src/jalview/gui/Desktop.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.gui;
  20
  21 import jalview.io.*;
  22 import java.awt.*;
  23 import java.awt.datatransfer.*;
  24 import java.awt.dnd.*;
  25 import java.awt.event.*;
  26 import java.util.*;
  27
  28 import javax.swing.*;
  29
  30 /**
  31  * DOCUMENT ME!
  32  *
  33  * @author $author$
  34  * @version $Revision$
  35  */
  36 public class Desktop
  37     extends jalview.jbgui.GDesktop implements DropTargetListener,
  38     ClipboardOwner
  39 {
  40   /** DOCUMENT ME!! */
  41   public static Desktop instance;
  42
  43   //Need to decide if the Memory Usage is to be included in
  44   //Next release or not.
  45  // public static MyDesktopPane desktop;
  46    public static JDesktopPane desktop;
  47
  48
  49   static int openFrameCount = 0;
  50   static final int xOffset = 30;
  51   static final int yOffset = 30;
  52   public static jalview.ws.Discoverer discoverer;
  53
  54   public static Object[] jalviewClipboard;
  55   public static boolean internalCopy = false;
  56
  57   static int fileLoadingCount = 0;
  58
  59   /**
  60    * Creates a new Desktop object.
  61    */
  62   public Desktop()
  63   {
  64     instance = this;
  65     doVamsasClientCheck();
  66     Image image = null;
  67
  68
  69     try
  70     {
  71       java.net.URL url = getClass().getResource("/images/logo.gif");
  72
  73       if (url != null)
  74       {
  75         image = java.awt.Toolkit.getDefaultToolkit().createImage(url);
  76
  77         MediaTracker mt = new MediaTracker(this);
  78         mt.addImage(image, 0);
  79         mt.waitForID(0);
  80         setIconImage(image);
  81       }
  82     }
  83     catch (Exception ex)
  84     {
  85     }
  86
  87     setTitle("Jalview " + jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION"));
  88     setDefaultCloseOperation(JFrame.EXIT_ON_CLOSE);
  89
  90   // desktop = new MyDesktopPane(true);
  91     desktop = new JDesktopPane();
  92     desktop.setBackground(Color.white);
  93     getContentPane().setLayout(new BorderLayout());
  94     getContentPane().add(desktop, BorderLayout.CENTER);
  95     desktop.setDragMode(JDesktopPane.OUTLINE_DRAG_MODE);
  96
  97     // This line prevents Windows Look&Feel resizing all new windows to maximum
  98     // if previous window was maximised
  99     desktop.setDesktopManager(new DefaultDesktopManager());
 100
 101     Dimension screenSize = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
 102     String x = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_X");
 103     String y = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_Y");
 104     String width = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_WIDTH");
 105     String height = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_HEIGHT");
 106
 107     if ( (x != null) && (y != null) && (width != null) && (height != null))
 108     {
 109       setBounds(Integer.parseInt(x), Integer.parseInt(y),
 110                 Integer.parseInt(width), Integer.parseInt(height));
 111     }
 112     else
 113     {
 114       setBounds( (int) (screenSize.width - 900) / 2,
 115                 (int) (screenSize.height - 650) / 2, 900, 650);
 116     }
 117
 118     this.addWindowListener(new WindowAdapter()
 119     {
 120       public void windowClosing(WindowEvent evt)
 121       {
 122         quit();
 123       }
 124     });
 125
 126     this.addMouseListener(new MouseAdapter()
 127         {
 128           public void mousePressed(MouseEvent evt)
 129           {
 130             if(SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))
 131             {
 132               showPasteMenu(evt.getX(), evt.getY());
 133             }
 134           }
 135         });
 136
 137
 138     this.setDropTarget(new java.awt.dnd.DropTarget(desktop, this));
 139
 140     /////////Add a splashscreen on startup
 141     /////////Add a splashscreen on startup
 142     JInternalFrame frame = new JInternalFrame();
 143
 144     SplashScreen splash = new SplashScreen(frame, image);
 145     frame.setContentPane(splash);
 146     frame.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);
 147     frame.setLocation( (int) ( (getWidth() - 750) / 2),
 148                       (int) ( (getHeight() - 160) / 2));
 149
 150     addInternalFrame(frame, "", 750, 160, false);
 151
 152     discoverer = new jalview.ws.Discoverer(); // Only gets started if gui is displayed.
 153   }
 154
 155   private void doVamsasClientCheck()
 156   {
 157     if (jalview.bin.Cache.vamsasJarsPresent())
 158     {
 159       VamsasMenu.setVisible(true);
 160       vamsasLoad.setVisible(true);
 161     }
 162   }
 163
 164   void showPasteMenu(int x, int y)
 165   {
 166     JPopupMenu popup = new JPopupMenu();
 167     JMenuItem item = new JMenuItem("Paste To New Window");
 168     item.addActionListener(new ActionListener()
 169     {
 170       public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 171       {
 172         paste();
 173       }
 174     });
 175
 176     popup.add(item);
 177     popup.show(this, x, y);
 178   }
 179
 180   public void paste()
 181   {
 182     try
 183     {
 184       Clipboard c = Toolkit.getDefaultToolkit().getSystemClipboard();
 185       Transferable contents = c.getContents(this);
 186
 187       if (contents != null)
 188       {
 189         String file = (String) contents
 190             .getTransferData(DataFlavor.stringFlavor);
 191
 192         String format = new IdentifyFile().Identify(file,
 193                                                     FormatAdapter.PASTE);
 194
 195         new FileLoader().LoadFile(file, FormatAdapter.PASTE, format);
 196
 197       }
 198     }
 199     catch (Exception ex)
 200     {
 201       System.out.println("Unable to paste alignment from system clipboard:\n"
 202                          + ex);
 203     }
 204   }
 205
 206   /**
 207    * DOCUMENT ME!
 208    *
 209    * @param frame DOCUMENT ME!
 210    * @param title DOCUMENT ME!
 211    * @param w DOCUMENT ME!
 212    * @param h DOCUMENT ME!
 213    */
 214   public static synchronized void addInternalFrame(final JInternalFrame frame,
 215       String title, int w, int h)
 216   {
 217     addInternalFrame(frame, title, w, h, true);
 218   }
 219
 220   /**
 221    * DOCUMENT ME!
 222    *
 223    * @param frame DOCUMENT ME!
 224    * @param title DOCUMENT ME!
 225    * @param w DOCUMENT ME!
 226    * @param h DOCUMENT ME!
 227    * @param resizable DOCUMENT ME!
 228    */
 229   public static synchronized void addInternalFrame(final JInternalFrame frame,
 230       String title, int w, int h, boolean resizable)
 231   {
 232
 233     frame.setTitle(title);
 234     if (frame.getWidth() < 1 || frame.getHeight() < 1)
 235     {
 236       frame.setSize(w, h);
 237     }
 238     // THIS IS A PUBLIC STATIC METHOD, SO IT MAY BE CALLED EVEN IN
 239     // A HEADLESS STATE WHEN NO DESKTOP EXISTS. MUST RETURN
 240     // IF JALVIEW IS RUNNING HEADLESS
 241     /////////////////////////////////////////////////
 242     if (System.getProperty("java.awt.headless") != null
 243         && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true"))
 244     {
 245       return;
 246     }
 247
 248     openFrameCount++;
 249
 250     frame.setVisible(true);
 251     frame.setClosable(true);
 252     frame.setResizable(resizable);
 253     frame.setMaximizable(resizable);
 254     frame.setIconifiable(resizable);
 255     frame.setFrameIcon(null);
 256
 257     if (frame.getX() < 1 && frame.getY() < 1)
 258     {
 259       frame.setLocation(xOffset * openFrameCount,
 260                         yOffset * ( (openFrameCount - 1) % 10) + yOffset);
 261     }
 262
 263     final JMenuItem menuItem = new JMenuItem(title);
 264     frame.addInternalFrameListener(new javax.swing.event.InternalFrameAdapter()
 265     {
 266       public void internalFrameActivated(javax.swing.event.
 267                                          InternalFrameEvent evt)
 268       {
 269         JInternalFrame itf = desktop.getSelectedFrame();
 270         if (itf != null)
 271         {
 272           itf.requestFocus();
 273         }
 274
 275       }
 276
 277       public void internalFrameClosed(
 278           javax.swing.event.InternalFrameEvent evt)
 279       {
 280         PaintRefresher.RemoveComponent(frame);
 281         openFrameCount--;
 282         windowMenu.remove(menuItem);
 283         JInternalFrame itf = desktop.getSelectedFrame();
 284         if (itf != null)
 285         {
 286           itf.requestFocus();
 287         }
 288         System.gc();
 289       }
 290       ;
 291     });
 292
 293     menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 294     {
 295       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 296       {
 297         try
 298         {
 299           frame.setSelected(true);
 300           frame.setIcon(false);
 301         }
 302         catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
 303         {
 304
 305         }
 306       }
 307     });
 308
 309     windowMenu.add(menuItem);
 310
 311     desktop.add(frame);
 312     frame.toFront();
 313     try
 314     {
 315       frame.setSelected(true);
 316       frame.requestFocus();
 317     }
 318     catch (java.beans.PropertyVetoException ve)
 319     {}
 320   }
 321
 322   public void lostOwnership(Clipboard clipboard, Transferable contents)
 323   {
 324     if (!internalCopy)
 325     {
 326       Desktop.jalviewClipboard = null;
 327     }
 328
 329     internalCopy = false;
 330   }
 331
 332   public void dragEnter(DropTargetDragEvent evt)
 333   {}
 334
 335   public void dragExit(DropTargetEvent evt)
 336   {}
 337
 338   public void dragOver(DropTargetDragEvent evt)
 339   {}
 340
 341   public void dropActionChanged(DropTargetDragEvent evt)
 342   {}
 343
 344   /**
 345    * DOCUMENT ME!
 346    *
 347    * @param evt DOCUMENT ME!
 348    */
 349   public void drop(DropTargetDropEvent evt)
 350   {
 351     Transferable t = evt.getTransferable();
 352     java.util.List files = null;
 353
 354     try
 355     {
 356       DataFlavor uriListFlavor = new DataFlavor(
 357           "text/uri-list;class=java.lang.String");
 358       if (t.isDataFlavorSupported(DataFlavor.javaFileListFlavor))
 359       {
 360         //Works on Windows and MacOSX
 361         evt.acceptDrop(DnDConstants.ACTION_COPY_OR_MOVE);
 362         files = (java.util.List) t.getTransferData(DataFlavor.
 363             javaFileListFlavor);
 364       }
 365       else if (t.isDataFlavorSupported(uriListFlavor))
 366       {
 367         // This is used by Unix drag system
 368         evt.acceptDrop(DnDConstants.ACTION_COPY_OR_MOVE);
 369         String data = (String) t.getTransferData(uriListFlavor);
 370         files = new java.util.ArrayList(1);
 371         for (java.util.StringTokenizer st = new java.util.StringTokenizer(
 372             data,
 373             "\r\n");
 374              st.hasMoreTokens(); )
 375         {
 376           String s = st.nextToken();
 377           if (s.startsWith("#"))
 378           {
 379             // the line is a comment (as per the RFC 2483)
 380             continue;
 381           }
 382
 383           java.net.URI uri = new java.net.URI(s);
 384           java.io.File file = new java.io.File(uri);
 385           files.add(file);
 386         }
 387       }
 388     }
 389     catch (Exception e)
 390     {}
 391
 392     if (files != null)
 393     {
 394       try
 395       {
 396         for (int i = 0; i < files.size(); i++)
 397         {
 398           String file = files.get(i).toString();
 399           String protocol = FormatAdapter.FILE;
 400           String format = null;
 401
 402           if (file.endsWith(".jar"))
 403           {
 404             format = "Jalview";
 405
 406           }
 407           else
 408           {
 409             format = new IdentifyFile().Identify(file,
 410                                                  protocol);
 411           }
 412
 413           new FileLoader().LoadFile(file, protocol, format);
 414
 415         }
 416       }
 417       catch (Exception ex)
 418       {}
 419     }
 420   }
 421
 422   /**
 423    * DOCUMENT ME!
 424    *
 425    * @param e DOCUMENT ME!
 426    */
 427   public void inputLocalFileMenuItem_actionPerformed(AlignViewport viewport)
 428   {
 429     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.
 430         getProperty(
 431             "LAST_DIRECTORY"),
 432         new String[]
 433         {
 434         "fa, fasta, fastq", "aln", "pfam", "msf", "pir", "blc",
 435         "jar"
 436     },
 437         new String[]
 438         {
 439         "Fasta", "Clustal", "PFAM", "MSF", "PIR", "BLC", "Jalview"
 440     }, jalview.bin.Cache.getProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT"));
 441
 442     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 443     chooser.setDialogTitle("Open local file");
 444     chooser.setToolTipText("Open");
 445
 446     int value = chooser.showOpenDialog(this);
 447
 448     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 449     {
 450       String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();
 451       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",
 452                                     chooser.getSelectedFile().getParent());
 453
 454       String format = null;
 455       if (chooser.getSelectedFormat().equals("Jalview"))
 456       {
 457         format = "Jalview";
 458       }
 459       else
 460       {
 461         format = new IdentifyFile().Identify(choice, FormatAdapter.FILE);
 462       }
 463
 464       if (viewport != null)
 465       {
 466         new FileLoader().LoadFile(viewport, choice, FormatAdapter.FILE, format);
 467       }
 468       else
 469       {
 470         new FileLoader().LoadFile(choice, FormatAdapter.FILE, format);
 471       }
 472     }
 473   }
 474
 475   /**
 476    * DOCUMENT ME!
 477    *
 478    * @param e DOCUMENT ME!
 479    */
 480   public void inputURLMenuItem_actionPerformed(AlignViewport viewport)
 481   {
 482     // This construct allows us to have a wider textfield
 483     // for viewing
 484     JLabel label = new JLabel("Enter URL of Input File");
 485     final JComboBox history = new JComboBox();
 486
 487     JPanel panel = new JPanel(new GridLayout(2, 1));
 488     panel.add(label);
 489     panel.add(history);
 490     history.setPreferredSize(new Dimension(400, 20));
 491     history.setEditable(true);
 492     history.addItem("http://www.");
 493
 494     String historyItems = jalview.bin.Cache.getProperty("RECENT_URL");
 495
 496     StringTokenizer st;
 497
 498     if (historyItems != null)
 499     {
 500       st = new StringTokenizer(historyItems, "\t");
 501
 502       while (st.hasMoreTokens())
 503       {
 504         history.addItem(st.nextElement());
 505       }
 506     }
 507
 508     int reply = JOptionPane.showInternalConfirmDialog(desktop,
 509         panel, "Input Alignment From URL",
 510         JOptionPane.OK_CANCEL_OPTION);
 511
 512     if (reply != JOptionPane.OK_OPTION)
 513     {
 514       return;
 515     }
 516
 517     String url = history.getSelectedItem().toString();
 518
 519     if (url.toLowerCase().endsWith(".jar"))
 520     {
 521       if (viewport != null)
 522       {
 523         new FileLoader().LoadFile(viewport, url, FormatAdapter.URL, "Jalview");
 524       }
 525       else
 526       {
 527         new FileLoader().LoadFile(url, FormatAdapter.URL, "Jalview");
 528       }
 529     }
 530     else
 531     {
 532       String format = new IdentifyFile().Identify(url, FormatAdapter.URL);
 533
 534       if (format.equals("URL NOT FOUND"))
 535       {
 536         JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 537                                               "Couldn't locate " + url,
 538                                               "URL not found",
 539                                               JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 540
 541         return;
 542       }
 543
 544       if (viewport != null)
 545       {
 546         new FileLoader().LoadFile(viewport, url, FormatAdapter.URL, format);
 547       }
 548       else
 549       {
 550         new FileLoader().LoadFile(url, FormatAdapter.URL, format);
 551       }
 552     }
 553   }
 554
 555   /**
 556    * DOCUMENT ME!
 557    *
 558    * @param e DOCUMENT ME!
 559    */
 560   public void inputTextboxMenuItem_actionPerformed(AlignViewport viewport)
 561   {
 562     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 563     cap.setForInput(viewport);
 564     Desktop.addInternalFrame(cap, "Cut & Paste Alignment File", 600, 500);
 565   }
 566
 567   /*
 568    * Exit the program
 569    */
 570   public void quit()
 571   {
 572     jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_X", getBounds().x + "");
 573     jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_Y", getBounds().y + "");
 574     jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_WIDTH", getWidth() + "");
 575     jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_HEIGHT", getHeight() + "");
 576     System.exit(0);
 577   }
 578
 579   /**
 580    * DOCUMENT ME!
 581    *
 582    * @param e DOCUMENT ME!
 583    */
 584   public void aboutMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
 585   {
 586     StringBuffer message = new StringBuffer("JalView version " +
 587                                             jalview.bin.Cache.getProperty(
 588                                                 "VERSION") +
 589                                             "; last updated: " +
 590                                             jalview.bin.
 591                                             Cache.getDefault("BUILD_DATE",
 592         "unknown"));
 593
 594     if (!jalview.bin.Cache.getProperty("LATEST_VERSION").equals(
 595         jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION")))
 596     {
 597       message.append("\n\n!! Jalview version "
 598                      + jalview.bin.Cache.getProperty("LATEST_VERSION")
 599                      +
 600           " is available for download from http://www.jalview.org !!\n");
 601
 602     }
 603
 604     message.append("\nAuthors:  Michele Clamp, James Cuff, Steve Searle, Andrew Waterhouse, Jim Procter & Geoff Barton." +
 605                    "\nCurrent development managed by Andrew Waterhouse; Barton Group, University of Dundee." +
 606                    "\nFor all issues relating to Jalview, email help@jalview.org" +
 607                    "\n\nIf  you use JalView, please cite:" +
 608                    "\n\"Clamp, M., Cuff, J., Searle, S. M. and Barton, G. J. (2004), The Jalview Java Alignment Editor\"" +
 609                    "\nBioinformatics,  2004 20;426-7.");
 610
 611     JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 612
 613                                           message.toString(), "About Jalview",
 614                                           JOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);
 615   }
 616
 617   /**
 618    * DOCUMENT ME!
 619    *
 620    * @param e DOCUMENT ME!
 621    */
 622   public void documentationMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
 623   {
 624     try
 625     {
 626       ClassLoader cl = jalview.gui.Desktop.class.getClassLoader();
 627       java.net.URL url = javax.help.HelpSet.findHelpSet(cl, "help/help");
 628       javax.help.HelpSet hs = new javax.help.HelpSet(cl, url);
 629
 630       javax.help.HelpBroker hb = hs.createHelpBroker();
 631       hb.setCurrentID("home");
 632       hb.setDisplayed(true);
 633     }
 634     catch (Exception ex)
 635     {}
 636   }
 637
 638   public void closeAll_actionPerformed(ActionEvent e)
 639   {
 640     JInternalFrame[] frames = desktop.getAllFrames();
 641     for (int i = 0; i < frames.length; i++)
 642     {
 643       try
 644       {
 645         frames[i].setClosed(true);
 646       }
 647       catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
 648       {}
 649     }
 650     System.out.println("ALL CLOSED");
 651
 652   }
 653
 654   public void raiseRelated_actionPerformed(ActionEvent e)
 655   {
 656     reorderAssociatedWindows(false, false);
 657   }
 658
 659   public void minimizeAssociated_actionPerformed(ActionEvent e)
 660   {
 661     reorderAssociatedWindows(true, false);
 662   }
 663
 664   void closeAssociatedWindows()
 665   {
 666     reorderAssociatedWindows(false, true);
 667   }
 668
 669   void reorderAssociatedWindows(boolean minimize, boolean close)
 670   {
 671     JInternalFrame[] frames = desktop.getAllFrames();
 672     if (frames == null || frames.length < 1)
 673     {
 674       return;
 675     }
 676
 677     AlignViewport source = null, target = null;
 678     if (frames[0] instanceof AlignFrame)
 679     {
 680       source = ( (AlignFrame) frames[0]).getCurrentView();
 681     }
 682     else if (frames[0] instanceof TreePanel)
 683     {
 684       source = ( (TreePanel) frames[0]).getViewPort();
 685     }
 686     else if (frames[0] instanceof PCAPanel)
 687     {
 688       source = ( (PCAPanel) frames[0]).av;
 689     }
 690     else if (frames[0].getContentPane() instanceof PairwiseAlignPanel)
 691     {
 692       source = ( (PairwiseAlignPanel) frames[0].getContentPane()).av;
 693     }
 694
 695     if (source != null)
 696     {
 697       for (int i = 0; i < frames.length; i++)
 698       {
 699         target = null;
 700         if (frames[i] == null)
 701         {
 702           continue;
 703         }
 704         if (frames[i] instanceof AlignFrame)
 705         {
 706           target = ( (AlignFrame) frames[i]).getCurrentView();
 707         }
 708         else if (frames[i] instanceof TreePanel)
 709         {
 710           target = ( (TreePanel) frames[i]).getViewPort();
 711         }
 712         else if (frames[i] instanceof PCAPanel)
 713         {
 714           target = ( (PCAPanel) frames[i]).av;
 715         }
 716         else if (frames[i].getContentPane() instanceof PairwiseAlignPanel)
 717         {
 718           target = ( (PairwiseAlignPanel) frames[i].getContentPane()).av;
 719         }
 720
 721         if (source == target)
 722         {
 723           try
 724           {
 725             if (close)
 726             {
 727               frames[i].setClosed(true);
 728             }
 729             else
 730             {
 731               frames[i].setIcon(minimize);
 732               if (!minimize)
 733               {
 734                 frames[i].toFront();
 735               }
 736             }
 737
 738           }
 739           catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
 740           {}
 741         }
 742       }
 743     }
 744   }
 745
 746   /**
 747    * DOCUMENT ME!
 748    *
 749    * @param e DOCUMENT ME!
 750    */
 751   protected void preferences_actionPerformed(ActionEvent e)
 752   {
 753     new Preferences();
 754   }
 755
 756   /**
 757    * DOCUMENT ME!
 758    *
 759    * @param e DOCUMENT ME!
 760    */
 761   public void saveState_actionPerformed(ActionEvent e)
 762   {
 763     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.
 764         getProperty(
 765             "LAST_DIRECTORY"), new String[]
 766         {"jar"},
 767         new String[]
 768         {"Jalview Project"}, "Jalview Project");
 769
 770     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 771     chooser.setDialogTitle("Save State");
 772
 773     int value = chooser.showSaveDialog(this);
 774
 775     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 776     {
 777       java.io.File choice = chooser.getSelectedFile();
 778       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", choice.getParent());
 779       new Jalview2XML().SaveState(choice);
 780     }
 781   }
 782
 783   /**
 784    * DOCUMENT ME!
 785    *
 786    * @param e DOCUMENT ME!
 787    */
 788   public void loadState_actionPerformed(ActionEvent e)
 789   {
 790     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.
 791         getProperty(
 792             "LAST_DIRECTORY"), new String[]
 793         {"jar"},
 794         new String[]
 795         {"Jalview Project"}, "Jalview Project");
 796     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 797     chooser.setDialogTitle("Restore state");
 798
 799     int value = chooser.showOpenDialog(this);
 800
 801     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 802     {
 803       String choice = chooser.getSelectedFile().getAbsolutePath();
 804       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",
 805                                     chooser.getSelectedFile().getParent());
 806       new Jalview2XML().LoadJalviewAlign(choice);
 807     }
 808   }
 809
 810   /*  public void vamsasLoad_actionPerformed(ActionEvent e)
 811     {
 812       JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.
 813           getProperty("LAST_DIRECTORY"));
 814
 815       chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 816       chooser.setDialogTitle("Load Vamsas file");
 817       chooser.setToolTipText("Import");
 818
 819       int value = chooser.showOpenDialog(this);
 820
 821       if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 822       {
 823         jalview.io.VamsasDatastore vs = new jalview.io.VamsasDatastore(null);
 824         vs.load(
 825             chooser.getSelectedFile().getAbsolutePath()
 826             );
 827       }
 828
 829     }*/
 830
 831
 832   public void inputSequence_actionPerformed(ActionEvent e)
 833   {
 834     new SequenceFetcher(null);
 835   }
 836
 837   JPanel progressPanel;
 838
 839   public void startLoading(final String fileName)
 840   {
 841     if (fileLoadingCount == 0)
 842     {
 843       progressPanel = new JPanel(new BorderLayout());
 844       JProgressBar progressBar = new JProgressBar();
 845       progressBar.setIndeterminate(true);
 846
 847       progressPanel.add(new JLabel("Loading File: " + fileName + "   "),
 848                         BorderLayout.WEST);
 849
 850       progressPanel.add(progressBar, BorderLayout.CENTER);
 851
 852       instance.getContentPane().add(progressPanel, BorderLayout.SOUTH);
 853     }
 854     fileLoadingCount++;
 855     validate();
 856   }
 857
 858   public void stopLoading()
 859   {
 860     fileLoadingCount--;
 861     if (fileLoadingCount < 1)
 862     {
 863       if (progressPanel != null)
 864       {
 865         this.getContentPane().remove(progressPanel);
 866         progressPanel = null;
 867       }
 868       fileLoadingCount = 0;
 869     }
 870     validate();
 871   }
 872
 873   public static int getViewCount(String viewId)
 874   {
 875     int count = 0;
 876     JInternalFrame[] frames = Desktop.desktop.getAllFrames();
 877     for (int t = 0; t < frames.length; t++)
 878     {
 879       if (frames[t] instanceof AlignFrame)
 880       {
 881         AlignFrame af = (AlignFrame) frames[t];
 882         for (int a = 0; a < af.alignPanels.size(); a++)
 883         {
 884           if (viewId.equals(
 885               ( (AlignmentPanel) af.alignPanels.elementAt(a)).av.
 886               getSequenceSetId())
 887               )
 888           {
 889             count++;
 890           }
 891         }
 892       }
 893     }
 894
 895     return count;
 896   }
 897
 898   public void explodeViews(AlignFrame af)
 899   {
 900     int size = af.alignPanels.size();
 901     if (size < 2)
 902     {
 903       return;
 904     }
 905
 906     for (int i = 0; i < size; i++)
 907     {
 908       AlignmentPanel ap = (AlignmentPanel) af.alignPanels.elementAt(i);
 909       AlignFrame newaf = new AlignFrame(ap);
 910       if (ap.av.explodedPosition != null &&
 911           !ap.av.explodedPosition.equals(af.getBounds()))
 912       {
 913         newaf.setBounds(ap.av.explodedPosition);
 914       }
 915
 916       ap.av.gatherViewsHere = false;
 917
 918       addInternalFrame(newaf, af.getTitle(),
 919                        AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 920                        AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 921     }
 922
 923     af.alignPanels.clear();
 924     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 925
 926   }
 927
 928   public void gatherViews(AlignFrame source)
 929   {
 930     source.viewport.gatherViewsHere = true;
 931     source.viewport.explodedPosition = source.getBounds();
 932     JInternalFrame[] frames = desktop.getAllFrames();
 933     String viewId = source.viewport.sequenceSetID;
 934
 935     for (int t = 0; t < frames.length; t++)
 936     {
 937       if (frames[t] instanceof AlignFrame && frames[t] != source)
 938       {
 939         AlignFrame af = (AlignFrame) frames[t];
 940         boolean gatherThis = false;
 941         for (int a = 0; a < af.alignPanels.size(); a++)
 942         {
 943           AlignmentPanel ap = (AlignmentPanel) af.alignPanels.elementAt(a);
 944           if (viewId.equals(ap.av.getSequenceSetId()))
 945           {
 946             gatherThis = true;
 947             ap.av.gatherViewsHere = false;
 948             ap.av.explodedPosition = af.getBounds();
 949             source.addAlignmentPanel(ap, false);
 950           }
 951         }
 952
 953         if (gatherThis)
 954         {
 955           af.alignPanels.clear();
 956           af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 957         }
 958       }
 959     }
 960
 961   }
 962
 963   jalview.gui.VamsasClient v_client = null;
 964   public void vamsasLoad_actionPerformed(ActionEvent e)
 965   {
 966     if (v_client == null)
 967     {
 968       // Start a session.
 969       JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.
 970           getProperty("LAST_DIRECTORY"));
 971
 972       chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 973       chooser.setDialogTitle("Load Vamsas file");
 974       chooser.setToolTipText("Import");
 975
 976       int value = chooser.showOpenDialog(this);
 977
 978       if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 979       {
 980         v_client = new jalview.gui.VamsasClient(this,
 981                                                 chooser.getSelectedFile());
 982         this.vamsasLoad.setText("Session Update");
 983         this.vamsasStop.setVisible(true);
 984         v_client.initial_update();
 985         v_client.startWatcher();
 986       }
 987     }
 988     else
 989     {
 990       // store current data in session.
 991       v_client.push_update();
 992     }
 993   }
 994
 995   public void vamsasStop_actionPerformed(ActionEvent e)
 996   {
 997     if (v_client != null)
 998     {
 999       v_client.end_session();
1000       v_client = null;
1001       this.vamsasStop.setVisible(false);
1002       this.vamsasLoad.setText("Start Vamsas Session...");
1003     }
1004   }
1005
1006   /**
1007    * hide vamsas user gui bits when a vamsas document event is being handled.
1008    * @param b true to hide gui, false to reveal gui
1009    */
1010   public void setVamsasUpdate(boolean b)
1011   {
1012     jalview.bin.Cache.log.debug("Setting gui for Vamsas update " +
1013                                 (b ? "in progress" : "finished"));
1014     vamsasLoad.setVisible(!b);
1015     vamsasStop.setVisible(!b);
1016
1017   }
1018
1019   public JInternalFrame[] getAllFrames()
1020   {
1021     return desktop.getAllFrames();
1022   }
1023
1024
1025   /**
1026    * Checks the given url to see if it gives a response indicating that
1027    * the user should be informed of a new questionnaire.
1028    * @param url
1029    */
1030   public void checkForQuestionnaire(String url)
1031   {
1032     UserQuestionnaireCheck jvq = new UserQuestionnaireCheck(url);
1033     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(jvq);
1034   }
1035
1036   /*DISABLED
1037    class  MyDesktopPane extends JDesktopPane implements Runnable
1038   {
1039     boolean showMemoryUsage = false;
1040     Runtime runtime;
1041     java.text.NumberFormat df;
1042
1043     float maxMemory, allocatedMemory, freeMemory, totalFreeMemory, percentUsage;
1044
1045     public MyDesktopPane(boolean showMemoryUsage)
1046     {
1047       showMemoryUsage(showMemoryUsage);
1048     }
1049
1050     public void showMemoryUsage(boolean showMemoryUsage)
1051     {
1052       this.showMemoryUsage = showMemoryUsage;
1053       if (showMemoryUsage)
1054       {
1055         Thread worker = new Thread(this);
1056         worker.start();
1057       }
1058     }
1059
1060     public void run()
1061     {
1062       df = java.text.NumberFormat.getNumberInstance();
1063       df.setMaximumFractionDigits(2);
1064       runtime = Runtime.getRuntime();
1065
1066       while (showMemoryUsage)
1067       {
1068         try
1069         {
1070           Thread.sleep(3000);
1071           maxMemory = runtime.maxMemory() / 1048576f;
1072           allocatedMemory = runtime.totalMemory() / 1048576f;
1073           freeMemory = runtime.freeMemory() / 1048576f;
1074           totalFreeMemory = freeMemory + (maxMemory - allocatedMemory);
1075
1076           percentUsage = (totalFreeMemory / maxMemory) * 100;
1077
1078         //  if (percentUsage < 20)
1079           {
1080             //   border1 = BorderFactory.createMatteBorder(12, 12, 12, 12, Color.red);
1081             //    instance.set.setBorder(border1);
1082           }
1083           repaint();
1084
1085         }
1086         catch (Exception ex)
1087         {
1088           ex.printStackTrace();
1089         }
1090       }
1091     }
1092
1093     public void paintComponent(Graphics g)
1094     {
1095       if(showMemoryUsage)
1096       {
1097         if (percentUsage < 20)
1098           g.setColor(Color.red);
1099
1100         g.drawString("Total Free Memory: " + df.format(totalFreeMemory)
1101                      + "MB; Max Memory: " + df.format(maxMemory)
1102                      + "MB; " + df.format(percentUsage) + "%", 10,
1103                      getHeight() - g.getFontMetrics().getHeight());
1104       }
1105     }
1106   }*/
1107
1108   }