src/jalview/gui/Desktop.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.gui;
  20
  21 import jalview.io.*;
  22 import java.awt.*;
  23 import java.awt.datatransfer.*;
  24 import java.awt.dnd.*;
  25 import java.awt.event.*;
  26 import java.lang.reflect.Constructor;
  27 import java.util.*;
  28
  29 import javax.swing.*;
  30
  31 /**
  32  * DOCUMENT ME!
  33  *
  34  * @author $author$
  35  * @version $Revision$
  36  */
  37 public class Desktop
  38     extends jalview.jbgui.GDesktop implements DropTargetListener,
  39     ClipboardOwner
  40 {
  41   /** DOCUMENT ME!! */
  42   public static Desktop instance;
  43
  44   //Need to decide if the Memory Usage is to be included in
  45   //Next release or not.
  46  // public static MyDesktopPane desktop;
  47    public static JDesktopPane desktop;
  48
  49
  50   static int openFrameCount = 0;
  51   static final int xOffset = 30;
  52   static final int yOffset = 30;
  53   public static jalview.ws.Discoverer discoverer;
  54
  55   public static Object[] jalviewClipboard;
  56   public static boolean internalCopy = false;
  57
  58   static int fileLoadingCount = 0;
  59
  60   /**
  61    * Creates a new Desktop object.
  62    */
  63   public Desktop()
  64   {
  65     instance = this;
  66     doVamsasClientCheck();
  67     doGroovyCheck();
  68     Image image = null;
  69
  70
  71     try
  72     {
  73       java.net.URL url = getClass().getResource("/images/logo.gif");
  74
  75       if (url != null)
  76       {
  77         image = java.awt.Toolkit.getDefaultToolkit().createImage(url);
  78
  79         MediaTracker mt = new MediaTracker(this);
  80         mt.addImage(image, 0);
  81         mt.waitForID(0);
  82         setIconImage(image);
  83       }
  84     }
  85     catch (Exception ex)
  86     {
  87     }
  88
  89     setTitle("Jalview " + jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION"));
  90     setDefaultCloseOperation(JFrame.EXIT_ON_CLOSE);
  91
  92   // desktop = new MyDesktopPane(true);
  93     desktop = new JDesktopPane();
  94     desktop.setBackground(Color.white);
  95     getContentPane().setLayout(new BorderLayout());
  96     getContentPane().add(desktop, BorderLayout.CENTER);
  97     desktop.setDragMode(JDesktopPane.OUTLINE_DRAG_MODE);
  98
  99     // This line prevents Windows Look&Feel resizing all new windows to maximum
 100     // if previous window was maximised
 101     desktop.setDesktopManager(new DefaultDesktopManager());
 102
 103     Dimension screenSize = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
 104     String x = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_X");
 105     String y = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_Y");
 106     String width = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_WIDTH");
 107     String height = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_HEIGHT");
 108
 109     if ( (x != null) && (y != null) && (width != null) && (height != null))
 110     {
 111       setBounds(Integer.parseInt(x), Integer.parseInt(y),
 112                 Integer.parseInt(width), Integer.parseInt(height));
 113     }
 114     else
 115     {
 116       setBounds( (int) (screenSize.width - 900) / 2,
 117                 (int) (screenSize.height - 650) / 2, 900, 650);
 118     }
 119
 120     this.addWindowListener(new WindowAdapter()
 121     {
 122       public void windowClosing(WindowEvent evt)
 123       {
 124         quit();
 125       }
 126     });
 127
 128     this.addMouseListener(new MouseAdapter()
 129         {
 130           public void mousePressed(MouseEvent evt)
 131           {
 132             if(SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))
 133             {
 134               showPasteMenu(evt.getX(), evt.getY());
 135             }
 136           }
 137         });
 138
 139
 140     this.setDropTarget(new java.awt.dnd.DropTarget(desktop, this));
 141
 142     /////////Add a splashscreen on startup
 143     /////////Add a splashscreen on startup
 144     JInternalFrame frame = new JInternalFrame();
 145
 146     SplashScreen splash = new SplashScreen(frame, image);
 147     frame.setContentPane(splash);
 148     frame.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);
 149     frame.setLocation( (int) ( (getWidth() - 750) / 2),
 150                       (int) ( (getHeight() - 160) / 2));
 151
 152     addInternalFrame(frame, "", 750, 160, false);
 153
 154     discoverer = new jalview.ws.Discoverer(); // Only gets started if gui is displayed.
 155   }
 156
 157   private void doVamsasClientCheck()
 158   {
 159     if (jalview.bin.Cache.vamsasJarsPresent())
 160     {
 161       VamsasMenu.setVisible(true);
 162       vamsasLoad.setVisible(true);
 163     }
 164   }
 165
 166   void showPasteMenu(int x, int y)
 167   {
 168     JPopupMenu popup = new JPopupMenu();
 169     JMenuItem item = new JMenuItem("Paste To New Window");
 170     item.addActionListener(new ActionListener()
 171     {
 172       public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 173       {
 174         paste();
 175       }
 176     });
 177
 178     popup.add(item);
 179     popup.show(this, x, y);
 180   }
 181
 182   public void paste()
 183   {
 184     try
 185     {
 186       Clipboard c = Toolkit.getDefaultToolkit().getSystemClipboard();
 187       Transferable contents = c.getContents(this);
 188
 189       if (contents != null)
 190       {
 191         String file = (String) contents
 192             .getTransferData(DataFlavor.stringFlavor);
 193
 194         String format = new IdentifyFile().Identify(file,
 195                                                     FormatAdapter.PASTE);
 196
 197         new FileLoader().LoadFile(file, FormatAdapter.PASTE, format);
 198
 199       }
 200     }
 201     catch (Exception ex)
 202     {
 203       System.out.println("Unable to paste alignment from system clipboard:\n"
 204                          + ex);
 205     }
 206   }
 207
 208   /**
 209    * DOCUMENT ME!
 210    *
 211    * @param frame DOCUMENT ME!
 212    * @param title DOCUMENT ME!
 213    * @param w DOCUMENT ME!
 214    * @param h DOCUMENT ME!
 215    */
 216   public static synchronized void addInternalFrame(final JInternalFrame frame,
 217       String title, int w, int h)
 218   {
 219     addInternalFrame(frame, title, w, h, true);
 220   }
 221
 222   /**
 223    * DOCUMENT ME!
 224    *
 225    * @param frame DOCUMENT ME!
 226    * @param title DOCUMENT ME!
 227    * @param w DOCUMENT ME!
 228    * @param h DOCUMENT ME!
 229    * @param resizable DOCUMENT ME!
 230    */
 231   public static synchronized void addInternalFrame(final JInternalFrame frame,
 232       String title, int w, int h, boolean resizable)
 233   {
 234
 235     frame.setTitle(title);
 236     if (frame.getWidth() < 1 || frame.getHeight() < 1)
 237     {
 238       frame.setSize(w, h);
 239     }
 240     // THIS IS A PUBLIC STATIC METHOD, SO IT MAY BE CALLED EVEN IN
 241     // A HEADLESS STATE WHEN NO DESKTOP EXISTS. MUST RETURN
 242     // IF JALVIEW IS RUNNING HEADLESS
 243     /////////////////////////////////////////////////
 244     if (System.getProperty("java.awt.headless") != null
 245         && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true"))
 246     {
 247       return;
 248     }
 249
 250     openFrameCount++;
 251
 252     frame.setVisible(true);
 253     frame.setClosable(true);
 254     frame.setResizable(resizable);
 255     frame.setMaximizable(resizable);
 256     frame.setIconifiable(resizable);
 257     frame.setFrameIcon(null);
 258
 259     if (frame.getX() < 1 && frame.getY() < 1)
 260     {
 261       frame.setLocation(xOffset * openFrameCount,
 262                         yOffset * ( (openFrameCount - 1) % 10) + yOffset);
 263     }
 264
 265     final JMenuItem menuItem = new JMenuItem(title);
 266     frame.addInternalFrameListener(new javax.swing.event.InternalFrameAdapter()
 267     {
 268       public void internalFrameActivated(javax.swing.event.
 269                                          InternalFrameEvent evt)
 270       {
 271         JInternalFrame itf = desktop.getSelectedFrame();
 272         if (itf != null)
 273         {
 274           itf.requestFocus();
 275         }
 276
 277       }
 278
 279       public void internalFrameClosed(
 280           javax.swing.event.InternalFrameEvent evt)
 281       {
 282         PaintRefresher.RemoveComponent(frame);
 283         openFrameCount--;
 284         windowMenu.remove(menuItem);
 285         JInternalFrame itf = desktop.getSelectedFrame();
 286         if (itf != null)
 287         {
 288           itf.requestFocus();
 289         }
 290         System.gc();
 291       }
 292       ;
 293     });
 294
 295     menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 296     {
 297       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 298       {
 299         try
 300         {
 301           frame.setSelected(true);
 302           frame.setIcon(false);
 303         }
 304         catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
 305         {
 306
 307         }
 308       }
 309     });
 310
 311     windowMenu.add(menuItem);
 312
 313     desktop.add(frame);
 314     frame.toFront();
 315     try
 316     {
 317       frame.setSelected(true);
 318       frame.requestFocus();
 319     }
 320     catch (java.beans.PropertyVetoException ve)
 321     {}
 322   }
 323
 324   public void lostOwnership(Clipboard clipboard, Transferable contents)
 325   {
 326     if (!internalCopy)
 327     {
 328       Desktop.jalviewClipboard = null;
 329     }
 330
 331     internalCopy = false;
 332   }
 333
 334   public void dragEnter(DropTargetDragEvent evt)
 335   {}
 336
 337   public void dragExit(DropTargetEvent evt)
 338   {}
 339
 340   public void dragOver(DropTargetDragEvent evt)
 341   {}
 342
 343   public void dropActionChanged(DropTargetDragEvent evt)
 344   {}
 345
 346   /**
 347    * DOCUMENT ME!
 348    *
 349    * @param evt DOCUMENT ME!
 350    */
 351   public void drop(DropTargetDropEvent evt)
 352   {
 353     Transferable t = evt.getTransferable();
 354     java.util.List files = null;
 355
 356     try
 357     {
 358       DataFlavor uriListFlavor = new DataFlavor(
 359           "text/uri-list;class=java.lang.String");
 360       if (t.isDataFlavorSupported(DataFlavor.javaFileListFlavor))
 361       {
 362         //Works on Windows and MacOSX
 363         evt.acceptDrop(DnDConstants.ACTION_COPY_OR_MOVE);
 364         files = (java.util.List) t.getTransferData(DataFlavor.
 365             javaFileListFlavor);
 366       }
 367       else if (t.isDataFlavorSupported(uriListFlavor))
 368       {
 369         // This is used by Unix drag system
 370         evt.acceptDrop(DnDConstants.ACTION_COPY_OR_MOVE);
 371         String data = (String) t.getTransferData(uriListFlavor);
 372         files = new java.util.ArrayList(1);
 373         for (java.util.StringTokenizer st = new java.util.StringTokenizer(
 374             data,
 375             "\r\n");
 376              st.hasMoreTokens(); )
 377         {
 378           String s = st.nextToken();
 379           if (s.startsWith("#"))
 380           {
 381             // the line is a comment (as per the RFC 2483)
 382             continue;
 383           }
 384
 385           java.net.URI uri = new java.net.URI(s);
 386           java.io.File file = new java.io.File(uri);
 387           files.add(file);
 388         }
 389       }
 390     }
 391     catch (Exception e)
 392     {}
 393
 394     if (files != null)
 395     {
 396       try
 397       {
 398         for (int i = 0; i < files.size(); i++)
 399         {
 400           String file = files.get(i).toString();
 401           String protocol = FormatAdapter.FILE;
 402           String format = null;
 403
 404           if (file.endsWith(".jar"))
 405           {
 406             format = "Jalview";
 407
 408           }
 409           else
 410           {
 411             format = new IdentifyFile().Identify(file,
 412                                                  protocol);
 413           }
 414
 415           new FileLoader().LoadFile(file, protocol, format);
 416
 417         }
 418       }
 419       catch (Exception ex)
 420       {}
 421     }
 422   }
 423
 424   /**
 425    * DOCUMENT ME!
 426    *
 427    * @param e DOCUMENT ME!
 428    */
 429   public void inputLocalFileMenuItem_actionPerformed(AlignViewport viewport)
 430   {
 431     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.
 432         getProperty(
 433             "LAST_DIRECTORY"),
 434         new String[]
 435         {
 436         "fa, fasta, fastq", "aln", "pfam", "msf", "pir", "blc",
 437         "jar"
 438     },
 439         new String[]
 440         {
 441         "Fasta", "Clustal", "PFAM", "MSF", "PIR", "BLC", "Jalview"
 442     }, jalview.bin.Cache.getProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT"));
 443
 444     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 445     chooser.setDialogTitle("Open local file");
 446     chooser.setToolTipText("Open");
 447
 448     int value = chooser.showOpenDialog(this);
 449
 450     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 451     {
 452       String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();
 453       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",
 454                                     chooser.getSelectedFile().getParent());
 455
 456       String format = null;
 457       if (chooser.getSelectedFormat().equals("Jalview"))
 458       {
 459         format = "Jalview";
 460       }
 461       else
 462       {
 463         format = new IdentifyFile().Identify(choice, FormatAdapter.FILE);
 464       }
 465
 466       if (viewport != null)
 467       {
 468         new FileLoader().LoadFile(viewport, choice, FormatAdapter.FILE, format);
 469       }
 470       else
 471       {
 472         new FileLoader().LoadFile(choice, FormatAdapter.FILE, format);
 473       }
 474     }
 475   }
 476
 477   /**
 478    * DOCUMENT ME!
 479    *
 480    * @param e DOCUMENT ME!
 481    */
 482   public void inputURLMenuItem_actionPerformed(AlignViewport viewport)
 483   {
 484     // This construct allows us to have a wider textfield
 485     // for viewing
 486     JLabel label = new JLabel("Enter URL of Input File");
 487     final JComboBox history = new JComboBox();
 488
 489     JPanel panel = new JPanel(new GridLayout(2, 1));
 490     panel.add(label);
 491     panel.add(history);
 492     history.setPreferredSize(new Dimension(400, 20));
 493     history.setEditable(true);
 494     history.addItem("http://www.");
 495
 496     String historyItems = jalview.bin.Cache.getProperty("RECENT_URL");
 497
 498     StringTokenizer st;
 499
 500     if (historyItems != null)
 501     {
 502       st = new StringTokenizer(historyItems, "\t");
 503
 504       while (st.hasMoreTokens())
 505       {
 506         history.addItem(st.nextElement());
 507       }
 508     }
 509
 510     int reply = JOptionPane.showInternalConfirmDialog(desktop,
 511         panel, "Input Alignment From URL",
 512         JOptionPane.OK_CANCEL_OPTION);
 513
 514     if (reply != JOptionPane.OK_OPTION)
 515     {
 516       return;
 517     }
 518
 519     String url = history.getSelectedItem().toString();
 520
 521     if (url.toLowerCase().endsWith(".jar"))
 522     {
 523       if (viewport != null)
 524       {
 525         new FileLoader().LoadFile(viewport, url, FormatAdapter.URL, "Jalview");
 526       }
 527       else
 528       {
 529         new FileLoader().LoadFile(url, FormatAdapter.URL, "Jalview");
 530       }
 531     }
 532     else
 533     {
 534       String format = new IdentifyFile().Identify(url, FormatAdapter.URL);
 535
 536       if (format.equals("URL NOT FOUND"))
 537       {
 538         JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 539                                               "Couldn't locate " + url,
 540                                               "URL not found",
 541                                               JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 542
 543         return;
 544       }
 545
 546       if (viewport != null)
 547       {
 548         new FileLoader().LoadFile(viewport, url, FormatAdapter.URL, format);
 549       }
 550       else
 551       {
 552         new FileLoader().LoadFile(url, FormatAdapter.URL, format);
 553       }
 554     }
 555   }
 556
 557   /**
 558    * DOCUMENT ME!
 559    *
 560    * @param e DOCUMENT ME!
 561    */
 562   public void inputTextboxMenuItem_actionPerformed(AlignViewport viewport)
 563   {
 564     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 565     cap.setForInput(viewport);
 566     Desktop.addInternalFrame(cap, "Cut & Paste Alignment File", 600, 500);
 567   }
 568
 569   /*
 570    * Exit the program
 571    */
 572   public void quit()
 573   {
 574     jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_X", getBounds().x + "");
 575     jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_Y", getBounds().y + "");
 576     jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_WIDTH", getWidth() + "");
 577     jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_HEIGHT", getHeight() + "");
 578     System.exit(0);
 579   }
 580
 581   /**
 582    * DOCUMENT ME!
 583    *
 584    * @param e DOCUMENT ME!
 585    */
 586   public void aboutMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
 587   {
 588     StringBuffer message = new StringBuffer("JalView version " +
 589                                             jalview.bin.Cache.getProperty(
 590                                                 "VERSION") +
 591                                             "; last updated: " +
 592                                             jalview.bin.
 593                                             Cache.getDefault("BUILD_DATE",
 594         "unknown"));
 595
 596     if (!jalview.bin.Cache.getProperty("LATEST_VERSION").equals(
 597         jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION")))
 598     {
 599       message.append("\n\n!! Jalview version "
 600                      + jalview.bin.Cache.getProperty("LATEST_VERSION")
 601                      +
 602           " is available for download from http://www.jalview.org !!\n");
 603
 604     }
 605
 606     message.append("\nAuthors:  Michele Clamp, James Cuff, Steve Searle, Andrew Waterhouse, Jim Procter & Geoff Barton." +
 607                    "\nCurrent development managed by Andrew Waterhouse; Barton Group, University of Dundee." +
 608                    "\nFor all issues relating to Jalview, email help@jalview.org" +
 609                    "\n\nIf  you use JalView, please cite:" +
 610                    "\n\"Clamp, M., Cuff, J., Searle, S. M. and Barton, G. J. (2004), The Jalview Java Alignment Editor\"" +
 611                    "\nBioinformatics,  2004 20;426-7.");
 612
 613     JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 614
 615                                           message.toString(), "About Jalview",
 616                                           JOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);
 617   }
 618
 619   /**
 620    * DOCUMENT ME!
 621    *
 622    * @param e DOCUMENT ME!
 623    */
 624   public void documentationMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
 625   {
 626     try
 627     {
 628       ClassLoader cl = jalview.gui.Desktop.class.getClassLoader();
 629       java.net.URL url = javax.help.HelpSet.findHelpSet(cl, "help/help");
 630       javax.help.HelpSet hs = new javax.help.HelpSet(cl, url);
 631
 632       javax.help.HelpBroker hb = hs.createHelpBroker();
 633       hb.setCurrentID("home");
 634       hb.setDisplayed(true);
 635     }
 636     catch (Exception ex)
 637     {}
 638   }
 639
 640   public void closeAll_actionPerformed(ActionEvent e)
 641   {
 642     JInternalFrame[] frames = desktop.getAllFrames();
 643     for (int i = 0; i < frames.length; i++)
 644     {
 645       try
 646       {
 647         frames[i].setClosed(true);
 648       }
 649       catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
 650       {}
 651     }
 652     System.out.println("ALL CLOSED");
 653
 654   }
 655
 656   public void raiseRelated_actionPerformed(ActionEvent e)
 657   {
 658     reorderAssociatedWindows(false, false);
 659   }
 660
 661   public void minimizeAssociated_actionPerformed(ActionEvent e)
 662   {
 663     reorderAssociatedWindows(true, false);
 664   }
 665
 666   void closeAssociatedWindows()
 667   {
 668     reorderAssociatedWindows(false, true);
 669   }
 670
 671   void reorderAssociatedWindows(boolean minimize, boolean close)
 672   {
 673     JInternalFrame[] frames = desktop.getAllFrames();
 674     if (frames == null || frames.length < 1)
 675     {
 676       return;
 677     }
 678
 679     AlignViewport source = null, target = null;
 680     if (frames[0] instanceof AlignFrame)
 681     {
 682       source = ( (AlignFrame) frames[0]).getCurrentView();
 683     }
 684     else if (frames[0] instanceof TreePanel)
 685     {
 686       source = ( (TreePanel) frames[0]).getViewPort();
 687     }
 688     else if (frames[0] instanceof PCAPanel)
 689     {
 690       source = ( (PCAPanel) frames[0]).av;
 691     }
 692     else if (frames[0].getContentPane() instanceof PairwiseAlignPanel)
 693     {
 694       source = ( (PairwiseAlignPanel) frames[0].getContentPane()).av;
 695     }
 696
 697     if (source != null)
 698     {
 699       for (int i = 0; i < frames.length; i++)
 700       {
 701         target = null;
 702         if (frames[i] == null)
 703         {
 704           continue;
 705         }
 706         if (frames[i] instanceof AlignFrame)
 707         {
 708           target = ( (AlignFrame) frames[i]).getCurrentView();
 709         }
 710         else if (frames[i] instanceof TreePanel)
 711         {
 712           target = ( (TreePanel) frames[i]).getViewPort();
 713         }
 714         else if (frames[i] instanceof PCAPanel)
 715         {
 716           target = ( (PCAPanel) frames[i]).av;
 717         }
 718         else if (frames[i].getContentPane() instanceof PairwiseAlignPanel)
 719         {
 720           target = ( (PairwiseAlignPanel) frames[i].getContentPane()).av;
 721         }
 722
 723         if (source == target)
 724         {
 725           try
 726           {
 727             if (close)
 728             {
 729               frames[i].setClosed(true);
 730             }
 731             else
 732             {
 733               frames[i].setIcon(minimize);
 734               if (!minimize)
 735               {
 736                 frames[i].toFront();
 737               }
 738             }
 739
 740           }
 741           catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
 742           {}
 743         }
 744       }
 745     }
 746   }
 747
 748   /**
 749    * DOCUMENT ME!
 750    *
 751    * @param e DOCUMENT ME!
 752    */
 753   protected void preferences_actionPerformed(ActionEvent e)
 754   {
 755     new Preferences();
 756   }
 757
 758   /**
 759    * DOCUMENT ME!
 760    *
 761    * @param e DOCUMENT ME!
 762    */
 763   public void saveState_actionPerformed(ActionEvent e)
 764   {
 765     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.
 766         getProperty(
 767             "LAST_DIRECTORY"), new String[]
 768         {"jar"},
 769         new String[]
 770         {"Jalview Project"}, "Jalview Project");
 771
 772     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 773     chooser.setDialogTitle("Save State");
 774
 775     int value = chooser.showSaveDialog(this);
 776
 777     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 778     {
 779       java.io.File choice = chooser.getSelectedFile();
 780       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", choice.getParent());
 781       new Jalview2XML().SaveState(choice);
 782     }
 783   }
 784
 785   /**
 786    * DOCUMENT ME!
 787    *
 788    * @param e DOCUMENT ME!
 789    */
 790   public void loadState_actionPerformed(ActionEvent e)
 791   {
 792     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.
 793         getProperty(
 794             "LAST_DIRECTORY"), new String[]
 795         {"jar"},
 796         new String[]
 797         {"Jalview Project"}, "Jalview Project");
 798     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 799     chooser.setDialogTitle("Restore state");
 800
 801     int value = chooser.showOpenDialog(this);
 802
 803     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 804     {
 805       String choice = chooser.getSelectedFile().getAbsolutePath();
 806       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",
 807                                     chooser.getSelectedFile().getParent());
 808       new Jalview2XML().LoadJalviewAlign(choice);
 809     }
 810   }
 811
 812   /*  public void vamsasLoad_actionPerformed(ActionEvent e)
 813     {
 814       JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.
 815           getProperty("LAST_DIRECTORY"));
 816
 817       chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 818       chooser.setDialogTitle("Load Vamsas file");
 819       chooser.setToolTipText("Import");
 820
 821       int value = chooser.showOpenDialog(this);
 822
 823       if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 824       {
 825         jalview.io.VamsasDatastore vs = new jalview.io.VamsasDatastore(null);
 826         vs.load(
 827             chooser.getSelectedFile().getAbsolutePath()
 828             );
 829       }
 830
 831     }*/
 832
 833
 834   public void inputSequence_actionPerformed(ActionEvent e)
 835   {
 836     new SequenceFetcher(null);
 837   }
 838
 839   JPanel progressPanel;
 840
 841   public void startLoading(final String fileName)
 842   {
 843     if (fileLoadingCount == 0)
 844     {
 845       progressPanel = new JPanel(new BorderLayout());
 846       JProgressBar progressBar = new JProgressBar();
 847       progressBar.setIndeterminate(true);
 848
 849       progressPanel.add(new JLabel("Loading File: " + fileName + "   "),
 850                         BorderLayout.WEST);
 851
 852       progressPanel.add(progressBar, BorderLayout.CENTER);
 853
 854       instance.getContentPane().add(progressPanel, BorderLayout.SOUTH);
 855     }
 856     fileLoadingCount++;
 857     validate();
 858   }
 859
 860   public void stopLoading()
 861   {
 862     fileLoadingCount--;
 863     if (fileLoadingCount < 1)
 864     {
 865       if (progressPanel != null)
 866       {
 867         this.getContentPane().remove(progressPanel);
 868         progressPanel = null;
 869       }
 870       fileLoadingCount = 0;
 871     }
 872     validate();
 873   }
 874
 875   public static int getViewCount(String viewId)
 876   {
 877     int count = 0;
 878     JInternalFrame[] frames = Desktop.desktop.getAllFrames();
 879     for (int t = 0; t < frames.length; t++)
 880     {
 881       if (frames[t] instanceof AlignFrame)
 882       {
 883         AlignFrame af = (AlignFrame) frames[t];
 884         for (int a = 0; a < af.alignPanels.size(); a++)
 885         {
 886           if (viewId.equals(
 887               ( (AlignmentPanel) af.alignPanels.elementAt(a)).av.
 888               getSequenceSetId())
 889               )
 890           {
 891             count++;
 892           }
 893         }
 894       }
 895     }
 896
 897     return count;
 898   }
 899
 900   public void explodeViews(AlignFrame af)
 901   {
 902     int size = af.alignPanels.size();
 903     if (size < 2)
 904     {
 905       return;
 906     }
 907
 908     for (int i = 0; i < size; i++)
 909     {
 910       AlignmentPanel ap = (AlignmentPanel) af.alignPanels.elementAt(i);
 911       AlignFrame newaf = new AlignFrame(ap);
 912       if (ap.av.explodedPosition != null &&
 913           !ap.av.explodedPosition.equals(af.getBounds()))
 914       {
 915         newaf.setBounds(ap.av.explodedPosition);
 916       }
 917
 918       ap.av.gatherViewsHere = false;
 919
 920       addInternalFrame(newaf, af.getTitle(),
 921                        AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 922                        AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 923     }
 924
 925     af.alignPanels.clear();
 926     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 927
 928   }
 929
 930   public void gatherViews(AlignFrame source)
 931   {
 932     source.viewport.gatherViewsHere = true;
 933     source.viewport.explodedPosition = source.getBounds();
 934     JInternalFrame[] frames = desktop.getAllFrames();
 935     String viewId = source.viewport.sequenceSetID;
 936
 937     for (int t = 0; t < frames.length; t++)
 938     {
 939       if (frames[t] instanceof AlignFrame && frames[t] != source)
 940       {
 941         AlignFrame af = (AlignFrame) frames[t];
 942         boolean gatherThis = false;
 943         for (int a = 0; a < af.alignPanels.size(); a++)
 944         {
 945           AlignmentPanel ap = (AlignmentPanel) af.alignPanels.elementAt(a);
 946           if (viewId.equals(ap.av.getSequenceSetId()))
 947           {
 948             gatherThis = true;
 949             ap.av.gatherViewsHere = false;
 950             ap.av.explodedPosition = af.getBounds();
 951             source.addAlignmentPanel(ap, false);
 952           }
 953         }
 954
 955         if (gatherThis)
 956         {
 957           af.alignPanels.clear();
 958           af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 959         }
 960       }
 961     }
 962
 963   }
 964
 965   jalview.gui.VamsasClient v_client = null;
 966   public void vamsasLoad_actionPerformed(ActionEvent e)
 967   {
 968     if (v_client == null)
 969     {
 970       // Start a session.
 971       JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.
 972           getProperty("LAST_DIRECTORY"));
 973
 974       chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 975       chooser.setDialogTitle("Load Vamsas file");
 976       chooser.setToolTipText("Import");
 977
 978       int value = chooser.showOpenDialog(this);
 979
 980       if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 981       {
 982         v_client = new jalview.gui.VamsasClient(this,
 983                                                 chooser.getSelectedFile());
 984         this.vamsasLoad.setText("Session Update");
 985         this.vamsasStop.setVisible(true);
 986         v_client.initial_update();
 987         v_client.startWatcher();
 988       }
 989     }
 990     else
 991     {
 992       // store current data in session.
 993       v_client.push_update();
 994     }
 995   }
 996
 997   public void vamsasStop_actionPerformed(ActionEvent e)
 998   {
 999     if (v_client != null)
1000     {
1001       v_client.end_session();
1002       v_client = null;
1003       this.vamsasStop.setVisible(false);
1004       this.vamsasLoad.setText("Start Vamsas Session...");
1005     }
1006   }
1007
1008   /**
1009    * hide vamsas user gui bits when a vamsas document event is being handled.
1010    * @param b true to hide gui, false to reveal gui
1011    */
1012   public void setVamsasUpdate(boolean b)
1013   {
1014     jalview.bin.Cache.log.debug("Setting gui for Vamsas update " +
1015                                 (b ? "in progress" : "finished"));
1016     vamsasLoad.setVisible(!b);
1017     vamsasStop.setVisible(!b);
1018
1019   }
1020
1021   public JInternalFrame[] getAllFrames()
1022   {
1023     return desktop.getAllFrames();
1024   }
1025
1026
1027   /**
1028    * Checks the given url to see if it gives a response indicating that
1029    * the user should be informed of a new questionnaire.
1030    * @param url
1031    */
1032   public void checkForQuestionnaire(String url)
1033   {
1034     UserQuestionnaireCheck jvq = new UserQuestionnaireCheck(url);
1035     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(jvq);
1036   }
1037
1038   /*DISABLED
1039    class  MyDesktopPane extends JDesktopPane implements Runnable
1040   {
1041     boolean showMemoryUsage = false;
1042     Runtime runtime;
1043     java.text.NumberFormat df;
1044
1045     float maxMemory, allocatedMemory, freeMemory, totalFreeMemory, percentUsage;
1046
1047     public MyDesktopPane(boolean showMemoryUsage)
1048     {
1049       showMemoryUsage(showMemoryUsage);
1050     }
1051
1052     public void showMemoryUsage(boolean showMemoryUsage)
1053     {
1054       this.showMemoryUsage = showMemoryUsage;
1055       if (showMemoryUsage)
1056       {
1057         Thread worker = new Thread(this);
1058         worker.start();
1059       }
1060     }
1061
1062     public void run()
1063     {
1064       df = java.text.NumberFormat.getNumberInstance();
1065       df.setMaximumFractionDigits(2);
1066       runtime = Runtime.getRuntime();
1067
1068       while (showMemoryUsage)
1069       {
1070         try
1071         {
1072           Thread.sleep(3000);
1073           maxMemory = runtime.maxMemory() / 1048576f;
1074           allocatedMemory = runtime.totalMemory() / 1048576f;
1075           freeMemory = runtime.freeMemory() / 1048576f;
1076           totalFreeMemory = freeMemory + (maxMemory - allocatedMemory);
1077
1078           percentUsage = (totalFreeMemory / maxMemory) * 100;
1079
1080         //  if (percentUsage < 20)
1081           {
1082             //   border1 = BorderFactory.createMatteBorder(12, 12, 12, 12, Color.red);
1083             //    instance.set.setBorder(border1);
1084           }
1085           repaint();
1086
1087         }
1088         catch (Exception ex)
1089         {
1090           ex.printStackTrace();
1091         }
1092       }
1093     }
1094
1095     public void paintComponent(Graphics g)
1096     {
1097       if(showMemoryUsage)
1098       {
1099         if (percentUsage < 20)
1100           g.setColor(Color.red);
1101
1102         g.drawString("Total Free Memory: " + df.format(totalFreeMemory)
1103                      + "MB; Max Memory: " + df.format(maxMemory)
1104                      + "MB; " + df.format(percentUsage) + "%", 10,
1105                      getHeight() - g.getFontMetrics().getHeight());
1106       }
1107     }
1108   }*/
1109   protected JMenuItem groovyShell;
1110   public void doGroovyCheck() {
1111     if (jalview.bin.Cache.groovyJarsPresent())
1112     {
1113       groovyShell = new JMenuItem();
1114       groovyShell.setText("Groovy Shell...");
1115       groovyShell.addActionListener(new ActionListener()
1116       {
1117           public void actionPerformed(ActionEvent e) {
1118               groovyShell_actionPerformed(e);
1119           }
1120       });
1121       toolsMenu.add(groovyShell);
1122       groovyShell.setVisible(true);
1123     }
1124   }
1125   /**
1126    * Accessor method to quickly get all the AlignmentFrames
1127    * loaded.
1128    */
1129   protected AlignFrame[] getAlignframes() {
1130     JInternalFrame[] frames = Desktop.desktop.getAllFrames();
1131
1132     if (frames == null)
1133     {
1134       return null;
1135       }
1136       Vector avp=new Vector();
1137       try
1138       {
1139           //REVERSE ORDER
1140           for (int i = frames.length - 1; i > -1; i--)
1141           {
1142               if (frames[i] instanceof AlignFrame)
1143               {
1144                   AlignFrame af = (AlignFrame) frames[i];
1145                   avp.addElement(af);
1146               }
1147           }
1148       }
1149       catch (Exception ex)
1150       {
1151           ex.printStackTrace();
1152       }
1153       if (avp.size()==0)
1154       {
1155           return null;
1156       }
1157       AlignFrame afs[] = new AlignFrame[avp.size()];
1158       for (int i=0,j=avp.size(); i<j; i++) {
1159           afs[i] = (AlignFrame) avp.elementAt(i);
1160       }
1161       avp.clear();
1162       return afs;
1163   }
1164
1165   /**
1166     * Add Groovy Support to Jalview
1167     */
1168   public void groovyShell_actionPerformed(ActionEvent e) {
1169     // use reflection to avoid creating compilation dependency.
1170     if (!jalview.bin.Cache.groovyJarsPresent())
1171     {
1172       throw new Error("Implementation Error. Cannot create groovyShell without Groovy on the classpath!");
1173     }
1174     try {
1175     Class gcClass = Desktop.class.getClassLoader().loadClass("groovy.ui.Console");
1176     Constructor gccons = gcClass.getConstructor(null);
1177     java.lang.reflect.Method setvar = gcClass.getMethod("setVariable", new Class[] { String.class, Object.class} );
1178     java.lang.reflect.Method run = gcClass.getMethod("run", null);
1179     Object gc = gccons.newInstance(null);
1180     setvar.invoke(gc, new Object[] { "Jalview", this});
1181     run.invoke(gc, null);
1182     }
1183     catch (Exception ex)
1184     {
1185       jalview.bin.Cache.log.error("Groovy Shell Creation failed.",ex);
1186       JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
1187
1188               "Couldn't create the groovy Shell. Check the error log for the details of what went wrong.", "Jalview Groovy Support Failed",
1189               JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
1190     }
1191   }
1192 }