src/jalview/gui/Desktop.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.gui;
  20
  21 import jalview.io.*;
  22 import java.awt.*;
  23 import java.awt.datatransfer.*;
  24 import java.awt.dnd.*;
  25 import java.awt.event.*;
  26 import java.util.*;
  27
  28 import javax.swing.*;
  29
  30 /**
  31  * DOCUMENT ME!
  32  *
  33  * @author $author$
  34  * @version $Revision$
  35  */
  36 public class Desktop
  37     extends jalview.jbgui.GDesktop implements DropTargetListener,
  38     ClipboardOwner
  39 {
  40   /** DOCUMENT ME!! */
  41   public static Desktop instance;
  42   public static JDesktopPane desktop;
  43   static int openFrameCount = 0;
  44   static final int xOffset = 30;
  45   static final int yOffset = 30;
  46   public static jalview.ws.Discoverer discoverer;
  47
  48   public static Object[] jalviewClipboard;
  49   public static boolean internalCopy = false;
  50
  51   static int fileLoadingCount = 0;
  52
  53   /**
  54    * Creates a new Desktop object.
  55    */
  56   public Desktop()
  57   {
  58     instance = this;
  59     doVamsasClientCheck();
  60     Image image = null;
  61
  62     try
  63     {
  64       java.net.URL url = getClass().getResource("/images/logo.gif");
  65
  66       if (url != null)
  67       {
  68         image = java.awt.Toolkit.getDefaultToolkit().createImage(url);
  69
  70         MediaTracker mt = new MediaTracker(this);
  71         mt.addImage(image, 0);
  72         mt.waitForID(0);
  73         setIconImage(image);
  74       }
  75     }
  76     catch (Exception ex)
  77     {
  78     }
  79
  80     setTitle("Jalview " + jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION"));
  81     setDefaultCloseOperation(JFrame.EXIT_ON_CLOSE);
  82     desktop = new JDesktopPane();
  83     desktop.setBackground(Color.white);
  84     getContentPane().setLayout(new BorderLayout());
  85     getContentPane().add(desktop, BorderLayout.CENTER);
  86     desktop.setDragMode(JDesktopPane.OUTLINE_DRAG_MODE);
  87
  88     // This line prevents Windows Look&Feel resizing all new windows to maximum
  89     // if previous window was maximised
  90     desktop.setDesktopManager(new DefaultDesktopManager());
  91
  92     Dimension screenSize = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
  93     String x = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_X");
  94     String y = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_Y");
  95     String width = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_WIDTH");
  96     String height = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_HEIGHT");
  97
  98     if ( (x != null) && (y != null) && (width != null) && (height != null))
  99     {
 100       setBounds(Integer.parseInt(x), Integer.parseInt(y),
 101                 Integer.parseInt(width), Integer.parseInt(height));
 102     }
 103     else
 104     {
 105       setBounds( (int) (screenSize.width - 900) / 2,
 106                 (int) (screenSize.height - 650) / 2, 900, 650);
 107     }
 108
 109     this.addWindowListener(new WindowAdapter()
 110     {
 111       public void windowClosing(WindowEvent evt)
 112       {
 113         quit();
 114       }
 115     });
 116
 117     this.setDropTarget(new java.awt.dnd.DropTarget(desktop, this));
 118
 119     /////////Add a splashscreen on startup
 120     /////////Add a splashscreen on startup
 121     JInternalFrame frame = new JInternalFrame();
 122
 123     SplashScreen splash = new SplashScreen(frame, image);
 124     frame.setContentPane(splash);
 125     frame.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);
 126     frame.setLocation( (int) ( (getWidth() - 750) / 2),
 127                       (int) ( (getHeight() - 160) / 2));
 128
 129     addInternalFrame(frame, "", 750, 160, false);
 130
 131     discoverer = new jalview.ws.Discoverer(); // Only gets started if gui is displayed.
 132   }
 133
 134   private void doVamsasClientCheck()
 135   {
 136     if (jalview.bin.Cache.vamsasJarsPresent())
 137     {
 138       VamsasMenu.setVisible(true);
 139       vamsasLoad.setVisible(true);
 140     }
 141
 142   }
 143
 144   /**
 145    * DOCUMENT ME!
 146    *
 147    * @param frame DOCUMENT ME!
 148    * @param title DOCUMENT ME!
 149    * @param w DOCUMENT ME!
 150    * @param h DOCUMENT ME!
 151    */
 152   public static synchronized void addInternalFrame(final JInternalFrame frame,
 153       String title, int w, int h)
 154   {
 155     addInternalFrame(frame, title, w, h, true);
 156   }
 157
 158   /**
 159    * DOCUMENT ME!
 160    *
 161    * @param frame DOCUMENT ME!
 162    * @param title DOCUMENT ME!
 163    * @param w DOCUMENT ME!
 164    * @param h DOCUMENT ME!
 165    * @param resizable DOCUMENT ME!
 166    */
 167   public static synchronized void addInternalFrame(final JInternalFrame frame,
 168       String title, int w, int h, boolean resizable)
 169   {
 170
 171     frame.setTitle(title);
 172     if (frame.getWidth() < 1 || frame.getHeight() < 1)
 173     {
 174       frame.setSize(w, h);
 175     }
 176     // THIS IS A PUBLIC STATIC METHOD, SO IT MAY BE CALLED EVEN IN
 177     // A HEADLESS STATE WHEN NO DESKTOP EXISTS. MUST RETURN
 178     // IF JALVIEW IS RUNNING HEADLESS
 179     /////////////////////////////////////////////////
 180     if (System.getProperty("java.awt.headless") != null
 181         && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true"))
 182     {
 183       return;
 184     }
 185
 186     openFrameCount++;
 187
 188     frame.setVisible(true);
 189     frame.setClosable(true);
 190     frame.setResizable(resizable);
 191     frame.setMaximizable(resizable);
 192     frame.setIconifiable(resizable);
 193     frame.setFrameIcon(null);
 194
 195     if (frame.getX() < 1 && frame.getY() < 1)
 196     {
 197       frame.setLocation(xOffset * openFrameCount,
 198                         yOffset * ( (openFrameCount - 1) % 10) + yOffset);
 199     }
 200
 201     final JMenuItem menuItem = new JMenuItem(title);
 202     frame.addInternalFrameListener(new javax.swing.event.InternalFrameAdapter()
 203     {
 204       public void internalFrameActivated(javax.swing.event.
 205                                          InternalFrameEvent evt)
 206       {
 207         JInternalFrame itf = desktop.getSelectedFrame();
 208         if (itf != null)
 209         {
 210           itf.requestFocus();
 211         }
 212
 213       }
 214
 215       public void internalFrameClosed(
 216           javax.swing.event.InternalFrameEvent evt)
 217       {
 218         PaintRefresher.RemoveComponent(frame);
 219         openFrameCount--;
 220         windowMenu.remove(menuItem);
 221         JInternalFrame itf = desktop.getSelectedFrame();
 222         if (itf != null)
 223         {
 224           itf.requestFocus();
 225         }
 226       }
 227       ;
 228     });
 229
 230     menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 231     {
 232       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 233       {
 234         try
 235         {
 236           frame.setSelected(true);
 237           frame.setIcon(false);
 238         }
 239         catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
 240         {
 241
 242         }
 243       }
 244     });
 245
 246     windowMenu.add(menuItem);
 247
 248     desktop.add(frame);
 249     frame.toFront();
 250     try
 251     {
 252       frame.setSelected(true);
 253       frame.requestFocus();
 254     }
 255     catch (java.beans.PropertyVetoException ve)
 256     {}
 257   }
 258
 259   public void lostOwnership(Clipboard clipboard, Transferable contents)
 260   {
 261     if (!internalCopy)
 262     {
 263       Desktop.jalviewClipboard = null;
 264     }
 265
 266     internalCopy = false;
 267   }
 268
 269   public void dragEnter(DropTargetDragEvent evt)
 270   {}
 271
 272   public void dragExit(DropTargetEvent evt)
 273   {}
 274
 275   public void dragOver(DropTargetDragEvent evt)
 276   {}
 277
 278   public void dropActionChanged(DropTargetDragEvent evt)
 279   {}
 280
 281   /**
 282    * DOCUMENT ME!
 283    *
 284    * @param evt DOCUMENT ME!
 285    */
 286   public void drop(DropTargetDropEvent evt)
 287   {
 288     Transferable t = evt.getTransferable();
 289     java.util.List files = null;
 290
 291     try
 292     {
 293       DataFlavor uriListFlavor = new DataFlavor(
 294           "text/uri-list;class=java.lang.String");
 295       if (t.isDataFlavorSupported(DataFlavor.javaFileListFlavor))
 296       {
 297         //Works on Windows and MacOSX
 298         evt.acceptDrop(DnDConstants.ACTION_COPY_OR_MOVE);
 299         files = (java.util.List) t.getTransferData(DataFlavor.
 300             javaFileListFlavor);
 301       }
 302       else if (t.isDataFlavorSupported(uriListFlavor))
 303       {
 304         // This is used by Unix drag system
 305         evt.acceptDrop(DnDConstants.ACTION_COPY_OR_MOVE);
 306         String data = (String) t.getTransferData(uriListFlavor);
 307         files = new java.util.ArrayList(1);
 308         for (java.util.StringTokenizer st = new java.util.StringTokenizer(
 309             data,
 310             "\r\n");
 311              st.hasMoreTokens(); )
 312         {
 313           String s = st.nextToken();
 314           if (s.startsWith("#"))
 315           {
 316             // the line is a comment (as per the RFC 2483)
 317             continue;
 318           }
 319
 320           java.net.URI uri = new java.net.URI(s);
 321           java.io.File file = new java.io.File(uri);
 322           files.add(file);
 323         }
 324       }
 325     }
 326     catch (Exception e)
 327     {}
 328
 329     if (files != null)
 330     {
 331       try
 332       {
 333         for (int i = 0; i < files.size(); i++)
 334         {
 335           String file = files.get(i).toString();
 336           String protocol = FormatAdapter.FILE;
 337           String format = null;
 338
 339           if (file.endsWith(".jar"))
 340           {
 341             format = "Jalview";
 342
 343           }
 344           else
 345           {
 346             format = new IdentifyFile().Identify(file,
 347                                                  protocol);
 348           }
 349
 350           new FileLoader().LoadFile(file, protocol, format);
 351
 352         }
 353       }
 354       catch (Exception ex)
 355       {}
 356     }
 357   }
 358
 359   /**
 360    * DOCUMENT ME!
 361    *
 362    * @param e DOCUMENT ME!
 363    */
 364   public void inputLocalFileMenuItem_actionPerformed(AlignViewport viewport)
 365   {
 366     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.
 367         getProperty(
 368             "LAST_DIRECTORY"),
 369         new String[]
 370         {
 371         "fa, fasta, fastq", "aln", "pfam", "msf", "pir", "blc",
 372         "jar"
 373     },
 374         new String[]
 375         {
 376         "Fasta", "Clustal", "PFAM", "MSF", "PIR", "BLC", "Jalview"
 377     }, jalview.bin.Cache.getProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT"));
 378
 379     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 380     chooser.setDialogTitle("Open local file");
 381     chooser.setToolTipText("Open");
 382
 383     int value = chooser.showOpenDialog(this);
 384
 385     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 386     {
 387       String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();
 388       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",
 389                                     chooser.getSelectedFile().getParent());
 390
 391       String format = null;
 392       if (chooser.getSelectedFormat().equals("Jalview"))
 393       {
 394         format = "Jalview";
 395       }
 396       else
 397       {
 398         format = new IdentifyFile().Identify(choice, FormatAdapter.FILE);
 399       }
 400
 401       if (viewport != null)
 402       {
 403         new FileLoader().LoadFile(viewport, choice, FormatAdapter.FILE, format);
 404       }
 405       else
 406       {
 407         new FileLoader().LoadFile(choice, FormatAdapter.FILE, format);
 408       }
 409     }
 410   }
 411
 412   /**
 413    * DOCUMENT ME!
 414    *
 415    * @param e DOCUMENT ME!
 416    */
 417   public void inputURLMenuItem_actionPerformed(AlignViewport viewport)
 418   {
 419     // This construct allows us to have a wider textfield
 420     // for viewing
 421     JLabel label = new JLabel("Enter URL of Input File");
 422     final JComboBox history = new JComboBox();
 423
 424     JPanel panel = new JPanel(new GridLayout(2, 1));
 425     panel.add(label);
 426     panel.add(history);
 427     history.setPreferredSize(new Dimension(400, 20));
 428     history.setEditable(true);
 429     history.addItem("http://www.");
 430
 431     String historyItems = jalview.bin.Cache.getProperty("RECENT_URL");
 432
 433     StringTokenizer st;
 434
 435     if (historyItems != null)
 436     {
 437       st = new StringTokenizer(historyItems, "\t");
 438
 439       while (st.hasMoreTokens())
 440       {
 441         history.addItem(st.nextElement());
 442       }
 443     }
 444
 445     int reply = JOptionPane.showInternalConfirmDialog(desktop,
 446         panel, "Input Alignment From URL",
 447         JOptionPane.OK_CANCEL_OPTION);
 448
 449     if (reply != JOptionPane.OK_OPTION)
 450     {
 451       return;
 452     }
 453
 454     String url = history.getSelectedItem().toString();
 455
 456     if (url.toLowerCase().endsWith(".jar"))
 457     {
 458       if (viewport != null)
 459       {
 460         new FileLoader().LoadFile(viewport, url, FormatAdapter.URL, "Jalview");
 461       }
 462       else
 463       {
 464         new FileLoader().LoadFile(url, FormatAdapter.URL, "Jalview");
 465       }
 466     }
 467     else
 468     {
 469       String format = new IdentifyFile().Identify(url, FormatAdapter.URL);
 470
 471       if (format.equals("URL NOT FOUND"))
 472       {
 473         JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 474                                               "Couldn't locate " + url,
 475                                               "URL not found",
 476                                               JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 477
 478         return;
 479       }
 480
 481       if (viewport != null)
 482       {
 483         new FileLoader().LoadFile(viewport, url, FormatAdapter.URL, format);
 484       }
 485       else
 486       {
 487         new FileLoader().LoadFile(url, FormatAdapter.URL, format);
 488       }
 489     }
 490   }
 491
 492   /**
 493    * DOCUMENT ME!
 494    *
 495    * @param e DOCUMENT ME!
 496    */
 497   public void inputTextboxMenuItem_actionPerformed(AlignViewport viewport)
 498   {
 499     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 500     cap.setForInput(viewport);
 501     Desktop.addInternalFrame(cap, "Cut & Paste Alignment File", 600, 500);
 502   }
 503
 504   /*
 505    * Exit the program
 506    */
 507   public void quit()
 508   {
 509     jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_X", getBounds().x + "");
 510     jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_Y", getBounds().y + "");
 511     jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_WIDTH", getWidth() + "");
 512     jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_HEIGHT", getHeight() + "");
 513     System.exit(0);
 514   }
 515
 516   /**
 517    * DOCUMENT ME!
 518    *
 519    * @param e DOCUMENT ME!
 520    */
 521   public void aboutMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
 522   {
 523     StringBuffer message = new StringBuffer("JalView version " +
 524                                             jalview.bin.Cache.getProperty(
 525                                                 "VERSION") +
 526                                             "; last updated: " +
 527                                             jalview.bin.
 528                                             Cache.getDefault("BUILD_DATE",
 529         "unknown"));
 530
 531     if (!jalview.bin.Cache.getProperty("LATEST_VERSION").equals(
 532         jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION")))
 533     {
 534       message.append("\n\n!! Jalview version "
 535                      + jalview.bin.Cache.getProperty("LATEST_VERSION")
 536                      +
 537           " is available for download from http://www.jalview.org !!\n");
 538
 539     }
 540
 541     message.append("\nAuthors:  Michele Clamp, James Cuff, Steve Searle, Andrew Waterhouse, Jim Procter & Geoff Barton." +
 542                    "\nCurrent development managed by Andrew Waterhouse; Barton Group, University of Dundee." +
 543                    "\nFor all issues relating to Jalview, email help@jalview.org" +
 544                    "\n\nIf  you use JalView, please cite:" +
 545                    "\n\"Clamp, M., Cuff, J., Searle, S. M. and Barton, G. J. (2004), The Jalview Java Alignment Editor\"" +
 546                    "\nBioinformatics,  2004 20;426-7.");
 547
 548     JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 549
 550                                           message.toString(), "About Jalview",
 551                                           JOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);
 552   }
 553
 554   /**
 555    * DOCUMENT ME!
 556    *
 557    * @param e DOCUMENT ME!
 558    */
 559   public void documentationMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
 560   {
 561     try
 562     {
 563       ClassLoader cl = jalview.gui.Desktop.class.getClassLoader();
 564       java.net.URL url = javax.help.HelpSet.findHelpSet(cl, "help/help");
 565       javax.help.HelpSet hs = new javax.help.HelpSet(cl, url);
 566
 567       javax.help.HelpBroker hb = hs.createHelpBroker();
 568       hb.setCurrentID("home");
 569       hb.setDisplayed(true);
 570     }
 571     catch (Exception ex)
 572     {}
 573   }
 574
 575   public void closeAll_actionPerformed(ActionEvent e)
 576   {
 577     JInternalFrame[] frames = desktop.getAllFrames();
 578     for (int i = 0; i < frames.length; i++)
 579     {
 580       try
 581       {
 582         frames[i].setClosed(true);
 583       }
 584       catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
 585       {}
 586     }
 587   }
 588
 589   public void raiseRelated_actionPerformed(ActionEvent e)
 590   {
 591     reorderAssociatedWindows(false, false);
 592   }
 593
 594   public void minimizeAssociated_actionPerformed(ActionEvent e)
 595   {
 596     reorderAssociatedWindows(true, false);
 597   }
 598
 599   void closeAssociatedWindows()
 600   {
 601     reorderAssociatedWindows(false, true);
 602   }
 603
 604   void reorderAssociatedWindows(boolean minimize, boolean close)
 605   {
 606     JInternalFrame[] frames = desktop.getAllFrames();
 607     if (frames == null || frames.length < 1)
 608     {
 609       return;
 610     }
 611
 612     AlignViewport source = null, target = null;
 613     if (frames[0] instanceof AlignFrame)
 614     {
 615       source = ( (AlignFrame) frames[0]).getCurrentView();
 616     }
 617     else if (frames[0] instanceof TreePanel)
 618     {
 619       source = ( (TreePanel) frames[0]).getViewPort();
 620     }
 621     else if (frames[0] instanceof PCAPanel)
 622     {
 623       source = ( (PCAPanel) frames[0]).av;
 624     }
 625     else if (frames[0].getContentPane() instanceof PairwiseAlignPanel)
 626     {
 627       source = ( (PairwiseAlignPanel) frames[0].getContentPane()).av;
 628     }
 629
 630     if (source != null)
 631     {
 632       for (int i = 0; i < frames.length; i++)
 633       {
 634         target = null;
 635         if (frames[i] == null)
 636         {
 637           continue;
 638         }
 639         if (frames[i] instanceof AlignFrame)
 640         {
 641           target = ( (AlignFrame) frames[i]).getCurrentView();
 642         }
 643         else if (frames[i] instanceof TreePanel)
 644         {
 645           target = ( (TreePanel) frames[i]).getViewPort();
 646         }
 647         else if (frames[i] instanceof PCAPanel)
 648         {
 649           target = ( (PCAPanel) frames[i]).av;
 650         }
 651         else if (frames[i].getContentPane() instanceof PairwiseAlignPanel)
 652         {
 653           target = ( (PairwiseAlignPanel) frames[i].getContentPane()).av;
 654         }
 655
 656         if (source == target)
 657         {
 658           try
 659           {
 660             if (close)
 661             {
 662               frames[i].setClosed(true);
 663             }
 664             else
 665             {
 666               frames[i].setIcon(minimize);
 667               if (!minimize)
 668               {
 669                 frames[i].toFront();
 670               }
 671             }
 672
 673           }
 674           catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
 675           {}
 676         }
 677       }
 678     }
 679   }
 680
 681   /**
 682    * DOCUMENT ME!
 683    *
 684    * @param e DOCUMENT ME!
 685    */
 686   protected void preferences_actionPerformed(ActionEvent e)
 687   {
 688     new Preferences();
 689   }
 690
 691   /**
 692    * DOCUMENT ME!
 693    *
 694    * @param e DOCUMENT ME!
 695    */
 696   public void saveState_actionPerformed(ActionEvent e)
 697   {
 698     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.
 699         getProperty(
 700             "LAST_DIRECTORY"), new String[]
 701         {"jar"},
 702         new String[]
 703         {"Jalview Project"}, "Jalview Project");
 704
 705     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 706     chooser.setDialogTitle("Save State");
 707
 708     int value = chooser.showSaveDialog(this);
 709
 710     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 711     {
 712       java.io.File choice = chooser.getSelectedFile();
 713       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", choice.getParent());
 714       new Jalview2XML().SaveState(choice);
 715     }
 716   }
 717
 718   /**
 719    * DOCUMENT ME!
 720    *
 721    * @param e DOCUMENT ME!
 722    */
 723   public void loadState_actionPerformed(ActionEvent e)
 724   {
 725     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.
 726         getProperty(
 727             "LAST_DIRECTORY"), new String[]
 728         {"jar"},
 729         new String[]
 730         {"Jalview Project"}, "Jalview Project");
 731     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 732     chooser.setDialogTitle("Restore state");
 733
 734     int value = chooser.showOpenDialog(this);
 735
 736     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 737     {
 738       String choice = chooser.getSelectedFile().getAbsolutePath();
 739       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",
 740                                     chooser.getSelectedFile().getParent());
 741       new Jalview2XML().LoadJalviewAlign(choice);
 742     }
 743   }
 744
 745   /*  public void vamsasLoad_actionPerformed(ActionEvent e)
 746     {
 747       JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.
 748           getProperty("LAST_DIRECTORY"));
 749
 750       chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 751       chooser.setDialogTitle("Load Vamsas file");
 752       chooser.setToolTipText("Import");
 753
 754       int value = chooser.showOpenDialog(this);
 755
 756       if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 757       {
 758         jalview.io.VamsasDatastore vs = new jalview.io.VamsasDatastore(null);
 759         vs.load(
 760             chooser.getSelectedFile().getAbsolutePath()
 761             );
 762       }
 763
 764     }*/
 765
 766
 767   public void inputSequence_actionPerformed(ActionEvent e)
 768   {
 769     new SequenceFetcher(null);
 770   }
 771
 772   JPanel progressPanel;
 773
 774   public void startLoading(final String fileName)
 775   {
 776     if (fileLoadingCount == 0)
 777     {
 778       progressPanel = new JPanel(new BorderLayout());
 779       JProgressBar progressBar = new JProgressBar();
 780       progressBar.setIndeterminate(true);
 781
 782       progressPanel.add(new JLabel("Loading File: " + fileName + "   "),
 783                         BorderLayout.WEST);
 784
 785       progressPanel.add(progressBar, BorderLayout.CENTER);
 786
 787       instance.getContentPane().add(progressPanel, BorderLayout.SOUTH);
 788     }
 789     fileLoadingCount++;
 790     validate();
 791   }
 792
 793   public void stopLoading()
 794   {
 795     fileLoadingCount--;
 796     if (fileLoadingCount < 1)
 797     {
 798       if (progressPanel != null)
 799       {
 800         this.getContentPane().remove(progressPanel);
 801         progressPanel = null;
 802       }
 803       fileLoadingCount = 0;
 804     }
 805     validate();
 806   }
 807
 808   public static int getViewCount(String viewId)
 809   {
 810     int count = 0;
 811     JInternalFrame[] frames = Desktop.desktop.getAllFrames();
 812     for (int t = 0; t < frames.length; t++)
 813     {
 814       if (frames[t] instanceof AlignFrame)
 815       {
 816         AlignFrame af = (AlignFrame) frames[t];
 817         for (int a = 0; a < af.alignPanels.size(); a++)
 818         {
 819           if (viewId.equals(
 820               ( (AlignmentPanel) af.alignPanels.elementAt(a)).av.
 821               getSequenceSetId())
 822               )
 823           {
 824             count++;
 825           }
 826         }
 827       }
 828     }
 829
 830     return count;
 831   }
 832
 833   public void explodeViews(AlignFrame af)
 834   {
 835     int size = af.alignPanels.size();
 836     if (size < 2)
 837     {
 838       return;
 839     }
 840
 841     for (int i = 0; i < size; i++)
 842     {
 843       AlignmentPanel ap = (AlignmentPanel) af.alignPanels.elementAt(i);
 844       AlignFrame newaf = new AlignFrame(ap);
 845       if (ap.av.explodedPosition != null)
 846       {
 847         newaf.setBounds(ap.av.explodedPosition);
 848       }
 849
 850       ap.av.gatherViewsHere = false;
 851
 852       addInternalFrame(newaf, af.getTitle(),
 853                        AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 854                        AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 855     }
 856
 857     af.alignPanels.clear();
 858     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 859
 860   }
 861
 862   public void gatherViews(AlignFrame source)
 863   {
 864     source.viewport.gatherViewsHere = true;
 865     source.viewport.explodedPosition = source.getBounds();
 866     JInternalFrame[] frames = desktop.getAllFrames();
 867     String viewId = source.viewport.sequenceSetID;
 868
 869     for (int t = 0; t < frames.length; t++)
 870     {
 871       if (frames[t] instanceof AlignFrame && frames[t] != source)
 872       {
 873         AlignFrame af = (AlignFrame) frames[t];
 874         boolean gatherThis = false;
 875         for (int a = 0; a < af.alignPanels.size(); a++)
 876         {
 877           AlignmentPanel ap = (AlignmentPanel) af.alignPanels.elementAt(a);
 878           if (viewId.equals(ap.av.getSequenceSetId()))
 879           {
 880             gatherThis = true;
 881             ap.av.gatherViewsHere = false;
 882             ap.av.explodedPosition = af.getBounds();
 883             source.addAlignmentPanel(ap, false);
 884           }
 885         }
 886
 887         if (gatherThis)
 888         {
 889           af.alignPanels.clear();
 890           af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 891         }
 892       }
 893     }
 894
 895   }
 896
 897   jalview.gui.VamsasClient v_client = null;
 898   public void vamsasLoad_actionPerformed(ActionEvent e)
 899   {
 900     if (v_client == null)
 901     {
 902       // Start a session.
 903       JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.
 904           getProperty("LAST_DIRECTORY"));
 905
 906       chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 907       chooser.setDialogTitle("Load Vamsas file");
 908       chooser.setToolTipText("Import");
 909
 910       int value = chooser.showOpenDialog(this);
 911
 912       if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 913       {
 914         v_client = new jalview.gui.VamsasClient(this,
 915                                                 chooser.getSelectedFile());
 916         this.vamsasLoad.setText("Session Update");
 917         this.vamsasStop.setVisible(true);
 918         v_client.initial_update();
 919         v_client.startWatcher();
 920       }
 921     }
 922     else
 923     {
 924       // store current data in session.
 925       v_client.push_update();
 926     }
 927   }
 928
 929   public void vamsasStop_actionPerformed(ActionEvent e)
 930   {
 931     if (v_client != null)
 932     {
 933       v_client.end_session();
 934       v_client = null;
 935       this.vamsasStop.setVisible(false);
 936       this.vamsasLoad.setText("Start Vamsas Session...");
 937     }
 938   }
 939
 940   /**
 941    * hide vamsas user gui bits when a vamsas document event is being handled.
 942    * @param b true to hide gui, false to reveal gui
 943    */
 944   public void setVamsasUpdate(boolean b)
 945   {
 946     jalview.bin.Cache.log.debug("Setting gui for Vamsas update " +
 947                                 (b ? "in progress" : "finished"));
 948     vamsasLoad.setVisible(!b);
 949     vamsasStop.setVisible(!b);
 950
 951   }
 952
 953   /**
 954    * Checks the given url to see if it gives a response indicating that
 955    * the user should be informed of a new questionnaire.
 956    * @param url
 957    */
 958   public void checkForQuestionnaire(String url)
 959   {
 960     UserQuestionnaireCheck jvq = new UserQuestionnaireCheck(url);
 961     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(jvq);
 962   }
 963
 964 }