src/jalview/gui/Desktop.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.gui;
  20
  21 import jalview.io.*;
  22
  23 import java.awt.*;
  24 import java.awt.datatransfer.*;
  25 import java.awt.dnd.*;
  26 import java.awt.event.*;
  27
  28 import javax.swing.*;
  29
  30
  31 /**
  32  * DOCUMENT ME!
  33  *
  34  * @author $author$
  35  * @version $Revision$
  36  */
  37 public class Desktop extends jalview.jbgui.GDesktop
  38     implements DropTargetListener
  39 {
  40     /** DOCUMENT ME!! */
  41     public static JDesktopPane desktop;
  42     static int openFrameCount = 0;
  43     static final int xOffset = 30;
  44     static final int yOffset = 30;
  45     public static jalview.ws.Discoverer discoverer;
  46     /**
  47      * Creates a new Desktop object.
  48      */
  49     public Desktop()
  50     {
  51         Image image = null;
  52
  53         try
  54         {
  55             java.net.URL url = getClass().getResource("/images/logo.gif");
  56
  57             if (url != null)
  58             {
  59                 image = java.awt.Toolkit.getDefaultToolkit().createImage(url);
  60
  61                 MediaTracker mt = new MediaTracker(this);
  62                 mt.addImage(image, 0);
  63                 mt.waitForID(0);
  64                 setIconImage(image);
  65             }
  66         }
  67         catch (Exception ex)
  68         {
  69         }
  70
  71         setTitle("Jalview 2005");
  72         setDefaultCloseOperation(JFrame.EXIT_ON_CLOSE);
  73         desktop = new JDesktopPane();
  74         desktop.setBackground(Color.white);
  75         setContentPane(desktop);
  76         desktop.setDragMode(JDesktopPane.OUTLINE_DRAG_MODE);
  77
  78         // This line prevents Windows Look&Feel resizing all new windows to maximum
  79         // if previous window was maximised
  80         desktop.setDesktopManager(new DefaultDesktopManager());
  81
  82         Dimension screenSize = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
  83         String x = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_X");
  84         String y = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_Y");
  85         String width = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_WIDTH");
  86         String height = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_HEIGHT");
  87
  88         if ((x != null) && (y != null) && (width != null) && (height != null))
  89         {
  90             setBounds(Integer.parseInt(x), Integer.parseInt(y),
  91                 Integer.parseInt(width), Integer.parseInt(height));
  92         }
  93         else
  94         {
  95             setBounds((int) (screenSize.width - 900) / 2,
  96                 (int) (screenSize.height - 650) / 2, 900, 650);
  97         }
  98
  99         this.addWindowListener(new WindowAdapter()
 100             {
 101                 public void windowClosing(WindowEvent evt)
 102                 {
 103                     quit();
 104                 }
 105             });
 106
 107         this.setDropTarget(new java.awt.dnd.DropTarget(desktop, this));
 108
 109         /////////Add a splashscreen on startup
 110         /////////Add a splashscreen on startup
 111         JInternalFrame frame = new JInternalFrame();
 112
 113         SplashScreen splash = new SplashScreen(frame, image);
 114         frame.setContentPane(splash);
 115         frame.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);
 116         addInternalFrame(frame, "", 750, 160, false);
 117         frame.setLocation((int) ((getWidth() - 750) / 2),
 118             (int) ((getHeight() - 160) / 2));
 119       discoverer=new jalview.ws.Discoverer(); // Only gets started if gui is displayed.
 120     }
 121
 122     /**
 123      * DOCUMENT ME!
 124      *
 125      * @param frame DOCUMENT ME!
 126      * @param title DOCUMENT ME!
 127      * @param w DOCUMENT ME!
 128      * @param h DOCUMENT ME!
 129      */
 130     public static void addInternalFrame(final JInternalFrame frame,
 131         String title, int w, int h)
 132     {
 133         addInternalFrame(frame, title, w, h, true);
 134     }
 135
 136     /**
 137      * DOCUMENT ME!
 138      *
 139      * @param frame DOCUMENT ME!
 140      * @param title DOCUMENT ME!
 141      * @param w DOCUMENT ME!
 142      * @param h DOCUMENT ME!
 143      * @param resizable DOCUMENT ME!
 144      */
 145     public static void addInternalFrame(final JInternalFrame frame,
 146         String title, int w, int h, boolean resizable)
 147     {
 148
 149       frame.setTitle(title);
 150       if(w!=AlignFrame.NEW_WINDOW_WIDTH &&
 151         h!=AlignFrame.NEW_WINDOW_HEIGHT)
 152        frame.setSize(w, h);
 153
 154       // THIS IS A PUBLIC STATIC METHOD, SO IT MAY BE CALLED EVEN IN
 155       // A HEADLESS STATE WHEN NO DESKTOP EXISTS. MUST RETURN
 156       // IF JALVIEW IS RUNNING HEADLESS
 157       /////////////////////////////////////////////////
 158       if (System.getProperty("java.awt.headless") != null
 159           && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true"))
 160       {
 161         return;
 162       }
 163
 164
 165         desktop.add(frame);
 166         openFrameCount++;
 167
 168         try
 169         {
 170             frame.setSelected(true);
 171         }
 172         catch (java.beans.PropertyVetoException e)
 173         {
 174         }
 175
 176         frame.setClosable(true);
 177         frame.setResizable(resizable);
 178         frame.setMaximizable(resizable);
 179         frame.setIconifiable(resizable);
 180         frame.setFrameIcon(null);
 181         if (w != AlignFrame.NEW_WINDOW_WIDTH &&
 182             h != AlignFrame.NEW_WINDOW_HEIGHT)
 183           frame.setLocation(xOffset * openFrameCount, yOffset * openFrameCount);
 184         frame.toFront();
 185
 186         final JMenuItem menuItem = new JMenuItem(title);
 187         frame.addInternalFrameListener(new javax.swing.event.InternalFrameAdapter()
 188             {
 189                 public void internalFrameClosed(
 190                     javax.swing.event.InternalFrameEvent evt)
 191                 {
 192                     openFrameCount--;
 193                     windowMenu.remove(menuItem);
 194                 }
 195                 ;
 196             });
 197
 198         menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 199             {
 200                 public void actionPerformed(ActionEvent e)
 201                 {
 202                     try
 203                     {
 204                         frame.setSelected(true);
 205                         frame.setIcon(false);
 206                     }
 207                     catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
 208                     {
 209                     }
 210
 211                     ;
 212                 }
 213             });
 214
 215         frame.setVisible(true);
 216         windowMenu.add(menuItem);
 217     }
 218
 219     /**
 220      * DOCUMENT ME!
 221      *
 222      * @param evt DOCUMENT ME!
 223      */
 224     public void dragEnter(DropTargetDragEvent evt)
 225     {
 226     }
 227
 228     /**
 229      * DOCUMENT ME!
 230      *
 231      * @param evt DOCUMENT ME!
 232      */
 233     public void dragExit(DropTargetEvent evt)
 234     {
 235     }
 236
 237     /**
 238      * DOCUMENT ME!
 239      *
 240      * @param evt DOCUMENT ME!
 241      */
 242     public void dragOver(DropTargetDragEvent evt)
 243     {
 244     }
 245
 246     /**
 247      * DOCUMENT ME!
 248      *
 249      * @param evt DOCUMENT ME!
 250      */
 251     public void dropActionChanged(DropTargetDragEvent evt)
 252     {
 253     }
 254
 255     /**
 256      * DOCUMENT ME!
 257      *
 258      * @param evt DOCUMENT ME!
 259      */
 260     public void drop(DropTargetDropEvent evt)
 261     {
 262         Transferable t = evt.getTransferable();
 263
 264         if (!t.isDataFlavorSupported(DataFlavor.javaFileListFlavor))
 265         {
 266             return;
 267         }
 268
 269         evt.acceptDrop(DnDConstants.ACTION_COPY_OR_MOVE);
 270
 271         try
 272         {
 273             java.util.List files = (java.util.List) t.getTransferData(DataFlavor.javaFileListFlavor);
 274
 275             for (int i = 0; i < files.size(); i++)
 276             {
 277                 String file = files.get(i).toString();
 278                 String protocol = "File";
 279                 String format = null;
 280
 281                 if (file.endsWith(".jar"))
 282                 {
 283                   format = "Jalview";
 284
 285                 }
 286                 else
 287                 {
 288                     format = jalview.io.IdentifyFile.Identify(file,
 289                             protocol);
 290                 }
 291                 LoadFile(file, protocol, format);
 292             }
 293         }
 294         catch (Exception ex)
 295         {
 296             ex.printStackTrace();
 297         }
 298     }
 299
 300     /**
 301      * DOCUMENT ME!
 302      *
 303      * @param e DOCUMENT ME!
 304      */
 305     public void inputLocalFileMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
 306     {
 307         JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(
 308                     "LAST_DIRECTORY"),
 309                 new String[]
 310                 {
 311                     "fa, fasta, fastq", "aln", "pfam", "msf", "pir", "blc",
 312                     "jar"
 313                 },
 314                 new String[]
 315                 {
 316                     "Fasta", "Clustal", "PFAM", "MSF", "PIR", "BLC", "Jalview"
 317                 }, jalview.bin.Cache.getProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT"));
 318
 319         chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 320         chooser.setDialogTitle("Open local file");
 321         chooser.setToolTipText("Open");
 322
 323         int value = chooser.showOpenDialog(this);
 324
 325         if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 326         {
 327             String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();
 328             jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",
 329                 chooser.getSelectedFile().getParent());
 330
 331             String format = null;
 332             if (chooser.getSelectedFormat().equals("Jalview"))
 333             {
 334               format = "Jalview";
 335             }
 336             else
 337             {
 338                 format = IdentifyFile.Identify(choice, "File");
 339             }
 340
 341             jalview.bin.Cache.setProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT", format);
 342             LoadFile(choice, "File", format);
 343         }
 344     }
 345
 346     /**
 347      * DOCUMENT ME!
 348      *
 349      * @param file DOCUMENT ME!
 350      * @param protocol DOCUMENT ME!
 351      * @param format DOCUMENT ME!
 352      */
 353     public void LoadFile(String file, String protocol, String format)
 354     {
 355       FileLoader fileLoader = new FileLoader();
 356       fileLoader.LoadFile(file, protocol, format);
 357     }
 358
 359     /**
 360      * DOCUMENT ME!
 361      *
 362      * @param e DOCUMENT ME!
 363      */
 364     public void inputURLMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
 365     {
 366         String url = JOptionPane.showInternalInputDialog(Desktop.desktop,
 367                 "Enter url of input file", "Input alignment from URL",
 368                 JOptionPane.QUESTION_MESSAGE, null, null, "http://www.")
 369                                 .toString();
 370
 371         if (url == null)
 372         {
 373             return;
 374         }
 375
 376         if (url.trim().toLowerCase().endsWith(".jar"))
 377         {
 378                jalview.bin.Cache.setProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT", "Jalview");
 379                Jalview2XML.LoadJalviewAlign(url);
 380         }
 381         else
 382         {
 383
 384           String format = IdentifyFile.Identify(url, "URL");
 385
 386           if (format.equals("URL NOT FOUND"))
 387           {
 388             JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 389                                                   "Couldn't locate " + url,
 390                                                   "URL not found",
 391                                                   JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 392
 393             return;
 394           }
 395
 396           LoadFile(url, "URL", format);
 397         }
 398     }
 399
 400     /**
 401      * DOCUMENT ME!
 402      *
 403      * @param e DOCUMENT ME!
 404      */
 405     public void inputTextboxMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
 406     {
 407         CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 408         cap.setForInput();
 409         Desktop.addInternalFrame(cap, "Cut & Paste Alignment File", 600, 500);
 410     }
 411
 412     /*
 413      * Exit the program
 414      */
 415     public void quit()
 416     {
 417         jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_X", getBounds().x + "");
 418         jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_Y", getBounds().y + "");
 419         jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_WIDTH", getWidth() + "");
 420         jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_HEIGHT", getHeight() + "");
 421         System.exit(0);
 422     }
 423
 424     /**
 425      * DOCUMENT ME!
 426      *
 427      * @param e DOCUMENT ME!
 428      */
 429     public void aboutMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
 430     {
 431       StringBuffer message = new StringBuffer("JalView 2005 version " +
 432                                               jalview.bin.Cache.getProperty(
 433           "VERSION") +
 434                                               "; last updated: " +
 435                                               jalview.bin.
 436                                               Cache.getDefault("BUILD_DATE", "unknown"));
 437
 438       if (!jalview.bin.Cache.getProperty("LATEST_VERSION").equals(
 439           jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION")))
 440       {
 441         message.append("\n\n!! Jalview version "
 442                        + jalview.bin.Cache.getProperty("LATEST_VERSION")
 443                        + " is available for download from http://www.jalview.org !!\n");
 444
 445       }
 446
 447       message.append( "\nAuthors:  Michele Clamp, James Cuff, Steve Searle, Andrew Waterhouse, Jim Procter & Geoff Barton." +
 448             "\nCurrent development managed by Andrew Waterhouse; Barton Group, University of Dundee." +
 449             "\nFor all issues relating to Jalview, email help@jalview.org" +
 450             "\n\nIf  you use JalView, please cite:" +
 451             "\n\"Clamp, M., Cuff, J., Searle, S. M. and Barton, G. J. (2004), The Jalview Java Alignment Editor\"" +
 452             "\nBioinformatics,  2004 12;426-7.");
 453
 454         JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 455
 456            message.toString(), "About Jalview",
 457             JOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);
 458     }
 459
 460     /**
 461      * DOCUMENT ME!
 462      *
 463      * @param e DOCUMENT ME!
 464      */
 465     public void documentationMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
 466     {
 467         try
 468         {
 469             ClassLoader cl = jalview.gui.Desktop.class.getClassLoader();
 470             java.net.URL url = javax.help.HelpSet.findHelpSet(cl, "help/help");
 471             javax.help.HelpSet hs = new javax.help.HelpSet(cl, url);
 472
 473             javax.help.HelpBroker hb = hs.createHelpBroker();
 474             hb.setLocation(new Point(200, 50));
 475             hb.setSize(new Dimension(800, 700));
 476             hb.setCurrentID("home");
 477             hb.setDisplayed(true);
 478         }
 479         catch (Exception ex)
 480         {
 481             ex.printStackTrace();
 482         }
 483     }
 484
 485     /**
 486      * DOCUMENT ME!
 487      *
 488      * @param e DOCUMENT ME!
 489      */
 490     protected void preferences_actionPerformed(ActionEvent e)
 491     {
 492         new Preferences();
 493     }
 494
 495     /**
 496      * DOCUMENT ME!
 497      *
 498      * @param e DOCUMENT ME!
 499      */
 500     public void saveState_actionPerformed(ActionEvent e)
 501     {
 502         JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(
 503                     "LAST_DIRECTORY"), new String[] { "jar" },
 504                 new String[] { "Jalview Project" }, "Jalview Project");
 505
 506         chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 507         chooser.setDialogTitle("Save State");
 508
 509         int value = chooser.showSaveDialog(this);
 510
 511         if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 512         {
 513             java.io.File choice = chooser.getSelectedFile();
 514             jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", choice.getParent());
 515             Jalview2XML.SaveState(choice);
 516         }
 517     }
 518
 519     /**
 520      * DOCUMENT ME!
 521      *
 522      * @param e DOCUMENT ME!
 523      */
 524     public void loadState_actionPerformed(ActionEvent e)
 525     {
 526         JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(
 527                     "LAST_DIRECTORY"), new String[] { "jar" },
 528                 new String[] { "Jalview Project" }, "Jalview Project");
 529         chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 530         chooser.setDialogTitle("Restore state");
 531
 532         int value = chooser.showOpenDialog(this);
 533
 534         if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 535         {
 536             String choice = chooser.getSelectedFile().getAbsolutePath();
 537             jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",
 538                 chooser.getSelectedFile().getParent());
 539             Jalview2XML.LoadJalviewAlign(choice);
 540         }
 541     }
 542
 543 }
 544