvent evt)
 534         {
 535           quit();
 536         }
 537       });
 538
 539       MouseAdapter ma;
 540       this.addMouseListener(ma = new MouseAdapter()
 541       {
 542         @Override
 543         public void mousePressed(MouseEvent evt)
 544         {
 545           if (evt.isPopupTrigger()) // Mac
 546           {
 547             showPasteMenu(evt.getX(), evt.getY());
 548           }
 549         }
 550
 551         @Override
 552         public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 553         {
 554           if (evt.isPopupTrigger()) // Windows
 555           {
 556             showPasteMenu(evt.getX(), evt.getY());
 557           }
 558         }
 559       });
 560       desktopPane.addMouseListener(ma);
 561     } catch (Throwable t)
 562     {
 563       t.printStackTrace();
 564     }
 565
 566   }
 567
 568   /**
 569    * Answers true if user preferences to enable experimental features is True
 570    * (on), else false
 571    *
 572    * @return
 573    */
 574   public boolean showExperimental()
 575   {
 576     String experimental = Cache.getDefault(EXPERIMENTAL_FEATURES,
 577             Boolean.FALSE.toString());
 578     return Boolean.valueOf(experimental).booleanValue();
 579   }
 580
 581   public void doConfigureStructurePrefs()
 582   {
 583     // configure services
 584     StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
 585             .getStructureSelectionManager(this);
 586     if (Cache.getDefault(Preferences.ADD_SS_ANN, true))
 587     {
 588       ssm.setAddTempFacAnnot(
 589               Cache.getDefault(Preferences.ADD_TEMPFACT_ANN, true));
 590       ssm.setProcessSecondaryStructure(
 591               Cache.getDefault(Preferences.STRUCT_FROM_PDB, true));
 592       ssm.setSecStructServices(
 593               Cache.getDefault(Preferences.USE_RNAVIEW, true));
 594     }
 595     else
 596     {
 597       ssm.setAddTempFacAnnot(false);
 598       ssm.setProcessSecondaryStructure(false);
 599       ssm.setSecStructServices(false);
 600     }
 601   }
 602
 603   public void checkForNews()
 604   {
 605     final Desktop me = this;
 606     // Thread off the news reader, in case there are connection problems.
 607     new Thread(new Runnable()
 608     {
 609       @Override
 610       public void run()
 611       {
 612         Cache.log.debug("Starting news thread.");
 613         jvnews = new BlogReader(me);
 614         showNews.setVisible(true);
 615         Cache.log.debug("Completed news thread.");
 616       }
 617     }).start();
 618   }
 619
 620   public void getIdentifiersOrgData()
 621   {
 622     // Thread off the identifiers fetcher
 623     new Thread(new Runnable()
 624     {
 625       @Override
 626       public void run()
 627       {
 628         Cache.log.debug("Downloading data from identifiers.org");
 629         try
 630         {
 631           UrlDownloadClient.download(IdOrgSettings.getUrl(),
 632                   IdOrgSettings.getDownloadLocation());
 633         } catch (IOException e)
 634         {
 635           Cache.log.debug("Exception downloading identifiers.org data"
 636                   + e.getMessage());
 637         }
 638       }
 639     }).start();
 640
 641   }
 642
 643   @Override
 644   protected void showNews_actionPerformed(ActionEvent e)
 645   {
 646     showNews(showNews.isSelected());
 647   }
 648
 649   void showNews(boolean visible)
 650   {
 651     Cache.log.debug((visible ? "Showing" : "Hiding") + " news.");
 652     showNews.setSelected(visible);
 653     if (visible && !jvnews.isVisible())
 654     {
 655       new Thread(new Runnable()
 656       {
 657         @Override
 658         public void run()
 659         {
 660           long now = System.currentTimeMillis();
 661           setProgressBar(MessageManager.getString("status.refreshing_news"),
 662                   now);
 663           jvnews.refreshNews();
 664           setProgressBar(null, now);
 665           jvnews.showNews();
 666         }
 667       }).start();
 668     }
 669   }
 670
 671   /**
 672    * recover the last known dimensions for a jalview window
 673    *
 674    * @param windowName
 675    *          - empty string is desktop, all other windows have unique prefix
 676    * @return null or last known dimensions scaled to current geometry (if last
 677    *         window geom was known)
 678    */
 679   Rectangle getLastKnownDimensions(String windowName)
 680   {
 681     // TODO: lock aspect ratio for scaling desktop Bug #0058199
 682     Dimension screenSize = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
 683     String x = Cache.getProperty(windowName + "SCREEN_X");
 684     String y = Cache.getProperty(windowName + "SCREEN_Y");
 685     String width = Cache.getProperty(windowName + "SCREEN_WIDTH");
 686     String height = Cache.getProperty(windowName + "SCREEN_HEIGHT");
 687     if ((x != null) && (y != null) && (width != null) && (height != null))
 688     {
 689       int ix = Integer.parseInt(x), iy = Integer.parseInt(y),
 690               iw = Integer.parseInt(width), ih = Integer.parseInt(height);
 691       if (Cache.getProperty("SCREENGEOMETRY_WIDTH") != null)
 692       {
 693         // attempt #1 - try to cope with change in screen geometry - this
 694         // version doesn't preserve original jv aspect ratio.
 695         // take ratio of current screen size vs original screen size.
 696         double sw = ((1f * screenSize.width) / (1f * Integer
 697                 .parseInt(Cache.getProperty("SCREENGEOMETRY_WIDTH"))));
 698         double sh = ((1f * screenSize.height) / (1f * Integer
 699                 .parseInt(Cache.getProperty("SCREENGEOMETRY_HEIGHT"))));
 700         // rescale the bounds depending upon the current screen geometry.
 701         ix = (int) (ix * sw);
 702         iw = (int) (iw * sw);
 703         iy = (int) (iy * sh);
 704         ih = (int) (ih * sh);
 705         while (ix >= screenSize.width)
 706         {
 707           Cache.log.debug(
 708                   "Window geometry location recall error: shifting horizontal to within screenbounds.");
 709           ix -= screenSize.width;
 710         }
 711         while (iy >= screenSize.height)
 712         {
 713           Cache.log.debug(
 714                   "Window geometry location recall error: shifting vertical to within screenbounds.");
 715           iy -= screenSize.height;
 716         }
 717         Cache.log.debug(
 718                 "Got last known dimensions for " + windowName + ": x:" + ix
 719                         + " y:" + iy + " width:" + iw + " height:" + ih);
 720       }
 721       // return dimensions for new instance
 722       return new Rectangle(ix, iy, iw, ih);
 723     }
 724     return null;
 725   }
 726
 727   void showPasteMenu(int x, int y)
 728   {
 729     JPopupMenu popup = new JPopupMenu();
 730     JMenuItem item = new JMenuItem(
 731             MessageManager.getString("label.paste_new_window"));
 732     item.addActionListener(new ActionListener()
 733     {
 734       @Override
 735       public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 736       {
 737         paste();
 738       }
 739     });
 740
 741     popup.add(item);
 742     popup.show(this, x, y);
 743   }
 744
 745   public void paste()
 746   {
 747     try
 748     {
 749       Clipboard c = Toolkit.getDefaultToolkit().getSystemClipboard();
 750       Transferable contents = c.getContents(this);
 751
 752       if (contents != null)
 753       {
 754         String file = (String) contents
 755                 .getTransferData(DataFlavor.stringFlavor);
 756
 757         FileFormatI format = new IdentifyFile().identify(file,
 758                 DataSourceType.PASTE);
 759
 760         new FileLoader().LoadFile(file, DataSourceType.PASTE, format);
 761
 762       }
 763     } catch (Exception ex)
 764     {
 765       System.out.println(
 766               "Unable to paste alignment from system clipboard:\n" + ex);
 767     }
 768   }
 769
 770 //  /**
 771 //   * Add an internal frame to the Jalview desktop that is allowed to be resized,
 772 //   * has a minimum size of 300px and might or might not be visible
 773 //   *
 774 //   * @param frame
 775 //   *          Frame to show
 776 //   * @param title
 777 //   *          Visible Title
 778 //   * @param makeVisible
 779 //   *          When true, display frame immediately, otherwise, caller must call
 780 //   *          setVisible themselves.
 781 //   * @param w
 782 //   *          width
 783 //   * @param h
 784 //   *          height
 785 //   */
 786 //  @Deprecated
 787 //  public static synchronized void addInternalFrame(
 788 //          final JInternalFrame frame, String title, boolean makeVisible,
 789 //          int w, int h)
 790 //  {
 791 //    // textbox, web services, sequenceFetcher, featureSettings
 792 //    getInstance().addFrame(frame, title, makeVisible, w, h,
 793 //            FRAME_ALLOW_RESIZE, FRAME_SET_MIN_SIZE_300);
 794 //  }
 795 //
 796 //  /**
 797 //   * Add an internal frame to the Jalview desktop that is visible, has a minimum
 798 //   * size of 300px, and may or may not be resizable
 799 //   *
 800 //   * @param frame
 801 //   *          Frame to show
 802 //   * @param title
 803 //   *          Visible Title
 804 //   * @param w
 805 //   *          width
 806 //   * @param h
 807 //   *          height
 808 //   * @param resizable
 809 //   *          Allow resize
 810 //   */
 811 //  @Deprecated
 812 //  public static synchronized void addInternalFrame(
 813 //          final JInternalFrame frame, String title, int w, int h,
 814 //          boolean resizable)
 815 //  {
 816 //    // annotation, font, calculation, user-defined colors
 817 //    getInstance().addFrame(frame, title, FRAME_MAKE_VISIBLE, w, h,
 818 //            resizable, FRAME_SET_MIN_SIZE_300);
 819 //  }
 820
 821   /**
 822    * Adds and opens the given frame to the desktop that is visible, allowed to
 823    * resize, and has a 300px minimum width.
 824    *
 825    * @param frame
 826    *          Frame to show
 827    * @param title
 828    *          Visible Title
 829    * @param w
 830    *          width
 831    * @param h
 832    *          height
 833    */
 834   public static synchronized void addInternalFrame(
 835           final JInternalFrame frame, String title, int w, int h)
 836   {
 837     // 58 classes
 838     getInstance().addFrame(frame, title, Desktop.FRAME_MAKE_VISIBLE, w, h,
 839             FRAME_ALLOW_RESIZE, FRAME_SET_MIN_SIZE_300);
 840   }
 841
 842   /**
 843    * Add an internal frame to the Jalview desktop that may optionally be
 844    * visible, resizable, and allowed to be any size
 845    *
 846    * @param frame
 847    *          Frame to show
 848    * @param title
 849    *          Visible Title
 850    * @param makeVisible
 851    *          When true, display frame immediately, otherwise, caller must call
 852    *          setVisible themselves.
 853    * @param w
 854    *          width
 855    * @param h
 856    *          height
 857    * @param resizable
 858    *          Allow resize
 859    * @param ignoreMinSize
 860    *          Do not set the default minimum size for frame
 861    */
 862   public static synchronized void addInternalFrame(
 863           final JInternalFrame frame, String title, boolean makeVisible,
 864           int w, int h, boolean resizable, boolean ignoreMinSize)
 865   {
 866     // 15 classes
 867     getInstance().addFrame(frame, title, makeVisible, w, h, resizable,
 868             ignoreMinSize);
 869   }
 870
 871   // These can now by put into a single int flag, if desired:
 872
 873   public final static boolean FRAME_MAKE_VISIBLE = true;
 874
 875   public final static boolean FRAME_NOT_VISIBLE = false;
 876
 877   public final static boolean FRAME_ALLOW_RESIZE = true;
 878
 879   public final static boolean FRAME_NOT_RESIZABLE = false;
 880
 881   public final static boolean FRAME_ALLOW_ANY_SIZE = true;
 882
 883   public final static boolean FRAME_SET_MIN_SIZE_300 = false;
 884
 885   private void addFrame(JInternalFrame frame, String title,
 886           boolean makeVisible, int w, int h, boolean resizable,
 887           boolean ignoreMinSize)
 888   {
 889     // TODO: allow callers to determine X and Y position of frame (eg. via
 890     // bounds object).
 891     // TODO: consider fixing method to update entries in the window submenu with
 892     // the current window title
 893
 894     frame.setTitle(title);
 895     if (frame.getWidth() < 1 || frame.getHeight() < 1)
 896     {
 897       frame.setSize(w, h);
 898     }
 899     // THIS IS A PUBLIC STATIC METHOD, SO IT MAY BE CALLED EVEN IN
 900     // A HEADLESS STATE WHEN NO DESKTOP EXISTS. MUST RETURN
 901     // IF JALVIEW IS RUNNING HEADLESS
 902     // ///////////////////////////////////////////////
 903     if (Jalview.isHeadlessMode())
 904     {
 905       return;
 906     }
 907
 908     openFrameCount++;
 909
 910     boolean isEmbedded = (Platform.getEmbeddedAttribute(frame, "id") != null);
 911     boolean hasEmbeddedSize = (Platform.getDimIfEmbedded(frame, -1, -1) != null);
 912     // Web page embedding allows us to ignore minimum size
 913     ignoreMinSize |= hasEmbeddedSize;
 914
 915     if (!ignoreMinSize)
 916     {
 917       // Set default dimension for Alignment Frame window.
 918       // The Alignment Frame window could be added from a number of places,
 919       // hence,
 920       // I did this here in order not to miss out on any Alignment frame.
 921       if (frame instanceof AlignFrame)
 922       {
 923         frame.setMinimumSize(new Dimension(ALIGN_FRAME_DEFAULT_MIN_WIDTH,
 924                 ALIGN_FRAME_DEFAULT_MIN_HEIGHT));
 925       } else {
 926         frame.setMinimumSize(
 927                 new Dimension(DEFAULT_MIN_WIDTH, DEFAULT_MIN_HEIGHT));
 928
 929       }
 930     }
 931
 932     frame.setVisible(makeVisible);
 933     frame.setClosable(true);
 934     frame.setResizable(resizable);
 935     frame.setMaximizable(resizable);
 936     frame.setIconifiable(resizable);
 937     frame.setOpaque(Platform.isJS());
 938     if (!isEmbedded && frame.getX() < 1 && frame.getY() < 1)
 939     {
 940       frame.setLocation(xOffset * openFrameCount,
 941               yOffset * ((openFrameCount - 1) % 10) + yOffset);
 942     }
 943
 944     /*
 945      * add an entry for the new frame in the Window menu
 946      * (and remove it when the frame is closed)
 947      */
 948     final JMenuItem menuItem = new JMenuItem(title);
 949     frame.addInternalFrameListener(new InternalFrameAdapter()
 950     {
 951       @Override
 952       public void internalFrameActivated(InternalFrameEvent evt)
 953       {
 954         JInternalFrame itf = getDesktopPane().getSelectedFrame();
 955         if (itf != null)
 956         {
 957           if (itf instanceof AlignFrame)
 958           {
 959             Jalview.setCurrentAlignFrame((AlignFrame) itf);
 960           }
 961           itf.requestFocus();
 962         }
 963       }
 964
 965       @Override
 966       public void internalFrameClosed(InternalFrameEvent evt)
 967       {
 968         PaintRefresher.RemoveComponent(frame);
 969
 970         /*
 971          * defensive check to prevent frames being
 972          * added half off the window
 973          */
 974         if (openFrameCount > 0)
 975         {
 976           openFrameCount--;
 977         }
 978
 979         /*
 980          * ensure no reference to alignFrame retained by menu item listener
 981          */
 982         if (menuItem.getActionListeners().length > 0)
 983         {
 984           menuItem.removeActionListener(menuItem.getActionListeners()[0]);
 985         }
 986         getInstance().windowMenu.remove(menuItem);
 987       }
 988     });
 989
 990     menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 991     {
 992       @Override
 993       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 994       {
 995         try
 996         {
 997           frame.setSelected(true);
 998           frame.setIcon(false);
 999         } catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
1000         {
1001           // System.err.println(ex.toString());
1002         }
1003       }
1004     });
1005
1006     setKeyBindings(frame);
1007
1008     getDesktopPane().add(frame);
1009
1010     getInstance().windowMenu.add(menuItem);
1011
1012     frame.toFront();
1013     try
1014     {
1015       frame.setSelected(true);
1016       frame.requestFocus();
1017     } catch (java.beans.PropertyVetoException ve)
1018     {
1019     } catch (java.lang.ClassCastException cex)
1020     {
1021       Cache.log.warn(
1022               "Squashed a possible GUI implementation error. If you can recreate this, please look at http://issues.jalview.org/browse/JAL-869",
1023               cex);
1024     }
1025   }
1026
1027   /**
1028    * Add key bindings to a JInternalFrame so that Ctrl-W and Cmd-W will close
1029    * the window
1030    *
1031    * @param frame
1032    */
1033   private static void setKeyBindings(JInternalFrame frame)
1034   {
1035     final Action closeAction = new AbstractAction()
1036     {
1037       @Override
1038       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1039       {
1040         frame.dispose();
1041       }
1042     };
1043
1044     /*
1045      * set up key bindings for Ctrl-W and Cmd-W, with the same (Close) action
1046      */
1047     KeyStroke ctrlWKey = KeyStroke.getKeyStroke(KeyEvent.VK_W,
1048             InputEvent.CTRL_DOWN_MASK);
1049     KeyStroke cmdWKey = KeyStroke.getKeyStroke(KeyEvent.VK_W,
1050             ShortcutKeyMaskExWrapper.getMenuShortcutKeyMaskEx());
1051
1052     InputMap inputMap = frame
1053             .getInputMap(JComponent.WHEN_IN_FOCUSED_WINDOW);
1054     String ctrlW = ctrlWKey.toString();
1055     inputMap.put(ctrlWKey, ctrlW);
1056     inputMap.put(cmdWKey, ctrlW);
1057
1058     ActionMap actionMap = frame.getActionMap();
1059     actionMap.put(ctrlW, closeAction);
1060   }
1061
1062   @Override
1063   public void lostOwnership(Clipboard clipboard, Transferable contents)
1064   {
1065     if (!internalCopy)
1066     {
1067       jalviewClipboard = null;
1068     }
1069
1070     internalCopy = false;
1071   }
1072
1073   @Override
1074   public void dragEnter(DropTargetDragEvent evt)
1075   {
1076   }
1077
1078   @Override
1079   public void dragExit(DropTargetEvent evt)
1080   {
1081   }
1082
1083   @Override
1084   public void dragOver(DropTargetDragEvent evt)
1085   {
1086   }
1087
1088   @Override
1089   public void dropActionChanged(DropTargetDragEvent evt)
1090   {
1091   }
1092
1093   /**
1094    * DOCUMENT ME!
1095    *
1096    * @param evt
1097    *          DOCUMENT ME!
1098    */
1099   @Override
1100   public void drop(DropTargetDropEvent evt)
1101   {
1102     boolean success = true;
1103     // JAL-1552 - acceptDrop required before getTransferable call for
1104     // Java's Transferable for native dnd
1105     evt.acceptDrop(DnDConstants.ACTION_COPY_OR_MOVE);
1106     Transferable t = evt.getTransferable();
1107     List<Object> files = new ArrayList<>();
1108     List<DataSourceType> protocols = new ArrayList<>();
1109
1110     try
1111     {
1112       transferFromDropTarget(files, protocols, evt, t);
1113     } catch (Exception e)
1114     {
1115       e.printStackTrace();
1116       success = false;
1117     }
1118
1119     if (files != null)
1120     {
1121       try
1122       {
1123         for (int i = 0; i < files.size(); i++)
1124         {
1125           // BH 2018 File or String
1126           Object file = files.get(i);
1127           String fileName = file.toString();
1128           DataSourceType protocol = (protocols == null)
1129                   ? DataSourceType.FILE
1130                   : protocols.get(i);
1131           FileFormatI format = null;
1132
1133           if (fileName.endsWith(".jar"))
1134           {
1135             format = FileFormat.Jalview;
1136
1137           }
1138           else
1139           {
1140             format = new IdentifyFile().identify(file, protocol);
1141           }
1142           if (file instanceof File)
1143           {
1144             Platform.cacheFileData((File) file);
1145           }
1146           new FileLoader().LoadFile(null, file, protocol, format);
1147
1148         }
1149       } catch (Exception ex)
1150       {
1151         success = false;
1152       }
1153     }
1154     evt.dropComplete(success); // need this to ensure input focus is properly
1155                                // transfered to any new windows created
1156   }
1157
1158   /**
1159    * DOCUMENT ME!
1160    *
1161    * @param e
1162    *          DOCUMENT ME!
1163    */
1164   @Override
1165   public void inputLocalFileMenuItem_actionPerformed(AlignViewport viewport)
1166   {
1167     String fileFormat = Cache.getProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT");
1168     JalviewFileChooser chooser = JalviewFileChooser.forRead(
1169             Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"), fileFormat,
1170             BackupFiles.getEnabled());
1171
1172     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
1173     chooser.setDialogTitle(
1174             MessageManager.getString("label.open_local_file"));
1175     chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.open"));
1176
1177     chooser.setResponseHandler(0, new Runnable()
1178     {
1179       @Override
1180       public void run()
1181       {
1182         File selectedFile = chooser.getSelectedFile();
1183         Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", selectedFile.getParent());
1184
1185         FileFormatI format = chooser.getSelectedFormat();
1186
1187         /*
1188          * Call IdentifyFile to verify the file contains what its extension implies.
1189          * Skip this step for dynamically added file formats, because
1190          * IdentifyFile does not know how to recognise them.
1191          */
1192         if (FileFormats.getInstance().isIdentifiable(format))
1193         {
1194           try
1195           {
1196             format = new IdentifyFile().identify(selectedFile,
1197                     DataSourceType.FILE);
1198           } catch (FileFormatException e)
1199           {
1200             // format = null; //??
1201           }
1202         }
1203
1204         new FileLoader().LoadFile(viewport, selectedFile,
1205                 DataSourceType.FILE, format);
1206       }
1207     });
1208     chooser.showOpenDialog(this);
1209   }
1210
1211   /**
1212    * Shows a dialog for input of a URL at which to retrieve alignment data
1213    *
1214    * @param viewport
1215    */
1216   @Override
1217   public void inputURLMenuItem_actionPerformed(AlignViewport viewport)
1218   {
1219     // This construct allows us to have a wider textfield
1220     // for viewing
1221     JLabel label = new JLabel(
1222             MessageManager.getString("label.input_file_url"));
1223
1224     JPanel panel = new JPanel(new GridLayout(2, 1));
1225     panel.add(label);
1226
1227     /*
1228      * the URL to fetch is
1229      * Java: an editable combobox with history
1230      * JS: (pending JAL-3038) a plain text field
1231      */
1232     JComponent history;
1233     String urlBase = "http://www.";
1234     if (Platform.isJS())
1235     {
1236       history = new JTextField(urlBase, 35);
1237     }
1238     else
1239     /**
1240      * Java only
1241      *
1242      * @j2sIgnore
1243      */
1244     {
1245       JComboBox<String> asCombo = new JComboBox<>();
1246       asCombo.setPreferredSize(new Dimension(400, 20));
1247       asCombo.setEditable(true);
1248       asCombo.addItem(urlBase);
1249       String historyItems = Cache.getProperty("RECENT_URL");
1250       if (historyItems != null)
1251       {
1252         for (String token : historyItems.split("\\t"))
1253         {
1254           asCombo.addItem(token);
1255         }
1256       }
1257       history = asCombo;
1258     }
1259     panel.add(history);
1260
1261     Object[] options = new Object[] { MessageManager.getString("action.ok"),
1262         MessageManager.getString("action.cancel") };
1263     Runnable action = new Runnable()
1264     {
1265       @Override
1266       public void run()
1267       {
1268         @SuppressWarnings("unchecked")
1269         String url = (history instanceof JTextField
1270                 ? ((JTextField) history).getText()
1271                 : ((JComboBox<String>) history).getSelectedItem()
1272                         .toString());
1273
1274         if (url.toLowerCase().endsWith(".jar"))
1275         {
1276           if (viewport != null)
1277           {
1278             new FileLoader().LoadFile(viewport, url, DataSourceType.URL,
1279                     FileFormat.Jalview);
1280           }
1281           else
1282           {
1283             new FileLoader().LoadFile(url, DataSourceType.URL,
1284                     FileFormat.Jalview);
1285           }
1286         }
1287         else
1288         {
1289           FileFormatI format = null;
1290           try
1291           {
1292             format = new IdentifyFile().identify(url, DataSourceType.URL);
1293           } catch (FileFormatException e)
1294           {
1295             // TODO revise error handling, distinguish between
1296             // URL not found and response not valid
1297           }
1298
1299           if (format == null)
1300           {
1301             String msg = MessageManager
1302                     .formatMessage("label.couldnt_locate", url);
1303             JvOptionPane.showInternalMessageDialog(getDesktopPane(), msg,
1304                     MessageManager.getString("label.url_not_found"),
1305                     JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
1306
1307             return;
1308           }
1309
1310           if (viewport != null)
1311           {
1312             new FileLoader().LoadFile(viewport, url, DataSourceType.URL,
1313                     format);
1314           }
1315           else
1316           {
1317             new FileLoader().LoadFile(url, DataSourceType.URL, format);
1318           }
1319         }
1320       }
1321     };
1322     String dialogOption = MessageManager
1323             .getString("label.input_alignment_from_url");
1324     JvOptionPane.newOptionDialog(desktopPane).setResponseHandler(0, action)
1325             .showInternalDialog(panel, dialogOption,
1326                     JvOptionPane.YES_NO_CANCEL_OPTION,
1327                     JvOptionPane.PLAIN_MESSAGE, null, options,
1328                     MessageManager.getString("action.ok"));
1329   }
1330
1331   /**
1332    * Opens the CutAndPaste window for the user to paste an alignment in to
1333    *
1334    * @param viewPanel
1335    *          - if not null, the pasted alignment is added to the current
1336    *          alignment; if null, to a new alignment window
1337    */
1338   @Override
1339   public void inputTextboxMenuItem_actionPerformed(
1340           AlignmentViewPanel viewPanel)
1341   {
1342     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
1343     cap.setForInput(viewPanel);
1344     addInternalFrame(cap,
1345             MessageManager.getString("label.cut_paste_alignmen_file"),
1346             FRAME_MAKE_VISIBLE, 600, 500, FRAME_ALLOW_RESIZE,
1347             FRAME_SET_MIN_SIZE_300);
1348   }
1349
1350   /*
1351    * Exit the program
1352    */
1353   @Override
1354   public void quit()
1355   {
1356     Dimension screen = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
1357     Cache.setProperty("SCREENGEOMETRY_WIDTH", screen.width + "");
1358     Cache.setProperty("SCREENGEOMETRY_HEIGHT", screen.height + "");
1359     storeLastKnownDimensions("", new Rectangle(getBounds().x, getBounds().y,
1360             getWidth(), getHeight()));
1361
1362     if (jconsole != null)
1363     {
1364       storeLastKnownDimensions("JAVA_CONSOLE_", jconsole.getBounds());
1365       jconsole.stopConsole();
1366     }
1367     if (jvnews != null)
1368     {
1369       storeLastKnownDimensions("JALVIEW_RSS_WINDOW_", jvnews.getBounds());
1370
1371     }
1372     if (dialogExecutor != null)
1373     {
1374       dialogExecutor.shutdownNow();
1375     }
1376     closeAll_actionPerformed(null);
1377
1378     if (groovyConsole != null)
1379     {
1380       // suppress a possible repeat prompt to save script
1381       groovyConsole.setDirty(false);
1382       groovyConsole.exit();
1383     }
1384     System.exit(0);
1385   }
1386
1387   private void storeLastKnownDimensions(String string, Rectangle jc)
1388   {
1389     Cache.log.debug("Storing last known dimensions for " + string + ": x:"
1390             + jc.x + " y:" + jc.y + " width:" + jc.width + " height:"
1391             + jc.height);
1392
1393     Cache.setProperty(string + "SCREEN_X", jc.x + "");
1394     Cache.setProperty(string + "SCREEN_Y", jc.y + "");
1395     Cache.setProperty(string + "SCREEN_WIDTH", jc.width + "");
1396     Cache.setProperty(string + "SCREEN_HEIGHT", jc.height + "");
1397   }
1398
1399   /**
1400    * DOCUMENT ME!
1401    *
1402    * @param e
1403    *          DOCUMENT ME!
1404    */
1405   @Override
1406   public void aboutMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
1407   {
1408     new Thread(new Runnable()
1409     {
1410       @Override
1411       public void run()
1412       {
1413         new SplashScreen(false);
1414       }
1415     }).start();
1416   }
1417
1418   /**
1419    * Returns the html text for the About screen, including any available version
1420    * number, build details, author details and citation reference, but without
1421    * the enclosing {@code html} tags
1422    *
1423    * @return
1424    */
1425   public String getAboutMessage()
1426   {
1427     StringBuilder message = new StringBuilder(1024);
1428     message.append("<h1><strong>Version: ")
1429             .append(Cache.getProperty("VERSION")).append("</strong></h1>")
1430             .append("<strong>Built: <em>")
1431             .append(Cache.getDefault("BUILD_DATE", "unknown"))
1432             .append("</em> from ").append(Cache.getBuildDetailsForSplash())
1433             .append("</strong>");
1434
1435     String latestVersion = Cache.getDefault("LATEST_VERSION", "Checking");
1436     if (latestVersion.equals("Checking"))
1437     {
1438       // JBP removed this message for 2.11: May be reinstated in future version
1439       // message.append("<br>...Checking latest version...</br>");
1440     }
1441     else if (!latestVersion.equals(Cache.getProperty("VERSION")))
1442     {
1443       boolean red = false;
1444       if (Cache.getProperty("VERSION").toLowerCase()
1445               .indexOf("automated build") == -1)
1446       {
1447         red = true;
1448         // Displayed when code version and jnlp version do not match and code
1449         // version is not a development build
1450         message.append("<div style=\"color: #FF0000;font-style: bold;\">");
1451       }
1452
1453       message.append("<br>!! Version ")
1454               .append(Cache.getDefault("LATEST_VERSION", "..Checking.."))
1455               .append(" is available for download from ")
1456               .append(Cache.getDefault("www.jalview.org",
1457                       "http://www.jalview.org"))
1458               .append(" !!");
1459       if (red)
1460       {
1461         message.append("</div>");
1462       }
1463     }
1464     message.append("<br>Authors:  ");
1465     message.append(Cache.getDefault("AUTHORFNAMES", DEFAULT_AUTHORS));
1466     message.append(CITATION);
1467
1468     return message.toString();
1469   }
1470
1471   /**
1472    * Action on requesting Help documentation
1473    */
1474   @Override
1475   public void documentationMenuItem_actionPerformed()
1476   {
1477     try
1478     {
1479       if (Platform.isJS())
1480       {
1481         BrowserLauncher.openURL("http://www.jalview.org/help.html");
1482       }
1483       else
1484       /**
1485        * Java only
1486        *
1487        * @j2sIgnore
1488        */
1489       {
1490         Help.showHelpWindow();
1491       }
1492     } catch (Exception ex)
1493     {
1494       System.err.println("Error opening help: " + ex.getMessage());
1495     }
1496   }
1497
1498   @Override
1499   public void closeAll_actionPerformed(ActionEvent e)
1500   {
1501     // TODO show a progress bar while closing?
1502     JInternalFrame[] frames = desktopPane.getAllFrames();
1503     for (int i = 0; i < frames.length; i++)
1504     {
1505       try
1506       {
1507         frames[i].setClosed(true);
1508       } catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
1509       {
1510       }
1511     }
1512     Jalview.setCurrentAlignFrame(null);
1513     System.out.println("ALL CLOSED");
1514
1515     /*
1516      * reset state of singleton objects as appropriate (clear down session state
1517      * when all windows are closed)
1518      */
1519     StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
1520             .getStructureSelectionManager(this);
1521     if (ssm != null)
1522     {
1523       ssm.resetAll();
1524     }
1525   }
1526
1527   @Override
1528   public void raiseRelated_actionPerformed(ActionEvent e)
1529   {
1530     reorderAssociatedWindows(false, false);
1531   }
1532
1533   @Override
1534   public void minimizeAssociated_actionPerformed(ActionEvent e)
1535   {
1536     reorderAssociatedWindows(true, false);
1537   }
1538
1539   void closeAssociatedWindows()
1540   {
1541     reorderAssociatedWindows(false, true);
1542   }
1543
1544   /*
1545    * (non-Javadoc)
1546    *
1547    * @seejalview.jbgui.GDesktop#garbageCollect_actionPerformed(java.awt.event.
1548    * ActionEvent)
1549    */
1550   @Override
1551   protected void garbageCollect_actionPerformed(ActionEvent e)
1552   {
1553     // We simply collect the garbage
1554     Cache.log.debug("Collecting garbage...");
1555     System.gc();
1556     Cache.log.debug("Finished garbage collection.");
1557   }
1558
1559   /*
1560    * (non-Javadoc)
1561    *
1562    * @see
1563    * jalview.jbgui.GDesktop#showMemusage_actionPerformed(java.awt.event.ActionEvent
1564    * )
1565    */
1566   @Override
1567   protected void showMemusage_actionPerformed(ActionEvent e)
1568   {
1569     desktopPane.showMemoryUsage(showMemusage.isSelected());
1570   }
1571
1572   /*
1573    * (non-Javadoc)
1574    *
1575    * @see
1576    * jalview.jbgui.GDesktop#showConsole_actionPerformed(java.awt.event.ActionEvent
1577    * )
1578    */
1579   @Override
1580   protected void showConsole_actionPerformed(ActionEvent e)
1581   {
1582     showConsole(showConsole.isSelected());
1583   }
1584
1585   Console jconsole = null;
1586
1587   /**
1588    * control whether the java console is visible or not
1589    *
1590    * @param selected
1591    */
1592   void showConsole(boolean selected)
1593   {
1594     // TODO: decide if we should update properties file
1595     if (jconsole != null) // BH 2018
1596     {
1597       showConsole.setSelected(selected);
1598       Cache.setProperty("SHOW_JAVA_CONSOLE",
1599               Boolean.valueOf(selected).toString());
1600       jconsole.setVisible(selected);
1601     }
1602   }
1603
1604   void reorderAssociatedWindows(boolean minimize, boolean close)
1605   {
1606     JInternalFrame[] frames = desktopPane.getAllFrames();
1607     if (frames == null || frames.length < 1)
1608     {
1609       return;
1610     }
1611
1612     AlignmentViewport source = null, target = null;
1613     if (frames[0] instanceof AlignFrame)
1614     {
1615       source = ((AlignFrame) frames[0]).getCurrentView();
1616     }
1617     else if (frames[0] instanceof TreePanel)
1618     {
1619       source = ((TreePanel) frames[0]).getViewPort();
1620     }
1621     else if (frames[0] instanceof PCAPanel)
1622     {
1623       source = ((PCAPanel) frames[0]).av;
1624     }
1625     else if (frames[0].getContentPane() instanceof PairwiseAlignPanel)
1626     {
1627       source = ((PairwiseAlignPanel) frames[0].getContentPane()).av;
1628     }
1629
1630     if (source != null)
1631     {
1632       for (int i = 0; i < frames.length; i++)
1633       {
1634         target = null;
1635         if (frames[i] == null)
1636         {
1637           continue;
1638         }
1639         if (frames[i] instanceof AlignFrame)
1640         {
1641           target = ((AlignFrame) frames[i]).getCurrentView();
1642         }
1643         else if (frames[i] instanceof TreePanel)
1644         {
1645           target = ((TreePanel) frames[i]).getViewPort();
1646         }
1647         else if (frames[i] instanceof PCAPanel)
1648         {
1649           target = ((PCAPanel) frames[i]).av;
1650         }
1651         else if (frames[i].getContentPane() instanceof PairwiseAlignPanel)
1652         {
1653           target = ((PairwiseAlignPanel) frames[i].getContentPane()).av;
1654         }
1655
1656         if (source == target)
1657         {
1658           try
1659           {
1660             if (close)
1661             {
1662               frames[i].setClosed(true);
1663             }
1664             else
1665             {
1666               frames[i].setIcon(minimize);
1667               if (!minimize)
1668               {
1669                 frames[i].toFront();
1670               }
1671             }
1672
1673           } catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
1674           {
1675           }
1676         }
1677       }
1678     }
1679   }
1680
1681   /**
1682    * DOCUMENT ME!
1683    *
1684    * @param e
1685    *          DOCUMENT ME!
1686    */
1687   @Override
1688   protected void preferences_actionPerformed(ActionEvent e)
1689   {
1690     new Preferences();
1691   }
1692
1693   /**
1694    * Prompts the user to choose a file and then saves the Jalview state as a
1695    * Jalview project file
1696    */
1697   @Override
1698   public void saveState_actionPerformed()
1699   {
1700     saveState_actionPerformed(false);
1701   }
1702
1703   public void saveState_actionPerformed(boolean saveAs)
1704   {
1705     java.io.File projectFile = getProjectFile();
1706     // autoSave indicates we already have a file and don't need to ask
1707     boolean autoSave = projectFile != null && !saveAs
1708             && BackupFiles.getEnabled();
1709
1710     // System.out.println("autoSave="+autoSave+", projectFile='"+projectFile+"',
1711     // saveAs="+saveAs+", Backups
1712     // "+(BackupFiles.getEnabled()?"enabled":"disabled"));
1713
1714     boolean approveSave = false;
1715     if (!autoSave)
1716     {
1717       JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser("jvp",
1718               "Jalview Project");
1719
1720       chooser.setFileView(new JalviewFileView());
1721       chooser.setDialogTitle(MessageManager.getString("label.save_state"));
1722
1723       int value = chooser.showSaveDialog(this);
1724
1725       if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
1726       {
1727         projectFile = chooser.getSelectedFile();
1728         setProjectFile(projectFile);
1729         approveSave = true;
1730       }
1731     }
1732
1733     if (approveSave || autoSave)
1734     {
1735       final Desktop me = this;
1736       final java.io.File chosenFile = projectFile;
1737       new Thread(new Runnable()
1738       {
1739         @Override
1740         public void run()
1741         {
1742           // TODO: refactor to Jalview desktop session controller action.
1743           setProgressBar(MessageManager.formatMessage(
1744                   "label.saving_jalview_project", new Object[]
1745                   { chosenFile.getName() }), chosenFile.hashCode());
1746           Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", chosenFile.getParent());
1747           // TODO catch and handle errors for savestate
1748           // TODO prevent user from messing with the Desktop whilst we're saving
1749           try
1750           {
1751             boolean doBackup = BackupFiles.getEnabled();
1752             BackupFiles backupfiles = doBackup ? new BackupFiles(chosenFile)
1753                     : null;
1754
1755             new Jalview2XML().saveState(
1756                     doBackup ? backupfiles.getTempFile() : chosenFile);
1757
1758             if (doBackup)
1759             {
1760               backupfiles.setWriteSuccess(true);
1761               backupfiles.rollBackupsAndRenameTempFile();
1762             }
1763           } catch (OutOfMemoryError oom)
1764           {
1765             new OOMWarning("Whilst saving current state to "
1766                     + chosenFile.getName(), oom);
1767           } catch (Exception ex)
1768           {
1769             Cache.log.error("Problems whilst trying to save to "
1770                     + chosenFile.getName(), ex);
1771             JvOptionPane.showMessageDialog(me,
1772                     MessageManager.formatMessage(
1773                             "label.error_whilst_saving_current_state_to",
1774                             new Object[]
1775                             { chosenFile.getName() }),
1776                     MessageManager.getString("label.couldnt_save_project"),
1777                     JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
1778           }
1779           setProgressBar(null, chosenFile.hashCode());
1780         }
1781       }).start();
1782     }
1783   }
1784
1785   @Override
1786   public void saveAsState_actionPerformed(ActionEvent e)
1787   {
1788     saveState_actionPerformed(true);
1789   }
1790
1791   private void setProjectFile(File choice)
1792   {
1793     this.projectFile = choice;
1794   }
1795
1796   public File getProjectFile()
1797   {
1798     return this.projectFile;
1799   }
1800
1801   /**
1802    * Shows a file chooser dialog and tries to read in the selected file as a
1803    * Jalview project
1804    */
1805   @Override
1806   public void loadState_actionPerformed()
1807   {
1808     final String[] suffix = new String[] { "jvp", "jar" };
1809     final String[] desc = new String[] { "Jalview Project",
1810         "Jalview Project (old)" };
1811     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
1812             Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"), suffix, desc,
1813             "Jalview Project", true, BackupFiles.getEnabled()); // last two
1814                                                                 // booleans:
1815                                                                 // allFiles,
1816     // allowBackupFiles
1817     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
1818     chooser.setDialogTitle(MessageManager.getString("label.restore_state"));
1819     chooser.setResponseHandler(0, new Runnable()
1820     {
1821       @Override
1822       public void run()
1823       {
1824         File selectedFile = chooser.getSelectedFile();
1825         setProjectFile(selectedFile);
1826         String choice = selectedFile.getAbsolutePath();
1827         Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", selectedFile.getParent());
1828         new Thread(new Runnable()
1829         {
1830           @Override
1831           public void run()
1832           {
1833             try
1834             {
1835               new Jalview2XML().loadJalviewAlign(selectedFile);
1836             } catch (OutOfMemoryError oom)
1837             {
1838               new OOMWarning("Whilst loading project from " + choice, oom);
1839             } catch (Exception ex)
1840             {
1841               Cache.log.error(
1842                       "Problems whilst loading project from " + choice, ex);
1843               JvOptionPane.showMessageDialog(getDesktopPane(),
1844                       MessageManager.formatMessage(
1845                               "label.error_whilst_loading_project_from",
1846                               new Object[]
1847                               { choice }),
1848                       MessageManager
1849                               .getString("label.couldnt_load_project"),
1850                       JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
1851             }
1852           }
1853         }).start();
1854       }
1855     });
1856
1857     chooser.showOpenDialog(this);
1858   }
1859
1860   @Override
1861   public void inputSequence_actionPerformed(ActionEvent e)
1862   {
1863     new SequenceFetcher(this);
1864   }
1865
1866   JPanel progressPanel;
1867
1868   ArrayList<JPanel> fileLoadingPanels = new ArrayList<>();
1869
1870   public void startLoading(final Object fileName)
1871   {
1872     if (fileLoadingCount == 0)
1873     {
1874       fileLoadingPanels.add(addProgressPanel(MessageManager
1875               .formatMessage("label.loading_file", new Object[]
1876               { fileName })));
1877     }
1878     fileLoadingCount++;
1879   }
1880
1881   private JPanel addProgressPanel(String string)
1882   {
1883     if (progressPanel == null)
1884     {
1885       progressPanel = new JPanel(new GridLayout(1, 1));
1886       totalProgressCount = 0;
1887       getContentPane().add(progressPanel, BorderLayout.SOUTH);
1888     }
1889     JPanel thisprogress = new JPanel(new BorderLayout(10, 5));
1890     JProgressBar progressBar = new JProgressBar();
1891     progressBar.setIndeterminate(true);
1892
1893     thisprogress.add(new JLabel(string), BorderLayout.WEST);
1894
1895     thisprogress.add(progressBar, BorderLayout.CENTER);
1896     progressPanel.add(thisprogress);
1897     ((GridLayout) progressPanel.getLayout()).setRows(
1898             ((GridLayout) progressPanel.getLayout()).getRows() + 1);
1899     ++totalProgressCount;
1900     validate();
1901     return thisprogress;
1902   }
1903
1904   int totalProgressCount = 0;
1905
1906   private void removeProgressPanel(JPanel progbar)
1907   {
1908     if (progressPanel != null)
1909     {
1910       synchronized (progressPanel)
1911       {
1912         progressPanel.remove(progbar);
1913         GridLayout gl = (GridLayout) progressPanel.getLayout();
1914         gl.setRows(gl.getRows() - 1);
1915         if (--totalProgressCount < 1)
1916         {
1917           this.getContentPane().remove(progressPanel);
1918           progressPanel = null;
1919         }
1920       }
1921     }
1922     validate();
1923   }
1924
1925   public void stopLoading()
1926   {
1927     fileLoadingCount--;
1928     if (fileLoadingCount < 1)
1929     {
1930       while (fileLoadingPanels.size() > 0)
1931       {
1932         removeProgressPanel(fileLoadingPanels.remove(0));
1933       }
1934       fileLoadingPanels.clear();
1935       fileLoadingCount = 0;
1936     }
1937     validate();
1938   }
1939
1940   public static int getViewCount(String alignmentId)
1941   {
1942     AlignmentViewport[] aps = getViewports(alignmentId);
1943     return (aps == null) ? 0 : aps.length;
1944   }
1945
1946   /**
1947    *
1948    * @param alignmentId
1949    *          - if null, all sets are returned
1950    * @return all AlignmentPanels concerning the alignmentId sequence set
1951    */
1952   public static AlignmentPanel[] getAlignmentPanels(String alignmentId)
1953   {
1954     if (getDesktopPane() == null)
1955     {
1956       // no frames created and in headless mode
1957       // TODO: verify that frames are recoverable when in headless mode
1958       return null;
1959     }
1960     List<AlignmentPanel> aps = new ArrayList<>();
1961     AlignFrame[] frames = getAlignFrames();
1962     if (frames == null)
1963     {
1964       return null;
1965     }
1966     for (AlignFrame af : frames)
1967     {
1968       for (AlignmentPanel ap : af.alignPanels)
1969       {
1970         if (alignmentId == null
1971                 || alignmentId.equals(ap.av.getSequenceSetId()))
1972         {
1973           aps.add(ap);
1974         }
1975       }
1976     }
1977     if (aps.size() == 0)
1978     {
1979       return null;
1980     }
1981     AlignmentPanel[] vap = aps.toArray(new AlignmentPanel[aps.size()]);
1982     return vap;
1983   }
1984
1985   /**
1986    * get all the viewports on an alignment.
1987    *
1988    * @param sequenceSetId
1989    *          unique alignment id (may be null - all viewports returned in that
1990    *          case)
1991    * @return all viewports on the alignment bound to sequenceSetId
1992    */
1993   public static AlignmentViewport[] getViewports(String sequenceSetId)
1994   {
1995     List<AlignmentViewport> viewp = new ArrayList<>();
1996     if (getDesktopPane() != null)
1997     {
1998       AlignFrame[] frames = getAlignFrames();
1999
2000       for (AlignFrame afr : frames)
2001       {
2002         if (sequenceSetId == null || afr.getViewport().getSequenceSetId()
2003                 .equals(sequenceSetId))
2004         {
2005           if (afr.alignPanels != null)
2006           {
2007             for (AlignmentPanel ap : afr.alignPanels)
2008             {
2009               if (sequenceSetId == null
2010                       || sequenceSetId.equals(ap.av.getSequenceSetId()))
2011               {
2012                 viewp.add(ap.av);
2013               }
2014             }
2015           }
2016           else
2017           {
2018             viewp.add(afr.getViewport());
2019           }
2020         }
2021       }
2022       if (viewp.size() > 0)
2023       {
2024         return viewp.toArray(new AlignmentViewport[viewp.size()]);
2025       }
2026     }
2027     return null;
2028   }
2029
2030   /**
2031    * Explode the views in the given frame into separate AlignFrame
2032    *
2033    * @param af
2034    */
2035   public static void explodeViews(AlignFrame af)
2036   {
2037     int size = af.alignPanels.size();
2038     if (size < 2)
2039     {
2040       return;
2041     }
2042
2043     // FIXME: ideally should use UI interface API
2044     FeatureSettings viewFeatureSettings = (af.featureSettings != null
2045             && af.featureSettings.isOpen()) ? af.featureSettings : null;
2046     Rectangle fsBounds = af.getFeatureSettingsGeometry();
2047     for (int i = 0; i < size; i++)
2048     {
2049       AlignmentPanel ap = af.alignPanels.get(i);
2050
2051       AlignFrame newaf = new AlignFrame(ap);
2052
2053       // transfer reference for existing feature settings to new alignFrame
2054       if (ap == af.alignPanel)
2055       {
2056         if (viewFeatureSettings != null && viewFeatureSettings.fr.ap == ap)
2057         {
2058           newaf.featureSettings = viewFeatureSettings;
2059         }
2060         newaf.setFeatureSettingsGeometry(fsBounds);
2061       }
2062
2063       /*
2064        * Restore the view's last exploded frame geometry if known. Multiple
2065        * views from one exploded frame share and restore the same (frame)
2066        * position and size.
2067        */
2068       Rectangle geometry = ap.av.getExplodedGeometry();
2069       if (geometry != null)
2070       {
2071         newaf.setBounds(geometry);
2072       }
2073
2074       ap.av.setGatherViewsHere(false);
2075
2076       addInternalFrame(newaf, af.getTitle(), AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
2077               AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
2078       // and materialise a new feature settings dialog instance for the new
2079       // alignframe
2080       // (closes the old as if 'OK' was pressed)
2081       if (ap == af.alignPanel && newaf.featureSettings != null
2082               && newaf.featureSettings.isOpen()
2083               && af.alignPanel.getAlignViewport().isShowSequenceFeatures())
2084       {
2085         newaf.showFeatureSettingsUI();
2086       }
2087     }
2088
2089     af.featureSettings = null;
2090     af.alignPanels.clear();
2091     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
2092
2093   }
2094
2095   /**
2096    * Gather expanded views (separate AlignFrame's) with the same sequence set
2097    * identifier back in to this frame as additional views, and close the
2098    * expanded views. Note the expanded frames may themselves have multiple
2099    * views. We take the lot.
2100    *
2101    * @param source
2102    */
2103   public void gatherViews(AlignFrame source)
2104   {
2105     source.viewport.setGatherViewsHere(true);
2106     source.viewport.setExplodedGeometry(source.getBounds());
2107     JInternalFrame[] frames = desktopPane.getAllFrames();
2108     String viewId = source.viewport.getSequenceSetId();
2109     for (int t = 0; t < frames.length; t++)
2110     {
2111       if (frames[t] instanceof AlignFrame && frames[t] != source)
2112       {
2113         AlignFrame af = (AlignFrame) frames[t];
2114         boolean gatherThis = false;
2115         for (int a = 0; a < af.alignPanels.size(); a++)
2116         {
2117           AlignmentPanel ap = af.alignPanels.get(a);
2118           if (viewId.equals(ap.av.getSequenceSetId()))
2119           {
2120             gatherThis = true;
2121             ap.av.setGatherViewsHere(false);
2122             ap.av.setExplodedGeometry(af.getBounds());
2123             source.addAlignmentPanel(ap, false);
2124           }
2125         }
2126
2127         if (gatherThis)
2128         {
2129           if (af.featureSettings != null && af.featureSettings.isOpen())
2130           {
2131             if (source.featureSettings == null)
2132             {
2133               // preserve the feature settings geometry for this frame
2134               source.featureSettings = af.featureSettings;
2135               source.setFeatureSettingsGeometry(
2136                       af.getFeatureSettingsGeometry());
2137             }
2138             else
2139             {
2140               // close it and forget
2141               af.featureSettings.close();
2142             }
2143           }
2144           af.alignPanels.clear();
2145           af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
2146         }
2147       }
2148     }
2149
2150     // refresh the feature setting UI for the source frame if it exists
2151     if (source.featureSettings != null && source.featureSettings.isOpen())
2152     {
2153       source.showFeatureSettingsUI();
2154     }
2155   }
2156
2157   public JInternalFrame[] getAllFrames()
2158   {
2159     return desktopPane.getAllFrames();
2160   }
2161
2162   /**
2163    * Checks the given url to see if it gives a response indicating that the user
2164    * should be informed of a new questionnaire.
2165    *
2166    * @param url
2167    */
2168   public void checkForQuestionnaire(String url)
2169   {
2170     UserQuestionnaireCheck jvq = new UserQuestionnaireCheck(url);
2171     // javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(jvq);
2172     new Thread(jvq).start();
2173   }
2174
2175   public void checkURLLinks()
2176   {
2177     // Thread off the URL link checker
2178     addDialogThread(new Runnable()
2179     {
2180       @Override
2181       public void run()
2182       {
2183         if (Cache.getDefault("CHECKURLLINKS", true))
2184         {
2185           // check what the actual links are - if it's just the default don't
2186           // bother with the warning
2187           List<String> links = Preferences.sequenceUrlLinks
2188                   .getLinksForMenu();
2189
2190           // only need to check links if there is one with a
2191           // SEQUENCE_ID which is not the default EMBL_EBI link
2192           ListIterator<String> li = links.listIterator();
2193           boolean check = false;
2194           List<JLabel> urls = new ArrayList<>();
2195           while (li.hasNext())
2196           {
2197             String link = li.next();
2198             if (link.contains(jalview.util.UrlConstants.SEQUENCE_ID)
2199                     && !UrlConstants.isDefaultString(link))
2200             {
2201               check = true;
2202               int barPos = link.indexOf("|");
2203               String urlMsg = barPos == -1 ? link
2204                       : link.substring(0, barPos) + ": "
2205                               + link.substring(barPos + 1);
2206               urls.add(new JLabel(urlMsg));
2207             }
2208           }
2209           if (!check)
2210           {
2211             return;
2212           }
2213
2214           // ask user to check in case URL links use old style tokens
2215           // ($SEQUENCE_ID$ for sequence id _or_ accession id)
2216           JPanel msgPanel = new JPanel();
2217           msgPanel.setLayout(new BoxLayout(msgPanel, BoxLayout.PAGE_AXIS));
2218           msgPanel.add(Box.createVerticalGlue());
2219           JLabel msg = new JLabel(MessageManager
2220                   .getString("label.SEQUENCE_ID_for_DB_ACCESSION1"));
2221           JLabel msg2 = new JLabel(MessageManager
2222                   .getString("label.SEQUENCE_ID_for_DB_ACCESSION2"));
2223           msgPanel.add(msg);
2224           for (JLabel url : urls)
2225           {
2226             msgPanel.add(url);
2227           }
2228           msgPanel.add(msg2);
2229
2230           final JCheckBox jcb = new JCheckBox(
2231                   MessageManager.getString("label.do_not_display_again"));
2232           jcb.addActionListener(new ActionListener()
2233           {
2234             @Override
2235             public void actionPerformed(ActionEvent e)
2236             {
2237               // update Cache settings for "don't show this again"
2238               boolean showWarningAgain = !jcb.isSelected();
2239               Cache.setProperty("CHECKURLLINKS",
2240                       Boolean.valueOf(showWarningAgain).toString());
2241             }
2242           });
2243           msgPanel.add(jcb);
2244
2245           JvOptionPane.showMessageDialog(desktopPane, msgPanel,
2246                   MessageManager
2247                           .getString("label.SEQUENCE_ID_no_longer_used"),
2248                   JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
2249         }
2250       }
2251     });
2252   }
2253
2254   /**
2255    * Proxy class for JDesktopPane which optionally displays the current memory
2256    * usage and highlights the desktop area with a red bar if free memory runs
2257    * low.
2258    *
2259    * @author AMW
2260    */
2261   public class MyDesktopPane extends JDesktopPane implements Runnable
2262   {
2263     private static final float ONE_MB = 1048576f;
2264
2265     boolean showMemoryUsage = false;
2266
2267     Runtime runtime;
2268
2269     java.text.NumberFormat df;
2270
2271     float maxMemory, allocatedMemory, freeMemory, totalFreeMemory,
2272             percentUsage;
2273
2274     public MyDesktopPane(boolean showMemoryUsage)
2275     {
2276       showMemoryUsage(showMemoryUsage);
2277     }
2278
2279     public void showMemoryUsage(boolean showMemory)
2280     {
2281       this.showMemoryUsage = showMemory;
2282       if (showMemory)
2283       {
2284         Thread worker = new Thread(this);
2285         worker.start();
2286       }
2287       repaint();
2288     }
2289
2290     public boolean isShowMemoryUsage()
2291     {
2292       return showMemoryUsage;
2293     }
2294
2295     @Override
2296     public void run()
2297     {
2298       df = java.text.NumberFormat.getNumberInstance();
2299       df.setMaximumFractionDigits(2);
2300       runtime = Runtime.getRuntime();
2301
2302       while (showMemoryUsage)
2303       {
2304         try
2305         {
2306           maxMemory = runtime.maxMemory() / ONE_MB;
2307           allocatedMemory = runtime.totalMemory() / ONE_MB;
2308           freeMemory = runtime.freeMemory() / ONE_MB;
2309           totalFreeMemory = freeMemory + (maxMemory - allocatedMemory);
2310
2311           percentUsage = (totalFreeMemory / maxMemory) * 100;
2312
2313           // if (percentUsage < 20)
2314           {
2315             // border1 = BorderFactory.createMatteBorder(12, 12, 12, 12,
2316             // Color.red);
2317             // instance.set.setBorder(border1);
2318           }
2319           repaint();
2320           // sleep after showing usage
2321           Thread.sleep(3000);
2322         } catch (Exception ex)
2323         {
2324           ex.printStackTrace();
2325         }
2326       }
2327     }
2328
2329     @Override
2330     public void paintComponent(Graphics g)
2331     {
2332       if (showMemoryUsage && g != null && df != null)
2333       {
2334         if (percentUsage < 20)
2335         {
2336           g.setColor(Color.red);
2337         }
2338         FontMetrics fm = g.getFontMetrics();
2339         if (fm != null)
2340         {
2341           g.drawString(MessageManager.formatMessage("label.memory_stats",
2342                   new Object[]
2343                   { df.format(totalFreeMemory), df.format(maxMemory),
2344                       df.format(percentUsage) }),
2345                   10, getHeight() - fm.getHeight());
2346         }
2347       }
2348     }
2349   }
2350
2351   /**
2352    * Accessor method to quickly get all the AlignmentFrames loaded.
2353    *
2354    * @return an array of AlignFrame, or null if none found
2355    */
2356   public static AlignFrame[] getAlignFrames()
2357   {
2358     if (Jalview.isHeadlessMode())
2359     {
2360       return new AlignFrame[] { Jalview.getInstance().currentAlignFrame };
2361     }
2362
2363     JInternalFrame[] frames = getDesktopPane().getAllFrames();
2364
2365     if (frames == null)
2366     {
2367       return null;
2368     }
2369     List<AlignFrame> avp = new ArrayList<>();
2370     // REVERSE ORDER
2371     for (int i = frames.length - 1; i > -1; i--)
2372     {
2373       if (frames[i] instanceof AlignFrame)
2374       {
2375         avp.add((AlignFrame) frames[i]);
2376       }
2377       else if (frames[i] instanceof SplitFrame)
2378       {
2379         /*
2380          * Also check for a split frame containing an AlignFrame
2381          */
2382         GSplitFrame sf = (GSplitFrame) frames[i];
2383         if (sf.getTopFrame() instanceof AlignFrame)
2384         {
2385           avp.add((AlignFrame) sf.getTopFrame());
2386         }
2387         if (sf.getBottomFrame() instanceof AlignFrame)
2388         {
2389           avp.add((AlignFrame) sf.getBottomFrame());
2390         }
2391       }
2392     }
2393     if (avp.size() == 0)
2394     {
2395       return null;
2396     }
2397     AlignFrame afs[] = avp.toArray(new AlignFrame[avp.size()]);
2398     return afs;
2399   }
2400
2401   /**
2402    * Returns an array of any AppJmol frames in the Desktop (or null if none).
2403    *
2404    * @return
2405    */
2406   public GStructureViewer[] getJmols()
2407   {
2408     JInternalFrame[] frames = desktopPane.getAllFrames();
2409
2410     if (frames == null)
2411     {
2412       return null;
2413     }
2414     List<GStructureViewer> avp = new ArrayList<>();
2415     // REVERSE ORDER
2416     for (int i = frames.length - 1; i > -1; i--)
2417     {
2418       if (frames[i] instanceof AppJmol)
2419       {
2420         GStructureViewer af = (GStructureViewer) frames[i];
2421         avp.add(af);
2422       }
2423     }
2424     if (avp.size() == 0)
2425     {
2426       return null;
2427     }
2428     GStructureViewer afs[] = avp.toArray(new GStructureViewer[avp.size()]);
2429     return afs;
2430   }
2431
2432   /**
2433    * Add Groovy Support to Jalview
2434    */
2435   @Override
2436   public void groovyShell_actionPerformed()
2437   {
2438     try
2439     {
2440       openGroovyConsole();
2441     } catch (Exception ex)
2442     {
2443       Cache.log.error("Groovy Shell Creation failed.", ex);
2444       JvOptionPane.showInternalMessageDialog(desktopPane,
2445
2446               MessageManager.getString("label.couldnt_create_groovy_shell"),
2447               MessageManager.getString("label.groovy_support_failed"),
2448               JvOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2449     }
2450   }
2451
2452   /**
2453    * Open the Groovy console
2454    */
2455   void openGroovyConsole()
2456   {
2457     if (groovyConsole == null)
2458     {
2459       groovyConsole = new groovy.ui.Console();
2460       groovyConsole.setVariable("Jalview", this);
2461       groovyConsole.run();
2462
2463       /*
2464        * We allow only one console at a time, so that AlignFrame menu option
2465        * 'Calculate | Run Groovy script' is unambiguous.
2466        * Disable 'Groovy Console', and enable 'Run script', when the console is
2467        * opened, and the reverse when it is closed
2468        */
2469       Window window = (Window) groovyConsole.getFrame();
2470       window.addWindowListener(new WindowAdapter()
2471       {
2472         @Override
2473         public void windowClosed(WindowEvent e)
2474         {
2475           /*
2476            * rebind CMD-Q from Groovy Console to Jalview Quit
2477            */
2478           addQuitHandler();
2479           enableExecuteGroovy(false);
2480         }
2481       });
2482     }
2483
2484     /*
2485      * show Groovy console window (after close and reopen)
2486      */
2487     ((Window) groovyConsole.getFrame()).setVisible(true);
2488
2489     /*
2490      * if we got this far, enable 'Run Groovy' in AlignFrame menus
2491      * and disable opening a second console
2492      */
2493     enableExecuteGroovy(true);
2494   }
2495
2496   /**
2497    * Bind Ctrl/Cmd-Q to Quit - for reset as Groovy Console takes over this
2498    * binding when opened
2499    */
2500   protected void addQuitHandler()
2501   {
2502     getRootPane()
2503             .getInputMap(JComponent.WHEN_IN_FOCUSED_WINDOW).put(
2504                     KeyStroke
2505                             .getKeyStroke(KeyEvent.VK_Q,
2506                                     jalview.util.ShortcutKeyMaskExWrapper
2507                                             .getMenuShortcutKeyMaskEx()),
2508                     "Quit");
2509     getRootPane().getActionMap().put("Quit", new AbstractAction()
2510     {
2511       @Override
2512       public void actionPerformed(ActionEvent e)
2513       {
2514         quit();
2515       }
2516     });
2517   }
2518
2519   /**
2520    * Enable or disable 'Run Groovy script' in AlignFrame calculate menus
2521    *
2522    * @param enabled
2523    *          true if Groovy console is open
2524    */
2525   public void enableExecuteGroovy(boolean enabled)
2526   {
2527     /*
2528      * disable opening a second Groovy console
2529      * (or re-enable when the console is closed)
2530      */
2531     groovyShell.setEnabled(!enabled);
2532
2533     AlignFrame[] alignFrames = getAlignFrames();
2534     if (alignFrames != null)
2535     {
2536       for (AlignFrame af : alignFrames)
2537       {
2538         af.setGroovyEnabled(enabled);
2539       }
2540     }
2541   }
2542
2543   /**
2544    * Progress bars managed by the IProgressIndicator method.
2545    */
2546   private Hashtable<Long, JPanel> progressBars;
2547
2548   private Hashtable<Long, IProgressIndicatorHandler> progressBarHandlers;
2549
2550   /*
2551    * (non-Javadoc)
2552    *
2553    * @see jalview.gui.IProgressIndicator#setProgressBar(java.lang.String, long)
2554    */
2555   @Override
2556   public void setProgressBar(String message, long id)
2557   {
2558     // Platform.timeCheck("Desktop " + message, Platform.TIME_MARK);
2559
2560     if (progressBars == null)
2561     {
2562       progressBars = new Hashtable<>();
2563       progressBarHandlers = new Hashtable<>();
2564     }
2565
2566     if (progressBars.get(Long.valueOf(id)) != null)
2567     {
2568       JPanel panel = progressBars.remove(Long.valueOf(id));
2569       if (progressBarHandlers.contains(Long.valueOf(id)))
2570       {
2571         progressBarHandlers.remove(Long.valueOf(id));
2572       }
2573       removeProgressPanel(panel);
2574     }
2575     else
2576     {
2577       progressBars.put(Long.valueOf(id), addProgressPanel(message));
2578     }
2579   }
2580
2581   /*
2582    * (non-Javadoc)
2583    *
2584    * @see jalview.gui.IProgressIndicator#registerHandler(long,
2585    * jalview.gui.IProgressIndicatorHandler)
2586    */
2587   @Override
2588   public void registerHandler(final long id,
2589           final IProgressIndicatorHandler handler)
2590   {
2591     if (progressBarHandlers == null
2592             || !progressBars.containsKey(Long.valueOf(id)))
2593     {
2594       throw new Error(MessageManager.getString(
2595               "error.call_setprogressbar_before_registering_handler"));
2596     }
2597     progressBarHandlers.put(Long.valueOf(id), handler);
2598     final JPanel progressPanel = progressBars.get(Long.valueOf(id));
2599     if (handler.canCancel())
2600     {
2601       JButton cancel = new JButton(
2602               MessageManager.getString("action.cancel"));
2603       final IProgressIndicator us = this;
2604       cancel.addActionListener(new ActionListener()
2605       {
2606
2607         @Override
2608         public void actionPerformed(ActionEvent e)
2609         {
2610           handler.cancelActivity(id);
2611           us.setProgressBar(MessageManager
2612                   .formatMessage("label.cancelled_params", new Object[]
2613                   { ((JLabel) progressPanel.getComponent(0)).getText() }),
2614                   id);
2615         }
2616       });
2617       progressPanel.add(cancel, BorderLayout.EAST);
2618     }
2619   }
2620
2621   /**
2622    *
2623    * @return true if any progress bars are still active
2624    */
2625   @Override
2626   public boolean operationInProgress()
2627   {
2628     if (progressBars != null && progressBars.size() > 0)
2629     {
2630       return true;
2631     }
2632     return false;
2633   }
2634
2635   /**
2636    * This will return the first AlignFrame holding the given viewport instance.
2637    * It will break if there are more than one AlignFrames viewing a particular
2638    * av.
2639    *
2640    * @param viewport
2641    * @return alignFrame for viewport
2642    */
2643   public static AlignFrame getAlignFrameFor(AlignViewportI viewport)
2644   {
2645     if (getDesktopPane() != null)
2646     {
2647       AlignmentPanel[] aps = getAlignmentPanels(
2648               viewport.getSequenceSetId());
2649       for (int panel = 0; aps != null && panel < aps.length; panel++)
2650       {
2651         if (aps[panel] != null && aps[panel].av == viewport)
2652         {
2653           return aps[panel].alignFrame;
2654         }
2655       }
2656     }
2657     return null;
2658   }
2659
2660   public VamsasApplication getVamsasApplication()
2661   {
2662     // TODO: JAL-3311 remove remaining code from Jalview relating to VAMSAS
2663     return null;
2664
2665   }
2666
2667   /**
2668    * flag set if jalview GUI is being operated programmatically
2669    */
2670   private boolean inBatchMode = false;
2671
2672   /**
2673    * check if jalview GUI is being operated programmatically
2674    *
2675    * @return inBatchMode
2676    */
2677   public boolean isInBatchMode()
2678   {
2679     return inBatchMode;
2680   }
2681
2682   /**
2683    * set flag if jalview GUI is being operated programmatically
2684    *
2685    * @param inBatchMode
2686    */
2687   public void setInBatchMode(boolean inBatchMode)
2688   {
2689     this.inBatchMode = inBatchMode;
2690   }
2691
2692   public void startServiceDiscovery()
2693   {
2694     startServiceDiscovery(false);
2695   }
2696
2697   public void startServiceDiscovery(boolean blocking)
2698   {
2699     boolean alive = true;
2700     Thread t0 = null, t1 = null, t2 = null;
2701     // JAL-940 - JALVIEW 1 services are now being EOLed as of JABA 2.1 release
2702     if (true)
2703     {
2704       // todo: changesupport handlers need to be transferred
2705       if (discoverer == null)
2706       {
2707         discoverer = jalview.ws.jws1.Discoverer.getInstance();
2708         // register PCS handler for desktop.
2709         discoverer.addPropertyChangeListener(changeSupport);
2710       }
2711       // JAL-940 - disabled JWS1 service configuration - always start discoverer
2712       // until we phase out completely
2713       (t0 = new Thread(discoverer)).start();
2714     }
2715
2716     if (Cache.getDefault("SHOW_JWS2_SERVICES", true))
2717     {
2718       t2 = jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer.getInstance()
2719               .startDiscoverer(changeSupport);
2720     }
2721     Thread t3 = null;
2722     {
2723       // TODO: do rest service discovery
2724     }
2725     if (blocking)
2726     {
2727       while (alive)
2728       {
2729         try
2730         {
2731           Thread.sleep(15);
2732         } catch (Exception e)
2733         {
2734         }
2735         alive = (t1 != null && t1.isAlive()) || (t2 != null && t2.isAlive())
2736                 || (t3 != null && t3.isAlive())
2737                 || (t0 != null && t0.isAlive());
2738       }
2739     }
2740   }
2741
2742   /**
2743    * called to check if the service discovery process completed successfully.
2744    *
2745    * @param evt
2746    */
2747   protected void JalviewServicesChanged(PropertyChangeEvent evt)
2748   {
2749     if (evt.getNewValue() == null || evt.getNewValue() instanceof Vector)
2750     {
2751       final String ermsg = jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer.getInstance()
2752               .getErrorMessages();
2753       if (ermsg != null)
2754       {
2755         if (Cache.getDefault("SHOW_WSDISCOVERY_ERRORS", true))
2756         {
2757           if (serviceChangedDialog == null)
2758           {
2759             // only run if we aren't already displaying one of these.
2760             addDialogThread(serviceChangedDialog = new Runnable()
2761             {
2762               @Override
2763               public void run()
2764               {
2765
2766                 /*
2767                  * JalviewDialog jd =new JalviewDialog() {
2768                  *
2769                  * @Override protected void cancelPressed() { // TODO
2770                  * Auto-generated method stub
2771                  *
2772                  * }@Override protected void okPressed() { // TODO
2773                  * Auto-generated method stub
2774                  *
2775                  * }@Override protected void raiseClosed() { // TODO
2776                  * Auto-generated method stub
2777                  *
2778                  * } }; jd.initDialogFrame(new
2779                  * JLabel("<html><table width=\"450\"><tr><td>" + ermsg +
2780                  * "<br/>It may be that you have invalid JABA URLs in your web service preferences,"
2781                  * + " or mis-configured HTTP proxy settings.<br/>" +
2782                  * "Check the <em>Connections</em> and <em>Web services</em> tab of the"
2783                  * +
2784                  * " Tools->Preferences dialog box to change them.</td></tr></table></html>"
2785                  * ), true, true, "Web Service Configuration Problem", 450,
2786                  * 400);
2787                  *
2788                  * jd.waitForInput();
2789                  */
2790                 JvOptionPane.showConfirmDialog(desktopPane,
2791                         new JLabel("<html><table width=\"450\"><tr><td>"
2792                                 + ermsg + "</td></tr></table>"
2793                                 + "<p>It may be that you have invalid JABA URLs<br/>in your web service preferences,"
2794                                 + "<br>or as a command-line argument, or mis-configured HTTP proxy settings.</p>"
2795                                 + "<p>Check the <em>Connections</em> and <em>Web services</em> tab<br/>of the"
2796                                 + " Tools->Preferences dialog box to change them.</p></html>"),
2797                         "Web Service Configuration Problem",
2798                         JvOptionPane.DEFAULT_OPTION,
2799                         JvOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2800                 serviceChangedDialog = null;
2801
2802               }
2803             });
2804           }
2805         }
2806         else
2807         {
2808           Cache.log.error(
2809                   "Errors reported by JABA discovery service. Check web services preferences.\n"
2810                           + ermsg);
2811         }
2812       }
2813     }
2814   }
2815
2816   private Runnable serviceChangedDialog = null;
2817
2818   /**
2819    * start a thread to open a URL in the configured browser. Pops up a warning
2820    * dialog to the user if there is an exception when calling out to the browser
2821    * to open the URL.
2822    *
2823    * @param url
2824    */
2825   public static void showUrl(final String url)
2826   {
2827     showUrl(url, getInstance());
2828   }
2829
2830   /**
2831    * Like showUrl but allows progress handler to be specified
2832    *
2833    * @param url
2834    * @param progress
2835    *          (null) or object implementing IProgressIndicator
2836    */
2837   public static void showUrl(final String url,
2838           final IProgressIndicator progress)
2839   {
2840     new Thread(new Runnable()
2841     {
2842       @Override
2843       public void run()
2844       {
2845         try
2846         {
2847           if (progress != null)
2848           {
2849             progress.setProgressBar(MessageManager
2850                     .formatMessage("status.opening_params", new Object[]
2851                     { url }), this.hashCode());
2852           }
2853           jalview.util.BrowserLauncher.openURL(url);
2854         } catch (Exception ex)
2855         {
2856           JvOptionPane.showInternalMessageDialog(getDesktopPane(),
2857                   MessageManager
2858                           .getString("label.web_browser_not_found_unix"),
2859                   MessageManager.getString("label.web_browser_not_found"),
2860                   JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
2861
2862           ex.printStackTrace();
2863         }
2864         if (progress != null)
2865         {
2866           progress.setProgressBar(null, this.hashCode());
2867         }
2868       }
2869     }).start();
2870   }
2871
2872   public static WsParamSetManager wsparamManager = null;
2873
2874   public static ParamManager getUserParameterStore()
2875   {
2876     if (wsparamManager == null)
2877     {
2878       wsparamManager = new WsParamSetManager();
2879     }
2880     return wsparamManager;
2881   }
2882
2883   /**
2884    * static hyperlink handler proxy method for use by Jalview's internal windows
2885    *
2886    * @param e
2887    */
2888   public static void hyperlinkUpdate(HyperlinkEvent e)
2889   {
2890     if (e.getEventType() == EventType.ACTIVATED)
2891     {
2892       String url = null;
2893       try
2894       {
2895         url = e.getURL().toString();
2896         showUrl(url);
2897       } catch (Exception x)
2898       {
2899         if (url != null)
2900         {
2901           if (Cache.log != null)
2902           {
2903             Cache.log.error("Couldn't handle string " + url + " as a URL.");
2904           }
2905           else
2906           {
2907             System.err.println(
2908                     "Couldn't handle string " + url + " as a URL.");
2909           }
2910         }
2911         // ignore any exceptions due to dud links.
2912       }
2913
2914     }
2915   }
2916
2917   /**
2918    * single thread that handles display of dialogs to user.
2919    */
2920   ExecutorService dialogExecutor = Executors.newSingleThreadExecutor();
2921
2922   /**
2923    * flag indicating if dialogExecutor should try to acquire a permit
2924    */
2925   private volatile boolean dialogPause = true;
2926
2927   /**
2928    * pause the queue
2929    */
2930   private java.util.concurrent.Semaphore block = new Semaphore(0);
2931
2932   private static groovy.ui.Console groovyConsole;
2933
2934   /**
2935    * add another dialog thread to the queue
2936    *
2937    * @param prompter
2938    */
2939   public void addDialogThread(final Runnable prompter)
2940   {
2941     dialogExecutor.submit(new Runnable()
2942     {
2943       @Override
2944       public void run()
2945       {
2946         if (dialogPause)
2947         {
2948           try
2949           {
2950             block.acquire();
2951           } catch (InterruptedException x)
2952           {
2953           }
2954         }
2955         if (Jalview.isHeadlessMode())
2956         {
2957           return;
2958         }
2959         try
2960         {
2961           SwingUtilities.invokeAndWait(prompter);
2962         } catch (Exception q)
2963         {
2964           Cache.log.warn("Unexpected Exception in dialog thread.", q);
2965         }
2966       }
2967     });
2968   }
2969
2970   public void startDialogQueue()
2971   {
2972     // set the flag so we don't pause waiting for another permit and semaphore
2973     // the current task to begin
2974     dialogPause = false;
2975     block.release();
2976   }
2977
2978   /**
2979    * Outputs an image of the desktop to file in EPS format, after prompting the
2980    * user for choice of Text or Lineart character rendering (unless a preference
2981    * has been set). The file name is generated as
2982    *
2983    * <pre>
2984    * Jalview_snapshot_nnnnn.eps where nnnnn is the current timestamp in milliseconds
2985    * </pre>
2986    */
2987   @Override
2988   protected void snapShotWindow_actionPerformed(ActionEvent e)
2989   {
2990     // currently the menu option to do this is not shown
2991     invalidate();
2992
2993     int width = getWidth();
2994     int height = getHeight();
2995     File of = new File(
2996             "Jalview_snapshot_" + System.currentTimeMillis() + ".eps");
2997     ImageWriterI writer = new ImageWriterI()
2998     {
2999       @Override
3000       public void exportImage(Graphics g) throws Exception
3001       {
3002         paintAll(g);
3003         Cache.log.info("Successfully written snapshot to file "
3004                 + of.getAbsolutePath());
3005       }
3006     };
3007     String title = "View of desktop";
3008     ImageExporter exporter = new ImageExporter(writer, null, TYPE.EPS,
3009             title);
3010     exporter.doExport(of, this, width, height, title);
3011   }
3012
3013   /**
3014    * Explode the views in the given SplitFrame into separate SplitFrame windows.
3015    * This respects (remembers) any previous 'exploded geometry' i.e. the size
3016    * and location last time the view was expanded (if any). However it does not
3017    * remember the split pane divider location - this is set to match the
3018    * 'exploding' frame.
3019    *
3020    * @param sf
3021    */
3022   public void explodeViews(SplitFrame sf)
3023   {
3024     AlignFrame oldTopFrame = (AlignFrame) sf.getTopFrame();
3025     AlignFrame oldBottomFrame = (AlignFrame) sf.getBottomFrame();
3026     List<? extends AlignmentViewPanel> topPanels = oldTopFrame
3027             .getAlignPanels();
3028     List<? extends AlignmentViewPanel> bottomPanels = oldBottomFrame
3029             .getAlignPanels();
3030     int viewCount = topPanels.size();
3031     if (viewCount < 2)
3032     {
3033       return;
3034     }
3035
3036     /*
3037      * Processing in reverse order works, forwards order leaves the first panels
3038      * not visible. I don't know why!
3039      */
3040     for (int i = viewCount - 1; i >= 0; i--)
3041     {
3042       /*
3043        * Make new top and bottom frames. These take over the respective
3044        * AlignmentPanel objects, including their AlignmentViewports, so the
3045        * cdna/protein relationships between the viewports is carried over to the
3046        * new split frames.
3047        *
3048        * explodedGeometry holds the (x, y) position of the previously exploded
3049        * SplitFrame, and the (width, height) of the AlignFrame component
3050        */
3051       AlignmentPanel topPanel = (AlignmentPanel) topPanels.get(i);
3052       AlignFrame newTopFrame = new AlignFrame(topPanel);
3053       newTopFrame.setSize(oldTopFrame.getSize());
3054       newTopFrame.setVisible(true);
3055       Rectangle geometry = ((AlignViewport) topPanel.getAlignViewport())
3056               .getExplodedGeometry();
3057       if (geometry != null)
3058       {
3059         newTopFrame.setSize(geometry.getSize());
3060       }
3061
3062       AlignmentPanel bottomPanel = (AlignmentPanel) bottomPanels.get(i);
3063       AlignFrame newBottomFrame = new AlignFrame(bottomPanel);
3064       newBottomFrame.setSize(oldBottomFrame.getSize());
3065       newBottomFrame.setVisible(true);
3066       geometry = ((AlignViewport) bottomPanel.getAlignViewport())
3067               .getExplodedGeometry();
3068       if (geometry != null)
3069       {
3070         newBottomFrame.setSize(geometry.getSize());
3071       }
3072
3073       topPanel.av.setGatherViewsHere(false);
3074       bottomPanel.av.setGatherViewsHere(false);
3075       JInternalFrame splitFrame = new SplitFrame(newTopFrame,
3076               newBottomFrame);
3077       if (geometry != null)
3078       {
3079         splitFrame.setLocation(geometry.getLocation());
3080       }
3081       addInternalFrame(splitFrame, sf.getTitle(), -1, -1);
3082     }
3083
3084     /*
3085      * Clear references to the panels (now relocated in the new SplitFrames)
3086      * before closing the old SplitFrame.
3087      */
3088     topPanels.clear();
3089     bottomPanels.clear();
3090     sf.close();
3091   }
3092
3093   /**
3094    * Gather expanded split frames, sharing the same pairs of sequence set ids,
3095    * back into the given SplitFrame as additional views. Note that the gathered
3096    * frames may themselves have multiple views.
3097    *
3098    * @param source
3099    */
3100   public void gatherViews(GSplitFrame source)
3101   {
3102     /*
3103      * special handling of explodedGeometry for a view within a SplitFrame: - it
3104      * holds the (x, y) position of the enclosing SplitFrame, and the (width,
3105      * height) of the AlignFrame component
3106      */
3107     AlignFrame myTopFrame = (AlignFrame) source.getTopFrame();
3108     AlignFrame myBottomFrame = (AlignFrame) source.getBottomFrame();
3109     myTopFrame.viewport.setExplodedGeometry(new Rectangle(source.getX(),
3110             source.getY(), myTopFrame.getWidth(), myTopFrame.getHeight()));
3111     myBottomFrame.viewport
3112             .setExplodedGeometry(new Rectangle(source.getX(), source.getY(),
3113                     myBottomFrame.getWidth(), myBottomFrame.getHeight()));
3114     myTopFrame.viewport.setGatherViewsHere(true);
3115     myBottomFrame.viewport.setGatherViewsHere(true);
3116     String topViewId = myTopFrame.viewport.getSequenceSetId();
3117     String bottomViewId = myBottomFrame.viewport.getSequenceSetId();
3118
3119     JInternalFrame[] frames = desktopPane.getAllFrames();
3120     for (JInternalFrame frame : frames)
3121     {
3122       if (frame instanceof SplitFrame && frame != source)
3123       {
3124         SplitFrame sf = (SplitFrame) frame;
3125         AlignFrame topFrame = (AlignFrame) sf.getTopFrame();
3126         AlignFrame bottomFrame = (AlignFrame) sf.getBottomFrame();
3127         boolean gatherThis = false;
3128         for (int a = 0; a < topFrame.alignPanels.size(); a++)
3129         {
3130           AlignmentPanel topPanel = topFrame.alignPanels.get(a);
3131           AlignmentPanel bottomPanel = bottomFrame.alignPanels.get(a);
3132           if (topViewId.equals(topPanel.av.getSequenceSetId())
3133                   && bottomViewId.equals(bottomPanel.av.getSequenceSetId()))
3134           {
3135             gatherThis = true;
3136             topPanel.av.setGatherViewsHere(false);
3137             bottomPanel.av.setGatherViewsHere(false);
3138             topPanel.av.setExplodedGeometry(
3139                     new Rectangle(sf.getLocation(), topFrame.getSize()));
3140             bottomPanel.av.setExplodedGeometry(
3141                     new Rectangle(sf.getLocation(), bottomFrame.getSize()));
3142             myTopFrame.addAlignmentPanel(topPanel, false);
3143             myBottomFrame.addAlignmentPanel(bottomPanel, false);
3144           }
3145         }
3146
3147         if (gatherThis)
3148         {
3149           topFrame.getAlignPanels().clear();
3150           bottomFrame.getAlignPanels().clear();
3151           sf.close();
3152         }
3153       }
3154     }
3155
3156     /*
3157      * The dust settles...give focus to the tab we did this from.
3158      */
3159     myTopFrame.setDisplayedView(myTopFrame.alignPanel);
3160   }
3161
3162   public static groovy.ui.Console getGroovyConsole()
3163   {
3164     return groovyConsole;
3165   }
3166
3167   /**
3168    * handles the payload of a drag and drop event.
3169    *
3170    * TODO refactor to desktop utilities class
3171    *
3172    * @param files
3173    *          - Data source strings extracted from the drop event
3174    * @param protocols
3175    *          - protocol for each data source extracted from the drop event
3176    * @param evt
3177    *          - the drop event
3178    * @param t
3179    *          - the payload from the drop event
3180    * @throws Exception
3181    */
3182   @SuppressWarnings("unchecked")
3183   public static void transferFromDropTarget(List<Object> files,
3184           List<DataSourceType> protocols, DropTargetDropEvent evt,
3185           Transferable t) throws Exception
3186   {
3187
3188     // BH 2018 changed List<String> to List<Object> to allow for File from
3189     // SwingJS
3190
3191     // DataFlavor[] flavors = t.getTransferDataFlavors();
3192     // for (int i = 0; i < flavors.length; i++) {
3193     // if (flavors[i].isFlavorJavaFileListType()) {
3194     // evt.acceptDrop(DnDConstants.ACTION_COPY_OR_MOVE);
3195     // List<File> list = (List<File>) t.getTransferData(flavors[i]);
3196     // for (int j = 0; j < list.size(); j++) {
3197     // File file = (File) list.get(j);
3198     // byte[] data = getDroppedFileBytes(file);
3199     // fileName.setText(file.getName() + " - " + data.length + " " +
3200     // evt.getLocation());
3201     // JTextArea target = (JTextArea) ((DropTarget)
3202     // evt.getSource()).getComponent();
3203     // target.setText(new String(data));
3204     // }
3205     // dtde.dropComplete(true);
3206     // return;
3207     // }
3208     //
3209
3210     DataFlavor uriListFlavor = new DataFlavor(
3211             "text/uri-list;class=java.lang.String"), urlFlavour = null;
3212     try
3213     {
3214       urlFlavour = new DataFlavor(
3215               "application/x-java-url; class=java.net.URL");
3216     } catch (ClassNotFoundException cfe)
3217     {
3218       Cache.log.debug("Couldn't instantiate the URL dataflavor.", cfe);
3219     }
3220
3221     if (urlFlavour != null && t.isDataFlavorSupported(urlFlavour))
3222     {
3223
3224       try
3225       {
3226         java.net.URL url = (URL) t.getTransferData(urlFlavour);
3227         // nb: java 8 osx bug https://bugs.openjdk.java.net/browse/JDK-8156099
3228         // means url may be null.
3229         if (url != null)
3230         {
3231           protocols.add(DataSourceType.URL);
3232           files.add(url.toString());
3233           Cache.log.debug("Drop handled as URL dataflavor "
3234                   + files.get(files.size() - 1));
3235           return;
3236         }
3237         else
3238         {
3239           if (Platform.isAMacAndNotJS())
3240           {
3241             System.err.println(
3242                     "Please ignore plist error - occurs due to problem with java 8 on OSX");
3243           }
3244         }
3245       } catch (Throwable ex)
3246       {
3247         Cache.log.debug("URL drop handler failed.", ex);
3248       }
3249     }
3250     if (t.isDataFlavorSupported(DataFlavor.javaFileListFlavor))
3251     {
3252       // Works on Windows and MacOSX
3253       Cache.log.debug("Drop handled as javaFileListFlavor");
3254       for (File file : (List<File>) t
3255               .getTransferData(DataFlavor.javaFileListFlavor))
3256       {
3257         files.add(file);
3258         protocols.add(DataSourceType.FILE);
3259       }
3260     }
3261     else
3262     {
3263       // Unix like behaviour
3264       boolean added = false;
3265       String data = null;
3266       if (t.isDataFlavorSupported(uriListFlavor))
3267       {
3268         Cache.log.debug("Drop handled as uriListFlavor");
3269         // This is used by Unix drag system
3270         data = (String) t.getTransferData(uriListFlavor);
3271       }
3272       if (data == null)
3273       {
3274         // fallback to text: workaround - on OSX where there's a JVM bug
3275         Cache.log.debug("standard URIListFlavor failed. Trying text");
3276         // try text fallback
3277         DataFlavor textDf = new DataFlavor(
3278                 "text/plain;class=java.lang.String");
3279         if (t.isDataFlavorSupported(textDf))
3280         {
3281           data = (String) t.getTransferData(textDf);
3282         }
3283
3284         Cache.log.debug("Plain text drop content returned "
3285                 + (data == null ? "Null - failed" : data));
3286
3287       }
3288       if (data != null)
3289       {
3290         while (protocols.size() < files.size())
3291         {
3292           Cache.log.debug("Adding missing FILE protocol for "
3293                   + files.get(protocols.size()));
3294           protocols.add(DataSourceType.FILE);
3295         }
3296         for (java.util.StringTokenizer st = new java.util.StringTokenizer(
3297                 data, "\r\n"); st.hasMoreTokens();)
3298         {
3299           added = true;
3300           String s = st.nextToken();
3301           if (s.startsWith("#"))
3302           {
3303             // the line is a comment (as per the RFC 2483)
3304             continue;
3305           }
3306           java.net.URI uri = new java.net.URI(s);
3307           if (uri.getScheme().toLowerCase().startsWith("http"))
3308           {
3309             protocols.add(DataSourceType.URL);
3310             files.add(uri.toString());
3311           }
3312           else
3313           {
3314             // otherwise preserve old behaviour: catch all for file objects
3315             java.io.File file = new java.io.File(uri);
3316             protocols.add(DataSourceType.FILE);
3317             files.add(file.toString());
3318           }
3319         }
3320       }
3321
3322       if (Cache.log.isDebugEnabled())
3323       {
3324         if (data == null || !added)
3325         {
3326
3327           if (t.getTransferDataFlavors() != null
3328                   && t.getTransferDataFlavors().length > 0)
3329           {
3330             Cache.log.debug(
3331                     "Couldn't resolve drop data. Here are the supported flavors:");
3332             for (DataFlavor fl : t.getTransferDataFlavors())
3333             {
3334               Cache.log.debug(
3335                       "Supported transfer dataflavor: " + fl.toString());
3336               Object df = t.getTransferData(fl);
3337               if (df != null)
3338               {
3339                 Cache.log.debug("Retrieves: " + df);
3340               }
3341               else
3342               {
3343                 Cache.log.debug("Retrieved nothing");
3344               }
3345             }
3346           }
3347           else
3348           {
3349             Cache.log.debug("Couldn't resolve dataflavor for drop: "
3350                     + t.toString());
3351           }
3352         }
3353       }
3354     }
3355     if (Platform.isWindowsAndNotJS())
3356     {
3357       Cache.log.debug("Scanning dropped content for Windows Link Files");
3358
3359       // resolve any .lnk files in the file drop
3360       for (int f = 0; f < files.size(); f++)
3361       {
3362         String source = files.get(f).toString().toLowerCase();
3363         if (protocols.get(f).equals(DataSourceType.FILE)
3364                 && (source.endsWith(".lnk") || source.endsWith(".url")
3365                         || source.endsWith(".site")))
3366         {
3367           try
3368           {
3369             Object obj = files.get(f);
3370             File lf = (obj instanceof File ? (File) obj
3371                     : new File((String) obj));
3372             // process link file to get a URL
3373             Cache.log.debug("Found potential link file: " + lf);
3374             WindowsShortcut wscfile = new WindowsShortcut(lf);
3375             String fullname = wscfile.getRealFilename();
3376             protocols.set(f, FormatAdapter.checkProtocol(fullname));
3377             files.set(f, fullname);
3378             Cache.log.debug("Parsed real filename " + fullname
3379                     + " to extract protocol: " + protocols.get(f));
3380           } catch (Exception ex)
3381           {
3382             Cache.log.error(
3383                     "Couldn't parse " + files.get(f) + " as a link file.",
3384                     ex);
3385           }
3386         }
3387       }
3388     }
3389   }
3390
3391   /**
3392    * Sets the Preferences property for experimental features to True or False
3393    * depending on the state of the controlling menu item
3394    */
3395   @Override
3396   protected void showExperimental_actionPerformed(boolean selected)
3397   {
3398     Cache.setProperty(EXPERIMENTAL_FEATURES, Boolean.toString(selected));
3399   }
3400
3401   /**
3402    * Answers a (possibly empty) list of any structure viewer frames (currently
3403    * for either Jmol or Chimera) which are currently open. This may optionally
3404    * be restricted to viewers of a specified class, or viewers linked to a
3405    * specified alignment panel.
3406    *
3407    * @param apanel
3408    *          if not null, only return viewers linked to this panel
3409    * @param structureViewerClass
3410    *          if not null, only return viewers of this class
3411    * @return
3412    */
3413   public List<StructureViewerBase> getStructureViewers(
3414           AlignmentPanel apanel,
3415           Class<? extends StructureViewerBase> structureViewerClass)
3416   {
3417     List<StructureViewerBase> result = new ArrayList<>();
3418     JInternalFrame[] frames = getAllFrames();
3419
3420     for (JInternalFrame frame : frames)
3421     {
3422       if (frame instanceof StructureViewerBase)
3423       {
3424         if (structureViewerClass == null
3425                 || structureViewerClass.isInstance(frame))
3426         {
3427           if (apanel == null
3428                   || ((StructureViewerBase) frame).isLinkedWith(apanel))
3429           {
3430             result.add((StructureViewerBase) frame);
3431           }
3432         }
3433       }
3434     }
3435     return result;
3436   }
3437
3438 }