src/jalview/gui/Desktop.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.gui;
  20
  21 import jalview.io.*;
  22 import java.awt.*;
  23 import java.awt.datatransfer.*;
  24 import java.awt.dnd.*;
  25 import java.awt.event.*;
  26 import java.util.*;
  27
  28 import javax.swing.*;
  29
  30
  31 /**
  32  * DOCUMENT ME!
  33  *
  34  * @author $author$
  35  * @version $Revision$
  36  */
  37 public class Desktop extends jalview.jbgui.GDesktop
  38     implements DropTargetListener, ClipboardOwner
  39 {
  40     /** DOCUMENT ME!! */
  41     public static Desktop instance;
  42     public static JDesktopPane desktop;
  43     static int openFrameCount = 0;
  44     static final int xOffset = 30;
  45     static final int yOffset = 30;
  46     public static jalview.ws.Discoverer discoverer;
  47
  48     public static Object [] jalviewClipboard;
  49     public static boolean internalCopy = false;
  50
  51     static int fileLoadingCount= 0;
  52
  53     /**
  54      * Creates a new Desktop object.
  55      */
  56     public Desktop()
  57     {
  58         instance = this;
  59         doVamsasClientCheck();
  60         Image image = null;
  61
  62         try
  63         {
  64             java.net.URL url = getClass().getResource("/images/logo.gif");
  65
  66             if (url != null)
  67             {
  68                 image = java.awt.Toolkit.getDefaultToolkit().createImage(url);
  69
  70                 MediaTracker mt = new MediaTracker(this);
  71                 mt.addImage(image, 0);
  72                 mt.waitForID(0);
  73                 setIconImage(image);
  74             }
  75         }
  76         catch (Exception ex)
  77         {
  78         }
  79
  80         setTitle("Jalview "+jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION"));
  81         setDefaultCloseOperation(JFrame.EXIT_ON_CLOSE);
  82         desktop = new JDesktopPane();
  83         desktop.setBackground(Color.white);
  84         getContentPane().setLayout(new BorderLayout());
  85         getContentPane().add(desktop, BorderLayout.CENTER);
  86         desktop.setDragMode(JDesktopPane.OUTLINE_DRAG_MODE);
  87
  88         // This line prevents Windows Look&Feel resizing all new windows to maximum
  89         // if previous window was maximised
  90         desktop.setDesktopManager(new DefaultDesktopManager());
  91
  92         Dimension screenSize = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
  93         String x = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_X");
  94         String y = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_Y");
  95         String width = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_WIDTH");
  96         String height = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_HEIGHT");
  97
  98         if ((x != null) && (y != null) && (width != null) && (height != null))
  99         {
 100             setBounds(Integer.parseInt(x), Integer.parseInt(y),
 101                 Integer.parseInt(width), Integer.parseInt(height));
 102         }
 103         else
 104         {
 105             setBounds((int) (screenSize.width - 900) / 2,
 106                 (int) (screenSize.height - 650) / 2, 900, 650);
 107         }
 108
 109         this.addWindowListener(new WindowAdapter()
 110             {
 111                 public void windowClosing(WindowEvent evt)
 112                 {
 113                     quit();
 114                 }
 115             });
 116
 117         this.setDropTarget(new java.awt.dnd.DropTarget(desktop, this));
 118
 119         /////////Add a splashscreen on startup
 120         /////////Add a splashscreen on startup
 121         JInternalFrame frame = new JInternalFrame();
 122
 123         SplashScreen splash = new SplashScreen(frame, image);
 124         frame.setContentPane(splash);
 125         frame.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);
 126         frame.setLocation((int) ((getWidth() - 750) / 2),
 127             (int) ((getHeight() - 160) / 2));
 128
 129         addInternalFrame(frame, "", 750, 160, false);
 130
 131         discoverer=new jalview.ws.Discoverer(); // Only gets started if gui is displayed.
 132     }
 133
 134     private void doVamsasClientCheck() {
 135       if (jalview.bin.Cache.vamsasJarsPresent()) {
 136         VamsasMenu.setVisible(true);
 137         vamsasLoad.setVisible(true);
 138       }
 139
 140     }
 141
 142     /**
 143      * DOCUMENT ME!
 144      *
 145      * @param frame DOCUMENT ME!
 146      * @param title DOCUMENT ME!
 147      * @param w DOCUMENT ME!
 148      * @param h DOCUMENT ME!
 149      */
 150     public static synchronized void addInternalFrame(final JInternalFrame frame,
 151         String title, int w, int h)
 152     {
 153         addInternalFrame(frame, title, w, h, true);
 154     }
 155
 156     /**
 157      * DOCUMENT ME!
 158      *
 159      * @param frame DOCUMENT ME!
 160      * @param title DOCUMENT ME!
 161      * @param w DOCUMENT ME!
 162      * @param h DOCUMENT ME!
 163      * @param resizable DOCUMENT ME!
 164      */
 165     public static synchronized void addInternalFrame(final JInternalFrame frame,
 166         String title, int w, int h, boolean resizable)
 167     {
 168
 169       frame.setTitle(title);
 170       if(frame.getWidth()<1 || frame.getHeight()<1)
 171       {
 172         frame.setSize(w, h);
 173       }
 174       // THIS IS A PUBLIC STATIC METHOD, SO IT MAY BE CALLED EVEN IN
 175       // A HEADLESS STATE WHEN NO DESKTOP EXISTS. MUST RETURN
 176       // IF JALVIEW IS RUNNING HEADLESS
 177       /////////////////////////////////////////////////
 178       if (System.getProperty("java.awt.headless") != null
 179           && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true"))
 180       {
 181         return;
 182       }
 183
 184
 185         openFrameCount++;
 186
 187         frame.setVisible(true);
 188         frame.setClosable(true);
 189         frame.setResizable(resizable);
 190         frame.setMaximizable(resizable);
 191         frame.setIconifiable(resizable);
 192         frame.setFrameIcon(null);
 193
 194         if (frame.getX()<1 && frame.getY()<1)
 195        {
 196          frame.setLocation(xOffset * openFrameCount, yOffset * ((openFrameCount-1)%10)+yOffset);
 197        }
 198
 199         final JMenuItem menuItem = new JMenuItem(title);
 200         frame.addInternalFrameListener(new javax.swing.event.InternalFrameAdapter()
 201             {
 202               public void internalFrameActivated(javax.swing.event.
 203                                                  InternalFrameEvent evt)
 204               {
 205                 JInternalFrame itf = desktop.getSelectedFrame();
 206                 if (itf != null)
 207                   itf.requestFocus();
 208
 209               }
 210
 211
 212                 public void internalFrameClosed(
 213                     javax.swing.event.InternalFrameEvent evt)
 214                 {
 215                     PaintRefresher.RemoveComponent(frame);
 216                     openFrameCount--;
 217                     windowMenu.remove(menuItem);
 218                     JInternalFrame itf = desktop.getSelectedFrame();
 219                        if (itf != null)
 220                         itf.requestFocus();
 221                 }
 222                 ;
 223             });
 224
 225         menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 226             {
 227                 public void actionPerformed(ActionEvent e)
 228                 {
 229                     try
 230                     {
 231                         frame.setSelected(true);
 232                         frame.setIcon(false);
 233                     }
 234                     catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
 235                     {
 236
 237                     }
 238                 }
 239             });
 240
 241         windowMenu.add(menuItem);
 242
 243         desktop.add(frame);
 244         frame.toFront();
 245         try{
 246           frame.setSelected(true);
 247           frame.requestFocus();
 248         }catch(java.beans.PropertyVetoException ve)
 249         {   }
 250     }
 251
 252     public void lostOwnership(Clipboard clipboard, Transferable contents)
 253     {
 254       if (!internalCopy)
 255         Desktop.jalviewClipboard = null;
 256
 257       internalCopy = false;
 258     }
 259
 260     public void dragEnter(DropTargetDragEvent evt)
 261     {}
 262
 263     public void dragExit(DropTargetEvent evt)
 264     {}
 265
 266     public void dragOver(DropTargetDragEvent evt)
 267     {}
 268
 269     public void dropActionChanged(DropTargetDragEvent evt)
 270     {}
 271
 272     /**
 273      * DOCUMENT ME!
 274      *
 275      * @param evt DOCUMENT ME!
 276      */
 277     public void drop(DropTargetDropEvent evt)
 278     {
 279         Transferable t = evt.getTransferable();
 280         java.util.List files = null;
 281
 282         try
 283         {
 284           DataFlavor uriListFlavor = new DataFlavor("text/uri-list;class=java.lang.String");
 285           if (t.isDataFlavorSupported(DataFlavor.javaFileListFlavor))
 286           {
 287             //Works on Windows and MacOSX
 288             evt.acceptDrop(DnDConstants.ACTION_COPY_OR_MOVE);
 289             files = (java.util.List) t.getTransferData(DataFlavor.javaFileListFlavor);
 290           }
 291           else if (t.isDataFlavorSupported(uriListFlavor))
 292           {
 293             // This is used by Unix drag system
 294             evt.acceptDrop(DnDConstants.ACTION_COPY_OR_MOVE);
 295             String data = (String) t.getTransferData(uriListFlavor);
 296             files = new java.util.ArrayList(1);
 297             for (java.util.StringTokenizer st = new java.util.StringTokenizer(
 298                 data,
 299                 "\r\n");
 300                  st.hasMoreTokens(); )
 301             {
 302               String s = st.nextToken();
 303               if (s.startsWith("#"))
 304               {
 305                 // the line is a comment (as per the RFC 2483)
 306                 continue;
 307               }
 308
 309               java.net.URI uri = new java.net.URI(s);
 310               java.io.File file = new java.io.File(uri);
 311               files.add(file);
 312             }
 313           }
 314         }
 315         catch (Exception e)
 316         {      }
 317
 318         if (files != null)
 319         {
 320           try
 321           {
 322             for (int i = 0; i < files.size(); i++)
 323             {
 324               String file = files.get(i).toString();
 325               String protocol = FormatAdapter.FILE;
 326               String format = null;
 327
 328               if (file.endsWith(".jar"))
 329               {
 330                 format = "Jalview";
 331
 332               }
 333               else
 334               {
 335                 format = new IdentifyFile().Identify(file,
 336                                                           protocol);
 337               }
 338
 339
 340               new FileLoader().LoadFile(file, protocol, format);
 341
 342             }
 343           }
 344           catch (Exception ex)
 345           {      }
 346         }
 347     }
 348
 349     /**
 350      * DOCUMENT ME!
 351      *
 352      * @param e DOCUMENT ME!
 353      */
 354     public void inputLocalFileMenuItem_actionPerformed(AlignViewport viewport)
 355     {
 356         JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(
 357                     "LAST_DIRECTORY"),
 358                 new String[]
 359                 {
 360                     "fa, fasta, fastq", "aln", "pfam", "msf", "pir", "blc",
 361                     "jar"
 362                 },
 363                 new String[]
 364                 {
 365                     "Fasta", "Clustal", "PFAM", "MSF", "PIR", "BLC", "Jalview"
 366                 }, jalview.bin.Cache.getProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT"));
 367
 368         chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 369         chooser.setDialogTitle("Open local file");
 370         chooser.setToolTipText("Open");
 371
 372         int value = chooser.showOpenDialog(this);
 373
 374         if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 375         {
 376             String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();
 377             jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",
 378                 chooser.getSelectedFile().getParent());
 379
 380             String format = null;
 381             if (chooser.getSelectedFormat().equals("Jalview"))
 382             {
 383                 format = "Jalview";
 384             }
 385             else
 386             {
 387                 format = new IdentifyFile().Identify(choice, FormatAdapter.FILE);
 388             }
 389
 390             if (viewport != null)
 391               new FileLoader().LoadFile(viewport, choice, FormatAdapter.FILE, format);
 392             else
 393               new FileLoader().LoadFile(choice, FormatAdapter.FILE, format);
 394         }
 395     }
 396
 397
 398
 399     /**
 400      * DOCUMENT ME!
 401      *
 402      * @param e DOCUMENT ME!
 403      */
 404     public void inputURLMenuItem_actionPerformed(AlignViewport viewport)
 405     {
 406       // This construct allows us to have a wider textfield
 407       // for viewing
 408       JLabel label = new JLabel("Enter URL of Input File");
 409       final JComboBox history = new JComboBox();
 410
 411       JPanel panel = new JPanel(new GridLayout(2,1));
 412       panel.add(label);
 413       panel.add(history);
 414       history.setPreferredSize(new Dimension(400,20));
 415       history.setEditable(true);
 416       history.addItem("http://www.");
 417
 418       String historyItems = jalview.bin.Cache.getProperty("RECENT_URL");
 419
 420       StringTokenizer st;
 421
 422       if (historyItems != null)
 423       {
 424         st = new StringTokenizer(historyItems, "\t");
 425
 426         while (st.hasMoreTokens())
 427         {
 428           history.addItem(st.nextElement());
 429         }
 430       }
 431
 432        int reply = JOptionPane.showInternalConfirmDialog(desktop,
 433           panel, "Input Alignment From URL",
 434           JOptionPane.OK_CANCEL_OPTION );
 435
 436
 437         if (reply != JOptionPane.OK_OPTION )
 438         {
 439             return;
 440         }
 441
 442         String url = history.getSelectedItem().toString();
 443
 444         if (url.toLowerCase().endsWith(".jar"))
 445         {
 446           if (viewport != null)
 447             new FileLoader().LoadFile(viewport, url, FormatAdapter.URL, "Jalview");
 448           else
 449             new FileLoader().LoadFile(url, FormatAdapter.URL, "Jalview");
 450         }
 451         else
 452         {
 453           String format = new IdentifyFile().Identify(url, FormatAdapter.URL);
 454
 455           if (format.equals("URL NOT FOUND"))
 456           {
 457             JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 458                                                   "Couldn't locate " + url,
 459                                                   "URL not found",
 460                                                   JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 461
 462             return;
 463           }
 464
 465           if (viewport != null)
 466             new FileLoader().LoadFile(viewport, url, FormatAdapter.URL, format);
 467           else
 468             new FileLoader().LoadFile(url, FormatAdapter.URL, format);
 469         }
 470     }
 471
 472     /**
 473      * DOCUMENT ME!
 474      *
 475      * @param e DOCUMENT ME!
 476      */
 477     public void inputTextboxMenuItem_actionPerformed(AlignViewport viewport)
 478     {
 479         CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 480         cap.setForInput(viewport);
 481         Desktop.addInternalFrame(cap, "Cut & Paste Alignment File", 600, 500);
 482     }
 483
 484     /*
 485      * Exit the program
 486      */
 487     public void quit()
 488     {
 489         jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_X", getBounds().x + "");
 490         jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_Y", getBounds().y + "");
 491         jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_WIDTH", getWidth() + "");
 492         jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_HEIGHT", getHeight() + "");
 493         System.exit(0);
 494     }
 495
 496     /**
 497      * DOCUMENT ME!
 498      *
 499      * @param e DOCUMENT ME!
 500      */
 501     public void aboutMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
 502     {
 503       StringBuffer message = new StringBuffer("JalView version " +
 504                                               jalview.bin.Cache.getProperty(
 505           "VERSION") +
 506                                               "; last updated: " +
 507                                               jalview.bin.
 508                                               Cache.getDefault("BUILD_DATE", "unknown"));
 509
 510       if (!jalview.bin.Cache.getProperty("LATEST_VERSION").equals(
 511           jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION")))
 512       {
 513         message.append("\n\n!! Jalview version "
 514                        + jalview.bin.Cache.getProperty("LATEST_VERSION")
 515                        + " is available for download from http://www.jalview.org !!\n");
 516
 517       }
 518
 519       message.append( "\nAuthors:  Michele Clamp, James Cuff, Steve Searle, Andrew Waterhouse, Jim Procter & Geoff Barton." +
 520             "\nCurrent development managed by Andrew Waterhouse; Barton Group, University of Dundee." +
 521             "\nFor all issues relating to Jalview, email help@jalview.org" +
 522             "\n\nIf  you use JalView, please cite:" +
 523             "\n\"Clamp, M., Cuff, J., Searle, S. M. and Barton, G. J. (2004), The Jalview Java Alignment Editor\"" +
 524             "\nBioinformatics,  2004 20;426-7.");
 525
 526         JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 527
 528            message.toString(), "About Jalview",
 529             JOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);
 530     }
 531
 532     /**
 533      * DOCUMENT ME!
 534      *
 535      * @param e DOCUMENT ME!
 536      */
 537     public void documentationMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
 538     {
 539         try
 540         {
 541             ClassLoader cl = jalview.gui.Desktop.class.getClassLoader();
 542             java.net.URL url = javax.help.HelpSet.findHelpSet(cl, "help/help");
 543             javax.help.HelpSet hs = new javax.help.HelpSet(cl, url);
 544
 545             javax.help.HelpBroker hb = hs.createHelpBroker();
 546             hb.setCurrentID("home");
 547             hb.setDisplayed(true);
 548         }
 549         catch (Exception ex)
 550         {     }
 551     }
 552
 553     public void closeAll_actionPerformed(ActionEvent e)
 554     {
 555       JInternalFrame [] frames = desktop.getAllFrames();
 556       for(int i=0; i<frames.length; i++)
 557       {
 558         try{
 559         frames[i].setClosed(true);
 560       }catch(java.beans.PropertyVetoException ex){}
 561       }
 562     }
 563
 564     public void raiseRelated_actionPerformed(ActionEvent e)
 565     {
 566       reorderAssociatedWindows(false, false);
 567     }
 568
 569     public void minimizeAssociated_actionPerformed(ActionEvent e)
 570     {
 571       reorderAssociatedWindows(true, false);
 572     }
 573
 574     void closeAssociatedWindows()
 575     {
 576       reorderAssociatedWindows(false, true);
 577     }
 578
 579     void reorderAssociatedWindows(boolean minimize, boolean close)
 580     {
 581       JInternalFrame[] frames = desktop.getAllFrames();
 582       if (frames == null || frames.length<1)
 583         return;
 584
 585       AlignViewport source = null, target = null;
 586       if (frames[0] instanceof AlignFrame)
 587         source = ( (AlignFrame) frames[0]).getCurrentView();
 588       else if (frames[0] instanceof TreePanel)
 589         source = ( (TreePanel) frames[0]).getViewPort();
 590       else if (frames[0] instanceof PCAPanel)
 591         source = ( (PCAPanel) frames[0]).av;
 592       else if (frames[0].getContentPane() instanceof PairwiseAlignPanel)
 593         source = ((PairwiseAlignPanel)frames[0].getContentPane()).av;
 594
 595
 596       if (source != null)
 597         for (int i = 0; i < frames.length; i++)
 598         {
 599           target = null;
 600           if(frames[i]==null)
 601           {
 602             continue;
 603           }
 604           if (frames[i] instanceof AlignFrame)
 605             target = ( (AlignFrame) frames[i]).getCurrentView();
 606           else if (frames[i] instanceof TreePanel)
 607             target = ( (TreePanel) frames[i]).getViewPort();
 608           else if (frames[i] instanceof PCAPanel)
 609             target = ( (PCAPanel) frames[i]).av;
 610           else if (frames[i].getContentPane() instanceof PairwiseAlignPanel)
 611             target = ( (PairwiseAlignPanel) frames[i].getContentPane()).av;
 612
 613           if (source == target)
 614           {
 615             try
 616             {
 617               if (close)
 618                 frames[i].setClosed(true);
 619               else
 620               {
 621                 frames[i].setIcon(minimize);
 622                 if (!minimize)
 623                 {
 624                   frames[i].toFront();
 625                 }
 626               }
 627
 628             }
 629             catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
 630             {       }
 631           }
 632         }
 633     }
 634
 635
 636
 637     /**
 638      * DOCUMENT ME!
 639      *
 640      * @param e DOCUMENT ME!
 641      */
 642     protected void preferences_actionPerformed(ActionEvent e)
 643     {
 644         new Preferences();
 645     }
 646
 647     /**
 648      * DOCUMENT ME!
 649      *
 650      * @param e DOCUMENT ME!
 651      */
 652     public void saveState_actionPerformed(ActionEvent e)
 653     {
 654         JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(
 655                     "LAST_DIRECTORY"), new String[] { "jar" },
 656                 new String[] { "Jalview Project" }, "Jalview Project");
 657
 658         chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 659         chooser.setDialogTitle("Save State");
 660
 661         int value = chooser.showSaveDialog(this);
 662
 663         if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 664         {
 665             java.io.File choice = chooser.getSelectedFile();
 666             jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", choice.getParent());
 667             new Jalview2XML().SaveState(choice);
 668         }
 669     }
 670
 671     /**
 672      * DOCUMENT ME!
 673      *
 674      * @param e DOCUMENT ME!
 675      */
 676     public void loadState_actionPerformed(ActionEvent e)
 677     {
 678         JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(
 679                     "LAST_DIRECTORY"), new String[] { "jar" },
 680                 new String[] { "Jalview Project" }, "Jalview Project");
 681         chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 682         chooser.setDialogTitle("Restore state");
 683
 684         int value = chooser.showOpenDialog(this);
 685
 686         if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 687         {
 688             String choice = chooser.getSelectedFile().getAbsolutePath();
 689             jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",
 690                 chooser.getSelectedFile().getParent());
 691             new Jalview2XML().LoadJalviewAlign(choice);
 692         }
 693     }
 694
 695   /*  public void vamsasLoad_actionPerformed(ActionEvent e)
 696     {
 697       JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.
 698           getProperty("LAST_DIRECTORY"));
 699
 700       chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 701       chooser.setDialogTitle("Load Vamsas file");
 702       chooser.setToolTipText("Import");
 703
 704       int value = chooser.showOpenDialog(this);
 705
 706       if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 707       {
 708         jalview.io.VamsasDatastore vs = new jalview.io.VamsasDatastore(null);
 709         vs.load(
 710             chooser.getSelectedFile().getAbsolutePath()
 711             );
 712       }
 713
 714     }*/
 715
 716
 717     public void inputSequence_actionPerformed(ActionEvent e)
 718     {
 719       new SequenceFetcher(null);
 720     }
 721
 722     JPanel progressPanel;
 723
 724     public void startLoading(final String fileName)
 725     {
 726       if (fileLoadingCount == 0)
 727       {
 728         progressPanel = new JPanel(new BorderLayout());
 729         JProgressBar progressBar = new JProgressBar();
 730         progressBar.setIndeterminate(true);
 731
 732         progressPanel.add(new JLabel("Loading File: " + fileName + "   "),
 733                           BorderLayout.WEST);
 734
 735         progressPanel.add(progressBar, BorderLayout.CENTER);
 736
 737         instance.getContentPane().add(progressPanel, BorderLayout.SOUTH);
 738       }
 739       fileLoadingCount++;
 740       validate();
 741     }
 742
 743     public void stopLoading()
 744     {
 745       fileLoadingCount--;
 746       if (fileLoadingCount < 1)
 747       {
 748         if(progressPanel!=null)
 749         {
 750           this.getContentPane().remove(progressPanel);
 751           progressPanel = null;
 752         }
 753         fileLoadingCount = 0;
 754       }
 755       validate();
 756     }
 757
 758     public static int getViewCount(String viewId)
 759     {
 760       int count = 0;
 761       JInternalFrame[] frames = Desktop.desktop.getAllFrames();
 762       for (int t = 0; t < frames.length; t++)
 763       {
 764         if (frames[t] instanceof AlignFrame)
 765         {
 766           AlignFrame af = (AlignFrame) frames[t];
 767           for(int a=0; a<af.alignPanels.size(); a++)
 768           {
 769             if(viewId.equals(
 770                 ((AlignmentPanel)af.alignPanels.elementAt(a)).av.getSequenceSetId() )
 771                 )
 772             count ++;
 773           }
 774         }
 775       }
 776
 777       return count;
 778     }
 779
 780     public void explodeViews(AlignFrame af)
 781     {
 782       int size = af.alignPanels.size();
 783       if(size<2)
 784         return;
 785
 786       for(int i=0; i<size; i++)
 787       {
 788         AlignmentPanel ap = (AlignmentPanel)af.alignPanels.elementAt(i);
 789         AlignFrame newaf = new AlignFrame(ap);
 790         if(ap.av.explodedPosition!=null)
 791           newaf.setBounds(ap.av.explodedPosition);
 792
 793         ap.av.gatherViewsHere = false;
 794
 795         addInternalFrame(newaf, af.getTitle(),
 796                          AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 797                          AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 798       }
 799
 800       af.alignPanels.clear();
 801       af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 802
 803     }
 804
 805     public void gatherViews(AlignFrame source)
 806     {
 807       source.viewport.gatherViewsHere = true;
 808       source.viewport.explodedPosition = source.getBounds();
 809       JInternalFrame[] frames = desktop.getAllFrames();
 810       String viewId = source.viewport.sequenceSetID;
 811
 812       for (int t = 0; t < frames.length; t++)
 813       {
 814         if (frames[t] instanceof AlignFrame && frames[t] != source)
 815         {
 816           AlignFrame af = (AlignFrame) frames[t];
 817           boolean gatherThis = false;
 818           for (int a = 0; a < af.alignPanels.size(); a++)
 819           {
 820             AlignmentPanel ap = (AlignmentPanel) af.alignPanels.elementAt(a);
 821             if (viewId.equals(ap.av.getSequenceSetId()))
 822             {
 823               gatherThis = true;
 824               ap.av.gatherViewsHere = false;
 825               ap.av.explodedPosition = af.getBounds();
 826               source.addAlignmentPanel(ap, false);
 827             }
 828           }
 829
 830           if (gatherThis)
 831           {
 832             af.alignPanels.clear();
 833             af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 834           }
 835         }
 836       }
 837
 838     }
 839
 840     jalview.gui.VamsasClient v_client=null;
 841     public void vamsasLoad_actionPerformed(ActionEvent e)
 842     {
 843       if (v_client==null) {
 844         // Start a session.
 845         JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.
 846             getProperty("LAST_DIRECTORY"));
 847
 848         chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 849         chooser.setDialogTitle("Load Vamsas file");
 850         chooser.setToolTipText("Import");
 851
 852         int value = chooser.showOpenDialog(this);
 853
 854         if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 855         {
 856           v_client = new jalview.gui.VamsasClient(this,
 857               chooser.getSelectedFile());
 858           this.vamsasLoad.setText("Session Update");
 859           this.vamsasStop.setVisible(true);
 860           v_client.initial_update();
 861           v_client.startWatcher();
 862         }
 863       } else {
 864         // store current data in session.
 865         v_client.push_update();
 866       }
 867     }
 868     public void vamsasStop_actionPerformed(ActionEvent e) {
 869       if (v_client!=null) {
 870         v_client.end_session();
 871         v_client=null;
 872         this.vamsasStop.setVisible(false);
 873         this.vamsasLoad.setText("Start Vamsas Session...");
 874       }
 875     }
 876     /**
 877      * hide vamsas user gui bits when a vamsas document event is being handled.
 878      * @param b true to hide gui, false to reveal gui
 879      */
 880     public void setVamsasUpdate(boolean b) {
 881       jalview.bin.Cache.log.debug("Setting gui for Vamsas update "+(b ? "in progress" : "finished"));
 882       vamsasLoad.setVisible(!b);
 883       vamsasStop.setVisible(!b);
 884
 885     }
 886     /**
 887      * Checks the given url to see if it gives a response indicating that
 888      * the user should be informed of a new questionnaire.
 889      * @param url
 890      */
 891     public void checkForQuestionnaire(String url) {
 892         UserQuestionnaireCheck jvq = new UserQuestionnaireCheck(url);
 893         javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(jvq);
 894     }
 895
 896 }
 897