src/jalview/gui/Desktop.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.gui;
  20
  21 import jalview.io.*;
  22
  23 import java.awt.*;
  24 import java.awt.datatransfer.*;
  25 import java.awt.dnd.*;
  26 import java.awt.event.*;
  27 import java.util.*;
  28
  29 import javax.swing.*;
  30
  31
  32 /**
  33  * DOCUMENT ME!
  34  *
  35  * @author $author$
  36  * @version $Revision$
  37  */
  38 public class Desktop extends jalview.jbgui.GDesktop
  39     implements DropTargetListener, ClipboardOwner
  40 {
  41     /** DOCUMENT ME!! */
  42     public static Desktop instance;
  43     public static JDesktopPane desktop;
  44     static int openFrameCount = 0;
  45     static final int xOffset = 30;
  46     static final int yOffset = 30;
  47     public static jalview.ws.Discoverer discoverer;
  48
  49     public static Object [] jalviewClipboard;
  50
  51     static int fileLoadingCount= 0;
  52
  53     /**
  54      * Creates a new Desktop object.
  55      */
  56     public Desktop()
  57     {
  58         instance = this;
  59         doVamsasClientCheck();
  60         Image image = null;
  61
  62         try
  63         {
  64             java.net.URL url = getClass().getResource("/images/logo.gif");
  65
  66             if (url != null)
  67             {
  68                 image = java.awt.Toolkit.getDefaultToolkit().createImage(url);
  69
  70                 MediaTracker mt = new MediaTracker(this);
  71                 mt.addImage(image, 0);
  72                 mt.waitForID(0);
  73                 setIconImage(image);
  74             }
  75         }
  76         catch (Exception ex)
  77         {
  78         }
  79
  80         setTitle("Jalview "+jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION"));
  81         setDefaultCloseOperation(JFrame.EXIT_ON_CLOSE);
  82         desktop = new JDesktopPane();
  83         desktop.setBackground(Color.white);
  84         getContentPane().setLayout(new BorderLayout());
  85         getContentPane().add(desktop, BorderLayout.CENTER);
  86         desktop.setDragMode(JDesktopPane.OUTLINE_DRAG_MODE);
  87
  88         // This line prevents Windows Look&Feel resizing all new windows to maximum
  89         // if previous window was maximised
  90         desktop.setDesktopManager(new DefaultDesktopManager());
  91
  92         Dimension screenSize = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
  93         String x = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_X");
  94         String y = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_Y");
  95         String width = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_WIDTH");
  96         String height = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_HEIGHT");
  97
  98         if ((x != null) && (y != null) && (width != null) && (height != null))
  99         {
 100             setBounds(Integer.parseInt(x), Integer.parseInt(y),
 101                 Integer.parseInt(width), Integer.parseInt(height));
 102         }
 103         else
 104         {
 105             setBounds((int) (screenSize.width - 900) / 2,
 106                 (int) (screenSize.height - 650) / 2, 900, 650);
 107         }
 108
 109         this.addWindowListener(new WindowAdapter()
 110             {
 111                 public void windowClosing(WindowEvent evt)
 112                 {
 113                     quit();
 114                 }
 115             });
 116
 117         this.setDropTarget(new java.awt.dnd.DropTarget(desktop, this));
 118
 119         /////////Add a splashscreen on startup
 120         /////////Add a splashscreen on startup
 121         JInternalFrame frame = new JInternalFrame();
 122
 123         SplashScreen splash = new SplashScreen(frame, image);
 124         frame.setContentPane(splash);
 125         frame.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);
 126         frame.setLocation((int) ((getWidth() - 750) / 2),
 127             (int) ((getHeight() - 160) / 2));
 128
 129         addInternalFrame(frame, "", 750, 160, false);
 130
 131         discoverer=new jalview.ws.Discoverer(); // Only gets started if gui is displayed.
 132     }
 133
 134     private void doVamsasClientCheck() {
 135       if (jalview.bin.Cache.vamsasJarsPresent()) {
 136         VamsasMenu.setVisible(true);
 137         vamsasLoad.setVisible(true);
 138       }
 139
 140     }
 141
 142     /**
 143      * DOCUMENT ME!
 144      *
 145      * @param frame DOCUMENT ME!
 146      * @param title DOCUMENT ME!
 147      * @param w DOCUMENT ME!
 148      * @param h DOCUMENT ME!
 149      */
 150     public static synchronized void addInternalFrame(final JInternalFrame frame,
 151         String title, int w, int h)
 152     {
 153         addInternalFrame(frame, title, w, h, true);
 154     }
 155
 156     /**
 157      * DOCUMENT ME!
 158      *
 159      * @param frame DOCUMENT ME!
 160      * @param title DOCUMENT ME!
 161      * @param w DOCUMENT ME!
 162      * @param h DOCUMENT ME!
 163      * @param resizable DOCUMENT ME!
 164      */
 165     public static synchronized void addInternalFrame(final JInternalFrame frame,
 166         String title, int w, int h, boolean resizable)
 167     {
 168
 169       frame.setTitle(title);
 170       if(frame.getWidth()<1 || frame.getHeight()<1)
 171       {
 172         frame.setSize(w, h);
 173       }
 174       // THIS IS A PUBLIC STATIC METHOD, SO IT MAY BE CALLED EVEN IN
 175       // A HEADLESS STATE WHEN NO DESKTOP EXISTS. MUST RETURN
 176       // IF JALVIEW IS RUNNING HEADLESS
 177       /////////////////////////////////////////////////
 178       if (System.getProperty("java.awt.headless") != null
 179           && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true"))
 180       {
 181         return;
 182       }
 183
 184
 185         openFrameCount++;
 186
 187         frame.setVisible(true);
 188         frame.setClosable(true);
 189         frame.setResizable(resizable);
 190         frame.setMaximizable(resizable);
 191         frame.setIconifiable(resizable);
 192         frame.setFrameIcon(null);
 193
 194         if (frame.getX()<1 && frame.getY()<1)
 195        {
 196          frame.setLocation(xOffset * openFrameCount, yOffset * ((openFrameCount-1)%10)+yOffset);
 197        }
 198
 199         final JMenuItem menuItem = new JMenuItem(title);
 200         frame.addInternalFrameListener(new javax.swing.event.InternalFrameAdapter()
 201             {
 202               public void internalFrameActivated(javax.swing.event.
 203                                                  InternalFrameEvent evt)
 204               {
 205                 JInternalFrame itf = desktop.getSelectedFrame();
 206                 if (itf != null)
 207                   itf.requestFocus();
 208
 209               }
 210
 211                 public void internalFrameClosed(
 212                     javax.swing.event.InternalFrameEvent evt)
 213                 {
 214                     openFrameCount--;
 215                     windowMenu.remove(menuItem);
 216                     JInternalFrame itf = desktop.getSelectedFrame();
 217                        if (itf != null)
 218                         itf.requestFocus();
 219                 }
 220                 ;
 221             });
 222
 223         menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 224             {
 225                 public void actionPerformed(ActionEvent e)
 226                 {
 227                     try
 228                     {
 229                         frame.setSelected(true);
 230                         frame.setIcon(false);
 231                     }
 232                     catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
 233                     {
 234
 235                     }
 236                 }
 237             });
 238
 239         windowMenu.add(menuItem);
 240
 241         desktop.add(frame);
 242         frame.toFront();
 243         try{
 244           frame.setSelected(true);
 245           frame.requestFocus();
 246         }catch(java.beans.PropertyVetoException ve)
 247         {}
 248     }
 249
 250     public void lostOwnership(Clipboard clipboard, Transferable contents)
 251     {
 252       Desktop.jalviewClipboard = null;
 253     }
 254
 255     public void dragEnter(DropTargetDragEvent evt)
 256     {}
 257
 258     public void dragExit(DropTargetEvent evt)
 259     {}
 260
 261     public void dragOver(DropTargetDragEvent evt)
 262     {}
 263
 264     public void dropActionChanged(DropTargetDragEvent evt)
 265     {}
 266
 267     /**
 268      * DOCUMENT ME!
 269      *
 270      * @param evt DOCUMENT ME!
 271      */
 272     public void drop(DropTargetDropEvent evt)
 273     {
 274         Transferable t = evt.getTransferable();
 275         java.util.List files = null;
 276
 277         try
 278         {
 279           DataFlavor uriListFlavor = new DataFlavor("text/uri-list;class=java.lang.String");
 280           if (t.isDataFlavorSupported(DataFlavor.javaFileListFlavor))
 281           {
 282             //Works on Windows and MacOSX
 283             evt.acceptDrop(DnDConstants.ACTION_COPY_OR_MOVE);
 284             files = (java.util.List) t.getTransferData(DataFlavor.javaFileListFlavor);
 285           }
 286           else if (t.isDataFlavorSupported(uriListFlavor))
 287           {
 288             // This is used by Unix drag system
 289             evt.acceptDrop(DnDConstants.ACTION_COPY_OR_MOVE);
 290             String data = (String) t.getTransferData(uriListFlavor);
 291             files = new java.util.ArrayList(1);
 292             for (java.util.StringTokenizer st = new java.util.StringTokenizer(
 293                 data,
 294                 "\r\n");
 295                  st.hasMoreTokens(); )
 296             {
 297               String s = st.nextToken();
 298               if (s.startsWith("#"))
 299               {
 300                 // the line is a comment (as per the RFC 2483)
 301                 continue;
 302               }
 303
 304               java.net.URI uri = new java.net.URI(s);
 305               java.io.File file = new java.io.File(uri);
 306               files.add(file);
 307             }
 308           }
 309         }
 310         catch (Exception e)
 311         {
 312           e.printStackTrace();
 313         }
 314
 315         if (files != null)
 316         {
 317           try
 318           {
 319             for (int i = 0; i < files.size(); i++)
 320             {
 321               String file = files.get(i).toString();
 322               String protocol = FormatAdapter.FILE;
 323               String format = null;
 324
 325               if (file.endsWith(".jar"))
 326               {
 327                 format = "Jalview";
 328
 329               }
 330               else
 331               {
 332                 format = new IdentifyFile().Identify(file,
 333                                                           protocol);
 334               }
 335
 336
 337               new FileLoader().LoadFile(file, protocol, format);
 338
 339             }
 340           }
 341           catch (Exception ex)
 342           {
 343             ex.printStackTrace();
 344           }
 345         }
 346     }
 347
 348     /**
 349      * DOCUMENT ME!
 350      *
 351      * @param e DOCUMENT ME!
 352      */
 353     public void inputLocalFileMenuItem_actionPerformed(AlignViewport viewport)
 354     {
 355         JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(
 356                     "LAST_DIRECTORY"),
 357                 new String[]
 358                 {
 359                     "fa, fasta, fastq", "aln", "pfam", "msf", "pir", "blc",
 360                     "jar"
 361                 },
 362                 new String[]
 363                 {
 364                     "Fasta", "Clustal", "PFAM", "MSF", "PIR", "BLC", "Jalview"
 365                 }, jalview.bin.Cache.getProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT"));
 366
 367         chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 368         chooser.setDialogTitle("Open local file");
 369         chooser.setToolTipText("Open");
 370
 371         int value = chooser.showOpenDialog(this);
 372
 373         if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 374         {
 375             String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();
 376             jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",
 377                 chooser.getSelectedFile().getParent());
 378
 379             String format = null;
 380             if (chooser.getSelectedFormat().equals("Jalview"))
 381             {
 382                 format = "Jalview";
 383             }
 384             else
 385             {
 386                 format = new IdentifyFile().Identify(choice, FormatAdapter.FILE);
 387             }
 388
 389             if (viewport != null)
 390               new FileLoader().LoadFile(viewport, choice, FormatAdapter.FILE, format);
 391             else
 392               new FileLoader().LoadFile(choice, FormatAdapter.FILE, format);
 393         }
 394     }
 395
 396
 397
 398     /**
 399      * DOCUMENT ME!
 400      *
 401      * @param e DOCUMENT ME!
 402      */
 403     public void inputURLMenuItem_actionPerformed(AlignViewport viewport)
 404     {
 405       // This construct allows us to have a wider textfield
 406       // for viewing
 407       JLabel label = new JLabel("Enter URL of Input File");
 408       final JComboBox history = new JComboBox();
 409
 410       JPanel panel = new JPanel(new GridLayout(2,1));
 411       panel.add(label);
 412       panel.add(history);
 413       history.setPreferredSize(new Dimension(400,20));
 414       history.setEditable(true);
 415       history.addItem("http://www.");
 416
 417       String historyItems = jalview.bin.Cache.getProperty("RECENT_URL");
 418
 419       StringTokenizer st;
 420
 421       if (historyItems != null)
 422       {
 423         st = new StringTokenizer(historyItems, "\t");
 424
 425         while (st.hasMoreTokens())
 426         {
 427           history.addItem(st.nextElement());
 428         }
 429       }
 430
 431        int reply = JOptionPane.showInternalConfirmDialog(desktop,
 432           panel, "Input Alignment From URL",
 433           JOptionPane.OK_CANCEL_OPTION );
 434
 435
 436         if (reply != JOptionPane.OK_OPTION )
 437         {
 438             return;
 439         }
 440
 441         String url = history.getSelectedItem().toString();
 442
 443         if (url.toLowerCase().endsWith(".jar"))
 444         {
 445           if (viewport != null)
 446             new FileLoader().LoadFile(viewport, url, FormatAdapter.URL, "Jalview");
 447           else
 448             new FileLoader().LoadFile(url, FormatAdapter.URL, "Jalview");
 449         }
 450         else
 451         {
 452           String format = new IdentifyFile().Identify(url, FormatAdapter.URL);
 453
 454           if (format.equals("URL NOT FOUND"))
 455           {
 456             JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 457                                                   "Couldn't locate " + url,
 458                                                   "URL not found",
 459                                                   JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 460
 461             return;
 462           }
 463
 464           if (viewport != null)
 465             new FileLoader().LoadFile(viewport, url, FormatAdapter.URL, format);
 466           else
 467             new FileLoader().LoadFile(url, FormatAdapter.URL, format);
 468         }
 469     }
 470
 471     /**
 472      * DOCUMENT ME!
 473      *
 474      * @param e DOCUMENT ME!
 475      */
 476     public void inputTextboxMenuItem_actionPerformed(AlignViewport viewport)
 477     {
 478         CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 479         cap.setForInput(viewport);
 480         Desktop.addInternalFrame(cap, "Cut & Paste Alignment File", 600, 500);
 481     }
 482
 483     /*
 484      * Exit the program
 485      */
 486     public void quit()
 487     {
 488         jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_X", getBounds().x + "");
 489         jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_Y", getBounds().y + "");
 490         jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_WIDTH", getWidth() + "");
 491         jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_HEIGHT", getHeight() + "");
 492         System.exit(0);
 493     }
 494
 495     /**
 496      * DOCUMENT ME!
 497      *
 498      * @param e DOCUMENT ME!
 499      */
 500     public void aboutMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
 501     {
 502       StringBuffer message = new StringBuffer("JalView version " +
 503                                               jalview.bin.Cache.getProperty(
 504           "VERSION") +
 505                                               "; last updated: " +
 506                                               jalview.bin.
 507                                               Cache.getDefault("BUILD_DATE", "unknown"));
 508
 509       if (!jalview.bin.Cache.getProperty("LATEST_VERSION").equals(
 510           jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION")))
 511       {
 512         message.append("\n\n!! Jalview version "
 513                        + jalview.bin.Cache.getProperty("LATEST_VERSION")
 514                        + " is available for download from http://www.jalview.org !!\n");
 515
 516       }
 517
 518       message.append( "\nAuthors:  Michele Clamp, James Cuff, Steve Searle, Andrew Waterhouse, Jim Procter & Geoff Barton." +
 519             "\nCurrent development managed by Andrew Waterhouse; Barton Group, University of Dundee." +
 520             "\nFor all issues relating to Jalview, email help@jalview.org" +
 521             "\n\nIf  you use JalView, please cite:" +
 522             "\n\"Clamp, M., Cuff, J., Searle, S. M. and Barton, G. J. (2004), The Jalview Java Alignment Editor\"" +
 523             "\nBioinformatics,  2004 20;426-7.");
 524
 525         JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 526
 527            message.toString(), "About Jalview",
 528             JOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);
 529     }
 530
 531     /**
 532      * DOCUMENT ME!
 533      *
 534      * @param e DOCUMENT ME!
 535      */
 536     public void documentationMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
 537     {
 538         try
 539         {
 540             ClassLoader cl = jalview.gui.Desktop.class.getClassLoader();
 541             java.net.URL url = javax.help.HelpSet.findHelpSet(cl, "help/help");
 542             javax.help.HelpSet hs = new javax.help.HelpSet(cl, url);
 543
 544             javax.help.HelpBroker hb = hs.createHelpBroker();
 545             hb.setCurrentID("home");
 546             hb.setDisplayed(true);
 547         }
 548         catch (Exception ex)
 549         {
 550             ex.printStackTrace();
 551         }
 552     }
 553
 554     public void closeAll_actionPerformed(ActionEvent e)
 555     {
 556       JInternalFrame [] frames = desktop.getAllFrames();
 557       for(int i=0; i<frames.length; i++)
 558       {
 559         try{
 560         frames[i].setClosed(true);
 561       }catch(java.beans.PropertyVetoException ex){}
 562       }
 563     }
 564
 565     public void raiseRelated_actionPerformed(ActionEvent e)
 566     {
 567       reorderAssociatedWindows(false, false);
 568     }
 569
 570     public void minimizeAssociated_actionPerformed(ActionEvent e)
 571     {
 572       reorderAssociatedWindows(true, false);
 573     }
 574
 575     void closeAssociatedWindows()
 576     {
 577       reorderAssociatedWindows(false, true);
 578     }
 579
 580     void reorderAssociatedWindows(boolean minimize, boolean close)
 581     {
 582       JInternalFrame[] frames = desktop.getAllFrames();
 583       if (frames == null || frames.length<1)
 584         return;
 585
 586       AlignViewport source = null, target = null;
 587       if (frames[0] instanceof AlignFrame)
 588         source = ( (AlignFrame) frames[0]).getCurrentView();
 589       else if (frames[0] instanceof TreePanel)
 590         source = ( (TreePanel) frames[0]).getViewPort();
 591       else if (frames[0] instanceof PCAPanel)
 592         source = ( (PCAPanel) frames[0]).av;
 593       else if (frames[0].getContentPane() instanceof PairwiseAlignPanel)
 594         source = ((PairwiseAlignPanel)frames[0].getContentPane()).av;
 595
 596
 597       if (source != null)
 598         for (int i = 0; i < frames.length; i++)
 599         {
 600           target = null;
 601           if(frames[i]==null)
 602           {
 603             System.out.println("its gone");
 604             continue;
 605           }
 606           if (frames[i] instanceof AlignFrame)
 607             target = ( (AlignFrame) frames[i]).getCurrentView();
 608           else if (frames[i] instanceof TreePanel)
 609             target = ( (TreePanel) frames[i]).getViewPort();
 610           else if (frames[i] instanceof PCAPanel)
 611             target = ( (PCAPanel) frames[i]).av;
 612           else if (frames[i].getContentPane() instanceof PairwiseAlignPanel)
 613             target = ( (PairwiseAlignPanel) frames[i].getContentPane()).av;
 614
 615           if (source == target)
 616           {
 617             try
 618             {
 619               if (close)
 620                 frames[i].setClosed(true);
 621
 622               else if (!minimize)
 623                 frames[i].toFront();
 624               else
 625                 frames[i].setIcon(minimize);
 626             }
 627             catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
 628             {}
 629           }
 630         }
 631     }
 632
 633
 634
 635     /**
 636      * DOCUMENT ME!
 637      *
 638      * @param e DOCUMENT ME!
 639      */
 640     protected void preferences_actionPerformed(ActionEvent e)
 641     {
 642         new Preferences();
 643     }
 644
 645     /**
 646      * DOCUMENT ME!
 647      *
 648      * @param e DOCUMENT ME!
 649      */
 650     public void saveState_actionPerformed(ActionEvent e)
 651     {
 652         JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(
 653                     "LAST_DIRECTORY"), new String[] { "jar" },
 654                 new String[] { "Jalview Project" }, "Jalview Project");
 655
 656         chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 657         chooser.setDialogTitle("Save State");
 658
 659         int value = chooser.showSaveDialog(this);
 660
 661         if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 662         {
 663             java.io.File choice = chooser.getSelectedFile();
 664             jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", choice.getParent());
 665             new Jalview2XML().SaveState(choice);
 666         }
 667     }
 668
 669     /**
 670      * DOCUMENT ME!
 671      *
 672      * @param e DOCUMENT ME!
 673      */
 674     public void loadState_actionPerformed(ActionEvent e)
 675     {
 676         JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(
 677                     "LAST_DIRECTORY"), new String[] { "jar" },
 678                 new String[] { "Jalview Project" }, "Jalview Project");
 679         chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 680         chooser.setDialogTitle("Restore state");
 681
 682         int value = chooser.showOpenDialog(this);
 683
 684         if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 685         {
 686             String choice = chooser.getSelectedFile().getAbsolutePath();
 687             jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",
 688                 chooser.getSelectedFile().getParent());
 689             new Jalview2XML().LoadJalviewAlign(choice);
 690         }
 691     }
 692
 693   /*  public void vamsasLoad_actionPerformed(ActionEvent e)
 694     {
 695       JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.
 696           getProperty("LAST_DIRECTORY"));
 697
 698       chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 699       chooser.setDialogTitle("Load Vamsas file");
 700       chooser.setToolTipText("Import");
 701
 702       int value = chooser.showOpenDialog(this);
 703
 704       if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 705       {
 706         jalview.io.VamsasDatastore vs = new jalview.io.VamsasDatastore(null);
 707         vs.load(
 708             chooser.getSelectedFile().getAbsolutePath()
 709             );
 710       }
 711
 712     }*/
 713
 714
 715     public void inputSequence_actionPerformed(ActionEvent e)
 716     {
 717       new SequenceFetcher(null);
 718     }
 719
 720     JPanel progressPanel;
 721
 722     public void startLoading(final String fileName)
 723     {
 724       if (fileLoadingCount == 0)
 725       {
 726         progressPanel = new JPanel(new BorderLayout());
 727         JProgressBar progressBar = new JProgressBar();
 728         progressBar.setIndeterminate(true);
 729
 730         progressPanel.add(new JLabel("Loading File: " + fileName + "   "),
 731                           BorderLayout.WEST);
 732
 733         progressPanel.add(progressBar, BorderLayout.CENTER);
 734
 735         instance.getContentPane().add(progressPanel, BorderLayout.SOUTH);
 736       }
 737       fileLoadingCount++;
 738       validate();
 739     }
 740
 741     public void stopLoading()
 742     {
 743       fileLoadingCount--;
 744       if (fileLoadingCount < 1)
 745       {
 746         if(progressPanel!=null)
 747         {
 748           this.getContentPane().remove(progressPanel);
 749           progressPanel = null;
 750         }
 751         fileLoadingCount = 0;
 752       }
 753       validate();
 754     }
 755
 756     public static int getViewCount(String viewId)
 757     {
 758       int count = 0;
 759       JInternalFrame[] frames = Desktop.desktop.getAllFrames();
 760       for (int t = 0; t < frames.length; t++)
 761       {
 762         if (frames[t] instanceof AlignFrame)
 763         {
 764           AlignFrame af = (AlignFrame) frames[t];
 765           for(int a=0; a<af.alignPanels.size(); a++)
 766           {
 767             if(viewId.equals(
 768                 ((AlignmentPanel)af.alignPanels.elementAt(a)).av.getSequenceSetId() )
 769                 )
 770             count ++;
 771           }
 772         }
 773       }
 774
 775       return count;
 776     }
 777
 778     public void explodeViews(AlignFrame af)
 779     {
 780       int size = af.alignPanels.size();
 781       if(size<2)
 782         return;
 783
 784       for(int i=0; i<size; i++)
 785       {
 786         AlignmentPanel ap = (AlignmentPanel)af.alignPanels.elementAt(i);
 787         AlignFrame newaf = new AlignFrame(ap);
 788         if(ap.av.explodedPosition!=null)
 789           newaf.setBounds(ap.av.explodedPosition);
 790
 791         ap.av.gatherViewsHere = false;
 792
 793         addInternalFrame(newaf, af.getTitle(),
 794                          AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 795                          AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 796       }
 797
 798       af.alignPanels.clear();
 799       af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 800
 801     }
 802
 803     public void gatherViews(AlignFrame source)
 804     {
 805       source.viewport.gatherViewsHere = true;
 806       source.viewport.explodedPosition = source.getBounds();
 807       JInternalFrame[] frames = desktop.getAllFrames();
 808       String viewId = source.viewport.sequenceSetID;
 809
 810       for (int t = 0; t < frames.length; t++)
 811       {
 812         if (frames[t] instanceof AlignFrame && frames[t] != source)
 813         {
 814           AlignFrame af = (AlignFrame) frames[t];
 815           boolean gatherThis = false;
 816           for (int a = 0; a < af.alignPanels.size(); a++)
 817           {
 818             AlignmentPanel ap = (AlignmentPanel) af.alignPanels.elementAt(a);
 819             if (viewId.equals(ap.av.getSequenceSetId()))
 820             {
 821               gatherThis = true;
 822               ap.av.gatherViewsHere = false;
 823               ap.av.explodedPosition = af.getBounds();
 824               source.addAlignmentPanel(ap, false);
 825             }
 826           }
 827
 828           if (gatherThis)
 829           {
 830             af.alignPanels.clear();
 831             af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 832           }
 833         }
 834       }
 835
 836     }
 837
 838     jalview.gui.VamsasClient v_client=null;
 839     public void vamsasLoad_actionPerformed(ActionEvent e)
 840     {
 841       if (v_client==null) {
 842         // Start a session.
 843         JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.
 844             getProperty("LAST_DIRECTORY"));
 845
 846         chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 847         chooser.setDialogTitle("Load Vamsas file");
 848         chooser.setToolTipText("Import");
 849
 850         int value = chooser.showOpenDialog(this);
 851
 852         if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 853         {
 854           v_client = new jalview.gui.VamsasClient(this,
 855               chooser.getSelectedFile());
 856           this.vamsasLoad.setText("Session Update");
 857           this.vamsasStop.setVisible(true);
 858           v_client.initial_update();
 859           v_client.startWatcher();
 860         }
 861       } else {
 862         // store current data in session.
 863         v_client.push_update();
 864       }
 865     }
 866     public void vamsasStop_actionPerformed(ActionEvent e) {
 867       if (v_client!=null) {
 868         v_client.end_session();
 869         v_client=null;
 870         this.vamsasStop.setVisible(false);
 871         this.vamsasLoad.setText("Start Vamsas Session...");
 872       }
 873     }
 874     /**
 875      * hide vamsas user gui bits when a vamsas document event is being handled.
 876      * @param b true to hide gui, false to reveal gui
 877      */
 878     public void setVamsasUpdate(boolean b) {
 879       jalview.bin.Cache.log.debug("Setting gui for Vamsas update "+(b ? "in progress" : "finished"));
 880       vamsasLoad.setVisible(!b);
 881       vamsasStop.setVisible(!b);
 882
 883     }
 884 }
 885