src/jalview/gui/Desktop.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.gui;
  20
  21 import jalview.io.*;
  22
  23 import java.awt.*;
  24 import java.awt.datatransfer.*;
  25 import java.awt.dnd.*;
  26 import java.awt.event.*;
  27
  28 import javax.swing.*;
  29
  30
  31 /**
  32  * DOCUMENT ME!
  33  *
  34  * @author $author$
  35  * @version $Revision$
  36  */
  37 public class Desktop extends jalview.jbgui.GDesktop
  38     implements DropTargetListener
  39 {
  40     /** DOCUMENT ME!! */
  41     public static JDesktopPane desktop;
  42     static int openFrameCount = 0;
  43     static final int xOffset = 30;
  44     static final int yOffset = 30;
  45     public static jalview.ws.Discoverer discoverer;
  46     /**
  47      * Creates a new Desktop object.
  48      */
  49     public Desktop()
  50     {
  51         Image image = null;
  52
  53         try
  54         {
  55             java.net.URL url = getClass().getResource("/images/logo.gif");
  56
  57             if (url != null)
  58             {
  59                 image = java.awt.Toolkit.getDefaultToolkit().createImage(url);
  60
  61                 MediaTracker mt = new MediaTracker(this);
  62                 mt.addImage(image, 0);
  63                 mt.waitForID(0);
  64                 setIconImage(image);
  65             }
  66         }
  67         catch (Exception ex)
  68         {
  69         }
  70
  71         setTitle("Jalview 2005");
  72         setDefaultCloseOperation(JFrame.EXIT_ON_CLOSE);
  73         desktop = new JDesktopPane();
  74         desktop.setBackground(Color.white);
  75         setContentPane(desktop);
  76         desktop.setDragMode(JDesktopPane.OUTLINE_DRAG_MODE);
  77
  78         // This line prevents Windows Look&Feel resizing all new windows to maximum
  79         // if previous window was maximised
  80         desktop.setDesktopManager(new DefaultDesktopManager());
  81
  82         Dimension screenSize = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
  83         String x = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_X");
  84         String y = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_Y");
  85         String width = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_WIDTH");
  86         String height = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_HEIGHT");
  87
  88         if ((x != null) && (y != null) && (width != null) && (height != null))
  89         {
  90             setBounds(Integer.parseInt(x), Integer.parseInt(y),
  91                 Integer.parseInt(width), Integer.parseInt(height));
  92         }
  93         else
  94         {
  95             setBounds((int) (screenSize.width - 900) / 2,
  96                 (int) (screenSize.height - 650) / 2, 900, 650);
  97         }
  98
  99         this.addWindowListener(new WindowAdapter()
 100             {
 101                 public void windowClosing(WindowEvent evt)
 102                 {
 103                     quit();
 104                 }
 105             });
 106
 107         this.setDropTarget(new java.awt.dnd.DropTarget(desktop, this));
 108
 109         /////////Add a splashscreen on startup
 110         /////////Add a splashscreen on startup
 111         JInternalFrame frame = new JInternalFrame();
 112
 113         SplashScreen splash = new SplashScreen(frame, image);
 114         frame.setContentPane(splash);
 115         frame.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);
 116         frame.setLocation((int) ((getWidth() - 750) / 2),
 117             (int) ((getHeight() - 160) / 2));
 118
 119         addInternalFrame(frame, "", 750, 160, false);
 120
 121         discoverer=new jalview.ws.Discoverer(); // Only gets started if gui is displayed.
 122
 123     }
 124
 125     /**
 126      * DOCUMENT ME!
 127      *
 128      * @param frame DOCUMENT ME!
 129      * @param title DOCUMENT ME!
 130      * @param w DOCUMENT ME!
 131      * @param h DOCUMENT ME!
 132      */
 133     public static synchronized void addInternalFrame(final JInternalFrame frame,
 134         String title, int w, int h)
 135     {
 136         addInternalFrame(frame, title, w, h, true);
 137     }
 138
 139     /**
 140      * DOCUMENT ME!
 141      *
 142      * @param frame DOCUMENT ME!
 143      * @param title DOCUMENT ME!
 144      * @param w DOCUMENT ME!
 145      * @param h DOCUMENT ME!
 146      * @param resizable DOCUMENT ME!
 147      */
 148     public static synchronized void addInternalFrame(final JInternalFrame frame,
 149         String title, int w, int h, boolean resizable)
 150     {
 151
 152       frame.setTitle(title);
 153       if(frame.getWidth()<1 || frame.getHeight()<1)
 154       {
 155         frame.setSize(w, h);
 156       }
 157       // THIS IS A PUBLIC STATIC METHOD, SO IT MAY BE CALLED EVEN IN
 158       // A HEADLESS STATE WHEN NO DESKTOP EXISTS. MUST RETURN
 159       // IF JALVIEW IS RUNNING HEADLESS
 160       /////////////////////////////////////////////////
 161       if (System.getProperty("java.awt.headless") != null
 162           && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true"))
 163       {
 164         return;
 165       }
 166
 167
 168         openFrameCount++;
 169
 170         frame.setVisible(true);
 171         frame.setClosable(true);
 172         frame.setResizable(resizable);
 173         frame.setMaximizable(resizable);
 174         frame.setIconifiable(resizable);
 175         frame.setFrameIcon(null);
 176
 177         if (frame.getX()<1 && frame.getY()<1)
 178        {
 179          frame.setLocation(xOffset * openFrameCount, yOffset * ((openFrameCount-1)%10)+yOffset);
 180        }
 181
 182         final JMenuItem menuItem = new JMenuItem(title);
 183         frame.addInternalFrameListener(new javax.swing.event.InternalFrameAdapter()
 184             {
 185                 public void internalFrameClosed(
 186                     javax.swing.event.InternalFrameEvent evt)
 187                 {
 188                     openFrameCount--;
 189                     windowMenu.remove(menuItem);
 190                     JInternalFrame itf = desktop.getSelectedFrame();
 191                        if (itf != null)
 192                         itf.requestFocus();
 193                 }
 194                 ;
 195             });
 196
 197         menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 198             {
 199                 public void actionPerformed(ActionEvent e)
 200                 {
 201                     try
 202                     {
 203                         frame.setSelected(true);
 204                         frame.setIcon(false);
 205                     }
 206                     catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
 207                     {
 208
 209                     }
 210                 }
 211             });
 212
 213         windowMenu.add(menuItem);
 214
 215         desktop.add(frame);
 216         frame.toFront();
 217         try{
 218           frame.setSelected(true);
 219         }catch(java.beans.PropertyVetoException ve)
 220         {}
 221     }
 222
 223     /**
 224      * DOCUMENT ME!
 225      *
 226      * @param evt DOCUMENT ME!
 227      */
 228     public void dragEnter(DropTargetDragEvent evt)
 229     {
 230     }
 231
 232     /**
 233      * DOCUMENT ME!
 234      *
 235      * @param evt DOCUMENT ME!
 236      */
 237     public void dragExit(DropTargetEvent evt)
 238     {
 239     }
 240
 241     /**
 242      * DOCUMENT ME!
 243      *
 244      * @param evt DOCUMENT ME!
 245      */
 246     public void dragOver(DropTargetDragEvent evt)
 247     {
 248     }
 249
 250     /**
 251      * DOCUMENT ME!
 252      *
 253      * @param evt DOCUMENT ME!
 254      */
 255     public void dropActionChanged(DropTargetDragEvent evt)
 256     {
 257     }
 258
 259     /**
 260      * DOCUMENT ME!
 261      *
 262      * @param evt DOCUMENT ME!
 263      */
 264     public void drop(DropTargetDropEvent evt)
 265     {
 266         Transferable t = evt.getTransferable();
 267
 268         if (!t.isDataFlavorSupported(DataFlavor.javaFileListFlavor))
 269         {
 270             return;
 271         }
 272
 273         evt.acceptDrop(DnDConstants.ACTION_COPY_OR_MOVE);
 274
 275         try
 276         {
 277             java.util.List files = (java.util.List) t.getTransferData(DataFlavor.javaFileListFlavor);
 278
 279             for (int i = 0; i < files.size(); i++)
 280             {
 281                 String file = files.get(i).toString();
 282                 String protocol = "File";
 283                 String format = null;
 284
 285                 if (file.endsWith(".jar"))
 286                 {
 287                   format = "Jalview";
 288
 289                 }
 290                 else
 291                 {
 292                     format = jalview.io.IdentifyFile.Identify(file,
 293                             protocol);
 294                 }
 295                 LoadFile(file, protocol, format);
 296             }
 297         }
 298         catch (Exception ex)
 299         {
 300             ex.printStackTrace();
 301         }
 302     }
 303
 304     /**
 305      * DOCUMENT ME!
 306      *
 307      * @param e DOCUMENT ME!
 308      */
 309     public void inputLocalFileMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
 310     {
 311         JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(
 312                     "LAST_DIRECTORY"),
 313                 new String[]
 314                 {
 315                     "fa, fasta, fastq", "aln", "pfam", "msf", "pir", "blc",
 316                     "jar"
 317                 },
 318                 new String[]
 319                 {
 320                     "Fasta", "Clustal", "PFAM", "MSF", "PIR", "BLC", "Jalview"
 321                 }, jalview.bin.Cache.getProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT"));
 322
 323         chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 324         chooser.setDialogTitle("Open local file");
 325         chooser.setToolTipText("Open");
 326
 327         int value = chooser.showOpenDialog(this);
 328
 329         if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 330         {
 331             String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();
 332             jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",
 333                 chooser.getSelectedFile().getParent());
 334
 335             String format = null;
 336             if (chooser.getSelectedFormat().equals("Jalview"))
 337             {
 338               format = "Jalview";
 339             }
 340             else
 341             {
 342                 format = IdentifyFile.Identify(choice, "File");
 343             }
 344
 345             jalview.bin.Cache.setProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT", format);
 346             LoadFile(choice, "File", format);
 347         }
 348     }
 349
 350     /**
 351      * DOCUMENT ME!
 352      *
 353      * @param file DOCUMENT ME!
 354      * @param protocol DOCUMENT ME!
 355      * @param format DOCUMENT ME!
 356      */
 357     public void LoadFile(String file, String protocol, String format)
 358     {
 359       FileLoader fileLoader = new FileLoader();
 360       fileLoader.LoadFile(file, protocol, format);
 361     }
 362
 363     /**
 364      * DOCUMENT ME!
 365      *
 366      * @param e DOCUMENT ME!
 367      */
 368     public void inputURLMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
 369     {
 370         Object reply = JOptionPane.showInternalInputDialog(Desktop.desktop,
 371                 "Enter url of input file", "Input alignment from URL",
 372                 JOptionPane.QUESTION_MESSAGE, null, null, "http://www.");
 373
 374         if (reply == null)
 375         {
 376             return;
 377         }
 378
 379         String url = reply.toString().trim();
 380
 381         if (url.toLowerCase().endsWith(".jar"))
 382         {
 383                jalview.bin.Cache.setProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT", "Jalview");
 384                Jalview2XML.LoadJalviewAlign(url);
 385         }
 386         else
 387         {
 388
 389           String format = IdentifyFile.Identify(url, "URL");
 390
 391           if (format.equals("URL NOT FOUND"))
 392           {
 393             JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 394                                                   "Couldn't locate " + url,
 395                                                   "URL not found",
 396                                                   JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 397
 398             return;
 399           }
 400
 401           LoadFile(url, "URL", format);
 402         }
 403     }
 404
 405     /**
 406      * DOCUMENT ME!
 407      *
 408      * @param e DOCUMENT ME!
 409      */
 410     public void inputTextboxMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
 411     {
 412         CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 413         cap.setForInput();
 414         Desktop.addInternalFrame(cap, "Cut & Paste Alignment File", 600, 500);
 415     }
 416
 417     /*
 418      * Exit the program
 419      */
 420     public void quit()
 421     {
 422         jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_X", getBounds().x + "");
 423         jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_Y", getBounds().y + "");
 424         jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_WIDTH", getWidth() + "");
 425         jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_HEIGHT", getHeight() + "");
 426         System.exit(0);
 427     }
 428
 429     /**
 430      * DOCUMENT ME!
 431      *
 432      * @param e DOCUMENT ME!
 433      */
 434     public void aboutMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
 435     {
 436       StringBuffer message = new StringBuffer("JalView 2005 version " +
 437                                               jalview.bin.Cache.getProperty(
 438           "VERSION") +
 439                                               "; last updated: " +
 440                                               jalview.bin.
 441                                               Cache.getDefault("BUILD_DATE", "unknown"));
 442
 443       if (!jalview.bin.Cache.getProperty("LATEST_VERSION").equals(
 444           jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION")))
 445       {
 446         message.append("\n\n!! Jalview version "
 447                        + jalview.bin.Cache.getProperty("LATEST_VERSION")
 448                        + " is available for download from http://www.jalview.org !!\n");
 449
 450       }
 451
 452       message.append( "\nAuthors:  Michele Clamp, James Cuff, Steve Searle, Andrew Waterhouse, Jim Procter & Geoff Barton." +
 453             "\nCurrent development managed by Andrew Waterhouse; Barton Group, University of Dundee." +
 454             "\nFor all issues relating to Jalview, email help@jalview.org" +
 455             "\n\nIf  you use JalView, please cite:" +
 456             "\n\"Clamp, M., Cuff, J., Searle, S. M. and Barton, G. J. (2004), The Jalview Java Alignment Editor\"" +
 457             "\nBioinformatics,  2004 12;426-7.");
 458
 459         JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 460
 461            message.toString(), "About Jalview",
 462             JOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);
 463     }
 464
 465     /**
 466      * DOCUMENT ME!
 467      *
 468      * @param e DOCUMENT ME!
 469      */
 470     public void documentationMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
 471     {
 472         try
 473         {
 474             ClassLoader cl = jalview.gui.Desktop.class.getClassLoader();
 475             java.net.URL url = javax.help.HelpSet.findHelpSet(cl, "help/help");
 476             javax.help.HelpSet hs = new javax.help.HelpSet(cl, url);
 477
 478             javax.help.HelpBroker hb = hs.createHelpBroker();
 479             hb.setCurrentID("home");
 480             hb.setDisplayed(true);
 481         }
 482         catch (Exception ex)
 483         {
 484             ex.printStackTrace();
 485         }
 486     }
 487
 488     /**
 489      * DOCUMENT ME!
 490      *
 491      * @param e DOCUMENT ME!
 492      */
 493     protected void preferences_actionPerformed(ActionEvent e)
 494     {
 495         new Preferences();
 496     }
 497
 498     /**
 499      * DOCUMENT ME!
 500      *
 501      * @param e DOCUMENT ME!
 502      */
 503     public void saveState_actionPerformed(ActionEvent e)
 504     {
 505         JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(
 506                     "LAST_DIRECTORY"), new String[] { "jar" },
 507                 new String[] { "Jalview Project" }, "Jalview Project");
 508
 509         chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 510         chooser.setDialogTitle("Save State");
 511
 512         int value = chooser.showSaveDialog(this);
 513
 514         if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 515         {
 516             java.io.File choice = chooser.getSelectedFile();
 517             jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", choice.getParent());
 518             Jalview2XML.SaveState(choice);
 519         }
 520     }
 521
 522     /**
 523      * DOCUMENT ME!
 524      *
 525      * @param e DOCUMENT ME!
 526      */
 527     public void loadState_actionPerformed(ActionEvent e)
 528     {
 529         JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(
 530                     "LAST_DIRECTORY"), new String[] { "jar" },
 531                 new String[] { "Jalview Project" }, "Jalview Project");
 532         chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 533         chooser.setDialogTitle("Restore state");
 534
 535         int value = chooser.showOpenDialog(this);
 536
 537         if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 538         {
 539             String choice = chooser.getSelectedFile().getAbsolutePath();
 540             jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",
 541                 chooser.getSelectedFile().getParent());
 542             Jalview2XML.LoadJalviewAlign(choice);
 543         }
 544     }
 545
 546 }
 547